Depuis la découverte des sources hydrothermales en 1977, un petit nombre d'études ont permis l'isolement et la caractérisation de micro-organismes pouvant résister à de hautes pressions et températures. Parmi ceux-ci, Pyrococcus yayanosii, une archée hyperthermophile de l'ordre des Thermococcales est issue du site Ashadze (dorsale medio-atlantique) à 4100 m de profondeur. Cette espèce représente le premier organisme à la fois hyperthermophile et piézophile strict décrit à ce jour. Elle ne peut en effet se diviser à des pressions inférieures à 20 MPa et sa pression optimale de croissance est de 52 MPa. Afin d'étudier les mécanismes que met en oeuvre cette espèce pour se développer sous hautes pressions, des expériences de transcriptomique (puces à ADN) et protéomique (LC-MS/MS) ont été entreprises à différentes pressions notamment sub- et supraoptimales. La distinction entre les effets « stress » et « adaptations » à la pression a été effectué en comparant les résultats obtenus chez une autre Thermoccocale proche, Pyrococcus furiosus, qui est piézosensible. La détermination des pressions sub et supra optimales a été préalablement effectuée sur une large gamme de pression hydrostatique. Des analyses génomiques ont aussi été effectuées sur les Thermococcales en général et ses deux espèces en particulier et montrent des différences importantes au niveau des voies de biosynthèse des acides aminés ainsi que des transporteurs membranaires. Les analyses transcriptomiques et protéomiquesmontrent que P. yayanosii joue essentiellement sur ses mécanismes de production d'énergie (métabolisme del'hydrogène), de mobilité (chimiotactisme), de traduction (protéines ribosomales) ainsi que sur ses mécanismes de défense (CRISPR/cas). P. furiosus met en place des mécanismes se basant aussi sur la traduction et la mobilité (archaellum). Il semble que ces derniers puissent ainsi être considérés comme des réponses aux stress, alors que la modulation énergétique uniquement présente chez P. yayanosii soit plus un « shift » métabolique permettant à la cellule de s'adapter aux différentes conditions de pression de son environnement. / No

Diss.--Universität Bochum. / Bibliogr. p. 100-118.

La transició d'animals amb un eix, simetria radial i dues capes embrionàries a animals amb dos eixos, simetria bilateral i tres capes embrionàries fou un dels esdeveniments més importants de la història evolutiva animal. Cóm eren els primers organismes bilaterals, els ancestres dels 34 fílums actuals de bilaterals, és un dels misteris més grans de la Zoologia i la Història Natural. Les dades morfològiques i paleontòlogiques han produit no poques teories de com es va donar aquest procés. En qualsevol cas, aquestes es poden simplificar en una pregunta: eren els primers bilaterals organismes estructuralment complexes (amb celoma, segmentació i amb estructures internes i nervioses desenvolupades) o bé morfològicament senzills? Les implicacions són evidents: si l'ancestre era complex, això implica que els bilaterals actuals d'organització corporal senzilla (els fílums acelomats i pseudocelomats) són derivats per simplificació. Si, d'altra banda, l'ancestre era estructuralment senzill, la complexitat corporal s'hauria adquirit gradualment. Entendre aquest pas ajudarà, entre d'altres coses, a: 1) polaritzar els canvis genètics i morfològics, 2) compendre les raons de l'augment o disminució de complexitat, i 3) iniciar estudis genètics en taxons clau per entendre la genètica subjacent de passar de un sol eix corporal (oral-aboral) a dos eixos corporals (antero-posterior i dorso-ventral).La condició sine qua non per respondre aquesta pregunta és disposar d'una filogènia robusta dels fílums animals. Així, adreçant-nos cap aquest objectiu, aquesta tesi ha intentat solventar la posició filogenètica de dos taxons: els acels i els nemertodermàtides. Avui en dia, la manera més eficaç d'afrontar això és obtenint dades independents de la morfologia; és a dir, obtenir dades moleculars i inferir-ne la seva posició filogenètica a partir d'aquestes. D'aquesta manera es pot testar i evaluar les teories proposades i, per què no?, generar hipòtesis noves. A l'inici de la tesi només disposavem de les seqüències del 18S de tres espècies d'acels i d'un nemertodermàtid, obtingudes per resoldre la situació del fílum Platyhelminthes (considerat basal fins aleshores) dins dels Bilateria. Els acels seqüenciats eren, però, fast-clock (presentaven tases de substitució més elevades que la resta). Davant d'aquest problema, l'aproximació molecular havia de seguir, doncs, unes pautes concretes, emprant diferents aproximacions i metodologies:1.seqüenciar més 18S d'acels i nemertodermàtides, per tal de trobar algun amb una taxa de substitució semblant a la resta de bilaterals. 2.buscar i trobar una molècula independent dels gens ribosomals, com, per exemple, gens nuclears codificants, amb informació filogenètica a nivell de fílums. Una vegada trobada seqüeincar un nombre suficientment alt de taxons per tal de comprobar els resultats del 18S. 3.obtenir dades sobre possibles sinapomorfies moleculars, com ara el nombre i tipus de gens Hox, el reordernament dels gens mitocondrials.Aquesta Tesi enfila el problema emprant moltes de les possibles aproximacions moleculars: a) generant més seqüències de 18S d'acels i nemertodermàtides (capítol I i II); b) aconseguint les primeres seqüències de proteïnes mitocondrials d'acels i nemertodermàtides (capítol II); c) cercant una nova molècula -gen codificant nuclear- amb informació filogenètica al nivell que volem i seqüenciant una serie suficient de fílums bilaterals per testar els resultats del 18S (capítol III); i d) generant les primeres dades dels genomes mitocondrials d'acels, nemertodermàtides i platihelmints no-paràsits, per tal de buscar sinapomorfies moleculars (capítol IV).Totes les dades aquí presentades (18S ribosomal, les sequencies del nou marcadaor filogenètic miosina II, i l'estructura dels genomes mitocondrials) corroboren que els Platyhelminthes són polifilètics, ja que ni acels ni nemertodermàtides s'agrupen amb el gruix dels Platyhelminthes (els Rhabditophora). De fet, el conjunt de dades presentades suggereixen un nou esquema taxonòmic i filogenètic dels Metazous: els Bilateria formen un grup monofilètic dividit en: 1) acels i nemertodermàtides i 2) el gruix dels bilaterals, que anomenem Eubilateria o Nephrozoa, dividits en els tres superclades (Ecdysozoa, Lophotrochozoa i Deuterostomia). Així, acels i nemertodermàtides haurien divergit abans que la resta dels bilaterals actuals, i seriens els bilaterals més basals de tots els actuals. La seva morfologia actual ens premetria, per tant, inferir que l'ancestre dels Bilateria era també morfològicament senzill, probablemenet sense celoma, sense segments i de desenvolupament directe.

