Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-09Bitstream added on 2014-06-13T20:46:47Z : No. of bitstreams: 1 zaganini_rl_dr_botib.pdf: 2927308 bytes, checksum: 11e49aa72205c405399cf15d738d9d2d (MD5) / Astyanax altiparanae, é uma espécie de pequeno porte e de grande interesse econômico. É considerada uma ótima opção para a piscicultura brasileira por suas características biológicas favoráveis ao cultivo e produção. É amplamente distribuída na bacia do Alto rio Paraná, tanto em número de indivíduos, como também em biomassa. Além de comercialmente interessante, A. altiparanae é um excelente modelo para estudos ecológicos, genéticos e evolutivos. Este trabalho teve como objetivos isolar e caracterizar marcadores moleculares microssatélites para A. altiparanae; testar a transferabilidade dos marcadores desenvolvidos em espécies relacionadas; quantificar a variabilidade genética dentro e entre as populações; verificar a possível estruturação genética das populações e averiguar se a estruturação ou a falta dela pode estar relacionada com atividades antrópicas. O isolamento e a caracterização resultaram em 11 locos polimórficos, que foram testados em dez espécies da mesma família. Apenas para as espécies do mesmo gênero, a transferabilidade foi eficaz. Em etapa posterior, foram selecionados oito locos microssatélites para analisar 419 indivíduos de 13 localidades das principais bacias do Alto rio Paraná. As populações de A. altiparanae apresentaram uma elevada variabilidade genética, e as bacias que apresentaram maior diversidade genética foram a do Tietê, seguida do Paranapanema, Ivinhema e Grande, esta última com a menor diversidade genética encontrada. No geral, não foi detectada estruturação genética, e a distribuição das populações foi relacionada com a atividade antrópica que por vários anos vem misturando os estoques, por razões de repovoamento após a construção de hidrelétricas e por liberação indiscriminada de indivíduos em locais distantes de sua origem durante a pesca esportiva,... / Astyanax altiparanae, is a small species and of large economic interest. It is considered a great option for Brazilian fish-farming by its biological characteristics favorable to the cultivation and production. It is widely distributed in the the Upper Paraná River basin, both in number of individuals, as well as biomass. In addition to commercially interesting A. altiparanae is an excellent model for ecological, genetic and evolutionary studies. This study aimed to isolate and characterize microsatellite markers for A. altiparanae, test the transferability of the markers developed in related species, to quantify the genetic variability within and among populations; verify the possible genetic structure of populations and determine whether the structure or the lack of it may be related to anthropic activities. The isolation and characterization resulted in 11 polymorphic loci, which were tested in 10 species of the same family. Just for the species of the same genus, transferability was effective. In a next step, we selected eight microsatellite loci in the analysis of 419 individuals from 13 localities of the Upper Paraná River main basin. The populations of A. altiparanae showed a high genetic variability in the Upper Paraná River basin, and the basin with the highest genetic diversity were Tietê, then the Paranapanema, Ivinhema, and Grande, the latter one with lower genetic diversity. Overall, it was not detected genetic structure and distribution of populations was related to human activity that for several years has been blending stocks for reasons of restocking after the construction of dams and indiscriminate release of individuals in far places from their origin during sport fishing, widely practiced in the rivers of the Upper Paraná basin. Only populations P3, P4, and G2 showed moderate genetic differentiation, probably because these three locations...(Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:35:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-11-08Bitstream added on 2014-06-13T19:05:54Z : No. of bitstreams: 1 ronesteves_ej_dr_botib.pdf: 4620761 bytes, checksum: 37f231a286b69188af941b49e1c48977 (MD5) / Morphometric, meristic, morphological and phylogenetic analysis from the seahorse Hippocampus reidi (Ginsburg 1933) (Teleostei: Syngnathidae) from the northeastern coast of Venezuela was performed, through the application of techniques using conventional and molecular taxonomy from the sequenced fragments of genes Cytochrome Oxidase I and Cytochrome B as genetic markers. The results indicate that it is not possible to identify the different taxa of Venezuelan Caribbean region, based only on a single type of characters, so it is necessary to use information meristic, morphological and morphometric together to identify them, achieving identify the variables snout length (SnL), body width in the thoracic region (TW9), head length (HL), height of the coronet (CH), number of supra oculars spines (ES) and prominent position of the rings in dorsal view, as diagnostic features at specific level. The application of molecular