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Efeito dos óleos essenciais de Thymus vulgaris e Cinnamomum zeylanicum e seus componentes majoritários sobre o fungo Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici.LIMA, W. P. 23 February 2018 (has links)
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Previous issue date: 2018-02-23 / O tomate é a hortaliça de maior consumo no mundo, sendo uma cultura
de importância econômica e social. Porém, em seu cultivo, é propício a incidência de diversas doenças, dentre elas pode-se destacar a murcha de Fusarium, causada pelo Fusarium oxysporum f.sp. lycopersici. Sendo assim, objetivou-se com este estudo avaliar a atividade in vitro dos óleos essenciais (OEs) de Thymus vulgaris e Cinnamomun zeylanicum e seus componentes majoritários. A caracterização química dos OEs foi realizada por CG/DIC e CG/EM, tendo identificado o eugenol (77,95%) como componente majoritário do OE canela, o carvacrol (23,93%) e o timol (20,23%) do OE de tomilho. No ensaio foram calculados os valores de CE50 e CE100 do crescimento micelial de cada tratamento, sendo: OE de canela (171,79 e 575,18 ppm); OE de tomilho (106,29 e 341,73 ppm); eugenol (187,46 e 374,93 ppm); timol (88,67 e 193,02 ppm) e carvacrol (52,06 e 170,92 ppm). E, para esporulação, foram calculados os valores de: OE de canela (262,20 e 342,72 ppm); OE de tomilho (67,47 e 255,42 ppm); eugenol (80,94 e 359,55 ppm); timol (97,0 e 194,02 ppm) e carvacrol (44,66 e 113,82 ppm). Com isso, os óleos essenciais e seus componentes majoritários podem ser uma alternativa para o controle do F. oxysporum f.sp. lycopersici.
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Uso de Bacillus spp. para o controle de Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum e Meloidogyne incognita no algodoeiro (Gossypium hirsutum) / Use of Bacillus spp. for the biocontrol of Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum and Meloidogyne incognita in cotton (Gossypium hirsutum)Montalvão, Sandro Coelho Linhares 09 December 2016 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2016. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-08-02T18:17:54Z
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Previous issue date: 2017-10-06 / O algodoeiro é uma das espécies mais cultivadas no mundo. A cotonicultura brasileira tem destaque, ocupando o 5o lugar entre os produtores mundiais e 3o como exportador. Apresenta a maior média de produção por área cultivada (~5t/ha) em sequeiro no mundo. As pragas e doenças podem comprometer a produtividade. Assim, duas doenças merecem destaque, a meloidoginose (Meloidogyne incognita raças 3 e 4) e a murcha de fusário (Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum), pois podem ser destrutívas às plantas, tanto isoladamente como em associação. A dificuldade de se fazer um controle eficiente, é devido à capacidade dos patógenos de parasitarem uma ampla gama de hospedeiros e terem grande persistência no solo, dificultando o controle através de tratos culturais como a rotação de cultura e até mesmo a utilização de tratamentos químicos. A busca por alternativas como o uso de Bacillus sp. no controle de doenças de plantas é justificada. Assim, o objetivo geral desse trabalho foi selecionar e caracterizar estirpes de Bacillus antagonistas a M. incognita e F. oxysporum f. sp. vasinfectum (Fov). Para tanto, foi realizado um ensaio in vitro com 11 estirpes de Bacillus thuringiensis para verificar a atividade tóxica a Caenorhabditis elegans, e posteriormente contra J2 de M. incognita, em laboratório e em casa de vegetação. Também foram testados quatro produtos biológicos (Onix, Rizos, NemaControl e Nemix) e carbofuran – (Furadan 350 SC) para o controle de M. incognita em casa vegetação. Para isso, foi instalado um ensaio em delineamento inteiramente casualizado com seis repetições por tratamento e uma planta por vaso. Foram inoculados os ovos e eventuais J2 do nematoide, 20 dias após a emergência das plantas e as seguintes variáveis foram avaliadas: altura (cm), peso fresco da parte aérea (g), peso seco da parte aérea (g), peso fresco de raiz (g), peso seco de raiz (g) e fator de reprodução (FR). Para a histopatologia, foi selecionado o produto Onix (Bacillus methylotrophicus) inoculado em sementes de algodão. Vinte dias após a emergência das plântulas foi inoculada uma suspensão de J2 de M. incognita. As avaliações foram realizadas entre 