Introducción. La distrofia miotónica tipo 1 (DM1) es un desorden sistémico autosómico dominante ocasionado por la expansión anormal del triplete CTG en la región 3’ UTR del gen DMPK (19q13.3). El diagnóstico definitivo de la DM1 se realiza mediante métodos moleculares, siendo el southern blot el estándar de oro. En el Perú, hasta el momento, ninguna institución pública o privada realiza el diagnóstico molecular de DM1. Objetivo. Implementar una metodología basada en la combinación de las técnicas de PCR y TP-PCR para el diagnóstico molecular de la distrofia miotónica tipo 1 en el Centro de Investigación Básica en Neurogenética (CIBN) en el Instituto Nacional de Ciencias Neurológicas (INCN). Métodos. Utilizando 6 muestras de ADN con genotipo conocido se estandarizó el protocolo de PCR convencional para genotificación de alelos normales así como el protocolo TP-PCR para la detección del alelo expandido del gen DMPK. Con el protocolo optimizado, se genotipificaron 72 muestras de ADN de individuos con diagnóstico clínico de DM1 atendidos en el CIBN del INCN. Resultados. Este estudio implementó una metodología basada en la combinación de las técnicas de PCR y TP-PCR para el diagnóstico molecular de la distrofia miotónica tipo 1, así como la genotipificación de la región polimórfica del microsatélite CTG del gen DMPK en pacientes con diagnóstico clínico de DM1 del CIBN-INCN. Se confirmó el diagnóstico de DM1 en 66 casos (91.6%). Cuarenta y cuatro casos (66.7%) eran originarios de Lima. La edad de inicio de los síntomas fue de 25.8±13.4 años. Conclusión: La estandarización del protocolo combinado de PCR y TP-PCR permitió la genotipificación del gen DMPK. Se confirmó el diagnóstico de DM1 en 66 de 72 pacientes estudiados.

Philosophiae Doctor - PhD / Sequencing an HIV quasispecies with next generation sequencing technologies yields a dataset with significant amplification bias and errors resulting from both the PCR and sequencing steps. Both the amplification bias and sequencing error can be reduced by labelling each cDNA (generated during the reverse transcription of the viral RNA to DNA prior to PCR) with a random sequence tag called a Primer ID (PID). Processing PID data requires additional computational steps, presenting a barrier to the uptake of this method. MotifBinner is an R package designed to handle PID data with a focus on resolving potential problems in the dataset. MotifBinner groups sequences into bins by their PID tags, identifies and removes false unique bins, produced from sequencing errors in the PID tags, as well as removing outlier sequences from within a bin. MotifBinner produces a consensus sequence for each bin, as well as a detailed report for the dataset, detailing the number of sequences per bin, the number of outlying sequences per bin, rates of chimerism, the number of degenerate letters in the final consensus sequences and the most divergent consensus sequences (potential contaminants). We characterized the ability of the PID approach to reduce the effect of sequencing error, to detect minority variants in viral quasispecies and to reduce the rates of PCR induced recombination. We produced reference samples with known variants at known frequencies to study the effectiveness of increasing PCR elongation time, decreasing the number of PCR cycles, and sample partitioning, by means of dPCR (droplet PCR), on PCR induced recombination. After sequencing these artificial samples with the PID approach, each consensus sequence was compared to the known variants. There are complex relationships between the sample preparation protocol and the characteristics of the resulting dataset. We produce a set of recommendations that can be used to inform sample preparation that is the most useful the particular study. The AMP trial infuses HIV-negative patients with the VRC01 antibody and monitors for HIV infections. Accurately timing the infection event and reconstructing the founder viruses of these infections are critical for relating infection risk to antibody titer and homology between the founder virus and antibody binding sites. Dr. Paul Edlefsen at the Fred Hutch Cancer Research Institute developed a pipeline that performs infection timing and founder reconstruction. Here, we document a portion of the pipeline, produce detailed tests for that portion of the pipeline and investigate the robustness of some of the tools used in the pipeline to violations of their assumptions.