techniques was very useful in the correct identification and separation of individuals of both species, highlighting the importance and usefulness of the genes Cytochrome Oxidase I and Cytochrome B as molecular markers. Additionally, we carried out a population genetic analysis under the phylogeographic approach, with the species Hippocampus reidi, that was the most abundant in the sampling regions, in order to compare the genetic diversity based on information obtained from the Cytochrome B gene mitochondrial DNA sequences to determine the geographical structure and propose a phylogeographic hypotheses in order to establish the relationship between and within populations of the Caribbean Sea (Laguna de la Restinga, Laguna de las Marites, Cariaco Gulf and Gulf of Venezuela) and the locality of Natal, Brazil, located in the Western Atlantic Ocean. The results of nucleotide diversity and haplotype diversity, together with the presence of several unique haplotypes in each... (Complete abstract click electronic access below) / Fue realizado el análisis morfométrico, merístico, morfológico y filogenético del caballo de mar Hippocampus reidi (Ginsburg 1933) (Teleostei: Syngnathidae) de la costa nororiental de Venezuela, mediante la aplicación de técnicas de taxonomía convencional y molecular utilizando fragmentos secuenciados de los genes Citocromo Oxidasa I y Citocromo B como marcadores genéticos. Los resultados indican que no es posible identificar las diferentes entidades taxonómicas de la región caribeña venezolana con base solamente en un solo tipo de caracteres, por lo que es necesario utilizar información merística, morfológica y morfométrica de forma conjunta para la identificación de las mismas, lográndose identificar las variables longitud del rostro (SnL), ancho del cuerpo en la región torácica (TW9), longitud de la cabeza (HL), altura de la coroneta (CH), número de espinas supra oculares (ES) y posición de los anillos prominentes en vista dorsal, como caracteres diagnósticos a nivel específico. La aplicación de las técnicas moleculares fue de suma utilidad en la correcta identificación y separación de los individuos de las dos especies, resaltando la importancia e utilidad de los genes Citocromo Oxidasa I y Citocromo B como marcadores moleculares para estas especies. Adicionalmente, fue realizado un análisis genético poblacional bajo el enfoque filogeográfico, con la especie Hippocampus reidi que resultó ser la más abundante en las regiones de muestreo, con la finalidad de comparar la diversidad genética, con base en la información obtenida de secuencias del gen Citocromo B del ADN mitocondrial, para determinar la estructura geográfica y proponer una hipótesis filogeográfica que establezca las relaciones entre y dentro de las poblaciones del Mar Caribe (Laguna de la Restinga, Laguna de las Marites, Golfo de Cariaco y Golfo de Venezuela) y la localidad de Natal... (Resumen completo clicar acceso eletrônico abajo)

Made available in DSpace on 2015-08-20T17:09:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-20. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:26:34Z : No. of bitstreams: 1 000841299.pdf: 1117680 bytes, checksum: 82417d01cae798e91cfee1b8826da5bf (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O mapeamento cromossômico de sítios de DNA repetitivo vem sendo realizado em vários estudos citogenéticos em peixes e tem permitido uma melhor caracterização da biodiversidade e evolução genômica da ictiofauna Neotropical. Dentre as diversas espécies de peixes distribuídas nesta importante área geográfica, podemos destacar o gênero Moenkhausia, um dos mais especiosos grupos de peixes da família Characidae. Do ponto de vista citogenético, este gênero demonstra variação do número diploide de 48 a 50 cromossomos, bem como a presença de microcromossomos B descritos para diferentes espécies/populações. No entanto, estudos citogenéticos de espécies de Moenkhausia coletadas em riachos de cabeceira da bacia Amazônica e bacia do Alto rio Paraguai ainda são incipientes, bem como os estudos relativos à distribuição de DNAs repetitivos nos genomas de diferentes espécies de Moenkhausia. Neste sentido, o presente trabalho teve como objetivo a caracterização cariotípica de Moenkhausia cosmops, M. cf. forestii, M. cf. nigromarginata, M. oligolepis e Moenkhausia sp. coletadas em diferentes rios e riachos de cabeceira da bacia Amazônica e bacia do Alto rio Paraguai. Todas as espécies foram analisadas através de técnicas citogenéticas clássicas (coloração com Giemsa, localização das RONs pela impregnação por Nitrato de Prata e bandamento C) e molecular (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 5S e 18S, histona H1, snDNA U2 e sequências teloméricas (TTAGGG)n). Todas as espécies/populações analisadas apresentaram 2n=50 cromossomos, porém com fórmulas cariotípicas distintas entre elas. O bandamento C revelou um padrão de bandas heterocromáticas similar entre essas espécies, exceto em M. cf. nigromarginata. A impregnação por Nitrato de Prata evidenciou Ag-RONs simples em todas as espécies analisadas. A FISH