Orientador: Anderson Luis Alves / Banca: Claudio de Oliveira / Banca: Claudio Henrique Zawadzki / Resumo: Astyanax paranae é uma espécie de peixe de pequeno porte que habita cabeceiras de riachos, resultando no isolamento geográfico entre as populações. Sendo considerada endêmica da bacia do Alto rio Paraná, recentemente foi elevada a espécie, deixando de ser considerada uma subespécie de A. scabripinnis, sendo a única espécie do "complexo scabripinnis" presente nessa bacia. Os raros relatos de dados moleculares populacionais e a ausência de uma análise filogeográfica consistente para populações de A. paranae, aliado as evidências citogenéticas e morfológicas de que essa espécie não represente uma unidade monofilética, reforçam a necessidade de um amplo estudo evolutivo e biogeográfico na bacia do Alto rio Paraná, reconhecidamente uma área de endemismo ictiológico. Nesse sentido, caracterizou-se a variabilidade genética em populações de A. paranae a fim de se estabelecer as relações filogenéticas e filogeográficas entre as linhagens de DNA na bacia do Alto rio Paraná, através da identificação dos haplótipos do mtDNA a partir da sequência completa do gene da ATP sintetase 6 e 8 (ATPase 6/8), num total de 842pb, bem como a caracterização das quatro espécies mais abundantes dessa bacia por PCR-RFLP. As análises filogenéticas foram realizadas com 88 exemplares de A. paranae além de 70 exemplares de espécies relacionadas do gênero, num total de 158 indivíduos analisados. Como grupo externo foram incluídos exemplares de Serrapinnus e Bryconamericus. As topologias foram geradas a partir dos métodos de Neighbor Joining, Máxima Parcimônia, no programa PAUP 4.0b10, e Inferência Bayesiana, no programa Mr. Bayes, enquanto a rede de haplótipo foi gerada no programa TCS. O relógio molecular foi utilizado para estimar o tempo de divergência entre as espécies/linhagens adotando a taxa de 1.3%/Ma para o gene ATPase 6/8. Tanto as análises filogenéticas... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Astyanax paranae is small sized species of fish that inhabit small headwater streams, resulting in geographical isolation between populations. Being considered endemic to the Upper Paraná River basin it was considered a species and no longer a subspecies of A. scabripinnis, being the only one species of the "scabripinnis complex" present in this basin. The few reports of molecular population data and the absence of a consistent phylogeographic analysis for populations of A. paranae, combined to cytogenetic and morphological evidences that this species does not represent a monophyletic unit, reinforce the need of a wide study of evolution and biogeography in the Upper Paraná River basin, a known area of ichthyological endemism. The genetic variability in populations of A. paranae was characterized in order to establish phylogenetic and phylogeographic relationships between mtDNA lineages in the Upper Paraná River basin, through the identification of mtDNA haplotypes from the complete sequence of the gene ATP synthase 6 and 8 (ATPase 6/8), a total of 842bp, and the characterization of the four most abundant species in this basin by PCR-RFLP. Phylogenetic analyses were made in 88 specimens of A. paranae and also in 70 of related species of the genus, resulting in 158 individuals analyzed. As outgroup, were included samples of Serrapinnus and Bryconamericus. The topologies were generated from the methods of Neighbor Joining, Maximum Parsimony and Bayesian Inference in the program PAUP 4.0b10, while the haplotype network was generated in the program TCS. The molecular clock was used to estimate time of divergence between species/lineage using the rate of 1.3%/Ma for the ATPase 6/8 gene. Both phylogenetic and phylogeographic analysis support the hypothesis that A. paranae does not form a monophyletic unit in the Upper Paraná River basin, being possible to identify seven... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientadora: Eliana Gertrudes de Macedo Lemos / Banca: Maria José Valarini / Banca: Miguel Luis Menezes Freitas / Banca: João Martins Pizauro Junior / Banca: Leandro Borges Lemos / Resumo: A diversidade genética de quinze estirpes de rizóbios isoladas do feijoeiro, provenientes de várias localidades do Brasil e da Venezuela, foi determinada pelo seqüenciamento do gene 16S rRNA. Selecionaram-se as duas melhores estirpes de cada país, com base em nodulação, produção de massa seca e de nitrogênio total em plantas de feijão, e compararam-se as suas produtividades e nodulação no feijoeiro, com duas estirpes comerciais, CIAT-899 e PRF-81, em um solo Latossolo Vermelho-Escuro da região de Jaboticabal SP. Determinou-se ainda a diversidade genética das populações nativas do solo e das quatro estirpes, pelo seqüenciamento do espaço intergênico, entre os genes 16S e 23S rRNA. Experimentos foram conduzidos em blocos casualizados com três repetições, em casa de vegetação, na