Thesis (M.S.)--Brandeis University, 2009. / Title from PDF title page (viewed on May 29, 2009). Includes bibliographical references.

Thesis (M. Phil.)--University of Hong Kong, 2009. / Includes bibliographical references (leaves 118-130) Also available in print.

Thesis (Ph. D.)--University of Texas at Austin, 1998. / Vita. Includes bibliographical references (leaves 157-188). Available also in a digital version from Dissertation Abstracts.

Thesis--Copenhagen University. / Summary in Danish. Bibliography: p. 125-129.

Thesis (Ph. D.)--Ohio State University, 2006. / Title from first page of PDF file. Includes bibliographical references (p. 290-308).

Resumo: Estudo retrospectivo com a finalidade de avaliar o impacto da introdução de um regime alternativo de condicionamento para transplantes de medula óssea alogênicos com doadores aparentados, totalmente compatíveis, portadores de Leucemia Mielóide Crônica, em Fase Crônica. No período de agosto de 1996 a julho de 2008, foram incluídos 158 pacientes, analisados em dois diferentes momentos: o primeiro inclui os pacientes transplantados antes de 2004, quando 72(45%) deles, foram tratados com a combinação Busulfano e Ciclofosfamida (BUCY). Neste período inicial os dados demonstraram melhores resultados nos pacientes abaixo de 30 anos. No segundo período (após 2004) o regime de condicionamento era orientado em função da idade do receptor, condições clínicas, e pelo histórico individual de comorbidades. Com um total de 86 pacientes, transplantados até o final da análise, 44(28%) deles receberam a combinação BUCY e 42(27%) indivíduos foram alocados para o protocolo envolvendo Busulfano e Fludarabina (FLUBU). As informações do grupo transplantado antes de 2004 mostram forte influência da idade do receptor, acima ou abaixo de 30 anos, na Sobrevida Global (p=0, 005), na Sobrevida Livre de Doença (p=0, 001) e na Mortalidade não Relacionada à Recaída (p=0,01). Outra observação nessa população foi a ocorrência da Doença Enxerto contra o Hospedeiro crônica, aos cinco anos, mais freqüentemente observada entre os pacientes que receberam Células Progenitoras Periféricas (92% vs 49% quando foi utilizada a Medula Óssea como fonte, p= 0, 004). Após 2004 os dois grupos de tratamento foram muito heterogêneos em relação a sua composição etária, com idade mediana superior no grupo que recebeu FLUBU (45 (28 a 54) anos vs. 28 (16 a 51) anos ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This is a retrospective study that aims to assess the impact of the introduction of an alternative conditioning regimen in stem celltransplants with allogeneic fully matched related donors, in patients with Chronic Myeloid Leukemia in Chronic Phase. From August 1996 to July 2008 we included 158 patients, tested during two different periods: the first period includes patients transplanted before 2004, when 72 (45%) of them were treated with the combination of Busulfan and Cyclophosphamide (BUCY). These data demonstrated that the outcome was better among patients below the age of 30 years. The second period comprised all patients transplanted after 2004. In this second period the choice of the conditioning regimen was based on recipient age, clinical condition and the individual history of comorbidities . With a total of 86 patients transplanted by the end of the analysis, 44 (28%) of them received the BUCY combination and 42 (27%) patients were allocated to the protocol with Busulfan and Fludarabine (FLUBU). For the group transplanted before 2004 a strong influence of recipient age (above or below 30 years old) on Overall Survival (p = 0.005), Disease-free Survival (p = 0.001) and Mortality Related to Transplantation (p = 0.01) could be demonstrated. Graft Versus Host Disease, at five years, was most frequently observed among patients receiving Peripheral blood Progenitor Cells (92% vs 49%) when compared with the use of Bone Marrow as a stem cell source, p = 0.004). After 2004 the two treatment groups were very heterogeneous in relation to their age structure, with older patients receiving FLUBU (45 (28 to 54) years vs 28 (16 to 51), p < 0.0001). Although we analyzed two distinct age groups , the results were comparable in terms of Overall Survival at 3 years (p = 0.49) in Disease-free Survival at 3 ... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Belinda Simões / Coorientador: Ana Lúcia Coradazzi / Coorientador: Celso Arrais / Banca: Lígia Niero-Melo / Banca: Júlio Cesar Voltarelli / Mestre

