Vibrio vulnificus, an emergent human pathogen, causes septicemia with a mortality rate over 50%. Additionally, symptom onset occurs rapidly, with the incubation time for ingestion cases being around 26 hours. This, combined with the severity of symptoms has led to V. vulnificus being considered the deadliest seafood-associated pathogen, claiming responsibility for 95% of seafood-related deaths. Currently, the molecular mechanisms through which some strains of this bacteria emerge to become pathogens are unknown. The main focus of this study is to expand upon the base of knowledge surrounding this question through comparing virulence phenotypes in environmentally collected strains of V. vulnificus. Specifically, this study will evaluate the pathogenic potential of environmental isolates collected from water and oyster sources in Lee County, Florida, in lieu of the outbreak that occurred in October 2022. To test this, a variety of assays were performed. First, a phylogenetic tree was built to establish the relationships between strains. Next, to study in vitro responses, serum resistance assays and sialic acid growth curves were performed. Then, to further classify the pathogenic potential of these environmental strains, they were tested against THP-1 monocytes differentiated into macrophages for their ability to resist phagocytosis and induce apoptosis. This study found differential responses amongst the environmental isolates, with some exhibiting significant pathogenic potential and others being sensitive to all tested assays. Understanding which strains emerge as pathogens will help determine the prevalence of key virulence factors within natural populations of bacteria and provide critical data on the phenotypic outcomes of differing genotypes.

Protozoários do gênero Acanthamoeba estão entre os organismos de vida-livre mais abundantes sendo encontrados em uma ampla gama de ambientes naturais como água, solo, poeira, vegetais, hospitais, sistemas de ventilação e esgotos. Algumas espécies de Acanthamoeba são consideradas patógenos oportunistas e têm sido associadas a infecções cutâneas, queratite, encefalite granulomatosa amebiana (EGA) e a outras afecções em menor frequência. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a presença de Acanthamoeba em áreas comunitárias de unidades acadêmicas e hospitalares, assim como determinar o risco potencial dos isolados. Amostras foram coletadas em dois hospitais e duas universidades do Rio Grande do Sul, Brasil. As amebas foram isoladas e caracterizadas utilizando métodos morfológicos, fisiológicos e genéticos. Além disso, a variação e a especificidade de proteases extracelulares foram determinadas por análise de zimogramas. A detecção e isolamento de amebas em amostras clínicas e ambientais envolve a amostragem e cultura em meio ágar não nutriente. Apesar de eficiente, este sistema requer diversas passagens visando eliminar contaminantes e não é apropriado para o isolamento de amebas individuais de amostras biodiversas. Para solucionar este problema foi desenvolvido um método alternativo que envolve amostragem, enriquecimento, indução de encistamento e micromanipulação de cistos e cultura direta em placas de ágar não nutriente. Utilizando os métodos convencional e alternativo, 429 amostras de áreas comunitárias de hospitais e universidades foram avaliadas mostrando alta prevalência de Acanthamoeba tanto em ambientes secos (13,77%) como úmidos (19,29%). A maior parte dos isolados (77,4%) foram classificados dentro do grupo II, o qual inclui a maioria das espécies patogênicas. Os isolados apresentaram tolerância à temperatura e pH, assim como resistência a desinfetantes, características que devem contribuir para a sobrevivência e proliferação de Acanthamoeba em ambientes fechados, aumentado o risco de contaminação das pessoas. Como as proteases extracelulares são consideradas um dos mais importantes fatores de patogenicidade das amebas de vida-livre, dez isolados foram avaliados quanto à atividade, padrão e especificidade de proteases. Análise com azocaseina mostrou variação significativa na atividade proteolítica volumétrica e específica dos distintos isolados, independente do “status” patogênico e não patogênico das espécies. Zimogramas em géis copolimerizados com gelatina mostraram três padrões de bandas em isolados de A. castellanii, e perfis particulares para as outras espécies. Todas as proteases secretadas por A. castellanii, A. pearcei e A. healyi foram caracterizadas como serino proteases, enquanto apenas cisteino e metaloproteases foram identificadas em A. astronyxis. Algumas proteases extracelulares apresentaram importante atividade sobre gelatina, fibrinogênio e γ-globulina, e podem estar implicadas na patogenicidade de Acanthamoeba e na resposta do hospedeiro. / Submitted by Marcelo Teixeira (mvteixeira@ucs.br) on 2014-06-17T12:28:43Z No. of bitstreams: 1 Tese Janice Zanella.pdf: 1619712 bytes, checksum: 484e08f82e76e04aeafee41542e1e2ac (MD5) / Made available in DSpace on 2014-06-17T12:28:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese Janice Zanella.pdf: 1619712 bytes, checksum: 484e08f82e76e04aeafee41542e1e2ac (MD5) / Protozoa of the genera Acanthamoeba are one of the most abundant free-living organisms. This microrganisms are found in a wide variety of natural habitats including water, soil, dust, vegetables, hospital units, ventilation areas and sewage. Some species of Acanthamoeba are considered opportunistic pathogens, and have been associated with cutaneous infections, keratitis, granulomatous amoebic encephalitis (GAE), among other less frequent diseases. The aim of this study was to evaluate the presence of Acanthamoeba in community areas of academic and hospital units, and to determine their potential risk. Samples were collected from two hospitals and two universities of Rio Grande do Sul, Brazil. Amoebas were isolated and characterized using morphological, physiological and genetic methods. Additionally, extracellular proteases variation and specificity was determined by zymogram analysis. The conventional detection and isolation of amoeba from clinical and environmental samples involves sampling and culture on non-nutrient Agar medium. Although efficient, this system requires several transfers in order to eliminate contaminants, and is not appropriate for the isolation of individual amoeba from samples with a biodiverse community. To solve this problem we developed an alternative method that involves sampling, enrichment, encystment induction, and direct cysts micromanipulation and culture on Agar plates. Using the conventional and alternative method, 429 samples from community areas of hospitals and universities were evaluated showing high prevalence of Acanthamoeba in both dry (13.77%) and humid (19.29%) environments. Most of this isolates (77.4%) were classified within group II, which includes the great majority of pathogenic species. Isolates exhibited temperature and pH tolerance, as well as resistance to