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Otimização do insight segmentation and registration toolkit (ITK) utilizando streaming SIMD extensions (SSE) e OPENMPHild, Tony Alexander 29 October 2012 (has links)
Resumo
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Alocação de tarefas paralelas comunicantes em ambientes distribuídos heterogêneosSantana, Marcelo Nardelli Pinto January 2006 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2006. / Submitted by samara castro (sammy_roberta7@hotmail.com) on 2009-11-04T15:46:48Z
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Previous issue date: 2006 / Sistemas distribuídos têm sido cada vez mais utilizados na resolução de problemas
que demandam grande quantidade de tempo de processamento, por permitirem
a utilização simultânea de vários recursos computacionais. Diversas máquinas
com arquiteturas distribuídas foram propostas ao longo dos anos. Entre essas
arquiteturas, estão os clusters de computadores, que são sistemas distribuídos
formados por estações de trabalho interligadas e que podem atingir um bom
desempenho a um custo relativamente baixo.
Entretanto, para que a utilização de tais sistemas seja proveitosa, é necessário
que a utilização dos recursos disponíveis seja feita de maneira a permitir a otimização
de algum critério. A alocação de tarefas em um sistema distribuído visa
determinar como serão utilizados os processadores do sistema de modo a otimizar
um critério, que grande parte das vezes é o tempo de execução de uma aplicação.
Diversas abordagens já foram propostas para o problema de alocação de tarefas,
que é um problema NP-Completo, incluindo algoritmos heurísticos e estratégias
específicas para determinadas aplicações.
Uma aplicação para qual existem diversas implementações em sistemas distribuídos
é a comparação de seqüências biológicas, uma operação básica da biologia
computacional que visa determinar o grau de similaridade entre seqüências. Os
algoritmos ótimos existentes possuem complexidade de tempo e espaço de O(n2),
sendo baseados na técnica de programação dinâmica e apresentando dependências
de dados do tipo wavefront. O alto custo desses algoritmos justifica a utilização
de sistemas distribuídos na resolução do problema, sendo que a maioria das implementações
distribuídas busca utilizar todos os processadores disponíveis no
sistema distribuído, de modo a minimizar a tempo de execução.
A presente dissertação propõe um framework de alocação de tarefas de aplicações
de comparação de seqüências biológicas baseadas em programação dinâmica,
além de quatro estratégias de alocação de tarefas. O framework e as estratégias
de alocação foram implementados em um cluster de 10 máquinas. Os resultados
mostram que, para seqüências relativamente pequenas, a utilização de todos
os processadores disponíveis não é a opção mais vantajosa. Por isso mesmo, a
utilização de políticas de alocação que levem em consideração o tamanho das
seqüências e as características das máquinas disponíveis pode permitir a redução
no tempo de execução da aplicação. ____________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Distributed systems have been widely used in the resolution of problems that
demand a large amount of processing time, because they allow the simultaneous
utilization of many computational resources. Many machines with a distributed
architecture have been proposed during the years. Among these are computer
clusters, which are distributed systems composed of interconnected workstations
and that may achieve a good performance at a relatively low cost.
However, in order to take advantage of distributed systems, the available resources
must be used in such a way that some criteria can be optimized. Task
allocation in distributed systems aims at determine how the processors available
in the system are going to be used, so that a criteria, which in many cases is the
execution time of an application, is optimized. Many approaches have been proposed
to the task allocation problem, which is NP-Complete, including heuristic
algorithms and application specific strategies.
There are many proposed distributed implementations of the biological sequence
comparison application, which is a basic operation in computational biology
that determines the similarity degree between sequences. The optimal algorithms
available have time and space complexities in O(n2) , are based in the
dynamic programming technique and present data dependencies that follow the
wavefront pattern. The high costs of these algorithms justifies the utilization of
distributed systems. Most of the known distributed implementations try to use all
available processors in the system, so that the execution time can be minimized.
The present document proposes a framework for task allocation for biological
sequence comparison applications based on dynamic programming, as well
as four task allocation strategies. The framework and the strategies have been
implemented in a 10 machine cluster. The results show that, when the sequences
are relatively small, using all available processors is not the best decision. For
this reason, the utilization of task allocation policies that take into account the
sequences size and the machines characteristics may cause the execution time of
the application to be reduced.
