Orientador: João Aristeu da Rosa / Banca: João Aristeu da Rosa / Banca: Eunice Aparecida Bianchi Galati / Banca:Maria Tercilia Vilela de azeredo Oliveira / Resumo: A doença de Chagas tem como agente etiológico o protozoário Trypanosoma cruzi, cujos vetores pertencem à subfamília Triatominae. Os triatomíneos distribuem-se distribuídos por toda região Neotropical e epidemiologicamente se destacam as espécies dos gêneros Panstrongylus, Rhodnius e Triatoma. O gênero Triatoma é o mais numeroso e foi subdividido em complexos específicos de acordo com semelhanças morfológicas e distribuição geográfica de suas espécies. As sete espécies estudadas podem ser encontradas na região Centro-Oeste do Brasil, das quais seis pertencem ao subcomplexo matogrossensis (T. baratai, T. costalimai, T. guazu, T. matogrossensis, T. vandae e T. williami). A outra espécie, T. sordida pertence ao subcomplexo sordida. O objetivo deste estudo foi determinar a posição filogenética das sete espécies ocorrentes na região Centro-Oeste, por meio de comparação das sequências dos fragmentos citocromo b e 16S do DNA mitocondrial, visto que até o momento não foi determinada a posição de T. baratai e T. vandae com base em dados moleculares. Os exemplares avaliados são oriundos de colônias mantidas junto ao Insetário de Triatominae da Faculdade de Ciências Farmacêuticas/UNESP - Araraquara. Após a extração do DNA genômico e da amplificação dos fragmentos 16S e Cytb, procedeu-se o sequenciamento do DNA em sqüenciador automático, modelo ABI 377. As sequências obtidas juntamente com outras sequências (do mesmo fragmento) já disponíveis no GenBank, foram alinhadas com auxílio do programa Clustal W do BioEdit e as inferências filogenéticas foram conduzidas utilizando-se análises de parcimônia e de distância com o programa MEGA 3.1. De acordo com os resultados encontrados, T. costalimai mostrou-se mais distante das demais espécies e foi posicionada como grupo externo. As outras espécies distribuíram-se em dois grupos:.. (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The protozoan Trypanosoma cruzi, the etiologic agent of Chagas' disease, is transmitted by vectors that belong to the subfamily Triatominae. The triatomines are distributed throughout the Neotropical region and species from Panstrongylus, Rhodnius and Triatoma genus stand out epidemiologically. The Triatoma genus is the largest and was divided in specific complexes according to morphological similarities and geographical distribution of its species. The seven species studied can be found in the Central West Region of Brazil, of which six belong to the matogrossensis subcomplex (T. baratai, T. costalimai, T. guazu, T. jurbergi, T. matogrossensis, T. vandae and T. williami). The other specie, T. sordida belong sordida subcomplex. The aim of this study was to determine the phylogenetic position of the seven species from Central West Region by comparing the 16S and Cytb fragments sequences of the mitochondrial DNA, since so far not been given the position of T. baratai and T. vandae based DNA sequences. The specimens evaluated came from colonies maintained at the Insectarium of Triatominae, Faculdade de Ciências Farmacêuticas / UNESP - Araraquara. After extraction of genomic DNA and amplification of the 16S and Cytb fragments, it was sequenced in an automatic DNA sequencer, model ABI 377. The sequences obtained and other sequences (of the same fragment) already available in GenBank were aligned using the Clustal W program of BioEdit and the phylogenetic inferences were conducted using the analysis of parsimony and distance with the MEGA 3.1 program. According to the results, T. costalimai was more distant from other species and was placed as an outside group. Other species are distributed in two groups, the first comprising the species T. vandae very close to T. matogrossensis and external of these, T. sordida. The second group includes T. guazu strongly related to T. williami... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: João Aristeu da Rosa / Banca: João Aristeu da Rosa / Banca: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Eunice Aparecida Bianchi Galati / Resumo: Atualmente são admitidas 143 espécies da subfamília Triatominae que estão agrupadas em 18 gêneros e seis tribos. Essa classificação baseia-se principalmente em características morfológicas. Dentre essas espécies temos Triatoma rubrovaria, que pode ser encontrado no Estado do Rio Grande do Sul (Brasil), Uruguai e em algumas regiões da Argentina. Algumas espécies de Triatominae apresentam coloração e características morfológicas semelhantes, o que dificulta a identificação dos exemplares. Ferramentas como