disinfectants. These characteristics may contribute for the maintenance and proliferation of Acanthamoeba in the indoor environments, increasing the risk of people contamination. As extracellular proteases are considered one of the most important pathogenic factors of free-living amoeba, ten isolates were evaluated to determined proteases activity, patterns and specificity. Azocasein assays showed significant variation on the overall and specific protease activity in Acanthamoeba-conditioned media, independently of the pathogenic or nonpathogenic status of the species. The zymographic assays on gelatin co-polymerized gels showed three banding patterns for A. castellanii isolates, and specific profiles for other species. All the proteases secreted by A. castellanii, A. pearcei, and A. healyi were characterized as serine proteases, but only cisteine and metalloproteases were identified in A. astronyxis. Some extracellular proteases exhibited important activity on gelatin, fibrinogen and γ-globulin, and may be implicated in Acanthamoeba pathogenicity and host response.

Protozoários do gênero Acanthamoeba estão entre os organismos de vida-livre mais abundantes sendo encontrados em uma ampla gama de ambientes naturais como água, solo, poeira, vegetais, hospitais, sistemas de ventilação e esgotos. Algumas espécies de Acanthamoeba são consideradas patógenos oportunistas e têm sido associadas a infecções cutâneas, queratite, encefalite granulomatosa amebiana (EGA) e a outras afecções em menor frequência. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a presença de Acanthamoeba em áreas comunitárias de unidades acadêmicas e hospitalares, assim como determinar o risco potencial dos isolados. Amostras foram coletadas em dois hospitais e duas universidades do Rio Grande do Sul, Brasil. As amebas foram isoladas e caracterizadas utilizando métodos morfológicos, fisiológicos e genéticos. Além disso, a variação e a especificidade de proteases extracelulares foram determinadas por análise de zimogramas. A detecção e isolamento de amebas em amostras clínicas e ambientais envolve a amostragem e cultura em meio ágar não nutriente. Apesar de eficiente, este sistema requer diversas passagens visando eliminar contaminantes e não é apropriado para o isolamento de amebas individuais de amostras biodiversas. Para solucionar este problema foi desenvolvido um método alternativo que envolve amostragem, enriquecimento, indução de encistamento e micromanipulação de cistos e cultura direta em placas de ágar não nutriente. Utilizando os métodos convencional e alternativo, 429 amostras de áreas comunitárias de hospitais e universidades foram avaliadas mostrando alta prevalência de Acanthamoeba tanto em ambientes secos (13,77%) como úmidos (19,29%). A maior parte dos isolados (77,4%) foram classificados dentro do grupo II, o qual inclui a maioria das espécies patogênicas. Os isolados apresentaram tolerância à temperatura e pH, assim como resistência a desinfetantes, características que devem contribuir para a sobrevivência e proliferação de Acanthamoeba em ambientes fechados, aumentado o risco de contaminação das pessoas. Como as proteases extracelulares são consideradas um dos mais importantes fatores de patogenicidade das amebas de vida-livre, dez isolados foram avaliados quanto à atividade, padrão e especificidade de proteases. Análise com azocaseina mostrou variação significativa na atividade proteolítica volumétrica e específica dos distintos isolados, independente do “status” patogênico e não patogênico das espécies. Zimogramas em géis copolimerizados com gelatina mostraram três padrões de bandas em isolados de A. castellanii, e perfis particulares para as outras espécies. Todas as proteases secretadas por A. castellanii, A. pearcei e A. healyi foram caracterizadas como serino proteases, enquanto apenas cisteino e metaloproteases foram identificadas em A. astronyxis. Algumas proteases extracelulares apresentaram importante atividade sobre gelatina, fibrinogênio e γ-globulina, e podem estar implicadas na patogenicidade de Acanthamoeba e na resposta do hospedeiro. / Protozoa of the genera Acanthamoeba are one of the most abundant free-living organisms. This microrganisms are found in a wide variety of natural habitats including water, soil, dust, vegetables, hospital units, ventilation areas and sewage. Some species of Acanthamoeba are considered opportunistic pathogens, and have been associated with cutaneous infections, keratitis, granulomatous amoebic encephalitis (GAE), among other less frequent diseases. The aim of this study was to evaluate the presence of Acanthamoeba in community areas of academic and hospital units, and to determine their potential risk. Samples were collected from two hospitals and two universities of Rio Grande do Sul, Brazil. Amoebas were isolated and characterized using morphological, physiological and genetic methods. Additionally, extracellular proteases variation and specificity was determined by zymogram analysis. The conventional detection and isolation of amoeba from clinical and environmental samples involves sampling and culture on non-nutrient Agar medium. Although efficient, this system requires several transfers in order to eliminate contaminants, and is not appropriate for the isolation of individual amoeba from samples with a biodiverse community. To solve this problem we developed an alternative method that involves sampling, enrichment, encystment induction, and direct cysts micromanipulation and culture on Agar plates. Using the conventional and alternative method, 429 samples from community areas of hospitals and universities were evaluated showing high prevalence of Acanthamoeba in both dry (13.77%) and humid (19.29%) environments. Most of this isolates (77.4%) were classified within group II, which includes the great majority of pathogenic species. Isolates exhibited temperature and pH tolerance, as well as resistance to disinfectants. These characteristics may contribute for the maintenance and proliferation of Acanthamoeba in the indoor environments, increasing the risk of people contamination. As extracellular proteases are considered one of the most important pathogenic factors of free-living amoeba, ten isolates were evaluated to determined proteases activity, patterns and specificity. Azocasein assays showed significant variation on the overall and specific protease activity in Acanthamoeba-conditioned media, independently of the pathogenic or nonpathogenic status of the species. The zymographic assays on gelatin co-polymerized gels showed three banding patterns for A. castellanii isolates, and specific profiles for other species. All the proteases secreted by A. castellanii, A. pearcei, and A. healyi were characterized as serine proteases, but only cisteine and metalloproteases were identified in A. astronyxis. Some extracellular proteases exhibited important activity on gelatin, fibrinogen and γ-globulin, and may be implicated in Acanthamoeba pathogenicity and host response.

