Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

La transformation de modèles est une opération fondamentale dans l'ingénierie dirigée par les modèles. Elle peut être manuelle ou automatisée, mais dans ce dernier cas elle nécessite de la part du développeur qui la conçoit la maîtrise des méta-modèles impliqués dans la transformation. La génération de transformations de modèles à partir d'exemples permet la création d'une transformation de modèle en se basant sur des exemples de modèles sources et cibles. Le fait de travailler au niveau modèle permet d'utiliser les syntaxes concrètes définies pour les méta-modèles et ne nécessite plus une maîtrise parfaite de ces derniers.Nous proposons une méthode de génération de transformations de modèles à partir d'exemples basée sur l'Analyse Relationnelle de Concepts (ARC) permettant d'obtenir un ensemble de règles de transformations ordonnées sous forme de treillis. L'ARC est une méthode de classification qui se base sur des liens de correspondances entre les modèles pour faire émerger des règles. Ces liens étant un problème commun à toute les méthodes de génération de transformation de modèles à partir d'exemples, nous proposons une méthode basée sur des méthodes d'alignement d'ontologie permettant de les générer.

Les séquences répétées en tandem sont constituées de motifs adjacents. Elles constituent une classe de séquences génétiques dont font partie microsatellites et minisatellites. Dans cette thèse, nous traitons le problème de la comparaison de séquences répétées en tandem sous un modèle évolutif particulier. Plus précisément, nous nous intéressons au problème de leur alignement dans lequel, en plus des trois opérations classiques, mutation, insertion et délétion, nous considérons l'amplification en tandem et la contraction en tandem. L'amplification copie un facteur de la séquence, c'est-à-dire un ou plusieurs caractère(s), et met le ou les exemplaire(s) du facteur copié à côté du facteur original, la contraction est l'événement inverse. L'amplification (resp. la contraction) est dite « n-aire d'ordre m », si elle copie (resp. retire) m motif(s) n fois. Nous proposons une méthode donnant un score d'alignement, qui est une métrique, entre deux séquences répétées en tandem, sous un modèle comprenant les cinq opérations précédemment citées où l'amplification et la contraction sont unaires d'ordre 1. Le problème est difficile car les opérations ne sont pas commutatives. Notre solution fait appel à de l'algorithmique de graphe. Nous avons réalisé un programme nommé MS_Align qui implémente cette méthode. Il s'agit du premier programme capable d'aligner des cartes de minisatellites. À l'aide de ce programme, nous avons étudié des données biologiques provenant du minisatellite humain MSY1. Comme nous le montrons, notre modèle évolutif s'applique bien à ce type de séquences d'ADN. Nous avons construit à partir de nos résultats des arbres phylogénétiques semblables à ceux obtenus grâce à d'autres marqueurs du chromosome Y indépendants de MSY1, nos arbres offrent une meilleure résolution. Une partie de cette thèse est consacrée au problème général où nous relaxons les contraintes sur les amplifications et contractions.

Le compact linear collider (CLIC) est le projet de collisionneur de particules proposé par l'organisation européenne pour la recherche nucléaire (CERN) visant à succéder au large hadron collider (LHC). Du fait des dimensions nanométriques des faisceaux de leptons de ce projet, les accroissements admissibles de l'émittance sont extrêmement faibles. Cela a pour conséquence des tolérances d'alignement des composants du CLIC jamais atteintes. La dernière étape de l'alignement sera effectuée par rapport au faisceau de particules du CLIC. Elle est du ressort des physiciens du faisceau. Toutefois son implémentation nécessite un pré-alignement qui lui-même représente un défi métrologique et géodésique : atteindre 10 μm à 3σ le long d'une fenêtre coulissante de 200 m. Un tel niveau de précision requiert le développement d'une méthode compatible avec des systèmes de repositionnement qui seront constamment sollicités. Le pré-alignement du CLIC devra être actif. Cette thèse ne démontre pas la faisabilité du pré-alignement actif du CLIC mais montre le chemin des derniers développements à effectuer dans ce but. Il y est proposé une méthode, fondée sur la gestion des similitudes entre systèmes euclidiens de coordonnées, qui, de la géodésie aux mesures métrologiques, est susceptible d'apporter la solution. Des expériences sur de longues distances ont été construites dans le but d'éprouver, en parallèle de simulations de Monte-Carlo, les modèles mathématiques des systèmes de mesure et des références d'alignement ainsi créés. L'extrapolation de ces modèles, une fois validés expérimentalement, sur toute la longueur du CLIC, sera la dernière étape prouvant la faisabilité du pré-alignement