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Comparação paralela de sequências biológicas longas utilizando Unidades de Processamento Gráfico (GPUs)Sandes, Edans Flávius de Oliveira 30 June 2011 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2011. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2012-02-27T16:19:33Z
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2011_EdansFlaviusOliveiraSandes.pdf: 1562566 bytes, checksum: 676058b28872648ff52973f27bc2f19c (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2012-02-27T20:57:53Z (GMT) No. of bitstreams: 1
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2011_EdansFlaviusOliveiraSandes.pdf: 1562566 bytes, checksum: 676058b28872648ff52973f27bc2f19c (MD5) / A comparação de sequências biológicas é uma operação muito importante na Bioinformática.
Embora existam métodos exatos para comparação de sequências, estes métodos usualmente são preteridos por causa da complexidade quadrática de tempo e espaço. De forma a acelerar estes métodos, muitos algoritmos em GPU foram propostos na literatura. Entretanto, todas estas propostas restringem o tamanho da sequência de busca de forma que a comparação de sequências genômicas muito longas não é possível. Neste trabalho, nós propomos e avaliamos o CUDAlign, um algoritmo em GPU capaz de comparar sequências biológicas longas com o método exato de Smith-Waterman com o modelo affine gap. O CUDAlign foi implementado em CUDA e testado em duas placas de vídeo, separadamente. Para
sequências reais com tamanho entre 1 MBP (milhões de pares de bases) e 47 MBP,
um desempenho aproximadamente constante em GCUPS (Bilhões de células atualizadas
por segundo) foi obtida, mostrando o potencial de escalabilidade da nossa
abordagem. Além disso, o CUDAlign foi capaz de comparar o cromossomo 21 humano
e o cromossomo 22 do chimpanzé. Esta operação levou aproximadamente 18 horas na GeForce GTX 285, resultando em um desempenho de 23.87 GCUPS, valor muito próximo do desempenho máximo previsto (23.93 GCUPS). Até onde sabemos, esta foi a primeira vez que cromossomos grandes como esses foram comparados com um método exato. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Biological sequence comparison is a very important operation in Bioinformatics.
Even though there do exist exact methods to compare biological sequences, these
methods are not often employed due to their quadratic time and space complexity.
In order to accelerate these methods, many GPU algorithms were proposed in the
literature. Nevertheless, all of them restrict the size of the query sequence in such a way that Megabase genome comparison is prevented. In this work, we propose
and evaluate CUDAlign, a GPU algorithm that is able to compare Megabase biological
sequences with an exact Smith-Waterman affine gap variant. CUDAlign was implemented in CUDA and tested in two GPU boards, separately. For real sequences whose size range from 1 MBP (Megabase Pairs) to 47 MBP, a close to uniform GCUPS (Giga Cells Updates per Second) was obtained, showing the potential scalability of our approach. Also, CUDAlign was able to compare the human
chromosome 21 and the chimpanzee chromosome 22. This operation took approximately
18 hours on GeForce GTX 285, resulting in a performance of 23.87 GCUPS, very close to the maximum predicted performance (23.93 GCUPS). As far as we know, this is the first time such huge chromosomes are compared with an exact method.