Orientadores: Carmino Antonio de Souza, Katia Borgia Barbosa Pagnano / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-14T20:51:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mascarenhas_CintiadoCouto_M.pdf: 7297123 bytes, checksum: a5c6ff86609313924a25638b32816a31 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: O desenvolvimento da Leucemia Mielóide Crônica (LMC) tem como característica a formação do cromossomo Philadelphia que envolve a quebra do gene BCR gerando um rearranjo molecular denominado BCR-ABL, cujo produto final é uma proteína de fusão citoplasmática que determina a patogenia da doença. Esta proteína é uma tirosina quinase (TK) que possui capacidade de auto-ativação e para a inativação desta proteína, foram desenvolvidos os inibidores da tirosina quinase (ITK), que tem a capacidade de se ligar no mesmo sítio de ligação da molécula de ATP. Esta ligação impede a transferência dos grupos fosfatos aos substratos subseqüentes, bloqueando a cascata de transdução de sinais e prevenindo a ativação das vias mitogênica dependente da quinase Bcr-Abl e anti-apoptóticas levando à morte do fenótipo BCR-ABL.Um dos principais mecanismos de resistência ao tratamento com ITK são as mutações pontuais, sendo a T315I foco de estudos mais detalhados por tornar a proteína mutante altamente insensível a todas as drogas inibidoras da proteína TK disponíveis atualmente Foi utilizado neste trabalho a técnica de D-HPLC para fazer screening de mutações nos pacientes com LMC com resposta sub ótima ou falha de tratamento de acordo com os critérios da Leukemia Net. Para o screening do éxon 6 foram selecionados 93 pacientes com LMC: 5 eram intolerantes, 67 resistentes e 21 com resposta subótima. Como controle negativo foi usado o sangue periférico doadores de sangue do Hemocentro da UNICAMP. Para o screening de mutações de todo o gene BCR-ABL foram estudados 37 pacientes com LMC e como controle negativo, usamos a linhagem celular HL60 que não possui a translocação BCR-ABL. No screening do éxon 6, 23 amostras (25%) mostraram um perfil de eluição no D-HPLC anormal em relação ao controle, o que sugeriu a presença de mutação. A sobrevida global (OS) para todo grupo foi de 80% em uma mediana de tempo de observação de 30 meses. OS para pacientes sem mutações foi de 87% e para os pacientes com mutações foi de 56% em uma mediana de tempo de observação 37 e 10 meses, respectivamente (p <0,0001, RR = 68). No screening de todo o gene BCR-ABL 17 (46%) tiveram perfil cromatográfico diferente do controle Como estávamos estabelecendo a padronização do método, procedemos com o seqüenciamento de todas as amostras e os resultados obtidos foram comparados com a seqüência depositada no banco de dados GenBank (U07563). Das 17 amostras com alteração do perfil cromatográfico, observamos a presença de mutação em 13 amostras. Acreditamos que isso se deva a sensibilidade do método de D-HPLC que é capaz de identificar tanto polimorfismos quanto mutações com maior eficiência que o seqüenciamento. Em resumo, o D-HPLC demonstrou ser um método sensível e prático para o acompanhamento do aparecimento de mutações no domínio da quinase na rotina clínica. Mutações nessa região estudada são clinicamente relevantes e podem conferir um pior prognóstico. A detecção precoce pode ser uma ferramenta importante para otimizar a terapêutica na LMC. / Abstract: The development of chronic myeloid leukemia (CML) is the formation of the characteristic Philadelphia chromosome involving breach of the BCR gene generating a molecular rearrangement called BCR-ABL, whose final product is a cytoplasmic fusion protein that determines the pathogenesis of the disease. This is a protein tyrosine kinase (TK) that has self-ativaçãoe to inactivate this protein have developed the inhibitors of tyrosine kinase (ITK), which has ability to connect on the same site of binding of molecule of ATP. This connection prevents the transfer of phosphate groups to substrates subsequent, blocking the cascade of signal transduction and preventing the activation of mitogenic pathways dependent kinase BCR-ABL and anti leading to apoptotic death phenotype of BCR-ABL.One major mechanisms of resistance to treatment with ITK are mutations off, and the T315I focus of more detailed studies by making mutant protein highly insensitive to all drugs Inhibit TK protein currently available was used in this work to D-HPLC technique to screening for mutations in patients with CML with sub-optimal response or failure of treatment according to the criteria Leukemia Net For the screening of exon 6 were selected 93 CML patients: 5 were intolerant, 67 resistant and 21 with answer sub-optimal. The negative control we used the peripheral blood donors Blood from the blood of UNICAMP. For the