La tomographie électronique est une technique de nano-caractérisation 3D non destructive. C’est une technique de choix dans le domaine des nanotechnologies pour caractériser des structures tridimensionnelles complexes pour lesquelles l’imagerie 2D en microscopie électronique en transmission seule n’est pas suffisante. Toutes les étapes nécessaires à la réalisation d’une reconstruction 3D en tomographie électronique sont investiguées dans cette thèse, de la préparation d’échantillon aux algorithmes de reconstruction, en passant par l’acquisition des données et l’alignement. Les travaux entrepris visent en particulier (i) à développer une algorithmie complète incluant débruitage, alignement et reconstruction automatisés afin de rendre la technique plus robuste et donc utilisable en routine (ii) à étendre la tomographie électronique à des échantillons plus épais ou ayant subis une déformation en cours d’acquisition et enfin (iii) à améliorer la tomographie électronique chimique en essayant d’exploiter au maximum toutes les informations disponibles. Toutes ces avancées ont pu être réalisées en s’intéressant particulièrement aux échantillons permettant une acquisition sur une étendue angulaire idéale de 180°. Un logiciel a également été développé au cours de cette thèse synthétisant la majeure partie de ces avancées pour permettre de réaliser simplement toutes les étapes de tomographie électronique post-acquisition. / Electron tomography is a 3D non-destructive nano-characterization technique. It is an essential technique in the field of nanotechnologies to characterize complex structures particularly when 2D projections using a transmission electron microscope (TEM) are inappropriate for understanding the 3D sample morphology. During this thesis each one of the necessary steps of electron tomography have been studied: sample preparation, TEM acquisition, projection alignment and inversion algorithms. The main contributions of this thesis are (i) the development of a new complete procedure of automatic denoising, alignment and reconstruction for a routine use of electron tomography (ii) the extension of the technique to thicker specimen and specimen being damaged during the acquisition and finally (iii) the improvement of chemical tomography reconstructions using as much information as possible. All those contributions are possible taking advantage of the use of needle-shaped samples to acquire projections on an ideal tilt range of 180°. A software has been developed during this thesis to allow users to simply apply most of the contributions proposed in this work.

Espécies do gênero Holhymenia são apontadas como pragas em maracujazeiros, podendo causar o murchamento e queda de frutos e botões florais. Neste trabalho, aspectos bioecológicos de Holhymenia rubiginosa foram estudados. Uma criação foi mantida em laboratório (25 ± 1 °C, 65 ± 10% UR, fotofase 12 horas) e os insetos alimentados com ramos e frutos (quando disponíveis) de Passiflora alata, solução de mel a 20% e pólen. O desenvolvimento embrionário foi avaliado nas temperaturas de 17, 21, 25 e 30 ± 1 °C. As ninfas e os casais foram mantidos nas mesmas condições da criação, alimentados com ramos e solução de mel. A duração média, em dias, e a viabilidade da fase de ovo foram de 25,4 ± 0,45 (88%); 13,2 ± 0,28 (88%); 8,8 ± 0,16 (94%) e 7,7 ± 0,17(92%), nas temperaturas de 17, 21, 25 e 30 ± 1 °C, respectivamente. A temperatura basal estimada para a fase embrionária foi 10,8 °C e a constante térmica 140,8 GD. Verificou-se diferença significativa entre a duração dos ínstares (P<0,0001), sendo o primeiro ínstar o mais curto (4,01 ± 0,02 dias) e o segundo o mais longo (15,75 ± 3,5 dias), além de ser o que apresentou maior mortalidade (75%). A longevidade de fêmeas foi 185,3 ± 17,52 dias e a de machos 133,6 ± 18,94 dias, não diferindo entre os sexos. As fêmeas realizaram em média 33 ± 7,71 cópulas, com duração de 99 ± 9,25 minutos e ovipositaram 11,5 ± 2,55 ovos. Os períodos de pré-oviposição, oviposição e pós-oviposição foram, respectivamente, 96,4 ± 18,08; 88,5 ± 23,48 e 19,3 ± 12,18 dias. Fêmeas confinadas em ramos de P. alata a campo ovipositaram em média 37,28 ± 19,694 ovos, a maioria sobre as folhas (54%). Registraram-se, parasitando os ovos, os scelionídeos Gryon próx. pennsylvanicum e G. próx. vitripenne e o euritomídeo Neorileya sp., sendo G. próx. vitripenne o mais freqüente, parasitando 43% dos ovos observados. / Species of the genera Holhymenia are known to be pests on passion fruit, being able to induce the withering and fall of fruits and floral buds. This work investigated the bioecological aspects of Holhymenia rubiginosa. The rearing laboratory conditions were 25 ± 1 °C, 65 ± 10% UR, photophase 12 hours, and the bugs fed on branches and fruits (when available) of Passiflora alata, 20% honey solution and pollen. Embryonic development was evaluated under temperature of 17, 21, 25 e 30 ± 1 °C. Both nymphs and couples were reared in the same breed conditions and fed on branches and honey solution. The average egg developmental time, in days, and viability were 25.4 ± 0.45 (88%); 13.2 ± 0.28 (88%); 8.8 ± 0.16 (94%) and 7.7 ± 0.17(92%), at 17, 21, 25 and 30 ± 1 °C, respectively. The lower threshold and thermal constant for egg development were 10.8 °C and 140.8 DD, respectively. Instars developmental time was statistically different (P<0.0001). The first instar had the shortest developmental time (4.01 ± 0.02 days) and the second instar had the longest (15.75 ± 3.5 days), which also had the highest mortality (75%). There was no statistical difference between sexes longevity (185.3 ± 17.52 days for females and 133.6 ± 18.94 days for males). Females mated 33 ± 7.71 times, with a mean duration of 99 ± 9.25 minutes, ovipositing 11.5 ± 2.55 eggs. Periods of pre-oviposition, oviposition and pos-oviposition were respectively 96.4 ± 18.08; 88.5 ± 23.48 and 19.3 ± 12.18 days. Field confined females, on P. alata branches, oviposited 37.28 ± 19.694 eggs, mainly on leaves (54%). The scelionids Gryon nr. pennsylvanicum and G. nr. vitripenne and the eurytomid Neorileya sp. were found as parasitoids in Holhymenia rubiginosa eggs, with major frequency of G. nr. vitripenne (43%).

