Orientador: Carol H. Collins / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-07-27T03:40:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_KatiaFlaviaFernandes_D.pdf: 5850112 bytes, checksum: 0a9b6e7c6b9bff36aae68a5035c59ffb (MD5) Previous issue date: 2000 / Doutorado

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-22Bitstream added on 2014-06-13T19:48:27Z : No. of bitstreams: 1 panoff_b_me_botfca.pdf: 479570 bytes, checksum: 18963582936b7c7dfc0dd966e4523c3d (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Devido ao aumento do número de cultivares de soja e com pouca diferença genética entre elas, fica cada vez mais difícil a verificação de contaminação varietal pelo método de peroxidase. As cultivares de soja são separadas em dois grupos com base na atividade, alta ou baixa, da peroxidase no tegumento. A alta atividade é resultado da presença de, pelo menos, um alelo dominante (EpEp ou Epep), enquanto que baixa atividade resulta da presença do par recessivo (epep). O auxílio de técnicas moleculares na identificação de contaminação varietal de soja utilizando a peroxidase é de grande importância, pois a tecnologia baseada na análise do DNA não sofre a ação de fatores externos (ambientais). Neste contexto, o objetivo geral do trabalho foi o de viabilizar a técnica de PCR convencional para verificar a presença de contaminação varietal em auxílio ao método colorimétrico da peroxidase. O estudo foi conduzido no Departamento de Produção Vegetal da Faculdade de Ciências Agronômicas/UNESP, Campus de Botucatu-SP. Foi realizado o teste colorimétrico tradicional e comparado com os resultados encontrados no PCR. Foram usadas 14 cultivares de importância, dessas, foram pré-selecionadas seis cultivares com reação positiva à peroxidase: BRS 320, BRS 284, BRS 232, BRS 7860RR, BRSMG 760SRR, BRS295RR, quatro cultivares negativas à peroxidase: BRS 326, BRS 8160RR, Nutrisoy, BRS Valiosa RR e quatro cultivares com reação positiva e negativa: BRSGO 8060, BRS 270RR, FTS Campo Mourão e BRS 239. Em paralelo ao teste colorimétrico, o DNA foi extraído das sementes inteiras, primers foram desenhados, seguido da reação de PCR e eletroforese em gel de agarose. A utilização de kit comercial de extração de DNA, juntamente com a utilização da técnica de PCR foi eficiente na detecção de amostras de sementes... / The increasing number of soybean cultivars and the small genetic difference between makes difficult to verify varietal contamination using the conventional peroxidase method. The soybean cultivars are separated into groups with high or low activity, based on the peroxidase activity in the tegument,. The high activity is a result of the presence of at least one dominant allele (or EpEp Epep), while low activity results from the presence of the pair recessive (epep). The use of molecular techniques to identify soybean cultivars is a powerful tool since it is not influenced by external factors (environmental) or genetic. In this context, the general objective of this work was to enable the use of molecular biology technique to facilitate identification of soybean cultivars. The study was performed at the Department of Plant Production, Faculty of Agricultural Sciences / UNESP, Botucatu-SP. Traditional biochemical colorimetric test was performed and compared with the results of obtained by conventional PCR. Fourteen commercial soybean cultivars were used, where we selected six cultivars with positive reaction to peroxidase: BRS 320, BRS 284, BRS 232, BRS 7860RR, BRSMG 760SRR, BRS295RR, four cultivars with negative reaction to peroxidase: BRS 326, BRS 8160RR, NutriSoy, BRS Valiosa RR and four cultivars with positive and negative reaction: BRSGO 8060, BRS 270RR, FTS Campo Mourão and BRS 239. In parallel with the traditional colorimetric assay for peroxidase, DNA was extracted from whole seeds and primers were designed, followed by conventional PCR reactions and visualization in agarose gel. The use of commercial kit for DNA extraction along with the use of the PCR technique was efficient in detecting negative and positive samples. However, when seed lots with positive reaction was purposely contaminated seed lots with negative reaction at the proportion of 1, 2, 3, 4 and 5%, the PCR technique was not sensible enough to detect the contamination