O coronavírus bovino (BCoV) e rotavírus (RV) são importantes agentes da diarréia neonatal bovina, causando grandes perdas econômicas. O BCoV é também responsável pela disenteria de inverno em vacas adultas e por desordens respiratórias e o RV possui um aspecto zoonótico de importância na saúde pública. Este estudo teve o objetivo de desenvolver uma multiplex hemi-nested RT-PCR para detecção simultânea de BCoV e RV do grupo A com a utilização de um controle interno. Para tanto, foram desenhados três primers dirigidos ao gene N de BCoV (306pb) e três primers dirigidos ao gene VP1 do RV do grupo A (228pb); para o controle interno, foram utilizados dois primers dirigidos ao mRNA do gene mitocondrial bovino ND5 (191pb). Foram utilizados como controles positivos a amostra Kakegawa de BCoV (título HA de 256), a amostra 8209 de rotavírus do grupo A (título viral de 101.66TCID50%/200µL) e suspensão de células MDBK para o controle interno. A extração de RNA foi realizada com o reagente comercial TRIzol, de acordo com as recomendações do fabricante. Foram realizados gradientes de temperatura para a determinação da temperatura ótima de hibridação para cada par de primers, resultando em 50ºC para PCR e 55ºC para a hemi-nested. Doze protocolos com diferentes concentrações de Taq DNA polymerase, MgCl2, primers e DNA-alvo foram testados. Para determinação do limiar de detecção, o protocolo final foi utilizado em diluições dos dois vírus em suspensão de amostras fecais negativas para BCoV e RV adicionadas de 10% de suspensão de células MDBK, obtendo o limiar de detecção de 10-8 para os dois vírus e aplicado em amostras fecais de bezerros (53) e vacas adultas (22). Todas as amostras foram previamente testadas para BCoV por uma nested RT-PCR dirigida ao gene RdPd, sendo 15 positivas, e para rotavírus pela PAGE, sendo 3 positivas. Para a multiplex, 15 amostras foram positivas para BCoV e 6 para rotavírus. O seqüenciamento de DNA das amostras positivas para multiplex demonstrou a especificidade do teste. Uma concordância ótima foi encontrada para BCoV (0,833) e substancial para rotavírus (0,648) calculada pela estatística kappa, comparando-se com os testes de referência. Estes resultados demonstram que a padronização da multiplex foi eficiente para a detecção de BCoV e RV, com elevadas sensibilidade e especificidade. Além disso, o diagnóstico simultâneo dos dois agentes permite um diagnóstico rápido e a um menor custo devido à utilização de reduzidas quantidades de reagentes e mão de obra, fornecendo uma importante ferramenta para o diagnóstico e estudo da etiologia da diarréia em bovinos. / Bovine coronavirus (BCoV) and rotavirus (RV) are important agents of neonatal diarrhea in cattle, causing large economic losses. BCoV is also responsible for winter dysentery in adult cattle and respiratory disorders and RV has a zoonotic aspect of importance in public health. This study aimed to develop a multiplex hemi-nested RT-PCR for simultaneous detection of BCoV and RV of group A with an internal control. For this purpose, three primers were designed targeting the N gene of BCoV (306pb) and three primers targeting to the VP1 gene of group A RV (228pb); for internal control, two primers targeting to the mRNA of ND5 bovine mitochondrial gene (191pb) were used. Positive controls were BCoV Kakegawa strain (HA titer 256), group A bovine rotavirus strain 8209 (viral titer of 101.66TCID50%/200µL), and MDBK cells suspension for internal control. The RNA extraction was performed with the commercial reagent TRIzol. Temperature gradients were carried out for each primers pair for the determination of the optimal hybridization temperatures, resulting in 50°C for PCR and 55°C for the hemi-nested. Twelve protocols were tested with different concentrations of Taq DNA polymerase, MgCl2, primers and target DNA. The final protocol was used in 10-fold dilutions of the two viruses in suspension of fecal sample negative for BCoV and RV added to 10% of MDBK cells suspension, obtaining the detection limit of 10-8 for the two viruses, and applied to 75 fecal samples from calves (53) and cows (22). All samples were previously tested for BCoV by a nested RT-PCR to RdPd gene, being 15 positive; and for rotavirus by PAGE, being 3 positive. For multiplex, 15 samples were positive for BCoV and 6 for RV. The DNA sequencing of multiplex-positive samples substantiates the specificity of the test. A great agreement was found for BCoV (0.833) and substantial for RV (0.648) by calculating the kappa statistic in comparison to the reference tests. These results demonstrate that the multiplex standard was effective in the detection of BCoV and RV, with high sensitivity and specificity. In addition, simultaneous diagnosis of both agents allows a faster and at lower cost diagnosis due to use of smaller quantities of reagents and labor, providing an important tool for the diagnosis and study on the etiology of diarrhea in cattle.