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Uma abordagem orientada a objetos de uma ferramenta de auxilio a programação paralela / Not availableNivaldi Calônego Júnior 31 October 1997 (has links)
Este trabalho contribui na busca de soluções para o problema de auxílio à programação paralela, apresentando uma abordagem orientada a objetos, como base para a construção de uma ferramenta que dá apoio ao desenvolvimento de programas paralelos. Diversas ferramentas com propostas análogas sac revisadas e suas características principais são destacadas, visando a busca de um modelo adequado para a ferramenta a ser proposta. A ferramenta desenvolvida, implementada e validada neste trabalho (FAPP - Ferramenta de Auxílio à Programação Paralela) baseia-se na tecnologia de orientação a objetos. A teoria dos grafos, modelada segundo a orientação a objetos, serve de base para a criação de modelos tanto para arquiteturas paralelas (hardware) como para programas paralelos (software). Os modelos criados para o hardware e software, permitem ao programador criar o ambiente para a programação, definindo a sua arquitetura paralela, os processos componentes de seu programa e o mapeamento lógico desses processos nos processadores. A ferramenta FAPP gera automaticamente o esqueleto para a aplicação paralela. Todo o desenvolvimento efetuado e validado através de uma implementação básica da ferramenta e são apresentadas às diretrizes para futuras extensões, visando outros ambientes de hardware e software, bem como melhoramentos objetivando futuros trabalhos / This work contributes to the solution of the parallel programming supporting problem, by proposing an object-oriented approach as the basis for building a tool to help the development of parallel programs. Several tools with similar goals are revised and their main features are highlighted aiming the search of an adequate model for the supporting tool to be developed. The tool developed, implemented and validated in this work (FAPP - Parallel Programming Supporting Tool) is based on the object orientation technology. The graph theory was modeled according to the object-orientation and used as the basis for the creation of models for both parallel architectures (hardware) and parallel programs (software). This allows the programmer to create the programming environment by defining his parallel architecture, the program processes and the logical mapping of the processes on the processors. The FAPP tool automatically generates the skeleton for the parallel application. The work is validated by means of a basic implementation of the tool. The guidelines for future extensions aiming other hardware and software environments as well as for future works are presented
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Desenvolvimento de algoritmos paralelos baseados em GPU para solução de problemas na área nuclearALMEIDA, Adino Americo Heimlich 08 1900 (has links)
Submitted by Almir Azevedo (barbio1313@gmail.com) on 2013-12-09T15:22:53Z
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Previous issue date: 2009 / Unidades de processamento gráfico ou GPUs, são co-processadores de alto desempenho destinados inicialmente a melhorar ou prover de capacidade gráfica um computador. Desde que pesquisadores e profissionais perceberam o potencial da utilização de GPU para fins gerais, a sua aplicação tem sido expandida a outras áreas fora do âmbito da computação gráfica. O principal objetivo deste trabalho é avaliar o impacto de utilização de GPU em dois problemas típicos da área nuclear. O transporte de nêutros utilizando simulação Monte Carlo e a resolução da equação do calor em um domínio bi-dimensional pelo método de diferenças finitas foram os problemas escolhidos. Para conseguir isso, desenvolvemos algorítmos paralelos para GPU e CPU nos dois problemas descritos anteriormente. A comparação demonstrou que a abordagem baseada em GPU é mais rápida do que a CPU em um computador com dois processadores quad core, sem perda de precisão nos resultados encontrados / Graphics Processing Units (GPU) are high performance co-processors intended, originally, to improve the use and quality of computer graphics applications. Since researchers and practitioners realized the potential of using GPU in two tipical problems of Nuclear area. The neutron transport simulation using Monte Carlo method and solve heat equation in a bi-dimensional domain by finite differences method. To achieve this, we develop parallel algorithms for GPU and CPU in the two problems described above. The comparison showed that the GPU-based approach is faster than CPU in a computer with two quad core processors, without precision loss.