Orientador: Edvaldo Aparecido Amaral da Silva / Banca: Claudio Cavariani / Banca: João Nakagawa / Resumo: Devido ao aumento do número de cultivares de soja e com pouca diferença genética entre elas, fica cada vez mais difícil a verificação de contaminação varietal pelo método de peroxidase. As cultivares de soja são separadas em dois grupos com base na atividade, alta ou baixa, da peroxidase no tegumento. A alta atividade é resultado da presença de, pelo menos, um alelo dominante (EpEp ou Epep), enquanto que baixa atividade resulta da presença do par recessivo (epep). O auxílio de técnicas moleculares na identificação de contaminação varietal de soja utilizando a peroxidase é de grande importância, pois a tecnologia baseada na análise do DNA não sofre a ação de fatores externos (ambientais). Neste contexto, o objetivo geral do trabalho foi o de viabilizar a técnica de PCR convencional para verificar a presença de contaminação varietal em auxílio ao método colorimétrico da peroxidase. O estudo foi conduzido no Departamento de Produção Vegetal da Faculdade de Ciências Agronômicas/UNESP, Campus de Botucatu-SP. Foi realizado o teste colorimétrico tradicional e comparado com os resultados encontrados no PCR. Foram usadas 14 cultivares de importância, dessas, foram pré-selecionadas seis cultivares com reação positiva à peroxidase: BRS 320, BRS 284, BRS 232, BRS 7860RR, BRSMG 760SRR, BRS295RR, quatro cultivares negativas à peroxidase: BRS 326, BRS 8160RR, Nutrisoy, BRS Valiosa RR e quatro cultivares com reação positiva e negativa: BRSGO 8060, BRS 270RR, FTS Campo Mourão e BRS 239. Em paralelo ao teste colorimétrico, o DNA foi extraído das sementes inteiras, primers foram desenhados, seguido da reação de PCR e eletroforese em gel de agarose. A utilização de kit comercial de extração de DNA, juntamente com a utilização da técnica de PCR foi eficiente na detecção de amostras de sementes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The increasing number of soybean cultivars and the small genetic difference between makes difficult to verify varietal contamination using the conventional peroxidase method. The soybean cultivars are separated into groups with high or low activity, based on the peroxidase activity in the tegument,. The high activity is a result of the presence of at least one dominant allele (or EpEp Epep), while low activity results from the presence of the pair recessive (epep). The use of molecular techniques to identify soybean cultivars is a powerful tool since it is not influenced by external factors (environmental) or genetic. In this context, the general objective of this work was to enable the use of molecular biology technique to facilitate identification of soybean cultivars. The study was performed at the Department of Plant Production, Faculty of Agricultural Sciences / UNESP, Botucatu-SP. Traditional biochemical colorimetric test was performed and compared with the results of obtained by conventional PCR. Fourteen commercial soybean cultivars were used, where we selected six cultivars with positive reaction to peroxidase: BRS 320, BRS 284, BRS 232, BRS 7860RR, BRSMG 760SRR, BRS295RR, four cultivars with negative reaction to peroxidase: BRS 326, BRS 8160RR, NutriSoy, BRS Valiosa RR and four cultivars with positive and negative reaction: BRSGO 8060, BRS 270RR, FTS Campo Mourão and BRS 239. In parallel with the traditional colorimetric assay for peroxidase, DNA was extracted from whole seeds and primers were designed, followed by conventional PCR reactions and visualization in agarose gel. The use of commercial kit for DNA extraction along with the use of the PCR technique was efficient in detecting negative and positive samples. However, when seed lots with positive reaction was purposely contaminated seed lots with negative reaction at the proportion of 1, 2, 3, 4 and 5%, the PCR technique was not sensible enough to detect the contamination / Mestre