La vision permet aux animaux de recueillir une information riche et détaillée sur leur environnent proche ou lointain. Les machines ont aussi accès à cette information riche via leurs caméras. Mais, elles n'ont pas encore le logiciel adéquat leur permettant de la traiter pour transformer les valeurs brutes des pixels de l'image en information plus utile telle que la nature, la position, et la fonction des objets environnants. Voilà une des raisons pour laquelle il leur est difficile de se mouvoir dans un environnement inconnu, et d'interagir avec les humains ou du matériel dans des scénarios non-planifiés. Cependant, la conception de ce logiciel comporte de multiples défis. Parmi ceux-ci, il est difficile de comparer deux images entre elles, par exemple, afin que la machine puisse reconnaître que ce qu'elle voit est similaire à une image qu'elle a déjà vue et identifiée. Une des raisons de cette difficulté est que la machine ne sait pas, a priori, quelles parties des deux images se correspondent, et ne sait donc pas quoi comparer avec quoi. Cette thèse s'attaque à ce problème et propose une série d'algorithmes permettant de trouver les parties correspondantes entre plusieurs images, ou en d'autre terme d'aligner les images. La première méthode proposée permet d'apparier ces parties de manière cohérente en prenant en compte les interactions entre plus de deux d'entre elles. Le deuxième algorithme proposé applique avec succès une méthode d'alignement pour déterminer la catégorie d'un objet centré dans une image. Le troisième est optimisé pour la vitesse et tente de détecter un objet d'une catégorie donné où qu'il soit dans l'image. / Seeing allows animals and people alike to gather information from a distance, often with high spatial and temporal resolution. Machines have access to this rich pool of information thanks to their cameras. But, they still do not have the software to process it, in order to transform the raw pixel values into useful information such as nature, position, and function of the surrounding objects. That is one of the reasons why it is still difficult for them to naviguate in an unknown environment and interract with people and objects in an un-planned fashion. However, the design of such a software implies many challenges. Among them, it is hard to compare two images, for insance, in order to recognize that the seen image is similar to another which has been previously seen and identified. One of the difficulties here is that the software cannot know --a priori-- which parts of the two images match. So, it cannot know which parts it should compare. This thesis tackles that problem, and presents a set of algorithm to find correspondences in images, or in other words, to align them. The first proposed method match parts in images, in a coherent fachion, taking into account higher order interactions between more than to of them. The second proposed algorithm apply with success alignment technique to discover the category of an object centered in an image. The third one is optimized for speed and try to detect objects of a given category, which can be anywhere in an image.

