La richesse des réponses aux requêtes posées aux systèmes pair-à-pair de gestion de données (PDMS) dépend du nombre de mappings entre les ontologies des différents pairs. Augmenter ce nombre permet d'améliorer les réponses aux requêtes. C'est à ce problème que nous nous intéressons dans cette thèse. Il s'agit de découvrir des liens sémantiques entre les ontologies des différents pairs du système. Ce problème, connu sous le nom d'alignement d'ontologies, est spécifique dans les systèmes pair-à-pair, au sein desquels les ontologies ne sont pas a priori complètement connues, le nombre d'ontologies à aligner est très important et l'alignement doit s'opérer en l'absence de contrôle centralisé. Nous proposons des techniques semi-automatiques pour identifier : (1) des raccourcis de mappings correspondant à une composition de mappings existants et (2) des mappings nouveaux ne pouvant être inférés en l'état actuel du système. Ces techniques sont basées sur l'exploitation des mécanismes de raisonnement des PDMS et sur des critères de filtrage restreignant le nombre de couples d'éléments à aligner. Les raccourcis de mappings sont identifiés à partir de l'analyse de la trace des requêtes posées par les utilisateurs, mais également après application de critères estimant leur utilité. La découverte de nouveaux mappings consiste à identifier les éléments de l'ontologie d'un pair donné qui permettent d'identifier des mises en correspondance jugées intéressantes puis à sélectionner les éléments de pairs distants avec lesquels il est pertinent de les aligner. Les techniques d'alignement proposées sont soit des adaptations de techniques existantes soit des techniques innovantes tirant parti des spécificités de notre cadre de travail

L'alignement stratégique des Systèmes d'Information (SI) existe lorsque les buts de l'entreprise sont en harmonie, en correspondance, avec les processus métier et les systèmes qui les supportent. Comme le montrent différents rapports, la problématique de l'alignement du SI avec la stratégie représente une des principales préoccupations des Directions des SI depuis une dizaine d'années. C'est une préoccupation importante au sujet de laquelle les entreprises s'attendent à plus de maturité de la pratique. En effet, même s'il est possible de construire des SI performants et de définir la stratégie de l'entreprise, il est indispensable que ces deux ensembles soient alignés afin d'optimiser la performance de l'entreprise. Si l'intérêt de l'alignement est largement reconnu, sa mise en œuvre reste trop souvent limitée. La méthode proposée, INSTAL (INtentional STrategic ALignment), s'intéresse à une nouvelle situation d'ingénierie des SI, qui ne correspond ni au cycle de vie traditionnel en ingénierie des exigences (avec une propagation des exigences sur la solution), ni à une mise en correspondance d'exigences, mais à une situation différente dans laquelle on s'adresse à un ensemble d'éléments liés que l'on cherche à faire évoluer ensemble (coévolution). L'évolution est déclenchée par le changement de modèle du business (stratégie) ou l'analyse des SI et des processus métier (niveau opérationnel). La méthode proposée pour cette nouvelle situation d'ingénierie des SI propose une modélisation de l'ensemble des éléments liés et guide la démarche de modélisation, d'analyse, et d'évolution de l'alignement stratégique. Contrairement aux autres approches, qui représentent l'alignement stratégique en termes de dépendances entre des buts ou des éléments individuels, ce sont les intentions d'alignement partagées par les deux niveaux à aligner (stratégique et opérationnel) qui représentent ici l'alignement stratégique. Ceci est une caractéristique tout à fait distinctive de la méthode INSTAL, dont l'originalité réside dans cette modélisation explicite de l'alignement. La modélisation de la méthode INSTAL permet (1) de modéliser l'alignement en termes d'intentions partagées par les éléments à aligner dans un modèle pivot, (2) de définir des liens d'alignement complexes entre les intentions d'alignement et les éléments existants de l'entreprise en précisant le rôle joué par chaque élément dans le lien, et enfin (3) de définir des métriques et mesures qui complètent les liens d'alignement. INSTAL propose une démarche méthodologique qui guide l'évolution de l'alignement stratégique en prenant en compte de nouvelles exigences d'alignement et en analysant l'alignement actuel (As-Is) (i.e. les modèles pivot, les liens d'alignement et les métriques / mesures). L'analyse du As-Is permet de découvrir des exigences d'évolution du niveau opérationnel (du SI et des processus métier) nécessaires à la mise en place d'une situation To- Be "mieux" alignée. Cette recherche a été validée à travers plusieurs cas d'études dont celui d'une entité de la Banque De Détail France du groupe BNP Paribas, qui a financé cette thèse.