utilizando o DNAr 18S como sonda confirmou os resultados obtidos com o Nitrato de Prata e... / The cytogenetic mapping of repetitive DNA has been applied in several studies in fish, which allowed a better characterization about the biodiversity and genomic evolution of Neotropical ichthyofauna. Among the several fish species living in this area, the genus Moenkhausia, one of the specious groups inside Characidae, is remarkable. From a cytogenetic point of view, this genus show variations in diploid numbers of 48 to 50 chromosomes, as well as the occurrence of B chromosomes in different species/populations. However, cytogenetic studies in Moenkhausia collected at different rivers from the Amazon and Upper Paraguay River basins are scarce, as well as studies investigating the chromosomal distribution of repetitive DNAs in different species. In this sense, the present study aimed to characterize the karyotypes of Moenkhausia cosmops, M. cf. forestii, M. cf. nigromarginata, M. oligolepis and Moenkhausia sp. collected at different sites in the Amazon and Upper Paraguay River basins. All species were analyzed using classical (conventional staining with Giemsa, localization of NORs by impregnation with Silver nitrate and C-banding) and molecular (fluorescent in situ hybridization with 5S and 18S rDNA, H1 histone, U2 snDNA and telomeric sequences (TTAGGG)n probes). All the herein analyzed species showed 2n=50 chromosomes, with different karyotype formulas. C-banding evidenced similar patterns of heterochromatin distribution in all species, except in M. cf. nigromarginata. Silver nitrate staining evidenced simple Ag-NORs in all species and FISH with 18S rDNA probes confirmed these results e revealed additional sites in M. oligolepis. The 5S rDNA was interstitially located in multiple sites in all species. Notably, both ribosomal sites were found in synteny in one population of M. oligolepis. The H1 histone sites were co-located in a single pair with 18S rDNA and the U2 snDNA was located at multiple sites in all species. Additionally, the ...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-04-22Bitstream added on 2015-01-26T13:30:32Z : No. of bitstreams: 1 000797010.pdf: 1250816 bytes, checksum: 1af36177fcc1dfc25a11c59958a55c25 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A subfamília Corydoradinae possui um total de 183 espécies válidas, incluindo os gêneros Aspidoras, Brochis, Scleromystax e Corydoras, o maior entre os Siluriformes e muito conhecido em aquariofilia. Os Callichthyidae apresentam uma ampla distribuição geográfica, ocorrendo desde rios da vertente do Pacífico, no Panamá, até a bacia do rio da Prata, no leste da Argentina e, além disto, ocorrem em vários ambientes, incluindo grandes rios de água rápida e bem oxigenada até pequenos riachos de água quase parada e estagnada, e mesmo poças de água ácida no interior de florestas. Considerando o uso promissor do DNA barcode para a identificação de espécies, o presente trabalho testou a hipótese de que é possível identificar molecularmente as espécies de um grupo especioso de peixes, no caso a subfamília Corydoradinae, utilizando a técnica de DNA barcoding e, os dados gerados foram disponibilizados ao banco de dados internacional. Sequências parciais do COI foram obtidas para 610 espécimes, representando 94 espécies. Um total de 80 espécies (85%) foi discriminado corretamente com o DNA barcoding, sendo que a maioria das espécies exibiu baixas distâncias genéticas intraespecíficas, cerca de 30 vezes menor que a distância entre espécies congenéricas. Sete pares de espécies apresentaram divergência menor que 2% entre elas, o que pode estar relacionado com à grande similaridade morfológica e, portanto a difícil identificação em nível de espécie. Este estudo evidenciou que as espécies da subfamília Corydoradinae analisadas, puderam ser identificadas de forma eficiente através da utilização do barcode gerando dados que podem fornecer subsídios para estudos posteriores desta fauna / The subfamily Corydoradinae with a total of 183 valid species, and includes, among Aspidoras, Brochis and Scleromystax, the genus Corydoras, the largest among the Siluriformes and very well known in the aquarium hobby. Callichthyidae have a wide geographical distribution, occurring from rivers of the Pacific slope, in Panama, to the basin of the La Plata River in eastern Argentina. Considering the promising use of DNA barcode to species identification, the present study aimed to test the hypothesis that it is possible to molecularly identify the species of Corydoradinae, using the technique of DNA barcoding and with the data generated to create a database to allow molecular identification of the specimens studied. Partial sequences of COI were obtained for 610 specimens, representing 94 species. A total of 80 species (85%) were discriminated correctly with DNA barcoding, and most species exhibited low intra-specific genetic distances, approximately 30 times smaller than the distance between congeneric species. Seven pairs of species showed less than 2% divergence between them, due to a relevant morphological similarity and therefore difficult to identify to species level. This study showed that the species of the subfamily Corydoradinae analyzed, could be identified efficiently by using barcode generating data that can provide information for further studies of this fauna