The genus Blastocystis has recently attracted the attention of scientists, especially parasitologists. Similarly to the related opalines and proteromonads, Blastocystis is anaerobic and lives endobiotically in the intestine of various animals. This organism is also often found in humans, where it is associated with irritable bowel syndrome, though its pathogenic potential remains uncertain. The genus Blastocystis is remarkable for its rich genetic diversity. The taxonomy of Blastocystis is inconsistent and problematic. The strains isolated from homoiothermic vertebrates are divided into 17 subtypes, while strains from poikilotherms are either classified as separate species or are not considered in taxonomic studies at all. The aim of the study was to further examine the genetic diversity of the genus Blastocystis. We determined SSU rDNA sequences of 38 strains isolated from poikilothermic vertebrates and arthropods. The results of our phylogenetic analysis showed that Blastocystis is considerably diverse in these hosts, and we defined 21 new subtypes. The total number of known subtypes of Blastocystis has thus increased to 38. We also examined light-microscopical morphology of some strains. Most of the newly defined subtypes show identical morphology, ST20 (Blastocystis geocheloni) is an exception,...

Submitted by Mario BC (mario@bc.ufrpe.br) on 2016-06-09T11:58:37Z No. of bitstreams: 1 Renata Valenca Vaz.pdf: 1168629 bytes, checksum: da995b8f267acdbf4f809c234e53f7f1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-09T11:58:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Renata Valenca Vaz.pdf: 1168629 bytes, checksum: da995b8f267acdbf4f809c234e53f7f1 (MD5) Previous issue date: 2014-06-09 / In the present study, we investigated the pathogenic potential of Escherichia coli isolates from samples of chicken livers from carcasses approved for human consumption. The samples ( n = 110 ) were obtained from an abattoir in the State of Pernambuco , Brazil. The bacterial isolates were presumptively identified form Agar Eosin Methylene Blue. The antibiotic resistance profile of the isolates was assessed by the disk diffusion method, according to criteria established by the Committee for Clinical Laboratory Standards Institute (CLSI). Hereafter, ten isolates resistant to three or more antibiotics and ten susceptible isolates were selected and tested for resistance to serum of chicken and human tests. Our results demonstrated the existence of isolates with resistance phenotypes to streptomycin (84.04 %) , tetracycline (44.68 %) , Amikacin (29.78% ) Ceftazidina (21.27 %) and gentamicin (21.27%) . Likewise, in general , the multiresistant isolates showed resistance to the bactericidal effects of serum and human serum birds. The multiresistant isolates (n = 20 ) were phylogenetically investigated and screened for the presence of ISS gene (Increased serum survival). It was observed that the strains were distributed between the four main phylogenetical groups (B2, D, B1, A) and seven isolates of groups B2, B1 and D had the gene iss . In conclusion, our results indicate the presence of E. coli strains multiresistant to antibiotics and potentially pathogenic in chicken carcasses approved for human consumption. / No presente estudo, o potencial patogênico de Escherichia coli isoladas de amostras de fígados de frango de carcaças aprovadas para o consumo humano foi investigado. As amostras (n = 110) foram obtidas de um abatedouro no Estado de Pernambuco, Brasil, e os isolados bacterianos identificados de forma presuntiva em Ágar Eosina Azul de Metileno. O perfil de resistência aos antibióticos dos isolados foi avaliado pelo método de disco-difusão, segundo critérios estipulados pelo Comitê para Padronização de Laboratórios Clínicos (CLSI). A seguir, dez isolados resistentes a três ou mais antibióticos e dez susceptíveis foram selecionados e submetidos a testes de resistência ao soro sanguíneo de frango e humano. Nossos resultados demonstraram a existência de isolados com fenótipos de resistência à Estreptomicina (84,04%), Tetraciclina (44,68%), Amicacina (29,78%), Ceftazidina (21,27%) e Gentamicina (21,27%). Ainda, de maneira geral, os isolados multirresistentes aos antibióticos também apresentaram resistência aos efeitos bactericidas do soro de aves e ao soro humano. Estes isolados (n = 20) foram investigados filogeneticamente e pesquisados em relação à presença do gene iss (increased serum survival). Foi observado que os isolados apresentaram-se distribuídos filogeneticamente entre os quatros principais grupos (B2, D, B1, A) e sete isolados dos grupos B2, D e B1 apresentaram o gene iss. Em conclusão, nossos resultados apontam a presença de cepas de E.coli multirresistentes aos antibióticos e potencialmente patogênicas em carcaças de frango aprovadas para o consumo humano.

