The poly(A)-binding proteins (PABPs) are a family of eukaryotic RNA-binding proteins with key roles in mRNA translation and stability. The molecular function of PABPs have been largely revealed through study of the prototypical cytoplasmic poly(A)-binding protein, PABP1. Thus, little is known regarding other PABP family members. PABP5 contains four RNA-recognition motifs characteristic of the cytoplasmic PABPs yet is structurally distinct as it lacks a portion of the C-terminus. This region contains a proline-rich section linked to a globular domain that facilitates a number of protein-protein interactions. To date, little information has been presented regarding the expression of PABP5 and there is no data pertaining to the function of this protein, despite being mapped to a region of the X-chromosome associated with human pathological conditions. In this thesis, I present the first data documenting the expression of PABP5 within mouse tissues, and find it to be expressed at the highest levels within the brain, ovary, and testis. The limited data available suggests that gonads may be the only tissue to contain all PABPs therefore I additionally describe the expression of PABP1 and PABP4 to ascertain their cellular distribution within these tissues. This revealed that PABPs have overlapping yet distinct expression patterns in mouse gonads. The distinct structure of PABP5 suggested that its function may vary from PABP1. Characterisation of its activities in translational regulation was therefore investigated. When tethered to a reporter mRNA PABP5 had limited translational stimulatory activity, and in addition could not be isolated via m7G cap chromatography and failed to interact with translation initiation factors including eIF4G and PAIP-1. These factors interact with PABP1 to positively promote translation, implying that PABP5 function in translational regulation differs from other PABPs investigated. Examining why PABP5 failed to display translational stimulatory activity also revealed an interaction with the negative regulator of translation, PAIP-2. In summary, I present the first description of PABP5 cellular localisation, and have gone some way towards elucidating the molecular function of this uncharacterised protein.

Le nombre d’étudiantes et étudiants participant à une mobilité internationale étudiante a considérablement augmenté au cours des dernières années. Dans le contexte de la mondialisation, les activités d’internationalisation sont devenues une priorité des établissements d’enseignement (Association des collèges communautaires du Canada, 2010a). Le recrutement des étudiantes et étudiants étrangers apporte plusieurs avantages au pays et à l’établissement d’accueil (Ibid.). De ce fait, pour favoriser ce recrutement et la mobilité internationale étudiante, les gouvernements ont mis en place des politiques d’immigration et les universités ont signé différentes alliances et accords bilatéraux entre elles. Toutefois, si les mobilités se font principalement vers les pays industrialisés (Lerot, 2001), le Canada est en retard sur sa proportion de personnes étudiantes effectuant une mobilité internationale étudiante dans ses collèges et universités (Association des collèges communautaires du Canada, 2010b). De même que le Québec qui voit sa proportion de l’effectif total de ses étudiantes et étudiants étrangers diminuer, alors que celle-ci augmente dans les autres régions du Canada (McMullen et Élias, 2011). À cet effet, les universitaires représentent la majorité des étudiantes et étudiants étrangers au Québec (Gouvernement du Québec, 2014a), mais la proportion globale d’universitaires internationaux diffère selon le type de région. En ce sens, celle-ci est la moins élevée dans les régions intermédiaires et la plus élevée dans les régions centrales (Gouvernement du Québec, 2013, 2014b, 2015), alors que ces régions sont toutes deux des grands centres de population. Ainsi, pour contribuer à mieux saisir ce que recouvre cette moins grande attractivité des régions intermédiaires, la question générale de recherche est : quels sont les motifs de choix, à chacune des dimensions du choix du lieu d’étude, d’effectuer une mobilité internationale étudiante dans une université située en région intermédiaire au Québec ? Pour répondre à cette question, et en se basant sur un cadre d’analyse à deux dimensions et sur l’état de connaissances à ce sujet, quatre objectifs spécifiques sont définis : 1) décrire les motifs de migration pour études, 2) examiner les associations entre les motifs de choix dans chaque catégorie pour y déceler d’éventuels regroupements sous-jacents, 3) examiner les associations entre ces regroupements de motifs et les caractéristiques des personnes étudiantes (âge, sexe, pays d’origine, domaine d’études, etc.), 4) déterminer si le choix de l’établissement d’accueil se fait avant ou après le choix du pays d’accueil. Pour y répondre, une recherche quantitative descriptive corrélationnelle, utilisant une analyse d’interdépendance (analyse factorielle), est menée, à l’aide d’un questionnaire anonyme disponible en ligne qui intègre plusieurs échelles de mesure, auprès des universitaires internationaux inscrits pour la première fois à l’Université de Sherbrooke à l’automne 2014. Au total, l’échantillon se compose de 141 universitaires internationaux. Ils sont âgés de 17 à 29 ans, proviennent des différents domaines, cycles et régimes d’études et il y a autant d’hommes que de femmes qui composent l’échantillon. De plus, les trois quarts de l’échantillon sont originaires de la France. L’analyse des données recueillies dans le questionnaire montre que l’importance accordée aux items du questionnaire représentant les motifs de migration pour études varie selon les dimensions du choix du lieu d’étude et qu’il existe des écarts dans les résultats. Synthétisés en facteurs, les résultats font ressortir trois facteurs liés au pays d’origine qui interviennent dans le choix d’étudier à l’international : 1) PO_La pauvreté de l’enseignement, 2) PO_Les contextes politiques et économiques, 3) PO_Les politiques d’éducation, et quatre facteurs personnels qui interviennent dans ce choix : 1) PER_le désir d’exploration, 2) PER_Le désir de changement, 3) PER_Les considérations familiales, 4) PER_Les aspirations personnelles et professionnelles. Aussi, il y a sept facteurs de choix du pays d’accueil : 1) PA_Les perspectives d’avenir, 2) PA_L’information disponible, 3) PA_Le dépaysement, 4) PA_Les considérations culturelles, 5) PA_Les liens au pays d’origine et la sécurité, 6) PA_Le cadre financier et environnemental, 7) PA_Les relations sociales. Puis, les résultats décrivent quatre facteurs de choix de l’établissement d’accueil : 1) EA_Les services de l’établissement, 2) EA_La qualité de la formation offerte, 3) EA_L’accessibilité et l’ouverture, 4) EA_Les possibilités d’emploi et les partenariats. Parmi l’ensemble de ces facteurs, seul deux d’entre eux, PER_Le désir d’exploration et PA_Le dépaysement, ont en moyenne une importance élevée dans le choix des universitaires internationaux d’étudier en région intermédiaire au Québec, alors que les facteurs liés au pays d’origine ont quant à eux, de manière générale, peu ou pas d’influence. Toutefois, il existe des écarts parmi les personnes répondantes à l’étude et les résultats montrent la présence d’associations entre certains facteurs et des caractéristiques des personnes étudiantes, soit la nature de l’expérience à international, la durée du séjour et la provenance des répondantes et répondants selon la typologie économique et sociale des pays du monde, ce qui laisse supposer la présence de groupe parmi les personnes répondantes à l’étude. Ainsi, les différents résultats de l’étude pourraient servir de guide aux conseillers et conseillères d’orientation du Québec, intervenant auprès des universitaires internationaux en région intermédiaire dans cette province, ainsi qu’aux universités situées dans ces régions. En effet, ces résultats pourraient influencer la pratique des conseillers et conseillères d’orientation du Québec quant au principal défi des universitaires internationaux, et les universités pourraient adapter leurs stratégies de recrutement selon l’importance accordée aux différents facteurs de migration pour études et ainsi attirer un plus grand nombre d’étudiantes et étudiants étrangers.