Espécies do gênero Holhymenia são apontadas como pragas em maracujazeiros, podendo causar o murchamento e queda de frutos e botões florais. Neste trabalho, aspectos bioecológicos de Holhymenia rubiginosa foram estudados. Uma criação foi mantida em laboratório (25 ± 1 °C, 65 ± 10% UR, fotofase 12 horas) e os insetos alimentados com ramos e frutos (quando disponíveis) de Passiflora alata, solução de mel a 20% e pólen. O desenvolvimento embrionário foi avaliado nas temperaturas de 17, 21, 25 e 30 ± 1 °C. As ninfas e os casais foram mantidos nas mesmas condições da criação, alimentados com ramos e solução de mel. A duração média, em dias, e a viabilidade da fase de ovo foram de 25,4 ± 0,45 (88%); 13,2 ± 0,28 (88%); 8,8 ± 0,16 (94%) e 7,7 ± 0,17(92%), nas temperaturas de 17, 21, 25 e 30 ± 1 °C, respectivamente. A temperatura basal estimada para a fase embrionária foi 10,8 °C e a constante térmica 140,8 GD. Verificou-se diferença significativa entre a duração dos ínstares (P<0,0001), sendo o primeiro ínstar o mais curto (4,01 ± 0,02 dias) e o segundo o mais longo (15,75 ± 3,5 dias), além de ser o que apresentou maior mortalidade (75%). A longevidade de fêmeas foi 185,3 ± 17,52 dias e a de machos 133,6 ± 18,94 dias, não diferindo entre os sexos. As fêmeas realizaram em média 33 ± 7,71 cópulas, com duração de 99 ± 9,25 minutos e ovipositaram 11,5 ± 2,55 ovos. Os períodos de pré-oviposição, oviposição e pós-oviposição foram, respectivamente, 96,4 ± 18,08; 88,5 ± 23,48 e 19,3 ± 12,18 dias. Fêmeas confinadas em ramos de P. alata a campo ovipositaram em média 37,28 ± 19,694 ovos, a maioria sobre as folhas (54%). Registraram-se, parasitando os ovos, os scelionídeos Gryon próx. pennsylvanicum e G. próx. vitripenne e o euritomídeo Neorileya sp., sendo G. próx. vitripenne o mais freqüente, parasitando 43% dos ovos observados. / Species of the genera Holhymenia are known to be pests on passion fruit, being able to induce the withering and fall of fruits and floral buds. This work investigated the bioecological aspects of Holhymenia rubiginosa. The rearing laboratory conditions were 25 ± 1 °C, 65 ± 10% UR, photophase 12 hours, and the bugs fed on branches and fruits (when available) of Passiflora alata, 20% honey solution and pollen. Embryonic development was evaluated under temperature of 17, 21, 25 e 30 ± 1 °C. Both nymphs and couples were reared in the same breed conditions and fed on branches and honey solution. The average egg developmental time, in days, and viability were 25.4 ± 0.45 (88%); 13.2 ± 0.28 (88%); 8.8 ± 0.16 (94%) and 7.7 ± 0.17(92%), at 17, 21, 25 and 30 ± 1 °C, respectively. The lower threshold and thermal constant for egg development were 10.8 °C and 140.8 DD, respectively. Instars developmental time was statistically different (P<0.0001). The first instar had the shortest developmental time (4.01 ± 0.02 days) and the second instar had the longest (15.75 ± 3.5 days), which also had the highest mortality (75%). There was no statistical difference between sexes longevity (185.3 ± 17.52 days for females and 133.6 ± 18.94 days for males). Females mated 33 ± 7.71 times, with a mean duration of 99 ± 9.25 minutes, ovipositing 11.5 ± 2.55 eggs. Periods of pre-oviposition, oviposition and pos-oviposition were respectively 96.4 ± 18.08; 88.5 ± 23.48 and 19.3 ± 12.18 days. Field confined females, on P. alata branches, oviposited 37.28 ± 19.694 eggs, mainly on leaves (54%). The scelionids Gryon nr. pennsylvanicum and G. nr. vitripenne and the eurytomid Neorileya sp. were found as parasitoids in Holhymenia rubiginosa eggs, with major frequency of G. nr. vitripenne (43%).