UNESP, em 2007. O primeiro foi realizado em tubetes com vermiculita e quinze tratamentos: sete diluições seriadas do solo de 10-1 a 10-7, as quatro estirpes, as comerciais e duas testemunhas com e sem nitrogênio. Das colônias isoladas extraiu-se o DNA genômico e realizou-se o seqüenciamento do espaço intergênico. O segundo experimento foi realizado em vasos contendo solo e treze tratamentos: as quatro estirpes isoladamente e misturadas com a estirpe PRF- 81, as comerciais, a mistura delas, e duas testemunhas com e sem nitrogênio. Houve coincidência entre os marcadores moleculares do gene 16S rRNA e o espaço intergênico na identificação das espécies. Encontraram-se estirpes tão produtivas quanto as comercias. A mistura com a estirpe PRF-81 não incrementou a produtividade e produziu um efeito antagônico com a estirpe LBMP-12BR. A população nativa do solo foi identificada como Rhizobium sp., sendo ineficiente na fixação de nitrogênio. Há estirpes promissoras que mostram uma resposta diferencial quando são misturadas nos inoculantes. / Abstract: The genetic diversity of 15 rhizobia strains isolated from common beans grown in Brazil and Venezuela was determined by sequencing the 16S rRNA gene. Two strains were selected from each country for further study based on nodulation, dry weight, and total nitrogen in the common bean plants, and productivity and nodulation on the common bean of these strains were evaluated in Latossolo Vermelho Escuro soil of Jaboticabal SP, in comparison to two commercial strains, CIAT-899 and PRF-81. The genetic diversity of the native soil population and the four strains was determined by sequencing of the intergenic space between the 16S and 23S rRNA genes. In 2007, experiments were carried out under glass house conditions at the UNESP. The first was conducted in tubs with vermiculite, and 15 treatments were examined: seven soil serial dilutions (10-1 to 10-7), the four novel strains, two commercial strains, and two controls with and without nitrogen. From the pure isolated colonies, DNA was extracted, and the intergenic space was sequenced. The second experiment was conducted in pots filled with soil, and 13 treatments were examined: the four strains alone and in mixture with the PRF-81 strain, the two commercial strains alone and in mixture, and two controls with and without nitrogen. There was coincidence between the 16S rRNA gene and the intergenic space molecular markers for species identification. Strains that had productivity values equivalent to the commercial strains were identified. The mixture of PRF-81 strain to each one of the four strains did not increase productivity and produced an antagonistic effect on the LBMP-12BR strain. The native soil population was identified as Rhizobium sp. and was found to be inefficient in nitrogen fixation. This study identified promising new Rhizobium strains that exhibit differential responses in mixtures on inoculants. / Doutor

Orientador: Maurício Bacci Júnior / Banca: Maria Santina de Castro Morini / Banca: Dalton de Souza Amorim / Resumo: As espécies de formigas cortadeiras (Hymenoptera: Formicidae), Atta laevigata e Acromyrmex balzani, possuem importância agrícola e econômica por serem pragas de pastagens, florestas e plantas cultivadas em geral, em diferentes regiões das Américas, com consideráveis perdas de matéria vegetal e conseqüentes prejuízos para a agricultura e pecuária. Portanto, um melhor conhecimento sobre as espécies permitirá a adoção de medidas mais eficazes de controle. As espécies possuem uma história taxonômica marcada por controvérsias, devido ao embasamento da sistemática em caracteres morfológicos, muitos dos quais com variabilidade individual e polimorfismos nas diferentes castas de um mesmo ninho, gerando equívocos tanto de nomenclatura quanto de identificação. Diante disso, realizamos a caracterização molecular das diferentes populações de Atta laevigata e Acromyrmex balzani, com o objetivo de examinar as relações filogenéticas entre populações de diferentes áreas de ocorrência e auxiliar na definição dos grupos naturais destas espécies. Associado a isso, realizamos a caracterização morfológica das espécies, através da análise dos caracteres taxonômicos utilizados para a identificação. As análises moleculares evidenciam a existência 2 de dois grupos gênicos simpátricos de Atta laevigata, largamente distribuídos pelo Brasil, e definem Acromyrmex balzani como pertencente ao mesmo grupo gênico de Acromyrmex landolti. Além disso, os resultados indicam que não é possível utilizar os caracteres morfológicos tradicionalmente considerados para taxonomia destas formigas, devido à presença de polimorfismos e incongruências. / Abstract: Leaf-cutting ants (Hymenoptera:Formicidae), Atta laevigata and Acromyrmex balzani, are economic and agriculturally important for being crop, forest and cultivated plant plagues in different areas of the Americas, thus causing significant