2 e 45 dias após a inoculação, com o cálculo de fator de reprodução, acompanhamento da penetração de J2 durante os 12 primeiros dias após a inoculação dos nematoides e cortes histopatológicos da raiz para acompanhar o desenvolvimento do parasita. Para a realização dos ensaios de seleção de Bacillus contra Fov, foi realizada uma seleção prévia do meio de cultura, onde diferentes concentrações de meio EMBRAPA e meio BDA foram avaliadas. Nos testes de antagonismo, foi proposta uma escala de notas para facilitar as avaliações, onde com os testes e o auxilio da escala foram avaliados 178 isolados de Bacillus e selecionadas 13 estirpes para os ensaios de metabólitos solúveis em água e metabólitos voláteis. Por fim, foi realizado um teste em casa de vegetação para avaliar a eficiência dos isolados selecionados in vitro, onde as sementes de algodão foram sanitizadas, microbiolizadas com micélio e esporo de Fov colocadas em bandejas com substrato, inoculadas com os tratamentos e conduzidas em casa de vegetação por 25 d. Quatro estirpes de B. thuringiensis tóxicas a C. elegans também apresentaram atividade de controle in vivo sobre M. incognita; o produto Onix reduziu aproximadamente 50% o FR de M. incognita; para os testes de antagonismo contra Fov, as estirpes de Bacillus, GF267, S1301, S1823, S1967, S2535 e S2536 foram selecionadas. / Cotton crop is one of the most cultivated arround the world. The brazilian cotton production has grown, occupying 5th place among the world's producers and 3rd as exporter. Brazil presents the highest average production per cultivated area (~5t/ha) in non-irrigated land in the world. Pests and diseases can compromise the productivity. Thus, two diseases highlight: root-knot nematode (Meloidogyne incognita races 3 e 4) and Fusarium-wilt (Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum). These pathogens can be destructive to the plant, both singly as in association. The difficulty of making an efficient control, is due to the ability of the pathogens to infect a wide range of hosts and to have great persistence in soil, making difficult to control through cultural practices as the crop rotation and even the use of chemical treatments. The search for alternatives such as the use of Bacillus sp. in the control of plant diseases is justified. Thus, the overall objective of this work was to select and characterize strains of Bacillus antagonists to M. incognita and F. oxysporum f. sp. vasinfectum (Fov). For that, initialy an in vitro trial was conducted with 11 strains of Bacillus thuringiensis to evaluate their toxic activity to Caenorhabditis elegans, and later against J2 juvenilles of M. incognita, in laboratory conditions and under greenhouse. Were also tested four commercial products (Onix, Rizos, NemaControl and Nemix) and carbofuran – (Furadan 350 SC) for the control of M. incognita under greenhouse. This test was conducted in a completly randomized design with six replications per treatment and one plant per pot. Nematode eggs were inoculated, 20 d after emergence of plants and the following plant variables were evaluated: height (cm), shoot fresh weight (g), shoot dry weight (g), fresh root weight (g), root dry weight (g), the reproduction factor (RF). For the histopathological study was selected the product Onix (Bacillus methylotrophicus) inoculated in cotton seeds. Twenty days after cotton seed germination a suspension juvenilles of M. incognita was inoculated. The evaluations was carried out from 2 to 45 d after inoculation. The reproduction fator and penetration of J2 were evaluated and observed by histopathology tissue cuts. For the tests of selection of Bacillus against Fov, a prior selection of culture media was done, where different concentrations of culture medium EMBRAPA and BDA were evaluated. In tests of antagonism 178 isolates of Bacillus have been tested and 13 strains were selected for water-soluble metabolites and volatile metabolites. Finally, a greenhouse test was conducted to evaluate the efficiency of in vitro selected isolates, where the cotton seeds were inoculated with Fov and antagonists, and, cultivated under greenhouse for 25 d. Four strains of B. thuringiensis toxic to C. elegans also in vivo controled M. incognita; the product ‘Onix’ reduced around 50% of RF for M. incognita; in tests of antagonism against Fov, the strains of Bacillus, GF267, S1301, S1823, S1967, S2535 e S2536 were selected.