Cette thèse vise à la mise en œuvre et à l'évaluation de techniques d'extraction de relations sémantiques à partir d'un corpus multilingue aligné. Ces relations seront extraites par transitivité de l'équivalence traductionnelle, deux lexèmes possédant les mêmes équivalents dans une langue cible étant susceptibles de partager un même sens. D'abord, nos observations porteront sur la comparaison sémantique d'équivalents traductionnels dans des corpus multilingues alignés. A partir des équivalences, nous tâcherons d'extraire des "cliques", ou sous-graphes maximaux complets connexes, dont toutes les unités sont en interrelation, du fait d'une probable intersection sémantique. Ces cliques présentent l'intérêt de renseigner à la fois sur la synonymie et la polysémie des unités, et d'apporter une forme de désambiguïsation sémantique. Elles seront créées à partir de l'extraction automatique de correspondances lexicales, basée sur l'observation des occurrences et cooccurrences en corpus. Le recours à des techniques de lemmatisation sera envisagé. Ensuite nous tâcherons de relier ces cliques avec un lexique sémantique (de type Wordnet) afin d'évaluer la possibilité de récupérer pour les unités arabes des relations sémantiques définies pour des unités en anglais ou en français. Ces relations permettraient de construire automatiquement un réseau utile pour certaines applications de traitement de la langue arabe, comme les moteurs de question-réponse, la traduction automatique, les systèmes d'alignement, la recherche d'information, etc. / This study aims at the implementation and evaluation of techniques for extracting semantic relations from a multilingual aligned corpus. Firstly, our observations will focus on the semantic comparison of translational equivalents in multilingual aligned corpus. From these equivalences, we will try to extract "cliques", which ara maximum complete related sub-graphs, where all units are interrelated because of a probable semantic intersection. These cliques have the advantage of giving information on both the synonymy and polysemy of units, and providing a form of semantic disambiguation. Secondly, we attempt to link these cliques with a semantic lexicon (like WordNet) in order to assess the possibility of recovering, for the Arabic units, a semantic relationships already defined for English, French or Spanish units. These relations would automatically build a semantic resource which would be useful for different applications of NLP, such as Question Answering systems, machine translation, alignment systems, Information Retrieval…etc.

Submitted by Maike Costa (maiksebas@gmail.com) on 2016-02-04T13:02:01Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 3137939 bytes, checksum: ce114b5825e5c14688dbf9861d3fdabf (MD5) / Made available in DSpace on 2016-02-04T13:02:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 3137939 bytes, checksum: ce114b5825e5c14688dbf9861d3fdabf (MD5) Previous issue date: 2015-03-23 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Cette étude prend comme objectif de problématiser et de comprendre le processus par lequel l'idée des droits humains est devenu une lutte légitime à São Luís, MA, entre 1977 et 1982. En partant du principe qu'un tel processus a eu lieu en raison des alignements discursifs capables de générer macro cadrage, cette recherche indiquera un ensemble de relations entre les organisations, les acteurs et les discours à travers lesquels on peut comprendre comment l'idée de les droits humains ont obtenu une expression par l'action collective, des communications et un ensemble d'actions qui signale l'utilisation des aspects discursifs, les caractéristiques sociales et historiques de cette période. À cette fin, nous avons mené une méso analyse sur la organisation appelée de Société au Maranhão de défense des droits humains, en considérant également un bref historique antérieur à sa formation, les membres de la première direction de l'entité, les documents institutionnels, les caractéristiques socio-historiques d‘époque donnée et la performance de l'entité avec le premier projet financé. Théoriquement, la recherche a été guidée par une perspective socio-historique avec approche d‘interprétativisme socioculturel, en fortifiant ainsi la relation entre les discours, les actions et les situations d'interaction, caractérisant un type de sociologie qui peut être comprise en raison de la caractéristique relationnelle. / O presente estudo busca analisar o processo pelo qual a ideia de Direitos Humanos passa a se constituir como um campo de luta política em São Luís - MA, entre os anos de 1977 e 1982. Partindo da hipótese de que tal processo ocorreu por conta de alinhamentos discursivos com capacidade de gerar macroenquadramentos interpretativos, a presente pesquisa põe em foco um conjunto de relações entre organizações, atores e discursos por meio dos quais se torna possível compreender como a ideia de Direitos Humanos ganhou expressão por meio de ações coletivas, comunicações e um conjunto de ações que sinalizam a utilização de aspectos discursivos, características sociais e históricas daquele período. Para tanto, realizou-se uma mesoanálise sobre uma organização conhecida como Sociedade Maranhense de Defesa dos Direitos Humanos, considerando também o contexto histórico que levou à sua formação, além dos membros da primeira direção da entidade, os documentos institucionais e a atuação da entidade até a concretização de seu primeiro projeto financiado. Teoricamente, a pesquisa foi orientada por uma perspectiva sócio-histórica de análise, com ênfase no interpretativismo sociocultural, priorizando a relação entre discursos, ações e situações de interação, caracterizando assim um estudo desenvolvido nos moldes de uma sociologia relacional.