published_or_final_version / abstract / Pathology / Doctoral / Doctor of Philosophy

Les microorganismes du domaine du vivant Archaea sont très divers sur le plan biologique et sont présents dans de nombreux types d'écosystèmes. Ils sont majoritaires dans les environnements dits extrêmes. Parmi les virus d'archées, ceux infectant les espèces d'un phylum majeur des archées, Crenarchaeota, constitué d'hyperthermophiles, forment un groupe exceptionnel. En effet, leurs morphotypes sont uniques, variés, et complexes. Le contenu de leur génome est également unique. Enfin, la plupart de ces virus se maintiennent dans la cellule hôte en état porteur, une relation chronique qui permet un équilibre entre production de virions et division cellulaire. J'ai d'abord démontré que le virus de crenarchée Sulfolobus islandicus rod-shaped virus 2 est un virus virulent, et non chronique comme il avait été suggéré. Un mécanisme de lyse unique a été découvert. La paroi cellulaire est modifiée en plusieurs points, avec l'apparition de structures pyramidales saillantes. Celles-ci s'ouvrent en fin de cycle infectieux, permettant aux virions, assemblés auparavant dans le cytoplasme, de quitter la cellule. Puis j'ai travaillé sur des échantillons de sources géothermiques de la péninsule de Kamchatka (Russie) et contribué à l'isolement et la caractérisation d'un virus de morphotype filamenteux. Des protéines structurales supplémentaires ont ainsi été identifiées. Enfin, des mots courts exceptionnels ont été identifiés dans un grand nombre de génomes d'archées et de leurs éléments extra-chromosomiques. Ce sont potentiellement des motifs fonctionnels non-codants, impliqués dans des mécanismes biologiques importants. Typiquement, les motifs palindromiques sont évités dans les génomes