a morfometria, citogenética, retrocruzamentos e técnicas de biologia molecular são metodologias importantes para a identificação dessa subfamília. Estudos morfométricos prévios realizados com três populações de T. rubrovaria mantidas no Insetário de Triatomíneos do Laboratório de Parasitologia da Faculdade de Ciências Farmacêuticas revelaram a existência de diferenças morfométricas estatisticamente significativas entre a colônia de Caçapava do Sul (CS) e as duas colônias de Quaraí (QI e QII). Diferenças no padrão de cor do pronoto entre as três populações também foram observadas. A fim de avaliar a variabilidade genética dessas populações, analisaram-se as seqüências nucleotídicas do Citocromo B (Cyt B) e 16S, pertencentes ao DNA mitocondrial e o 28S, ao DNA nuclear. Dentre os marcadores utilizados, o Cyt B apresentou maior variabilidade, seguido do 28S e 16S, respectivamente. Devido ao seu maior polimorfismo o Cyt B mostrou-se um marcador eficaz para estudos de variabilidades ...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Currently 143 species of the subfamily Triatominae, grouped into 16 genera and 6 tribes are recognized. This classification is mainly based on morphological characteristics. These species include Triatoma rubrovaria, which can be found in the state of Rio Grande do Sul (Brazil), Uruguay and some regions of Argentina. Some species of Triatominae have similar color and morphological characteristics, which complicates the identification of specimens. Morphometry, cytogenetics, backcrossing and molecular biology techniques are important methods for the identification of this subfamily. Previous morphometric studies carried out on three populations of T. rubrovaria maintained in the Insetário de Triatomíneos do Laboratório de Parasitologia of the Faculdade de Ciências Farmacêuticas have revealed the existence of statistically significant morphometric differences among the colony from Caçapava do Sul (CS) and the two colonies from Quaraí (QI and QII). Differences were also observed in the color patterns of the pronotum among the three populations. The sequences of Cytochrome B (Cyt B) and 16S, belonging to the mitochondrial DNA and 28S, the nuclear DNA, were analyzed to assess the genetic variety of these populations . The Cyt B showed the greatest variability, followed by 28S and 16S. It was concluded that Cyt B is the best marker for effective studies of population variability by virtue of its grater polymorphis ...(Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Resumo: Estratégias para reduzir o aquecimento da Terra e aumentar a produção animal requerem novos sistemas, onde devem ser consideradas as emissões de metano e de outros gases que possam provocar danos ao meio ambiente. O objetivo deste trabalho foi a mensuração da produção de metano por arquéias e aplicação da metagenômica para detecção destas na fração sólida do conteúdo ruminal. Para a análise da produção de metano foi colhido o conteúdo ruminal seguido do preparo da solução a ser fermentada e armazenamento dos gases. A amplificação da região 168 rDNA foi obtida por PCR e a seguir foram feitas clonagem, seqüenciamento e análise das seqüências pelos programas "Sequencing Analysis 3.4" e Phred/Phrap/Consed, submetendo-as ao programa BLA8T. Maiores produções de metano e relações acetato:propionato foram observadas nos tratamentos contendo 70% de volumoso. As análises do BLA8T permitiram identificar nos tratamentos com 70% e 30% de feno, 96 seqüências relacionadas à família Methanobacteriaceae, 47 seqüências a arquéias não cultiváveis e 60 seqüências foram de arquéias desconhecidas (T1), 125 seqüências relacionadas à família Methanobacteriaceae, 42 seqüências a arquéias não cultiváveis e 32 seqüências foram de arquéias não conhecidas (T2). Para os tratamentos feitos com 70% e 30% de silagem de milho, foram observadas 30 seqüências referentes à família Methanobacteriacea, 18 seqüências à família Methanomicrobiacea, 43 seqüências a arquéias não cultiváveis e 118 seqüências foram de arquéias desconhecidas (T3) e 173 seqüências referentes à família Methanobacteriacea, 31 seqüências a arquéias não cultiváveis e 25 seqüências foram de arquéias desconhecidas (T4). As análises deste experimento mostraram variação na produção de metano quanto às diferentes proporções V:C e a metagenômic... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Strategies to reduce the Earth worming and raise animal production require new systems, where it must be considered methane and other gases emission that might cause environmental damages. The aim of this work was to evaluate the archaea methane production and the metagenomic evaluation of these bacteria present on the solid phase of the bovine ruminal content. For methane production analysis the ruminar content was collected followed by the proper manipulation for the fermentation process to take place and produced gas storage. The ribosomal 16S rRNA region was obtained by PCR amplification which was followed by cloning and DNA sequencing. The data was later analyzed by the software Sequencing Analysis 3.4, Phred/Phrap/Consed and BLAST. The highest methane production and acetate:propionate ratios were observed for the treatments containing 70% of roughage. The BLAST analysis allowed to identify 96 DNA sequences related to the Methanobacteriaceae family, 47 DNA sequences related to unculturable archaea and 60 DNA sequences were related to unknown archaea (T1), 125 DNA sequences related to Methanobacteriaceae, 42 DNA sequences do unculturable archaea and 32 DNA sequences were considered related to unknown archaea (T2) for the treatments containing 70% and 30% of hay. For those containing 70% and 30% of com silage it was possible to detect 30 DNA sequences related to Methanobacteriaceae, 18 DNA sequences related to Methanomicrobiaceae, 43 sequences related to unculturable archaea, 118 DNA sequences related to unknown archaea (T3) and 173 DNA sequences related to Methanobacteriaceae, 31 sequences related to unculturable archaea, and 25 to unknown archaea (T4). The analysis carried out in this experiment have shown a variation of the methane production as different R:C ratio were used and metagenomic with the rDNA conserved region together with archaea taken from the ruminal content DNA... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Manoel Victor Franco Lemos / Coorientadora: Jane Maria Bertocco Ezequiel / Banca: Maria Isabel da Silva / Banca: Raul Franzolin Neto / Banca: Janete Apparecida Desidério Sena / Banca: Mauro Dal Secco de Oliveira / Doutor

Resumo: As plantas daninhas da família Poaceae são as principais plantas que infestam a cultura de cana-de-açúcar. As espécies de gramíneas conhecidas por capim-colchão, estão entre as de maior ocorrência nas lavouras de cana-de-açúcar no Brasil. Atualmente o uso do controle químico está sendo o mais empregado para controle de Digitaria, porém há alguns relatos de falha no controle, principalmente com referência a herbicidas pertencentes ao grupo das triazinas, que bloqueiam a cadeia fotossintética, no fotossistema. As técnicas moleculares estão sendo bem recomendadas para análise da diversidade genética em plantas daninhas. Para a caracterização molecular vinte iniciadores foram utilizados para o RAPO e, para o PCR¬RFLP utilizou-se de dois iniciadores específicos P1 e P2 e a enzima de restrição Mael. O seqüenciamento foi realizado com o amplicom produzido com os iniciadores P1 e P2. Para o tratamento químico utilizou-se a ametrina. Com isso, esse trabalho teve como objetivos: caracterizar dez acessos de Digitaria spp. por marcadores RAPO e PCR¬RFLP, sequenciar uma região conservada do gene psbA e verificar possíveis associações entre o polimorfismo desse gene e a resposta fenotípica à ametrina. Pela análise molecular não houve variabilidade genética entre os acessos e todos apresentaram a mesma resposta fenotípica ao herbicida utilizado. Com esses resultados, concluiu-se que o capim-colchão dos dez acessos estudados pertence à espécie Digitaria nuda e não foi observada relação entre a ocorrência de polimorfismo e a suscetibilidade à ametrina, provavelmente porque todos os acessos estudados foram controlados na dose recomendada do herbicida. / Abstract: The weed of family Peaceae are the most important infesting sugarcane crop plants. The gramineous species known as crabgrass are among the ones with high occurrence in Brazil sugarcane crop. Presently the use of chemical control is being the most common way used for the control of Digitaria, but with few controlling occurrences fails, with emphasis for those herbicides belonging to triazine group which block the photosynthetic chain at the photosystem II leveI. Molecular techniques are being recommended for the analysis of the genetic diversity such weed. For the molecular characterization twenty primers were used for RAPO and for the PCR¬RFLP a set of two specific primers P1 and P2 were used together with restriction enzyme Mael. The ONA sequencing was performed with an amplicon sample produced with the primers P1 and P2. For the chemical treatment control ametryn was selected. Thus this work had objectives as follows: to characterize ten accessions of Digitaria spp. by RAPO and PCR-RFLP markers, and to sequence a conserved region of the psbA gene so as to investigate the