Orientadores: Ana Maria Lima de Azeredo-Espin, Nilson Ivo Tonin Zanchin / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-19T22:51:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Marinho_MarcoAntonioTonus_D.pdf: 17816653 bytes, checksum: e915a871c22b7741c1be765f87c95ff5 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: A superfamília Oestroidea (Diptera:Brachycera:Calyptratae), com +13.000 espécies descritas, compreende um dos grupos mais numerosos e ecologicamente diversos da ordem Diptera. O grupo possui grande interesse para atividades humanas por englobar espécies de importância médica, veterinária e forense, muitas das quais compõem a família Calliphoridae. Apesar do grande número de estudos disponíveis, as relações evolutivas no grupo, o qual é composto predominantemente por linhagens de rápida diversificação e radiação, ainda são controversas e pouco compreendidas, encorajando a caracterização de novos marcadores moleculares para análises de filogenia molecular. Neste contexto, esta tese foi desenvolvida e organizada em três capítulos descrevendo estudos genéticoevolutivos em espécies da superfamília Oestroidea, com ênfase em Calliphoridae. O primeiro capítulo trata da caracterização e avaliação do segundo espaçador transcrito interno (ITS2) do DNA ribossomal como um marcador molecular para análises filogenéticas em Calliphoridae, incorporando informações tanto da sequência primária quanto da estrutura secundária adquirida pela região. A análise do ITS2 revelou um padrão hierarquicamente organizado das distâncias genéticas nos níveis de espécies, gêneros e subfamílias, enquanto pouca variação intra-específica foi encontrada. As árvores inferidas recuperaram muitas das relações comumente aceitas entre os táxons amostrados, sendo que a inclusão da informação estrutural nas análises resultou na recuperação de topologias mais confiáveis. Sendo assim, o potencial da região ITS2 como um marcador molecular para análises evolutivas na família Calliphoridae foi confirmado e seu uso em análises de maior escala, incluindo marcadores de diferentes naturezas de evolução, encorajado. O segundo capítulo da tese descreve a caracterização in vitro da estrutura secundária adquirida pelo ITS2, através de padrões de digestão enzimática e análise dos fragmentos gerados, em espécies representantes das três superfamílias de Calyptratae: Glossina morsitans, Musca domestica e Cochliomyia hominivorax. A análise do padrão de fragmentos gerados pelas enzimas RNAse I, A, T1 e V1, quando mapeados na estrutura secundária predita in silico, corroborou muitos dos domínios inicialmente preditos pelo método computacional, ressaltando a importância e confiabilidade desses métodos na predição de estruturas secundárias. O terceiro capítulo da tese descreve análises de filogenia molecular na superfamília Oestroidea, com ênfase na amostragem de espécies de Calliphoridae, utilizando quatro marcadores moleculares, dois nucleares (ITS2 e 28S) e dois mitocondriais (COI e 16). As análises, que incluíram uma extensa avaliação dos efeitos de diferentes estratégias de particionamento dos dados em análises de inferência Bayesiana (por conformação estrutural e posição no códon), revelaram a existência de dois clados principais em Oestroidea: Tachinidae + Mesembrinellinae e Oestridae + Rhiniinae + Sarcophagidae + Calliphoridae (definida em senso estrito). O status de família recentemente atribuído à Rhiniinae foi encontrado, enquanto há também evidências para sugerir o mesmo para a subfamília Mesembrinellinae, como proposto anteriormente por outros autores. As diferentes estratégias de particionamento do conjunto de dados amostrados resultaram em diferenças discretas em termos de topologia, comprimentos de ramo e suporte geral das filogenias inferidas. Embora o resultado geral indique uma melhor resolução das análises quando do uso de combinações de partições e modelos mais complexas, as mesmas podem ocasionar também um aumento considerável na incerteza associada às análises / Abstract: The Oestroidea superfamily (Diptera: Brachycera: Calyptratae), with +13,000 described species, comprises one of the most numerous and ecologically diverse groups in the Diptera order. The group is actually of great interest for human activities since it includes species of medical, veterinary and forensic importance, most of them included in the Calliphoridae family. Despite the existence of several studies addressing the issue, evolutionary relationships in Oestroidea, a group mainly composed of rapidly diverged lineages, remains contentious and poorly understood, encouraging the characterization of new molecular markers for phylogenetic inference analyses. In this context, this thesis was developed and organized in three chapters describing genetic and evolutionary studies in species of the Oestroidea