Orientadores: Lucia Regina Durrant, Maria Cristina Teixeira Duarte / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia de Alimentos / Made available in DSpace on 2018-08-10T02:50:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_PatriciaLopesde_M.pdf: 548910 bytes, checksum: c926718a648c227f14a1b0d9ad0ef7c6 (MD5) Previous issue date: 2008 / Resumo: No presente trabalho a produção de manganês peroxidase (MnP) pelas bactérias Bacillus pumilus e Paenibacillus sp. foi estudada na ausência e presença de indutores. As cinéticas de produção enzimática mostraram que a utilização de indulina AT no meio de cultivo de B. pumilus aumentou a atividade da MnP, propiciando 31,66 U/L após 8h, enquanto a utilização de indutores no meio de cultivo de Paenibacillus sp. não causou aumento da MnP, e a cultura sem a presença de indutores apresentou atividade da MnP de 12,33 U/L, após 20 h. As MnPs produzidas por estes microrganismos foram purificadas em resina Fenil Sepharose e as proteínas de ambos os caldos brutos foram eluídas em duas frações, porém apenas as primeiras frações apresentaram atividade para a enzima. Ensaios a diferentes valores de pH e temperatura, de pH 5,0 a pH 10,0 e 25 ºC a 60 ºC foram realizados com as MnPs purificadas para verificar as condições ótimas de atuação das enzimas. Para a MnP de B. pumilus a máxima atividade foi de 4,3 U/L a pH 8,0 e 25 oC, enquanto para a MnP de Paenibacillus sp. a máxima atividade foi de 11,74 U/L a pH 9,0 e 45 oC. Através de eletroforese SDS-PAGE, verificou-se que a massa molar da MnP purificada de B. pumilus foi de 25 kDa e de Paenibacillus sp. foi de 40 kDa. As bactérias foram aplicadas separadamente em efluente da indústria papeleira com pH corrigido para pH 7,0, 9,0 e 11,0, para verificação da remoção da cor e da DQO. As remoções da cor real e DQO em pH 9,0 foram respectivamente de 41,87% e 22,08% após o tratamento com B. pumilus e 42,30% e 22,89% após tratamento com Paenibacillus sp., ambos de 48 h de tratamento. Para verificar as massas molares dos compostos presentes no efluente não tratado e tratado, foi utilizada cromatografia de permeação em gel. Pode-se verificar que houve diminuição dos compostos responsáveis pela cor do efluente da indústria papeleira / Abstract: The production of manganese peroxidase (MnP) from Bacillus pumilus and Paenibacillus sp. was studied under absence and presence of inducers. The enzymatic production showed that indulin AT increased the MnP activity in the B. pumilus culture medium up to 31.66 U/L after 8 h, while the inducers did not provide changes in the MnP activity in the Paenibacillus sp. culture medium, which reached maximum activity of 12.22 U/L after 20 h. The MnPs produced by these microorganisms were purified in Fenil Sepharose resin and proteins from both crude enzymes eluted two fractions, however only the first ones exhibited MnP activity. Tests in different pH and temperature values, from pH 5.0 to pH 10.0 and 30 ºC to 60 ºC, respectively, were accomplished with purified MnP to verify the optimum conditions for maximum activity. For MnP activity from B. pumilus the maximum activity was 4.3 U/L in pH 8.0 at 25 oC and for MnP activity from Paenibacillus sp. the maximum activity was 11.74 U/L in pH 9.0 at 45 oC. The molar masses determined by SDS-PAGE gel eletrophoresis were 25 kDa for the purified enzyme from B. pumilus and 40 kDa for purified enzyme from Paenibacillus sp. The bacteria were applied to the paper industry effluent to investigate the colour remotion. Inoculum were individually applied in effluent with corrected pH to 7.0, 9.0 and 11.0. After the effluent treatment with microorganisms, tests were carried out to verify the real colour and COD remotion. The real colour and COD remotion in pH 9.0 effluent were respectively 41.87% and 22.08% after B. pumilus treatment and 42.30% and 22.89% after Paenibacillus sp. treatment, both of 48 h. Gel permeation chromatography was used to verify the molar masses of compounds present in the non-treated and treated effluent, showing a decrease in the compounds responsible for the paper industry effluent colour / Mestrado / Microbiologia / Mestre em Ciência de Alimentos

