Thesis (MScAgric (Plant Pathology))--University of Stellenbosch, 2005. / The genus Rhizoctonia includes important soilborne plant pathogens that can cause severe economic losses on a wide range of crops including cereal, canola, pasture and grain legume crops. Limited information is available on specific anastomosis groups (AGs), nuclear status, pathogenicity and cross-pathogenicity of Rhizoctonia isolates associated with each of these crops in the Western Cape province. Therefore, these aspects were investigated in this study, since information in this regard is crucial for the development of Rhizoctonia disease management practices.

Fungos fitopatogênicos veiculados por sementes de soja podem causar sérios prejuízos à cultura, bem como danos diretos reduzindo o poder germinativo, vigor e emergência das sementes. A detecção e identificação precisa de fitopatógenos é uma das estratégias mais importantes para iniciar as medidas preventivas ou curativas no controle de doenças de plantas. Para se evitar a introdução e propagação de patógenos em áreas onde ainda não ocorrem, uma atenção especial deve ser tomada na detecção de agentes patogênicos em sementes. Os métodos tradicionalmente utilizados para detectar e identificar fungos em sementes são, muitas vezes, demorados, laboriosos e exigem um conhecimento extenso de taxonomia clássica. Métodos moleculares têm sido utilizados para detectar, identificar e quantificar uma longa lista de fungos fitopatogênicos. A técnica da reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) é atualmente considerada a mais eficiente para a detecção de fitopatógenos, não exigindo conhecimentos taxonômicos especializados para interpretar seus resultados. Considerando a importância e as implicações da diagnose rápida e bem sucedida de agentes patogênicos em sementes de soja, este estudo teve como objetivo estabelecer uma metodologia para elevar a eficiência de detecção dos fungos fitopatogênicos Sclerotinia sclerotiorum, Colletotrichum truncatum, Phomopsis spp. e Corynespora cassiicola, encontrados com maior frequência em sementes de soja, por meio de qPCR. Iniciadores e sondas de hidrólise TaqMan® foram projetados para os diferentes patógenos e avaliados quanto à sua especificidade e sensibilidade. Curvas padrões, baseando-se em diluições seriadas dos DNAs alvos de iniciadores e sondas específicas, foram estabelecidas para a quantificação desses patógenos. Amostras de sementes de soja naturalmente infectadas, provenientes dos Estados de Goiás, Minas Gerais e Paraná, foram submetidas a testes de detecção por meio de qPCR e métodos tradicionais, para fins de comparação. De todos os iniciadores e sondas projetados, apenas os de Phomopsis spp. e S. sclerotiorum apresentaram-se específicos e sensíveis, viabilizando sua utilização na detecção desses patógenos. Por meio dos testes tradicionais de detecção, Phomopsis spp. apresentou incidência máxima de 2,75% em uma amostra de Minas Gerais e S. sclerotiorum não foi detectado em nenhuma das amostras avaliadas. O método de qPCR proporcionou a detecção de Phomopsis spp. em todas as amostras testadas, alcançando o nível de incidência máximo de 6,75%. em amostra de Minas Gerais. S. sclerotiorum não foi detectado em nenhuma das amostras avaliadas pelo método de qPCR. Comparando-se os métodos de detecção testados, a qPCR foi mais sensível na detecção de Phomopsis spp. em sementes de soja. / Seed-born pathogenic fungi in soybean can cause serious damage to the crop, as well as direct damage by reducing seeds germination, vigor and emergence. The detection and accurate identification of plant pathogens is one of the most important strategies to initiate preventive and curative measures in the management of plant diseases. Particular attention should be taken in the detection of pathogens in seeds in order to avoid introduction and spread of pathogens in areas where they do not occur. The traditionally used methods for detection and identification of seed-born pathogenic fungi are often time consuming, laborious and require extensive knowledge of classical taxonomy. Molecular methods have been used to detect, identify and quantify a long list of plant pathogenic fungi. Quantitative real time polymerase