possible polymorphic associations of this gene in response to the phenotypic response to ametryn. For the molecular analysis it did not have genetic variability among the accessions and all had presented the same phenotypic response to the used herbicide. Based on the obtained results, it is concluded the crabgrass that ten collected accessions belong to the species Digitaria nuda, and it was not observed any relation among the polymorphism and susceptibility to ametryn probably because all the studied accessions had been controlled in the recommended dose of the herbicide. / Orientador: Janete Apparecida Desidério Sena / Coorientador: Pedro Luís da Costa Aguiar Alves / Banca: Robinson Antonio Pitelli / Banca: Josélia Oliveira Marques / Banca: Nubia Maria Correia / Banca: José Eduardo Garcia / Doutor

Resumo: A traça-das-crucíferas (Plutella xylostella) é uma praga que ataca culturas de brássicas, causando enormes prejuízos econômicos aos agricultores. O aparecimento de populações resistentes a inseticidas tem dificultado seu manejo, fazendo-se necessário a busca por alternativas de controle que viabilizem a economia do custo de produção, preservando o ambiente de inseticidas químicos em altas doses. As plantas possuem um mecanismo constitutivo de resistência que atua na sua defesa frente às diferentes adversidades bióticas e abióticas, o que representa altos gastos metabólicos. O mecanismo de resistência pode ser melhorado com a indução de resistência por um ou mais elicitores, como é o caso das bactérias promotoras de crescimento. O objetivo deste estudo foi detectar sequências gênicas expressas em resposta à indução de resistência de repolho à traça das crucíferas. A bactéria utilizada como indutora das respostas de defesa foi a Kluyvera ascorbata devido à ação já descrita anteriormente com repolho e traça-das-cruciferas, onde ficou evidente sua influência na defesa contra essa praga. Por meio do sequenciamento de cDNA foi possível identificar uma significativa alteração no metabolismo de plantas que abrigavam esta bactéria, suprimindo da ação de muitos genes, durante o processo de defesa da planta contra o estresse causado pela injúria de lagartas de P. xylostella / Abstract: The diamondback moth Plutella xylostella is a pest that attacks brassics causing great economic losses to the growers. The rise of resistant populations to the chemical insecticides imposes difficulties on this pest management, so the search of other ways to overcame this situation became quite relevant so as to help to reduce production costs and at the same time avoiding the use of high dosage of the commonly used pesticides. Plants exhibit a constitutive resistance mechanism that acts favoring their defense towards biotic and abiotic stress situations, which involves high metabolic energetic challenges. The defense mechanisms may be improved with the induction of resistance by a number of different elicitors, such as the use of plant growth promoting bacteria. The aim of the present work was to detect plant gene sequences in response to cabbage resistance induction against the diamondback moth. Kluyvera ascorbata was used to induce the plant's growth promotion elicitor due to previously described influence. Analyzing DNA sequencing procedures from cDNA library samples, it was possible to observe drastic differences on the plants metabolism when such bacteria was used, either by suppressing the action of several genes while the plant's defense mechanisms was in action against injuries caused by P. xylostella larvae / Orientador: Manoel Victor Franco Lemos / Coorientador: Robson Thomaz Thuler / Banca: Janete Apparecida Desidério Sena / Banca: João Roberto Spotti Lopes / Mestre

Orientador: Nídia Alice Pinheiro / Banca: Elaine Sbroggio de Oliveira Rodini / Banca: Daniel Araki Ribeiro / Resumo: O câncer gástrico é o quarto tipo mais comum e o segundo em mortalidade. Apesar da diminuição do número de casos nos últimos tempos ainda é um grande problema mundial. E mais, sua associação com o Helicobacter pylori (HP) está cada vez mais preocupante, devido à alta prevalência de cepas patogênicas dessa bactéria. Além disso, mutações em genes que agem no ciclo celular podem levar ao câncer. O gene que codifica a proteína p53 é responsável pelo reparo de lesões no DNA durante o ciclo celular funcionando como um regulador transcricional. Quando o reparo não é viável a proteína p53 induz a entrada da célula danificada em apoptose. Mutações mais freqüentes ocorrem nos exons 5, 6, 7 8 e 9. No atual trabalho investigou-se a possível associação da mutação no gene p53, correlação com presença da cepa patogênica CagA+ e estadiamento do tumor. Foram estudadas 55 amostras de câncer gástrico extraídas por biópsia durante gastrectomia. PCR foi utilizada para os exons 5 ao 9, análise de mutação por sequenciamento automático e dados clínicos foram coletados incluindo infecção por Helicobacter pylori/CagA+. Trinta e dois casos apresentaram mutações em p53 sendo que 6 deles apresentaram mutação em mais de um exon. 53% apresentaram-se infectados por HP CagA+. 