Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-11-23Bitstream added on 2014-06-13T19:54:00Z : No. of bitstreams: 1 nachtigall_pg_me_botib.pdf: 1512670 bytes, checksum: c79b570dced4bdd72d93ec49ab217896 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / MicroRNAs são pequenas moléculas de RNA que regulam pós-transcricionalmente a expressão gênica em diversas vias celulares específicas. Recentemente, alguns miRNAs de ação músculo-específica, especialmente aqueles expressos no músculo estriado esquelético, têm sido associados à regulação da biologia muscular, com papel fundamental no controle de eventos como miogênese e crescimento muscular hipertrófico e hiperplásico, além de constituírem vias metabólicas extremamente conservadas entre os vertebrados. A tilápia do Nilo é considerada um excelente modelo biológico para o estudo de miRNAs em vertebrados devido à sua importância econômica e por apresentar o genoma completo sequenciado. Contudo, pouco é conhecido a respeito da dinâmica evolutiva de miRNAs e sua potencial atuação na regulação dos mecanismos moleculares promotores do desenvolvimento do tecido muscular na espécie. Assim, foram realizados dois estudos direcionados para a (i) avaliação do perfil de expressão de miRNAs músculo-específicos e seus alvos no tecido muscular de adultos da tilápia do Nilo, e para (ii) analisar o padrão de organização genômica desses miRNAs em diferentes espécies de peixes e estabelecer comparações com outros grupos de vertebrados. Os principais resultados obtidos na análise do perfil de expressão no tecido muscular esquelético de cinco miRNAs músculo-específicos (miR-1, -133a, -133b, -206 e -499) evidenciaram um alto nível de expressão do miR-499 no músculo vermelho em comparação aos níveis observados no músculo branco. Esses dados, corroborados pela hibridação in situ e análise da expressão de genes alvo do miR-499, sugerem sua participação como elemento central na regulação de vias metabólicas particularmente ativas no músculo de contração lenta (vermelho) na tilápia do Nilo. De modo geral, as análises genômicas... / MicroRNAs are small RNA molecules that post-transcriptionally regulate gene expression in various specific cell pathways. Recently, some miRNAs have been described to have a muscle-specific action and has been associated with regulation of muscle biology with fundamental roles in myogenesis. The Nile tilapia is considered an excellent biological model for the study of miRNAs in vertebrates due to their economic importance and to present the complete genome sequenced. However, little is known about the evolutionary dynamics of miRNAs and their potential role in regulating the molecular mechanisms that promote the muscle development on Nile tilapia. Thus, two studies were conducted: (i) a study to evaluate the expression pattern of muscle-specific miRNAs and their targets in different skeletal muscle types in adults of Nile tilapia, and (ii) a study to analyze the comparative evolutionary dynamics and genomic organization of these miRNAs in fish genomes. Our expression analysis by qPCR and in situ hybridization, carried out on five muscle-specific miRNAs (miR-1, -133a, -133b, -206 and -499), revealed a highly differential expression of miR-499 in red skeletal muscle (slow-twitch). These data evidenced the key role played by the miR-499 in the maintenance of the slow-twitch muscle type in Nile tilapia. The comparative genomic analysis performed on six species of fish showed a conserved dynamism for the muscle-specific miRNAs analyzed (miR-1-1/-133a-2, miR-1-2/133a-1, miR-206/133b, miR-214 e miR-499). However, a copy of miR-214 was detected in the genome of five species belonging to the superorder Acanthopterygii. Interestingly, this copy also has a high level of synteny over the species when it was detected. Thus, the obtained data may assist in the understanding of the role of muscle-specific miRNAs in muscle biological pathways... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-19Bitstream added on 2014-06-13T20:07:16Z : No. of bitstreams: 1 alves_jcp_dr_botib.pdf: 3347522 bytes, checksum: 430f7c8a15cc08bc6af20d88aee1d9cc (MD5) / Foram analisadas onze espécies de peixes do gênero Characidium, Characidium cf. zebra, Characidium cf. gomesi, Characidium lauroi, Characidium oiticicai, Characidium lanei, Characidium pterostictum, Characidium schubarti, Characidium alipioi, Characidium sp1, Characidium sp2 e Characidium sp3 de diferentes bacias hidrográficas brasileiras, com o uso de técnicas citogenéticas básicas (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e moleculares (marcação por fluorocromos base-específicos, hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 