chain reaction (qPCR) is currently considered the most efficient technique for the detection of pathogens because it does not require specialized taxonomical knowledge to interpret its results. Given the importance and implications of rapid and successful diagnosis of seed-born pathogenic fungi in soybean, this study aimed to establish a qPCR methodology to increase the detection efficiency of plant pathogenic fungi Sclerotinia sclerotiorum, Colletotrichum truncatum, Phomopsis spp. and Corynespora cassiicola, the most commonly occurring seed-born pathogenic fungi. Primers and TaqMan® hydrolysis probes were designed for these four pathogens and tested for specificity and sensitivity. Standard curves were established to quantify these pathogens, based on serial dilutions of the target DNA and specific primers and probes. Samples of naturally infected soybean seed from the states of Goiás, Minas Gerais and Paraná were subjected to detection tests using qPCR and traditional methods, for comparison purposes. From all primers and probes designed, only those for Phomopsis spp. and S. sclerotiorum showed up specificity and sensitivity, enabling their use to detect of these pathogens. Detection by traditional tests, resulted in a maximum Phomopsis spp. incidence of 2.75% in a sample from Minas Gerais and S. sclerotiorum was not detected in any of the samples. The detection and quantification of these pathogens by qPCR revealed the presence of Phomopsis spp. in all tested samples, the highest incidence level of 6.75% in a sample from Minas Gerais. S. sclerotiorum was not detected in any sample assessed by qPCR method. In comparison with traditional methods, qPCR was more sensitive in detecting Phomopsis spp. in soybean seeds.

A teca (Tectona grandis L.f.) é uma espécie arbórea bastante utilizada em áreas de reflorestamento, sendo a terceira espécie entre as folhosas tropicais mais plantadas do planeta. Durante todo o seu ciclo vegetativo, a teca pode ser afetada por um grande número de doenças, tendo nos fungos os principais agentes fitopatogênicos. Dentre as doenças que ocorrem na cultura, à ferrugem causada por Olivea neotectonae T.S. Ramakr. & K. Ramakr (=Chaconia tectonae T.S. & K. Ramark), destaca-se como a mais importante. A produção de mudas de teca é realizada principalmente por sementes, que é um importante veículo de transmissão de diversos patógenos. Devido à escassez de informações relacionadas à sanidade das sementes de teca utilizadas no Brasil para seu cultivo, objetivou-se com o capítulo I identificar e quantificar os fungos associados às sementes de teca, a patogenicidade desses microrganismos às mudas e a transmissibilidade semente-plântula. Para o teste de sanidade foram utilizadas sementes adquiridas nos estados do TO, GO e SP; os tratamentos utilizados foram sementes desinfestadas e não desinfestadas, e sementes com e sem mesocarpo. O ensaio foi conduzido utilizando o método do papel de filtro (Blotter test). Para o teste de patogenicidade em mudas, utilizaram-se os isolados de Fusarium sp., Botryodiplodia sp., Alternaria sp. e Plenodomus sp. De forma geral, foi possível identificar os seguintes gêneros de fungos nas sementes: Fusarium, Trichoderma, Botryodiplodia, Aspergillus, Penicillium, Rhizopus, Cladosporium, Alternaria e Plenodomus. Foi observada maior ocorrência de fungos nas sementes dos estados de Goiás e de São Paulo. Apenas os gêneros Fusarium sp. e Botryodiplodia sp. foram patogênicos às mudas de teca. Houve baixa transmissibilidade semente-plântula, sendo que apenas os gêneros fitopatogênicos Fusarium sp. e Alternaria sp. foram transmitidos. No capítulo II, foi realizado o estudo epidemiológico da ferrugem da teca com a análise da dinâmica temporal da doença em árvores adultas, correlacionando o comportamento da doença com as variáveis climáticas, para entender o comportamento da epidemia e, consequentemente, estabelecer alternativas para o adequado manejo. A doença foi monitorada a cada sete dias em plantas adultas escolhidas aleatoriamente para a avaliação da incidência e severidade, sendo esta quantificada com auxílio de uma escala de notas. Com esses dados obtiveram-se as curvas de progresso da doença ajustando aos modelos