Orientador: Fábio Porto Foresti / Coorientador: Paulino Martinez Portela / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Banca: Fernando Fernandes Mendonça / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Resumo: Astyanax altiparanae, é uma espécie de pequeno porte e de grande interesse econômico. É considerada uma ótima opção para a piscicultura brasileira por suas características biológicas favoráveis ao cultivo e produção. É amplamente distribuída na bacia do Alto rio Paraná, tanto em número de indivíduos, como também em biomassa. Além de comercialmente interessante, A. altiparanae é um excelente modelo para estudos ecológicos, genéticos e evolutivos. Este trabalho teve como objetivos isolar e caracterizar marcadores moleculares microssatélites para A. altiparanae; testar a transferabilidade dos marcadores desenvolvidos em espécies relacionadas; quantificar a variabilidade genética dentro e entre as populações; verificar a possível estruturação genética das populações e averiguar se a estruturação ou a falta dela pode estar relacionada com atividades antrópicas. O isolamento e a caracterização resultaram em 11 locos polimórficos, que foram testados em dez espécies da mesma família. Apenas para as espécies do mesmo gênero, a transferabilidade foi eficaz. Em etapa posterior, foram selecionados oito locos microssatélites para analisar 419 indivíduos de 13 localidades das principais bacias do Alto rio Paraná. As populações de A. altiparanae apresentaram uma elevada variabilidade genética, e as bacias que apresentaram maior diversidade genética foram a do Tietê, seguida do Paranapanema, Ivinhema e Grande, esta última com a menor diversidade genética encontrada. No geral, não foi detectada estruturação genética, e a distribuição das populações foi relacionada com a atividade antrópica que por vários anos vem misturando os estoques, por razões de repovoamento após a construção de hidrelétricas e por liberação indiscriminada de indivíduos em locais distantes de sua origem durante a pesca esportiva, ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Astyanax altiparanae, is a small species and of large economic interest. It is considered a great option for Brazilian fish-farming by its biological characteristics favorable to the cultivation and production. It is widely distributed in the the Upper Paraná River basin, both in number of individuals, as well as biomass. In addition to commercially interesting A. altiparanae is an excellent model for ecological, genetic and evolutionary studies. This study aimed to isolate and characterize microsatellite markers for A. altiparanae, test the transferability of the markers developed in related species, to quantify the genetic variability within and among populations; verify the possible genetic structure of populations and determine whether the structure or the lack of it may be related to anthropic activities. The isolation and characterization resulted in 11 polymorphic loci, which were tested in 10 species of the same family. Just for the species of the same genus, transferability was effective. In a next step, we selected eight microsatellite loci in the analysis of 419 individuals from 13 localities of the Upper Paraná River main basin. The populations of A. altiparanae showed a high genetic variability in the Upper Paraná River basin, and the basin with the highest genetic diversity were Tietê, then the Paranapanema, Ivinhema, and Grande, the latter one with lower genetic diversity. Overall, it was not detected genetic structure and distribution of populations was related to human activity that for several years has been blending stocks for reasons of restocking after the construction of dams and indiscriminate release of individuals in far places from their origin during sport fishing, widely practiced in the rivers of the Upper Paraná basin. Only populations P3, P4, and G2 showed moderate genetic differentiation, probably because these three locations...(Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:12Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-07-22Bitstream added on 2014-06-13T20:00:07Z : No. of bitstreams: 1 teixeira_af_me_botib.pdf: 246482 bytes, checksum: f600cfeeac47a49d85d69a991ad9d920 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O tubarão azul, Prionace glauca, é considerado a espécie de elasmobrânquio encontrada em maior abundância, com ampla distribuição geográfica, alta taxa de natalidade e de rápido crescimento. Entretanto, também é a espécie mais explorada na pesca oceânica em nível mundial, o que tem levado a desequilíbrios estruturais das populações e aumentado as possibilidades de risco para a espécie. Em avaliações sobre o estado de conservação da espécie, realizadas no Brasil e também de maneira global, P. glauca foi classificada como “quase ameaçada”. Para