Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-19T21:35:50Z No. of bitstreams: 1 Jailton de Azevedo Silva Junior Estudo da colonização....pdf: 1101716 bytes, checksum: 049972199c76bb97406fc006c2ba9c27 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-19T21:35:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jailton de Azevedo Silva Junior Estudo da colonização....pdf: 1101716 bytes, checksum: 049972199c76bb97406fc006c2ba9c27 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / Streptococcus pneumoniae constitui um dos mais importantes patógenos bacterianos do trato respiratório, podendo causar infecções invasivas e não invasivas, levando a altas taxas de morbi-mortalidade, particularmente em crianças menores de cinco anos de idade. A bactéria ganha acesso ao hospedeiro através da colonização da nasofaringe, que representa um importante reservatório para a transmissão deste patógeno na comunidade, contribuindo para a disseminação horizontal de S. pneumoniae entre os indivíduos de uma população. No presente estudo, procuramos caracterizar o perfil de colonização nasofaringeana por S. pneumoniae em pacientes menores de cinco anos de idade com suspeita clínica de pneumonia, atendidos na Unidade de Saúde de São Marcos, Bairro de Pau da Lima, Salvador, no ano de 2009. Um total de 205 swabs foram coletados entre as crianças consideradas elegíveis para o estudo. Os isolados de S. pneumoniae foram identificados através de métodos microbiológicos clássicos e a determinação do sorogrupo/sorotipo foi realizada empregando-se a técnica de Multiplex-PCR. A sensibilidade a sete antimicrobianos foi testada através da técnica de microdiluição em caldo, sendo que os isolados com CIM para penicilina ≥ 0,125 μg/mL foram considerados não-susceptíveis. A técnica de PFGE foi realizada para 26 isolados correspondentes aos sorotipos mais frequentes e associados a não-sensibilidade à penicilina (sorotipos 14, 19F e 23F). Um total de 72 (35,1%) crianças foram diagnosticadas com pneumonia, sendo 39 (54,2%) menores de dois anos de idade. A taxa de colonização geral foi de 50,2%, não havendo diferença entre essas taxas quando se considerou o grupo de crianças confirmadas e suspeitas para pneumonia. Crianças na faixa etária de 36 a 47 meses formaram o grupo com maior risco de ter pneumonia bacteriana (OR: 3.17 [1.29-7.88]). Entre os sorotipos encontrados, o sorogrupo 6 (6A/6B) (17,3%) foi predominante, seguido dos sorotipos 14 (15,4%), 19F (10,6%), sorogrupo 15 (15B/15C) (9,6%), 23F (6,7%) e o sorotipo 19A (6,7%). Os demais sorotipos e sorogrupos compreenderam 33,7%. O padrão de sorotipos foi semelhante aqueles encontrados nos casos de meningite pneumocócica na cidade de Salvador. Um total de 41 isolados (39,8%) apresentaram CIM ≥ 0,125 μg/mL para penicilina e a resistência a SMX-TMP foi identificada em 69,2% dois isolados. A tipagem por PFGE identificou 11 padrões eletroforéticos, sendo que a maioria dos isolados do sorotipo 14 estavam relacionados a clones amplamente disseminados entre os casos de doença pneumocócica (“A” e “GK”). Um total de 50,5% dos isolados foram de sorotipos inclusos na vacina decavalente (PCV10) e considerando os isolados não-susceptíveis à penicilina, esta representatividade foi de 90,2%. O estudo ressalta a importância de um contínuo monitoramento do perfil de sorotipos na colonização nasofaringeana por S. pneumoniae, no período pós-vacina e da necessidade de busca de novos métodos de diagnóstico que otimizem a definição da pneumonia. / Streptococcus pneumoniae is one of the most important bacterial pathogens of the respiratory tract, causing invasive and noninvasive infections, leading to high rates of morbidity and mortality, particularly among children under five years old. The bacterium gains access to the host by colonizing the nasopharynx, which represents an important reservoir for transmission of this pathogen in the community, contributing to the horizontal spread of S. pneumoniae among individuals in a