Les insectes ravageurs du gazon présents sur les terrains de golf du Québec sont la cause de l'application de pesticides de synthèse et entraînent des pertes économiques importantes à l'industrie du golf. Cette étude se divise en deux principaux volets soit 1-) de déterminer la distribution, l'abondance et l'écologie saisonnière des principaux insectes ravageurs du gazon sur les terrains de golf, et 2-) d'évaluer le potentiel de contrôle de nématodes entomopathogènes indigènes sur les terrains de golf du Québec. Le dépistage des insectes ravageurs sur 19 terrains de golf situés dans différentes régions du Québec en 2001, 2002 et 2003 indique que les populations les plus importantes de scarabée noir du gazon (Ataenius spretulus), d'Aphodius {Aphodius granarius) et de charançon du pâturin annuel (Listronotus maculicollis) se retrouvent dans le sud-ouest du Québec. Le ver gris (Agrotis ipsilon) est présent dans l'ensemble de la province alors que la tipule européenne {Tipula paludosa) se situe exclusivement dans la région de Québec. Le scarabée noir du gazon, Aphodius et la tipule européenne complètent une génération par année alors que deux générations sont observées chez le ver gris, une espèce migrante, et le charançon du pâturin annuel, lequel présente une génération à Rimouski. Des générations partielles et sans issues à la fin de la saison ont été observées pour le scarabée noir du gazon et le ver gris. L'échantillonnage de nématodes entomopathogènes réalisé en 2002 et 2003 sur 38 terrains de golf du Québec et de l'Ontario a permis d'isoler trois espèces de nématodes entomopathogènes: Steinernema carpocapsae, une première mention en Ontario, S. feltiae et S. kraussei, deux nouvelles mentions dans l'est du Canada. Steinernema feltiae s'est avéré l'espèce la plus virulente contre les larves de tipule européenne et les souches isolées lors de nos travaux n'ont pas démontré une activité supérieure à la souche commerciale à des températures froides. Afin d'optimiser l'efficacité des traitements, S. feltiae devrait donc être appliqué sur les terrains de golf du Québec lorsque les températures sont supérieures à 10°C.

Les Nématodes Entomopathogènes (NEP) de la famille des Steinernematidae et Heterorhabditidae sont des parasites pour les insectes. Ils hébergent dans leur intestin un symbiote bactérien (genres Xenorhabdus et Photorhabdus) essentiel au succès parasitaire. Les NEP sont présents dans les sols des cinq continents de la planète. Leur diversité génétique et leurs propriétés biologiques constituent une intéressante ressource biologique. Grâce à leur entomotoxicité, les NEP sont de bons outils de lutte biologique en agriculture et en culture ornementale un peu partout dans le monde. La diversité et la biogéographie des NEP dans les cinq continents de la Terre (à l'exception de l'Antarctique) ont été étudiées partout dans le monde mais le Liban est parmi les rares pays du moyen orient où aucune prospection de ces nématodes n'a été réalisée alors que des NEP en Turquie, Syrie, Jordanie, Palestine et Egypte ont déjà été trouvés et caractérisés. L'objet de la thèse est de procéder à une étude biogéographique dans le but de connaître la diversité des NEP au Liban. L'enjeu scientifique est donc de combler un « vide » dans la connaissance de la répartition et de la biodiversité mondiale des NEP. Pour cela, un échantillonnage à l'échelle des étages de végétation est mené au Liban. Des échantillons de sol sont ainsi prélevés, mis en contact avec des larves de Galleria mellonella pour isoler les nématodes entomopathogènes et leurs symbiotes. Les nématodes et leurs symbiotes sont par la suite identifiés morphologiquement et moléculairement. Par la suite, une approche à l'échelle de l'habitat fait l'objet de cette thèse également pour étudier les interactions biotiques et abiotiques influençant la présence des nématodes entomopathogènes dans le sol. Les enjeux technologiques, exposés au second volet de la thèse, sont liés aux propriétés biologiques des nématodes et de leurs symbiotes afin de valoriser leur entomotoxicité en lutte biologique. Dans ce cadre, la sensibilité des Cephalcia tannourinensis, ravageur des cédraies au Liban, par rapport aux nématodes entomopathogènes est exploitée in vitro ; différentes espèces de nématodes entomopathogènes sont testées pour suivre