Cette thèse traite de l’évolution, de l’adaptation et de la spéciation en milieu souterrain, en utilisant le genre Anthroherpon comme modèle. Ce genre appartient à la tribu des Leptodirini (Leiodidae Cholevinae), un groupe qui a connu une remarquable diversification dans le domaine souterrain. Toutes ses espèces ont développé des modifications troglomorphiques spectaculaires: anophthamie, aptérisme, élongation extrême des appendices, de la tête et du pronotum, et physogastrie. Pour comprendre l’histoire évolutive du groupe, ces adaptations troglomorphiques ont été replacées dans un cadre phylogénétique. La thèse est une analyse de la radiation évolutive des Anthroherpon, dans le cadre d’une phylogénie moléculaire datée, qui a permis de mieux comprendre les modalités de diversification du genre, de reconstruire son aire de distribution ancestrale, d’explorer la diversité des évolutions troglomorphiques en son sein et de proposer une nouvelle structure taxonomique du groupe. / The PhD research project focus on the study of evolution, adaptation, and speciation in the subterranean environment using troglobitic Coleoptera of the genus Anthroherpon as a model. Genus Anthroherpon belongs to the tribe Leptodirini (Coleoptera: Leiodidae: Cholevinae), a group that has undergone extensive diversification in the subterranean environment. All species of this genus have developed typical troglomorphic modifications: complete anophthalmy, apterism, extreme elongation of appendages, head, and pronotum, and physogastric elytra. To understand the evolutionary history of this group, the troglomorphic adaptations need to be studied in a phylogenetic framework. The thesis provide a comprehensive evolutionary analysis of the Anthroherpon radiation, using a dated molecular phylogeny as framework for understanding Anthroherpon diversification, reconstructing the ancestral range, and exploring troglomorphic diversity. In light of these findings, a new taxonomical organisation of the group has been proposed.

Les pycnogonides sont une classe d’arthropodes marins comptant plus de 1 400 espèces, et dont nous connaissons mal la diversité et l’histoire évolutive. Cette thèse pluridisciplinaire sur les pycnogonides tropicaux s’articule autour de quatre axes de recherche : (i) description de neuf fossiles de Solnhofen (Jurassique supérieur), grâce à une nouvelle technique de visualisation des volumes ; (ii) analyses phylogénétiques des gènes CO1 et 18S à partir de 107 taxons ; (iii) séquençage Illumina par shotgun et assemblage de 103 nouveaux génomes mitochondriaux ; et (iv) taxonomie intégrative des pycnogonides de Martinique reposant sur 803 spécimens collectés lors de l’expédition Madibenthos (2016) et 172 séquences CO1. Tous les fossiles de Solnhofen étudiés sont rattachés aux pantopodes, marquant leur affinité avec la faune moderne. Deux espèces nouvelles sont décrites. Avec les fossiles de La Voulte-sur-Rhône, ils montrent que les pantopodes étaient déjà diversifiés dans des eaux profondes et lagunaires du Jurassique, suggérant une importante transition de faune entre Paléozoïque et Mésozoïque. De nombreux réarrangements du génome mitochondrial, impliquant principalement les gènes des ARNt, sont mis en évidence. Certains sont corrélés à des changements dans le biais de composition en bases qui peuvent impacter la reconstruction phylogénétique. Malgré ces problèmes, nous retrouvons la monophylie de toutes les familles excepté les Ascorhynchidae, Callipallenidae et Nymphonidae, et identifions des regroupements interfamiliaux, d’un côté entre Ammotheidae, Pallenopsidae, Endeidae et Phoxichilidiidae, et de l’autre, entre Callipallenidae et Nymphonidae. Un très grand nombre de relations intergénériques et interspécifiques est également révélé. Alors que 20 espèces étaient auparavant connues sur les côtes de Martinique, cette étude a permis de multiplier par quatre la diversité connue de l’île, soit un total de 73 espèces. Ces résultats suggèrent une diversité encore plus importante à l’échelle des Caraïbes, que l’on pensait pourtant bien explorées. / Sea spiders are a class of marine arthropods including more than 1,400 species. Their diversity and evolutionary history are still poorly known. In this thesis, tropical pycnogonids were studied using four approaches: (i) nine fossils from Solnhofen (Upper Jurassic) were