No description available.

I used microsatellite markers to assess reproductive isolation between cryptic, sympatric lineages of a freshwater catfish (Pimelodella chagresi ). These are "cryptic" lineages because they cannot be distinguished visually on the basis of morphological characters, and currently they are recognized as a single species. Previous analyses utilizing mitochondrial DNA (mtDNA) indicated that two highly divergent lineages are present in lower Central America, and that these lineages are the result of independent colonization events from South American source populations. I isolated eight dinucleotide repeats from P. chagresi and designed primers to amplify these microsatellite loci. I sampled fishes from four Panamanian watersheds. The congruence of microsatellite data with mtDNA indicated that these taxa are reproductively isolated and should be considered as separate species despite the lack of morphological differentiation. Both lineages exhibit a high degree of divergence among populations inhabiting isolated freshwater drainages, but the lineages differ in their intra-watershed population structure.

Pimelodella Eigenmann & Eigenmann, 1888 é um dos gêneros mais especiosos pertencentes à família Heptapteridae, com 71 espécies distribuídas desde o sul da América do Sul até o Panamá e América Central. A compreensão das relações filogenéticas desse grupo é ainda bastante confusa devido a dificuldades na identificação das espécies por suas semelhanças morfológicas, além da sua ampla diversidade e distribuição. Para melhor entendermos as relações existentes entre as espécies pertencentes a este gênero, nosso trabalho utilizou abordagens moleculares e morfológicas e foi organizado em quatro capítulos. No primeiro é apresentada uma breve revisão da bibliografia relacionada à Pimelodella, a área de estudo e as ferramentas que foram utilizadas para tentarmos compreender as relações filogenéticas e biogeográficas das espécies pertencentes ao gênero. Assim, para respondermos às questões propostas, no segundo capítulo avaliamos o potencial do método do código de barras do DNA para auxiliar na identificação das espécies, combinado com a análise de alguns caracteres morfológicos diagnósticos. Essas metodologias se mostraram muito úteis e eficazes, e nossos resultados indicam que é possível identificar grande parte das espécies com as metodologias escolhidas. O terceiro capítulo teve como objetivo estabelecer, as relações filogenéticas entre as espécies de Pimelodella incluídas nesse estudo, utilizando para tanto quatro genes mitocondriais (ATPase 6 e 8, citocromo b, COI e ND2). Através da análise de parcimônia foram obtidas seis árvores mais parcimoniosas. Os valores de suporte foram maiores nos nós mais internos. No quarto capítulo, apresentamos uma análise genético-populacional baseada em cinco loci de microssatélites na espécie troglóbia das cavernas da região do PETAR (Parque Estadual Turístico do Alto Ribeira). Os loci amplificados apresentaram altos níveis de polimorfismo e o número de alelos por loci variou de 9 no loco PC58 a 34 no locos PC87, o número médio de alelos por locus foi de 21,2. A estimativa global de FST, considerando-se todas as populações e todos os loci, foi significativamente diferente de zero (FST = 0,1353) sugerindo a ocorrência de diferenciação populacional na amostra. / Pimelodella Eigenmann & Eigenmann, 1888 is one of the most specious genus of the Siluriform family Heptapteridae, with 71 species distributed from southern South America to Panamá and Central America. The understanding of phylogenetic relationships within the genus is somewhat confusing due to the difficulties in morphological identification and its broad distribution. In order to assess the problems with species identification and phylogenetic relationships our work employed morphological and molecular tools is it is organized in four chapters. The first chapter contains an introduction to the problems and a revision of what its known in Pimelodella, as well as a brief description of the tools used. The second chapter deals with species identification and its subdivided into: morphology and the used of DNA barcoding. The results obtained with the combination of these two methodologies indicated, for example, that Pimelodella gracilis might comprise more than one species. The third chapter presents a phylogenetic analysis of the species included in this work based on nucleotide sequences of the mitochondrial genome. The parsimony analysis recovered six most parsimonious trees as expected the support values are larger towards the deeper nodes. The fourth chapter presents an population analysis based on five microsatellite loci to investigate whether or not the troglobitic species P. kronei displays population structuring in the caves of the PETAR (Parque Estadual Turístico do Alto Ribeira). The loci presented high polymorphism, the number of alleles raged from 9 in the locus PC58 to 34 in the locus PC87, the mean number of alleles per loci was 21,2. All loci showed private alleles PC17 and PC58 had 3 alleles and PC90 showed 22 private alleles distributed among all sampling locales. The global FST, estimative was significantly different from zero (FST = 0,1353) suggesting population.