leur cycle à l'intérieur des Cephalcia. / Entomopathogenic nematodes (EPNs) are parasites of soil-dwelling insects that occur in natural and agricultural soils around the world. Thanks to their entomotoxicity, EPNs are good tools for biological control in agriculture almost everywhere in the world. They are ubiquitous, having been isolated from every inhabited continent (except Antartica) from a wide range of ecologically diverse soil habitats including cultivated fields, forests, grasslands, deserts, and even ocean beaches. Biogeographic assessments of EPNs in the Eastern Mediterranean basin have been conducted in several countries such as Turkey, Syria, Jordan, Israel, Palestine and Egypt. Lebanon is among the few countries of the Middle East for which no survey of EPNs has been done. The scientific stake is thus to fill a gap in our knowledge of EPNs distribution in the Mediterranean basin. Survey of EPNs was conducted in this framework to cover the different vegetation levels defined in Lebanon. Soil samples were removed placed in contact with Galleria mellonella to isolate entomopathogenic nematode and their symbiotic bacteria. EPNs and their bacteria were then identified morphologically and molecularly. On the other hand, despite the different national surveys conducted on EPNs distribution around the world, habitat preferences remain inadequately known for entomopathogenic nematodes. Therefore, a comprehensive understanding of their distribution and the various biotic and abiotic factors influencing their presence is also a second object of our work. Beside a technological approach related to the biological properties of the nematodes and their symbiotics: valorisation of the entomotoxicity in biological control will be part of the third shutter of the thesis. In this framework, the sensibility of cedar pests, Cephalcia tannourinensis against entomopathogenic nematodes is exploited in vitro; different EPNs species were tested to study their life cycle inside Cephalcia larvae.

Les sols des régions de montagne sont confrontés à de fortes modifications climatiques et d'usages qui les rendent particulièrement sensibles à trois menaces : l'érosion, la perte de matière organique et de biodiversité. Cette thèse aborde la question de la qualité des sols sous l'angle de processus clés (décomposition et agrégation de la matière organique) au sein de différents compartiments de la partie superficielle du sol vivant (épipédon). Ces processus clés interviennent dans l'intensité des services rendus par les sols comme la séquestration de carbone, la fertilité des sols et le maintien de leur activité biologique. Parmi les indicateurs utilisés dans l'évaluation de la qualité des sols, nous avons choisi de tester des indicateurs simples et composites reliés aux processus clés de deux types d'écosystèmes subissant de fortes contraintes environnementales. Deux sites d'étude situés dans les massifs du Dévoluy (Isère) et des Maures (Var) ont été utilisés. Tous deux sont marqués par un fort gradient de végétation induit par des contraintes naturelles (sols à permafrost pour le site du Dévoluy) ou anthropiques (incendies pour le site des Maures). Dans ce travail, nous formulons trois hypothèses : (i) il existe au niveau des sols une signature originale des modifications environnementales influençant le fonctionnement des écosystèmes forestiers ; (ii) cette signature est liée à la qualité des sols et recouvre une partie biologique largement sous estimée ; (iii) la réflectance du sol résume cette signature et permet sa caractérisation dans des conditions contrastées. Les résultats de la thèse démontrent que les contraintes liées au pédoclimat et aux incendies induisent de fortes modifications des variables décrivant les processus de décomposition et d'agrégation dans les sols. Le compartiment biologique du sol (microflore ou microfaune) est particulièrement affecté par ces contraintes, révélant des modifications dans les processus liés aux chaînes trophiques des sols (voies préférentielles de décomposition et d'agrégation biologique, nitrification et dénitrification potentielles). La spectroscopie proche infrarouge se révèle être un outil pertinent pour rendre compte des modifications de qualité physico-chimiques mais aussi biologiques des sols soumis à de fortes contraintes.