Les corpus comparables rassemblent des documents multilingues n'étant pas en relation de traduction mais partageant des traits communs. Notre travail porte sur l'extraction de lexique bilingue à partir de ces corpus, c'est-à-dire la reconnaissance et l'alignement d'un vocabulaire commun multilingue disponible dans le corpus. Nous nous concentrons sur les corpus comparables spécialisés, c'est-à-dire des corpus constitués de documents révélateurs de la terminologie utilisée dans les langues de spécialité. Nous travaillons sur des corpus médicaux, l'un deux couvre la thématique du diabète et de l'alimentation, en français, anglais et japonais; l'autre couvre la thématique du cancer du sein, en anglais et en français. Nous proposons et évaluons différentes améliorations du processus d'alignement, en particulier dans le cas délicat de la langue japonaise. Nous prolongeons ce manuscrit par une réflexion sur la nature des corpus comparables et la notion de comparabilité.

Ces travaux concernent les études des algorithmes d'une part pour prédire les quantités thermodynamiques et la structure secondaire des ARN, d'autre part pour l'alignement de séquences. Dans une première partie, nous appliquons un algorithme de Monte Carlo non-Boltzmann pour estimer la densité d'états d' énergie des structures secondaires d'une séquence d'ARN, ou d'une hybridation de deux molécules d'ARN. Nous montrons d'abord que la densité estimée par notre programme est aussi bonne que la densité exacte, et le temps d'exécution de notre pro- gramme est beaucoup plus rapide. Nous calculons ensuite la température de dénaturation d'une hybridation de deux molécules d'ARN. Nous montrons que nos températures de dénaturation sont plus proches des valeurs expérimentales que les deux autres programmes existants. Puis, dans une deuxième partie, nous implémentons un algorithmes de type programmation dynamique qui engendre des structures sous-optimales dans lesquelles, nous espérons de trouver les deux structures fonctionnelles de riboswitch. Nous appliquons d'abord notre programme sur un exemple du riboswitch TPP dans lequel nous avons réussi à détecter ses deux structures fonctionnelles. Nous montrons ensuite que les structures prédites par notre programme sont plus proches de la structure réelle que celles des cinq autres programmes existants. Enfin, dans une troisième partie, nous présentons un algorithme de recherche des alignements sous-optimaux de séquences. Dans le cas de protéines, nous nous intéressons surtout à l'amélioration de la qualité d'alignement de séquences pour un niveau d'identité de séquence de 10-15%. Nous comparons d'abord nos alignements à ceux produits par l'algorithme de Needman-Wunsch. Nous prédisons plus d'alignements de référence que l'algorithme de Needman-Wunsch. Nous calculons ensuite les fréquences des paires de bases alignées et les entropies de position spécifique dans nos alignements sous-optimaux. Nous montrons que les entropies calculées à partir de notre programme sont plus corrélées avec les positions des paires de résidus fiablement alignées selon BAliBASE.

Dans les industries agro-alimentaires ainsi que dans d'autres secteurs d'activités, l'analyse sensorielle est la clé pour répondre aux attentes des consommateurs. Cette discipline est le plus souvent basée sur l'établissement de profils sensoriels à partir de notes attribuées par des juges entraînés selon une liste de descripteurs (variables sensorielles). Dans ce type d'étude, il importe d'étudier la performance des juges et d'en tenir compte dans l'établissement des profils sensoriels. Dans cette perspective, nous proposons une démarche qui permet de procurer des indicateurs de performance du jury et de chacun des juges et de tenir compte de cette performance pour une détermination d'un tableau moyen. Des tests d'hypothèses pour évaluer la significativité de la contribution des juges à la détermination du compromis sont également proposés.<br />Depuis une vingtaine d'années, les courbes temps-intensité (TI) qui permettent de décrire l'évolution d'une sensation au cours de l'expérience sont de plus en plus populaires parmi les praticiens de l'analyse sensorielle. La difficulté majeure pour l'analyse des courbes TI provient d'un effet juge important qui se traduit par la présence d'une signature propre à chaque juge. Nous proposons une approche fonctionnelle basée sur les fonctions B-splines qui permet de réduire l'effet juge en utilisant une procédure d'alignement de courbes.<br />D'autres données sensorielles au cours du temps existent telles que le suivi de la dégradation organoleptique de produits alimentaires. Pour les étudier, nous proposons la modélisation par des chaînes de Markov cachées, de manière à pouvoir ensuite visualiser graphiquement la suivi de la dégradation.