o setor pesqueiro, a identificação de estoques diferenciados constitui informação fundamental pela sua relação direta com a produtividade total e uso sustentável dos recursos. A diferença nas freqüências de haplótipos de DNA entre amostras geográficas pode ser usada para estimar indiretamente padrões de diferenciação e de fluxo gênico e, portanto, a estrutura genética das amostras. Este trabalho utilizou amostras de tecidos musculares e epiteliais de tubarões azuis capturados pela frota pesqueira brasileira no Rio Grande do Sul (n = 38), São Paulo (n = 28) e Rio Grande do Norte (n = 31). Os níveis de variabilidade e estruturação genética nas regiões amostradas foram determinados a partir do sequenciamento da região controle do DNA mitocondrial (D-loop). Para P. glauca, este marcador apresentou 16 sítios polimórficos e 32 haplótipos. Os valores encontrados para diversidade haplotípica e nucleotídica foram, respectivamente, Hd =0,89±0,020 e π=0,00258±0,00013. O teste AMOVA detectou uma moderada estruturação populacional entre as regiões amostradas, com o maior valor de Fst = 0,103. Assim, considera-se para os efeitos de manejo pesqueiro, um único estoque da espécie na costa brasileira. Os níveis de estruturação genética demonstrados... / The blue shark, Prionace glauca, is the most abundant elasmobranch, with widest distribution, high birth rates and faster growth. However, it is also the most exploited species in the ocean fisheries worldwide, which has led to structural imbalances of their population and increased potential risk to the specie. In assessments of the state of conservation of the species, carried out in Brazil and globally, P. glauca was classified as near threatened according to IUCN categories. In fisheries, the stock identification are considered very important information due the direct relation with the total productivity and sustainable use of resources. The difference in the frequencies of haplotypes of DNA among geographic samples can be used to indirectly estimate patterns of differentiation and gene flow and thus the genetic structure of stocks. In the present study samples of muscle and epithelial tissues of blue sharks caught by the fishing fleet in Rio Grande do Sul (n = 38), São Paulo (n = 28) and Rio Grande do Norte (n = 31) estates were used. The levels of variability and genetic structure of the sampled regions were determined from the sequencing of mitochondrial DNA control region (D-loop). The use of this marker in P. glauca resulted in 16 polymorphic sites and 32 haplotypes. The nucleotide and haplotype diversity was, respectively, Hd = 0.89 ± 0.020 and π = 0.00258 ± 0.00013. The AMOVA test detected a moderate population subdivision among the sampled regions, with highest value of Fst = 0,103. Similarly, it is considered for the effects of fisheries management, a single stock in the Brazilian coast. The levels of genetic structure demonstrated in the present study, combined with data from fisheries exploitation of the blue shark, indicate the need for greater attention to the preservation of the species in Brazil... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-03-06Bitstream added on 2014-06-13T20:20:35Z : No. of bitstreams: 1 cruz_vp_me_botib.pdf: 3328490 bytes, checksum: f2edfa45e65ca211163deff2b1d08cbd (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As raias da família Potamotrygonidae são importantes componentes da ictiofauna Neotropical, sendo este grupo de organismos completamente restrito aos sistemas fluviais da América do Sul. Três gêneros são relacionados nessa família: Plesiotrygon, Paratrygon e Potamotrygon e são encontrados nos principais sistemas fluviais na região Neotropical. No presente projeto, foi realizada a análise citogenética em representantes de duas espécies de raias, Potamotrygon motam e P. falkneri, que apresentaram números diplóide de 2n=65 nos machos e NF= 66 nas temeas, caracterizando a ocorrencia de heteromorfismo cromoss6mico sexual do tipo X1X1X2X2/X1X2Y. Em P. motam a populagao de Porto Rico apresentou numero fundamental de 116 (22m+8sm+20st+16a) nas femeas, e 114 (21m+9sm+19st+16a) nos machos. A populagao de Ilha solteira apresentou numero fundamental 122 (20m+1 Osm+26st+1 Oa) nas fêmeas e 120 (19m+11 sm+25st+1 Oa) nos machos. Em P. falkneri, a população de Porto Rico apresentou numero fundamental 110 (20m+10sm+14st+22a) nas fêmeas e 108 (19m+10sm+14st+22a) nos machos. A população de Ilha Solteira apresentou número fundamental de 114 (20m+10sm+18st+18a) as fêmeas e 112 (19m+10sm+18st+18a) os machos. A heterocromatina constitutiva (Banda C) foi identificada na forma de blocos heterocromáticos nas regiões centroméricas de quase todos os cromossomos do complemento. As regiões organizadoras de nucléolos (RONs) caracterizadas nesta impregnação com nitrato de Prata , se apresentaram em marcações múltiplas e em posição terminal nos cromossomos das duas espécies. 