Les nématodes phytoparasites (NPP) sont des vers ronds microscopiques que l’on retrouve en communautés dans les sols agricoles. Les NPP les plus communs n’occasionnent pas de dégâts sur les cultures. Cependant M. chitwoodi, un NPP règlementé à l’échelle européenne, peut engendrer d’importantes baisses de rendement. Pour caractériser le risque de son implantation, nous nous sommes intéressés aux communautés indigènes en France afin d’identifier celles capables de le limiter suite à une introduction. Nous avons, dans un premier temps, décrit les communautés de NPP à l'échelle d'un paysage agricole, puis à l'échelle de neuf régions françaises. Ces investigations ont montré des communautés peu différenciées en termes de richesse spécifique mais variables en termes d’abondance. Si les variables environnementales expliquent le mieux la structure de ces communautés de NPP à une large échelle géographique, certaines pratiques culturales(labour, application de produits phytosanitaires) influencent fortement les communautés à l’échelle locale. Dans un second volet, nous avons étudié le potentiel de différentes communautés à limiter le développement de M. chitwoodi notamment par la compétition. Il semble que les communautés possédant les plus hauts niveaux d’abondance globale, indépendamment des taxa présents, permettent de diminuer la multiplication de M. chitwoodi. Cette thèse apporte donc des éléments de compréhension sur le fonctionnement des communautés de NPP dans les agrosystèmes français et leur potentiel à limiter le l’établissement de M. chitwoodi pour pouvoir prédire le r / Plant-parasitic nematodes (PPN) are microscopic worms that occur in communities in almost every agricultural soils. Commonly found PPN are usually harmless for the plants. However, M. chitwoodi, a PPN highly regulated in EU can induce important yield losses. In order to improve risk assessment of M. chitwoodi implantation, we studied French native PPN communities to identify those that can limit its establishment shortly after an introduction. We firstly described PPN communities in various agrosystems, at a landscape scale and then in nine French regions. Despite the quite homogeneous species richness observed across the fields sampled, we highlighted strong PPN taxa abundance variations. Environmental variables seemed to mainly drive the PPN communities structure at a large geographic scale but cultural practices(tillage and pesticides uses) seemed to explain the communities variation at the local scale. Secondly, we studied the capacity of different PPN communities to limit M. chitwoodi development through competition. It appeared that PPN communities with high global abundance, regardless of the taxa present, are able to decrease M. chitwoodi multiplication. The results of this PhD thesis bring some elements about the structure and functioning of PPN communities in French fields and their ability to reduce the M. chitwoodi establishment in order to predict its implantation risk.

Les récepteurs à l’acétylcholine (AChRs) des nématodes parasites sont des cibles pharmacologiques majeures pour les anthelminthiques utilisés en médecine vétérinaire. Cependant, face à l’émergence d’isolats résistants, l’optimisation des stratégies de lutte nécessite une meilleure connaissance du mode d’action des anthelminthiques et du répertoire d’AChRs pour l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques. Les nématodes parasites possèdent potentiellement une grande diversité d’AChR dont un nombre très restreint a été caractérisé fonctionnellement à ce jour. Dans ce contexte, nous avons identifié deux sous-unités d’AChR : ACR-26 et ACR-27 spécifiquement retrouvées chez les nématodes parasites. En exprimant ces sous-unités en œuf de Xénope et dans le nématode modèle Caenorhabditis elegans, nous avons mis en évidence un nouveau sous-type d’AChR musculaire sensible au morantel : le M-AChR. De plus, nous avons réalisé une étude moléculaire et fonctionnelle comparative des sous-unités d’AChR du groupe ACR-16 chez différentes espèces de nématodes. L’identification de ces nouveaux récepteurs constitue une base solide pour le développement de nouveaux anthelminthiques. / Acetylcholine receptors (AChRs) of parasitic nematodes are the major pharmacological targets for anthelmintics used in veterinary medicine. However, with the emergence of resistant isolates, the optimization of control strategies requires a better knowledge of the mode of action of anthelmintics and of the AChR repertoire for the identification of new therapeutic targets. Indeed, parasitic nematodes possess a large diversity of AChR subunits. In this context, we identified two AChR subunits: ACR-26 and ACR-27, specifically found in parasitic nematodes. By expressing these subunits in Xenopus oocytes and in the model nematode Caenorhabditis elegans, we identified a novel muscular AChR subtype sensitive to morantel: the M-AChR. Moreover, we performed a molecular and functional comparative study of the AChR subunits from ACR-16 group in different nematode species. The identification of these new receptors paves the way for the development of new anthelmintic drugs.