examined using a new photographic technic improving visualization of body parts; (ii) for phylogeny, CO1 and 18S genes were analyzed for 107 taxa; (iii) 103 new mitochondrial genomes were assembled after Illumina shotgun sequencing; and (iv) 803 sea spiders collected during the Madibenthos expedition (2016) in Martinique were examined for integrative taxonomy using 172 CO1 sequences.All fossils from Sonhofen are shown to share strong affinities with the modern fauna, as they were identified as belonging to Pantopoda. Two new species are described. Together with fossils from La Voulte-sur-Rhône, these results suggest that Pantopoda were already diversified in shallow and deep Jurassic waters, indicating that an important faunal transition occurred between Palaeozoic and Mesozoic. The mitochondrial genome of sea spiders shows many different gene orders and most of the gene rearrangements involve tRNA genes. Some are correlated with changes in base composition bias, which can be misleading for phylogenetic reconstruction. Despite these problems, all families but Ascorhynchidae, Callipallenidae and Nymphonidae were found to be monophyletic. Furthermore, our analyses provide evidence for several interfamilial relationships (between Ammotheidae, Pallenopsidae, Endeidae and Phoxichilidiidae; and between Callipallenidae and Nymphonidae), and for many intergeneric and interspecific relationships. While only 20 pycnogonid species were previously known from Martinique, the number of species was multiplied by four after our study, i.e. 73. These results suggest that many species still remain to be discovered in the Caribbean Sea, whereas this region was thought to be well-explored regarding sea spiders.

La culture de saules (Salix sp.) est une pratique courante en Europe et en Amérique du Nord pour produire de la biomasse végétale. Cependant, le développement d’outils moléculaires est très récent. De plus, la phylogénie des saules est incomplète. Il y a un manque d’information pour les programmes de sélection d'espèces indigènes et pour la compréhension de l’évolution du genre. Le genre Salix inclut 500 espèces réparties principalement dans les régions tempérées et boréo-arctique de l’hémisphère nord. Nous avons obtenu l’ensemble des espèces retrouvées naturellement en Amérique (121 indigènes et introduites). Dans un premier temps, nous avons développé de nouveaux outils moléculaires et méthodes : extraction d’ADN, marqueurs microsatellites et gènes nucléaires. Puis, nous avons séquencé deux gènes chloroplastiques (matK et rbcL) et la région ITS. Les analyses phylogénétiques ont été réalisées selon trois approches : parcimonie, maximum de vraisemblance et Bayésienne. L’arbre d’espèces obtenu a un fort support et divise le genre Salix en deux sous-genres, Salix et Vetrix. Seize espèces ont une position ambiguë. La diversité génétique du sous-genre Vetrix est plus faible. Une phylogénie moléculaire complète a été établie pour les espèces américaines. D’autres analyses et marqueurs sont nécessaires pour déterminer les relations phylogénétiques entre certaines espèces. Nous affirmons que le genre Salix est divisé en deux clades. / Fast growing willows (Salix sp.) are increasingly used in Europe and North America for biomass production and other environmental applications. However, the development of molecular tools is recent. The phylogeny of willows is incomplete, which slows down the selection of suitable native species and the development of improvement programs. The genus Salix includes approximately 500 species worldwide, and these are mainly located in temperate and cold regions of the Northern Hemisphere. We gathered leaf material from all 121 willows of North America (species native and introduced). We developed three molecular tools-methods: DNA extraction, SSR markers, and nuclear genes. We sequenced two chloroplast genes matK and rbcL and the ITS region. Phylogenetic analyses were carried out using parsimony, maximum likelihood and Bayesian approaches. The species tree provides strong support for a division of the genus into two subgenera, Salix and Vetrix. Sixteen species have ambiguous positions. A complete molecular phylogeny of American willows has been established. It needs to be confirmed and further resolved using other molecular data. Nonetheless, the genus clearly has two clades.