superfamily, with emphasis in Calliphoridae. The first chapter deals with the characterization and evaluation of the second internal transcribed spacer region (ITS2) of the ribosomal DNA cluster as a molecular marker for phylogenetic inference in Calliphoridae, including information of both primary sequence and secondary structure. The analyses revealed an hierarchically organized pattern of genetic distances in the specific, generic and subfamilial level, while little intraspecific variation was detected. Inferred trees were able to recover most of the commonly accepted relationships among the sampled taxa, with the consideration of structural information resulting in better supported topologies. Thereby, the potential of the ITS2 region as a molecular marker for phylogenetic inference in the Calliphoridae family was corroborated and its use in larger scale analyses, including other markers with different evolutionary patterns, encouraged. Chapter II describes the in vitro characterization of the secondary structure of the ITS2 region, through patterns of enzymatic digestion and analysis of the generated fragments, in representative species of the three superfamilies of the Calyptratae clade: Glossina morsitans, Musca domestica and Cochliomyia hominivorax. Analyses of the patterns of the fragments generated by enzymatic digestions with the RNAses I, A, T1 and V1, when mapped in the in silico predicted secondary structure, corroborated the folding of most of the domains predicted by computational methods, highlighting the importance and reliability of these methods in secondary structure prediction. Chapter III describes molecular phylogenetic analyses in the Oestroidea superfamily, with emphasis on the Calliphoridae family, using four different molecular markers, two nuclear (ITS2 and 28S) and two mitochondrial (COI and 16S) regions. The analyses, which included a comprehensive evaluation of the effects of different data partitioning strategies in a Bayesian framework (by structural conformation and codon position), revealed the existence of two main clades in Oestroidea: Tachinidae+Mesembrinellinae and Oestridae+Rhiniinae+Sarcophagidae+Calliphoridae (defined in a strict sense). The recently attributed family status to Rhiniinae was confirmed, and there are evidence to also suggest the same for Mesembrinellinae, as previously pointed out by other studies. The different data partitioning strategies used in the sampled dataset resulted in small differences in terms of inferred topologies, estimated branch lengths and average support. Although the overall results indicate a significant increase in phylogeny resolution when more complex and parameter-rich models / partitions combinations are used, they can also lead to an increased uncertainty in the phylogenetic estimation process / Doutorado / Genetica Animal e Evolução / Soutor em Genética e Biologia Molecular

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-02-14T18:02:38Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_RevisaoTaxonomicaFilogenia.pdf: 24018921 bytes, checksum: de3cc24bd2600c933d4480769117742c (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-02-15T14:40:21Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_RevisaoTaxonomicaFilogenia.pdf: 24018921 bytes, checksum: de3cc24bd2600c933d4480769117742c (MD5) / Made available in DSpace on 2013-02-15T14:40:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Tese_RevisaoTaxonomicaFilogenia.pdf: 24018921 bytes, checksum: de3cc24bd2600c933d4480769117742c (MD5) Previous issue date: 2012 / Nephochaetopteryx Townsend, 1934 é um gênero de moscas da família Sarcophagidae, da tribo Sarothromyiini, predominantemente Neotropical, com somente uma espécie Neártica. Este gênero compreende espécies pequenas (4 a 7,3 mm), caracterizadas principalmente por possuírem veia R1 completamente coberta por sétulas na superfície dorsal, presença de cerda orbital proclinada nos machos e fêmur mediano com ctenídio. Além disso, algumas espécies apresentam asa com mácula escura entre a parte apical das veias R2+3 e C. A revisão taxonômica do gênero resultou em 34 espécies válidas, sendo que sete destas são novas para a ciência. Nephochaetopteryx calida não pertence ao gênero, N. shannoni foi considerada sinônimo júnior de N. flavipalpis, e N. linharensis sinônimo júnior de N. pallidifacies. Uma chave para os espécimes machos de todas as espécies válidas (com exceção de N. juquiana) foi apresentada, bem como ilustrações detalhadas da terminália e esternito 5 dos machos. Além disso, é proposta também uma hipótese de relacionamento filogenético para o gênero, baseada em 24 caracteres da morfologia externa dos machos adultos, principalmente da terminália. Foram utilizados 32 táxons terminais, sendo 29 de Nephochaetopteryx. A monofilia do gênero foi corroborada, e