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Filogenia molecular de Atta sexdens (Myrmicinae : Attini) e investigação de pseudogenes em formigas da tribo Attini /

Martins Junior, Joaquim. January 2011 (has links)
Orientador: Mauricio Bacci Junior / Coorientador: Henrique Ferreira / Banca: Marcia Regina Brochetto Braga / Banca: Sergio Russo Matioli / Banca: Reinaldo Otavio A. Alves Brito / Banca: João Miguel de Barros Alexandrino / Resumo: A formiga Atta sexdens possui ampla distribuição no continente Americano e é praga de várias culturas como citrus e cana-de-açúcar. Devido aos aspectos divergentes das últimas revisões morfológicas, ainda existem dúvidas se Atta sexdens é uma única espécie ou um grupo de espécies crípticas. Estudos baseados em caracteres moleculares são mais precisos para avaliar a filogenia de populações ou linhagens ainda próximas. Entretanto, esses estudos são comumente atrapalhados no seu curso pela coamplificação de numts, que são pseudogenes nucleares de origem mitocondrial e que podem levar a interpretação equivocada de relações filogenética se analisados conjuntamente com o seu homólogo mitocondrial. Por isso, no presente trabalho, nós apresentamos dois capítulos, em que no primeiro nós analisamos 100 ninhos de A. sexdens coletados ao longo do continente Americano, a fim de verificar a existência de espécies crípticas, bem com o tempo de divergência entre elas, avaliando a utilidade de marcadores nucleares e mitocondriais em estudos desta natureza; e no segundo capítulo nós investigamos a presença dos numts N1 e N2 em formigas de diversos gêneros da tribo Attini e caracterizamos um terceiro tipo de numt, que denominamos N3. Os resultados do primeiro capítulo, a partir de análises filogenéticas, utilizando genes nucleares e genes mitocondriais mostram que Atta sexdens pode ser divida em três espécies distintas corroborando Gonçalves (1965). As topologias das árvores filogenéticas obtidas apresentaram bom suporte para seus ramos, mas divergiram em relação a qual evento cladogenético ocorreu primeiro dentro de A. sexdens. A região IGS mitocondrial, devido à sua característica hipervariável, parece trazer ruído à análise filogenética. As análises de divergência indicam uma origem... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The ant Atta sexdens is widely spread in the Americas and is a pest of several crops like citrus and cane sugar. Due to the divergent aspects of the last morphological revisions, there are still doubts whether Atta sexdens is a single species or a group of cryptic species. Studies based on molecular characters are more accurate for assessing the phylogeny of populations or lineages even close. However, these studies are often hampered in their course by co-amplification of numts, which are nuclear pseudogenes of mitochondrial origin and that can lead to misinterpretation of phylogenetic relationships were analyzed together with its counterpart in mitochondria. Therefore, in this paper, we present two chapters, where we looked first at 100 nests of A. sexdens collected throughout the American continent in order to verify the existence of cryptic species, together with the time of divergence between them, assessing the utility of nuclear and mitochondrial markers in studies of this nature, and in the second chapter we investigated the presence of numts N1 and N2 in various ant genera of the attine tribe and characterized a third type of numt, we called N3. The results of the first chapter, from phylogenetic analysis, using nuclear genes and mitochondrial genes show that Atta sexdens can be divided into three distinct species corroborating Gonçalves (1965). The topologies of phylogenetic trees obtained showed good support for their branches, but they differed as to which event occurred first within cladogenetic A. sexdens. The IGS region mitochondrial hypervariable due to its characteristic, seems to bring noise to the phylogenetic analysis. Analyses indicate a source of divergence of A. sexdens around 10 million years ago, relatively early in relation to the origin of the leaf-cutter ants results of the second chapter. The results confirmed our hypothesis that N1 had a more ancient... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor
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Identificação de estirpes de rizóbios por seqüenciamento parcial dos genes 16S rDNA e nifH /

Toledo, Bethânia Figueiredo Barbosa de. January 2008 (has links)