Cette thèse aborde deux domaines de l'algorithmique: la fouille de données et l'arithmétique. Le point de vue adopté est celui de l'analyse en moyenne et, plus précisément, celui de l'analyse dynamique, qui combine des méthodes d'analyse d'algorithmes et des systèmes dynamiques. Les algorithmes de type Euclide calculent le pgcd de deux nombres; ce sont donc des briques de base du calcul formel, mais leur comportement probabiliste fin reste encore mal connu. Tout récemment, les méthodes dynamiques ont permis des avancées significatives dans ce domaine. Nous étendons cette approche à l'analyse fine d'autres paramètres, comme la complexité binaire et la taille des restes. Ces paramètres s'avèrent essentiels pour l'analyse de l'algorithme de type diviser pour régner introduit par Knuth et Schönhage. Nous utilisons également l'analyse dynamique dans le calcul prouvé de grandeurs spectrales. L'approche dynamique s'adapte aussi à l'algorithme d'Euclide sur les polynômes, même si, dans ce cas, les méthodes de la combinatoire analytique classique s'appliquent déjà. Nous abordons également la fouille de données. Nous nous limitons à des bases de données binaires où la connaissance se représente sous forme de 'motifs fréquents'. Le nombre de ces motifs est un paramètre essentiel pour les algorithmes. D'après les expérimentations, il varie considérablement selon les paramètres de la base, et l'analyse dans le pire des cas n'est donc pas significative en pratique. Dans cette thèse, nous élucidons le comportement moyen du nombre de motifs fréquents dans un modèle très général, où les bases sont contruites à partir de sources possiblement corrélées.

Background: In all higher organisms, the nuclear DNA is condensed into nucleosomes that consist of DNA wrapped around a core of highly conserved histone proteins. DNA bound to histones and other structural proteins form the chromatin. Generally, only few regions of DNA are accessible and most of the time RNA polymerase and other DNA binding proteins have to overcome this compaction to initiate transcription. Several proteins are involved in making the chromatin more compact or open. Such chromatin-modifying proteins make distinct post-translational modifications of histones – especially in the histone tails – to alter their affinity to DNA. Aim: The main aim of my thesis work is to study the targeting of chromatin modifiers important for correct gene expression in Drosophila melanogaster (fruit flies). Primary DNA sequences, chromatin associated proteins, transcription, and non-coding RNAs are all likely to be involved in targeting mechanisms. This thesis work involves the development of new computational methods for identification of DNA motifs and protein factors involved in the targeting of chromatin modifiers. Targeting and functional analysis of two chromatin modifiers, namely male-specific lethal (MSL) complex and CREB-binding protein (CBP) are specifically studied. The MSL complex is a protein complex that mediates dosage compensation in flies. CBP protein is known as a transcriptional co-regulator in metazoans and it has histone acetyl transferase activity and CBP has been used to predict novel enhancers. Results: My studies of the binding sites of MSL complex shows that promoters and coding sequences of MSL-bound genes on the X-chromosome of Drosophila melanogaster can influence the spreading of the complex along the X-chromosome. Analysis of MSL binding sites when two non-coding roX RNAs are mutated shows that MSL-complex recruitment to high-affinity sites on the Xchromosome is independent of roX, and the role of roX RNAs is to prevent binding to repeats in autosomal sites. Functional analysis of MSL-bound genes using their dosage compensation status shows that the function of the MSL complex is to enhance the expression of short housekeeping genes, but MSL-independent mechanisms exist to achieve complete dosage compensation. Studies of the binding sites of the CBP protein show that, in early embryos, Dorsal in cooperation with GAGA factor (GAF) and factors like Medea and Dichaete target CBP to its binding sites. In the S2 cell line, GAF is identified as the targeting factor of CBP at promoters and enhancers, and GAF and CBP together are found to induce high levels of polymerase II pausing at promoters. In another study using integrated data analysis, CBP binding sites could be classified into polycomb protein binding sites, repressed enhancers, insulator protein-bound regions, active promoters, and active enhancers, and this suggested different potential roles for CBP. A new approach was also developed to eliminate technical bias in skewed experiments. Our study shows that in the case of skewed datasets it is always better to identify non-altered variables and to normalize the data using only such variables.