87% dos pacientes estavam em estadiamento avançado do tumor (II, III e IV) e 80% eram do tipo intestinal. Quanto a correlação de p53 e cagA+ a casuística é relativamente pequena, e assim a correlação de p53 e cagA não foi vista. Os resultados confirmam a relevância das mutações em p53 e da presença da cepa patogênica CagA nos casos de câncer gástrico, contudo estudos devem ser realizados com um maior número amostral. Neste caso, o uso da p53 mutada pode ser utilizada em diagnóstico indicando, assim um melhor tratamento, desde que há casos em que sua alteração impõe resistência... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The gastric cancer is the fourth most common type and the second in mortality. Despite the decrease in the number of cases in recent times is still a major problem worldwide. Moreover, its association with Helicobacter pylori (HP) is increasingly worrying, because of the high prevalence of pathogenic strains of this bacterium. Furthermore, mutations in genes that act in the cell cycle can lead to cancer. The gene encoding the p53 protein is responsible for repair of lesions in DNA during cell cycle working as a transcriptional regulator. When the repair is not viable in the p53 protein induces the entry of the cell into apoptosis damaged. Change frequently occur in exons 5, 6, 7 8 and 9. In the current work investigated is the possible association of the mutation in the p53 gene, correlation with the presence of pathogenic strain CagA + and staging of the tumor. We studied 55 samples of gastric cancer extracted by biopsy taken during gastrectomy. PCR was used to the exons 5 to 9, analysis of mutation by sequencing automatic and clinical data were collected including infection by Helicobacter pylori / CagA +. Thirty-two patients had mutations in p53 is that 6 of them had more than one mutation in exon. 53% showed up infected HP CagA +. 87% of the patients were in advanced staging of the tumor (II, III and IV) and 80% were of the intestinal type. As the correlation of p53 and cagA + the casuistic is relatively small, and thus the relationship of p53 and cagA was not seen. The results confirm the relevance of mutations in p53 in the presence of pathogenic strain CagA in cases of gastric cancer, but studies must be conducted with greater sample. In this case, the use of p53 mutant can be used in diagnosis indicating thus a better treatment, since there are cases where its amendment requires resistance to certain types of treatment, regardless of the presence of H pylori... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Clarice Queico Fujimura Leite / Banca: Luiz Augusto do Amaral / Banca: Daisy Nakamura Sato / Banca: Susana Correa de Matos David / Banca: Mariza Landgraf / Resumo: Micobacterias ambientais (MA) ou micobactérias não-tuberculosas (MNT) estão relacionadas a uma grande variedade de doenças em seres humanos. As micobactérias ambientais são saprófitas comumente encontradas em todos os ecossistemas, incluindo água, solo, alimento, poeira e aerósóis. Particularmente, essas micobactérias podem se multiplicar em diferentes fontes de águas, como por exemplo águas de superfície, recreação, residuais, subterrâneas e de torneiras. Sistemas de encanamentos fornecedores de águas são rapidamente colonizados por micobactérias e assim os biofilmes formados nos canos d'água servem como fontes desses microrganismos. Micobactérias são resistentes contra a maioria dos desinfetantes usuais e podem tolerar grandes variações de pH e temperatura, o que lhes permite a permanência nos sistemas de distribuição de água por longos períodos de tempo. O objetivo desse estudo foi isolar e identificar MNT de amostras de água e biofilmes na canalização de água de uma fazenda produtora de leite de búfalas na região de São Carlos-SP e também avaliar a qualidade da água da propriedade por meio da contagem de microrganismos heterotróficos, coliformes totais e termotolerantes e Staphylococcus aureus.Das amostras analisadas, 90,5% das amostras foram classificadas como fora dos padrões em relação a coliformes totais e 69% foram classificadas como fora dos padrões em relação a coliformes termotolerantes. Trinta e duas amostras (76,3%) de um total de 42(100%) apresentaram populações acima de 500 UFC/mL para bactérias heterotróficas. S.aureus foram isolados em 9 amostras (32,14%) de um total de 28(100%). De um total de 33 (100%)MNT isoladas nesse trabalho, 12 (36,36%) foram isoladas de biofilmes presentes nos encanamentos de água da propriedade. Esses isolados foram posteriormente identificados usando a técnica do PRA (PCR- restriction enzyme... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Environmental mycobacteria (EM) or nontuberculosis mycobacteria (NTMs) are implicated in a variety of human diseases. They are common saprophytes in all ecosystems, including water, soil, food, dust, and aerosols. In particular, EM species can multiply in numerous water sources, including wastewater, surface water, recreational water, ground water, and tap water. Piped water supplies are readily colonized by mycobacteria, and thus the biofilm in the water pipes may serve as a reservoir for these organisms. Mycobacteria are resistant against common disinfectants and can tolerate wide ranges of pH and temperature, which allows them to persist in drinking water systems for long periods of time.The aim of this study was to isolate and identify NTMs from water samples and biofilms from a dairy buffalo farm in São Carlos city, State of Sao Paulo and to evaluate the water quality of the farm using heterotrophic, faecal and total coliforms count plates. Results showed that 90.5% of the samples were considered as being out of the standards related to total coliforms and 69% of the samples were classified as being out of the standards related to faecal coliforms. From a total of 42 (100%) samples, 32 (76,3%) presented populations above of 500 CFU/mL for heterotrophic bacteria. S.aureus were isolated in 9 samples (32,14%) from a total of 28(100%).Out of 33(100%) NTMs isolated in this work, 12 (36,36) were isolated from biofilms in water pipes. These isolates were further identified using PRA (PCR- restriction enzyme analysis), as well as 16S rDNA and hsp65 DNA sequencing, and mycolic acids by thin layer chromatography (TLC). Twenty-eighty species (84,84%) were identified as M. gordonae (18 isolates from water samples and 10 from biofilms), 2 (2,06%) M. lentiflavum (biofilms), 2 (2,06%)... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Resumo: O alho é propagado através de bulbilhos, prática que favorece a perpetuação de patógenos, especialmente os vírus. Pode ser infectado por vírus pertencentes aos gêneros Allexivirus, Carlavirus e Potyvirus. Garlic common latent virus (GarCLV) e Shallot latent virus (SLV) são os principais carlavirus encontrados em alho no mundo. No Brasil, existem poucas informações sobre as espécies de carlavirus ocorrendo em alho, de modo que os objetivos do trabalho foram realizar levantamento visando determinar a ocorrência de carlavirus em algumas regiões produtoras do País, caracterizar e identificar através de técnicas biológicas e moleculares os isolados obtidos. Novecentas e dezenove amostras foram coletadas nos estados de São Paulo, Paraná, Goiás e Minas Gerais. Através do teste de ELISA, 560 foram positivas somente para potyvirus, 53 verificou-se a infecção pelo complexo entre GarCLV e potyvirus, sete foram positivas para SLV e potyvirus, duas positivas para GarCLV e uma para SLV. Cento e oito amostras foram negativas para os testes realizados. Alguns isolados de GarCLV foram inoculados mecanicamente, utilizando extrato vegetal, em plantas de Chenopodium amaranticolor, Celosia argentea, C. murale, C. quinoa, Nicotiana occidentalis, Gomphrena globosa, Allium tuberosum (cebolinha japonesa), Allium porrum (alho-porro) e Allium fistulosum (cebolinha). A presença de anéis cloróticos e mosaico foram observados em plantas de Celosia argentea, pontos cloróticos em Nicotiana occidentalis e lesões locais em Chenopodium quinoa. 2 Os oligonucleotídeos universais e específicos para GarCLV foram eficientes para detecção de vírus. Quatorze isolados foram sequenciados, indicando se tratar de isolados de GarCLV. A identidade de nucleotídeos entre os isolados de GarCLV foram de 87% a 97% comparadas com sequências depositadas no GenBank. Pela primeira vez no Brasil, foi detectado... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Garlic is propagated by bulbs, practice that favors the transmission of pathogens, especially viruses. Garlic can be infected by viruses belonging to the genus Allexivirus, Carlavirus and Potyvirus. Garlic common latent virus (GarCLV) and Shallot latent virus (SLV) are the most important carlavirus species infecting garlic around the world. In Brazil there is no information about the species of carlavirus occurring in garlic, so the objective of this work was to evaluate the occurrence of carlavirus in some producing regions of Brazil and to identify and characterize the isolates by molecular and biological techniques. Nine hundred and nineteen samples were collected in the states of São Paulo, Paraná, Goiás and Minas Gerais. Through the ELISA test, 560 were positive for the presence of potyvirus, 53 were infected with GarCLV and potyvirus, seven were infected with SLV and potyvirus, two by GarCLV, and one for SLV. One hundred and eight samples were negative for the presence of viruses. 4 Some GarCLV isolates were inoculated by sap transmission on Chenopodium amaranticolor, Celosia argentea, C. murale, C. quinoa, Nicotiana occidentalis, Gomphrena globosa, Allium tuberosum Allium porrum and Allium fistulosum. The presence of rings spots and mosaic were observed on Celosia argentea, chlorotic spots on Nicotiana occidentalis and chlorotic local lesions on C. quinoa. The universal oligonucleotides for carlavirus and the specifics for GarCLV were efficiently used for the detection of the viruses. Fourteen isolates were sequenced, indicating the presence of GarCLV species. The identity of nucleotides between the GarCLV isolates was of 87% to 97% compared to the sequences deposited in GenBank. SLV was detected for the first time in Brazil on samples collected in São Manuel and Piraquara. The nucleotide identity of the complete CP sequence was of 90% to 99% compared to the sequences... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Marcelo Agenor Pavan / Coorientador: Renate Krause Sakate / Banca: Antonio Carlos Maringoni / Banca: Valdir Atsushi Yuki / Mestre

Orientador: Maria Elisabete Jorge Amaral / Banca: Humberto Tonhati / Banca: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Banca: Beatriz da Costa Aguiar Alves Reis / Banca: Luciane Madureira de Almeida / Resumo: O crescimento da população bubalina em território brasileiro está relacionado ao interesse dos produtores nesse animal, como uma alternativa para a produção de carne, leite e seus derivados. Diante deste panorama, torna-se necessário o aprimoramento de programas de melhoramento genético, visando a seleção de animais geneticamente superiores para a reprodução. Por essa razão, o conhecimento do genoma da espécie é de extrema valia para o setor, uma vez que gera informações necessárias à identificação e avaliação de genes associados com características de interesse econômico. Desse modo, o presente trabalho envolveu a construção de uma nova ferramenta genômica para búfalo, denominada biblioteca BAC, a qual permitirá um novo direcionamento nos estudos moleculares do genoma bubalino, destacando-se a definição da estrutura e organização de genes de interesse econômico, fornecendo informações em nível de seqüência de DNA para o entendimento dos mecanismos e regulação dos mesmos. Com a disponibilidade dessa ferramenta, as primeiras regiões a serem caracterizadas serão aquelas que contêm genes de interesse econômico, as quais se destacam as regiões com genes relacionados com produção e qualidade do leite, regiões com genes relacionados com resposta imune e adaptativa, e regiões com genes da família das lipocalinas, os quais estão envolvidos com características de produção e reprodução. Porém, para que esses genes possam ser caracterizados por meio da biblioteca BAC de búfalo, há a necessidade de gerar marcadores para identificar e isolar clones específicos para esses genes. Marcadores derivados do genoma bovino têm sido utilizados com sucesso em estudos de mapeamento do genoma bubalino, os quais podem ser uma fonte importante de marcadores. Porém, para famílias gênicas, há a necessidade da geração de marcadores específicos para búfalo... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The increase of the buffalo population in Brazil is the result of the great interest of the producers as an alternative source for the production of meat, milk and dairy products. Thus, it becomes necessary genetic improvement programs more effective, in order to select genetically superior animals for breeding. The knowledge of the buffalo genome is valuable in this regard, since it generates information to identify and evaluate genes associated with economically traits. In this project we constructed a new genomic tool for buffalo - a genomic BAC library - which can be used in molecular studies of buffalo genome especially those related with the definition of the molecular structure and organization of economically important genes. Once this genomic tool is available, the first target regions of the buffalo genome to be characterized are those containing genes related to milk production, adaptive and innate