L'origine des eucaryotes est un problème important de la biologie évolutive, pour lequel de nombreuses hypothèses profondément différentes ont été proposées. L'une des stratégies majeures, pour discriminer ces hypothèses, est d'utiliser le fait qu'elles sont associées à des prédictions distinctes quant aux arbres phylogénétiques qui devraient être observés pour les gènes communs aux eucaryotes et aux archées ou aux eucaryotes et aux bactéries. C'est la problématique que j'ai étudiée au cours de ma thèse. J'ai réalisé des analyses phylogénétiques, à l'échelle génomique et à l'aide d'une approche semi-automatisée, pour tous les gènes présents chez les eucaryotes et les archées ou les bactéries. Mon analyse s'est appuyée sur une qualité méthodologique excellente en regard de la littérature existante sur le sujet. En particulier, j'ai développé de nouveaux principes et outils pour prendre en compte le remodelage constant des génomes procaryotes par les transferts horizontaux et les pertes de gènes. Ces innovations se sont révélées cruciales pour interpréter correctement les arbres de gènes à cette échelle évolutive, et mes résultats se distinguent nettement de ceux rapportés précédemment. Mon analyse a retrouvé, de façon très nette, les deux propriétés déjà connues du génome eucaryote : sa relation en apparence mosaïque aux archées et bactéries, et l'origine alphaproteobactérienne des mitochondries. Mon travail a ensuite permis de démontrer (i) que les gènes liant les eucaryotes aux alphaproteobactéries sont presque tous impliqués dans les fonctions de respiration et de synthèse protéique des mitochondries, et (ii) qu'il n'existe pas d'indices phylogénétiques pour une relation entre les eucaryotes et une lignée bactérienne autre que les alphaproteobactéries, contrairement à ce que prédisent une partie des hypothèses. De plus, mon travail montre clairement que les résultats obtenus par une approche phylogénomique large sur la question de la relation des eucaryotes et des archées dans l'arbre de la vie sont compatibles avec ceux obtenus par l'utilisation d'un jeu restreint de gènes universels. Mes données sont en effet favorables à ce que les eucaryotes branchent au voisinage du dernier ancêtre commun des archées. Mes résultats éclairent la problématique des origines des gènes eucaryotes avec une précision bien plus grande que celle qui avait été atteinte jusqu'alors. Ils montrent notamment l'absence de support phylogénétique pour les hypothèses basées sur une fusion impliquant une bactérie autre que l'ancêtre des mitochondries, et la relative rareté des gènes ayant une origine proto-mitochondriale avérée. Ces observations jouent en faveur des hypothèses se basant soit sur une origine précoce de la mitochondrie dans un hôte archéen, soit sur l'idée que les eucaryotes primitifs étaient fortement sujet aux transferts horizontaux de gènes / Pas de résumé en anglais

L'acquisition des données moléculaires a été bouleversée par le développement des techniques de séquençage haut-débit. Celles-ci ont augmenté la quantité des données et ont fait diminuer le coût de manière considérable. Ces nouvelles approches ont également redonné accès à des sources de matériel biologique qui étaient auparavant inutilisables en raison de la faible quantité et la forte dégradation de l'ADN qu'elles fournissent, notamment des tissus anciens, des échantillons de musée voire du matériel fossile. Un avantage supplémentaire c'est la possibilité de multiplexer les échantillons, c'est-à-dire, les mélanger et les séquencer simultanément grâce à l'utilisation de « tags » ou étiquettes permettant de les séparer après avec des outils bioinformatiques. Un marqueur qui a grandement bénéficié de ces technologies est le génome mitochondrial. En effet, nous montrons que grâce au ratio élevé entre l'ADN mitochondrial et l'ADN nucléaire par cellule, il est possible l'obtention de mitogénomes entiers, avec de couvertures adéquates, sans qu'un enrichissement préalable de l'échantillon soit nécessaire. Ceci permet d'envisager la réalisation de projets de mitogénomique comparative pour de groupes riches en espèces, requérant un échantillonnage taxonomique exhaustif et dont les divergences génétiques rendrait difficile l'usage du séquençage classique. C'est dans ce contexte que cette thèse aborde la systématique, la phylogénie et l'évolution moléculaires d'une famille de chauves-souris néotropicales : les Phyllostomidae. Cette famille