Made available in DSpace on 2014-08-20T14:06:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Luciano_Carlos_da_Maia.pdf: 2299013 bytes, checksum: 1ea0e6e151a64a565fee2caf64a2b9d7 (MD5) Previous issue date: 2007-04-05 / The classic plant breeding methods are responsible for the major advances of modern agriculture. However, molecular biology and genomic techniques have provided insights into how further advance in genetic gains. Molecular markers have been successfully applied in genetic mapping and marker assisted selection in many plant species. Rice after the complete sequence of its genome, has been more and more used as a model for cereal improvement. Currently, strategies have been relying on the transference of information between the model genome (rice) and other grasses, making that the information generated in rice and for other major crops such as maize, wheat and rice can be also used to improve orphan grass crops. Microsatellites (SSRs) have been described as the preferred type of marker to be used in these studies. Given these features of rice and SSRs and aiming to evaluate the abundance of these markers on the rice genome and their availability for public use, a computational tool was developed. This tool search’s and characterizes these loci, applies primer design and searchs for anchoring sites for the primers in genomic databases of any species. It also, evaluates the affectivity of transposition of these markers by simulating a PCR. All SSRs found in the rice genome were analyzed and primers were designed for all loci in chromosome 1 and simulated against the other rice chromosomes, giving an idea of potentially duplicated regions across the genome. / O uso de várias classes de marcadores moleculares tem sido implementado em mapeamento genético e na seleção assistida de várias espécies vegetais. O arroz, após o sequenciamento completo do seu genoma, tem sido proposto como um modelo genético entre as várias espécies gramíneas de importância agronômica. Modernamente, uma estratégia tem sido adotada com base na transferência de informações da genômica estrutural dessas gramíneas, sendo que, desta forma, o conhecimento obtido em espécies com maiores investimentos técnicos como o milho, trigo e o arroz, possam ser utilizados também nas gramíneas com menores níveis tecnológicos de pesquisa. A classe dos marcadores moleculares conhecida como microssatélites é atualmente descrito como preferencial nestes estudos. Dadas essas características do arroz e dos microssatélites, com objetivo de se conhecer a riqueza desses marcadores no genoma do arroz e a disponibilização desses para a utilização pública, foi desenvolvido uma ferramenta computacional para busca e caracterização desses locos, desenho de primers e busca por sítios de ancoramento para os primers em bancos de dados genômicos de qualquer espécie, avaliando dessa forma, a transposição de marcadores moleculares entre espécies através da simulação da PCR. Foram analisadas e descritas todas as possíveis ocorrências de microssatélites no genoma do arroz e desenhados primers para os locos encontrados no cromossomo 1, que posteriormente foram usados para a simulação da PCR contra os demais cromossomos do arroz, resultando o número de amplificações possíveis para cada conjunto de primers e suas respectivas regiões genômicas.