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Modelo computacional paralelo baseado em GPU para cálculo em tempo real da dispersão atmosférica de radionuclídeos nas vizinhanças de uma central nuclearSantos, Marcelo Carvalho dos, Instituto de Engenharia Nuclear 03 1900 (has links)
Submitted by Almir Azevedo (barbio1313@gmail.com) on 2018-06-18T12:49:30Z
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Previous issue date: 2018-03 / Uma estimativa rápida e precisa da dispersão atmosférica de radionuclídeos (DAR) é de fundamental importância para o apoio a decisão em casos de acidentes com liberação de materiais radioativos em uma central nuclear. Com o objetivo de aperfeiçoar o sistema de dispersão atmosférica de radionuclídeos (SDAR) da Central Nuclear Almirante Álvaro Alberto (CNAAA), foi proposto um refinamento nos cálculos dos modelos físicos envolvidos. No entanto, o refinamento desejado impõe um grande aumento no custo computacional, fazendo com que os computadores atuais necessitem de um tempo proibitivo para processar os cálculos, impossibilitando a execução do sistema em tempo real. Sendo assim, a fim de acelerar a execução deste sistema e permitir o seu uso efetivo na previsão de DAR em tempo real, é proposta uma abordagem utilizando computação paralela baseada em unidades de processamento gráfico (GPU). Essencialmente, o SDAR usado na CNAAA consiste em quatro módulos (programas) principais: Termo Fonte, Campo de Vento, Dispersão de Pluma e Dose, e Projeção. Este trabalho centra-se no desenvolvimento de uma versão paralela baseada em GPU do módulo Dispersão de Pluma e Dose, com foco no cálculo da dispersão. O módulo Dispersão de Pluma usa um modelo tridimensional de bufadas com trajetória lagrangeana e difusão gaussiana para realizar os cálculos do transporte e difusão de radionuclídeos na atmosfera. Devido às restrições do programa original, uma versão sequencial atualizada foi desenvolvida e utilizada como base para a implementação de um novo algoritmo paralelo baseado em GPU. O programa paralelo foi projetado usando a linguagem de programação C e o Compute Unified Device Architecture (CUDA), em conjunto com técnicas de programação paralela. Como resultado, o tempo de execução de uma simulação do modelo do transporte e difusão de radionuclídeos refinado diminuiu de 2498,59 s (executado em uma CPU Intel-Core I5 7500) para 67,91 s (rodando em uma GPU GTX-1070). Aqui, as questões mais importantes da implementação paralela, bem como os resultados comparativos são apresentados e discutidos. / A fast and accurate estimate of the atmospheric dispersion of radionuclides (ADR) is of fundamental importance for support the decisions in cases of accidents involving the release of radioactive materials at a nuclear power station. Aiming to improve the atmospheric dispersion of radionuclides system (ADRS) of the Almirante Álvaro Alberto Nuclear Power Plant (CNAAA), a refinement was proposed in the calculations of the physical models involved. However, the desired refinement imposes a large increase in computational cost, making current computers need a prohibitive time to process the calculations, making it impossible to run the system in real time. Therefore, in order to accelerate the execution of this system and to allow its effective use in predicting real-time ADS, an approach using parallel computation based on GPUs is proposed. Essentially, the ADRS used in the CNAAA consists of four main calculation modules (programs): Source Term, Wind Field, Plume Dispersion and Dose, and Projection. This work focuses on the development of a parallel version based on the GPU of the Plume Dispersion and Dose module, with focus on the dispersion calculation. The Plume Dispersion and Dose module uses a three-dimensional model of lagrangian trajectory and Gaussian diffusion to perform calculations of the transport and diffusion of radionuclides into the atmosphere. Due to the constraints of the original program, an updated sequential version was developed and used as the basis for the implementation of a new GPU-based parallel algorithm. The parallel program was designed using the C programming language and the Compute Unified Device Architecture (CUDA), in conjunction with parallel programming techniques. As a result, the runtime of a refined dispersion model simulation decreased from 2498.59 s (running on an Intel-Core I5 7500 CPU) to 67.91 s (running on a GTX-1070 GPU). Here, the most important issues of parallel implementation as well as comparative results are presented and discussed.