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Análise genética da resistência a Fusarium oxysporum f. sp. lactucae raça 1 em alface : aplicação de marcadores do tipo RGA e de SNPs derivados de genotyping-by-sequencing / Genetic analysis and mapping of resistance to fusarium oxysporum f. sp. lactucae race 1 in lettuce : employment of the RGA marker system and SNPs derived from genotyping-by-sequencing strategyCabral, Cléia Santos 19 October 2016 (has links)
Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2016. / Submitted by Camila Duarte (camiladias@bce.unb.br) on 2017-01-30T13:32:48Z
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2016_CléiaSantosCabral.pdf: 2724884 bytes, checksum: 13ed53ddad55c8137a1e96b9bd0b4b3e (MD5) / A alface (Lactuca sativa L.) é uma das hortaliças mais importantes no Brasil e no mundo. A murcha de fusário (causada por distintas raças do fungo Fusarium oxysporum f. sp. lactucae – FOLAC) é uma das principais doenças de da alface em regiões tropicais e subtropicais. Devido à dificuldade de implementação de estratégias eficazes de controle químico e cultural, o uso de cultivares com resistência genética é o método mais prático de manejo da doença. Fontes estáveis de resistência à raça FOLAC 1 foram encontradas, mas a base genética dessa característica ainda se encontra mal caracterizada. A integração da seleção assistida por marcadores (SAM) em programas de melhoramento convencional irá acelerar o desenvolvimento e lançamento de cultivares de alface com resistência genética a esse patógeno. O presente estudo teve como objetivos: elucidar os fatores genéticos associados à resistência a murcha de fusário (Capítulo 2) e idenficar marcadores moleculares potencialmente ligados aos fatores de resistência a isolados de FOLAC raça 1 identificados na cultivar ‘Vanda’ (Capítulo 3). O estudo da herança genética da resistência a FOLAC raça 1 foi conduzido com populações segregantes (F2 e F3) obtidas do cruzamento entre um parental suscetível ‘Gizele’ e ‘Vanda’. Populações foram inoculadas com uma suspensão de esporos do patógeno (3 x 106 microconídios/mL) por meio de corte e imersão de raízes e avaliadas quanto à resistência por meio de escala de notas. O DNA genômico das plantas resistentes e suscetíveis foi extraído e usado como molde em diferentes sistemas de marcadores (RAPD, SCAR, DR analogs, SRR e CAPS), visando identificar polimorfismos ligados a essa característica. Com relação à resistência a FOLAC raça 1, os estudos indicaram um controle genético relativamente simples na cultivar ‘Vanda’, com os resultados de segregação indicando um locus monogênico com uma provável combinação de efeitos de dosagem e penetrância incompleta. No entanto, os diferentes sistemas de marcadores moleculares utilizados nessa primeira etapa do trabalho não permitiram encontrar polimorfismos com estreita ligação com o(s) fator(es) de resistência. Desta forma, uma nova etapa do trabalho foi conduzida visando identificar por meio do método genotyping-by-sequencing (GBS) marcadores moleculares ligados a resistência (Capítulo 4). O GBS foi explorado na identificação de SNPs (single nucleotide polymorphisms) empregando DNA extraído dos dois parentais e de um conjunto de 82 indivíduos da população F2 derivados do cruzamento entre ‘Vanda’ x ‘Gizele’. Cada indivíduo foi genotipado utilizando o Illumina Hiseq 3000, que produziu 4,5 milhões de reads por amostra. Um total de 10.017 SNPs foi identificado entre os parentais. Estes SNPs foram avaliados para ligação com o fenótipo de resistência nos 82 indivíduos F2. Os dados genotípicos foram condensados em 1.484 scaffolds ou supercontigs. Um subconjunto de 417 scaffolds contendo polimorfismos foi selecionado para a construção de um mapa de ligação após filtragem baseada em missing data (< 20%), teste de qui-quadrado (3:1 p>0,05) e número de SNPs por scaffold. O mapa foi composto por 17 grupos de ligação, com um comprimento total de 1.132,984 cM. A análise de QTL (quantitative trait loci) para resistência a FOLAC raça 1 foi realizada no mapa de ligação com os conjuntos de dados de severidade da doença obtido nas populações F2 e F3. Dois QTLs de efeito maior foram identificados no cromossomo 9, explicando 30 a 40% da variação fenotípica observada na população F3 e F2, respectivamente. Um QTL de efeito menor foi detectado no cromossomo 4, explicando 0,06% da variação fenotípica na população F3. Desta forma, o presente estudo estabelece a porção mediana do cromossomo 9 como sendo a localização física do principal locus de resistência para FOLAC raça 1 presente na cultivar ‘Vanda’. Portanto, os marcadores moleculares localizados na proximidade desta região genômica são candidatos para o desenvolvimento de ferramentas de SAM em programas de melhoramento genético visando incorporar essa característica em linhagens elite de alface. / Lettuce (Lactuca sativa L.) is one of the most important leafy vegetable crops in Brazil and worldwide. Fusarium wilt (caused by distinct races of the fungus Fusarium oxysporum f. sp. lactucae – FOLAC) is one of the main soil-borne diseases of lettuce in tropical and subtropical regions. Due to the complexity of implementing effective cultural and chemical control, the most practical disease management strategy has been the use of cultivars with genetic resistance. Stable sources of resistance to FOLAC race 1 have been found, but the genetic basis of this trait is yet poorly characterized. The integration of marker assisted selection (MAS) in conventional breeding programs would be an important contribution to accelerate the development and release of lettuce cultivars with genetic resistance to this pathogen. In this context, the present study aimed to