matemáticos monomolecular, logístico e de Gompertz. Foi calculada a área abaixo da curva de progresso da doença (AACPD) para incidência e severidade. Os dados de incidência e severidade foram correlacionados com as variáveis climáticas, precipitação, temperatura e umidade relativa média. Verificou-se a incidência da ferrugem logo nas primeiras avaliações, aumentando exponencialmente até o período de 98 dias da avaliação. Maior índice de severidade da doença foi detectado aos 147 dias, com severidade igual ou superior a 75%. Observou-se maior AACPD para a incidência. Houve correlação negativa e significativa entre a severidade com a temperatura mínima. Infere-se, com este resultado, uma tendência de aumento da severidade da ferrugem da teca com a diminuição da temperatura nas condições avaliadas. O modelo de Gompertz foi o que melhor se ajustou aos dados de severidade da ferrugem da teca. / Teak (Tectona grandis L.f.) is an arboreal species widely used in reforestation areas and is the third species among the most planted tropical hardwoods in the world. Throughout their vegetative cycle, teak can be affected by a large number of diseases having in fungi the main phytopathogenic agents. Among the diseases that occur in culture, rust caused by Olivea neotectonae T.S. Ramakr. & K. Ramakr (=Chaconia tectonae T.S. & K. Ramark), stands out as the most important. The production of teak seedlings is mainly through seeds, which is an important vehicle for transmission of various pathogens. Due to the scarcity of information related to health of teak seeds used in Brazil for its cultivation, the aim of chapter I was to identify and quantify the fungi associated with teak seeds, the pathogenicity of these microorganisms to seedlings and seed-seedling transmissibility. For sanity test were utilized seeds acquired in TO, GO and SP states, the treatments were disinfested seeds and without disinfestation and seeds with and without mesocarp. We conducted the test using a filter paper method (Blotter test). To pathogenicity test in seedlings, we utilized the isolates of Fusarium sp., Botryodiplodia sp., Alternaria sp. and Plenodomus sp. To evaluate the fungal seedling-transmission were used 100 seeds of each location. Overall, it was possible to identify the following genera of fungi in seeds: Fusarium, Trichoderma, Botryodiplodia, Aspergillus, Penicillium, Rhizopus, Cladosporium, Alternaria and Plenodomus. There was a higher occurrence of fungi in the seeds of Goiás and São Paulo states. Only the Fusarium sp. and Botryodiplodia sp. were pathogenic to teak seedlings. There was low seed-seedling transmissibility, and only the pathogenic genera Fusarium sp. and Alternaria sp. were transmitted. In chapter II, was performed an epidemiological study of teak rust with the analysis of the temporal dynamics of disease in adult trees, correlating the disease behavior of climate variables, to understand the epidemic's behavior and thus establish alternatives to appropriate management. The disease was monitored every seven days at ten plants randomly chosen to evaluate the incidence and severity, this being quantified with assistance of a grade scale. With these data were obtained the disease progress curves by adjusting the mathematical models monomolecular, logistic and Gompertz. The area under the disease progress curve (AACPD) was calculated for incidence and severity. The incidence and severity data was correlated with the climatic variables, precipitation, temperature and medium relative humidity. The rust incidence was verified from the earliest evaluations, exponentially increasing until 98 days of evaluation. Higher index of severity was detected with 147 days, with a severity greater or equal to 75%. A higher AACPD was observed for the incidence. There was a negative and significant correlation between the severity with the minimum temperature. It is inferred, with this result, a tendency of increasing of severity of teak rust with the decreasing of temperature in the evaluated conditions. The Gompertz model was the best adjusted to the data severity of the teak rust.

Thesis (M.S. in plant pathology)--Washington State University, December 2007. / Includes bibliographical references.