18S e 5S, com sondas teloméricas (TTAGGG)n e com sondas para histona H1 e também microdissecção, amplificação e hibridação in situ fluorescente com sondas produzidas a partir do cromossomo sexual W e dos cromossomos B). Todas as espécies apresentaram número diplóide de 2n=50 cromossomos, com predominância dos cromossomos dos tipos meta e submetacêntricos, além da ocorrência de cromossomos supranumerários em C. pterostictum, C. oiticicai, C. cf. gomesi e Characidium sp3. Foi observada também a ocorrência de um sistema ZZ-ZW de cromossomos sexuais representado pelo par heteromórfico número 2 em todas as espécies, com exceção apenas de Characidium cf. zebra, que não apresentou cromossomos sexuais diferenciados. O DNAr 5S foi localizado em diferentes cromossomos entre estas espécies, mas sempre em posição intersticial dos cromossomos, reforçando a idéia de que esta localização cromossômica poderia representar alguma vantagem relacionada à organização destes genes no genoma. As RONs, identificadas pela prata, pela CMA3 e pela sonda de DNAr 18S, foram sempre localizadas em compartimentos cromossômicos distintos do DNAr 5S e estão diretamente relacionadas ao processo de diferenciação dos cromossomos Z e W,... / Eleven species of fish of the genus Characidium comprised by Characidium cf. zebra, Characidium cf. gomesi, Characidium lauroi, Characidium oiticicai, Characidium lanei, Characidium pterostictum, Characidium schubarti, Characidium alipioi, Characidium sp1, Characidium sp2, and Characidium sp3 from different Brazilian hydrographic basins were analyzed using basic cytogenetic (coloration with Giemsa, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular techniques (for base-specific fluorochrome markings, fluorescent in situ hybridization with 18S and 5S rDNA probes, telomere probes (TTAGGG)n, and H1 histone, as well as microdissection, amplification and in situ fluorescent hybridization using probes prepared from both sex W and B chromosome). All the species presented a diploid number of 2n=50 chromosomes, with a predominance of the meta- and submetacentric types, besides the occurrence of supranumerary chromosomes in C. pterostictum, C. oiticicai, C. cf. gomesi, and Characidium sp3. The occurrence of a ZZ-ZW sex chromosome system represented by the heteromorphic pair number 2 in all species was observed, with the exception of Characidium cf. zebra, which did not presented differentiated sex chromosomes. The 5S rDNA marks were observed in different chromosomes among these species, but always located in an interstitial position, strengthening the idea that this chromosome location might represent some advantage related to the organization of these genes in the genome. NORs identified using Silver and CMA3, staining and 18S rDNA probe have always been located in distinct chromosome compartments when compared to 5S rDNA, showed to be directly related to the Z and W chromosome differentiation process, and is considered to play an important role in their evolution, considering that they could... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-01Bitstream added on 2014-06-13T19:14:55Z : No. of bitstreams: 1 souza_ca_me_botib.pdf: 341694 bytes, checksum: 40dc6e4e81c8e29fb6bfbe2be1a26c7e (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A pirarara (Phractocephalus hemioliopterus) é um bagre nativo das bacias do rio Amazonas e Tocantins-Araguaia que pode atingir na sua fase adulta cerca de 60 kg. A pirarara é comercializada como peixe ornamental e é um peixe atrativo para a pesca esportiva. A espécie pertence à família Pimelodidae e tem sido ameaçada em seu habitat devido à crescente interferência antrópica nas últimas décadas. O acesso aos dados sobre a situação destas populações constitui um importante meio para o delineamento de projetos de manejo, a fim de conservar a espécie e manter os estoques de reprodutores para piscicultura. Para este fim, os marcadores microssatélites são interessantes para estudos genéticos devido a sua natureza codominante e multialélica, características ideais para serem utilizados em estudos de mapeamento genético, identificação e elucidação de questões sobre a genética de populações de diferentes organismos. Neste contexto, o presente projeto teve por objetivo a identificação e seleção de marcadores moleculares tipo microssatélites para indivíduos da espécie Phractocephalus hemioliopterus, coletados nos Rios Araguaia e Rio das Mortes,e avaliar a estrutura e os níveis de diversidade genética nessas duas localidades. Inicialmente, foram seqüenciadas 67 colônias recombinantes, dos quais apenas 32 continham sequências repetitivas do tipo microssatélite. Destas, 62,5% eram