elucidate the inheritance of resistance to FOLAC race 1 detected in the cultivar Vanda (Chapter II) and to search for molecular markers linked to FOLAC race 1 resistance factor(s) (Chapter III). Inheritance studies were carried out using segregating populations (F2 and F3 families) derived from the cross between a susceptible cultivar (Gizele) and a FOLAC race 1 resistant cultivar (Vanda). The parental lines and the segregating populations were inoculated via root dipping technique with a conidial suspension adjusted to 3 x 106 microconidia/mL. Reaction to one FOLAC race 1 isolate was evaluated using a disease rating scale ranging from 1 (= no symptoms) to 5 (= dead plant). The studies indicated a simple genetic control of FOLAC race resistance in cultivar Vanda, with segregation results indicating a single gene locus with a likely combination of dosage effects and incomplete penetrance. Genomic DNA of resistant and susceptible plants was extracted and used as a template in PCR assays with different marker systems (RAPD, SCAR, DR Analogs, SSRs and CAPS) aiming to identify polymorphisms linked to the resistant reaction. However, none of the evaluated molecular techniques were able to identify markers in close linkage with the resistance factor(s). Therefore, a new phase of the present study was conducted with the objective of searching for markers linked to resistance through the employment of the genotyping-by-sequencing (GBS) strategy (Chapter IV). The GBS strategy was employed using DNA extracted from the parental lines and 82 phenotyped F2 individuals derived from the same cross between Gizele x Vanda. Each individual was genotyped using the Illumina Hiseq 3000. A total of 4.5 million reads was obtained per sample with 10,017 SNPs being identified among the parental lines as well as among the 82 F2 individuals. Genotypic data were condensed into 1484 scaffolds. Four hundred seventeen (417) scaffolds containing polymorphisms were selected for the construction of the linkage map after filtering based on missing data (< 20%), chi-square test (3: 1 p> 0.05) and number of SNPs per scaffold. The final map consisted of 17 linking groups with a total length of 1,132.984 cM. The QTL analysis for resistance to FOLAC race 1 was performed on the linkage map based upon the disease severity datasets of F2 population and F3 families. Two major effect QTLs were identified on chromosome 9, explaining 30 to 40% of the phenotypic variation observed in the population F3 and F2, respectively. One QTL of minor effect was also identified on chromosome 4, explaining 0.06% of the phenotypic variation in the F3 population. This study establishes the central region of chromosome 9 as the physical location of a major resistance locus to FOLAC race 1 found
in Vanda. Molecular markers in close proximity to this genomic region are candidates for the development of MAS tools for breeding programs aiming to incorporate this trait into elite lettuce lines.
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Seleção de famílias de feijão carioca visando extração de linhagens por modelos mistos / “Carioca” bean families selection aiming lineages extraction using mixed modelsNunes, Kharenn Vailant 18 December 2017 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-09-03T13:56:52Z
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Previous issue date: 2017-12-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O feijoeiro-comum é suscetível à várias doenças, dentre elas a murcha-de-Fusarium. A murcha-de-Fusarium é uma doença muito presente nas áreas de plantio de feijão e pode levar a perdas de até 100%. Além da resistência a doenças, o objetivo do melhoramento do feijoeiro é a obtenção de linhagens que sejam produtivas, com arquitetura de plantas ereta e grãos comercialmente aceitáveis. Assim, o objetivo deste trabalho foi a seleção de famílias endogâmicas de feijoeiro, visando a extração de linhagens superiores quanto à resistência a murcha-de-Fusarium, arquitetura de plantas, aspecto comercial de grãos e produtividade. As famílias avaliadas foram provenientes de duas populações selecionadas a partir de um conjunto de híbridos oriundos de um cruzamento dialélico. As populações oriundas dos cruzamentos CVIII 8511 x VC 25 (população 1) e Pérola x VC 25 (população 2) foram as que se mostraram promissoras quanto a produtividade de grãos e resistência à murcha-de-Fusarium. Noventa famílias oriundas da população 1 e 34 famílias oriundas da população 2 juntamente com 7 testemunhas (genitores e variedades comerciais) foram avaliadas por três gerações/safras (F 2:3 , F 2:4 e F 2:5 ) em experimentos de campo. As características avaliadas foram dias da emergência ao florescimento (DEF), arquitetura de plantas (ARQ), produtividade de grãos (PROD), aspecto comercial de grãos (GRÃO), severidade de murcha-de-Fusarium (FUS), crestamento bacteriano (CREST) e mofo-branco (MOFO). Os dados obtidos foram analisados utilizando-se metodologia de modelos mistos. Observou-se significância para o efeito de famílias sobre a maioria dos caracteres, com exceção de DEF, ARQ (F 2:5 ) e PROD (F 2:5 ), o que indica variabilidade genética entre as famílias avaliadas. Por meio do índice de seleção FAI-BLUP ranqueou-se as 124 famílias com o intuito de selecionar as 20 melhores que sofrerão extração de linhagens. A partir das 20 famílias selecionadas foram estimados, para todos os caracteres significativos, ganhos de seleção direta (- 5.73% a -27.36%) e simultânea pelo FAI-BLUP (-0.15% a -9.34%). As 124 famílias foram agrupadas pelo método de Tocher em 3 grupos de diversidade e um destes grupos foi dividido em 30 subgrupos pelo mesmo método. As 20 famílias selecionadas pelo índice foram