Phytophthora vignae, causal agent of stem and root rot of cowpea (Vigna unguiculata), was reported for the first time in Sri Lanka. The pathogen was found in cowpea field soils from 3 of 5 geographic regions sampled. Only one site however, had plants exhibiting disease symptoms. Of the eight cowpea varieties grown in Sri Lanka, four were shown to be relatively resistant; all other legumes inoculated were completely resistant. Two morphologic and physiologic races of P. vignae were identified among the 24 isolates recovered, based on differential pathogenicity on cowpea varieties. Bacteria isolated from field soils, and other known bacterial biocontrol agents, inhibited P. vignae in culture, but only three Sri Lankan isolates considerably suppressed the disease in greenhouse tests. Volatile substances produced by most bacteria inhibited mycelial growth and sporangial production by P. vignae. The increased pH of the exposed medium suggested the involvement of ammonia. Volatile inhibitors were produced by these bacteria in soil, but only with added substrate; Strain DF-3101 also reduced oospore germination in soil. Cowpea plants inoculated with the VA mycorrhizal (VAM) fungus Glomus intraradices in P. vignae-infested soil were larger than non-mycorrhizal plants, but only at low levels of the pathogen. VAM colonization was reduced at high levels of the pathogen, and root infection by the pathogen was reduced by VAM. The fungicides metalaxyl, fosetyl-Al, Banrot, and Manzate-200DF reduced in vitro mycelial growth, but at different concentrations. Sporangia formation and germination, and oogonia formation by P. vignae, was reduced significantly by metalaxyl and fosetyl-Al. In greenhouse tests, metalaxyl, even at low concentrations, reduced disease; Fosetyl-Al was effective at high concentrations; Manzate-200DF was effective as a soil drench but not as a foliar spray; Banrot effectively reduced disease at 50 mg a.i./L. Exposure of a bacterial biocontrol agent to these fungicides in vitro did not affect its capacity to subsequently produce volatile inhibitors, but exposure to 10 ug/ml of metalaxyl and 50 ug/ml of Manzate-200DF reduced its capacity to subsequently inhibit mycelial growth of P. vignae. / Graduation date: 1991

Este estudo apresenta a descrição de 70 espécies de fungos com poros degradadoras de madeira encontradas em plantações de Pinus spp. ou selecionadas dentre as espécies coletadas em mata nativa. Estes dados foram obtidos a partir de um levantamento taxonômico de fungos com poros ou himenóforo similar (Basidiomycota) realizado na região de Santa Maria, RS, Brasil. Os resultados principais são relacionados a seguir. Oito novas espécies foram descritas sendo sete oriundas de Santa Maria e uma de São Francisco de Paula (Pró-Mata), são elas: Auriporia brasilica G. Coelho, Diplomitoporus marianoi-rochae G. Coelho, D. taquarae G. Coelho, Echinoporia inermis G. Coelho, Gloeoporus guerreroanus G. Coelho, R. M. Silveira & Rajchenb., Fomitiporia sanctichampagnatii G. Coelho, R. M. Silveira & Rajchenb., Polyporus cupressi G. Coelho & R. M. Silveira e Rigidoporus digitocystis G. Coelho & R. M. Silveira. Duas espécies de Phellinus s. l. (Hymenochaetales) conhecidas somente sobre bambus em decomposição foram recombinadas para o gênero Fomitiporia, quais sejam, F. spinescens (J. E. Wright & G. Coelho) G. Coelho, Guerrero & Rajchenb., comb. nov. de Santa Maria e da Argentina e F. uncinata (Rajchenb.) G. Coelho, Guerrero & Rajchenb., comb. nov. da Argentina. Duas espécies interessantes pela cor amarelo intenso do basidioma e himenóforo irpicóidemerulióide, Leucogyrophana pinastri (Fr.) Ginns & Weresub e Pseudomerulius curtisii (Berk.) Redhead & Ginns, têm sido associadas à degradação da madeira de Pinus e coníferas e foram notificadas pela primeira vez para a América do Sul. No Brasil, seis espécies foram coletadas, analisadas e descritas pela primeira vez: Antrodia aurantia Lodge, Ryvarden & Perd.