Orientadora: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Banca: Maria José Valarini / Banca: Jaime Maia dos Santos / Resumo: A crescente demanda de alimentos causada pelo aumento populacional, aliado a alto custo de fertilizantes industrializados e impacto ambiental causado por eles leva, mundialmente, à utilização em grande escala de inoculantes de bactérias fixadoras de nitrogênio. Os inoculantes utilizados no Brasil (coleção SEMIA- IPAGRO) ainda não estão suficientemente caracterizados geneticamente. O objetivo deste trabalho foi avaliar e confrontar as seqüências parciais dos genes 16S rDNA e nifH de 26 estirpes padrões já classificadas, com 70 estirpes de rizóbios recomendadas e autorizadas para a produção de inoculantes no Brasil. Para esta finalidade, a partir das amostras de DNA extraídos destas bactérias foram realizadas reações de PCR com oligonucleotídeos iniciadores relativos à região codificadora do gene 16S rDNA e do nifH, sendo então seqüenciadas com o objetivo de detectar diferenças nucleotídicas entre as diferentes bactérias estudadas. Para a comparação dos resultados do seqüenciamento com a consulta de similaridade de nucleotídeos no BLASTn, foram geradas árvores filogenéticas através de ferramentas de bioinformática. Foi observado que a classificação taxonômica das estirpes SEMIA recomendadas para inoculação de leguminosas previamente disponível na FEPAGRO, com base em propriedades morfológicas e especificidade hospedeira, não foi confirmada em todas as estirpes pelos sequenciamentos parciais dos genes estudados. Sugerimos revisão da classificação destas estirpes. Concluímos também que a consulta de similaridade ao BLASTn pelo seqüenciamento parcial dos genes 16S rDNA e nifH é, na maioria dos casos, consistente com a classificação proposta pela construção de árvores filogenéticas destas sequências. Estas ferramentas apresentaram-se muito confiáveis para obtenção de classificação em nível de gênero das estirpes estudadas. / Abstract: The growing demand for food caused by population growth, combined with high cost of fertilizers and industrial environmental impacts caused by them leading, worldwide, the large scale use of inoculants different nitrogen-fixing bacteria. The inoculants used in Brazil (SEMIA-IPAGRO collection) are not yet sufficiently characterized genetically. The purpose of this study was to evaluate and compare the sequences of partial 16S rDNA and nifH of 26 strains already classified, with 70 strains of rhizobia recommended and authorized for the production of inoculants in Brazil. For this purpose, from DNA samples taken from these bacteria were performed with PCR reactions with primers on the coding region of the gene 16S rDNA and nifH, and sequencing with the aim of detecting nucleotide differences between different bacteria studied. To compare the results of the consultation of similarity of sequences of nucleotides in BLASTn, phylogenetic trees were generated through bioinformatics tools. It was observed that the taxonomic classification of strains SEMIA recommended for inoculation of legumes previously available in FEPAGRO, based on morphological properties and host specificity, it wasn't confirmed in all strains by partial sequencing of the genes studied. We suggest reviewing the classification of these strains. We concluded that the similarity of the consultation BLASTn by partial sequencing of 16S rDNA and nifH is, in most cases, consistent with the classification proposed by the construction of phylogenetic trees of these sequences. These tools were very reliable for obtaining classified in the genus level of strains studied. / Mestre
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A espermiogênese e a ultraestrutura dos espermatozóides de representantes de alguns gêneros incertae sedis em characidae, anteriormente alocados em tetragonopterinae(Teleostei: Characiformes) com ênfase em Moenkhausia, e suas aplicações filogenéticas /

Santana, Júlio César de Oliveira. January 2010 (has links)
Orientador: Irani Quagio Grassiotto / Banca: Daniela Calcanhotto / Banca: Marco Aurélio Azevedo / Resumo: O gênero Moenkhausia é um dos mais especiosos em Characidae, com cerca de 65 espécies válidas, amplamente distribuídas nas bacias hidrográficas da América do Sul. Atualmente, este gênero é reconhecido como não monofilético e incertae sedis em Characidae. Os estudos taxonômicos e sistemáticos para o gênero são poucos e foram realizados com base em características morfológicas externa e interna e osteológicas. Sabe-se que as características reprodutivas podem conter sinais filogenéticos. Com o objetivo de contribuir para o entendimento das relações de parentesco do gênero Moenkhausia e outros tetragonopteríneos (sensu Géry, 1977), estudou-se o tipo de espermiogênese e os caracteres ultraestruturais dos espermatozóides de 21 espécies, sendo 17 pertencentes ao gênero Moenkhausia, e 1 espécie de Astyanax, Hasemania, Hemigrammus e Thayeria. Os dados obtidos das espécies de Moenkhausia foram comparados entre si e com a espécie-tipo, Moenkhausia xinguensis, na tentativa de se encontrar caracteres compartilhados que evidenciem uma maior relação destes. Além disso, os dados de M. xinguensis foram comparados com as espécies Hasemania nana, Hemigrammus bleheri, Thayeria boehlkei (este estudo), e Hemigrammus erythrozonus, Hyphessobrycon herbertaxelrodi, Tetratonopterus argenteus (dados da literatura) possivelmente relacionadas, de acordo com a literatura, com o intuito de identificar possíveis características compartilhadas entre os táxons estudados. Os espermatozóides das 21 espécies analisadas apresentam espermiogênese incompleta do tipo I. O processo de espermiogênese destas espécies apresenta variações com relação à rotação nuclear que permitem agrupar três grupos distintos dentro do gênero Moenkhausia: E1, o núcleo sofre uma rotação em relação ao eixo flagelar entre 70º e 80º e compreende as espécies M. chrysargyrea, M. collettii, M. comma... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genus Moenkhausia is composed by 65 species and widely distributed in hydrographic basins of South America. Currenty, this genus cannot be recognized as a monophyletic unit. Taxonomic and phylogenetic studies that included the genus Moenkhausia are few and were realized based on morphological and osteological characters. Besides the traditional data, reproductive characters show potentially useful in the cladistics analysis. In attempt to contribute to knowledge of relationships of the genus Moenkhausia with others species of Tetragonopterinae (sensu Géry, 1977), the spermiogenesis and sperm ultrastructure from 17 species of Moenkhausia, 1 species of Astyanax, Hasemania, Hemigrammus, Thayeria (this study), and Hemigrammus erythrozonus, Hyphessobrycon herbertaxelrodi, Tetratonopterus argenteus (literature) were studied with the intention of diagnostic characters shared among them. Specimens were obtained from aquarious shop and mainly from zoological collections and were prepared and analyzed under Transmission Electron Microscopy. All species analyzed present spermiogenesis I with a variation on nuclear rotation. Based on nuclear rotation ranging the Moenkhausia species were grouped in three distinct patterns: E1, in which the nuclear rotation in relation to the flagellar axis is about 70º to 80º. This pattern is shared M. chrysargyrea, M. collettii, M. comma, M. cotinho, M. diktyota, M. doceana, M. cf. georgiae, M. latissima and M. sanctafilomenae. In the second pattern, herein termed E2, nuclear rotation is inferior to 50º. This pattern is subdivided in two subtypes E2-A and E2-B. In the subtype E2-A, as occurs in M. phaeonota and M. pyrophthalma, just after the accomplishment of the nuclear rotation, the nucleus slightly turns back and becomes strongly eccentric in relation to the flagellum. In subtype E2-B share by M. costae, M. grandisquamis, M. megalops, M. nigromarginata... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Relações filogenéticas entre as espécies de Rhinocerophis Garman, 1881 (Serpentes; Viperidae; Crotalinae) /

Martão, Luciana Ribeiro. January 2010 (has links)
Orientador: Augusto Shinya Abe / Banca: Sergio Furtado dos Reis / Banca: Francisco Luis Franco / Resumo: O gênero Rhinocerophis pertence à família Viperidae e subfamília Crotalinae. Esta subfamília é composta por 31 gêneros e cerca de 170 espécies distribuídas pelas Américas e Ásia. Historicamente este gênero era considerado como um dos grupos pertencentes ao gênero Bothrops, no entanto diversos estudos baseados em evidências morfológicas e moleculares sugeriam a existência de grupos monofiléticos, o que levou à subdivisão em grupos menores e mais homogêneos, tanto na morfologia quanto em aspectos ecológicos. Assim, Bothrops (senso lato) foi subdividido em Rhinocerophis, Bothropoides e o gênero nominal. A monofilia de Rhinocerophis tem sido sugerida em diversos trabalhos, entretanto as relações filogenéticas entre as espécies que o compõe não são satisfatoriamente compreendidas. Neste trabalho foi corroborada a hipótese de monofilia do gênero e proposta a hipótese de relacionamento filogenético entre suas espécies. A análise filogenética de parcimônia foi baseada em caracteres da morfologia externa, anatomia hemipeniana e osteologia craniana. Para tal, foram incluídas nesta análise, além de Rhinocerophis, espécies pertencentes a Bothropoides, Bothriopsis, Bothrops e Bothrocophias hyoprora, representantes do grupo-externo, totalizando dezessete espécies. Bothrocophias hyoprora foi a espécie escolhida para enraizar o cladograma por ser evidentemente externa aos demais táxons. Foram examinados 538 espécimes, 42 hemipênes e 44 crânios, que originou uma matriz com 99 caracteres. A análise desta matriz resultou em uma única árvore mais parcimoniosa com 195.784 passos, índice de consistência igual a 0,67 e índice de retenção igual a 0,79. A monofilia de Rhinocerophis foi sustentada por dez sinapomorfias e as relações entre os táxons obtidas foram as seguintes: (((R. ammodytoides - R. itapetiningae) ((R. alternatus - R. jonathani)... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The genus Rhinocerophis belongs to the family Viperidae and subfamily Crotalinae. This subfamily is composed of 31 genera and about 170 species distributed throughout the Americas and Asia. Historically, this genus was regarded as one of the groups belonging to the genus Bothrops,however several studies based on morphological and molecular evidence suggesting the existence of monophyletic groups, which led to the subdivision into smaller groups and more homogeneous, both in morphology and in ecological aspects.Thus, Bothrops (sensu lato) was subdivided into Rhinocerophis, Bothropoides and the nominal. The monophyly of Rhinocerophis has been suggested in several studies, however the phylogenetic relationships among species that comprise it are not sufficiently understood.This work was supported the hypothesis of monophyly of the genus and proposed the hypothesis of phylogenetic relationships between its species. The phylogenetic parsimony analysis was based on characters of external morphology, hemipenial anatomy and cranial osteology. To this end, included in this analysis, beyond Rhinocerophis, species belonging to Bothropoides, Bothriopsis, Bothrops and Bothrocophias hyoprora, representatives of outgroups, totaling seventeen species. Bothrocophias hyoprora species was chosen to root the cladogram to be obviously foreign to the other taxa. We examined 538 specimens, 42 hemipenes and 44 skulls, which led to a matrix with 99 characters. The analysis of this matrix resulted in a single most parsimonious tree of 195.784 steps, consistency index equal to 0,67 and retention index 0,79. Monophyly of Rhinocerophis was supported by ten synapomorphies and the relationships among the taxa revealed the following: (((R. ammodytoides - R. itapetiningae) ((R. alternatus - R. jonathani) (R. cotiara - R. fonsecai) )). Topology of the cladogram also confirms the position of Rhinocerophis basal to a clade... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Filogenia molecular da família Dipsadidae (serpentes : Colubroidea) /

Grazziotin, Felipe Gobbi. January 2011 (has links)
Orientador: Hussam El Dine Zaher / Coorientador: Sandro Luis Bonatto / Banca: Taran Grant / Banca: Marcio Roberto Costa Martins / Banca: Giovanna Gondim Montigelli / Banca: Ricardo Jannini Sawaya / Resumo: A relação filogenética entre os caenofídeos (serpentes avançadas) tem sido matéria de debate durante décadas. As principais questões para a sistemática eram representadas pela condição monofilética da família Colubridae, e a composição de sua subfamílias. Mais recentemente, novos métodos para inferir filogenias baseadas em critérios objetivos, bem como a utilização da biologia molecular, lançaram alguma luz sobre estas questões tradicionais. Aqui, são apresentados os resultados de duas análises filogenéticas moleculares das serpentes cenofídeas, focando principalmente nas serpentes neotropicais (subfamílias Xenodontinae e Dipsadinae). Otimização direta com base na máxima parcimônia, e homologia estática (alinhamento múltiplo), utilizando máxima parcimônia e máxima verossimilhança foram aplicados em uma matriz expandida de dados molecular. Os principais resultados de ambas as análises são: posicionamento de Acrochordus, Xenodermatideos e Pareatideos como grupos irmãos sucessivos de todos os caenofídeos restantes; viperídeos e homalopsideos são clados irmãos sucessivos de todos as demias serpentes, foram recuperados os seguintes clados monofiléticos dentro do crown-group Caenophidia: psammofídeos Afro-Asiaticos (incluindo Mimophis de Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae e Xenodontinae. Homoroselaps está associada com os atractaspidídeos. Dois grupos taxonômicos superiores dentro de Caenophidia e uma nova subfamília dentro Dipsadidae foram nomeados. As análises filogenéticas sugerem mudanças taxonômicas dentro dos xenodontíneos; cinco novas tribos, oito novos gêneros foram criados e dois gêneros foram ressuscitados. Os gêneros Xenoxybelis e Pseudablabes foram sinonimizados com Philodryas; Liophis e Umbrivaga com Erythrolamprus e Lystrophis e Waglerophis com Xenodon / Abstract: The phylogenetic relationship among the caenophidian (advanced) snakes has been a matter of debate for decades. The principal issues for the systematic were represented by the monophyletic condition of the large family Colubridae, and the composition of its subfamilies. More recently, new methods for infering phylogenies based on objective criteria, and the use of molecular biology, shed some light on these traditional issues. Here, two molecular phylogenetic analyses of caenophidian snakes focusing principally in the Neotropical snakes (subfamilies Xenodontinae and Dipsadinae) are presented. Direct optimization based on maximum parsimony, and static homology (multiple alignment) using maximum parsimony and maximum likelihood were applied on a expanded molecular data matrix. The major results of both analyses are: placement of Acrochordus, Xenodermatids, and Pareatids as successive outgroups to all remaining caenophidians; viperids and homalopsids are sucessive sister clades to all remaining snakes; the following monophyletic clades within crown group caenophidians: Afro- Asian psammophiids (including Mimophis from Madagascar), Elapidae, Pseudoxyrhophiinae, Colubrinae, Natricinae, Dipsadinae, and Xenodontinae. Homoroselaps is associated with atractaspidids. Two higher taxonomic clades within Caenophidia one new subfamily within Dipsadidae were nomed. The phylogenetic analyses suggest taxonomic changes within xenodontines, five new tribes, eight new genera were created and two genera were resurrected. The genera Xenoxybelis and Pseudablabes were synonymize with Philodryas; Liophis and Umbrivaga with Erythrolamprus; and Lystrophis and Waglerophis with Xenodon / Doutor