alocadas em 11 subgrupos de dissimilaridade genética, o que mostra que o índice considera, em parte, a diversidade genética na seleção. As 20 melhores e as 20 piores famílias também apresentaram diversidade genética pelo gráfico biplot. Assim, conclui-se que as populações oriundas dos cruzamentos CVIII 8511 x VC 25 e Pérola x VC 25 apresentam potencial para a extração de linhagens superiores considerando as características resistência a murcha-de-Fusarium, arquitetura de plantas, produtividade de grãos e aspecto comercial de grãos. / Common bean is susceptible to several diseases, among them Fusarium wilt. Fusarium wilt is a very common disease in the areas of bean planting and can lead to losses of up to 100%. In addition to resistance, bean breeding seeks for lineages that are productive, with erect plant architecture and commercially acceptable grains. Thus, the objective of this work was the identification of inbred families of common bean, aiming the extraction of superior inbred lines considering resistance to Fusarium wilt, plant architecture, grain commercial aspect and grain yield. The families evaluated were obtained from two populations selected from a set of hybrids originated from a diallel cross. The populations obtained from the crosses CVIII 8511 x VC 25 (population 1) and Pérola x VC 25 (population 2) were the ones that showed potential regarding grain yield and resistance to Fusarium wilt. Ninety population 1 inbred families and 34 population 2 inbred families along with 7 controls (breeders and commercial varieties) were evaluated in three field harvests / generations (F 2:3 , F 2:4 and F2 :5 ). The evaluated characteristics were days of emergence to flowering (DEF), plant architecture (ARQ), grain yield (PROD), commercial aspect of grain (GRÃO), and severity of Fusarium wilt (FUS), bacterial blight (CREST) and white-mold (MOFO). The data obtained were analyzed using a mixed model methodology. Significance was observed for the effect of families on most of the characters except for DEF, ARQ (F 2:5 ) and PROD (F 2:5 ). This indicates genetic variability among the evaluated families. Using the FAI-BLUP selection index, the 124 families were ranked in order to select the 20 best that will undergo inbred line extraction. From the 20 families selected, considering all the significant characters, direct selection gains (-5.73% to -27.36%) and simultaneous FAI- BLUP gains (-0.15% to -9.34%) were estimated. The 124 families were grouped by the Tocher method into 3 diversity groups and one of these groups was divided into 30 subgroups by the same method. The 20 families selected by the index were allocated in 11 subgroups of genetic dissimilarity, which shows that the index considers the genetic diversity in the selection. The 20 best and the 20 worst families also presented genetic diversity by the biplot graph. Therefore, it is concluded that the populations obtained from the crossings CVIII 8511 x VC 25 and Pérola x VC 25 shows potential for the extraction of superior inbred lines considering resistance to Fusarium wilt, plant architecture, grain commercial aspect and grain yield.
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Análise de ligação de genes de resistência de Brassica oleracea a Xanthomonas campestris pv. campestris e Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans / Linkage analysis of resistance genes of Brassica oleracea to Xanthomonas campestris pv. campestris and Fusarium oxysporumf. sp. conglutinansMalvas, Celia Correia 30 October 1998 (has links)
Marcadores moleculares RAPDs, previamente localizados no mapa genético de Brassica oleracea, foram utilizados para localizar genes de resistência a Xanthomonas campestris pv. Campestres, agente causal da podridão negra das crucíferas, e raça 2 de Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans, agente causal da murcha de fusarium. Os marcadores utilizados para identificar genes de resistência a X. campestris pv. Campestres também foram utilizados para detectar regiões genômicas que controlam as características morfológicas cor de pétalas e tempo de florescimento. A ligação entre estas características e resistência também foi estudada. Para avaliação da resistência a X. campestris pv. Campestres e características morfológicas, foram utilizadas 500 plântulas F2 oriundas do cruzamento entre a linhagem resistente Badger Inbred-16 e a linhagem suscetível "fast cycling" LC201. Para avaliação da resistência a Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans raça 2, foram utilizadas progênies F3 derivadas do cruzamento entre a linhagem resistente OSU Cr-7 e LC201. A resistência a X. campestris pv. Campestres foi avaliada por inoculação de folhas quaternárias e avaliação da área foliar lesionada plotada em uma curva de distribuição. Foram selecionadas 56 plantas de cada extremo da curva de distribuição fenotípica, as quais foram avaliadas para as características morfológicas. Para avaliação da resistência a Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans, procedeu-se a inoculação de raízes de plântulas e classificação das mesmas quanto à resistência de acordo com a presença ou não de sintomas. As análises estatísticas empregadas para detectar associações entre as características avaliadas e genótipos nos locos marcadores foram feitas pelo teste U de Mann Whitney para X. campestris pv. Campestres e análises de variância para Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans. Nas análises para X. campestris pv. Campestres, foram encontradas associações entre seis locos marcadores e QRLs e entre dois marcadores e as características tempo de florescimento e cor de pétalas. Também foi detectada ligação entre a característica