Pimelodella Eigenmann & Eigenmann, 1888 é um dos gêneros mais especiosos pertencentes à família Heptapteridae, com 71 espécies distribuídas desde o sul da América do Sul até o Panamá e América Central. A compreensão das relações filogenéticas desse grupo é ainda bastante confusa devido a dificuldades na identificação das espécies por suas semelhanças morfológicas, além da sua ampla diversidade e distribuição. Para melhor entendermos as relações existentes entre as espécies pertencentes a este gênero, nosso trabalho utilizou abordagens moleculares e morfológicas e foi organizado em quatro capítulos. No primeiro é apresentada uma breve revisão da bibliografia relacionada à Pimelodella, a área de estudo e as ferramentas que foram utilizadas para tentarmos compreender as relações filogenéticas e biogeográficas das espécies pertencentes ao gênero. Assim, para respondermos às questões propostas, no segundo capítulo avaliamos o potencial do método do código de barras do DNA para auxiliar na identificação das espécies, combinado com a análise de alguns caracteres morfológicos diagnósticos. Essas metodologias se mostraram muito úteis e eficazes, e nossos resultados indicam que é possível identificar grande parte das espécies com as metodologias escolhidas. O terceiro capítulo teve como objetivo estabelecer, as relações filogenéticas entre as espécies de Pimelodella incluídas nesse estudo, utilizando para tanto quatro genes mitocondriais (ATPase 6 e 8, citocromo b, COI e ND2). Através da análise de parcimônia foram obtidas seis árvores mais parcimoniosas. Os valores de suporte foram maiores nos nós mais internos. No quarto capítulo, apresentamos uma análise genético-populacional baseada em cinco loci de microssatélites na espécie troglóbia das cavernas da região do PETAR (Parque Estadual Turístico do Alto Ribeira). Os loci amplificados apresentaram altos níveis de polimorfismo e o número de alelos por loci variou de 9 no loco PC58 a 34 no locos PC87, o número médio de alelos por locus foi de 21,2. A estimativa global de FST, considerando-se todas as populações e todos os loci, foi significativamente diferente de zero (FST = 0,1353) sugerindo a ocorrência de diferenciação populacional na amostra. / Pimelodella Eigenmann & Eigenmann, 1888 is one of the most specious genus of the Siluriform family Heptapteridae, with 71 species distributed from southern South America to Panamá and Central America. The understanding of phylogenetic relationships within the genus is somewhat confusing due to the difficulties in morphological identification and its broad distribution. In order to assess the problems with species identification and phylogenetic relationships our work employed morphological and molecular tools is it is organized in four chapters. The first chapter contains an introduction to the problems and a revision of what its known in Pimelodella, as well as a brief description of the tools used. The second chapter deals with species identification and its subdivided into: morphology and the used of DNA barcoding. The results obtained with the combination of these two methodologies indicated, for example, that Pimelodella gracilis might comprise more than one species. The third chapter presents a phylogenetic analysis of the species included in this work based on nucleotide sequences of the mitochondrial genome. The parsimony analysis recovered six most parsimonious trees as expected the support values are larger towards the deeper nodes. The fourth chapter presents an population analysis based on five microsatellite loci to investigate whether or not the troglobitic species P. kronei displays population structuring in the caves of the PETAR (Parque Estadual Turístico do Alto Ribeira). The loci presented high polymorphism, the number of alleles raged from 9 in the locus PC58 to 34 in the locus PC87, the mean number of alleles per loci was 21,2. All loci showed private alleles PC17 and PC58 had 3 alleles and PC90 showed 22 private alleles distributed among all sampling locales. The global FST, estimative was significantly different from zero (FST = 0,1353) suggesting population.