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Análise filogenética das espécies de Hemigrammus Gill, 1858 (Characiformes, Characidae) /

Serra, Jane Piton. January 2010 (has links)
Resumo: Hemigrammus Gill, (1858) é um dos gêneros mais especiosos dentro da família Characidae, com 51 espécies distribuídas nas Américas do Sul e Central; porém, pouco se sabia sobre suas relações com outros táxons de Characidae, sendo considerado por muitos autores como um grupo não natural (Ellis in Eigenmann,1918; Böhlke, 1955; Weitzman & Palmer, 1997a; Marinho et al., 2008; Britski & Lima, 2008; Lima & Souza, 2009; Lima et al., 2009). As poucas propostas disponíveis de relacionamento para o gênero, apresentavam Hemigrammus como mais proximamente relacionado à Hyphessobrycon, Parapristella, Bryconella, Thayeria e Hasemania (Géry, 1977; Serra, 2003; Benine, 2004; Mirande, 2009), porém, a maioria desses trabalhos analisaram poucas (1-3) espécies do gênero e nenhum deles teve como objetivo principal testar o monofiletismo de Hemigrammus. Sendo assim, os objetivos do presente trabalho foram: redescrever e descrever osteologicamente H. unilineatus, espécie-tipo do gênero, avaliar o monofiletismo de Hemigrammus com a utilização do maior número possível de suas espécies válidas e avaliar o relacionamento de suas espécies entre si e com outras de Characidae. Foram analisados 95 táxons e 165 caracteres osteológicos, de morfologia externa e de colorido; a matriz de caracteres foi analisada pelo programa PAUP (4.0b 10 2001), com busca heurística, algoritmo tree-bisection-reconnection para o branch-swapping, random taxon addition sequence, 1000 réplicas e otimização acctran, com repesagens sucessivas. A análise filogenética resultou em seis árvores igualmente parcimoniosas; após repesagens uma única árvore mais parcimoniosa foi gerada, com IC. 0,35 e IR. 0,61. Hemigrammus em seu sensu atual não aparece formando um grupo monofilético. De acordo com os resultados obtidos o gênero fica restrito a sua espécie-tipo e espécies de outros gêneros de Characidae... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Hemigrammus Gill, (1858) is one of the most specious genera within the family Characidae, with 51 valid species distributed in South and Central America. The phylogenetic relationships of the genus with other Characidae are poorly known, and many authors consider that Hemigrammus does not constitute a monophyletic assemblage (Ellis in Eigenmann, 1918, Böhlke, 1955; Weitzman & Palmer, 1997a; Marinho et al., 2008; Britski & Lima, 2008, Souza & Lima, 2009, Lima et al., 2009). The few hypotheses available concerning relationships of Hemigrammus, presented the genus as closely related to Hyphessobrycon, Parapristella, Bryconella, Thayeria, and Hasemania (Géry, 1977; Serra, 2003, Benine, 2004; Mirande, 2009), however, all these studies analyzed only few species (1-3) of the genus, and none aimed to test the monophyly of Hemigrammus. Therefore, the objectives of this study were: redefining and describing osteologically H. unilineatus, type species of the genus; evaluate the monophyly of Hemigrammus using the largest possible number of its valid species; and assess the relationships of its species among themselves and with other Characidae. Were analyzed 95 taxa and 165 characters concerning osteology, external morphology and color pattern. Phylogenetic analysis was performed using PAUP (4.0b 10 2001) with heuristic search algorithm, tree-bisection-reconnection for branch-swapping, random taxon addition sequence, 1000 replicates and optimization acctran, with successive reweighting. The phylogenetic analysis resulted in six most parsimonious trees; after reweighting, resulted in a single most parsimonious tree, with IC. 0.35 and IR. 0.61. Hemigrammus in its current sense does not form a monophyletic group. According to the results, the genus Hemigrammus is restricted to its type species and species of other genera of Characidae (Hyphessobrycon, Moenkhausia and Pristella)... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Francisco Langeani Neto / Coorientador: Heraldo Antônio Britski / Banca: Luiz Roberto Malabarba / Banca: Ângela Maria Zanata / Banca: Katiane Mara Ferreira / Banca:Vinicius de Araújo Bertaco / Doutor
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Relação filogenètica entre sete espécies de Triatominae (Hemiptera, Reduviidae) da região Centro-Oeste do Brasil baseada no sequenciamento de genes mitocondriais /

Gardim, Sueli. January 2010 (has links)
