Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-10-29Bitstream added on 2014-06-13T18:54:07Z : No. of bitstreams: 1 toledo_bfb_me_jabo.pdf: 494396 bytes, checksum: 73007bbe5afed3d92412924b6ebe8b81 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A crescente demanda de alimentos causada pelo aumento populacional, aliado a alto custo de fertilizantes industrializados e impacto ambiental causado por eles leva, mundialmente, à utilização em grande escala de inoculantes de bactérias fixadoras de nitrogênio. Os inoculantes utilizados no Brasil (coleção SEMIA- IPAGRO) ainda não estão suficientemente caracterizados geneticamente. O objetivo deste trabalho foi avaliar e confrontar as seqüências parciais dos genes 16S rDNA e nifH de 26 estirpes padrões já classificadas, com 70 estirpes de rizóbios recomendadas e autorizadas para a produção de inoculantes no Brasil. Para esta finalidade, a partir das amostras de DNA extraídos destas bactérias foram realizadas reações de PCR com oligonucleotídeos iniciadores relativos à região codificadora do gene 16S rDNA e do nifH, sendo então seqüenciadas com o objetivo de detectar diferenças nucleotídicas entre as diferentes bactérias estudadas. Para a comparação dos resultados do seqüenciamento com a consulta de similaridade de nucleotídeos no BLASTn, foram geradas árvores filogenéticas através de ferramentas de bioinformática. Foi observado que a classificação taxonômica das estirpes SEMIA recomendadas para inoculação de leguminosas previamente disponível na FEPAGRO, com base em propriedades morfológicas e especificidade hospedeira, não foi confirmada em todas as estirpes pelos sequenciamentos parciais dos genes estudados. Sugerimos revisão da classificação destas estirpes. Concluímos também que a consulta de similaridade ao BLASTn pelo seqüenciamento parcial dos genes 16S rDNA e nifH é, na maioria dos casos, consistente com a classificação proposta pela construção de árvores filogenéticas destas sequências. Estas ferramentas apresentaram-se muito confiáveis para obtenção de classificação em nível de gênero das estirpes estudadas. / The growing demand for food caused by population growth, combined with high cost of fertilizers and industrial environmental impacts caused by them leading, worldwide, the large scale use of inoculants different nitrogen-fixing bacteria. The inoculants used in Brazil (SEMIA-IPAGRO collection) are not yet sufficiently characterized genetically. The purpose of this study was to evaluate and compare the sequences of partial 16S rDNA and nifH of 26 strains already classified, with 70 strains of rhizobia recommended and authorized for the production of inoculants in Brazil. For this purpose, from DNA samples taken from these bacteria were performed with PCR reactions with primers on the coding region of the gene 16S rDNA and nifH, and sequencing with the aim of detecting nucleotide differences between different bacteria studied. To compare the results of the consultation of similarity of sequences of nucleotides in BLASTn, phylogenetic trees were generated through bioinformatics tools. It was observed that the taxonomic classification of strains SEMIA recommended for inoculation of legumes previously available in FEPAGRO, based on morphological properties and host specificity, it wasn’t confirmed in all strains by partial sequencing of the genes studied. We suggest reviewing the classification of these strains. We concluded that the similarity of the consultation BLASTn by partial sequencing of 16S rDNA and nifH is, in most cases, consistent with the classification proposed by the construction of phylogenetic trees of these sequences. These tools were very reliable for obtaining classified in the genus level of strains studied.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:22:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-03-15Bitstream added on 2014-06-13T19:49:24Z : No. of bitstreams: 1 justino_cel_me_sjrp.pdf: 1399460 bytes, checksum: 46d02d1729eee3452fea8c7a1258afb3 (MD5) / Tiphiidae é umas das famílias de Vespoidea (Hymenoptera) que compõem Aculeta: vespas com ovipositor modificado em aparelho de ferrão. Compreende um grupo cosmopolita e diverso de vespas parasitoides de larvas de Coleoptera e que atualmente é composta por sete subfamílias, dentre elas Thynninae. Thynninae ocorre na América do Sul e Australásia e caracteriza-se pelo dimorfismo sexual acentuado, sendo que os machos são alados e as fêmeas todas ápteras. É a subfamília com maior representatividade no que diz respeito ao número de gêneros e