est riche en espèces, avec plus de 160 taxons mais aussi en traits d'histoire de vie contrastés notamment le régime alimentaire. Cette diversité résulte en des morphologies convergentes dont les caractères sont en conséquence peu appropriés pour reconstruire l'histoire évolutive de ce groupe. La mitogénomique a prouvé être un outil efficace dans ce dessein, mais à présent aucune étude de ce type a été conduite pour cette famille. Nous avons d'abord réussi à séquencer les mitogénomes de représentants de toutes les lignées majeures couvrant également la diversité de traits d'histoire de vie. Nous montrons ensuite que l'utilisation de ces mitogénomes permet de résoudre les relations de parenté au niveau intrafamilial avec une résolution similaire à celle d'une concaténation de marqueurs mitochondriaux et nucléaires avec un soutien statistique robuste pour la plupart des nœuds de la phylogénie. Ceci nous a permis de clarifier plusieurs relations qui restaient controversées dans des études précédentes et confirmer plusieurs des clades proposés par celles-ci. Ensuite, nous abordons l'évolution du mitogénome en relation avec les traits d'histoire de vie en utilisant comme exemple le clade des vampires, les seules Mammifères hématophages, dont le génome mitochondrial semble avoir été touché par une accélération du taux d'évolution comme conséquence de l'action combinée de forces neutres et sélectives pour répondre aux contraintes imposées par ce régime alimentaire. Finalement, le cadre phylogénétique robuste proportionné par les 100 mitogénomes que nous avons séquencés pourra être utilisé comme référence pour étudier la diversification des Phyllostomidae. / New sequencing technologies have revolutionized the acquisition of molecular data by increasing the amount of sequences at a considerably lower cost. These new technologies have also given access to samples previously neglected because they resulted in low-quantity and degraded DNA yields, as for example, old tissues, museum specimens and even fossil rests. An additional advantage comes from the possibility of multiplexing; this is, mixing several taxa in a single sample thanks to the use of tags or labels allowing late separating the sequences using bioinformatic tools. A molecular marker that has greatly benefited from these technologies is the mitochondrial genome. Indeed, we show that, thanks to the high per-cell ratio of mitochondrial to nuclear DNA, it's possible to obtain whole well-covered mitochondrial genomes without previous sample enrichment. This allows the accomplishment of projects of comparative mitogenomics for species-rich groups needing exhaustive taxon sampling and for which strong genetic divergences would difficult the use of classical sequencing.It is in this context that this thesis tackles the molecular systematics, phylogenetics and evolution of a Neotropical family of bats: the Phyllostomidae. This species-rich family, accounting for more than 160 species, is also the family of Mammals with the highest diversity of life history traits, for example, feeding on almost every possible source of food. This diversity results in convergent morphologies that make this kind of characters inadequate for reconstructing the evolutionary history of this group. Mitogenomics has proven useful in similar cases but no study of this kind has been conducted for this family. We got to sequence whole mitogenomes for representatives of all major lineages and covering the diversity of life history traits. We then show that using these mitogenomes allows solving intrafamilial relationships with a resolution similar to that resulting from a concatenation of mitochondrial and nuclear markers and with solid statistical support for most of the nodes of the phylogeny. This allowed clarifying several controversial relationships and confirming several clades proposed in previous studies. Next, we illustrate the evolution of mitogenomes and the influence of life history traits using the clade of vampire bats, the only hematophagous Mammals, whose mitogenome seem to have undergone an acceleration of evolutionary rate as a consequence of the combined action of neutral and selective forces in order to counter the constraints imposed by this feeding habit. Finally, the robust phylogenetic frame provided by the 100 mitogenomes that we sequenced, will be used for future studies about, for exemple, the diversification process of Phyllostomids.