O Mycobacterium tuberculosis é o agente causador da tuberculose, doença responsável por 26% das mortes passíveis de prevenção no mundo todo. No Brasil, são notificados anualmente 85 mil casos novos, e estima-se que 50 milhões de pessoas estejam infectadas pelo M. tuberculosis. A tuberculose é considerada prioritária para o controle de doenças e agravos pelo Ministério da Saúde. Para esse controle, é fundamental disponibilizar métodos e recursos para o pronto diagnóstico laboratorial. Os métodos utilizados para o diagnóstico da doença são bacterioscopia, análise histológica ou cultivo do micro-oganismo a partir de amostras de escarro. A bacterioscopia apresenta baixa sensibilidade, e o resultado da cultura demanda um período de tempo de até oito semanas. A PCR é uma técnica de amplificação de ácidos nucléicos que tem se mostrado promissor instrumento para o diagnóstico da tuberculose. O M. tuberculosis é um micro-organismo que tem tropismo pelas células (micro-organismo intracelular), e pode estar presente nas células do trato respiratório e da mucosa bucal. O esfregaço bucal, ao contrário do escarro, é obtido de forma fácil, sem constrangimentos, por procedimento não invasivo, e oferece menores riscos de contaminação por outros micro-organismos. Foram analisadas 80 amostras de esfregaço bucal de pacientes com diagnóstico confirmado de tuberculose, das quais 78 (97,4%) tiveram resultado positivo na PCR. Esse resultado permite concluir que a aplicação da PCR em amostras de esfregaço bucal é um método efetivo e confiável para detecção do M. tuberculosis. / Mycobacterium tuberculosis is the causing agent of the tuberculosis, responsible illness for 26% of the prevention deaths in the entire world. In Brazil 85000new cases are notified annually, being esteem 50 million people contaminated by the M. tuberculosis. It is considered priority disease for the control of illnesses for the Health department. For this control, it has to be reliable methods and resources for the ready laboratorial diagnosis. Bacterioscopiv, histological analysis or culture of the microrganism from samples of sputum are techniques normally used. The limitation of these methods is low sensitivity and long-winded 8 weeks. The PCR is one technique of amplification of DNA, that if has shown promising instrument for the diagnosis of the tuberculosis. The M. tuberculosis is a microorganism that has affinity for the cells (intracellular microorganism) and can be present in the cells of the respiratory treat and the oral mucosa. Oral swab, in contrast of sputum, is easily taken, not invasive and offering lesser risks of contamination for other microorganisms. We analyze 80 samples of oral swab of patients with confirmed diagnosis of tuberculosis, of these, 78 (97,4%) had resulted positive in the PCR. We conclude that the oral swab use and the application of the PCR are an effective and trustworthy method for tuberculosis detention of the M. tuberculosis.

Os Vesiculovirus são um gênero de vírus de RNA da família Rhabdoviridae que inclui os sorotipos Carajás, Cocal, Marabá, Piry, Alagoas e Indiana. Estes são causadores de estomatite vesicular em ruminantes e doença febril humana no Brasil. As vesiculoviroses e suas epidemiologias são pouco conhecidas em seres humanos. Ainda, os Vesiculovirus (VSV) são pouco diagnosticados no homem e em animais pela escassez de métodos laboratoriais diagnósticos. Por isso, objetivamos neste trabalho desenvolver e testar uma RT-PCR em tempo real, pelo método SYBR Green, visando à detecção de VSV brasileiros. Primers que amplificam parte do gene da proteína G dos VSV foram utilizados no teste o qual mostrou-se capaz de detectar genomas dos VSV Piry, Indiana, Alagoas e Carajás. O método foi usado para testar amostras séricas de pacientes com doença febril aguda, de bovinos, de equinos e de macerados de artrópodos. A RT-PCR em tempo real mostrou-se 100 vezes mais sensível que a RT-PCR convencional para Vesiculovirus e também, permitiu detectar até 10 cópias de RNA do vírus Piry. Ainda, a RT-PCR em tempo real para Vesiculovirus mostrou-se capaz de diagnosticar e quantificar o VSV Alagoas nas amostras séricas de bovinos e de equinos. Portanto, a RT-PCR em tempo real desenvolvida neste trabalho, provavelmente, será muito útil no diagnóstico e também, em futuras pesquisas, que permitirão ampliar o conhecimento epidemiológico, ainda pouco conhecido, sobre os Vesiculovirus. / The Vesiculovirus is a Rhabdoviridae family genre of RNA virus that includes serotypes Carajás, Cocal, Maraba, Piry, Alagoas and Indiana. These are causes of vesicular stomatitis in ruminants and human febrile illness in Brazil. The vesiculoviroses and its epidemiology are little known in humans. Still, Vesiculovirus (VSV) are poorly diagnosed in humans