Ce projet industriel porte sur la production de biopesticides actifs sur les nématodes à galles des cultures intensives de tomates sous abris au Maroc. Les travaux portent sur (i) l’isolement de souches de champignons filamenteux nématophages provenant des sols des cultures infectées par les nématodes, (ii) la réalisation de cultures de ces souches sur un milieu adapté à la Fermentation en Milieu Solide, technique optimale à la biologie des champignons filamenteux et présentant des avantages technologiques et économiques exploitables à une échelle industrielle, (iii) la production de biomasse et de molécules actives extrapolable à une échelle semi-industrielle, (iv) la mise en œuvre d’essais agronomiques pour valider l’efficacité d’un biopesticide produit par FMS dans des dispositifs innovants.24 souches de champignons filamenteux nématophages ont été isolées à partir des sols des cultures intensives de tomate sous serre au Maroc, mais également à partir de produits commerciaux. Le milieu FMS composé de sous-produits agro-industriels permettant une production de l’ordre de 1010 spores par gramme de substrat PS a été validé, et les conditions de cultures des souches établies. 4 dispositifs de Fermentation en Milieu Solide dont un à usage unique, de 300 à 5 000 g ont été mis au point, et ont été protégés par 3 brevets. Enfin, des essais agronomiques de différentes tailles (quelques billons à plusieurs hectares de tomates) ont été mis en place au Maroc de manière à valider l’utilisation de champignons filamenteux actifs contre les nématodes à galles comme étant une alternative écologique à l’utilisation de produits chimiques. / This industrial project involves the production of biopesticides active against root knot nematodes of intensive greenhouse tomato cultures in Morocco. This work focuses on (i) the isolement of nematophagous filamentous fungi from agricultural soils infected with nematodes, (ii) the cultures of these strains on a suitable medium for Solid State Fermentation (SSF), which is the optimal cultural technique for filamentous fungi, presenting technological and economical benefits at an industrial scale, (iii) the production of biomass and active molecules at a semi-industrial scale, (iv) the installation of agronomic assays to validate the effectiveness of a biopesticide production by SSF in innovative devices.24 nematophagous filamentous fungi strains were isolated from intensive greenhouse tomato culture soils, but also from commercial products. The SSF medium composed of agro-industrial by-products allowing a production of about 1010 spores per gram of DW substrate was validated, and the culture conditions of these strains were established. 4 SSF devices including one at single use, from 300 to 5 000 g DW substrate were developed, and were protected by 3 patents. Finally, agronomic assays of different sizes (from few lines to several hectares of tomatoes) were carried out in Morocco in order to validate the use of active filamentous fungi against root-knot nematodes as an ecological alternative to the use of chemical products.