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-06-29T15:35:21Z No. of bitstreams: 1 Nise de Fatima Coutinho Souto.pdf: 727551 bytes, checksum: 95ee1193333767288a6ff7225ee4caf5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-29T15:35:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Nise de Fatima Coutinho Souto.pdf: 727551 bytes, checksum: 95ee1193333767288a6ff7225ee4caf5 (MD5) Previous issue date: 2008-08-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The in vitro culture is a tool of great importance in the production of seedlings of the fitossanitary quality. The Tapeinochilos ananassae (Hassk) K. Schum is a tropical species that has a great acceptance in the world of floriculture market and presents, in the Brazilian Northeast, fitossanitary problems in which the Rhabdovirus is highlighted. In the present work, aiming to assess the establishment and development of various explants in the in vitro culture of T. ananassae, including the study of biochemical and anatomical variables. For this, lateral buds and mature zygotic embryos were inoculated in MS medium, full or reduced to its half ionic strength, using three sources of antioxidants: ascorbic acid, activated charcoal and PVP, in the concentrations 0,25g.L-1; 3,0g.L-1 and 0,5g. L-1. The ½MS culture medium supplemented with 3,0g. L-1 activated charcoal promoted a higher rate of success in the establishment of zygotic embryos. The plants formed from the culture of embryos were propagated by nodal segments in different concentrations of BAP and GA3: ½MS; ½MS + 0,5mg.L-1 GA3; ½MS + 1,0mg.L-1 GA3; ½MS + 0,5mg.L-1 BAP; ½MS + 0,5mg.L-1 BAP + 0,5mg.L-1 GA3; ½MS + 0,5mg.L-1 BAP + 1,0mg.L-1 GA3; and showed better development when cultivated in ½MS medium free from growth regulators. The lateral buds had not shown morfogenetic development under the conditions of study, besides a large phenolic oxidation had been seen, regardless of the culture medium that had been used, and a high level of microbial contamination, especially bacterial, when buds that had come from basal branches are used. In the enzymatic analysis of lateral buds that were cultivated in vitro in a process of oxidation, had been realized that the activity of peroxidase had declined through the time, suggesting the loss of organogenetic potential, but the activity of polyphenoloxidase had tended to increase during the oxidation process of explants. / O cultivo in vitro é uma ferramenta de grande importância na produção de mudas com qualidade fitossanitária. O Tapeinochilos ananassae (Hassk) K. Schum é uma espécie tropical com grande aceitação no mercado floricultor mundial. No Nordeste brasileiro, vem enfrentando sérios problemas fitossanitários causados principalmente pelo Rhabdovirus. O presente trabalho teve como objetivo avaliar o estabelecimento e desenvolvimento de diferentes explantes no cultivo in vitro de T. ananassae, incluindo o estudo de variáveis bioquímicas e anatômicas. Para isso, gemas laterais e embriões zigóticos maduros foram inoculados em meio MS completo ou reduzido à metade da força iônica, utilizando três fontes de antioxidantes: ácido ascórbico, carvão ativado e PVP, nas concentrações 0,25g L-1; 3,0g L-1 e 0,5g L-1. O meio de cultivo ½MS suplementado com 3,0g. L-1 de carvão ativado promoveu um maior índice de sucesso no estabelecimento de embriões zigóticos. As plantas formadas a partir da cultura de embriões foram propagadas por segmentos nodais em diferentes concentrações de BAP e GA3: ½MS; ½MS+0,5mg.L-1 GA3; ½MS+1,0mg. L-1 GA3; ½MS+0,5mg.L-1 BAP; ½MS+0,5mg.L-1 BAP+0,5mg.L-1 GA3; ½MS+0,5mg.L-1 BAP+1,0mg.L-1 GA3. O meio de cultivo constituído de ½ dos sais MS e isento de reguladores de crescimento mostrou-se mais adequado para o cultivo de segmentos nodais de T. ananassae. As gemas laterais não apresentaram desenvolvimento morfogênico nas condições de estudo deste trabalho. Além disso, foi observado grande oxidação fenólica, independentemente do meio de cultivo utilizado, e elevado índice de contaminação microbiana, sobretudo bacteriana, quando do uso de gemas advindas de ramos basais. Nas análises enzimáticas das gemas laterais cultivadas in vitro em processo de oxidação, percebeu-se que a atividade da peroxidase decaiu ao longo do tempo, sugerindo a perda do potencial organogenético; já a atividade da polifenoloxidase tendeu a aumentar ao longo do processo de oxidação dos explantes.