cor de pétalas e resistência. Um teste de correlação, utilizado para verificar a ligação detectando QRLs distintos. Não foi encontrada nenhuma associação entre genes de resistência à raça 2 de Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans e marcadores e o gene de resistência à raça 1 / RAPDs molecular markers previously located in the genetic map of Brassica oleracea were used to localize resistance genes to Xanthomonas campestris pv. campestris, causal agent of crucifer black rot, and to race 2 of Fusarium oxysporum f. sp. conglutinans, agent of fusarium wilt. The markers used to identify resistance genes to X. campestris pv. campestris were also used to detect genomic regions that control the morphological traits petal color and flowering time. The Iinkage between these traits and resistance was also studied. For evaluation of resistance to X. campestris pv. campestris and morphological traits, 500 F2 seedlings originated from crosses between the resistante line Badger Inbred-16 and susceptible line fast cycling LC201 were used. For evaluation of resistance to race 2 of F. oxysporum f. sp. conglutinans, 3 progenies derived from a cross between the resistance line OSU Cr-7 and LC201 were used. Resistance to X. campestris pv. campestris was evaluated by inoculation of quaternary expanded leaves and assessment of lesion area plotted in a distribution curve. Then 56 plants were selected from each extreme of the phenotypic distribution curve, which were evaluated for morphological traits. For resistance evaluation to race 2 of F. oxysporum f. sp. conglutinans, seedling roots were inoculated and they were classified in resistante or susceptible by presence or absence of disease symptons, repectively. The statistical analyses used to detect association among traits and genotype in the locus marker were performed by the Mann Whitney U test for X. campestris pv. campestris and by analysis of variance to F. oxysporum f. sp. conglutinans. In the analyses for X. campestris pv. campestris, association were found among six locus markers and QRLs, and among two markers and the traits flowering time and petal color. It was also detected a linkage between the trait petal color and resistance. A correlation test used to verify the linkage among markers, detected two linked marker groups detecting different QRLs. Association were not found among resistance genes to race 2 of F. oxysporum f. sp. conglutinans and markers and resistance gene to race 1
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Rizobactérias e ácido jasmônico no controle de doenças do tomateiro / Rhizobacteria and jasmonic acid in controlling tomato diseasesFerraz, Hélvio Gledson Maciel 27 July 2012 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-20T18:26:23Z
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Previous issue date: 2012-07-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Foram isoladas bactérias da rizosfera de plantas-escape ou apresentando baixa seve- ridade de doenças em cultivo de tomateiro convencional e orgânico, de floresta de eucalipto e de floresta nativa. Utilizando metodologias para o isolamento de actino- micetos e de rizobactérias totais e endosporogênicas foram obtidos um total de 635 isolados bacterianos, sendo 590 obtidos no presente trabalho e 45 selecionados em outros trabalhos. Sementes de tomate foram microbiolizadas com suspensão bacte- riana de cada um dos isolados. Vinte e nove isolados (4,56%) foram capazes de reduzir as doenças do tomateiro causadas por Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (Fol) e Xanthomonas gardneri (Xg) em 50% ou mais e em 60% ou mais, respectiva- mente em substrato esterilizado. No ensaio realizado em substrato não esterilizado, as plantas tratadas com os antagonistas foram novamente desafiadas contra Xg e Fol e também foi testado se os isolados seriam eficientes no biocontrole do fungo Alternaria solani (As). No ensaio realizado em solo não esterilizado, os antagonista foram dispensados no tomateiro por microbiolização de sementes e encharcamento de solo cinco dias antes da inoculação com o patógeno desafiante. Alguns isolados não foram eficientes em promover o biocontrole da mancha-bacteriana e da murcha- de-fusário em solo não esterilizado. Quinze dos isolados selecionados contra Xg e Fol também foram eficientes no biocontrole da pinta-preta. Todos os 29 isolados foram capazes de colonizarar o sistema radicular das plântulas de tomateiro. Os três isolados que mais reduziram as severidades de Fol, Xg e As, em percentagem média, foram os isolados UFV252 (não identificado), UFV618 (Streptomyces setonii) e UFV592 (Bacillus cereus) em 47,91, 46,32 e 42,02%, respectivamente. Esses três isolados e o ácido jasmônico (AJ) foram testados contra Xg, Fol e As e na atividade de enzimas de defesa: β-1,3-glucanases (GLU), quitinases (QUI), peroxidases (POX), polifenoloxidases (PFO), lipoxigenases (LOX) e fenilalanina amônia-liases (FAL), além da concentração de aldeído malônico (MDA). Os isolados foram aplicados nas plantas por microbiolização de sementes e também por encharcamento de solo cinco dias antes da inoculação dos patógenos desafiantes e o AJ foi pulverizado nas plantas 48 horas antes da inoculação. Mesmo nas plantas não inoculadas, os tratamentos tiveram maior atividade de algumas enzimas em relação ao tratamento-controle não inoculado. Esses resultados sugerem que as rizobactérias podem estar induzindo resistência sistêmica no tomateiro, uma vez que mesmo na ausência do patógeno ocorreu aumento na atividade enzimática. No patossistema tomateiro-Xg as maiores atividades das enzimas de defesa nas plantas inoculadas com Xg em comparação ao controle que resultaram em menor severidade