screening of mutations throughout the BCR-ABL gene were studied 37 patients with CML and control negative, we used the HL60 cell line that does not have the translocation BCR-ABL. In the screening of exon 6, 23 samples (25%) showed a profile of the D-HPLC elution abnormal in the control, which suggested the presence of mutation. The overall survival (OS) for whole group was 80% in a median time of observation of 30 months. OS for patients with mutations was 87% and for patients with mutations was 56% in the median observation time of 37 and 10 months respectively (p <0.0001, RR = 68). In screening the entire gene BCR-ABL 17 (46%) had chromatographic profile different from the control we were setting the standardization of methods, procedures with the sequencing of all samples and the results were compared with the sequence deposited in the GenBank database (U07563). Of the 17 samples with change the chromatographic profile, we observed the presence of mutation in 13 samples. We believe that this is due to sensitivity of the method of D-HPLC is able to identify the mutations both polymorphisms with greater efficiency to the sequencing. In summary, the D-HPLC has proved a sensitive and practical method for monitoring the appearance of mutations in the kinase domain in the clinical routine. Mutations studied in this region are clinically relevant and may confer worse prognosis. Early detection can be a tool important to optimize therapy in CML. / Mestrado / Ciencias Basicas / Mestre em Clinica Medica

O gene humano lysine methyltransferase 2E (KMT2E) pertence ao grupo Trithorax (TrxG) e age como proteína modificadora de histonas envolvida no controle transcricional de genes relacionados a hematopoiese. Foi previamente identificado como supressor tumoral, atuando sobre a diferenciação, proliferação e ciclo celular. DAMM et al. (2011) e LUCENA-ARAÚJO et al. (2014) descreveram a associação entre baixos níveis de expressão do gene KMT2E e desfechos desfavoráveis do tratamento de pacientes com leucemia mielóide aguda (LMA) e leucemia promielocítica aguda (LPA), respectivamente. O objetivo desse trabalho foi estudar os efeitos do aumento da expressão do gene KMT2E na leucemia mielóide aguda (LMA). Foi utilizada a linhagem celular U937, reconhecida como modelo de LMA, e o aumento da expressão do gene de interesse foi obtido por meio da transfecção das células com um vetor lentiviral contendo o cDNA codificante para a isoforma longa do gene (pCDH-MSCV-MCS-EF1-GFP+Puro, aqui chamado pMEG). As partículas lentivirais foram geradas por co-transfecção em células da linhagem HEK 293T, e posteriormente, titulados com a linhagem celular HT 1080. A expressão do gene e a presença da proteína foram confirmadas por qPCR e western blotting, respectivamente. Foram realizados ensaios funcionais de ciclo celular, proliferação, viabilidade, apoptose espontânea e induzida por trióxido de arsênico e luz ultravioleta e diferenciação celular induzida por 12-miristato 13-acetato de forbol (TPA), com as amostras U937 wild type (WT), U937 pMEG (U937 transduzidas com o vetor vazio) e U937 pMEG-KMT2E. Também foram realizadas mensurações da massa tumoral das células inoculadas em camundongos NSG. A expressão relativa do gene KMT2E na célula U937 pMEG-KMT2E foi 1000 vezes mais alta que na célula U937 sem a modificação genética. Os ensaios de diferenciação celular demonstraram que as células U937 pMEG-KMT2E apresentaram maior diferenciação em monócitos/macrófagos que as células controles, quando levada em consideração a marcação para o antígeno CD11c. A expressão induzida de KMT2E em células U937 não alterou a proliferação, viabilidade, ciclo celular, apoptose, ix espontânea ou induzida e o aspecto clonogênico in vitro, porém, foi associado a um maior crescimento tumoral em modelo animal. Nossa hipótese para justificar as diferenças entre os achados in vitro e in vivo é que o aumento da expressão de KMT2E, talvez por meio do aumento de CD11c, facilitou a interação entre as células e o microambiente, estimulando assim o crescimento tumoral in vivo. / The human lysine methyltransferase 2E (KMT2E) gene belongs to the Trithorax (TrxG) group and acts as a histone modifying protein participating in the transcriptional regulation of hematopoiesis-related genes. KMT2E has been previously described as a tumor suppressor, involved in cellular differentiation, proliferation and cell cycle progression. DAMM et al. (2011) and LUCENA-ARAÚJO et al. (2014) described the association between low levels of KMT2E gene expression and poor treatment outcomes in patients with acute myeloid leukemia (AML) and acute