losses of vegetable material and damage to agriculture and livestock. Therefore, having better knowledge of the species will help adopt more efficient control measures. The species have a taxonomic history marked by controversies. This is owed to the fact that systematic is based on morphologic characters many of which show individual variability and polymorphisms among the different casts in the same nest, thus generating either nomenclature or identification mistakes. Faced with this, we have carried through the molecular characterization of the different Atta laevigata and Acromyrmex balzani populations, with the aim of examining the phylogenetic relations between populations occurring in different areas and helping to define the natural group of these species. Connected with this, we have carried through the morphologic characterization of the species by analyzing the taxonomic characters used for the identification. Molecular analyses evidence the existence of two sympatric genetic groups of Atta laevigata, which are 4 widely spread throughout Brazil, and define Acromyrmex balzani as part of the same genetic group of Acromyrmex landolti. Moreover, the results indicate that it is not possible to use the morphologic characters traditionally considered for taxonomy of these ants, due to the presence of polymorphism and contradictions. / Mestre

Resumo: Com os objetivos de elucidar a origem genética do suíno casco-de-burro e de contribuir para sua conservação, realizou-se uma caracterização genética em 110 animais, oriundos das regiões Nordeste (NE), Centro-Oeste (CO) e Sudeste (SE), usando-se duas classes de marcador molecular e análises citogenéticas. Foram encontrados 13 haplótipos mitocondriais entre os cascos-de-burro, sendo que apenas um foi comum às três subpopulações (NE, CO e SE). O valor médio da diversidade haplotípica e o da nucleotídica na população total foram 0,61 e 0,05 respectivamente. Por meio do DNA mitocondrial, as subpopulações de casco-de-burro apresentaram menor distância genética da população da raça portuguesa bísara. No entanto o haplótipo mais frequente nos cascos-de-burro e o único comum a todas as subpopulações pertence à raça ibérica. A variabilidade genética média obtida por meio dos 25 microssatélites na população total foi: número de alelo = 9,8; conteúdo de informação polimórfica = 0,73; heterozigose esperada = 0,69; heterozigose observada = 0,58; consaguinidade (Fis) = 0,15; e apenas seis loci apresentaram-se em equilíbrio de Hardy-Weinberg. Considerando-se a divisão da população nas três subpopulações – que, por meio do DNA nuclear, estiveram mais próximas da população duroc e da bísara –, os valores observados para os índices de fixação foram: 0,10 para Fis, 0,09 para Fst e 0,18 para Fit. Os cascos-de-burro possuem o número diploide 2n = 38, não sendo verificado miscigenação com o javali. Os resultados demonstram origem genética ibérica para os cascos-de-burro, com posterior introgressão alélica das raças internacionais importadas no século passado / Abstract: With the purpose of elucidating the genetic origin of Brazilian Mulefoot pigs and to contribute to their conservation, 110 animals from Northeast (NE), Central- West (CW), and Southeast (SE) Brazil were characterized using two molecular marker classes and cytogenetic analysis. A total of 13 mitochondrial haplotypes was found, but only one was common to the three subpopulations (NE, CW, SE) of Brazilian Mulefoot pigs. The total population presented mean haplotype and nucleotide diversity values of 0.61 and 0.05, respectively. Mitochondrial DNA analysis showed that the Brazilian Mulefoot pig subpopulations presented the shortest genetic distance from the Portuguese Bísara breed. However, the most frequent haplotype found in the Brazilian Mulefoot population, and the only one common to all subpopulations belongs to the Ibérica breed. The mean genetic variability of the total population, obtained using 25 microsatellites, was: allele number = 9.8; polymorphic information content = 0.73; expected heterozygosity = 0.69; observed heterozygosity = 0.58; inbreeding = 0.15; and only six loci displayed Hardy-Weinberg equilibrium. Considering the three studied subpopulations – which were closer to the Bísara and Duroc populations, based on nuclear DNA – the values observed for the fixation indexes were: 0.09 for Fis, 0.10 for Fst, and 0.18 for Fit. Brazilian Mulefoot pigs have a diploid number of 2n = 38, which indicates that there is no interbreeding with wild boars. The results demonstrate that the genetic origin of Brazilian Mulefoot pigs is Iberian, with later allele introgression from foreign breeds imported during the 20th century / Orientador: Jeffrey Frederico Lui / Coorientador:Carlos Manuel M. Santos Fonseca / Coorientador: Maria Aparecida Cassiano Lara / Banca: Sandra Aidar de Queiroz / Banca: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Banca: Samuel Rezende Paiva / Banca: Eucleia Primo Betioli Contel / Doutor