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Uma nova proposta para solução computacional da equação algebrica de riccati em formas sequencial e paralelaDel Real Tamariz, Annabell 15 March 1999 (has links)
Orientador: Celso Pascoli Bottura / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-07-25T16:26:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 1999 / Resumo: Uma proposta de metodologia para a solução da Equação Algébrica de Riccati (EAR) em formas Seqüencial e Paralela e Distribuída é apresentada. O método modifica e propõe uma paralelização do Método de Schur. Transformações de Similaridade Elementares Estabilizadas (TSEE) são utilizadas para transformar a matriz simplética/Hamiltoniana, em uma forma simples. Neste trabalho fazemos uma implementação seqüencial do algoritmo proposto para matrizes densas, bem condicionadas e propomos uma implementação paralela do algoritimo num sistema com memória distribuída e estratégia de paralelização síncrona numa rede de estações de trabalho / Abstract: A proposal of methodology for solving the Algebraic Riccati Equation in Sequential and Parallel and Distriuted forms is presented. The method modifies and proposes a parallelization for the Schur Method. To transform the simpletyc/Hamiltonian matrix in a simple form, Elementary Stabilized Similarity Transformations are utilized. In this work a sequential implementation of the proposed algorithm for dense, well conditioned matrices is made and a parallel implementation on a distributed memory system with a synchronous parallelization strategy over a workstation network is proposed. / Mestrado / Mestre em Engenharia Elétrica
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Loop parallelization in the cloud using OpenMP and MapReduce / Paralelização de laços na nuvem usando OpenMP e MapReduceWottrich, Rodolfo Guilherme, 1990- 04 September 2014 (has links)
Orientadores: Guido Costa Souza de Araújo, Rodolfo Jardim de Azevedo / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-24T12:44:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1
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Previous issue date: 2014 / Resumo: A busca por paralelismo sempre foi um importante objetivo no projeto de sistemas computacionais, conduzida principalmente pelo constante interesse na redução de tempos de execução de aplicações. Programação paralela é uma área de pesquisa ativa, na qual o interesse tem crescido devido à emergência de arquiteturas multicore. Por outro lado, aproveitar as grandes capacidades de computação e armazenamento da nuvem e suas características desejáveis de flexibilidade e escalabilidade oferece várias oportunidades interessantes para abordar problemas de pesquisa relevantes em computação científica. Infelizmente, em muitos casos a implementação de aplicações na nuvem demanda conhecimento específico de interfaces de programação paralela e APIs, o que pode se tornar um fardo na programação de aplicações complexas. Para superar tais limitações, neste trabalho propomos OpenMR, um modelo de execução baseado na sintaxe e nos princípios da API OpenMP que facilita a tarefa de programar sistemas distribuídos (isto é, clusters locais ou a nuvem remota). Especificamente, este trabalho aborda o problema de executar a paralelização de laços, usando OpenMR, em um ambiente distribuído, através do mapeamento de iterações do laço para nós MapReduce. Assim, a interface de programação para a nuvem se torna a própria linguagem, livrando o desenvolvedor da tarefa de se preocupar com detalhes da distribuição de cargas de trabalho e dados. Para avaliar a validade da proposta, modificamos benchmarks da suite SPEC OMP2012 para se encaixarem no modelo proposto, desenvolvemos outros toy benchmarks que são I/O-bound e executamo-os em duas configurações: (a) um cluster de computadores disponível localmente através de uma LAN padrão; e (b) clusters disponíveis remotamente através dos serviços Amazon AWS. Comparamos os resultados com a execução utilizando OpenMP em uma arquitetura SMP e mostramos que a técnica de paralelização proposta é factível e demonstra boa escalabilidade / Abstract: The pursuit of parallelism has always been an important goal in the design of computer systems, driven mainly by the constant interest in reducing program execution time. Parallel programming is an active research area, which has grown in interest due to the emergence of multicore architectures. On the other hand, harnessing the large computing and storage capabilities of the cloud and its desirable flexibility and scaling features offers a number of interesting opportunities to address some relevant research problems in scientific computing. Unfortunately, in many cases the implementation of applications on the cloud demands specific knowledge of parallel programming interfaces and APIs, which may become a burden when programming complex applications. To overcome such limitations, in this work we propose OpenMR, an execution model based on the syntax and principles of the OpenMP API which eases the task of programming distributed systems (i.e. local clusters or remote cloud). Specifically, this work addresses the problem of performing loop parallelization, using OpenMR, in a distributed environment, through the mapping of loop iterations to MapReduce nodes. By doing so, the cloud programming interface becomes the programming language itself, freeing the developer from the task of worrying about the details of distributing workload and data. To assess the validity of the proposal, we modified benchmarks from the SPEC OMP2012 suite to fit the proposed model, developed other I/O-bound toy benchmarks and executed them in two settings: (a) a computer cluster locally available through a standard LAN; and (b) clusters remotely available through the Amazon AWS services. We compare the results to the execution using OpenMP in an SMP architecture and show that the proposed parallelization technique is feasible and demonstrates good scalability / Mestrado / Ciência da Computação / Mestre em Ciência da Computação