La division cellulaire asymétrique est un mécanisme fondamental qui assure la diversité cellulaire, le renouvellement des cellules souches et le maintien de l’identité cellulaire. Elle dépend du bon positionnement du fuseau mitotique car il dicte le plan de division des cellules. La première division des embryons de C. elegans, est asymétrique et génère deux cellules fille de taille et devenir différents. Elle consiste en deux étapes : la centration des pronoyaux en prophase puis le déplacement postérieur du fuseau mitotique en anaphase. Lors de l'anaphase le fuseau subit des oscillations transverses plus marquées au pôle postérieur qu’au pôle antérieur. Ces mouvements sont contrôlés par des forces de traction agissant sur les microtubules astraux. Les générateurs de force ont été moléculairement identifiés et sont évolutivement très conservés. Un complexe composé de protéines Gα, liées à GPR (protéine à domaine GoLoco, homologue de LGN/Pins), à LIN-5 (protéine à domaine super-enroulé, homologue de NuMA/Mud) et à la dynéine serait ancré au cortex et activé en début de mitose pour tirer le fuseau. En analysant la première division d’une espèce proche de C. elegans : C. briggsae, on observe des variations de trajectoire du fuseau. Les embryons de C. briggsae présentent un décalage antérieur des noyaux en prophase et les oscillations du fuseau sont réduites en anaphase. La combinaison de perturbations physiques et l'analyse de mutants dans ces espèces, ont montré que ces différences s’expliquent par des changements dans la régulation du complexe ternaire. Mais, nous avons découvert que dans les deux espèces 1) un switch positionnel conservé contrôle le démarrage des oscillations du fuseau, 2) la localisation postérieure de GPR détermine ce switch positionnel, et 3) l'amplitude maximum des oscillations est déterminée en partie par le temps passé dans la phase oscillatoire. Nous avons utilisés ces variants pour corréler les phénotypes, la localisation de GPR et la divergence de séquence entre espèces afin d’identifier les éléments de régulation de cette protéine. Nous avons alors échangé les protéines et construits des protéines chimères entre les deux espèces. Enfin, par optogénétique, nous avons essayé de contrôler la localisation temporelle de GPR et analyser les conséquences sur les mouvements des noyaux et du fuseau. En étudiant la microévolution d'un processus sous-cellulaire, nous avons identifié de nouveaux mécanismes qui contribuent à la compréhension du positionnement du fuseau. / Asymmetric cell division is a fundamental mechanism essential in all organisms to assure cell diversity, stem cell renewal and cellular identity maintenance. It is relying on proper mitotic spindle positioning because it dictates the cell division plan. In C. elegans one-cell embryos, the first division is asymmetric and gives rise to two daughter cells of unequal size and fate. It occurs in two steps: pronuclei centration during prophase and spindle posterior displacement during anaphase. During anaphase, the mitotic spindle undergoes transverse oscillations that are more pronounced for the posterior than the anterior pole. These movements are controlled by pulling forces acting on astral microtubules. The force generators are identified and are evolutionary conserved. A complex made of Gα proteins, linked to GPR (a GoLoco containing protein, the LGN/Pins homologues), LIN-5 (a coiled-coil protein, the NuMA/Mud homologues) and dynein is thought to be anchored at the cortex and activated at the onset of mitosis to pull on the spindle. We identified variations in spindle trajectories by analyzing the outwardly similar one-cell stage embryo of a close relative of C. elegans, C. briggsae. Compared to C. elegans, C. briggsae embryos exhibit an anterior shifting of nuclei in prophase and reduced anaphase spindle oscillations. By combining physical perturbations and mutant analysis in both species, we show that differences can be explained by inter-species changes in the regulation of the cortical Gα/GPR/LIN-5 complex. However, we uncover that in both species 1) a conserved positional switch controls the onset of spindle oscillations, 2) GPR posterior localization may set this positional switch, and 3) the maximum amplitude of spindle oscillations is determined in part by the time spent in the oscillating phase. Interestingly, GPR is poorly conserved at the amino acid level between these species. We use these variants to correlate phenotypes, GPR localization and sequence divergence to identify GPR regulatory elements. To this end, we performed protein replacement between species, as well as analysis of protein chimeras. Finally we tried to use optogenetics in order to control GPR localisation temporally and analyze the consequences on pronuclei and spindle movements during the first division. By investigating microevolution of a subcellular process, we identified new mechanisms that are instrumental to decipher spindle positioning.