-Sánch., A. variiformis (Peck) Donk, Ceriporia spissa (Schwein. ex Fr.) Rajchenb., Ceriporiopsis subvermispora (Pilát) Gilb. & Ryvarden, Hapalopilus albocitrinus (Petch) Ryvarden e Parmastomyces transmutans (Overh.) Ryvarden. & Gilbn. - exceto Ceriporia spissa, encontrada em angiospermas, todas estas espécies cresciam sobre madeira de Pinus spp. na área estudada. Como resultados adicionais, foram construídas três chaves mundiais de fungos com poros coletadas em Santa Maria ou registradas na literatura: uma para o gênero Gloeoporus Mont., uma para o gênero Rigidoporus Murril, e uma terceira para as espécies conhecidas até o momento como degradadoras de bambus. / This study represents a taxonomical survey of poroid Basidiomycota undertaken in the region of Santa Maria, a municipality in Rio Grande do Sul State, southern Brazil. It includes 70 wood-inhabiting species either from native subtropical forests (selected species) or from Pinus spp. plantations. As main results, this work allowed the description of eight new species of poroid fungi, being seven from Santa Maria and one from São Francisco de Paula (Pró-Mata), namely: Auriporia brasilica G. Coelho, Diplomitoporus marianoi-rochae G. Coelho, D. taquarae G. Coelho, Echinoporia inermis G. Coelho, Gloeoporus guerreroanus G. Coelho, R. M. Silveira & Rajchenb., Fomitiporia sanctichampagnatii G. Coelho, R. M. Silveira & Rajchenb., Polyporus cupressi G. Coelho & R. M. Silveira and Rigidoporus digitocystis G. Coelho & R. M. Silveira. Two species of Phellinus s. l. (Hymenochaetales) so far known growing on bamboos were recombined into Fomitiporia, i.e., F. spinescens (J. E. Wright & G. Coelho) G. Coelho, Guerrero & Rajchenb., comb. nov. from Santa Maria and Argentina and F. uncinata (Rajchenb.) G. Coelho, Guerrero & Rajchenb., comb. nov. from Argentina. In Pinus plantations, specimens of Leucogyrophana pinastri (Fr.) Ginns & Weresub and Pseudomerulius curtisii (Berk.) Redhead & Ginns, two wood-decaying species of pines and conifers previously unrecorded from South America, were collected and analyzed. The following six species were recorded for the first time in the Brazilian territory: Antrodia aurantia Lodge, Ryvarden & Perd.- Sánch., A. variiformis (Peck) Donk, Ceriporia spissa (Schwein. ex Fr.) Rajchenb., Ceriporiopsis subvermispora (Pilát) Gilb. & Ryvarden, Hapalopilus albocitrinus (Petch) Ryvarden, and Parmastomyces transmutans (Overh.) Ryvarden. & Gilbn., all of them growing on wood of Pinus spp. in the study area, except for C. spissa, which was found only on angiosperm wood. This work includes three worldwide keys based on the literature records and field data, one being to Gloeoporus Mont., another to Rigidoporus Murril, and another to all the species of poroid fungi known growing on bamboos.

Este estudo apresenta a descrição de 70 espécies de fungos com poros degradadoras de madeira encontradas em plantações de Pinus spp. ou selecionadas dentre as espécies coletadas em mata nativa. Estes dados foram obtidos a partir de um levantamento taxonômico de fungos com poros ou himenóforo similar (Basidiomycota) realizado na região de Santa Maria, RS, Brasil. Os resultados principais são relacionados a seguir. Oito novas espécies foram descritas sendo sete oriundas de Santa Maria e uma de São Francisco de Paula (Pró-Mata), são elas: Auriporia brasilica G. Coelho, Diplomitoporus marianoi-rochae G. Coelho, D. taquarae G. Coelho, Echinoporia inermis G. Coelho, Gloeoporus guerreroanus G. Coelho, R. M. Silveira & Rajchenb., Fomitiporia