espécies. Atualmente admite-se que Thynninae seja composta por quatro tribos: Thynnini, Rhagigasterini, Elaphropterini e Scotaenini. Scotaenini é composta por sete gêneros: Scotaena, Pseudelaphroprera, Parelaphroptera, Anodontyra, Rostrynnus, Glotynnus e Ornepetes. Muitas mudanças têm havido na classificação de Thynninae e depois da proposição de Scotaenini não foram realizados testes que confirmem essa afirmação. Tendo em vista esse cenário o objetivo deste trabalho foi testar o monofiletismo dos Scotaenini e suas relações intragenéricas. Foram analisados 38 táxons terminais e 88 caracteres foram descritos. A partir das análises realizadas não foi possível recuperar o monofiletismo de Scotaenini. As topologias obtidas a partir de pesagem implícita e com suporte dos ramos dados a partir da re-amostragem simétrica mostraram que Rhagigasterini e Elaphropterini, usados como grupos externos, formam grupos monofiléticos. Poucas relações intragenéricas de Scotaenini puderam ser recuperadas, não havendo sinapomrofias que justifiquem o agrupamento dos sete gêneros em uma tribo / Tiphiidae is a family of Vespoidea (Hymenoptera) within Aculeata: wasps with ovipositor modified in stinger apparatus. It is a diverse and cosmopolitan group of Coleoptera’s parasitoids and currently seven subfamily are placed in the family. Thynninae occour in the South of America and Australasia and it is characterized by strong sexual dimorphism. Thynninae female are wingless and males are winged. It is the most representative subfamily in number of species and genera. Today is admitted that Thynninae is composed by four tribes: Thynnini, Rhagigasterini, Elaphropterini and Scotaenini. Scotaenini have seven genera: Scotaena, Pseudelaphroprera, Parelaphroptera, Anodontyra, Rostrynnus, Glotynnus and Ornepetes. There has been many changes in the Thynniane’s classification and after the proposition of Scotaenini there are not other works that can confirm the latter. In view of this scenario the goal of this work was test the monophyly of Scotaenini, as well the intrageneric relationship. 38 terminal taxons were analysed and 88 characters were described. From the phylogenetics analyses conducted it was not possible to recove the monophyly of the Scotaenini. The topologies found with implied weighting and support branches given by resampling show that Elaphropterini and Rhagigasterini, used like external groups, are mophyletics groups. For genera of “Scotaenini” few relationships could be retrieved, without sinapomorphies that can place the seven genera in a tribe

Orientador: Hussam El Dine Zaher / Coorientador: Sandro Luis Bonatto / Banca: Taran Grant / Banca: Marcio Roberto Costa Martins / Banca: Giovanna Gondim Montigelli / Banca: Ricardo Jannini Sawaya / Resumo: A relação filogenética entre os caenofídeos (serpentes avançadas) tem sido matéria de debate durante décadas. As principais questões para a sistemática eram representadas pela condição monofilética da família Colubridae, e a composição de sua subfamílias. Mais recentemente, novos métodos para inferir filogenias baseadas em critérios objetivos, bem como a utilização da biologia molecular, lançaram alguma luz sobre estas questões tradicionais. Aqui, são apresentados os resultados de duas análises filogenéticas moleculares das serpentes cenofídeas, focando principalmente nas serpentes neotropicais (subfamílias Xenodontinae e Dipsadinae). Otimização direta com base na máxima parcimônia, e homologia estática (alinhamento múltiplo), utilizando máxima parcimônia e máxima verossimilhança foram aplicados em uma matriz expandida de dados molecular. Os principais resultados de ambas as análises são: posicionamento de Acrochordus, Xenodermatideos e Pareatideos como grupos irmãos sucessivos de todos os caenofídeos restantes; viperídeos e homalopsideos são clados irmãos sucessivos de todos as demias serpentes, foram recuperados os seguintes clados monofiléticos dentro do crown-group Caenophidia: psammofídeos Afro-Asiaticos (incluindo Mimophis de Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae e Xenodontinae. Homoroselaps está associada com os atractaspidídeos. Dois grupos taxonômicos superiores dentro de Caenophidia e uma nova subfamília dentro Dipsadidae foram nomeados. As análises filogenéticas sugerem mudanças taxonômicas dentro dos xenodontíneos; cinco novas tribos, oito novos gêneros foram criados e dois gêneros foram ressuscitados. Os gêneros Xenoxybelis e Pseudablabes foram sinonimizados com Philodryas; Liophis e Umbrivaga com Erythrolamprus e Lystrophis e Waglerophis com