Un des enjeux relatifs à la durabilité des élevages équins est d’accroître la part de l’herbe dans l’alimentation sans compromettre les performances animales. Les chevaux à forts besoins, comme la jument en lactation, sont en effet couramment complémentés au pâturage alors même que l’impact de la complémentation sur leur ingestion et leurs performances n’est pas connu. Un second enjeu est d’identifier des solutions alternatives aux anthelminthiques pour gérer leurs parasites gastro-intestinaux en évitant le développement de résistances et le rejet de molécules toxiques dans l’environnement. Notre première expérimentation a montré qu’en conditions de pâturage non limitantes, la complémentation énergétique n’était pas indispensable. Les juments en lactation non complémentées ont accru leurs quantités ingérées journalières jusqu’à 28 g MS.kg PV -1 .j -1 , un niveau d’ingestion permettant de satisfaire leurs besoins énergétiques. La croissance des poulains et leur conformation n’ont donc pas été affectées par l’absence de complémentation énergétique, celle-ci n’ayant par ailleurs pas permis aux juments de mieux réguler leur charge parasitaire. La deuxième expérimentation, a permis de préciser le seuil en deçà duquel la complémentation énergétique devient nécessaire pour couvrir les besoins de la jument en lactation. Pour un pâturage au fil de repousses végétatives celui-ci a été estimé à 66 g MS.kg PV-1.j -1 , ce qui correspond à une hauteur de sortie de parcelle à 5,4 cm au stick, soit 4,5 cm à l’herbomètre à plateau. Enfin, la troisième expérimentation en box a permis de mettre en évidence l’efficacité d’une distribution de courte durée de sainfoin, une légumineuse riche en tanins condensés, pour réduire le développement des œufs de nématodes en larves infestantes ; une complémentation azotée « simple » s’est en revanche révélée inefficace. L’ensemble de ces résultats ouvre des perspectives pour optimiser la conduite alimentaire de la jument en lactation au pâturage. / Sustainable horse breeding requires increasing the proportion of herbage in horse diet without affecting animal performance. Horses with high requirements such as lactating mares are commonly supplemented at pasture, while the consequences of energy supplementation on intake and performance remain unknown. Another priority is to identify alternatives to chemical anthelmintic for gastro-intestinal parasite management in order to limit the spread of antibiotic resistance and the dumping of pharmaceutical residues into the environment. A first experiment showed that supplementing lactating mares at pasture should not be systematic because, under non-limiting conditions, their adaptive capacities enabled them to increase herbage intake up to 28 g DM.kg LW -1 .d -1 and ensure foal growth. In addition, energy supplementation did not allow mares to better regulate their parasite burden. A second experiment allowed us to precise the herbage allowance threshold below which energy supplementation is required. Under strip-grazing conditions it was estimated at 66 g DM.kg LW -1 .d -1 , which corresponds to a post-grazing height of 5.4 cm using sward stick. A third experiment has revealed the potential of secondary metabolites of sainfoin to reduce the nematode larval development, while no effect was observed with a short-term protein supplementation. These original results have practical implications for a better management of lactating saddle mares at pasture.