Mémoire (M.A.-Gestion en P.M.O.)- Université du Québec à Chicoutimi, 1982. / Document électronique également accessible en format PDF. CaQCU

Th.--Droit--Paris, 1940.

Thèse (M.Serv.Soc.)--Université Laval, 2008. / Bibliogr.: f. 100-106. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Thèse (Ph. D.)--Université Laval, 2004. / Bibliogr.: f. [172]-233. Publié aussi en version électronique.

Thèse (M.Sc.) -- Université Laval, 1998. / Bibliogr.: f. 72-84. Publié aussi en version électronique.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2002. / Bibliogr. Publié aussi en version électronique.

Le travail de thèse présenté dans ce manuscrit porte sur la caractérisation de l’exposition des organismes aquatiques à un produit pharmaceutique (PP) et sur l’étude des perturbations métaboliques associées. Un PP récemment inclus dans la liste de vigilance de la directive cadre sur l’eau européenne (2015/495/EC), le DCF, et un organisme du milieu marin, Mytilus galloprovincialis, ont été choisis comme modèles de travail. L’approche méthodologique développée est une combinaison de l’analyse ciblée et non-ciblée des métabolites endogènes et exogènes (l’endo- et le xéno-métabolome) présents chez l’organisme d’étude suite à une exposition au DCF. L’évaluation des effets du DCF chez la moule par approche ciblée a été conduite sur la base de son mode d’action connu chez l’Homme : la modulation de la synthèse des prostaglandines (PG). Les PGs sont impliquées dans diverses fonctions, telles que la reproduction et l’osmorégulation chez les organismes aquatiques, et d’autres voies métaboliques sont susceptibles d’être impactées. Les résultats obtenus ont permis de mettre en évidence une sous-modulation de la synthèse de la PGE2 chez les moules exposées au DCF. Par ailleurs, peu d’informations sont disponibles concernant la métabolisation du DCF chez les invertébrés. Pour étudier la biotransformation et les effets du DCF chez la moule, l’application d’une approche non-ciblée nous semblait prometteuse. L’étude du xéno-métabolome m’a permis de mettre en évidence la formation de 13 métabolites, dont 3 de phase I et 10 de phase II. Parmi ces métabolites, 5 sont référencés pour la première fois dans la littérature. Par la suite, l’étude de l’endo-métabolome a permis de révéler la modulation de deux voies métaboliques : le métabolisme de la tyrosine et le métabolisme du tryptophane. Les catécholamines et la sérotonine ressortent comme particulièrement impactées dans ces deux voies métaboliques. Chez la moule, ces métabolites sont impliqués dans des fonctions biologiques importantes : l’osmorégulation et la reproduction et sont en accord avec les études menées chez d’autres organismes aquatiques. Le travail effectué a permis de mettre en évidence que l’application de l’approche métabolomique à des questions environnementales est pertinente et performante pour étudier la biotransformation et les effets non-documentés (différent du mécanisme d’action connu) d’un produit pharmaceutique chez des organismes non-cibles, sans hypothèse a priori. / This PhD thesis describes an investigation of the metabolomic approach performances to characterize the pharmaceuticals environmental exposure and effects in non target organisms. The studied pharmaceutical was diclofenac (DCF), a non-steroidal anti-inflammatory drug recently included in the first watch list of the European Water Framework Directive (2015/495/EC), and the model organism was the Mediterranean mussel Mytilus galloprovincialis. The methodological approach combines target and non-targeted analysis of endogenous and exogenous metabolites in mussel, the endo- and the xeno-metabolome. DCF effects in mussel were investigated considering its known mode of action in human: the prostaglandins (PG) synthesis modulation. In aquatic organisms, PGs are involved in various biological functions, such as reproduction or osmoregulation. This targeted analysis allowed us to determine a PGE2 synthesis disruption with DCF exposure. Otherwise, little information is available about DCF biotransformation in invertebrates. To study DCF biotransformation in mussel, the application of a non-targeted approach seemed promising. This study allows the reveal 13 DCF metabolites formation of which 3 were phase I metabolites and 10 were phase II metabolites. Among them, 5 were described for the first time. Subsequently, the mussel’s endo-metabolome study showed the modulation of two pathways: the tyrosine and the tryptophan metabolism. Inside these pathways, the catecholamines and serotonin appeared as particularly impacted. In mussels, these compounds are involved in important biological functions: the osmoregulation and the reproduction. Such DCF effects are in accordance with those reported in other study conducted on aquatic organisms. The work conducted highlighted the relevance and pertinence of the metabolomic approach as a tool for environmental studies without a priori hypothesis, such as studying the biotransformation and unexpected effects of pharmaceuticals in non-target organisms.