Xenodon / Abstract: The phylogenetic relationship among the caenophidian (advanced) snakes has been a matter of debate for decades. The principal issues for the systematic were represented by the monophyletic condition of the large family Colubridae, and the composition of its subfamilies. More recently, new methods for infering phylogenies based on objective criteria, and the use of molecular biology, shed some light on these traditional issues. Here, two molecular phylogenetic analyses of caenophidian snakes focusing principally in the Neotropical snakes (subfamilies Xenodontinae and Dipsadinae) are presented. Direct optimization based on maximum parsimony, and static homology (multiple alignment) using maximum parsimony and maximum likelihood were applied on a expanded molecular data matrix. The major results of both analyses are: placement of Acrochordus, Xenodermatids, and Pareatids as successive outgroups to all remaining caenophidians; viperids and homalopsids are sucessive sister clades to all remaining snakes; the following monophyletic clades within crown group caenophidians: Afro- Asian psammophiids (including Mimophis from Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae, and Xenodontinae. Homoroselaps is associated with atractaspidids. Two higher taxonomic clades within Caenophidia one new subfamily within Dipsadidae were nomed. The phylogenetic analyses suggest taxonomic changes within xenodontines, five new tribes, eight new genera were created and two genera were resurrected. The genera Xenoxybelis and Pseudablabes were synonymize with Philodryas; Liophis and Umbrivaga with Erythrolamprus; and Lystrophis and Waglerophis with Xenodon / Doutor

Rhinocricus Karsch, 1881 possui atualmente 207 espécies descritas e distribuídas principalmente pelo continente americano, das quais 65 são descritas para o Brasil. A descrição do gênero foi baseada na presença de escobinas (depressões na porção distal dos prozonitos). O presente estudo avaliou a monofilia de três grupos de espécies previamente propostos em Rhinocricus. A matriz de dados foi composta por 39 caracteres morfológicos e 30 espécies terminais, sendo 21 como grupo interno e nove do grupo externo. Nós realizamos uma analise de parcimônia com pesos implicitos usando o software TNT e obtivemos a melhor árvore com a mesma topologia para três melhores valores de K (5.992, 7.309, 9.105). Nenhum dos três grupos de espécies de Rhinocricus foi recuperado monofilético. Rhinocricus (Erythocricus) sanguineostriatus foi recuperado irmão de todas as outras espécies, e Argentocricus Verhoeff, 1941 resultou parafilético. Os caracteres diagnósticos tradicionalmente utilizados para separar grupos de espécies, subgênero e gênero não foram recuperados como sinapomorfias. Ainda durante o exame do material quatro novas espécies de Rhinocricus foram descobertas e são aqui descritas. Futuras investigações incluindo amostras mais amplas de espécies são necessárias, para estabelecer hipóteses de relacionamento robustas entre R. (Erythocricus), Argentocricus, e o restante das espécies de Rhinocricus, deste modo identificando grupos monofiléticos no gênero e suas sinapomorfias. / Rhinocricus Karsch, 1881 currently has 207 species described and distributed mainly by the American continent, of which 65 are described for Brazil. The genus was based on the presence of scobinae (depressions in distal portion of prozonit). The present study evaluated the monophyly of three groups of species previously proposed in Rhinocricus. The data matrix was composed for 39 morphological characters and 30 species as terminal taxa, being 21 the ingroup, and nine the outgroup. We performed a parsimony analysis with implied weights using TNT software, obtaining the same best topology with three optimal K-values (5.992, 7.309, 9.105). None of the three previously proposed species groups of Rhinocricus was recovered monophyletic. Rhinocricus (Erythocricus) was recovered sister to all other species, and Argentocricus Verhoeff, 1941 resulted paraphyletic. The diagnostic characters traditionally used to separate species groups, subgenera, and genera were not recovered as synapomorphies. Still during the examination of the material four new species of Rhinocricus were discovered and here described. Further investigation including a broader species sample is needed attempting to establish robust relationship hypotheses between R. (Erythocricus), Argentocricus, and the remainder species of Rhinocricus, thus identifying the monophyletic groups in the genus and their synapomorphies.