0 emprego do fluorocromo CMA3 evidenciou, além das Ag-RONs, marcações adicionais nas duas espécies em estudo, caracterizando outras regiões no genoma também ricas em GC. Foram identificados também cístrons ribossômicos através da hibridação in situ fluorescente (FISH) com a sonda de DNAr 18S, que coincidiu... / Stingrays of the family Potamotrygonidae are important components of the Neotropical ichthyofauna, being the only group of elasmobranchs completely restricted to fluvial systems of South America. Three genera are recognized within the family: Paratrygon, Plesiotrygon, and Potamotrygon. In this project, the cytogenetic analysis was performed in representatives of two species of rays, Potamotrygon motoro and P. falkneri, who had diploid numbers of 2n = 65 in males and 66 in females, characterizing the occurrence of heteromorphic sex chromosome type X1X1X2X2/X1X2Y. In P. motoro the population of Porto Rico presented fundamental number of 116 (22m+8sm+20st+16a) females and 114 (21m+9sm+19st+16a) in males. The population of Solteira Island presents fundamental number 122 (20m+10sm+26st+10a) in females and 120 (19m+11 sm+25st+1 Oa) in males. In P. falkneri, the population of Porto Rico presents fundamental number 110 (20m+10sm+14st+22a) in females and 108 (19m+10sm+14st+22a) in males. The population of Solteira Island presents fundamental number of 114 (20m+10sm+18st+18a) in females and 112 (19m+10sm+18st+18a) in males. Constitutive heterochromatin (C Band) revealed heterochromatic blocks in the centromeric regions of almost all the chromosomes of the complement. The nucleolar organizer regions (NORs) by impregnation with silver nitrate, presented multiple and terminals NORs in the two species. The use of fluorochrome CMA3 showed, in addition to Ag-NORs, additional marks in the two studied species, characterizing other regions in the genome rich in GC. Were also identified cistrons ribosomic by fluorescent in situ hybridization (FISH) with the probe 18S rDNA, which coincided with the same markings evidenced by the impregnation of silver in the two species, and one additional site was found for the species P. falkneri, population of Solteira Island. The probe of 5S rDNA revealed... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-27Bitstream added on 2014-08-13T18:00:59Z : No. of bitstreams: 1 000749628.pdf: 2138126 bytes, checksum: b934c7fd0a1cb3a925aa91c6b3804923 (MD5) / Cromossomos B ou supranumerários são elementos extras ao conjunto padrão A e estão presentes em vários grupos de eucariotos, como plantas, fungos e animais. Podem ter origens distintas, incluindo derivação do conjunto autossômico ou de cromossomos sexuais e até mesmo por cruzamentos interespecíficos, o que os caracterizam como um interessante modelo para estudos genéticos e evolutivos. O advento da técnica de microdissecção cromossômica, método que possibilita o isolamento direto do DNA de qualquer região citogeneticamente reconhecida, tem proporcionado avanços no conhecimento da estrutura e composição destes elementos genômicos em um número significativo de organismos. Neste sentido, o presente trabalho foi desenvolvido com o objetivo de analisar os cromossomos B presentes em três espécies de peixes do gênero Characidium, através de técnicas citogenéticas clássicas e moleculares, envolvendo microdissecção dos cromossomos Bs e sexuais, associada à técnica de FISH, assim como hibridação fluorescente in situ dos DNAs ribossômicos 5S e 18S e DNAs histônicos H3 e H4. Adicionalmente, estas sequências de DNA repetitivo foram amplificadas, clonadas e sequenciadas a partir do DNA genômico de indivíduos sem cromossomos B e do DNA dos cromossomos B microdissecados. Os resultados obtidos pela pintura cromossômica confirmam que os cromossomos sexuais ZW possuem uma origem única neste grupo, enquanto os cromossomos B possuem dois tipos de origem. Em C. gomesi e C. pterostictum, os cromossomos B apresentam origem intraespecífica, relacionada aos cromossomos sexuais, mas independentes, considerando o posicionamento destas espécies na filogenia estabelecida. Por outro lado, em C. oiticicai esses elementos podem ter tido uma origem interespecífica, possivelmente relacionada a algum tipo de hibridação introgresiva. A presença de sequências histônicas e de DNAr 5S nos cromossomos B evidenciada pelo mapeamento ... / B or supernumerary chromosomes are extra elements to the standard set A and are present in several groups of eukaryotes, such as plants, fungi and animals. They may have different origins, including derivation of autosomal or sex chromosomes and even by interspecific crosses, which make them as an interesting model for genetic and evolutionary studies. The advent of chromosome microdissection technique, a method that allows the direct isolation of DNA from any region cytogenetically recognized, has provided new information on the structure and composition of these genomic elements in a significant number of organisms. In this sense, the present work was developed aiming to analyze the B chromosomes present in three fish species of the genus Characidium through classical and molecular cytogenetic techniques involving microdissection of B and sex chromosomes associated with the FISH technique, as well as fluorescent in situ hybridization of 18S and 5S