promyelocytic leukemia (APL), respectively. The aim of this project was to study the effects of high levels of KMT2E expression in acute myeloid leukemia (AML). For this purpose, the U937 AML cell line was used and an high expression of the gene was obtained by transfecting the cells with a lentiviral vector containing the cDNA encoding the long isoform of the gene (pCDH-MSCV-MCS-EF1- GFP + Pure, here called pMEG). The lentiviral particles were transfected into HEK 293T cells and the viral concentration was determined by titration using HT 1080 cells. The gene expression and the protein presence were confirmed by qPCR and western blotting, respectively. All experiments to determine the biological function of overexpressed KMT2E were conducted with U937 wild type, U937 pMEG (U937 transduced with the empty vector) and U937 pMEG-KMT2E cells. In-vitro the impact of overexpressed KMT2E was studied on cell cycle progression, proliferation and cell viability, spontaneous and induced apoptosis by arsenic trioxide and ultraviolet light and cell differentiation induced by 12-myristate 13-phorbol acetate (TPA). In vivo, the effect of overexpressed KMT2E was detected by comparing the tumor mass growth in NSG mice when inoculating U937 pMEG and pMEG-KMT2E cells in each flank of the same mouse. The relative expression level of the KMT2E gene in pMEG-KMT2E U937 cells was 1000 higher than in the wild type U937 strain. The cell differentiation assay revealed that U937 pMEG-KMT2E cells presented an increased monocyte/macrophage differentiation, when analyzing the CD11c antigen. Induced xi overexpression of KMT2E in U937 cells did not alter cell proliferation, cell viability, cell cycle progression, spontaneous or induced apoptosis or clonogenic appearance in vitro. However, the overexpression of KMT2E resulted in an increased tumor mass formation in vivo. Taking our discrepant in vitro and in vivo results into account, we could hypothesize that the increased expression of KMT2E, possibly caused by the enhanced expression of CD11c, favored the interaction between U937 pMEGKMT2E cells and their microenvironment, thereby stimulating tumor growth in vivo.

Orientadores: Carmino Antonio de Souza, Fernando Ferreira Costa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-23T11:16:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mascarenhas_CintiadoCouto_D.pdf: 4558328 bytes, checksum: f219d85bc4e15d72a39a7d3242be9ffb (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: A elucidação dos mecanismos moleculares envolvidos na fisiopatologia e tratamento das doenças hematológicas, bem como no entendimento do perfil de expressão gênica das linhagens celulares leucêmicas, tem sido objeto de numerosas investigações. Com o uso da técnica SSH (Subtractive Supression Hybridization ou Biblioteca Subtrativa Supressiva) foi possível identificar importantes genes que se encontram diferencialmente expressos em granulócitos de pacientes com Leucemia Mielóide Crônica e indivíduos controle. Foram encontrados 39 genes superexpressos e 173 com expressão diminuída em células de LMC. Ao relacionar esses genes com vias metabólicas que estão reguladas positiva (expressão aumentada) ou negativamente (expressão diminuída) nessa doença, verificou-se que a maioria dos genes estavam relacionados com a regulação de NF-kB, AKT, o Interferon e a IL-4 em células de controle. Entre os genes superexpressos encontrados na LMC, foi observado o SEPT5, RUNX1, MIER1, KPNA6 e FLT3, enquanto PAN3, TOB1 e ITCH estavam com expressão diminuída nessa doença em comparação com indivíduos controle. O TOB1 se mostrou promissor, uma vez que é um gene supressor tumoral, pode estar envolvido na proliferação de células leucêmicas e interage com vários outros genes encontrados neste estudo. Assim, devido à grande heterogeneidade de funções relacionadas com a expressão desse gene, foi investigada a relação entre a expressão de mRNA e as respostas aos ITK's na LMC. A avaliação foi realizada por PCR em tempo real em doentes com CCgR, PCgR, MINCgR e NOCgR após tratamento com TKI's e os resultados foram comparados com a expressão em granulócitos de indivíduos controle, observando que os pacientes NOCgR têm uma expressão de TOB1 significativamente inferior em comparação com doadores saudáveis e pacientes que alcançaram RCgC. Ao comparar pacientes não resistentes e resistentes a diferença foi significativa. Esses resultados sugerem que a expressão diminuída de TOB1 em pacientes NOCgR pode ser indicativo de desregulação da apoptose e de vias de sinalização importantes nessa doença incluindo a via da AKT, conduzindo assim a resistência