Entre as 12 espécies do gênero Yersinia, Yersinia enterocolitica é a mais prevalente como causa de doença em humanos e animais. Sua patogenicidade é relacionada, entre outras características, a seis biotipos: o 1B e os biotipos 2 a 5 comprovadamente patogênicos e o biotipo 1A, considerado como não-patogênico. Entretanto, dados da literatura relatam linhagens do biotipo 1A como sendo os agentes causais de infecções em humanos e animais. O objetivo deste trabalho foi investigar o potencial patogênico e verificar a similaridade genômica de linhagens de Y. enterocolitica biotipo 1A, isoladas de material clínico e não-clínico. Foram estudadas 52 linhagens de Yersinia enterocolitica biotipo 1A isoladas de humanos (11), animais (11), alimentos (15) e ambiente (15), quanto a susceptibilidade a antimicrobianos, comportamento frente a testes fenotípicos relacionados à virulência, resistência a reativos intermediários do oxigênio, invasão a células HEp-2 e Caco-2, presença de genes de virulência por PCR e similaridade genômica por Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR (ERIC-PCR) e Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Tanto as linhagens clínicas como as não-clínicas apresentaram resistência à ampicilina e à cefalotina. Não foi observada diferença entre linhagens de origem clínica e não-clínica frente aos testes de fermentação da salicina, hidrólise da esculina, atividade da pirazinamidase, reativos intermediários do oxigênio e invasão a células HEp-2. Entretanto, linhagens de origem não-clínica foram mais invasivas a células Caco-2 do que as de origem clínica. Oito dos 11 genes de virulência pesquisados foram encontrados. Os genes ystB, hreP e fepD foram mais freqüentemente detectados em linhagens de origem clínica. Ao contrário, os genes myfA, fepA, fes e tccC apresentaram-se mais freqüentes nas linhagens de origem não-clínica. Entretanto, a diferença na freqüência de tais genes não foi estatisticamente significativa entre linhagens clínicas e não-clínicas. O gene inv foi detectado em todas as linhagens estudadas, entretanto, os genes ail, ystA e virF não foram detectados em nenhuma das 52 linhagens. O dendrograma de similaridade genômica consenso das técnicas de ERIC-PCR e PFGE, permitiu a visualização de dois grupos (A e B). Foi observada uma alta similaridade genômica (>63%) entre quase todas as linhagens isoladas de humanos e animais, bem como uma alta similaridade genômica para a maioria das linhagens de origem clínica e não-clínica (>58%). O índice de discriminação de ERIC-PCR foi 0,98, e o de PFGE foi 0,99. Entre as linhagens do biotipo 1A estudadas, não foi observada diferença entre o potencial patogênico de linhagens de origem clínica e não-clínica frente aos testes fenotípicos realizados e prevalência de genes de virulência pesquisados. A exceção foi o teste de invasão a células Caco-2, onde as linhagens não-clínicas foram mais invasivas. As técnicas de ERIC-PCR e PFGE discriminaram similarmente as linhagens estudadas. A alta similaridade genômica entre as linhagens de origem clínica e não-clínica evidencia os animais como sendo importantes reservatórios de Y. enterocolitica biotipo 1A e sugere que isolados de ambiente e alimentos tem sido fonte de contaminação de humanos e animais. / Among the 12 species of the genus Yersinia, Yersinia enterocolitica is the most prevalent cause of illness in humans and animals. Among other characteristics, its patogenicity is related to six biotypes: 1B and 2 to 5 considered pathogenic and the 1A biotype considered non-pathogenic. Despite being defined as non-pathogenic, literature has been shown that biotype 1A strains may be the etiological agents of infections in humans and animals. The aim of this work was to investigate the pathogenic potential and to verify the genomic similarity of Y. enterocolitica biotype 1A isolated from clinical and non-clinical sources. Fifty-two strains of Y. enterocolitica biotype 1A isolated from humans (11), animals (11), food (15), and environment (15) were analyzed regarding their susceptibility to antimicrobials, behavior against phenotypic tests related to virulence, resistance to oxygen intermediate reactives, invasion to HEp-2 and Caco-2 cells, presence of virulence genes by PCR, and genomic similarity by Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR (ERIC-PCR) and Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Both clinical and non-clinical strains showed resistance to ampicillin and cephalothin. It was not observed any difference in the pathogenic potential between clinical and non-clinical strains face of the following tests: salicine fermentation, esculin hydrolysis, pirazinamidase activity, oxygen intermediate reactives and HEp-2 cell invasion assay. On the other hand, the non-clinical strains were more invasive to Caco-2 cells than the clinical ones. Eight of 11 studied virulence genes were found. Genes ystB, hreP and fepD were more often detected in clinical strains. In contrast, myfA, fepA, fes and tccC were presented more frequently in non-clinical strains. However, the frequency difference of those genes was not statistically significant between clinical and non-clinical strains. The inv gene was detected in all the strains studied; but no ail, ystA, and virF genes were found in any of the 52 strains. ERIC-PCR and PFGE dendogram allowed the visualization of two groups named A and B. It was observed a high genomic similarity among almost all human and animal isolated strains (>63%), as well as a high genomic similarity between the clinical and non-clinical strains (>58%). The discriminatory index for ERIC-PCR was 0.98 and for PFGE was 0.99. Among biotype 1A strains no difference was observed between the pathogenic potential of clinical and non-clinical strains face to the phenotype tests employed, and regarding the prevalence of the studied virulence genes. The exception was the Caco-2 cells invasion assay where non-clinical strains were more invasive., ERIC-PCR and PFGE discriminated the studied strains similarly. The high genomic similarity between the clinical and non-clinical strains gives evidence that animals constitute important reservoirs of Y.enterocolitica biotype 1A and suggests that environmental and food isolates have been the source of human and animal infections.