and laboratory animals by the lack of diagnostic methods. Therefore, we proposed in this work to develop and test a real-time RT-PCR by SYBR Green method, focusing on the detection of Brazilian VSV. Primers that amplify part of the VSV G protein gene were used in the test which proved capable of detecting genomes of VSV Piry, Indiana, Alagoas and Carajás. The method was used to test serum samples from patients with acute febrile disease, cattle, horses and macerated arthropods. Real time RT-PCR showed to be 100 times more sensitive than conventional RT-PCR for Vesiculovirus and also was possible to detect up to 10 RNA copies of the Piry virus. Also, the real-time RT-PCR for Vesiculovirus proved able to diagnose and quantify Alagoas VSV in serum samples from cattle and horses. Therefore, the real-time RT-PCR developed in this work will probably be very useful in the diagnosis and in future research, which will increase the epidemiological knowledge, as it is still little known about the Vesiculovirus.

As doenças respiratórias estão entre as maiores causas de prejuízo para a indústria suinícola, seja pelo retardo no crescimento e ganho de peso, mortalidade de animais ou pelos gastos com vacinas, medicamentos e assistência veterinária. Neste contexto os quadros de rinite têm apresentado uma contribuição significativa. O presente estudo propõe a determinação dos perfis de eliminação de agentes envolvidos em rinite nos suínos avaliando diferentes faixas etárias em nove propriedades de ciclo completo com histórico de lesão em cornetos e que utilizem diferentes formas de prevenção e controle destas manifestações. Foram avaliados suabes de tonsilas de 12 animais, nas seguintes faixas etárias: matrizes, leitões de 20, 40 e 60 dias, suínos de 90, 110 e 140 dias, totalizando 84 animais por propriedade e 756 amostras em todo o estudo. As amostras foram submetidas à pesquisa de P. multocida tipo capsular A e D, gene codificador de toxina dermonecrótica de P. multocida, B. bronchiseptica e cytomegalovirus suíno através da reação em cadeia pela polimerase (PCR). Apesar do histórico de lesões em corneto em todas as propriedades apenas um animal foi positivo para presença de P. multocida tipo A e todos foram negativos para a presença do gene codificador da toxina dermonecrótica. Dentre os 756 animais 22 (2,9%) foram positivos para presença de B. bronchiseptica e 198 (26,1%) para detecção cytomegalovirus suíno. A presença B. bronchiseptica apresentou associação estatisticamente significativa com as fases de maternidade e terminação. A maior freqüência de cytomegalovirus suíno apresentou associação estatisticamente significativa com a fase de creche. Observaram-se matrizes eliminando B. bronchiseptica nos três tipos de granjas avaliadas, indicando que a fêmeas tem participação ativa na infecção dos leitões pelo agente. O mesmo não foi detectado na disseminação do cytomegalovirus suíno. Maiores estudos devem ser realizados para esclarecer a baixa eliminação de P. multocida e o verdadeiro impacto do cytomegalovirus nos rebanhos suínos. / Respiratory diseases are one of the largest cause of economic losses in swine industry, it is related with grown and weight gain reduction, mortality, vaccines and medicaments costs, veterinary assistance. In that context, rinithis cases have been a major contribution. The present study propose the determination of elimination profile of agents related with rhinitis evaluating different ages in nine swine herds with history of cornet lesions and that uses different ways to control and prevent this problem. There were examined tonsils swabs from 12 animals in the following ages: sows, piglets of 20, 40 60 days and pigs of 90, 110 and 140 days, totalizing 84 pigs for farm. The swabs were searched to P. multocida capsular type A and D, dermonecrotic toxin gene from P. multocida, B. bronchiseptica and porcine cytomegalovirus through polymerase chain reaction (PCR). Despite de turbinate bones lesions present in all herds P. multocida type A was detected in only one pig and none were positive to dermonecrotic toxin gene. From 756 animals, 22 (2.9%) were positive to B. bronchiseptica and 198 (26.1%) to porcine cytomegalovirus detection. The presence of B. bronchiseptica presented statistical association with the farrowing and finishing times. Larger number of animals positive to cytomegalovirus show statistical association with the post weaning pigs. Sows carrying B. bronchiseptica in the three types of herds examined, suggesting that sows have an active participation in piglet infection by this agent. The same was not observed in porcine cytomegalovirus spread. More projects were need to clarify the low detection of P. multocida and to understand the impact of cytomegalovirus in swine production.