Orientador: João Aristeu da Rosa / Banca: João Aristeu da Rosa / Banca: Eunice Aparecida Bianchi Galati / Banca:Maria Tercilia Vilela de azeredo Oliveira / Resumo: A doença de Chagas tem como agente etiológico o protozoário Trypanosoma cruzi, cujos vetores pertencem à subfamília Triatominae. Os triatomíneos distribuem-se distribuídos por toda região Neotropical e epidemiologicamente se destacam as espécies dos gêneros Panstrongylus, Rhodnius e Triatoma. O gênero Triatoma é o mais numeroso e foi subdividido em complexos específicos de acordo com semelhanças morfológicas e distribuição geográfica de suas espécies. As sete espécies estudadas podem ser encontradas na região Centro-Oeste do Brasil, das quais seis pertencem ao subcomplexo matogrossensis (T. baratai, T. costalimai, T. guazu, T. matogrossensis, T. vandae e T. williami). A outra espécie, T. sordida pertence ao subcomplexo sordida. O objetivo deste estudo foi determinar a posição filogenética das sete espécies ocorrentes na região Centro-Oeste, por meio de comparação das sequências dos fragmentos citocromo b e 16S do DNA mitocondrial, visto que até o momento não foi determinada a posição de T. baratai e T. vandae com base em dados moleculares. Os exemplares avaliados são oriundos de colônias mantidas junto ao Insetário de Triatominae da Faculdade de Ciências Farmacêuticas/UNESP - Araraquara. Após a extração do DNA genômico e da amplificação dos fragmentos 16S e Cytb, procedeu-se o sequenciamento do DNA em sqüenciador automático, modelo ABI 377. As sequências obtidas juntamente com outras sequências (do mesmo fragmento) já disponíveis no GenBank, foram alinhadas com auxílio do programa Clustal W do BioEdit e as inferências filogenéticas foram conduzidas utilizando-se análises de parcimônia e de distância com o programa MEGA 3.1. De acordo com os resultados encontrados, T. costalimai mostrou-se mais distante das demais espécies e foi posicionada como grupo externo. As outras espécies distribuíram-se em dois grupos:.. (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The protozoan Trypanosoma cruzi, the etiologic agent of Chagas' disease, is transmitted by vectors that belong to the subfamily Triatominae. The triatomines are distributed throughout the Neotropical region and species from Panstrongylus, Rhodnius and Triatoma genus stand out epidemiologically. The Triatoma genus is the largest and was divided in specific complexes according to morphological similarities and geographical distribution of its species. The seven species studied can be found in the Central West Region of Brazil, of which six belong to the matogrossensis subcomplex (T. baratai, T. costalimai, T. guazu, T. jurbergi, T. matogrossensis, T. vandae and T. williami). The other specie, T. sordida belong sordida subcomplex. The aim of this study was to determine the phylogenetic position of the seven species from Central West Region by comparing the 16S and Cytb fragments sequences of the mitochondrial DNA, since so far not been given the position of T. baratai and T. vandae based DNA sequences. The specimens evaluated came from colonies maintained at the Insectarium of Triatominae, Faculdade de Ciências Farmacêuticas / UNESP - Araraquara. After extraction of genomic DNA and amplification of the 16S and Cytb fragments, it was sequenced in an automatic DNA sequencer, model ABI 377. The sequences obtained and other sequences (of the same fragment) already available in GenBank were aligned using the Clustal W program of BioEdit and the phylogenetic inferences were conducted using the analysis of parsimony and distance with the MEGA 3.1 program. According to the results, T. costalimai was more distant from other species and was placed as an outside group. Other species are distributed in two groups, the first comprising the species T. vandae very close to T. matogrossensis and external of these, T. sordida. The second group includes T. guazu strongly related to T. williami... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Filogenia molecular de cianobactérias baseada em sequências do 16S-23S-ITS rDNA e PC-IGS : investigação de transferência lateral do PC /

Santos, Viviane Piccin dos. January 2011 (has links)
Orientador: Maria do Carmo Bittencourt de Oliveira / Banca: Luiz Henrique Zanini Branco / Banca: Mariana Cabral de Oliveira / Resumo: As cianobactérias apresentam uma ampla variabilidade fenotípica e ecológica. Porém, esta variabilidade, muitas vezes, não corresponde à sua diversidade genética. Assim, o uso de marcadores moleculares é fundamental para os estudos de filogenia neste grupo. Entretanto, a filogenia molecular enfrenta um desafio na seleção dos marcadores devido à ocorrência relativamente frequente da transferência de genes de forma lateral entre os procariotos. Em cianobactérias os marcadores dos espaçadores dos genes ribossomais (16S-23S-ITS rDNA) e do operon da ficocianina (PC-IGS) estão entre os mais utilizados nestes estudos. Contudo, alguns trabalhos sugerem que o PC-IGS possa ter sito transferido lateralmente em sua história evolutiva. A identificação de morfoespécies dos gêneros Microcystis e Geitlerinema é baseada em caracteres morfológicos que em geral não correspondem à sua variabilidade genética. Com o objetivo de investigar a transferência lateral do operon da ficocianina em Geitlerinema e Microcystis, foram obtidas e comparadas árvores filogenéticas de ambas espécies baseadas nos marcadores PC-IGS e 16S-23S-ITS rDNA. As topologias das árvores obtidas para ambos os marcadores foram muito semelhantes e indicaram que o PC-IGS é estável e indicado para os estudos de taxonomia e filogenia de linhagens de Geitlerinema e Microcystis. Assim, hipótese inicial de transferência lateral foi refutada. Algumas linhagens tiveram seu posicionamento divergente entre um marcador e outro, o que ressalta a importância do uso de mais de um marcador em estudos de filogenia. O marcador PC-IGS apresentou melhor desempenho que 16S-23S-ITS rDNA. As árvores filogenéticas de Geitlerinema baseadas em ambos os marcadores indicaram a ocorrência de espécies crípticas dentre as linhagens estudadas e corroboraram que G. amphibium e G. unigranulatum devem ser consideradas sinonímias... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Cyanobacteria show a wide phenotypic and ecological variability, but frequently this variability does not correspond to their genetic variation. Therefore, the use of molecular markes is critical for phylogenetic studies in this group. At the same time, the selection of molecular markers represents a challenge for the molecular phylogeny due to the horizontal gene transfer, witch is a relatively common process among the prokaryotes. In cyanobacteria, makers for the ribosomal genes spacer (16S-23S-ITS rDNA) and for the phycocyanin operon spacer (PC-IGS) are among of the most used for phylogeny. However, some studies suggest that the PC-IGS marker may have been horizontally transferred during its evolutionary history. The identification of the morphospecies from the genus Microcystis and Geitlerinema is based in their morphological characters, but they generally do not correspond to genetic variability. In order to investigate the possibility of horizontal transfer of the phycocyanin operon in Microcystis and Geitlerinema, phylogenetic trees based on the PC-IGS and 16S- 23S-ITS rDNA were generated and compared. The topologies obtained for both markers were very similar, indicating that the PC-IGS marker is stable and suitable for taxonomical and phylogenetic studies in Microcystis and Geitlerinema. Therefore, the initial hypothesis of horizontal transfer was rejected. Some strains were found to have divergent positions between the trees based on the two molecular markes, witch highlights the importance of using more than one marker in phylogenetic studies. The PC-IGS marker performed better than 16S-23SITS rDNA. The Geitlerinema phylogenetic trees based on both markers indicated the occurrence of cryptic species among the strains and corroborated that G. amphibium and G. unigranulatum should be treated as synonyms. The phylogenetic tree based on PC-IGS formed a monophyletic clade... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Comparação filogenética de genomas de rizóbios por hibridização através de microarray /

Pereira, Rodrigo Matheus. January 2007 (has links)
Orientadora: Eliana Gertrudes Macedo Lemos / Banca: Maria José Valarini / Banca: Haroldo Alves Pereira Junior / Banca: Lúcia Maria Carareto Alves / Banca: João Martins Pizauro Junior / Resumo: Diversos estudos com bactérias fixadoras de nitrogênio buscam identificar genes responsáveis pela fixação de nitrogênio, nodulação e simbiose, assim como conhecer seu genoma e compreender melhor o metabolismo delas. No entanto ainda há poucos trabalhos sobre o genoma de Bradyrhizobium elkanii, bactéria importante no contexto da produção de alimentos e de utilização comercial. Esse é o primeiro estudo a comparar 2654 genes de Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587, com as bactérias Bradyrhizobium japonicum LGM 6138, Azorhizobium caulinodans LGM 6465, Mesorhizobium huakuii LGM 14107, Rhizobium leguminosarum bv. Trifolii LGM 8820 e Sinorhizobium meliloti LGM 6133 através da comparação de genomas por hibridização (CGH) usando Microarray. Portanto o objetivo deste trabalho foi realizar uma taxonomia molecular através da comparação de genomas por hibridização DNA-DNA, utilizando a tecnologia de microarranjos de DNA (CGH Microarray), para buscar novos genes que possam ser úteis na classificação filogenética de rizóbios. A técnica de CGH Microarray permitiu encontrar sessenta e cinco genes comuns entre todas as bactérias analisadas, após realizar comparação e classificação de todos genes encontrados em comum entre elas. Os resultados obtidos ao se comparar três árvores filogenéticas baseadas em diferentes genes, confirmaram que alterar a quantidade e as sequências nas análises, causa variação nas árvores filogenéticas como já observado em outros microrganismos ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Diverse studies with fixing nitrogen bacteria search to identify responsible genes for the nitrogen fix, nodulation and symbiosis, as well as knowing its genome and understanding the metabolism of them better. However still has few works about genome of Bradyrhizobium elkanii, important bacterium in the context of the production of foods and commercial use. This is the first study to compare 2654 genes of Bradyrhizobium elkanii SEMIA 587, with the bacteria Bradyrhizobium japonicum LGM 6138, Azorhizobium caulinodans LGM 6465, Mesorhizobium huakuii LGM 14107, Rhizobium leguminosarum bv. Trifolii LGM 8820 and Sinorhizobium meliloti LGM 6133 through