sanctichampagnatii G. Coelho, R. M. Silveira & Rajchenb., Polyporus cupressi G. Coelho & R. M. Silveira e Rigidoporus digitocystis G. Coelho & R. M. Silveira. Duas espécies de Phellinus s. l. (Hymenochaetales) conhecidas somente sobre bambus em decomposição foram recombinadas para o gênero Fomitiporia, quais sejam, F. spinescens (J. E. Wright & G. Coelho) G. Coelho, Guerrero & Rajchenb., comb. nov. de Santa Maria e da Argentina e F. uncinata (Rajchenb.) G. Coelho, Guerrero & Rajchenb., comb. nov. da Argentina. Duas espécies interessantes pela cor amarelo intenso do basidioma e himenóforo irpicóidemerulióide, Leucogyrophana pinastri (Fr.) Ginns & Weresub e Pseudomerulius curtisii (Berk.) Redhead & Ginns, têm sido associadas à degradação da madeira de Pinus e coníferas e foram notificadas pela primeira vez para a América do Sul. No Brasil, seis espécies foram coletadas, analisadas e descritas pela primeira vez: Antrodia aurantia Lodge, Ryvarden & Perd.-Sánch., A. variiformis (Peck) Donk, Ceriporia spissa (Schwein. ex Fr.) Rajchenb., Ceriporiopsis subvermispora (Pilát) Gilb. & Ryvarden, Hapalopilus albocitrinus (Petch) Ryvarden e Parmastomyces transmutans (Overh.) Ryvarden. & Gilbn. - exceto Ceriporia spissa, encontrada em angiospermas, todas estas espécies cresciam sobre madeira de Pinus spp. na área estudada. Como resultados adicionais, foram construídas três chaves mundiais de fungos com poros coletadas em Santa Maria ou registradas na literatura: uma para o gênero Gloeoporus Mont., uma para o gênero Rigidoporus Murril, e uma terceira para as espécies conhecidas até o momento como degradadoras de bambus. / This study represents a taxonomical survey of poroid Basidiomycota undertaken in the region of Santa Maria, a municipality in Rio Grande do Sul State, southern Brazil. It includes 70 wood-inhabiting species either from native subtropical forests (selected species) or from Pinus spp. plantations. As main results, this work allowed the description of eight new species of poroid fungi, being seven from Santa Maria and one from São Francisco de Paula (Pró-Mata), namely: Auriporia brasilica G. Coelho, Diplomitoporus marianoi-rochae G. Coelho, D. taquarae G. Coelho, Echinoporia inermis G. Coelho, Gloeoporus guerreroanus G. Coelho, R. M. Silveira & Rajchenb., Fomitiporia sanctichampagnatii G. Coelho, R. M. Silveira & Rajchenb., Polyporus cupressi G. Coelho & R. M. Silveira and Rigidoporus digitocystis G. Coelho & R. M. Silveira. Two species of Phellinus s. l. (Hymenochaetales) so far known growing on bamboos were recombined into Fomitiporia, i.e., F. spinescens (J. E. Wright & G. Coelho) G. Coelho, Guerrero & Rajchenb., comb. nov. from Santa Maria and Argentina and F. uncinata (Rajchenb.) G. Coelho, Guerrero & Rajchenb., comb. nov. from Argentina. In Pinus plantations, specimens of Leucogyrophana pinastri (Fr.) Ginns & Weresub and Pseudomerulius curtisii (Berk.) Redhead & Ginns, two wood-decaying species of pines and conifers previously unrecorded from South America, were collected and analyzed. The following six species were recorded for the first time in the Brazilian territory: Antrodia aurantia Lodge, Ryvarden & Perd.- Sánch., A. variiformis (Peck) Donk, Ceriporia spissa (Schwein. ex Fr.) Rajchenb., Ceriporiopsis subvermispora (Pilát) Gilb. & Ryvarden, Hapalopilus albocitrinus (Petch) Ryvarden, and Parmastomyces transmutans (Overh.) Ryvarden. & Gilbn., all of them growing on wood of Pinus spp. in the study area, except for C. spissa, which was found only on angiosperm wood. This work includes three worldwide keys based on the literature records and field data, one being to Gloeoporus Mont., another to Rigidoporus Murril, and another to all the species of poroid fungi known growing on bamboos.