a ITK's nesses pacientes. Outro objetivo deste trabalho foi caracterizar a função dos genes TOB1 e SEPT5 nos processos celulares e vias de sinalização de apoptose, proliferação, migração e ciclo celular em linhagens celulares leucêmicas. Ao realizar o silenciamento desses genes (utilizando partículas lentivirais) notou-se que o silenciamento de TOB1, como já descrito na literatura em outras doenças, interfere na proliferação celular, clonogenicidade, apoptose, ciclo celular e expressão de proteínas importantes da cascata de sinalização, o que salienta sua importância em células BCR-ABL positivas. Já o gene SEPT5 ao ser silenciado leva a algumas alterações como a apoptose e ciclo celular. Nesse contexto, o silenciamento destes genes chama atenção para as possibilidades de controle da proliferação celular, apoptose, ciclo celular e clonogenicidade em células BCR-ABL positivas. Foi realizada a avaliação da expressão desses genes em células de sangue periférico e medula óssea de pacientes com LMC e indivíduos controles, linhagens celulares de câncer humano e linhagens de murino. Os resultados mostraram um aumento significativo na expressão do gene SEPT5 em todos os tipos celulares analisados em pacientes com LMC. O mesmo padrão foi observado em células de murino que possuem a mutação T315I e em células humanas que possuem a translocação t(9;22) e estão relacionadas com a fase blástica da doença [K562, KU812, NALM]. Quando avaliada a expressão do gene TOB1 nota-se diminuição em todos os tipos celulares analisados em pacientes com LMC e em células BaF3T315I. Também foi observada uma baixa expressão em células com a t(9;22) e estão relacionadas com a fase blástica da doença[K562, KU812, NALM] quando comparadas a expressão em medula óssea controle. Outro resultado interessante foi obtido a partir da análise de adesão celular em granulócitos de pacientes com LMC e controles, evidenciando a diminuição da adesão em granulócitos de pacientes com LMC em relação aos de controles, levando a hipótese de que essa alteração nas propriedades adesivas dos granulócitos em pacientes com LMC pode estar diretamente ligada à liberação de células jovens pela matriz da medula óssea. A criação de estratégias que levam ao melhor entendimento da fisiopatologia da doença e avanço no tratamento da LMC deve ser focada em vários genes alvos e não apenas no BCR-ABL, pois no desenvolvimento da LMC há a ativação e desativação de várias vias de sinalização celular. Os resultados deste estudo podem ajudar na melhor compreensão dessas vias e também para identificar outros genes e vias úteis para a melhora no manejo terapêutico e criação de novas drogas para o tratamento dessa doença / Abstract: The elucidation of the molecular mechanisms involved in the pathophysiology and treatment of blood disorders, as well as the understanding of genes expression profiling of leukemia cell lines has been the focus of numerous investigations. The use of the SSH (Suppression Subtractive Hybridization Library or Suppression Subtractive) technique made available the identification of important genes which are differentially expressed in granulocytes from patients with chronic myeloid leukemia (CML) and healthy controls. 39 genes overexpressed were found, and 173 with decreased expression in CML cells. When correlating these genes with metabolic pathways that are regulated positively (increased expression) or negatively (decreased expression) in this disease, it was found that most of the genes were related to the regulation of NF-kB, AKT, Interferon and IL-4 in control cells. The following genes were found overexpressed in CML: SEPT5, RUNX1, MIER1, KPNA6 and FLT3, while PAN3, TOB1 and ITCH were found with decreased expression in this disease compared with controls. The TOB1 gene showed promising since it is a tumor suppressor, may be involved in the proliferation of leukaemic cells and interacts with several others genes found in this study. Thus, due to the great heterogeneity of functions related to this gene, was investigated the relationship between mRNA expression and TKI's responses. The evaluation was performed by real time PCR in patients with CCgR, PCgR, MINCgR and NOCgR after treatment with TKI and healthy controls. Was observed that patients that have NOCgR, the TOB1 expression is significantly lower compared with healthy donors and patients who achieved CCgR. When comparing non-resistant and resistant patients the difference also was significant. These results suggest that reduced expression of TOB1 in NOCgR patients may indicate apoptosis deregulation and changes in important signaling pathways