population. In this study, we sought to characterize the profile of nasopharyngeal colonization by S. pneumoniae in patients under five years of age with clinical suspicion of pneumonia seeking medical care at the Unidade de Saúde de São Marcos, District of Pau da Lima, Salvador, in 2009. A total of 205 swabs were collected from children eligible for the study. The isolates of S. pneumoniae were identified by classical methods and the determination of the serogroup / serotype was performed using the technique of multiplex-PCR. The sensitivity to seven antibiotics was tested by the microdilution broth method, and strains with MIC for penici≥lli n 0.125 mg/mL were considered non-susceptible. The PFGE technique was performed for 26 strains corresponding to serotypes more frequent and associated with nonsusceptibility to penicillin (serotypes 14, 19F and 23F). A total of 72 (35.1%) children were diagnosed with pneumonia, 39 (54.2%) less than two years old. The overall colonization rate was 50.2%, with no difference between those rates when considering the children's group confirmed and suspected to pneumonia. Children aged 36 to 47 months formed the group with higher risk for bacterial pneumonia (OR: 3.17 [1.29-7.88]). Among the serotypes, serogroup 6 (6A/6B) (17.3%) predominated, followed by serotypes 14 (15.4%), 19F (10.6%), serogroup 15 (15B/15C) (9.6%), 23F (6.7%) and serotype 19A (6.7%). The other serotypes and serogroups comprised 33.7%. The pattern of serotypes was similar to those found in cases of pneumococcal meningitis in Salvador. A total of 41 isolates (39.8%) had MIC ≥ 0.125 mg / mL and resistance to TMP-SMX was identified in 69.2% of isolates. Molecular typing identified 11 electrophoretic patterns, whereas most isolates of serotype 14 was associated with widespread clones among cases of pneumococcal disease ("A" and "GK"). The 10-valent conjugate vaccine (PCV10) implemented in Brazil shows a coverage of 50.5% from serotypes in the population and 90.2% for isolates not susceptible to penicillin. The study underscores the importance of continued monitoring of the prevalence of serotypes in nasopharyngeal colonization by S. pneumoniae, in the post-vaccine era, and the need to search for new methods for diagnosing pneumonia.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2014-09-18T13:52:18Z No. of bitstreams: 1 Eder Silva dos Anjos. Caracterização...2013.pdf: 1214899 bytes, checksum: 285b9e9fed3b500c66d7173ea5a7c440 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-18T13:52:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Eder Silva dos Anjos. Caracterização...2013.pdf: 1214899 bytes, checksum: 285b9e9fed3b500c66d7173ea5a7c440 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / O advento das vacinas pneumocócicas conjugadas veio contribuir de forma decisiva para a redução da incidência dos casos de doença invasiva por S. pneumoniae em vários países do mundo. Em contrapartida, tem-se verificado um aumento de casos decorrentes de sorotipos não vacinais, que escapam da vacina e reduzem o seu efeito a partir da expansão de clones pré-existentes com consequente substituição de sorotipos e/ou do fenômeno de troca capsular (capsular switching). No Brasil, a vacina conjugada 10-valente (PCV10) foi introduzida no calendário nacional de imunização a partir de 2010. Este estudo teve como objetivo caracterizar através de técnicas fenotípicas e moleculares os sorotipos não-vacinais (SNVT) de S.pneumoniae, isolados de pacientes com meningite nos períodos anterior (janeiro/2008 - junho/2010) e posterior (julho/2010 - dezembro/2012) à implementação da vacina pneumocócica conjugada 10-valente (PCV10), na cidade de Salvador, Bahia. Os isolados de S. pneumoniae foram identificados através de métodos microbiológicos clássicos e a determinação do tipo capsular foi realizada através da técnica de Multiplex-PCR e/ou reação de Quellung. A sensibilidade a oito antimicrobianos foi realizada através da técnica de microdiluição em