Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Os fungos endofíticos do tipo dark septate podem ser promotores de crescimento vegetal. No entanto, ainda são poucos os estudos com este grupo de fungos. Assim, o objetivo deste estudo foi caracterizar fungos DSEF obtidos a partir de plantas de Oryza glumaepatula coletadas em ambientes amazônicos. As raízes das plantas de doze amostras de O. glumaepatula foram seccionadas, desinfestadas e dispostas em placas com o meio ágar-malte suplementado com Cloranfenicol e Sulmametazol mais Trimetropina. Os isolados obtidos foram avaliados quanto às características de dark septate e armazenados em água destilada e água destilada adicionada de glicerol. Todos os isolados fúngicos considerados DSEF foram reinoculados em plantas de O. glumaepatula, sendo 5 inoculados em O. sativa e, também, caracterizados geneticamente através da amplificação e sequenciamento da região ITS1-5.8S-ITS2. O meio de cultura ágar-malte foi eficiente para a obtenção de DSEF, obtendo-se 46 isolados. O armazenamento em água destilada e em água destilada adicionada de glicerol mostrou-se eficiente para a manutenção das culturas fúngicas por pelo menos 12 meses. Todos 46 isolados fúngicos reinoculados foram capazes de colonizar raízes O. glumaepatula e 5 destes isolados foram capazes de colonizar O. sativa, não desencadeando sintomas de patogenicidade. A análise genética dos isolados mostrou que estes fungos apresentam baixa similaridade entre eles e não possuem similaridade com fungos DSEF já descritos e presentes no banco de dados do Genbank, indicando que a metodologia empregada permitiu a obtenção de espécies fúngicas diversas e que a espécie O. glumaepatula abriga alta diversidade deste grupo de fungos. / The endofophytic fungi such as dark septate or DSEF can be promoters of plant growth. However, there are few studies com this group of fungi. The objective of this study was to characterize DSEF fungi obtained fron plants collected in enviroments Oryza glumaepatula Amazon. The plant roots of twelve O. glumaepatula samples were sectioned, disinfected, and placed in plates with agar-malte medium added of chloramphenicol and trimethoprim sulmametazol more. The isolates were evaluated in relation of dark septate characteristics and stored in distilled water, and in distilled water added of glycerol. All fungal isolates considered DSEF were reinoculated in plants of O. glumaepatula, and inoculated in 5 in Oryza sativa and also genetically characterized by amplifying and sequencing the region ITS1-5.8S-ITS2. The agar-malte medium was efficient to isolate DSEF, resulting in more than 46 isolates. The distilled water and also distilled water added of glycerol were efficient to maintain the fungus culture at least 12 months. All 46 fungal isolates were reinoculated to colonize roots O. glumaepatula and 5 of these isolates were able to colonize O. sativa, not trigger symptoms of pathogenicity. Genetics analysis of isolates showed that these fungi have low similarity between them and have no similarity to fungi DSEF already described and present in the database of Genbank, indicating that the methodology allowed the acquisition of several fungal species and the species O. glumaepatula houses high diversity of this group of fungi.