the CGH Microarray. Therefore aim of this work was to carry a molecular taxonomy through the comparison of genomes for hybridization DNA-DNA, being used the technology of microarrangements of DNA (CGH Microarray), to search new genes that can be useful in the phylogenetic classification of rhizobia. The technique of CGH Microarray allowed to find sixty and five orthologs genes between all the analyzed bacteria, after to carry through comparison and classification of all genes in common between them. The results gotten to if comparing three established phylogenetic trees in different genes, had confirmed that to modify the amount and the sequences in the analyses, cause variation in the phylogenetic trees as already observed in other microorganisms. The results suggest that how much bigger will be the number of used ortholog genes in the phylogeny, more trustworthy will be the gotten phylogenetic trees ...(Complete abstract, click electronic access below) / Doutor
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Caracterização molecular de espécies da família Anaplasmataceae em leucócitos e plaquetas de cães de Jaboticabal-SP e de Campo Grande-MS /

D'agnone, Ana Silvia. January 2006 (has links)
Orientador: Rosangela Zacarias Machado / Banca: Matias Pablo Juan Szabó. / Banca: Mirela Tinucci Costa. / Banca: Odilon Vidotto / Banca: Rodrigo Martins Soares / Resumo: Este estudo foi realizado objetivando-se detectar e identificar a presença de material genômico de agentes pertencentes à Família Anaplasmataceae em 55 cães com inclusões citoplasmáticas encontrados em células leucocitárias granulocíticas, monocíticas e plaquetas, compatíveis com infecção por Ehrlichia canis, E. chaffeensis, E. ewingii, A. phagocytophilum, A. platys ou Neorickettsia risticii. A ocorrência natural de Babesia canis também foi avaliada pois vetor Rhipicephalus sanguineus, é o principal carrapato encontrado em cães no Brasil. Também objetivou-se realizar, através da utilização de técnicas de Seqüenciamento de um fragmento do gene 16S rRNA, a caracterização parcial dos fragmentos das amostras positivas encontradas neste estudo, e comparar as seqüências dos fragmentos obtidos com as seqüências apresentadas previamente no GenBank, iniciando a realização de estudos filogenéticos das seqüências encontradas. Amostras de sangue foram colhidas de 25 e 30 cães atendidos nos Hospitais Veterinários da Universidade Estadual Paulista-Unesp, Câmpus de Jaboticabal-SP e Universidade para o Desenvolvimento do Estado e da região do Pantanal-UNIDERP, Campo Grande- MS, respectivamente. Dentre as inclusões citoplasmáticas encontradas neste estudo foi observado uma grande diversidade na morfologia, tamanho, coloração e localização das inclusões. DNA de agentes Família Anaplasmataceae foram detectados em 45/55 das amostras sangüíneas examinadas (81,8%), sendo destas 32 (58,18%) e 13 (23,63%) positivas para Ehrlichia canis e Anaplasma platys, respectivamente. Dez animais que foram incluídos neste estudo por apresentarem inclusões citoplasmáticas foram negativos quando uma segunda confecção de esfregaço de papa leucocitária corada pelo Giemsa foi realizada, e também... (Resumo completo, clicar aesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study was to evaluate the natural occurrence of Anaplasmataceae agents (Ehrlichia canis, E. chaffeensis, E. ewingii, A. phagocytophilum, A. platys and Neorickettsia risticii) using molecular techniques. For this purpose a group of fifty-five supposedly infected dogs from two different Brazilian states (São Paulo and Mato Grosso do Sul) that showed suggestive Anaplasmataceae agent intracitoplasmic inclusions in white blood cells and platelets were analysed. The natural occurrence of Babesia canis was also evaluated, because its vector is also Brazilian dog tick, Rhipicephalus sanguineus. Sequencing of a partial phragment of 16S rRNA gene from the positive samples were performed to conduct phylogenetic study. The evaluated blood cells of the studied dog population displayed a wide variety in shapes, sizes, stain pattern and localization of the inclusions. Anaplasmataceae DNA were amplified in 45/55 (81.8%) examined blood samples. Thirty-two samples were positive for E. canis (58.18%) and thirteen for Anaplasma platys (23.63%). Ten animals were negative by PCR and an analyses of a second Buffy coat smear. The obtained nucleotide sequences were analysed for similarity of the 16S rRNA gene sequence using Blast with other sequences available in the GenBank database. The sequences obtained from E. canis positive were closely related to E. canis from Spain (Acession number AY 394465) presenting an identity percentage of between 94.82% and 99.67%. Sequences from Anaplasma sp and Anaplasma platys positive samples were closely related to A. platys from Venezuela (Genbank Acession number AF 399917) presenting an identity betwwen 96.52% and 99.69%, and A. platys from Spain (Genbank Acession number AY 530 806\0 presenting... (Complete abstract, click electronic access below) / Doutor

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