uma nova sinapomorfia foi proposta dentro do contexto de Sarothromyiini: presença de lóbulo mediano no esternito 5 dos machos. Baseado na análise filogenética, o gênero foi dividido em quatro grupos de espécies: angustifrons, biculcita, cyaneiventris e pallidiventris. O grupo angustifrons é o grupo irmão do clado formado pelas demais espécies. / Nephochaetopteryx Townsend, 1934 is a genus of flies of the family Sarcophagidae, tribe Sarothromyiini, predominately Neotropical, with only one Nearctic species. This genus comprises small species (4–7.3 mm), mainly characterized by vein R1 fully setose dorsally, males with proclinate orbital bristles, and male mid femur with ctenidium. In addition, some species has wing fumose between apical part of vein R2+3 and C. The taxonomic review of the genus resulted in 34 valid species, being seven new species to science. Nephochaetopteryx calida does not belong to the genus, N. shannoni is junior synonymy of N. flavipalpis, and N. linharensis a junior synonymy of N. pallidifacies. A key to males of all described species (except for N. juquiana) is showed, as well as detailed illustrations of terminalia and sternite 5 of males. In addition, it is proposed a hypothesis of the phylogenetic relationships to the genus, based on 24 external morphological characters of adult males, mainly from terminalia. Were utilized 32 terminal taxa, being 29 of Nephochaetopteryx. The monophyly of genus is corroborated, and a new synapomorphy is proposed within the Sarothromyiini context: sternite 5 of male with median lobule. Based on the phylogenetic analyses, the genus is divided in four species group: angustifrons, biculcita, cyaneiventris and pallidiventris. The angustifrons group is the sister group of the clade that comprises the remaining species.

Submitted by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-05-03T16:46:25Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DescriaooNotasTaxonomicas.pdf: 4346550 bytes, checksum: a06bbcbf2caec9fc381cff44c3dee8f1 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-05-03T16:47:01Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DescriaooNotasTaxonomicas.pdf: 4346550 bytes, checksum: a06bbcbf2caec9fc381cff44c3dee8f1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-05-03T16:47:01Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_DescriaooNotasTaxonomicas.pdf: 4346550 bytes, checksum: a06bbcbf2caec9fc381cff44c3dee8f1 (MD5) Previous issue date: 2014-04-03 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Descrições e notas taxonômicas comparativas das terminalias femininas de 15 espécies de Peckia Robienau-Desvoidy, 1830 (Diptera, Sarcophagidae) da Amazônia Brasileira. Para contribuir com a caracterização e também possibilitar a identificação específica das fêmeas do gênero Peckia, as terminálias de 15 espécies com ocorrência na Amazônia Brasileira são descritas, ilustradas e uma chave de identificação para fêmeas é fornecida. Além da cor da gena e presença de sétulas da gena e caliptra, o formato das espermatecas e do tergito 6 também podem ser utilizados caracterização dos cinco subgêneros de Peckia. O formato dos esternitos 6, 7 e 8, a posição do espiráculo 6 e a polinosidade do tergito 6 revelaram-se importantes para identificação das espécies. O tergito 8 está presente apenas na espécie Peckia (Pattonella) intermutans (Walker, 1861). O formato da placa vaginal, estrutura presente em apenas quatro espécies do subgênero Peckia, difere entre elas e pode ser utilizado para identificação específica. Portanto, uma análise conjunta destas características da terminália feminina é necessária para identificação específica de fêmeas de Peckia. / Description and comparative morphological notes of female terminalia of species of Peckia Robienau-Desvoidy, 1830 (Diptera, Sarcophagidae) from the Brazilian Amazon. In order to contribute and allow specific identification of female of the genus Peckia, the terminalia of 15 species that occurs in Brasilian Amazon are described, illustrated and an identification key to females is given. Besides gena color and the presence of setulae in gena and calypter, the shape of spermathecae and tergite 6 can also be used in the subgenus determination. The sternites 6, 7 and 8, the position of spiracle 6 and the microtrichosity of tergite 6 reveled important to specific identification. The tergite 8 is present only in the species Peckia (Pattonella) intermutans (Walker, 1861). The shape of vaginal plate, a structure present only in four species of subgenus Peckia, differs in shape and can be used to characterize these species. Therefore, a combined analysis of these features of female terminalia is necessary in the species determinationof the females of Peckia. Peckia (Peckia) hilifera (Aldrich, 1916) is recorded for the first time from Brazil.