Les organisations subissent de fréquents changements. Pour rester compétitives, leurs<br />processus d'entreprise et leur système d'information doivent évoluer de concert, ce qui n'est<br />pas aisé. Bien souvent, l'évolution se fait de manière séparée voire divergente. Or, une rupture<br />de la relation d'alignement entre système et processus entraîne une baisse de la performance<br />de l'organisation. L'organisation a donc besoin de maîtriser l'évolution conjointe du système<br />et des processus, ce qui suppose de savoir si le système et les processus gèrent la même<br />information ou permettent d'atteindre les mêmes buts, pour pouvoir ensuite corriger le<br />système ou les processus. Les directeurs de systèmes d'information considèrent le problème<br />de l'alignement comme leur priorité absolue mais ils admettent qu'il reste encore mal posé et,<br />a fortiori, mal résolu.<br />De nombreux chercheurs s'intéressent au problème de l'alignement, le plus souvent sous<br />l'angle de l'alignement de la politique du développement du système d'information sur la<br />politique de développement de l'entreprise (alignement stratégique). Nous proposons de nous<br />écarter de cette vision réductrice en abordant le problème de l'alignement, de façon<br />rigoureuse et formelle, dans un contexte d'évolution qui correspond à la réalité quotidienne<br />des organisations et permet de mieux comprendre les enjeux et les concepts de l'ingénierie de<br />l'alignement.<br />Cette thèse apporte des réponses au problème de l'alignement et de son maintien au cours du<br />temps. Nous définissons précisément et formellement les concepts nécessaires à la mesure, à<br />la correction et à l'évolution de l'alignement entre un système et des processus d'entreprise.<br />Ainsi, nous proposons dix métriques permettant d'évaluer différents aspects complémentaires<br />de la relation d'alignement. Ces métriques sont bâties sur l'utilisation de modèles pour<br />représenter le système et les processus d'entreprise et la définition de deux types de liens<br />entre les concepts de ces modèles.<br />Nous proposons également une méthode, la méthode ACEM (Alignment Correction and<br />Evolution Method), pour corriger l'alignement et faire évoluer conjointement le système et les<br />processus d'entreprise. Cette méthode matérialise la relation d'alignement à un niveau<br />intentionnel par le biais d'un modèle pivot. Elle guide les ingénieurs d'alignement dans la<br />réalisation des différentes étapes du processus tout en leur laissant une grande liberté de<br />choix. L'ingénieur fait évoluer le modèle pivot en exprimant explicitement les exigences<br />d'évolution sous forme d'opérateurs d'écart.<br />Ces métriques et ces opérateurs doivent pouvoir être utilisés dans des contextes variés. C'est<br />pourquoi nous les avons définis à un niveau générique, indépendamment de tout méta-modèle<br />spécifique. Des processus permettent de les générer de façon rigoureuse et aisée pour des<br />méta-modèles particuliers sans faire appel aux connaissances des ingénieurs ou aux<br />particularités d'un projet ou d'une méthode.

La génomique moléculaire fait face en ce début de siècle à de nouvelles situations qu'elle doit prendre en compte. D'une part, depuis une dizaine d'années, la quantité de données disponibles croît<br />de manière exponentielle. D'autre part, la recherche dans le domaine<br />implique de nouvelles questions dont les formulations in silico<br />génèrent des problèmes algorithmiquement difficiles à résoudre.<br /><br />Parmi ces problèmes, certains concernent notamment l'étude de réarrangements génomiques dont les duplications et les éléments transposables. Ils imposent que l'on soit en mesure de détecter précisément et efficacement de longues répétitions approchées et multiples dans les génomes. Par répétition multiple, nous désignons<br />des répétitions ayant au moins deux copies dans une séquence d'ADN, ou ayant des copies dans au moins deux séquences d'ADN distinctes. De plus, ces répétitions sont approchées dans le sens où des erreurs existent entre les copies d'une même répétition.<br /><br />La recherche de répétitions approchées multiples peut être résolue par des algorithmes d'alignements multiples locaux mais ceux-ci présentent une complexité exponentielle en la taille de l'entrée, et ne sont donc pas applicables à des données aussi grandes que des génomes. C'est pourquoi, de nouvelles techniques doivent être créées pour répondre à ces nouveaux besoins. <br /><br />Dans cette thèse, une approche de filtrage des séquences d'ADN est<br />proposée. Le but d'une telle approche est de supprimer rapidement et<br />efficacement, parmi des textes représentant des séquences d'ADN, de<br />larges portions ne pouvant pas faire partie de répétitions. Les données filtrées, limitées en majorité aux portions pertinentes, peuvent alors être fournies en entrée d'un algorithme d'alignement multiple local.<br /><br /><br />Les filtres proposés appliquent une condition nécessaire aux séquences pour n'en conserver que les portions qui la respectent. Les travaux que nous présentons ont porté sur la création de conditions de filtrage, à la fois efficaces et simples à appliquer d'un point de vue algorithmique. À partir de ces conditions de filtrage, deux filtres, Nimbus et Ed'Nimbus, ont été créés. Ces filtres sont appelés exacts car il ne suppriment jamais de données contenant effectivement des occurrences de répétitions respectant les caractéristiques fixées par un utilisateur. L'efficacité du point de vue de la simplicité d'application et de celui de la précision du filtrage obtenu, conduit à de très bons résultats en pratique. Par exemple, le temps utilisé par des algorithmiques de recherche de répétitions ou d'alignements multiples peut être réduit de plusieurs ordres de grandeur en utilisant les filtres proposés.<br /><br />Il est important de noter que les travaux présentés dans cette thèse<br />sont inspirés par une problématique biologique mais ils sont également généraux et peuvent donc être appliqués au filtrage de tout type de textes afin d'y détecter de grandes portions répétées.