16S rDNA sequences from 23 heterocytous cyanobacteria were obtained and phylogenetic tree from these sequences and sequences available in the GenBank was constructed. Relationships between traditional taxonomy and phylogenetic clusters were discussed.

Orientador: Gonçalo Amarante Guimarães Pereira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-15T21:36:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Sampaio_ClaudioLuisMarques_M.pdf: 2335220 bytes, checksum: 0b5237faca34d31d6e2743587c4b32fd (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Um problema recorrente em Filogenética é saber de antemão que melhores tamanhos de genes ou proteínas se deve ter para a construção de dendrogramas mais precisos. Neste trabalho, examinamos quais os efeitos de variados tamanhos de um alinhamento conhecido na qualidade da inferência de filogenia, em particular a filogenia dos fungos, utilizando 198 táxons fungais e 16 de grupo externo. Adicionalmente, calculamos a entropia de Shannon de cada ponto do alinhamento e fizemos iterações semelhantes por seus limiares. Para isto construímos um programa open-source baseado no toolkit bioperl que calcula estes dados. Concluímos que tanto para as iterações por tamanho quanto os para entropia, os limiares ideais são aquém do tamanho total do gene, podendo justificar uso de drafts de seqüenciamentos em inferências filogenéticas usando um pequeno número de regras / Abstract: A recurring issue in phylogenetics is knowing beforehand which best sizes for genes or proteins one should have for building more accurate cladograms. Herein we examine the effects or varying sizes of a known aligment on the quality of its inferred phylogeny, specifically considering the fungi phylogeny by using 198 fungal taxa plus 16 outgroup taxa. Additionally, we calculate the Shannon entropy of each point of the alignment and iterate similarly by its thresholds. To that end, we developed an open-source software based on the bioperl toolkit to calculate this data. Finally, we concluded that either for the size iterations or for the entropy iterations, the ideal thresholds are below the gene full size, justifying the use of sequencing drafts in phylogenetic inferrences using a handful of rules / Mestrado / Bioinformatica / Mestre em Genética e Biologia Molecular

A tribo Chauliognathini, na atual definicão, é composta por ca. 650 espécies em 14 gêneros: Chauliognathus, Daiphron, Microdaiphron, Malthesis, Psilorhynchus, Belotus, Maronius, Paramaronius, Maroniodes, Lobetus, Pseudolobetus, Macromalthinus, Malthoichthyurus e Malthinocantharis - estes dois últimos considerados incertae sedis. Caracteriza-se, principalmente, pela forte assimetria do abdômen e genitália dos machos, presença de sutura epistomal e ausência de esporões tibiais. Tradicionalmente, a classificação da subfamília Chauliognathinae e suas duas tribos era baseada principalmente no comprimento dos élitros: os gêneros de élitros longos eram agrupados em Chauliognathini, enquanto os de élitros curtos eram posicionados em Ichthyurini. Na atual classificação os gêneros foram redistribuídos e as tribos definidas com base na morfologia dos segmentos genitais e genitálias dos machos. Para testar a monofilia de Chauliognathini e verificar as relações entre seus gêneros foi feita uma análise cladística da tribo com 138 caracteres morfológicos envolvendo 45 espécies representantes de todos os gêneros de Chauliognathini e alguns de Ichthyurini, Silinae e Cantharinae. Foram encontradas 48 árvores igualmente mais parcimoniosas, com 341 passos de transformação. Demonstrou-se que Chauliognathini não é monofilética. Dois clados principais foram encontrados, agrupando os gêneros de acordo com a classificação tradicional de Chauliognathinae. O clado que representa a tribo Ichthyurini surge dentre os gêneros de Chauliognathini de élitros curtos. Os gêneros Chauliognathus, Daiphron, Malthesis, Belotus e Lobetus também são parafiléticos. Malthopterus pertence ao grupo formado pelos gêneros de élitros longos, enquanto Malthinocantharis deve ser excluído de Chauliognathini