Les montagnes sont des hotspots de biodiversité dont les réseaux plantes-pollinisateurs constituent un élément central, et où les conséquences du réchauffement climatique sont déjà avérées. Malgré le nombre colossal d’espèces potentiellement affectées par la destructuration du mutualisme entre les angiospermes et leurs pollinisateurs dans ces écosystèmes, les patrons spatio-temporels des communautés de pollinisateurs le long des gradients altitudinaux sont toujours méconnus. La première partie de ce travail propose une analyse des effets de l’altitude et de la phénologie sur l’abondance et la diversité des insectes anthophiles le long d’un gradient altitudinal de 1700 m. Nous montrons qu’il existe une structuration altitudinale et trophique entre les principaux ordres de pollinisateurs (hyménoptères, diptères, coléoptères), avec une nette prédominance des diptères dès 1500 m d’altitude qui s’amplifie jusqu’à la limite supérieure du gradient (2700 m). Ces diptères appartiennent principalement à trois familles (Anthomyiidae, Empididae, Muscidae) qui se structurent également le long du gradient par l’altitude, la phénologie et le choix des plantes visitées. Leur biologie, efficacité pollinisatrice comprise, est encore largement méconnue. Dans un second temps, nous étudions l’écologie de la pollinisation et les causes évolutives du succès d’un groupe central de ces communautés anthophiles, les Empidinae. Nous avons mesuré 1) leur importance relative dans un réseau plantes-visiteurs à l’étage subalpin et 2) leur efficacité pollinisatrice par rapport à celles des autres visiteurs pour une plante de ce réseau (Geranium sylvaticum L.). Nous montrons que les visites d’une grosse espèce d’Empis produisent le même nombre de graines que celles de l’abeille domestique (Apis mellifera L.), pollinisatrice réputée très efficace. Ces résultats suggèrent un rôle majeur des gros Empidinae dans la pollinisation des plantes alpines. Pour comprendre le rôle de la floricolie dans la diversification des Empidinae et l’origine de leur abondance en altitude, nous avons construit une phylogénie moléculaire mondiale sur la base de 4 marqueurs et pour plus de 210 espèces. La plupart des clades d’Empidinae contiennent des espèces qui occupent diverses altitudes, indiquant qu’il n’y a pas de conservatisme de niche impliqué dans leur distribution le long du gradient. L’association angiospermes-Empidinae remonte à la période de fin de radiation des angiospermes et semble, par l’intermédiaire de l’allongement de la trompe, avoir favorisé la radiation évolutive de certains clades en parallèle avec celles des plantes à fleurs. Leur large distribution altitudinale et leur capacité à visiter des morphotypes floraux inaccessibles à d’autres floricoles pourraient leur conférer une importante résistance aux changements globaux. / Mountains are biodiversity hotspots, where the effects of global warming have already been demonstrated in numerous studies. Plant-pollinator networks are a central element of these ecosystems, but, despite the tremendous number of species potentially affected by the disruption of this mutualism, spatial and temporal patterns of pollinator communities along altitudinal gradients are still poorly known. The first part of this work analyses the effects of elevation and phenology on the abundance and diversity of anthophilous insects along a 1700 m altitudinal gradient. I show that the main orders of pollinators (Diptera, Hymenoptera, Coleoptera) are structured by elevation and foraging preferences, with an increasing predominance of flies from 1500 m altitude up to 2700 m, the upper limit of the gradient. Most of these fly species belong to four families (Anthomyiidae, Empididae, Muscidae and Syrphidae) which also segregate along the gradient according to altitude, phenology and the choice of flowering plants they visit. The systematics and biology of these taxa, including their pollination efficiency, are still largely under-investigated. Second, I studied the pollination ecology and the evolutionary causes of the success of empidine dance flies (Empidinae), a central group in these anthophilous communities. I measured 1) their relative importance in the plant-visitor network of a subalpine meadow; and 2) the pollinating effectiveness of their visits to Geranium sylvaticum L. relative to the other visitors. Visits by large species of Empis produced the same number of seeds as those by the domestic bee (Apis mellifera L.), a highly effective pollinator. Such results suggest a major role of large empidines in the pollination of alpine plants. To understand the role of anthophily in Empidinae diversification and the origins of their abundance at altitude, I built a worldwide molecular phylogeny for the subfamily. The resulting cladogram includes 212 species for which four molecular markers were sequenced (28S D1-D2, D4-D5, 16S mtDNA, COI). Most clades of Empidinae contain species occupying various altitudes, indicating that there is no phylogenetic niche conservatism involved in their distribution along the gradient. The association between Empidinae and Angiosperms dates back to the end of the angiosperm radiation and seems, through the lengthening of the proboscis, to have favoured the evolutionary radiation of several clades in parallel with flowering plants. Their wide altitudinal distribution, combined with their ability to visit floral morphotypes inaccessible to other anthophilous insects, could confer them a strong resistance to global changes.