Alicyclobacillus acidoterrestris são bactérias termoacidófilas esporofórmicas não patogênicas e estão comumente presentes em sucos de frutas ácidas, podendo deteriorá-los. Tendo em vista a importância da atividade agrícola e seus derivados no país, como suco de laranja industrializado, o interesse no desenvolvimento de técnicas bioanalíticas que propiciem uma detecção rápida, sensível e confiável, bem como alternativas para inativação desse microrganismo, é elevado. Neste trabalho foi testado o uso de saponina como agente inibidor de esporos e células vegetativas de A. acidoterrestris, em sucos de laranja concentrado e reconstituído. Entretanto, à temperatura ambiente a inibição é lenta, especialmente para esporos (cerca de 10 dias para inibição total), inviabilizando o seu uso na indústria de cítricos. A combinação de tratamento térmico e saponinas potencializaram a inibição da bactéria, o que torna possível sua aplicação industrial. A potencialização com temperatura alcançou 20% para esporos em suco concentrado, 28,5% para esporos em suco reconstituído e 45,1% para células vegetativas em sucos reconstituídos. A detecção da viabilidade celular foi realizada pela reação em cadeia da polimerase por transcrição reversa (RT-PCR), que se mostrou uma técnica rápida, sensível, e quantitativamente equivalente ao método padrão de detecção, o plaqueamento de culturas, sendo o coeficiente de correlação (r) entre as técnicas de 0,9977 para esporos e 0,9987 para células vegetativas. A quantificação dos produtos da RT-PCR foi realizada por eletroforese capilar em microchip com o equipamento Bioanalyzer 2100. O equipamento forneceu resultados confiáveis e reprodutíveis para diagnóstico de DNA transcrito de A. acidoterrestris. Além da alta sensibilidade, o equipamento permitiu um mínimo consumo de amostra (1 μL), praticidade e rapidez. / Alicyclobacillus acidoterrestris are termoacidophilic sporeforming nonpathogenic bacteria who are commonly present in acidic fruit juices and can deteriorate them. In view of the importance of agricultural activities in the country and its derivatives, such as industrialized orange juice the interest in the development of bioanalitycal techniques that provide early, sensitive, and reliable detection, as well as alternatives to inactivate the microorganism is elevated. This study tested the use of saponins as an inhibitor of spores and vegetative cells of A. acidoterrestris in both concentrate and reconstituted orange juices. At room temperature, however, the inhibition is slow, especially for spores (about 10 days for a total inhibition), preventing its use in the citrus industry. The combination of heat treatment and saponins potentiated the inhibition of bacteria, which makes possible their industrial application. Optimizing the temperature reached 20% for spores in juice concentrate, 28.5% for spores in reconstituted juice and 45.1% for vegetative cells in reconstituted juices. Detection of cell viability was performed by reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR), which showed to be a fast, sensitive, and quantitative equivalent to the traditional plating technique, and the correlation coefficient (r) between the techniques were 0.9977 and 0.9987 for spores and vegetative cells, respectively. The quantification of the products of RT-PCR was performed by capillary electrophoresis on microchip with Bioanalyzer 2100 equipment. The equipment provided reliable and reproducible results for the diagnosis of DNA transcript of A. acidoterrestris. Besides of high sensitivity, the equipment allowed minimal consumption of sample (1 μL) and provided convenience and speed of analysis.