e posicionado em Silinae / The tribe Chauliognathini, in its current definition, is composed of approximately 650 species in 14 genera: Chauliognathus, Daiphron, Microdaiphron, Malthesis, Psilorhynchus, Belotus, Maronius, Paramaronius, Maroniodes, Lobetus, Pseudolobetus, Macromalthinus, Malthoichthyurus e Malthinocantharis - the two latter as incertae sedis. They are characterized by the strong asimmetry of the abdomen and male genitalia, presence of an epistomal suture and absence of tibial spurs. Traditionally, the classification of the subfamily Chauliognathinae and its two tribes were based mainly on elytral length: long-elytra genera were grouped in Chauliognathini, while short-elytra genera were classified in Ichthyurini. On present classification, the genera were redistributed and the tribes were defined based on the morphology of male genital segments and genitalia. To test the monophyly of Chauliognathini and to verify the relationships among its genera, it was conducted a cladistic analysis of the tribe with 138 morphological characters involving 45 species representative of all the genera of Chauliognathini, and some of Ichthyurini, Silinae and Cantharinae. The 48 equally most parsimonious trees (length=341) showed that Chauliognathini is not monophyletic. Two main clades were found, grouping the genera according to the traditional classification of Chauliognathinae. The clade that represents the tribe Ichthyurini is retrieved in a clade composed by the short-elytra genera of Chauliognathini. The genera Chauliognathus, Daiphron, Malthesis, Belotus and Lobetus are also paraphyletic. Malthopterus belongs to the group composed by long-elytra genera, while Malthinocantharis must be excluded from Chauliognathini and positioned in Silinae

O gênero Scrupocellaria senso lato (Família Candidae) compreende Ca. 92 espécies, 20 fósseis e 72 recentes. Muitas dessas espécies são morfologicamente semelhantes ou tratadas como tendo grande plasticidade morfológica, as quais consequentemente têm ampla distribuição mundial. Embora o gênero tenha uma longa história taxonômica e seus representantes sejam abundantes e comuns desde as regiões entremares até mais de 1,000 metros de profundidade, estudos taxonômicos do gênero são escassos. Os objetivos desse estudo são: (i) realizar o levantamento das espécies de Scrupocellaria, (ii) delimitar a variação morfológica intraespecífica das espécies, (iii) analisar a morfologia comparada de Scrupocellaria visando propor uma hipótese de relações filogenéticas entre as espécies do gênero. O estudo inclui colônias coletadas em vários pontos da costa brasileira, bem como espécimes depositados em coleções científicas nacionais e internacionais. Alguns espécimes foram selecionados para observação em Microscópio Eletrônico de Varredura. Entre os espécimes estudados foram incluídos 32 holótipos, sintipos de 22 espécies e 1 lectótipo. Várias estruturas morfológicas foram utilizadas pela primeira vez na distinção dos táxons, e.g. forma da superfície dos rizoides, tamanho dos vibraculários basais, tamanho e forma dos aviculários frontais e laterais. O lectótipo de Scrupocellaria reptans foi escolhido para redefinir a identidade dos espécimes descritos por Carolus Linnaeus, distintos de uma nova espécie descrita para o Mar do Norte pela forma do escudo, tamanho dos zooides e rizoides cilíndricos sem ganchos em sua superfície. Scrupocellaria jolloisii é relatada pela primeira vez no Atlântico e classificada no gênero Licornia, nome que é ressuscitado para incluir outras 9 espécies: Licornia annectens n. comb., Licornia cervicornis n. comb., Licornia cyclostoma n. comb., Licornia diadema n. comb., Licornia ferox n. comb., Licornia gaspari n. comb., Licornia longispinosa n. comb., Licornia macropora n. comb. e Licornia prolata n. comb. Um novo gênero, N.gen.1, é criado para acomodar Scrupocellaria bertholletii (Audouin, 1826). Outras 26 espécies, 19 das quais descritas como novas, são classificadas em N.gen.1, e uma chave dicotômica para as espécies do gênero é apresentada. Um estudo filogenético, baseado