Le travail présenté dans ce mémoire porte sur la construction des outils et ressources linguistiques pour les tâches fondamentales de traitement automatique de la langue vietnamienne, dans un contexte monolingue ainsi que multilingue. Nous présentons pour cette langue encore peu étudiée des solutions possibles aux problèmes d'annotation morpho-syntaxique (définition de descripteurs lexicaux « de référence », construction d'un lexique avec ces descriptions, des outils de segmentation et d'étiquetage lexical), d'analyse syntaxique (première tentative de modélisation de la grammaire vietnamienne en employant le formalisme TAG, cadre de construction de ressources pour l'analyse syntaxique) et d'alignement multilingue (constitution d'un corpus multilingue, développement d'un système d'alignement multilingue). Afin d'assurer la réutilisabilité des travaux réalisés, et dans l'espoir de les voir stimuler le développement du TAL au Vietnam, nous avons apporté une attention particulière aux questions de normalisation de la gestion des ressources linguistiques.

La vision permet aux animaux de recueillir une information riche et détaillée sur leur environnent proche ou lointain. Les machines ont aussi accès à cette information riche via leurs caméras. Mais, elles n'ont pas encore le logiciel adéquat leur permettant de la traiter pour transformer les valeurs brutes des pixels de l'image en information plus utile telle que la nature, la position, et la fonction des objets environnants. Voilà une des raisons pour laquelle il leur est difficile de se mouvoir dans un environnement inconnu, et d'interagir avec les humains ou du matériel dans des scénarios non-planifiés. Cependant, la conception de ce logiciel comporte de multiples défis. Parmi ceux-ci, il est difficile de comparer deux images entre elles, par exemple, afin que la machine puisse reconnaître que ce qu'elle voit est similaire à une image qu'elle a déjà vue et identifiée. Une des raisons de cette difficulté est que la machine ne sait pas, a priori, quelles parties des deux images se correspondent, et ne sait donc pas quoi comparer avec quoi. Cette thèse s'attaque à ce problème et propose une série d'algorithmes permettant de trouver les parties correspondantes entre plusieurs images, ou en d'autre terme d'aligner les images. La première méthode proposée permet d'apparier ces parties de manière cohérente en prenant en compte les interactions entre plus de deux d'entre elles. Le deuxième algorithme proposé applique avec succès une méthode d'alignement pour déterminer la catégorie d'un objet centré dans une image. Le troisième est optimisé pour la vitesse et tente de détecter un objet d'une catégorie donné où qu'il soit dans l'image.

L'alignement de modèles est devenu un sujet d'intérêt pour la communauté de l'Ingénierie Dirigée par les Modèles. Le but est d'identifier des correspondances entre les éléments de deux métamodèles ou de deux modèles. Un scénario d'application important est la dérivation des transformations à partir des correspondances entre métamodèles. De plus, les correspondances entre modèles offrent un grand potentiel pour adresser d'autres besoins. L'établissement manuel de ces correspondances sur des (méta)modèles de grande taille demande une grande quantité de travail et est source d'erreurs. La communauté travaille donc à automatiser le processus en proposant plusieurs stratégies d'alignement formulées comme la combinaison d'un ensemble d'heuristiques. Un premier problème est alors que ces heuristiques sont limitées à certains formalismes de représentation au lieu d'être réutilisables. Un second problème réside dans la difficulté à évaluer systématiquement la qualité des stratégies. Cette thèse propose une approche pour résoudre les problèmes ci-dessus. Cette approche développe des stratégies dont les heuristiques sont faiblement couplées aux formalismes. Elle extrait un jeu de tests d'usage à partir d'un répertoire de modèles et elle utilise finalement un mégamodèle pour automatiser l'évaluation. Pour valider cette approche, nous développons le langage dédié AML construit sur la plateforme AmmA. Nous contribuons à la définition d'une bibliothèque d'heuristiques et de stratégies AML. Pour montrer que notre approche n'est pas limitée au domaine de l'IDM nous testons celle-ci dans le domaine des ontologies. Finalement, nous proposons trois cas d'étude attestant l'applicabilité des stratégies AML dans les domaines de la coévolution des modèles, de l'évaluation des métamodèles pivots et de la synchronisation des modèles