ribosomal DNAs and genes for the H3 and H4 histones. Additionally, these repetitive DNA sequences were amplified, cloned and sequenced from genomic DNA of individuals without B chromosomes and from B chromosomes DNA microdissected. The results obtained by chromosome painting confirmed that the ZW sex chromosomes have a single origin in this group, while the B chromosomes have two types of origin. In C. gomesi and C. pterostictum, B chromosomes apparently exhibit an intraspecific origin, related to sex chromosomes, but, considering the placement of these species in the phylogeny established, in independent events. Moreover, in C. oiticicai these elements might have had an interspecific origin, possibly related to some sort of hybridization by introgression. The presence of histone sequences and 5S rDNA in B chromosomes evidenced by physical mapping and PCR amplification, as well as low genetic divergence, indicate a common ancestry between sequences present in B chromosomes of C. gomesi ...

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:46Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-22Bitstream added on 2014-08-13T18:00:39Z : No. of bitstreams: 1 000756870.pdf: 4401994 bytes, checksum: 3fa324e27d9b06c347fb1e60c3086526 (MD5) / Espécies invasoras são altamente eficientes na competição por recursos, tem alta capacidade reprodutiva e de dispersão, o gênero Cichla é exemplo dessas características. Os espécimes desse gênero são amplamente utilizados no controle de espécies exóticas com alta prolificidade, além de sua indiscutível importância na alimentação humana e na pesca esportiva. No presente trabalho foi estudada a diferenciação cromossômica e genética entre as espécies Cichla kelberi e Cichla piquiti e seus prováveis híbridos naturais. Foram utilizadas técnicas citogenéticas e moleculares de PCR multiplex e PCR-­‐RFLP com genes nucleares e mitocondriais e, posteriormente, tais marcadores foram aplicados em exemplares coletados em reservatórios dos rios Paraná e Tietê, SP. As técnicas citogenéticas foram realizadas para exemplares coletados no rio Tietê, município de Uru, enquanto que para o estabelecimento e aplicação dos marcadores moleculares foram utilizadas amostras de ambas localidades, rio Paraná (Uru) e rio Tietê (Rubineia, Pauliceia e Ilha Solteira). Os resultados citogenéticos indicam uma conservação cariotípica entre as espécies Cichla kelberi e Cichla piquiti, tais espécies apresentam numero diploide de 2n=48 cromossomos do tipo acrocêntrico, região organizadora de nucléolo localizado no par 2 e heterocromática constitutiva em regiões centroméricas. Além disso, os genes ribossomais estão localizados nos mesmos pares cromossômicos para ambas as espécies, sendo o 5S DNAr localizado no terceiro par cromossômico, em posição intersticial, e 18S DNAr corroborando com as marcações da NOR. Já nas análises moleculares, foram estabelecidas diferenças genômicas entre as espécies C. kelberi e C. piquiti, que permitiram o estabelecimento de marcadores de eficiente aplicabilidade para diferenciação das duas espécie, fato confirmado pela aplicação dos mesmos em exemplares de quatro localidades do ... / Some invasive species are highly efficient in resource competition, have high reproductive capacity and dispersal, the genus Cichla exemplifies these characteristics. The specimens of this genus are widely used to control exotic species with high prolificacy, beyond its undeniable importance in food and sport fishing. In the present study, the chromosomal and genetic differentiation between species Cichla kelberi and Cichla piquiti and its likely natural hybrids. We used cytogenetic techniques and molecular markers PCR multiplex and PCR-­‐RFLP with nuclear and mitochondrial genes and, subsequently, the markers were applied to specimens collected in rivers Parana and Tiete in São Paulo. The cytogenetic techniques were performed for samples collected from the river Tiete, Uru city, while for the establishment and application of molecular markers were used samples of both cities, river Parana (Uru) and river Tiete (Rubineia, Pauliceia e Ilha Solteira). The cytogenetic results indicate a karyotype conservation between species Cichla piquiti and Cichla kelberi such species have diploid number of 2n=48 chromosomes acrocentric type, located nucleolus organizer regions in the pair 2 and constitutive heterochromatic centromeric regions. Furthermore, ribosomal genes are located on the same chromosome pairs for both species, but the 5S rDNA located on the third chromosome pair in interstitial position, and 18S rDNA corroborating markings NOR. Already in the molecular analysis, genomic differences were established between the species C. kelberi and C. piquiti, which allowed the establishment of efficient applicability markers for differentiation of the two species and in different populations, a fact confirmed by applying the same samples from four locations in the state of São Paulo. Furthermore, such genetic markers indicate that the samples identified as hybrid individuals of the species C. kelberi and C. piquiti are actually ...