em 35 caracteres morfológicos de 84 espécies de Candidae, indica que o gênero Scrupocellaria compreende um táxon polifilético e que o gênero N.gen.1 é monofilético. Scrupocellaria \'sensu stricto\' é redefinido utilizando quatro características morfológicas: câmara vibracular com sulco do vibráculo curvo e obliquo, ectooécio com fenestra frontal, 2 vibraculários axiais e opérculo membranoso com margem distal distinta. Assim, Scrupocellaria \'sensu stricto\' inclui 10 espécies: Scrupocellaria aegeensis, Scrupocellaria delilii, Scrupocellaria harmeri, Scrupocellaria incurvata, Scrupocellaria inermis, Scrupocellaria intermedia, Scrupocellaria jullieni, Scrupocellaria minuta, Scrupocellaria scrupea, e Scrupocellaria scruposa. Cinco gêneros são criados para acomodar outras espécies classificadas anteriormente como Scrupocellaria, distintos pela forma do escudo e espinhos orais, forma do vibraculários e forma dos ovicelos. O presente estudo revelou uma diversidade ainda desconhecida para vários grupos de Candidae, e mostra a necessidade de mais estudos sobre a taxonomia e filogenia da família, para a melhor compreensão da distribuição, variação morfológica e relação filogenética entre os táxons / The genus Scrupocellaria sensu lato (Family Candidae) comprises about 92 species, 20 fossil and 72 Recent. Many of the species are morphologically similar or have been treated taxonomically as having a high degree of morphological plasticity, with distributions of many of the species being reported to be \"worldwide\". Despite the long taxonomic history of Scrupocellaria and its occurrence in habitats ranging from intertidal to deep water, taxonomic studies of the genus are scarce. Therefore the purpose of this study was: (i) to carry out a species survey of Scrupocellaria, (ii) to delimit the intraspecific morphological variations of species, (iii) to analyze the comparative morphology of Scrupocellaria in order to propose a hypothesis of phylogenetic relationships between species of the genus. This study included both colonies collected in various localities on Brazilian coast and material of non-Brazilian species deposited at scientific collections around the world. All specimens were studied by light microscopy. Some specimens were also chosen for study with the scanning electron microscope. Specimens studied included holotypes of 32 species, syntypes of 22 species and 1 lectotype. Some morphological characters were used for the first time to distinguish taxa, e.g. rhizoidal surface, size of abfrontal vibracula, and shape of lateral and frontal avicularia. The lectotype of Scrupocellaria reptans was selected to redescribe and define the identity of the type species of Scrupocellaria from specimens described by Carolus Linnaeus, and to show its distinction from a newly described species from North Sea by means of the shape of scuta, size of zooids and, occurence of rhizoids with retroussé hooks. Scrupocellaria jolloisii is reported by first time in the Atlantic Ocean and placed in the genus Licornia, a name resurrected to acommodate 9 species formerly placed in Scrupocellaria: Licornia annectens n. comb., Licornia cervicornis n. comb., Licornia cyclostoma n. comb., Licornia diadema n. comb., Licornia ferox n. comb., Licornia gaspari n. comb., Licornia longispinosa n. comb., Licornia macropora n. comb. e Licornia prolata n. comb. A new genus, N.gen.1, is described to include Scrupocellaria bertholletii. Twenty-six species, 19 of them described as new, are assigned to N.gen.1, and a taxonomic key for species of that genus is presented. A phylogenetic study using 35 morphological characters of 84 Candidae species suggests that the genus Scrupocellaria is a polyphyletic taxa and the genus N.gen.1 is a monophyletic taxa. Scrupocellaria \'sensu stricto\' is redefined according to four morphological features: vibracular chamber with curved setal groove, ooecium with a single ectooecial fenestra, two axillary vibracula and a membranous operculum with a distinct distal rim. Thus Scrupocellaria \'sensu stricto\' includes 10 species: Scrupocellaria aegeensis, Scrupocellaria delilii, Scrupocellaria harmeri, Scrupocellaria incurvata, Scrupocellaria inermis, Scrupocellaria intermedia, Scrupocellaria jullieni, Scrupocellaria minuta, Scrupocellaria scrupea, and Scrupocellaria scruposa. Five genera are erected to include other species previously assigned to Scrupocellaria; they are distinct in the shape of scuta and oral spines, the shape of vibracular chamber and the surface of ovicells. The study revealed a high diversity in some groups of Candidae and the necessity of additional studies on taxonomy and phylogeny of the family to provide a better understanding of distributions, morphological variation, and phylogenetic relationships between the taxa

Este estudo buscou acessar a posição filogenética da ordem Acariformes, descrever a morfologia dos espermatozóides, secreções acompanhantes e espermiogênese dos ácaros halacarídeos, e, eventualmente, contribuir com o conhecimento da fauna de Halacaridae do Estado de São Paulo através da descrição de novas species. A posição filogenética dos Acariformes foi examinada com o emprego dos genes 18S, parte do 28S e morfologia de 91 táxons terminais. A hipótese considerada aqui como a que melhor incorpora os dados é a obtida com a análise dos dados matriz morfológica apresentada combinada com as sequências parcialmente alinhadas com o emprego da estrutura secundária como guia. As análises levaram a uma topologia que inclui um clado composto por (Palpigradi (Solfugae Acariformes) e outro por (Ricinulei Tetrapulmonata). A aparente estabilidade de alguns clados não recuperados aqui como Haplocnemata e Acari, é atribuída ao efeito da forma como a homologia molecular foi estabelecida nos trabalhos anteriores pela abordagem instrumentalista implementada no POY. Observações a respeito da espermiogênese, espermatozóides e secreções acompanhantes de dezesseis Halacaridae são apresentadas. A informação espermatológica suporta uma posição basal para o gênero Rhombognathus, com um padrão difuso de condensação da cromatina e mitocôndrias não modificadas, ao invés do padrão centrípeto e as mitocôndrias anulares dos outros gêneros, também suportam uma relação próxima do gênero Arhodeoporus e Copidognathinae e uma relação de grupo-irmão entre os gêneros Halacarus e Thalassarachna. Finalmente, o gênero Halacaroides é registrado para a costa brasileira pela primeira vez. / This study aimed to assess the phylogenetic position of the order Acariformes, describe the sperm cell morphology, accompanying secretions and spermiogenesis of halacarid mites. Eventually, it was also intended to describe a new species and occurrences along the São Paulo State coastline. The phylogenetic position of Acariformes mites is examined employing SSU, partial LSU sequences, and the morphology of 91 extant terminals. The hypotheses regarded as better encompassing the evidence gathered is that yielded by the combined analysis of morphology and partially aligned sequences using the secondary structure as a guide to the alignment. It has yielded to a topology including a clade composed by (Palpigradi (Solfugae Acariformes) and other by (Ricinulei Tetrapulmonata). The seeming stability of certain clades not recovered here, as Haplocnemata and Acari, are regarded as the byproduct of the way as molecular homology was established by the instrumentalist approach implemented in POY inprevious studies. Ultrastructural observations on spermiogenesis, sperm cell and reproductive system of sixteen species belonging to Halacaridae are presented. The espermatological information supports a basal position for genus Rhombognathus, which presents a diphuse pattern of chromatin condensation and crested mitochondria, instead of the derivate centripetal pattern and annular mitochondria observed in the remaining clades, data also support a close relationship between the genus Arhodeoporus and Copidognathinae and sister group relationship between the genera Halacarus and Thalassarachna. Finally, the genus Halacaroides is recorded from the Brazilian coastline for the first time.