da mancha-bacteriana foram: QUI e LOX, para o tratamento UFV618; PPO, QUI e LOX, para os tratamentos UFV592 e UFV252; e GLU, QUI, POX, PPO e FAL, para o tratamento AJ. Para o patossistema tomateiro-Fol, as maiores atividades das enzimas de defesa nas plantas inoculadas com Fol em comparação ao controle, que resultaram em menor severidade da murcha-de-fusário foram as enzimas QUI e LOX, para os tratamentos UFV618; e UFV592, para o tratamento AJ. Além dessas enzimas houve aumento na atividade da POX e PAL. No tratamento UFV252 houve aumento na atividade das enzimas PFO, FAL e QUI. Já no patossistema tomateiro-As foi observado que não houve aumento da atividade de nenhuma enzima para o tratamento UFV618, entre as plantas inocu- ladas com As e o tratamento-controle; também não ocorreu redução da severidade da pinta-preta. Entretanto, no tratamento UFV592 houve aumento na atividade das enzi- mas QUI e FAL e no tratamento UFV252 ocorreu aumento na atividade da PFO e FAL. Além da PFO, QUI e FAL houve aumento na atividade LOX no tratamento AJ. A maior atividade dessas enzimas parece ter contribuído para a redução da severi- dade da pinta-preta pelos tratamentos UFV592, UFV252 e AJ. Em todos os patossis- temas em pelo menos uma época de coleta a concentração de MDA foi maior no tratamento-controle, inoculado em comparação com os tratamentos UFV618, UFV592, UFV252 e AJ, indicando maior dano nas membranas no tratamento- controle, o que corrobora com os maiores valores de severidade observados nesse tratamento. / Bacteria were isolated from the rhizosphere of plants escape or showing low disease severity in tomato cultivation of conventional and organic eucalyptus forest and native forest. Using methodologies for isolating actinomycetes, rhizobacterias, and endosporogenic bacterias. This gave a total of 635 bacterial isolates, 590 isolates were obtained in this study and 45 isolates were selected for further work. Tomato seeds were microbiolized with bacterial suspension of each isolate. Twenty-nine isolates (4.56%), were able to reduce the tomato diseases caused by Fusarium oxysporum f. sp. lycopersici (Fol) and Xanthomonas gardneri (Xg) in 50% or more and 60% or more, respectively, in sterile substrates. In the assay accomplished in substrate unsterile, plants treated with the antagonists were again challenged against Xg and Fol and also tested whether these isolates would be effective in the biocontrol fungus Alternaria solani (As). In the test carried out in non-sterile soil, the antagonist were dispensed by microbiolization in tomato seeds and soil drenching, five days before inoculation with the pathogen challenging. Some isolates were effective in promoting the biocontrol of bacterial spot and fusarium wilt in unsterilized soil. Fifteen of selected isolates against Xg and Fol were also effective in biocontrol of early blight. All 29 isolates were able to colonizarar the root system of tomato seedlings. The three isolates that most reduced the severities of Fol, Xg, and As, average percentage, the isolates were UFV252 (unidentified), UFV618 (Streptomyces setonii) e UFV592 (Bacillus cereus) at 47.91, 46.32, and 42.02%, respectively. These three isolates and jasmonic acid (JA) were tested agains Xg, Fol, and As and activity of defense enzymes: β-1,3-glucanases (GLU), chitinases (CHI), peroxidases (POX), polyphenoloxidases (PPO), lipoxygenases (LOX), and phenylalanine ammonia lyase (PAL), in addition the concentration of malondialdehyde (MDA). The strains were applied in plants by seed microbiolization and also by soil drenching, five days before inoculation of challenging pathogens and the JA was sprayed on plants 48 h before inoculation. Even in non-inoculated plants treatments had higher activity of some enzymes in relation to the control uninoculated. These results suggest that rhizobacteria may be inducing systemic resistance in tomato, since even in the absence of the pathogen caused an increase in enzyme activity. In pathosystem tomato-Xg the highest activities of defense enzymes in plants inoculated with Xg compared to the control that resulted in lower bacterial spot severity were: CHI and LOX for the treatment UFV618; PPO, CHI, and LOX for the treatments UFV592 and UFV252, and GLU, CHI, POX, PPO e PAL for the treatment JA. In pathosystem tomato - Fol the highest activities of defense enzymes in plants inoculated with Fol compared to the control, that resulted in lower fusarium wilt severity were the enzymes CHI and LOX for the treatments UFV618 and UFV592, for the treatment JA beyond these enzymes increased in activity of POX and PAL. In UFV252 treatment increased the activity of enzymes PPO, PAL e CHI. Already in the pathosystem tomato- As was noted that there was no increase in the activity of the enzyme for the UFV618 treatment, between inoculated plants with As and control treatment, there was also no reduction in severity of early blight. However, the UFV592 treatment was no increase in enzyme activity CHI and FAL, and UFV252 treatment occurred increase in PPO activity and FAL. Besides the PPO, CHI, and PAL there was an increase in LOX activity in JA treatment. The increased activity of these enzymes appears to have contributed to reducing the severity of early blight by UFV592, AJ, and UFV252 treatments. In all pathosystems at least one collection time the concentration of MDA in control treatment was higher in comparison to UFV618, UFV592, AJ, and UFV252 inoculated treatments. Indicating greater damage membranes in control treatment which corroborates with the highest severity observed in these treatments. / Tese liberada do sigilo pelo Orientador em 06 de junho de 2017. Documento anexado ao Termo de Autorização.