Com o objetivo de se aperfeiçoar a PCR para detecção de Brucella spp. em leite bubalino, foram estudados diferentes protocolos de extração de DNA em leite bubalino experimentalmente contaminado com Brucella abortus amostra 1119-3. Esses protocolos basearam-se na utilização de isotiocianato de guanidina, fervura e proteinase K, com algumas variações. O critério de avaliação utilizado foi a sensibilidade analítica. O protocolo utilizando fervura com filtração inicial da amostra em colchão de sacarose a 40% apresentou sensibilidade analítica de 103 UFC/ml. Os protocolos utilizando proteinase K para extração de DNA apresentaram sensibilidade analítica de 104 UFC/ml. A maior sensibilidade analítica (10 UFC/ml) e a melhor visualização do produto amplificado foram obtidos com a utilização de isotiocianato de guanidina com precipitação imediata em álcool sem adição de Tween 20 na lavagem inicial da amostra. / To improve the PCR performance for detection of Brucella spp. in buffalo milk, different DNA extraction protocols were carried out in buffalo milk spiked with Brucella abortus strain 1119-3. These protocols were based on utilization of guanidine isothiocyanate, boil and proteinase K, with some variations. The analytical sensitivity was the evaluation criteria. Boiling with initial filtration of the sample through a solution of sacarosis 40% presented analytical sensitivity of 103 CFU/ml. The protocols based on proteinase K presented analytical sensitivity of 104 CFU/ml. The highest analytical sensitivity (10 CFU/ml) and best visualization of the amplified product were verified for the protocol using guanidine isothyocianate with immediate precipitation in alcohol without addition of Tween 20 in the initial sample wash.

O objetivo deste estudo foi o de verificar a ocorrência de quatro genes de virulência em Salmonella Enteritidis de acordo com o fagotipo e ribotipo, assim como a virulência “in vivo". Os genes estudados foram invA, spvC, sefC e pefA em 120 amostras isoladas de várias fontes, pertencentes a diferentes fagotipos e ribotipos provenientes de sete estados brasileiros. Para a verificação da presença dos genes, as amostras foram examinadas pela técnica de Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) individualmente e em multiplex. A ocorrência para o gene invA foi de 100% nas amostras (120/120), spvC em 94% (113/120), sefC em 97,5% (117/120) e pefA em 97% (116/120) das amostras. Foi possível caracterizar as amostras em cinco diferentes perfis. O primeiro, P1, foi positivo para os genes invA, spvC, sefC e pefA, P2 para invA, spvC e pefA, P3 para invA, sefC e pefA, P4 para invA e sefC e o último P5 para os genes invA e spvC. Para as amostras PT4RT1 obteve-se o perfil P1 em 94% (64/68), P2 em 1,5% (1/68), P3 em 3% (2/68) e P4 em 1,5% das amostras (1/68). Para as amostras PT4RT2, 86% (18/21) pertenceram ao perfil P1, 5% (1/21) ao P3 e 9% (2/21) das amostras ao perfil P4. Nas amostras PT4RT3 80% (4/5) pertenceram ao perfil P1 e 20% (1/5) ao P2. Nas amostras PT4TR9, 91% (10/11) pertenceram ao perfil P1 e 9% (1/11) ao P3. Todas as amostras PT4RT5, PT7RT1 e PT4RT10 pertenceram ao perfil P1 e apenas a amostra PT1 apresemtou o perfil P5. A virulência foi avaliada desafiando as aves via oral e subcutânea, através da colonização do ceco e invasão do fígado e baço. O gene spvC está relacionado com a sobrevivência e aumento da média de crescimento da bactéria no fígado e baço, mas neste estudo não demonstrou diferença na porcentagem de aves com reisolamento positivo para a bactéria nestes orgãos. Os genes sefC e pefA foram importantes para promover a colonização cecal, pois somente quando estes dois genes simultaneamente estiveram presentes no perfil, obteve-se o reisolamento cecal quando as aves foram desafiadas oralmente sendo esta via a principal rota de infecção deste patógeno. / This study has the intention of verify the four virulence genes event in Salmonella Enteritidis according with phage type and ribotype and the virulence “in vivo". The genes studied were invA, spvC, sefC and pefA in 120 Salmonella Enteritidis isolates from different origins, belongs at different ribotypes and phage types of seven Brazilian states. To verify the genes presence the strains were examined by Polimerase Chain Reaction (PCR) technique, singly and multiplex. The event of invA gene was in 100% (120/120) of strains, the spvC gene was in 94% (113/120) of strains, the sefC gene was in 97.5% (117/120) of strains and the pefA gene was in 97% (116/120) of strains. There were discovered five different profiles. The pattern one, P1, was