Orientador: Iracema Helena Schoenlein-Crusius / Banca: José Ivanildo de Souza / Banca: André Rodrigues / Resumo: No Córrego do Sapateiro, no Parque Municipal do Ibirapuera, São Paulo, SP, foram coletadas amostras de água (50 mL) até 10 cm de profundidade, em local antes (local 1) e após (local 2) o tratamento da água por flotação, durante época chuvosa (janeiro, fevereiro e março) e época seca (junho, julho e agosto) em 2008. Concomitantemente, foram medidos a temperatura, oxigênio dissolvido, condutividade, e pH da água com equipamento U10 da Horiba. Os coliformes totais e fecais na água foram analisados com Aquatest®. De cada amostra de água, alíquotas de 1 mL foram espalhadas sobre meio de batata-dextrose-ágar, perfazendo 10 placas de Petri para cada local de coleta. Após a incubação durante 10 dias a 22ºC, as colônias foram quantificadas. As mais representativas foram purificadas e identificadas utilizando-se literatura pertinente. Para conduzir testes de patogenicidade foram selecionadas culturas representativas da micota submetendo-as a testes de crescimento a 37ºC, atividade proteásica e fosfolipásica. Os parâmetros abióticos da água não se apresentaram limitantes para a presença de geofungos e foram pouco influenciados pela flotação, exceto o oxigênio dissolvido, que no local 2 apresentou elevações significativas. Nos dois locais o número de coliformes totais e fecais foi predominantemente maior que 8 NMP/dL-1 durante o período de estudo. A quantificação de colônias de fungos variou de 0 a 148 UFC/mL-1. No total foram obtidos 30 táxons de fungos, distribuídos em 141 ocorrências. Vinte táxons foram registrados nos meses quentes e chuvosos e 21 nos demais. Vinte e quatro táxons em 76 ocorrências de fungos foram registrados para o local 1 e 20 táxons em 65 ocorrências no local 2. A micota foi composta por nove gêneros de fungos anamórficos, sendo eles Penicillium sp., Aspergillus sp., Fusarium sp., Cylindrocladium... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In "Córrego do Sapateiro" in the "Parque Municipal do Ibirapuera", São Paulo city, São Paulo State, Brazil, water samples (50 mL) at 10cm depth were collected in sites before (site 1) and also after (site 2) flotation water treatment, during months in the rainy hot season (January, February and March) and in the dry, cold season (June, July and August) of 2008. Besides, the temperature, dissolved oxygen, conductivity and pH of the water were measured with an U10 Horiba equipment. Total and fecal coliforms were analyzed with Aquatest® kit. From each water sample, aliquots of 1mL were spreaded on potato-dextrose-agar media, totalizing 10 Petri dishes for each collection site. After incubation for 10 days at 22oC, the colonies were quantified. The most representative ones were purified to be identified using current literature. To perform the pathogenicity tests representative strains of the mycota were submitted to growth tests at 37oC, proteolythic and phospholypasic activities. Abiotic parameters of the water were not limitants for the presence of geofungi, and were little influenced by the flotation treatment, except for dissolved oxygen, that presented significant increases at site 2. At the two sites the number of total and fecal coliforms was predominantly higher than 8 NMP/dL-1 during the studied period. The quantity of fungal colonies varied from zero to 148 UFC/mL-1. A total of 30 fungal taxa was obtained, distributed in 141 occurrences. Twenty one taxa were registered in the rainy and hot months, and 21 in the remaining ones. Twenty four taxa, in 76 occurrences were registered for site 1 and 20 taxa in 65 occurrences for site 2. The mycota was composed by nine anamorphic genera, as Penicillium sp., Aspergillus sp., Fusarium sp., Cylindrocladium sp., Pestalotiopsis sp., Trichoderma sp., Cladosporium sp., Geotrichum sp. and Paecilomyces sp., besides two representants... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Entre as 12 espécies do gênero Yersinia, Yersinia enterocolitica é a mais prevalente como causa de doença em humanos e animais. Sua patogenicidade é relacionada, entre outras características, a seis biotipos: o 1B e os biotipos 2 a 5 comprovadamente patogênicos e o biotipo 1A, considerado como não-patogênico. Entretanto, dados da literatura relatam linhagens do biotipo 1A como sendo os agentes causais de infecções em humanos e animais. O objetivo deste trabalho foi investigar o potencial patogênico e verificar a similaridade genômica de linhagens de Y. enterocolitica biotipo 1A, isoladas de material clínico e não-clínico. Foram estudadas 52 linhagens de Yersinia enterocolitica biotipo 1A isoladas de humanos (11), animais (11), alimentos (15) e ambiente (15), quanto a susceptibilidade a antimicrobianos, comportamento frente a testes fenotípicos relacionados à virulência, resistência a reativos intermediários do oxigênio, invasão a células HEp-2 e Caco-2, presença de genes de virulência por PCR e similaridade genômica por Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR (ERIC-PCR) e Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Tanto as linhagens clínicas