Made available in DSpace on 2015-10-06T13:03:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-20. Added 1 bitstream(s) on 2015-10-06T13:18:39Z : No. of bitstreams: 1 000849919.pdf: 1764719 bytes, checksum: cc1c24d4e6a06602b8ef15a77cbefe66 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / No presente estudo, foram analisadas citogeneticamente cinco espécies de peixes pertencentes ao gênero Trichomycterus: T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e Trichomycterus sp., provenientes de diferentes bacias hidrográficas brasileiras. Foram utilizadas as técnicas de citogenética clássica (coloração com Giemsa, localização das RONs pela marcação com nitrato de Prata e bandamento C) e cito-moleculares (Hibridação Fluorescente in situ - FISH com sondas de DNAr 5S e 18S e o snDNA U2). Todas as espécies apresentaram número diploide de 2n=54 cromossomos com variações em sua fórmula cariotípica. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus e Trichomycterus cf. mimonha apresentaram seu cariótipo com 34m + 12sm + 8st e Trichomycterus sp. apresentou 36m + 10sm + 8st, além da ocorrência de cromossomos supranumerários. As espécies também revelaram diferenças em relação ao tamanho dos dois primeiros pares cromossômicos do cariótipo, onde Trichomycterus sp. e T. diabolus apresentaram o primeiro e segundo metacêntrico de tamanho semelhante e maiores em relação aos demais cromossomos, enquanto em T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha e T. iheringi apenas o primeiro metacêntrico foi considerado o maior par. O bandamento C evidenciou blocos heterocromáticos instersticiais nos pares 2, 3, 7, 8, 19 e 23 de T. iheringi e no par 18 de T. diabolus, sendo que as demais espécies apresentaram blocos centroméricos de diferentes tamanhos espalhados por quase todo o cariótipo. As RONs foram identificadas em apenas um par cromossômico e foram coincidentes com a hibridação fluorescente in situ realizada com a sonda para DNAr 18S, com exceção de T. zonatus e Trichomycterus sp. que apresentaram marcações centroméricas no primeiro par e em um pequeno metacêntrico, respectivamente. A hibridação com a sonda para DNAr 5S revelou resultados mais diversos, sendo detectado um par para... / In the present study five species of fish from the genus Trichomycterus were analyzed cytogenetically, including T. diabolus, T. iheringi, T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and Trichomycterus sp., collected at different Brazilian basins. The analyses involved classical (Giemsa conventional staining, localization of NORs for silver nitrate marking and C-banding) and molecular cytogenetic techniques (fluorescent in situ hybridization with ribosomal 5S and 18S, and U2 snDNA probes). All species showed diploid number of 2n = 54 chromosomes with variations in karyotype formula. Trichomycterus diabolus, T. iheringi, T. zonatus and Trichomycterus cf. mimonha presented their karyotype with 34m + 12sm + 8st and Trichomycterus sp. presented 36m + 10sm + 8st, besides the occurrence of supernumerary chromosomes. The species also reveals differences in relation to the size of the first two chromosome pairs of the karyotype, where Trichomycterus sp. and T. diabolus presented the first and second metacentric with similar size and larger than the other chromosomes, while in T. zonatus, Trichomycterus cf. mimonha and T. iheringi only the first metacentric was considered the largest pair. The constitutive heterochromatin showed interstitial blocks in pairs 2, 3, 7, 8, 19 and 23 in T. iheringi and the par 18 in T. diabolus and the other species presented centromeric blocks with different sizes spread throughout the greater part of the karyotype. NORs were identified in only one chromosome pair and were coincident with the fluorescent in situ hybridization using probes of 18S rDNA, except for T. zonatus and Trichomycterus sp. that showed additional centromeric signals on the first pair and other small metacentric, respectively. FISH using the probes of 5S rDNA was differentially distributed in the different species, with one chromosome pairs detected in T. diabolus, two pairs in T. iheringi, T. zonatus and three ...