Este estudo apresenta a descrição de 70 espécies de fungos com poros degradadoras de madeira encontradas em plantações de Pinus spp. ou selecionadas dentre as espécies coletadas em mata nativa. Estes dados foram obtidos a partir de um levantamento taxonômico de fungos com poros ou himenóforo similar (Basidiomycota) realizado na região de Santa Maria, RS, Brasil. Os resultados principais são relacionados a seguir. Oito novas espécies foram descritas sendo sete oriundas de Santa Maria e uma de São Francisco de Paula (Pró-Mata), são elas: Auriporia brasilica G. Coelho, Diplomitoporus marianoi-rochae G. Coelho, D. taquarae G. Coelho, Echinoporia inermis G. Coelho, Gloeoporus guerreroanus G. Coelho, R. M. Silveira & Rajchenb., Fomitiporia sanctichampagnatii G. Coelho, R. M. Silveira & Rajchenb., Polyporus cupressi G. Coelho & R. M. Silveira e Rigidoporus digitocystis G. Coelho & R. M. Silveira. Duas espécies de Phellinus s. l. (Hymenochaetales) conhecidas somente sobre bambus em decomposição foram recombinadas para o gênero Fomitiporia, quais sejam, F. spinescens (J. E. Wright & G. Coelho) G. Coelho, Guerrero & Rajchenb., comb. nov. de Santa Maria e da Argentina e F. uncinata (Rajchenb.) G. Coelho, Guerrero & Rajchenb., comb. nov. da Argentina. Duas espécies interessantes pela cor amarelo intenso do basidioma e himenóforo irpicóidemerulióide, Leucogyrophana pinastri (Fr.) Ginns & Weresub e Pseudomerulius curtisii (Berk.) Redhead & Ginns, têm sido associadas à degradação da madeira de Pinus e coníferas e foram notificadas pela primeira vez para a América do Sul. No Brasil, seis espécies foram coletadas, analisadas e descritas pela primeira vez: Antrodia aurantia Lodge, Ryvarden & Perd.-Sánch., A. variiformis (Peck) Donk, Ceriporia spissa (Schwein. ex Fr.) Rajchenb., Ceriporiopsis subvermispora (Pilát) Gilb. & Ryvarden, Hapalopilus albocitrinus (Petch) Ryvarden e Parmastomyces transmutans (Overh.) Ryvarden. & Gilbn. - exceto Ceriporia spissa, encontrada em angiospermas, todas estas espécies cresciam sobre madeira de Pinus spp. na área estudada. Como resultados adicionais, foram construídas três chaves mundiais de fungos com poros coletadas em Santa Maria ou registradas na literatura: uma para o gênero Gloeoporus Mont., uma para o gênero Rigidoporus Murril, e uma terceira para as espécies conhecidas até o momento como degradadoras de bambus. / This study represents a taxonomical survey of poroid Basidiomycota undertaken in the region of Santa Maria, a municipality in Rio Grande do Sul State, southern Brazil. It includes 70 wood-inhabiting species either from native subtropical forests (selected species) or from Pinus spp. plantations. As main results, this work allowed the description of eight new species of poroid fungi, being seven from Santa Maria and one from São Francisco de Paula (Pró-Mata), namely: Auriporia brasilica G. Coelho, Diplomitoporus marianoi-rochae G. Coelho, D. taquarae G. Coelho, Echinoporia inermis G. Coelho, Gloeoporus guerreroanus G. Coelho, R. M. Silveira & Rajchenb., Fomitiporia sanctichampagnatii G. Coelho, R. M. Silveira & Rajchenb., Polyporus cupressi G. Coelho & R. M. Silveira and Rigidoporus digitocystis G. Coelho & R. M. Silveira. Two species of Phellinus s. l. (Hymenochaetales) so far known growing on bamboos were recombined into Fomitiporia, i.e., F. spinescens (J. E. Wright & G. Coelho) G. Coelho, Guerrero & Rajchenb., comb. nov. from Santa Maria and Argentina and F. uncinata (Rajchenb.) G. Coelho, Guerrero & Rajchenb., comb. nov. from Argentina. In Pinus plantations, specimens of Leucogyrophana pinastri (Fr.) Ginns & Weresub and Pseudomerulius curtisii (Berk.) Redhead & Ginns, two wood-decaying species of pines and conifers previously unrecorded from South America, were collected and analyzed. The following six species were recorded for the first time in the Brazilian territory: Antrodia aurantia Lodge, Ryvarden & Perd.- Sánch., A. variiformis (Peck) Donk, Ceriporia spissa (Schwein. ex Fr.) Rajchenb., Ceriporiopsis subvermispora (Pilát) Gilb. & Ryvarden, Hapalopilus albocitrinus (Petch) Ryvarden, and Parmastomyces transmutans (Overh.) Ryvarden. & Gilbn., all of them growing on wood of Pinus spp. in the study area, except for C. spissa, which was found only on angiosperm wood. This work includes three worldwide keys based on the literature records and field data, one being to Gloeoporus Mont., another to Rigidoporus Murril, and another to all the species of poroid fungi known growing on bamboos.