como as não-clínicas apresentaram resistência à ampicilina e à cefalotina. Não foi observada diferença entre linhagens de origem clínica e não-clínica frente aos testes de fermentação da salicina, hidrólise da esculina, atividade da pirazinamidase, reativos intermediários do oxigênio e invasão a células HEp-2. Entretanto, linhagens de origem não-clínica foram mais invasivas a células Caco-2 do que as de origem clínica. Oito dos 11 genes de virulência pesquisados foram encontrados. Os genes ystB, hreP e fepD foram mais freqüentemente detectados em linhagens de origem clínica. Ao contrário, os genes myfA, fepA, fes e tccC apresentaram-se mais freqüentes nas linhagens de origem não-clínica. Entretanto, a diferença na freqüência de tais genes não foi estatisticamente significativa entre linhagens clínicas e não-clínicas. O gene inv foi detectado em todas as linhagens estudadas, entretanto, os genes ail, ystA e virF não foram detectados em nenhuma das 52 linhagens. O dendrograma de similaridade genômica consenso das técnicas de ERIC-PCR e PFGE, permitiu a visualização de dois grupos (A e B). Foi observada uma alta similaridade genômica (>63%) entre quase todas as linhagens isoladas de humanos e animais, bem como uma alta similaridade genômica para a maioria das linhagens de origem clínica e não-clínica (>58%). O índice de discriminação de ERIC-PCR foi 0,98, e o de PFGE foi 0,99. Entre as linhagens do biotipo 1A estudadas, não foi observada diferença entre o potencial patogênico de linhagens de origem clínica e não-clínica frente aos testes fenotípicos realizados e prevalência de genes de virulência pesquisados. A exceção foi o teste de invasão a células Caco-2, onde as linhagens não-clínicas foram mais invasivas. As técnicas de ERIC-PCR e PFGE discriminaram similarmente as linhagens estudadas. A alta similaridade genômica entre as linhagens de origem clínica e não-clínica evidencia os animais como sendo importantes reservatórios de Y. enterocolitica biotipo 1A e sugere que isolados de ambiente e alimentos tem sido fonte de contaminação de humanos e animais. / Among the 12 species of the genus Yersinia, Yersinia enterocolitica is the most prevalent cause of illness in humans and animals. Among other characteristics, its patogenicity is related to six biotypes: 1B and 2 to 5 considered pathogenic and the 1A biotype considered non-pathogenic. Despite being defined as non-pathogenic, literature has been shown that biotype 1A strains may be the etiological agents of infections in humans and animals. The aim of this work was to investigate the pathogenic potential and to verify the genomic similarity of Y. enterocolitica biotype 1A isolated from clinical and non-clinical sources. Fifty-two strains of Y. enterocolitica biotype 1A isolated from humans (11), animals (11), food (15), and environment (15) were analyzed regarding their susceptibility to antimicrobials, behavior against phenotypic tests related to virulence, resistance to oxygen intermediate reactives, invasion to HEp-2 and Caco-2 cells, presence of virulence genes by PCR, and genomic similarity by Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus PCR (ERIC-PCR) and Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE). Both clinical and non-clinical strains showed resistance to ampicillin and cephalothin. It was not observed any difference in the pathogenic potential between clinical and non-clinical strains face of the following tests: salicine fermentation, esculin hydrolysis, pirazinamidase activity, oxygen intermediate reactives and HEp-2 cell invasion assay. On the other hand, the non-clinical strains were more invasive to Caco-2 cells than the clinical ones. Eight of 11 studied virulence genes were found. Genes ystB, hreP and fepD were more often detected in clinical strains. In contrast, myfA, fepA, fes and tccC were presented more frequently in non-clinical strains. However, the frequency difference of those genes was not statistically significant between clinical and non-clinical strains. The inv gene was detected in all the strains studied; but no ail, ystA, and virF genes were found in any of the 52 strains. ERIC-PCR and PFGE dendogram allowed the visualization of two groups named A and B. It was observed a high genomic similarity among almost all human and animal isolated strains (>63%), as well as a high genomic similarity between the clinical and non-clinical strains (>58%). The discriminatory index for ERIC-PCR was 0.98 and for PFGE was 0.99. Among biotype 1A strains no difference was observed between the pathogenic potential of clinical and non-clinical strains face to the phenotype tests employed, and regarding the prevalence of the studied virulence genes. The exception was the Caco-2 cells invasion assay where non-clinical strains were more invasive., ERIC-PCR and PFGE discriminated the studied strains similarly. The high genomic similarity between the clinical and non-clinical strains gives evidence that animals constitute important reservoirs of Y.enterocolitica biotype 1A and suggests that environmental and food isolates have been the source of human and animal infections.