positive for invA, spvC, sefC e pefA. The P2 was positive for invA, spvC and pefA. The P3 was positive for invA, sefC e pefA. The P4 was positive for invA and sefC and the last one, P5, was positive for invA and spvC. For the PT4RT1 strains, the P1 profile was present in 94% (64/68) of strains; P2 profile was in 1.5% (1/68); P3 in 3% (2/68); and P4 in 1.5% (1/68) of strains. For the PT4RT2 strains, the P1 profile was present in 86% (18/21) of strains; P3 profile was in 5% (1/21); and P4 in 9% (2/21) of strains. For the PT4RT3 strains, the P1 profile was present in 80% (4/5) of strains, and P2 in 20% (1/5) of strains. For the PT4RT9 strains, the P1 profile was present in 91% (10/11) of strains, and P3 in 9% (1/11) of strains. The strains: PT4RT5, PT7RT1 e PT4RT10 belongs at the P1 profile, and only the PT1 strain belongs at the P5’s profile. The virulence was evaluated challenging the birds orally and subcutaneous, through the colonization of the caecum, liver and spleen invasion. The gene spvC was related with the survivance and the increase of the average grow of the bacteria in the liver and spleen, but this study doesn’t demonstrate the difference in the percentage of positive birds for the bacteria in their organs. The sefC and pefA genes were important to promote the caecum colonization, because only when both genes were present simultaneously in the profile, obtain the caecum isolation when the birds were been by orally challenged this way the main route of the infection of this pathogen.

Made available in DSpace on 2016-08-10T10:39:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MARIANA SCHWENGBER RABELO.pdf: 832715 bytes, checksum: 2706eef7f6a3e8662625069e50c1529d (MD5) Previous issue date: 2014-10-09 / The hemoglobinopathies are a group of heritable changes prevalent in various regions of the world, but significantly affect the Brazilian population for its abundant miscegenation. Are changes in structural genes that cause the formation of hemoglobin variants, and - or regulatory genes, causing thalassemias. Currently, the number of identified abnormal hemoglobin has increased due to improvements in methods of analysis, however, many routine laboratories are not prepared for the correct identification of these changes. In the present study aimed to assess the prevalence of hemoglobinopathies using classical methods and make the molecular characterization of mutations S, C, beta thalassemia IVS-110, IVS-1, IVS-6 and CD-39 by gene amplification using the PCR technique (Polymerase Chain Reaction). The molecular study used specific primers that bind promptly at the position of the mutated allele in position and the normal allele can thereby carry out gene allele specific amplification. 200 peripheral blood samples of patients of the Clinical Laboratory at PUC-Goiás were collected during July - December 2012-2012. The results showed the validity of the methodology in the molecular characterization of mutations, two (1%) AC patients, an one (0,5%) AS, two (1%) with mutation IVS-6 and one (0,5%) IVS-1 observed. The codon 39 and IVS-110 were not detected in any of the patients investigated. / As hemoglobinopatias formam um grupo de alterações hereditárias prevalentes em várias regiões do mundo, mas atingem significativamente a população brasileira por sua miscigenação abundante. São alterações em genes estruturais, que ocasionam a formação de hemoglobinas variantes, e-ou em genes reguladores, causando as talassemias. Atualmente, o número de hemoglobinas anormais identificadas tem aumentado devido à melhoria nas metodologias de análises, no entanto, muitos laboratórios de rotina não estão preparados para a correta identificação destas alterações. No presente estudo objetivamos avaliar a prevalência das hemoglobinopatias por meio de métodos clássicos e fazer a caracterização molecular das mutações S, C, beta talassemia IVS-110, IVS-1, IVS-6 e CD-39 pela amplificação gênica utilizando a técnica do PCR-AE. O estudo molecular utilizou primers específicos que se ligam pontualmente na posição do alelo mutado e na respectiva posição do alelo normal, podendo assim realizar amplificação gênica alelo específica. Foram coletadas 200 amostras de sangue periférico de pacientes do Laboratório Clínico da PUC-Goiás no período de julho-2012 a dezembro-2012. Os resultados evidenciaram a validade da metodologia molecular na caracterização das mutações, sendo observados dois pacientes (1%) AC, um (0,5%) AS, dois (1%) com mutação IVS-6 e um (0,5%) IVS-6. O códon 39 e IVS-110 não foram detectados em nenhum dos pacientes investigados.