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-12-19T10:26:00Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1997680 bytes, checksum: 2b074ed3497c0207909a3e7ecd4a8a54 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-12-19T10:26:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1997680 bytes, checksum: 2b074ed3497c0207909a3e7ecd4a8a54 (MD5) Previous issue date: 2016-11-01 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O gênero Pimelodella é um dos mais diversos da família Heptapteridae, com cerca de 71 espécies descritas, das quais, nove têm distribuição na região transandina. Entre estas, Pimelodella chagresi tem a distribuição mais ampla, considerada um complexo de espécies definido como um grupo polifilético. Os estudos integrativos das relações interespecíficas são escassos, e ainda a taxonomia e a validade das espécies na região são confusas, resultando numa subestimação da diversidade destes peixes. Este trabalho tem o objetivo de estudar as relações evolutivas e esclarecer a taxonomia do grupo através do uso de marcadores moleculares (mitocondriais e nucleares), análise de morfometria tradicional e merística. Adicionalmente, foi feita a caracterização citogenética de uma população que ocorre na bacia alta do rio Magdalena na Colômbia, empregando técnicas tradicionais (Giemsa e NOR) e de hibridação fluorescente in situ (FISH) usando sondas de DNA repetitivo, como microssatélites (CA 15 e GA 15 ) e as famílias multigênicas de RNA ribossomal (sondas 18S e 5S rDNA). Nossos resultados indicam que Pimelodella não representa uma unidade monofilética dentro da região transandina. As espécies avaliadas são definidas como grupos monofiléticos e as relações históricas foram inferidas. É detectada uma espécie não descrita que ocorre ao longo da bacia do rio Magdalena, historicamente reconhecida dentro do complexo P. chagresi. Esse complexo é restrito à bacia do rio Chagres, drenagens do pacífico no centro e oriente do Panamá. Neste trabalho é apresentado o primeiro estudo citogenético para o gênero na região transandina, indicando um número cromossômico diplóide 2n=50 (32m+14sm+4st) e um sistema cromossômico sexual simples XX/XY, onde o cromossomo heteromórfico Y revelou uma grande acumulação de diferentes domínios de DNA repetitivo. Os estudos históricos e biogeográficos da íctiofauna regional resultam em uma ferramenta importante pra inferir padrões de diversidade, e o estudo de padrões citogenéticos na avaliação populacional do gênero Pimelodella poderia contribuir no esclarecimento da taxonomia e as relações interespecíficas. / Pimelodella genus is one of the most diverse of Heptapteridae family with about 71 described species, of which nine have distribution in the trans-Andean region. Among these, Pimelodella chagresi has the widest distribution, considered a species complex defined as a polyphyletic group. Integrative studies of interspecific relations are limited, and the taxonomic status and validity of the species are confused, resulting in an underestimation of the diversity of these fishes. This work is developed with the aim of studying the evolutionary relationships and elucidates the taxonomy of group through the use of molecular markers (mitochondrial and nuclear), analysis of traditional morphometry and meristic counts. Additionally cytogenetic characterization of one population that occur in the Upper Magdalena Basin in Colombia was performed, using traditional techniques (Giemsa and NOR) and fluorescent hybridization in situ (FISH) through repetitive DNA probes, like microsatellites (CA 15 e GA 15 ) and ribosomal RNA multigene families (sondas 18S e 5S rDNA). Our results indicated that Pimelodella is not a monophyletic unit within the trans-Andean region. Species evaluated are defined as monophyletic groups and historical relationships were hypothesized. Here an undescribed species that occurs along the Magdalena River Basin was detected, historically recognized within the Pimelodella chagresi complex. This complex was restricted to the Chagres River Basin and Pacific drainages in central and eastern Panamá. We presented the first cytogenetic study for the genera in the trans-Andean region, indicating a diploid chromosome number 2n=50 (32m+14sm+4st) and differentiated simple sex chromosome system (XX/XY), where the heteromorphic chromosome Y revealed a large accumulation of different domains of repetitive DNA. The historical and biogeographic studies of regional ichthyofauna are an important tool to infer patterns of diversity, and study of cytogenetic patterns in the populational analysis of Pimelodella could contribute to the clarification of the taxonomy and interspecific relationships.