caldo e a caracterização genotípica por intermédio das técnicas de PFGE e MLST. Foram identificados 170 casos de meningite pneumocócica durante a vigilância epidemiológica realizada no Hospital Couto Maia, em Salvador, com 148 apresentando cultura positiva para S. pneumoniae a partir do líquor e/ou hemocultura. A incidência da meningite pneumocócica reduziu de 0,9/100.000 habitantes (2008) para 0,36/100.000 habitantes (2012). No período pré-vacinal, os SNVT mais frequentes foram: 3 (n=6; 12%), 19A (n=4; 8%), 6A (n=4, 8%); no período pós-vacinal os SNVT 12F (n=6; 22,2%), 10A (n=3; 11,1%), 15B (n=2; 7,4%) e 18B (n=2; 7,4%) foram os mais frequentes. Cerca de 78% dos isolados apresentaram resistência a um ou mais antibióticos. A não susceptibilidade à penicilina foi encontrada nos sorotipos 19A (3 isolados), 9N (1 isolado) e 12F (1 isolado). Por PFGE, foi observada uma grande diversidade genética com a maioria (66,2%) dos isolados pertencendo a grupos não clonais. O grupo clonal X foi composto por dois isolados do sorotipo 19A (ST2878), do período pré-vacinal, não susceptível à penicilina. A técnica de MLST realizada em 26 isolados permitiu a identificação de quatro novos STs e apresença de STs (ST180, ST193 e ST218) genotipicamente semelhantes aos clones mundiais Netherlands3-31, Greece21-30 e Denmark12F-34. É necessária a continuidade da vigilância epidemiológica da meningite pneumocócica, visando avaliar os efeitos benéficos da vacinação e a dinâmica da distribuição de sorotipos em nossa região. / The licensure and subsequent widespread use of pneumococcal conjugate vaccines have contributed for the reduction in the overall incidence of invasive pneumococcal disease worldwide. However, the emergence of Streptococcus pneumoniae nonvaccine serotypes (SNVT), which escape from the vaccine by the expansion of pre-existing clones following serotype replacement and/or by capsular switching is a matter of concern. In 2010, Brazil introduced the 10-valent conjugate pneumococcal vaccine (PCV10) into its routine National Immunization Program. Our aim was to characterize the phenotypic and genotypic profile of S. pneumoniae non-vacine serotypes (SNVT) isolated from patients with meningitis before (January 2008 – June 2010) and after (July 2010 – December 2012) the introduction of PCV10 in Salvador, Bahia. The pneumococcal isolates were identified by classical microbiological methods and submitted to capsular deduction by multiplex-PCR and/or Quellung reaction. The antimicrobial susceptibility was performed the broth microdilution method. The genotypic profile was assessed by PFGE and MLST. We identified 170 cases of pneumococcal meningitis during the epidemiological surveillance at the Hospital Couto Maia, in Salvador, with 148 showing positive culture for S. pneumoniae from the cerebrospinal fluid and/or blood culture. The incidence of pneumococcal meningitis decreased from 0.9/100.000 (2008) to 0.36/100.000 inhabitants (2012). In the pre-vaccine period the most frequent SNVT were: 3 (n=6, 12%), 19A (n=4, 8%), 6A (n=4, 8%). In the post-vaccine period, the SNVT 12F (n=6, 22.2%), 10A (n=3, 11.1%), 15B (n=2, 7.4%) and 18B (n=2, 7.4%) were the most prevalent. About 78% of the isolates were resistant to one or more antibiotics. The non-susceptibility to penicillin was found among serotypes 19A (3 isolates), 9N (1 isolate) and 12F (1 isolate). By PFGE, a wide genetic diversity was found with the majority of the isolates (66.2%) belonging to non-clonal groups. The clonal group X comprised two isolates of the serotype 19A (ST2878) from the pre-vaccine period presenting non-susceptibilty to penicillin. MLST assay performed in 26 isolates allowed the identification of four new STs and the presence of STs (ST180, ST193 and ST218) with genotipic similarities of the worldwide clones Netherlands3-31, Greece21-30 and Denmark12F-34. Continued surveillance studies are necessary to evaluate the benefits of vaccination and the serotype dynamics in our region