of CML including the Akt pathway, thereby leading to TKI's resistance of these patients. Another aim of this work was to characterize the function of TOB1 and SEPT5 in cellular processes and signaling pathways of apoptosis, proliferation, migration and cell cycle in leukemic cell lines. After the silencing of these genes (using lentiviral particles), was noted that the silencing TOB1 - as described in the literature for other diseases - interferes in cell proliferation, clonogenicity, apoptosis, cell cycle and in expression of important proteins at signaling cascade, which emphasizes its importance in BCR-ABL positive cells. The SEPT5 silencing leads to some changes such as apoptosis and cell cycle. In this context, the silencing of these genes leads to attention of possibilities of control of cell proliferation, apoptosis, cell cycle and cell clonogenicity in BCR-ABL positive cells. Was assessed the expression of these genes in cells from peripheral blood and bone marrow of CML patients and controls, as well in human and murine cell lines. Results showed a significant increase in SEPT5 gene expression in patients with CML in all cell types evaluated. The same profile was observed in murine cells BAF3T315I and in human cells having the translocation t (9; 22) been related to blast crisis [K562, KU812, NALM]. When measuring expression of TOB1, was noted decrease in all cell types studied in CML patients and cells BaF3T315I. Another interesting result was obtained from the analysis of cell adhesion at granulocytes in CML patients and controls which showed decreased adhesion of granulocytes in CML patients compared to controls, leading to the hypothesis that the change in adhesive properties at CML can be directly linked to the release of young cells by bone marrow. The creation of strategies that lead to better understanding of the pathophysiology of the disease and advance in the treatment of CML should be focused on several target genes and not only in BCR-ABL, since in the development of CML there is an activation and deactivation of multiple signaling pathways . The results of this study may help to better understand these pathways and also to identify other genes and pathways useful for improving the management and development of new therapeutic drugs to treat this disease / Doutorado / Clinica Medica / Doutora em Clínica Médica

Transcription factors (TFs) are key regulators of gene expression whose failure has been implicated in many diseases, including cancer. They bind at various sites at different specificity depending on the prevailing cellular conditions, disease, development stage or environmental conditions of the cell. TF binding specificity is how well a TF distinguishes functional sites from potential non-functional sites to form a useful regulatory network. Owing to its role in diseases, various techniques have been used to determine TF binding specificity in vitro and in vivo, including chromatin immuno-precipitation followed by massively parallel sequencing (ChIP-seq). ChIP-seq is an in vivo technique that considers how the chromatin landscape affects TF binding. Motif enrichment analysis (MEA) tools are used to identify motifs that are over-represented in ChIP-seq peak regions. One such tool, CentriMo, finds over-represented motifs at the center since peak calling software are biased to declaring binding regions centered at the TF binding site. In this study, we investigate the use of CentriMo and other MEA tools to determine the difference in motif enrichment attributed presence of Chronic Myeloid leukemia (CML)), treatment with Interferon (IFN) and Dexamethasone (DEX) compared to control based on Fisher’s exact test; using uniform peaks ChIP-seq data generated by the ENCODE consortium. CentriMo proved to be capable. We observed differential motif enrichment of TFs with tumor promoter activity: YY1, CEBPA, Egr1, Cmyc family, Gata1 and JunD in K562 while Stat1, Irf1, and Runx1 in Gm12878. Enrichment of CTCF in Gm12878 with YY1 as the immuno-precipitated (ChIP-ed) factor and the presence of significant spacing (SpaMo analysis) of CTCF and YY1 in Gm12878 but not in K562 could show that CTCF, as a repressor, helps in maintaining the required YY1 level in a normal cell line. IFN might reduce Cmyc and the Jun family of TFs binding via the repressive action of CTCF and E2f2. We also show that the concentration of DEX treatment affects motif enrichment with 50nm being an optimum concentration for Gr binding by maintaining open chromatin via AP1 TF. This study has demonstrated the usefulness of CentriMo for TF binding specificity analysis.