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Desenvolvimento de métodos moleculares para detecção simultânea de fusarium oxysporum f. sp. phaseoli, fusarium solani e curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens / Development of molecular methods for simultaneous detection of fusarium oxysporum f. sp. phaseoli, fusarium solani e curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciensOliveira, Maythsulene Inácio de Sousa 11 April 2015 (has links)
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Previous issue date: 2015-04-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Common bean (Phaseolus vulgaris L.) is grown in Brazil in three different cropping seasons, and in diverse agroecosystems. In such different environments, the crop is exposed to several constraints responsible for yield losses, such as pathogenic organisms. Among common bean relevant diseases, fusarium wilt (Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli), dry root-rot (Fusarium solani) and Curtobacterium wilt (Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens) have similar symptoms, hindering diagnosis in the field, and whose identification in seed health testing is also limited. In both cases, identification at species level is an important step to manage this root pathogen complex, whose detection can be improved by molecular biology tools. Therefore, this study aimed to: 1) to develop and validate a multiplex PCR (m-PCR) method for simultaneous identification of three common bean pathogens, F. oxysporum f. sp. phaseoli, F. solani and C. flaccumfaciens pv. flaccumfaciens; and 2) develop an isothermal amplification of DNA (LAMP) method to detect of F. oxysporum f. sp. phaseoli on seeds. M-PCR method was developed for identification of isolated colonies, as well as infected seeds. In seeds, total DNA was obtained by alkaline lysis method, which inactivates nucleases during the extraction process. M-PCR allowed the identification of all pathogens, with detection of C. flaccumfaciens pv. flaccumfaciens, F. oxysporum f. sp. phaseoli and F. solani amplicons in agarose gel with respectively 306, 609 and 143 base pairs. Furthermore, m-PCR also reduced costs and time to detect Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli from 10 days to three hours. It was not possible to develop an optimized protocol for detection of F. oxysporum f. sp. phaseoli by the LAMP method, using only the tf1 gene for design of primers, since such primers were functional only for amplifying large amounts of target DNA. Based on the negative results with LAMP, it is suggested that further studies should be performed using other DNA sequences available in GenBank database. / O feijoeiro-comum (Phaseolus vulgaris L.) é cultivado durante todo o ano no território brasileiro, em três épocas distintas e em vários agroecosistemas. Nestes ambientes distintos, a cultura está exposta a diversos fatores que causam perdas de rendimento, como o ataque de patógenos. Dentre as doenças do feijoeiro-comum encontram-se a murcha-de-fusarium (Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli), a podridão-radicular-seca (Fusarium solani) e a murcha-de-curtobacterium (Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens) que apresentam sintomas semelhantes, dificultando seu diagnóstico no campo, e cuja identificação em testes de sanidade de sementes também é limitada. Em ambos os casos, a identificação em nível de espécie é uma importante etapa do manejo deste complexo de patógenos, cuja detecção pode ser aperfeiçoada com a adoção de ferramentas de biologia molecular. Portanto, este estudo teve como objetivos: 1) Desenvolver e validar um método de multiplex PCR (m-PCR) para identificação simultânea de três espécies de patógenos do feijoeiro-comum, F. oxysporum f. sp. phaseoli, F. solani e C. flaccumfaciens pv. flaccumfaciens; e 2) desenvolver a técnica de amplificação isotérmica de DNA (LAMP) para detecção de F. oxysporum f. sp. phaseoli em sementes. O método de m-PCR foi desenvolvido para identificação de colônias isoladas bem como sementes infectadas. Nas sementes, o DNA total foi obtido pela lise alcalina, método que inativa nucleases durante o processo de extração. A m-PCR possibilitou a identificação de todos os patógenos, com detecção de C. flaccumfaciens pv. flaccumfaciens, F. oxysporum f. sp. phaseoli e F. solani em bandas formadas em gel de agarose respectivamente com 306, 609 e 143 pares de base. Além disso, a extração do DNA total das sementes pela lise alcalina em combinação com a m-PCR também possibilitou redução de custos e tempo de realização do diagnóstico de Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli, de 10 dias para três horas. Não foi possível estabelecer um protocolo otimizado para detecção de F. oxysporum f. sp. phaseoli pelo método LAMP, utilizando somente o gene tf1 para desenho dos iniciadores, uma vez que, os iniciadores revelaram-se funcionais apenas para a amplificação com grandes quantidades de DNA alvo. Diante dos resultados obtidos com LAMP, sugere-se que estudos posteriores sejam realizados empregando outras sequências de DNA disponíveis no banco de dados GenBank.
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