La substitution apparaît, en droit administratif français, comme une notion autonome dont l'existence fait débat. Emergeant au terme d'une démarche pointilleuse, la substitution peut être identifiée au moyen de deux critères, la carence et la volonté. Ce préalable indispensable permet de déterminer la teneur de la substitution et implique, subséquemment, de rejeter une acception étirée de la notion pour s'ouvrir à une signification resserrée mais non moins riche. Incontestablement, la recherche atteste de la diversité, non-dirimante, de l'objet d'étude. Transcendant l'observation dérangeante de cette complexité, la substitution révèle une convergence fonctionnelle déterminante. Pourtant, l'hétérogénéité apparente de l'objet d'étude conduit au constat selon lequel cette convergence est intrinsèquement dissimulée. En tout état de cause, une analyse renouvelée aboutit à la révélation progressive de cette cohérence. Si la réflexion historique permet d'expliquer et de dépasser la méfiance nourrie à l'égard de la substitution, cette étape n'est qu'une esquisse, la systématisation trouvant sa confirmation dans une justification finaliste. / In french administrative law, substitution appears as an independent notion which has been debated for a long time. Rising from a pernickety approach, substitution may be identified by two criteria : deficiency and will. This mandatory preamble helps define substitution's content and implies to reject a spread conception of the notion in order to result in a tighten and substantial meaning. Research reveals indisputable duality within the subject's study. Piercing through its disturbing complexity, substitution shows a decisive functional abundance. The visible subject's diversity however leads to point that its abundance is inherently hidden. However, a renewed analysis leads to progressively reveal this unity. Although historical reflexion explains and surpasses distrust in substitution, this step is a sketch, the general analysis is confirmed by a final proof.

Les réseaux de contrôle de l'expression génique sont, pour une large part, à la base des processus cellulaires physiologiques ou pathologiques. Ces contrôles dépendent des mécanismes épigénétiques impliquant la dynamique de la chromatine et permettent la transmission de programme spécifiques d'expression génique. Lors du développement des lymphocytes T, l'expression d'une chaîne TCRß à la surface des précurseurs CD4-CD8- (ou DN) induit une signalisation intercellulaire dont les effets multiples, regroupés sous le terme de "sélection beta", se traduisent par une prolifération cellulaire et la différenciation vers un stade de maturation ultérieur, CD4+CD8+ (ou DP). Ces événements s'accompagnent de changements d'expression d'un grand nombre de gènes sous l'effet d'un programme épigénétique spécifique. De nouvelles technologies comme le ChlP-on-Chip ou le ChlPSeq permettent de caractériser les profils cellulaires épigénétiques. Les données ainsi générées nécessitent pour leur analyse des approches informatiques et statistiques. Mon travail de thèse s'est articulé sur 3 axes :1) Elaborer des outils bioinformatiques dans le but d'analyser les profils épigénétiques de régions génomiques suspectées de jouer un rôle dans la différenciation entre les stades DN et DP de la différenciation des cellules T.2) Analyser de manière in silico deux régions phares de la régulation du locus TCRß3) Concevoir une pipeline d'analyse de données issues des technologies de séquençage à haut débit permettant de caractériser les interactions facteur de transcription/ADN / Gene expression regulatory networks make up, for the most part, the basis of physiological cell processes. This regulation depends on epigenetic mechanisms involving chromatin dynamics and allow propagating specific gene expression programs. during T-cell development, the expression of the surface TCRß chain in CD4- CD8- (DN) toggers intracellular signaling cascades. their multiple effects, know as "beta selection", translate as increased cell proliferation and differenciation towards the CD4+ CD8+ stage (DP). These mechanisms are supplemented by changes in expression of several genes under the effect of a specific epigenetic program. New technologies, such a ChlP-chip or ChlP-Seq, allow characterizing epigenetic cell profiles. analysis of data such generated requires computational and statistical approaches. My thesis work focused on 3 goals :1)To develop computational tools to analyse epigenetic profiles of genomic regions that are presumed to play a role in DN-DP T-cell differentiation2) To analyse txo flag regions of TCRß regulation3) To design an analysis pipeline for high-throughput sequencing technologies, in order to allow characterizing transcription factor/DNA interactions

This study is the first comprehensive analysis of the fatal woman motif in the writings and art of Edvard Munch from the early 1890s to 1909. It uses a background of the women in the artist's life as well as the literary and artistic worlds in which Munch participated. Following separate accounts of Munch's relationships with five women, the manner in which the artist characterizes each as a fatal woman in his writings and art is discussed and analyzed. Next, the study describes the fatal woman motif in late nineteenth century art and literature. It begins with a discussion of the origin of the Symbolist and Decadent Movements and an ideological examination of the fatal woman motif as it is manifested in the writing and art of these two groups. In addition, it compares Munch's visual manifestations of the femme fatale with the manner in which the artist's contemporaries depicted her. Finally, this study describes two groups of men with whom Munch was particularly close: the Christiania Bohéme and the Schwarzen Ferkel Circle. An examination of the literary works of these men helps to determine the way in which they affected Munch's pictorial perception of the fatal woman.

The key to an understanding of what Poe attempted to accomplish with his art lies in his depictions of order and disorder in the universe. Poe's explorations of order and disorder revolve around journey and abyss motifs exemplified in his imaginative approaches toward nature, conscience, art, intuition, and apocalypse. These imaginative approaches serve to unify Poe's- work as a whole and emphasize his importance as a questing artist who not only sought to define the shape of reality in terms of stability and chaos but also sought to formulate a final metaphysical ordering of chaos and finitude.