Les nématodes gastro-intestinaux sont des parasites de la caillette des petits ruminants qui posent des contraintes majeures pour l’élevage de ces animaux dans le monde. Récemment leur impact économique a augmenté notamment à cause de l’apparition de nématodes résistants aux anthelminthiques. La sélection génétique pourrait être une stratégie complémentaire des traitements chimiques. Dans cette thèse, nous avons exploré la variabilité génétique disponible qui permettrait une sélection sur la résistance aux nématodes. Les résultats obtenus en termes d’héritabilités, corrélations génétiques et QTLs, suggèrent que la variation génétique des populations étudiées pourrait satisfaire les requis d’un objectif de sélection permettant à la fois d’améliorer la résistance aux nématodes et la croissance des animaux. En outre, l’identification de loci SNP associés à la variation observée sur les caractères de résistance aux nématodes pourrait nous permettre d’améliorer la réponse à la sélection. / Abomasal nematodes are a major constraint to small ruminants industry worldwide. Recently their economic impact has increased due to the recrudescence of anthelmintic resistance among many parasite populations. Genetic selection might be a valid strategy for enhancing the efficacy of anthelmintics. We explored the genetic variability, in both sheep and goat, possibly available for a breeding plan featuring parasite resistance as its breeding goal. The results obtained in terms of heritabilities, genetic correlations and QTLs, suggest that the variation in the genetic pool of the population under study might comply with the requirements of a breeding goal including both parasite resistance and production traits. Furthermore, marker assisted selection could be a feasible option to enhance the selection response.

Les nématodes à galles (RKN) du genre Meloidogyne spp. sont des parasites obligatoires des plantes qui induisent la formation d’un site nourricier spécialisé au sein des racines. Mon projet de thèse a pour objectif d’identifier des gènes spécifiques de ces nématodes qui sont impliqués dans le parasitisme en se focalisant sur des protéines sécrétées ou effecteurs. La technologie de séquençage Illumina a été utilisée pour comparer les transcriptomes de M. incognita au cours de son cycle de vie. A partir de 307 gènes surexprimés dans -au moins- un stade du cycle de vie, nous avons sélectionné 14 candidats d’effecteurs. Des expériences de RT-qPCR, d’hybridation in situ et d’ARN interférence ont permis de confirmer le profil d’expression, de localiser l’expression des effecteurs et d’étudier leur rôle dans la pathogénicité. Ce travail a permis de démontrer le rôle important d’une petite protéine, MiSCR1, dans les stades précoces du parasitisme. Parallèlement, nous avons réalisé l’assemblage de novo du transcriptome de M. enterolobii, qui représente une nouvelle menace pour l’agriculture mondiale du fait de sa capacité à se reproduire sur la majorité des plantes résistantes aux autres RKN. Les premières comparaisons avec d'autres RKN nous ont permis d'identifier, non seulement des effecteurs en commun, mais aussi ceux qui sont spécifiques à certaines espèces de RKN et qui pourraient expliquer des différences de gamme d'hôtes. En conclusion, les analyses de transcriptomes de RKN ont permis de caractériser des nouveaux effecteurs candidats impliqués dans la pathogénicité, et d’apporter de nouvelles connaissances pour le développement de méthodes de lutte contre ces bioagresseurs / Root-knot nematodes (RKN) are obligate endoparasites that maintain a biotrophic relationship with their hosts inducing specialized feeding cells. My PhD project aims to identify RKN genes specifically involved in plant parasitism with an emphasis on genes encoding new secreted proteins, named effectors. Using Illumina RNA-seq technologies, we compared transcriptomes of Meloidogyne incognita during its life cycle. From 307 genes over-expressed at -at least- one stage of the life cycle, we selected 14 effector candidates. RT-qPCR, in situ hybridisation and siRNA soaking experiments were carried out to confirm their expression profile, localize the spatial expression of these candidates in the nematode and to study their role in pathogenicity. The silencing of the dorsal gland specific-Minc18876 gene and its paralogues resulted in a significant, reproducible decrease in the number of egg masses, demonstrating a potentially important role for the small cysteine-rich effector, MiSCR1, it encodes in early stages of giant cell formation. In parallel, we perform a de novo assembly of M. enterolobii transcriptome. This RKN species represents a new threat for the agriculture worldwide because of its ability to reproduce on the majority of known RKN-resistant plants. First comparisons with others RKN allowed us to identify, not only the common set of effectors, but also those specific to some RKN species and possibly involved in host range differences. In conclusion, the transcriptome profiling of RKNs allowed the characterisation of new candidate effectors involved in the plant pathogenicity, and provided a better knowledge for the development of new methods to control these pests