immune response, and regions lipocalin genes involved in reproduction and production traits. However, to characterize these regions using the BAC library is necessary to have molecular markers to be able to identify and isolate the specific clones. Markers derived from the bovine genome have been successfully used in buffalo genome mapping studies, showing to be an important source of markers. On the another hand, for those genes found in the genome as gene families, there is a need for buffalo specific markers. The evaluation of new markers will contribute to the characterization of those target regions of the buffalo genome, providing information about the genomic architecture of this specie when compared with other bovid / Doutor

Orientadora: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Banca: Maria José Valarini / Banca: Miguel Luis Menezes Freitas / Banca: João Martins Pizauro Junior / Banca: Leandro Borges Lemos / Resumo: A diversidade genética de quinze estirpes de rizóbios isoladas do feijoeiro, provenientes de várias localidades do Brasil e da Venezuela, foi determinada pelo seqüenciamento do gene 16S rRNA. Selecionaram-se as duas melhores estirpes de cada país, com base em nodulação, produção de massa seca e de nitrogênio total em plantas de feijão, e compararam-se as suas produtividades e nodulação no feijoeiro, com duas estirpes comerciais, CIAT-899 e PRF-81, em um solo Latossolo Vermelho-Escuro da região de Jaboticabal SP. Determinou-se ainda a diversidade genética das populações nativas do solo e das quatro estirpes, pelo seqüenciamento do espaço intergênico, entre os genes 16S e 23S rRNA. Experimentos foram conduzidos em blocos casualizados com três repetições, em casa de vegetação, na UNESP, em 2007. O primeiro foi realizado em tubetes com vermiculita e quinze tratamentos: sete diluições seriadas do solo de 10-1 a 10-7, as quatro estirpes, as comerciais e duas testemunhas com e sem nitrogênio. Das colônias isoladas extraiu-se o DNA genômico e realizou-se o seqüenciamento do espaço intergênico. O segundo experimento foi realizado em vasos contendo solo e treze tratamentos: as quatro estirpes isoladamente e misturadas com a estirpe PRF- 81, as comerciais, a mistura delas, e duas testemunhas com e sem nitrogênio. Houve coincidência entre os marcadores moleculares do gene 16S rRNA e o espaço intergênico na identificação das espécies. Encontraram-se estirpes tão produtivas quanto as comercias. A mistura com a estirpe PRF-81 não incrementou a produtividade e produziu um efeito antagônico com a estirpe LBMP-12BR. A população nativa do solo foi identificada como Rhizobium sp., sendo ineficiente na fixação de nitrogênio. Há estirpes promissoras que mostram uma resposta diferencial quando são misturadas nos inoculantes. / Abstract: The genetic diversity of 15 rhizobia strains isolated from common beans grown in Brazil and Venezuela was determined by sequencing the 16S rRNA gene. Two strains were selected from each country for further study based on nodulation, dry weight, and total nitrogen in the common bean plants, and productivity and nodulation on the common bean of these strains were evaluated in Latossolo Vermelho Escuro soil of Jaboticabal SP, in comparison to two commercial strains, CIAT-899 and PRF-81. The genetic diversity of the native soil population and the four strains was determined by sequencing of the intergenic space between the 16S and 23S rRNA genes. In 2007, experiments were carried out under glass house conditions at the UNESP. The first was conducted in tubs with vermiculite, and 15 treatments were examined: seven soil serial dilutions (10-1 to 10-7), the four novel strains, two commercial strains, and two controls with and without nitrogen. From the pure isolated colonies, DNA was extracted, and the intergenic space was sequenced. The second experiment was conducted in pots filled with soil, and 13 treatments were examined: the four strains alone and in mixture with the PRF-81 strain, the two commercial strains alone and in mixture, and two controls with and without nitrogen. There was coincidence between the 16S rRNA gene and the intergenic space molecular markers for species identification. Strains that had productivity values equivalent to the commercial strains were identified. The mixture of PRF-81 strain to each one of the four strains did not increase productivity and produced an antagonistic effect on the LBMP-12BR strain. The native soil population was identified as Rhizobium sp. and was found to be inefficient in nitrogen fixation. This study identified promising new Rhizobium strains that exhibit differential responses in mixtures on inoculants. / Doutor