O bagre cego de Iporanga, Pimelodella kronei, da região do Parque Estadual Turístico do Alto Ribeira-PETAR, SP, foi o primeiro peixe troglóbio descoberto e descrito no Brasil e um dos mais estudados até hoje. Populações de bagres cegos atribuídas a essa espécie foram encontradas, até o momento, em cavernas do Sistema das Areias (Areias de Cima - localidade-tipo e abrigando a maior população conhecida -, Areias de Baixo e Ressurgência das Areias da Água Quente, esta aparentemente com uma população periférica), na Caverna Córrego Seco, na Ressurgência de Bombas e em cavernas do Sistema Alambari (caverna Alambari de Cima - população aparentemente extinta -, e Abismo do Gurutuva). Os bagres cegos do Sistema Areias foram excessivamente coletados na década de 1970, o que teria provocado um declínio populacional acentuado, registrado por Trajano (1987) 10 anos mais tarde. O presente estudo aborda a ecologia de P. kronei, com ênfase na população das Areias, utilizando métodos comparáveis aos de Trajano (op. cit.), para fins de monitoramento. Os aspectos analisados nas Areias foram: tamanho da população, crescimento individual e deslocamentos no habitat, a partir de marcação e recaptura individual; estrutura da população em termos de distribuição das freqüências de tamanhos (comprimento-padrão), peso e fator de condição (isométrico e alométrico); troglomorfismos (graus de redução de olhos e de pigmentação melânica). Complementarmente, exemplares das Areias, Bombas, Córrego Seco e Gurutuva foram comparados quanto à morfometria. A população de P. kronei das Areias mostrou evidências de estabilidade através da recuperação da estrutura de peso e comprimento-padrão. Assim como observado para outras espécies de siluriformes troglóbios, o crescimento individual é altamente heterogêneo, com casos de crescimento negativo. Os parâmetros da equação de Von Bertallanfy revelaram valores superiores aos de Trajano (1987), resultando em uma longevidade média de 15-20 anos. Os bagres estudados na Areias de Cima mostraram tendência de deslocamentos rio acima, em direção ao ponto mais distal no Córrego Grande (mais próximo à entrada de alimento externo), provavelmente para alimentação e reprodução. É possível que existam diferenças entre a população de Bombas e as demais localidades, sendo necessária uma investigação mais aprofundada, com métodos mais discriminatórios. / The blind catfish from Iporanga, Pimelodella kronei, from Parque Estadual Turístico do Alto Ribeira- PETAR, SP, was the first troglobitic fish discovered and described in Brazil. It is also one of the most investigated species so far. Populations of blind catfish attributed to this species have been found in caves belonging to the Areias System (Areias de Cima - type-locality, sheltering the largest known population - , Areias de Baixo and Ressurgence of Areias of Águas Quente, which apparently shows a peripherical population), besides Córrego Seco Cave, Bombas Ressurgence and caves of the Alambari System (Alambari de Cima - an apparently extinct population - , and Gurutuva). The blind catfish of Areias system were over-collected during the 1970s, which may have led to an accentuated population decline, as recorded by Trajano (1987) ten years later. The present study focus on the ecology of P. kronei, with emphasis on the Areias population, by using methods comparable to those by Trajano (op. cit.) for monitoring purposes. The aspects studied in the Areias caves were: population size, individual growth and movements in the habitat, based on individual marking and recapture; population structure in terms of distribution of size (standard length), weight and condition factor (isometric and alometric) frequencies; troglomorphism (levels of eye reduction and melanic pigmentation). In addition, samples from Areias, Bombas, Córrego Seco and Gurutuva were morphometrically compared. The P. kronei population of Areias showed evidence of stability through the regain of the size and weight structure. Like the observed for other troglobitic siluriforms, the individual growth in P. kronei is highly heterogeneous, with frequent cases of negative growth. The parameters of the Von Bertallanfy equation calculated were higher than those by Trajano (1987), resulting in a higher expected longevity - 15 to 20 years. The blind catfish from Areias presented a tendency to move upstream, approaching the distal end of Córrego Grande (closer to the input of epigean nutrients), probably for feeding and reproduction. There may be some differences in the Bombas populations of other locations, to be investigated using more discriminatory methods.