Les Loricariinae appartiennent à la famille des poissons-chats néotropicaux cuirassés Loricariidae, la famille de poissons-chats la plus riche en espèce au monde, et se caractérisent par un pédoncule caudal long et aplati et par l’absence de nageoire adipeuse. Préalablement aux études évolutives réalisées, une phylogénie exhaustive et robuste a été établie sur la base de données mitochondriales et nucléaires. Cette phylogénie a ensuite été utilisée dans des analyses multivariées et multi-tableaux afin de révéler les principales tendances évolutives de la sous-famille. La phylogénie obtenue indique que la tribu Harttiini forme un groupe paraphylétique et est restreinte à trois genres, et que dans la tribu Loricariini, deux sous-tribus soeurs se distinguent, les Farlowellina et les Loricariina, chacune présentant des patterns évolutifs complexes. Plusieurs nouveaux taxa ont aussi été mis en évidence et décrits. En utilisant la phylogénie comme outil exploratoire, nous avons démontré : (1) avec l’analyse de co-inertie que les caractères diagnostiques fournis pour définir les différents genres étaient sous dépendance phylogénétique ; (2) avec l’analyse de co-inertie multiple que les forces évolutives sous-jacentes dirigeant leur diversification incluaient des composantes intraphénotypiques (morphologie et génétique) et extraphénotypique (écologie et distribution) ; (3) avec l’analyse RLQ que des évènements de co-dispersion entre espèces codistribuées avaient eu lieu et étaient responsables de la distribution actuelle des espèces ; et (4) avec l’analyse de patterns multi-échelles que la co-évolution des traits liés aux caractéristiques de la bouche était liée à des fonctions reproductrices responsables d’une évolution tertiaire de cet organe. / The Loricariinae belong to the Neotropical mailed catfish family Loricariidae, the mostspeciose catfish family in the world, and are united by a long and flattened caudal peduncle and the absence of an adipose fin. Despite numerous works conducted on this group, no phylogeny is presently available. Prior to conduct evolutionary studies, an exhaustive and robust phylogeny was reconstructed using mitochondrial and nuclear data. Then, this phylogeny was used in multivariate and multi-table analyses to reveal the main evolutionary trends of the subfamily. The resulting phylogeny indicated that the Harttiini tribe, as classically defined, formed a paraphyletic assemblage and was restricted to three genera, and within the Loricariini tribe, two sister subtribes were distinguished, Farlowellina and Loricariina, both displaying complex evolutionary patterns. In addition several new taxa were highlighted and described. Subsequently using this phylogeny as exploratory tool, we demonstrated: (1) using co-inertia analysis that the diagnostic features provided to define the different genera were phylogenetically dependent; (2) using multiple co-inertia analysis that the underlying evolutionary forces shaping their diversification included intraphenotypic (morphology and genetics) and extraphenotypic (ecology and distribution) components; (3) using the RLQ analysis that co-dispersion events occurred between co-distributed species responsible for the current fish distribution; and (4) using the multi-scale pattern analysis that the co-evolution in traits related to the mouth characteristics was linked to reproductive functions responsible for a tertiary evolution of this organ.