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Tracing de aplicações paralelas com informações de alto nível de abstração / Tracing of parallel applications with information of high level abstractionPiola, Thatyana de Faria 06 July 2007 (has links)
A computação paralela tem se estabelecido como uma ferramenta indispensável para conseguir o desempenho esperado em aplicações de muitas áreas científicas. É importante avaliar os fatores que limitam o desempenho de uma aplicação paralela. Este trabalho vem apresentar o desenvolvimento e a implementação de uma ferramenta chamada Hierarchical Analyses que permite o levantamento de dados para análise de fatores de desempenho em programas paralelos de forma hierárquica, ou seja, permite coletar as informações acompanhando o nível de abstração usado pelo programador. Essa ferramenta é composta pelos módulos de coleta e transformação dos dados. O módulo de coleta chamado HieraCollector é responsável por coletar e armazenar os dados em arquivos no formato XML, sendo que o usuário não precisa alterar o código fonte de sua aplicação. O módulo de transformação chamado HieraTransform é reponsável por transformar os dados coletados extraindo medidas que permitam a realização da análise do programa paralelo. Para validação dos módulos de coleta e transformação foi utilizada a biblioteca MPI e o framework OOPS que utiliza orientação a objetos. Outra contribuição deste trabalho, foi o desenvolvimento da ferramenta visual chamada HieraOLAP que auxilia o usuário na análise de desempenho de programas paralelos. / Parallel computing has become an essential tool to achieve the performance needed by many scientific applications. The evaluation of performance factors of parallel applications is of utmost significant. This work presents the developement and implementation of a tool called Hierarchical Analyses which facilitates data collection for performance analysis of parallel programs with hierarchical information, i.e. the information is collected in the various abstraction levels used in the application program. The tool consists of a collection and a transformation modules. The collection module (HieraCollector) collects the data and stores it in XML format. The transformation module (HieraTransform) processes the collected data computing measurements to be used in the analysis of parallel code. To validate the tool, implementations adapted to MPI and the OOPS framework have been developed. Another contribution of this work is the development of a visual tool called HieraOLAP to help the user in the analysis of parallel program performance.
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Análise do efeito de entropia em computação quântica : simulações em ambiente paralelo /Moretti, Rafael Henrique January 2015 (has links)
Orientador: Geraldo Francisco Donegá Zafalon / Coorientador: Manoel Ferreira Borges Neto / Banca: Mário Luiz Tronco / Banca: Wladimir Seixas / Resumo: O crescente desenvolvimento tecnológico tem trazido a humanidade grandes benefícios, nas mais diversas áreas. De modo a dar continuidade a esse desenvolvimento, novas frentes de pesquisas vêm surgindo, em busca do domínio dessas tecnologias emergentes. Os limites físicos da computação clássica, baseada nos fenômenos eletromagnéticos, estão sendo alcançados e a computação quântica surge como uma possível solução para esses limites, bem como para apresentar um novo panorama para a computação, devido ao seu grande potencial. A fim de buscar um maior entendimento dos fenômenos que envolvem a computação quântica em uma transmissão de dados, em específico o fenômeno do emaranhamento, no presente trabalho apresenta-se um levantamento teórico sobre mecânica quântica, informação, computação e entropias quânticas, bem como computação paralela e MPI, propondo-se uma simulação com implementação em ambiente paralelo sobre o efeito da entropia de emaranhamento dos fótons em uma transmissão de dados. Além disso, realiza-se a comparação com a implementação em um ambiente de um único processador / Abstract: The increasing technological development has brought great bene ts to humanity, in several areas. In order to continue this development, new research areas are emerging to reach new technologies. The physical limits of classical computing, based on electromagnetic phenomena are being achieved and quantum computing emerges as a possible solution to these limits, as well as to introduce a new scenario for computing, due to its great potential. In order to get a better understanding of phenomena involving quantum computing in a data transmission, in particular the phenomenon of entanglement, this work presents a theoretical quantum mechanics, information, computing and quantum entropies, as well as parallel computing and MPI, proposing a simulation with implementation in parallel environment on the e ect of the entropy of entanglement of photons in data transmission and comparison with implementation in a single processor environment / Mestre
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