O bagre cego de Iporanga, Pimelodella kronei, da região do Parque Estadual Turístico do Alto Ribeira-PETAR, SP, foi o primeiro peixe troglóbio descoberto e descrito no Brasil e um dos mais estudados até hoje. Populações de bagres cegos atribuídas a essa espécie foram encontradas, até o momento, em cavernas do Sistema das Areias (Areias de Cima - localidade-tipo e abrigando a maior população conhecida -, Areias de Baixo e Ressurgência das Areias da Água Quente, esta aparentemente com uma população periférica), na Caverna Córrego Seco, na Ressurgência de Bombas e em cavernas do Sistema Alambari (caverna Alambari de Cima - população aparentemente extinta -, e Abismo do Gurutuva). Os bagres cegos do Sistema Areias foram excessivamente coletados na década de 1970, o que teria provocado um declínio populacional acentuado, registrado por Trajano (1987) 10 anos mais tarde. O presente estudo aborda a ecologia de P. kronei, com ênfase na população das Areias, utilizando métodos comparáveis aos de Trajano (op. cit.), para fins de monitoramento. Os aspectos analisados nas Areias foram: tamanho da população, crescimento individual e deslocamentos no habitat, a partir de marcação e recaptura individual; estrutura da população em termos de distribuição das freqüências de tamanhos (comprimento-padrão), peso e fator de condição (isométrico e alométrico); troglomorfismos (graus de redução de olhos e de pigmentação melânica). Complementarmente, exemplares das Areias, Bombas, Córrego Seco e Gurutuva foram comparados quanto à morfometria. A população de P. kronei das Areias mostrou evidências de estabilidade através da recuperação da estrutura de peso e comprimento-padrão. Assim como observado para outras espécies de siluriformes troglóbios, o crescimento individual é altamente heterogêneo, com casos de crescimento negativo. Os parâmetros da equação de Von Bertallanfy revelaram valores superiores aos de Trajano (1987), resultando em uma longevidade média de 15-20 anos. Os bagres estudados na Areias de Cima mostraram tendência de deslocamentos rio acima, em direção ao ponto mais distal no Córrego Grande (mais próximo à entrada de alimento externo), provavelmente para alimentação e reprodução. É possível que existam diferenças entre a população de Bombas e as demais localidades, sendo necessária uma investigação mais aprofundada, com métodos mais discriminatórios. / The blind catfish from Iporanga, Pimelodella kronei, from Parque Estadual Turístico do Alto Ribeira- PETAR, SP, was the first troglobitic fish discovered and described in Brazil. It is also one of the most investigated species so far. Populations of blind catfish attributed to this species have been found in caves belonging to the Areias System (Areias de Cima - type-locality, sheltering the largest known population - , Areias de Baixo and Ressurgence of Areias of Águas Quente, which apparently shows a peripherical population), besides Córrego Seco Cave, Bombas Ressurgence and caves of the Alambari System (Alambari de Cima - an apparently extinct population - , and Gurutuva). The blind catfish of Areias system were over-collected during the 1970s, which may have led to an accentuated population decline, as recorded by Trajano (1987) ten years later. The present study focus on the ecology of P. kronei, with emphasis on the Areias population, by using methods comparable to those by Trajano (op. cit.) for monitoring purposes. The aspects studied in the Areias caves were: population size, individual growth and movements in the habitat, based on individual marking and recapture; population structure in terms of distribution of size (standard length), weight and condition factor (isometric and alometric) frequencies; troglomorphism (levels of eye reduction and melanic pigmentation). In addition, samples from Areias, Bombas, Córrego Seco and Gurutuva were morphometrically compared. The P. kronei population of Areias showed evidence of stability through the regain of the size and weight structure. Like the observed for other troglobitic siluriforms, the individual growth in P. kronei is highly heterogeneous, with frequent cases of negative growth. The parameters of the Von Bertallanfy equation calculated were higher than those by Trajano (1987), resulting in a higher expected longevity - 15 to 20 years. The blind catfish from Areias presented a tendency to move upstream, approaching the distal end of Córrego Grande (closer to the input of epigean nutrients), probably for feeding and reproduction. There may be some differences in the Bombas populations of other locations, to be investigated using more discriminatory methods.