Made available in DSpace on 2014-08-20T14:06:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_final_Daniel_Farias.pdf: 1887776 bytes, checksum: a4a075b3f8cd4f8bd1c035e70aecf8ee (MD5) Previous issue date: 2013-12-04 / Rice is the most important grain in terms of economic value in the world, this crop has a significance to developing countries, both the culture aspect, as social and economic point. Rice is considered one of the best foods, with better nutritional balancing, extremely versatile, it is adapted in different soils and climates, this specie has greatest potential to increase the food production to control the world hunger. Despite the contribution that molecular markers gave for plant breeding, the increase of genome and transcriptome sequence data, the plant breeding approaches have greatly advanced. With this fact Bioinformatic becomes an essential tool for studies with genomic data. The principal aim of this study is to generate a tool that can contribute with assembly researches, and the assembly of Oryza glumaepatula genome. The first chapter is a review of rice, both on the cultivated species such as wilds. The second chapter presents the AEROS, a tool that aim provides the evaluation and comparison of genome assemblers, providing inferences about the results of these programs. The third chapter presents de assembly of the wild rice specie Oryza glumaepatula. With this study, we development AREOS program, that simulates a reference sequence and reads from Illumina platform. The draw assembly of Oryza glumaepatula genome has 292,860 scaffolds, and 412M bases. / O arroz é um dos mais importantes grãos em termos de valor econômico no mundo, essa cultura possui grande importância para os países em desenvolvimento, tanto pelo aspecto cultura, quanto sob o ponto de vista social e econômico, pois este é considerado um dos alimentos com melhor balanceamento nutricional, extremamente versátil, que se adapta a diferentes condições de solo e clima, sendo a espécie de maior potencial de aumento de produção para o controle da fome no mundo. Apesar da contribuição dada pelos marcadores moleculares no incremento do melhoramento genético vegetal, o aumento da disponibilidade de dados referentes a regiões genômicas sequenciadas e de análises de transcriptomas, possibilitaram um grande avanço em pesquisas de melhoramento genético. Esse fato fez com que a Bioinformática se tornasse uma ferramenta essencial para o tratamento de dados genômicos. O objetivo geral desse trabalho é gerar uma ferramenta que possa contribuir para os trabalhos com montagens de genomas, e montar o genoma da espécie Oryza glumaepatula. O primeiro capítulo aborda uma revisão bibliográfica sobre o arroz, tanto sobre as espécies cultivadas como as selvagens. O segundo capítulo apresenta a ferramenta AREOS, que tem como objetivo proporcionar a avaliação e a comparação de programas de montagem de genomas, proporcionando aos pesquisadores que irão trabalhar com esses dados, inferir sobre os resultados desses programas. O terceiro e último capítulo apresenta a montagem do genoma de arroz selvagem Oryza glumaepatula. Com a realização desse trabalho, foi desenvolvido o programa AREOS que simula uma sequência de referência e leituras de sequenciamento da plataforma Solexa da Illumina. Além disso, o genoma de O. glumaepatula(GEN 1233) foi sequenciado e montado. A montagem parcial do genoma dessa espécie possui um total de 292.860 scaffolds com 412M bases.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:16:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao SantosKFD.pdf: 3452223 bytes, checksum: 425b2eff60093d958263e376587dc3c7 (MD5) Previous issue date: 2010-03-31 / The objective of this dissertation was to analyze quantitative and qualitatively the total storage protein content and its fractions albumin, globulin, prolamin and glutelin from the grain of 29 genotypes of the wild rice Oryza glumaepatula and 70 interspecific lines backcross 2 obtained from the cross O. sativa x O. glumaepatula. From these lines, 34 BC2F8 were obtained from the cross O. sativa BG 90-2 x O. glumaepatula RS-16 and 36 BC2F10 were obtained from the cross O. sativa CICA-8 x O. glumaepatula RS-16. From the analysis of variance for the total protein content and its fractions, it were found highly significant differences (P<0.01) between the wild genotypes and the interspecific lines. The average of total protein content of wild genotypes was 12.17%, whereas the lines of BG 90-2 x RS-16 showed an average of 7.05% and the lines of CICA-8 x RS-16 showed an average of 8.40%. The wild genotype BGA14280 showed the highest total protein content (14.94%). In the comparative analysis of interspecific lines and their parents, it were found five lines with higher total protein content (average of 10.95%), which was significantly superior to the cultivated parent BG 90-2 (10.0%) and CICA-8 (9.61%). However, these lines showed lower content in relation to the wild parent RS-16 (14.06%). In relation to the protein fractions, 40 interspecific lines showed higher values in relation to their parents, excepting in one occasion, where the wild parent RS-16 showed higher value to the glutelin fraction. Considering the 29 wild genotypes, it were found the highest contents of albumin, prolamin and glutelin, excepting to the globulin fraction, where the wild genotype was not significantly different from the cultivar BRS Bonança. The SDS-PAGE analyses of the total protein and the glutelin fraction showed a differential profile of &#945;-glutelins for the wild genotypes, emphasizing the BGA14232 genotype, which did not showed the &#945;-polypeptides commonly identified in the remaining genotypes. Considering the interspecific lines and their parents, it was found similar profile of total protein and &#945;-globulins, with differences in relation to the 40 kDa &#945;-glutelin, which was found just in the wild parent RS-16, indicating a differential expression in O. glumaepatula, since the O. sativa showed a 39 kDa &#945;-glutelin. In relation to albumin, globulin and prolamin fractions, the wild genotypes showed a different protein profile in comparison to the interspecific lines and the cultivated rice, probably due to the two crosses in direction to BG 90-2 and CICA-8, which were the recurrent parents during the interspecific lines development. The highest protein content found to the O. glumaepatula, the different protein profile and the finding of interspecific lines with higher protein content in relation to their cultivated parents clearly show the positive contribution of this species to the genetic breeding aiming the increase of the nutritional value for the grain of the cultivated rice in Brazil. / O objetivo desta dissertação foi analisar quantitativa e qualitativamente proteínas de reserva totais e as frações albumina, globulina, prolamina e glutelina presentes no grão de 29 genótipos de arroz silvestre Oryza glumaepatula e de 70 linhagens interespecíficas Retrocruzamento 2 desenvolvidas a partir do cruzamento O. sativa x O. glumaepatula. Destas linhagens, 34 (RC2F8) foram obtidas do cruzamento O. sativa BG90-2 x O. glumaepatula RS-16, e 36 (RC2F10) foram desenvolvidas a partir do cruzamento O. sativa CICA-8 x O. glumaepatula RS-16. Através da análise de variância para o teor de proteína total e frações protéicas, foram encontradas diferenças altamente significativas (P<0,01) entre os genótipos silvestres e entre as linhagens interespecíficas. O teor médio de proteína total dos genótipos silvestres foi de 12,17%, enquanto as linhagens do cruzamento BG90-2 x RS-16 apresentaram média de 7,05% e as linhagens do cruzamento CICA-8 x RS-16 apresentaram média de 8,40%. O genótipo silvestre BGA14280 destacou-se por apresentar o maior teor de proteína total (14,94%). Na análise comparativa envolvendo as linhagens interespecíficas e seus parentais, foram encontradas cinco linhagens com maior conteúdo de proteína total (teor médio de 10,95%), sendo significativamente superiores aos parentais cultivados BG 90-2 (10,0%) e CICA-8 (9,61%). No entanto, essas linhagens apresentaram teor inferior ao parental silvestre RS-16 (14,06%). Em relação às frações protéicas, 40 linhagens interespecíficas apresentaram valores mais elevados em relação aos seus parentais, exceto em uma ocasião, onde o parental silvestre RS-16 apresentou alto teor de glutelina. Entre os 29 genótipos silvestres, foram encontrados os maiores teores de albumina, prolamina e glutelina, exceto para a fração globulina, onde o genótipo silvestre BGA14162 não diferiu significativamente da cultivar BRS Bonança. A análise de SDS-PAGE da proteína total e da fração glutelina foi encontrada um perfil diferencial de &#945;-glutelinas entre os genótipos silvestres, com destaque para o genótipo BGA14232 que não apresentou &#945;-polipeptídeos comuns aos demais genótipos. Entre as linhagens interespecíficas e os seus parentais, foram encontrados perfis de proteína total e &#945;-glutelinas bastante similares, havendo diferença em relação a &#945;-glutelina de 40 kDa presentes apenas no parental silvestre RS-16, o que pode indicar uma constituição protéica diferencial em O. glumaepatula, já que a O. sativa apresentou &#945;-glutelinas de 39 kDa. Em relação às frações albumina, globulina e prolamina os genótipos silvestres apresentaram um perfil protéico diferenciado comparado às linhagens interespecíficas e o arroz cultivado, e a provável causa foram os dois cruzamentos em direção à BG90-2 e CICA-8, que foram os parentais recorrentes durante o desenvolvimento das linhagens interespecíficas. Os maiores teores de proteína encontrados para a espécie O. glumaepatula, os diferentes perfis protéicos e a identificação de linhagens interespecíficas com maior conteúdo protéico em relação aos parentais cultivados, deixam claro a contribuição favorável desta espécie para o melhoramento visando o aumento do valor nutricional do grão do arroz cultivado no Brasil.