Resumo: O veado-mateiro (Mazama americana) possui uma ampla distribuição geográfica na região neotropical. Estudos citogenéticos com a espécie revelam variações cromossômicas (citótipos) que apontam sua divisão em outras espécies. Neste trabalho, foram examinadas as relações filogenéticas desta espécie, analisando parte dos genes mitocondriais (citocromo-b e região controladora D-loop), dos genes nucleares (Beta e Kapa caseínas e do exon I do gene IRBP) e um fragmento do gene, presente no cromossomo Y, chamado SRY, para amostras de 19 indivíduos provenientes de diferentes regiões do Brasil. Os genes nucleares da kapa e beta caseína e do SRY, mostraram-se monomórficos, não sendo possível a obtenção de sequências para o gene IRBP. As inferências filogenéticas pelos genes mitocondriais revelam duas linhagens evolutivas, a dos indivíduos das populações da Bacia do Rio Paraná e a dos indivíduos do oeste da Bacia do Rio Amazonas. Também houve uma correlação entre os diferentes cariótipos e as distintas linhagens moleculares encontradas. Além disso, pode-se sugerir a ocorrência de convergência evolutiva entre estes grupos, bem como um possível caso de simpatria ou de retenção de polimorfismo ancestral nos indivíduos do leste da Amazônia. / Abstract: The red brocket deer (Mazama americana) has a wide distribution in Neotropics. In this regard, cytogenetic studies in this species revealed chromosomic variations (cytotypes) which strongly suggest that red brockets can be divided into other species. In the present study, we examined phylogenetic relationships of 19 samples of individuals from different areas of Brazil through mitochondrial (cytochrome b and control region D-loop), nuclear (b-casein, k-casein, and first exon of the IRBP) and SRY gene analysis. The sequence analysis showed that b- and k-caseins as well as SRY nuclear genes were monomorphic, whereas IBRP gene sequencing was not possible. Phylogenetic inferences concerning mitochondrial gene analysis demonstrated two evolutionary lineages, one from Parana River Basin (southeast Brazil) and other from west of Amazon River Basin (northwest Brazil). Moreover, we found correlation between different karyotypes and distinct molecular lineages. / Orientador: José Maurício Barbanti Duarte / Coorientadora: Susana González / Banca: Reinaldo Otávio Alvarenga Alves de Brito / Banca: Cláudia Márcia Aparecida Carareto / Mestre

Orientador: José Maurício Barbanti Duarte / Banca: Irlan Leite de Abreu / Banca: Fernando Pacheco Rodrigues / Resumo: O veado-mateiro (Mazama americana) é a maior espécie do Gênero Mazama, e encontra distribuído geograficamente por quase toda a região neotropical. Animais originários do Estado de Rondônia têm apresentado importantes diferenças citogenéticas em relação ao padrão de outras populações, o que suscita necessidade de estudos mais aprofundados para definição da sua posição filogenética. O presente estudo objetivou identificar as diferentes populações de veado-mateiro desta região, verificando a existência de mais de uma espécie no local. Para tanto, foram obtidos 51 fragmentos de tecido de animais caçados por indígenas e pela população local em todas as regiões do Estado dos quais 33 tiveram seu DNA extraídos, amplificados (região de 480pb do citocromo b) e seqüenciados de forma satisfatória. Estas seqüências foram alinhadas e comparadas, gerando 21 haplótipos que se encontram distribuídos de forma aleatória pelas diversas regiões de coleta. Estes haplótipos serviram de base para a elaboração de redes de distância e árvores filogenéticas que quando analisadas sugeriram a existência de espécies crípticas dentro do que hoje se denomina Mazama americana no Estado de Rondônia. / Abstract: The red brocket deer is the largest species of Mazama genus and it is distributed in almost all Neotropical regions. Individuals originated from Rondônia state in Brazil have been presented important cytogenetic differences when compared with populations of other regions of country; however more studies are necessary to define correct phylogenetic position of species. The objective of present study was performed the identification of different populations of red brocket deer from Rondônia state by verification of occurrence of more than one species on mentioned region. For this, 51 fragments of tissues from hunted animals were obtained with Indians and local people of all regions of Rondônia state. In 31 fragments of tissues the DNA was successful extract, amplified (480 bp region of cytochrome b) and sequenced. These sequences were aligned and compared creating 21 haplotypes, which are distributed in a randomly way thru the different regions of sampling. The haplotypes were used to elaborate distance nets and phylogenetic trees, which when analyzed suggested the existence of cryptic species on Mazama americana species that occurs in Rondônia state. / Mestre