Os ambientes cavernícolas podem ser vistos como um experimento natural de exclusão de alguns fatores ecológicos, dentre os quais o mais importante e a ausência do fotoperíodo. A perda ou redução dos olhos e da pigmentação cutânea melânica em relação aos indivíduos viventes na superfície são os exemplos mais comuns das alterações sofridas pelas espécies exclusivamente subterrâneas. Alterações nas características relacionadas ao sistema ocular sempre receberam grande atenção por parte dos pesquisadores. Por outro lado, as publicações sobre a pigmentação nesses organismos são relativamente incomuns, com uma abrangência taxonômica bastante reduzida. Nossos experimentos foram realizados com três espécies pertencentes ao mesmo gênero: Pimelodella kronei e P. spelaea, viventes em ambientes de caverna e P. transitória, de superfície. Visamos comparar se existe um padrão que correlacione o grau de redução da pigmentação, medida pelas características macroscópicas, com as características das células pigmentares. Dentro do esperado, P. spelaea e Pimelodella kronei apresentaram menor tamanho e menor densidade de melanóforos do que seu congênere epígeo, P. transitória. Nossos resultados não apontaram para uma correlação positiva entre o grau de troglomorfismo, medido pelas características macroscópicas, e a resposta fisiológica observada nos exemplares cavernícolas. A variabilidade observada nos estados da pigmentação em peixes troglomórficos brasileiros e compatível com hipóteses envolvendo pressões seletivas neutras, corroborando, portanto, o modelo neutralista. / The cave environments can be seen as a natural experiment of exclusion of certain ecological factors, among which the most important is the absence of photoperiod. The loss or reduction of eyes and skin melanin pigmentation in relation to individuals living on the surface are the most common examples of the changes undergone by the species exclusively subterraneous. Changes in characteristics related to the ocular system have always received great attention from researchers. However, publications on the pigmentation in these organisms are relatively uncommon, with a very small taxonomic range. Our experiments were conducted with three species of the same genre: Pimelodella kronei and P. spelaea, living in cave environments, and P.transitoria, living in surface. We aim to compare if there is a pattern that correlates the degree of reduction of the pigment with the characteristics of pigment cells. As expected, P. spelaea and Pimelodella kronei showed smaller size and lower density of melanophores than its counterpart epigeal, P. transitória. Our results did not suggest a positive correlation between the degree of troglomorfism measured by macroscopic characteristics, and physiological response observed in cave specimens. The variability observed in the states of pigmentation in Brazilian troglomorfic fish is compatible with neutral hypotheses involving selective pressures, supporting therefore the neutralist model.

Os ambientes cavernícolas podem ser vistos como um experimento natural de exclusão de alguns fatores ecológicos, dentre os quais o mais importante e a ausência do fotoperíodo. A perda ou redução dos olhos e da pigmentação cutânea melânica em relação aos indivíduos viventes na superfície são os exemplos mais comuns das alterações sofridas pelas espécies exclusivamente subterrâneas. Alterações nas características relacionadas ao sistema ocular sempre receberam grande atenção por parte dos pesquisadores. Por outro lado, as publicações sobre a pigmentação nesses organismos são relativamente incomuns, com uma abrangência taxonômica bastante reduzida. Nossos experimentos foram realizados com três espécies pertencentes ao mesmo gênero: Pimelodella kronei e P. spelaea, viventes em ambientes de caverna e P. transitória, de superfície. Visamos comparar se existe um padrão que correlacione o grau de redução da pigmentação, medida pelas características macroscópicas, com as características das células pigmentares. Dentro do esperado, P. spelaea e Pimelodella kronei apresentaram menor tamanho e menor densidade de melanóforos do que seu congênere epígeo, P. transitória. Nossos resultados não apontaram para uma correlação positiva entre o grau de troglomorfismo, medido pelas características macroscópicas, e a resposta fisiológica observada nos exemplares cavernícolas. A variabilidade observada nos estados da pigmentação em peixes troglomórficos brasileiros e compatível com hipóteses envolvendo pressões seletivas neutras, corroborando, portanto, o modelo neutralista. / The cave environments can be seen as a natural experiment of exclusion of certain ecological factors, among which the most important is the absence of photoperiod. The loss or reduction of eyes and skin melanin pigmentation in relation to individuals living on the surface are the most common examples of the changes undergone by the species exclusively subterraneous. Changes in characteristics related to the ocular system have always received great attention from researchers. However, publications on the pigmentation in these organisms are relatively uncommon, with a very small taxonomic range. Our experiments were conducted with three species of the same genre: Pimelodella kronei and P. spelaea, living in cave environments, and P.transitoria, living in surface. We aim to compare if there is a pattern that correlates the degree of reduction of the pigment with the characteristics of pigment cells. As expected, P. spelaea and Pimelodella kronei showed smaller size and lower density of melanophores than its counterpart epigeal, P. transitória. Our results did not suggest a positive correlation between the degree of troglomorfism measured by macroscopic characteristics, and physiological response observed in cave specimens. The variability observed in the states of pigmentation in Brazilian troglomorfic fish is compatible with neutral hypotheses involving selective pressures, supporting therefore the neutralist model.