L'objectif principal de ma thèse a été la caractérisation de l'histoire évolutive des voies de signalisation au travers d'une double approche: (i) l'analyse phylogénétique de leurs composés; et (ii) l'identification et la caractérisation de leurs interactions par l'analyse des interactomes d'organismes modèles. Or, bien que de nombreux outils soient disponibles pour la reconstruction d'arbres de gènes individuels, peu de méthodes ont été développées pour l'étude d'un ensemble de protéines impliquées dans un même processus cellulaire. Pourtant, au sein de la cellule, la plupart des protéines agissent en interaction avec d'autres protéines. Dans un premier temps, j'ai étudié l'histoire évolutive de la famille des PI3K (Phosphatidylinositol 3-kinases). Cette première analyse phylogénétique détaillée m'a permis de mettre en place une méthodologie applicable aux voies de signalisation. Un problème important rencontré dans cette étude a consisté en la sélection de transcrits alternatifs et ceci m'a conduit à développer un logiciel dédié nommé BATfinder (\Best Aligned Transcript finder). Dans le but d'étudier la voie de signalisation AKT/mTOR, j'ai effectué l'implémentation de la méthodologie validée avec les PI3K. Cette implémentation a pris la forme d'un pipeline automatique nommé EPINe (Easy Phylogenetics for Interaction Networks). Ce pipeline est théoriquement utilisable pour l'analyse phylogénétique de tout réseau métabolique eucaryote / The main goal of my thesis was the characterization of the evolutionary history of signalling pathways through a twofold approach: (i) the phylogenetic analysis of their components; and (ii) the identification and characterization of their interactions by the analysis of model organisms interactomes. While many tools are available for single genes tree reconstruction, only a few methods have been developed for the study of a set of proteins involved in the same cellular process. However, inside the cell, most of proteins interact with others.Initially, I studied the evolutionary history of the PI3K family (Phosphati-dylinositol 3-kinases). This first detailed phylogenetic analysis allowed me to set up a methodology suitable for signalling pathways. One of the important problems encountered in this study was the selection of alternative transcripts and this led me to develop a software called BATfinder (Best Aligned Transcript finder ). In order to study the AKT/mTOR signalling pathway, I have implemented the methodology previously validated with PI3Ks. This implementation was carried out as an automated pipeline called EPINe (Easy Phylogenetics for Interaction Networks). This pipeline is theoretically usable for the phylogenetic analysis of any eukaryotic metabolic network

Le groupe " scoparius " est composé de Cytisus scoparius (Genisteae, Fabaceae) et des taxons qui lui sont apparentés dans le genre Cytisus. Des études taxinomiques et morphométriques ont permis de délimiter 10 espèces réparties en trois sections Alburnoides, Spartopsis et Verzinum. Une phylogénie moléculaire basée sur des marqueurs chloroplastiques trnD-T, trnS-G et nucléaires ITS, LEGCYCIAa, LEGCYCIAb et LEGCYCIAc a montré que les sections Alburnoides et Verzinum, toutes deux monophylétiques (à condition d'inclure C. striatus dans la section Alburnoides), sont des groupes frères alors que la section Spartopsis, paraphylétique ou monophylétique selon la position de C. commutatus (sect. Corothamnus) est plus éloignée. Quatre hybrides cultivés sont issus de croisements entre espèces du groupe " scoparius ". La comparaison de données ITS issues de clonage a confirmé les deux parents proposés par la littérature pour trois de ces hybrides et un des parents du dernier hybride. Le marqueur chloroplastique trnD-T s'est révélé efficace pour déterminer le sens du croisement à l'origine de trois des hybrides du groupe. L'addition des quatre hybrides dans les analyses phylogénétiques a montré que les hybrides entre taxons proches forment un clade avec leur parent maternel et ne modifient pas les relations entre taxons non hybrides. En revanche, l'ajout d'hybrides entre taxons éloignés peut provoquer des effondrements de clades ainsi que des changements de topologie. Le groupe " scoparius " comprend également plus de 150 cultivars dont 40 ont été caractérisés. L'analyse de données ISSR, trnD-T et SSR a permis de confirmer et de compléter les données généalogiques de 28 de ces cultivars et ainsi de reconstituer un pedigree à 7 générations.