Dentre as espécies do gênero Yersinia, Yersinia enterocolitica é a espécie mais prevalente como causa de doença em humanos e animais. Y. enterocolitica é dividida em seis biotipos. Os biotipos 1B, 2, 3, 4 e 5 compreendem linhagens associadas à doença em humanos e animais, enquanto o biotipo 1A consiste de linhagens consideradas não patogênicas. Apesar de Y. enterocolitica biotipo 2 ser de importância clínica, há uma escassez de estudos no país, o que dificulta avaliar o envolvimento dessa bactéria como causa de doença em humanos e em animais, bem como, determinar o impacto de sua presença no meio-ambiente. O objetivo deste trabalho foi investigar o potencial patogênico, determinar o perfil de suscetibilidade a antimicrobianos e verificar a diversidade genotípica de linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 isoladas no Brasil. Foram estudadas 40 linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2, isoladas de humanos (5), ambiente (34) e animal (1), entre os anos de 1979 e 1998. Ademais, nas análises filogenéticas, foram acrescidas 26 linhagens de Y. enterocolitica pertencentes aos outros biotipos, com o intuito de comparar as linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 aos biotipos 1A, 1B, 3, 4 e 5. As linhagens de humanos e animal foram sensíveis a todos os 14 antimicrobianos testados. Dentre as 34 linhagens de ambiente, sete (20,6%) foram resistentes a um ou dois antimicrobianos, sendo esses, amicacina, cefoxitina, gentamicina, e sulfametoxazol - trimetoprima. Todas as linhagens apresentaram os genes inv, ail, ystA, hreP, tccC e myfA. Os genes fepD e fes foram detectados em 39 (97,5%) linhagens, o gene virF foi encontrado em três (7,5%) linhagens, os genes ystB e fepA não foram detectados em nenhuma linhagem. Todas as linhagens apresentaram comportamento relacionado à virulência frente aos testes fenotípicos de atividade da pirazinamidase, hidrólise da esculina e fermentação da salicina. O dendrograma de similaridade genética de Enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR (ERIC-PCR) agrupou as linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 em cinco grupos denominados A, B, C, D e E. Todas as linhagens, com exceção de duas, apresentaram similaridade genética superior a 88,3%. O dendrograma de similaridade genética de Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) agrupou as linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 em três grupos denominados I, J e K. A maioria das linhagens (72,5%) apresentou similaridade ii genética superior a 78,3%. O dendrograma de similaridade genética de Multilocus variable number tandem repeat analysis (MLVA) agrupou as linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 em dois grupos denominados O e P com similaridade genética superior a 37,7%. Pode-se concluir que o potencial patogênico das linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 foi evidenciado pela prevalência da maioria dos marcadores de virulência, bem como, pelo comportamento relacionado à virulência frente aos testes fenotípicos pesquisados. Algumas linhagens apresentaram-se resistentes a antimicrobianos de primeira escolha no tratamento de yersiniose, o que pode acarretar em falha terapêutica. Os resultados de ERIC-PCR e PFGE mostraram a alta similaridade entre as linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2, sugerindo que as mesmas pouco se diferenciaram ao longo dos 19 anos e que possivelmente o meio ambiente tem sido uma fonte de contaminação para humanos e animais no Brasil. A técnica de MLVA agrupou as linhagens de Y. enterocolitica biotipo 2 quanto à sua origem e a técnica de ERIC-PCR agrupou as linhagens de Y. enterocolitica biotipos 1A, 1B, 2, 3, 4, e 5 quanto às diferentes patogenicidades características de cada biotipo. / Among the species of the genus Yersinia, Yersinia enterocolitica is the most prevalent species that cause illness in humans and animals. Y. enterocolitica is divided into six biotypes. Biotypes 1B, 2, 3, 4 e 5 comprise strains associated to illness in humans and animals, while biotype 1A comprise strains considered nonpathogenic. Despite of the fact that Y. enterocolitica biotype 2 is of clinical importance, there is a paucity of studies in this country, which makes difficult to assess the involvement of this bacteria as a cause of illness in humans and animals, as well as to determine the impact of its presence in the environment. The aim of this work was to investigate the pathogenic potential, to determine the antimicrobial resistance profile and to verify the genetic diversity of Y. enterocolitica biotype 2 strains isolated in Brazil. Forty strains of Y. enterocolitica biotype 2 isolated from humans (5), environment (34) and animal (1), between 1979 and 1998 were studied. Besides, in the phylogenetic analyzes it was added 26 Y. enterocolitica strains belonging to the other biotypes, in order to compare the Y. enterocolitica biotype 2 strains to biotypes 1A, 1B, 3, 4 e 5. Humans and animals strains showed susceptibility to all 14 antibiotics tested. Among the 34 environment strains, seven (20.6%) were resistant to one or two antibiotics used such as amikacin, cefoxitin, gentamicin and sulfamethoxazole-trimethoprim. All the strains presented the genes inv, ail, ystA, hreP, tccC and myfA. Genes fepD and fes were detected in 39 (97.5%) strains, virF was found in three (7.5%) strains, and ystB and fepA were not detected in any strains. All the strains exhibited behavior related to virulence against the phenotypic tests of pyrazinamidase activity, esculin hydrolysis and salicin fermentation. The dendrogram of genetic similarity of Enterobacterial repetitive