repetições dinucleotídicas e o restante composto por trinucleotídeos e tetranucelotídeos repetidos de forma imperfeita. Deste total, foi possível desenhar primers para 26 loci. Após a amplificação por PCR, 9 loci se mostraram polimórficos e informativos, e foram testados em seis espécies próximas, para a investigação de regiões no DNA altamente conservadas, com sucesso de amplificação de 81,4%. A heterozigosidade observada... / The catfish pirarara (Phractocephalus hemioliopterus) is a native Amazonas and Tocantins-Araguaia basin fish, which can weigh up to about 60 kg in its adult form. The pirarara is marketed as an ornamental fish and it is an attraction for sport fishing. The species belongs to the family Pimelodidae and it has been threatened in its habitat due to increasing human interference in recent decades. Access to data on the situation of these populations is an important means for the design of management projects in order to conserve the species and maintaining the stocks of fish breeding. The microsatellite markers for genetic studies are interesting because of their codominant and multiallelic nature, ideal characteristics for use in studies of gene mapping, identification and elucidation of questions about population’s genetics of different organisms. In this context, this project aimed to identify and select microsatellite markers on Phractocephalus hemioliopterus individuals, collected in the Araguaia and das Mortes Rivers, and to evaluate the structure and levels of genetic diversity. Initially, 67 recombinat colonies were sequenced, of which only 32 contained repetitive sequences of the microsatellite type. Of these, 62.5% were dinucleotide repeats, and the remainder consisted of trinucelotide and tetranucleotide imperfect repeats. Of this total, it was possible to design primers for 26 loci. After PCR amplification, nine loci showed to be polymorphic and informative, and were tested on six related species for the investigation of highly conserved DNA regions, with a successful amplification of 81.4%. The observed heterozygosity ranged from 0.421 to 0.947. The two sites showed significant deviations from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE) (p<0.01) for some loci, which may be due to the presence of null alleles or even problems... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-26. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:48:51Z : No. of bitstreams: 1 000823249_20160226.pdf: 321622 bytes, checksum: 13d4329bc1bf2a468d357433e7c47727 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-26T14:03:50Z: 000823249_20160226.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-26T14:04:47Z : No. of bitstreams: 1 000823249.pdf: 1158257 bytes, checksum: 26b0b4dbe3120dc0624caa0518cc7cfb (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A intensificação do uso de recursos aquáticos tem produzido um grande impacto sobre as comunidades de peixes. Dentre as ações antrópicas mais impactantes destacamse a construção de barragens, a sobrepesca, o mau uso do solo na agricultura, o descarte de esgoto sem tratamento prévio nos rios, a construção de hidrovias e a introdução de espécies exóticas. O futuro das populações selvagens depende grandemente da variação genética das populações naturais. A variação genética dentro de uma espécie é um conceito fundamental para a genética aplicada à ecologia e diversos autores sugerem pelo menos três razões biológicas para a preservação da variabilidade genética das populações naturais como objetivos da biologia da conservação: a perda da variabilidade pode aumentar a probabilidade de extinção através de um declínio na fecundidade e viabilidade; populações com baixos níveis de variação genética, sobre as quais a seleção natural pode operar, podem ter oportunidades reduzidas para futuras adaptações frente a mudanças evolutivas; e a preservação da variabilidade genética pode ter papel chave na identificação de unidades evolutivas significativas para a formulação de programas de conservação. Assim, o estudo da variação genética é fundamental para o desenvolvimento de projetos de manejo sustentável. Um dos marcadores moleculares mais eficazes para o estudo populacional são os microssatélites e a região controladora da DNA mitocondrial (D-loop), que tem revelado diferenças significativas mesmo entre populações separadas por pequenas distâncias geográficas. Neste contexto, o presente estudo, teve como objetivo caracterizar a diversidade genética de populações de curimbatá coletados ao longo da Bacia do Prata (Prochilodus lineatus) e da Bacia Amazônica (Prochilodus nigricans) utilizando esses marcadores moleculares. Com base nos resultados obtidos, a ...