O gênero Cyphorhinus está alocado na família Troglodytidae, e seus representantes estão distribuídos desde Honduras, na América Central, até o norte de Mato Grosso, no Brasil, e norte da Bolívia. Atualmente o gênero abriga três espécies: C. thoracicus; C. phaeocephalus e C. arada. O complexo C. arada é endêmico da Amazônia e possui oito subespécies reconhecidas: C. a. arada, C. a. salvini, C. a. modulator, C. a. transfluvialis, C. a. interpositus, C. a. griseolateralis, C. a. urbanoi e C. a. faroensis. Este grupo apresenta um alto grau de variação geográfica tanto nos padrões de plumagem quanto nas vocalizações, mas nenhuma revisão taxonômica foi conduzida até o momento. Este gênero ainda apresenta outros oito táxons, seis em C. phaeocephalus e dois subordinados a C. thoracicus. Uma filogenia que englobasse o relacionamento das espécies deste gênero também nunca foi proposta. O objetivo deste trabalho foi revisar a taxonomia do complexo Cyphorhinus arada com base em caracteres morfológicos e vocais e, posteriormente, propor uma hipótese filogenética completa do gênero Cyphorhinus. Foram analisados 672 espécimes e 179 gravações de representantes do gênero. Na revisão taxonômica o complexo C. arada é dividido em seis espécies, sendo que, C. a. urbanoi e C. a. faroensis foram sinonimizados a Cyphorhinus arada; as demais subespécies (transfluvialis, modulator, salvini, interpositus e griseolateralis) apresentaram caracteres morfológicos e vocais que permitiram elevá-las a espécies plenas. O padrão de distribuição geográfico destas seis espécies seguiu aproximadamente o mesmo padrão das áreas de endemismo da Amazônia. Para as análises filogenéticas foram levantados 19 caracteres tegumentares (padrões de plumagem) e três vocais. Quatro árvores igualmente parcimoniosas foram obtidas. A topologia do consenso estrito não foi muito bem resolvida; nela o monofiletismo do gênero Cyphorhinus foi corroborado, C. t. thoracicus e C. t. dichrous formam um clado que é grupo irmão dos demais táxons do gênero Cyphorhinus e os complexos C. phaeocephalus e C. arada formam um grupo monofilético. A análise biogeográfica revelou que as relações entre as espécies de C. arada e suas áreas de endemismos correspondentes são pouco suportadas por estudos anteriores. Por isso, recomenda-se a utilização de outros dados de origens diversas, como molecular ou osteológica, para que uma melhor resolução das afinidades filogenéticas dos táxons reconhecidos neste estudo seja alcançada / The genus Cyphorhinus is a member of the Troglodytidae family, and their species range from Honduras, in Central America, to the North of Mato Grosso in Brazil and Northern Bolivia. Currently the genus comprises three species: C. thoracicus; C. phaeocephalus and C. arada. The C. arada complex is endemic form the Amazon forest and has eight recognized subspecies: C. a. arada, C. a. salvini, C. a. modulator, C. a. transfluvialis, C. a. interpositus, C. a. griseolateralis, C. a. urbanoi and C. a. faroensis. A large geographical variation has been detected in this group, both in plumage patterns and in the vocalizations; however, no extensive taxonomic review has been done so far. This genus also has eight other taxa, six in the C. phaeocephalus complex and two subordinates to C. thoracicus. A phylogeny encompassing the relationship of the three species of this genus has never been proposed. The objective of this project was to review the taxonomy of the Cyphorhinus arada complex based on morphological and vocal characters, as well as to propose a complete phylogenetic hypothesis of the Cyphorhinus genus. It has been analyzed 672 specimens and 179 tape-recordings of the entire genus. The taxonomic revision revealed that the C. arada complex could be divided into six diferent phylogenetic species; C. a. urbanoi and C. a. faroensis were synonymized into C. arada and the remaining subspecies (transfluvialis, modulator, salvini, interpositus and griseolateralis) had morphological and vocal characters that allowed us to consider them as a valid species. The geographic distribution pattern of these six species followed nearly the same pattern of the Amazonian areas of endemism. For the phylogenetic analyses, 19 integumentary (color patterns) and three vocal characters were assembled. Four equally parsimonious trees were obtained. The topology of strict consensus cladogram presented many polytomies; on it the monophyly of the genus was corroborated, C. t. thoracicus and C. t. dichrous form a clade that is the sister group of the remaining taxa as well as the C. phaeocephalus and C. arada complexes forms a monophyletic group together. The biogeographic analysis revealed that the relationship between the species of the C. arada complex and their corresponding areas of endemism are poorly supported by previous studies. Therefore, it is recommended to use other data from different sources, such as molecular and osteological, for a better understanding of the phylogenetic affinities of the valid taxa recognized in this study