intergenic consensus PCR (ERIC-PCR) grouped the Y. enterocolitica biotype 2 strains in five groups, designated A, B, C, D and E. All the strains, except two, showed a genetic similarity of more than 88.3%. The dendrogram of genetic similarity of Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) grouped the Y. enterocolitica biotype 2 strains in three groups, designated I, J and K. The majority of the strains (72.5%) showed a genetic similarity of more than 78.3%. The dendrogram of genetic similarity of Multilocus variable number tandem repeat analysis (MLVA) grouped the Y. enterocolitica iv biotype 2 strains in two groups, designated O and P with a genetic similarity of more than 37.7%. It is possible to conclude that the pathogenic potential of the Y. enterocolitica biotype 2 strains was highlighted by the prevalence of the majority of the virulence markers searched, as well as by the behavior related to virulence against the phenotypic tests. Some strains were resistant to antimicrobials that are the first choice for yersiniosis treatment, which can result in therapeutic failure. The results of ERIC-PCR and PFGE showed a high genetic similarity between the Y. enterocolitica biotype 2 strains, suggesting that the strains differed little over 19 years, and that the environment has been possibly a source of humans and animals infections in Brazil. The MLVA technique grouped the Y. enterocolitica biotype 2 strains according their origins, and the ERIC-PCR technique grouped the Y. enterocolitica biotypes 1A, 1B, 2, 3, 4 and 5 strains according to the different pathogenicity characteristics of each biotype.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-10-07Bitstream added on 2014-06-13T18:31:32Z : No. of bitstreams: 1 takahashi_jp_me_rcla.pdf: 257346 bytes, checksum: 93dfb4bf3222820f6d8227ebe1bb5eca (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / No Córrego do Sapateiro, no Parque Municipal do Ibirapuera, São Paulo, SP, foram coletadas amostras de água (50 mL) até 10 cm de profundidade, em local antes (local 1) e após (local 2) o tratamento da água por flotação, durante época chuvosa (janeiro, fevereiro e março) e época seca (junho, julho e agosto) em 2008. Concomitantemente, foram medidos a temperatura, oxigênio dissolvido, condutividade, e pH da água com equipamento U10 da Horiba. Os coliformes totais e fecais na água foram analisados com Aquatest®. De cada amostra de água, alíquotas de 1 mL foram espalhadas sobre meio de batata-dextrose-ágar, perfazendo 10 placas de Petri para cada local de coleta. Após a incubação durante 10 dias a 22ºC, as colônias foram quantificadas. As mais representativas foram purificadas e identificadas utilizando-se literatura pertinente. Para conduzir testes de patogenicidade foram selecionadas culturas representativas da micota submetendo-as a testes de crescimento a 37ºC, atividade proteásica e fosfolipásica. Os parâmetros abióticos da água não se apresentaram limitantes para a presença de geofungos e foram pouco influenciados pela flotação, exceto o oxigênio dissolvido, que no local 2 apresentou elevações significativas. Nos dois locais o número de coliformes totais e fecais foi predominantemente maior que 8 NMP/dL-1 durante o período de estudo. A quantificação de colônias de fungos variou de 0 a 148 UFC/mL-1. No total foram obtidos 30 táxons de fungos, distribuídos em 141 ocorrências. Vinte táxons foram registrados nos meses quentes e chuvosos e 21 nos demais. Vinte e quatro táxons em 76 ocorrências de fungos foram registrados para o local 1 e 20 táxons em 65 ocorrências no local 2. A micota foi composta por nove gêneros de fungos anamórficos, sendo eles Penicillium sp., Aspergillus sp., Fusarium sp., Cylindrocladium... / In “Córrego do Sapateiro” in the “Parque Municipal do Ibirapuera”, São Paulo city, São Paulo State, Brazil, water samples (50 mL) at 10cm depth were collected in sites before (site 1) and also after (site 2) flotation water treatment, during months in the rainy hot season (January, February and March) and in the dry, cold season (June, July and August) of 2008. Besides, the temperature, dissolved oxygen, conductivity and pH of the water were measured with an U10 Horiba equipment. Total and fecal coliforms were analyzed with Aquatest® kit. From each water sample, aliquots of 1mL were spreaded on potato-dextrose-agar media, totalizing 10 Petri dishes for each collection site. After incubation for 10 days at 22oC, the colonies were quantified. The most representative ones were purified to be identified using current literature. To perform the pathogenicity tests representative strains of the mycota were submitted to growth tests at 37oC, proteolythic and phospholypasic activities. Abiotic parameters of the water were not limitants for the presence of geofungi, and were little influenced by the flotation treatment, except for dissolved oxygen, that presented significant increases at site 2. At the two sites the number of total and fecal coliforms was predominantly higher than 8 NMP/dL-1 during the studied period. The quantity of fungal colonies varied from zero to 148 UFC/mL-1. A total of 30 fungal taxa was obtained, distributed in 141 occurrences. Twenty one taxa were registered in the rainy and hot months, and 21 in the remaining ones. Twenty four taxa, in 76 occurrences were registered for site 1 and 20 taxa in 65 occurrences for site 2. The mycota was composed by nine anamorphic genera, as Penicillium sp., Aspergillus sp., Fusarium sp., Cylindrocladium sp., Pestalotiopsis sp., Trichoderma sp., Cladosporium sp., Geotrichum sp. and Paecilomyces sp., besides two representants... (Complete abstract click electronic access below)