Fungos fitopatogênicos veiculados por sementes de soja podem causar sérios prejuízos à cultura, bem como danos diretos reduzindo o poder germinativo, vigor e emergência das sementes. A detecção e identificação precisa de fitopatógenos é uma das estratégias mais importantes para iniciar as medidas preventivas ou curativas no controle de doenças de plantas. Para se evitar a introdução e propagação de patógenos em áreas onde ainda não ocorrem, uma atenção especial deve ser tomada na detecção de agentes patogênicos em sementes. Os métodos tradicionalmente utilizados para detectar e identificar fungos em sementes são, muitas vezes, demorados, laboriosos e exigem um conhecimento extenso de taxonomia clássica. Métodos moleculares têm sido utilizados para detectar, identificar e quantificar uma longa lista de fungos fitopatogênicos. A técnica da reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) é atualmente considerada a mais eficiente para a detecção de fitopatógenos, não exigindo conhecimentos taxonômicos especializados para interpretar seus resultados. Considerando a importância e as implicações da diagnose rápida e bem sucedida de agentes patogênicos em sementes de soja, este estudo teve como objetivo estabelecer uma metodologia para elevar a eficiência de detecção dos fungos fitopatogênicos Sclerotinia sclerotiorum, Colletotrichum truncatum, Phomopsis spp. e Corynespora cassiicola, encontrados com maior frequência em sementes de soja, por meio de qPCR. Iniciadores e sondas de hidrólise TaqMan® foram projetados para os diferentes patógenos e avaliados quanto à sua especificidade e sensibilidade. Curvas padrões, baseando-se em diluições seriadas dos DNAs alvos de iniciadores e sondas específicas, foram estabelecidas para a quantificação desses patógenos. Amostras de sementes de soja naturalmente infectadas, provenientes dos Estados de Goiás, Minas Gerais e Paraná, foram submetidas a testes de detecção por meio de qPCR e métodos tradicionais, para fins de comparação. De todos os iniciadores e sondas projetados, apenas os de Phomopsis spp. e S. sclerotiorum apresentaram-se específicos e sensíveis, viabilizando sua utilização na detecção desses patógenos. Por meio dos testes tradicionais de detecção, Phomopsis spp. apresentou incidência máxima de 2,75% em uma amostra de Minas Gerais e S. sclerotiorum não foi detectado em nenhuma das amostras avaliadas. O método de qPCR proporcionou a detecção de Phomopsis spp. em todas as amostras testadas, alcançando o nível de incidência máximo de 6,75%. em amostra de Minas Gerais. S. sclerotiorum não foi detectado em nenhuma das amostras avaliadas pelo método de qPCR. Comparando-se os métodos de detecção testados, a qPCR foi mais sensível na detecção de Phomopsis spp. em sementes de soja. / Seed-born pathogenic fungi in soybean can cause serious damage to the crop, as well as direct damage by reducing seeds germination, vigor and emergence. The detection and accurate identification of plant pathogens is one of the most important strategies to initiate preventive and curative measures in the management of plant diseases. Particular attention should be taken in the detection of pathogens in seeds in order to avoid introduction and spread of pathogens in areas where they do not occur. The traditionally used methods for detection and identification of seed-born pathogenic fungi are often time consuming, laborious and require extensive knowledge of classical taxonomy. Molecular methods have been used to detect, identify and quantify a long list of plant pathogenic fungi. Quantitative real time polymerase chain reaction (qPCR) is currently considered the most efficient technique for the detection of pathogens because it does not require specialized taxonomical knowledge to interpret its results. Given the importance and implications of rapid and successful diagnosis of seed-born pathogenic fungi in soybean, this study aimed to establish a qPCR methodology to increase the detection efficiency of plant pathogenic fungi Sclerotinia sclerotiorum, Colletotrichum truncatum, Phomopsis spp. and Corynespora cassiicola, the most commonly occurring seed-born pathogenic fungi. Primers and TaqMan® hydrolysis probes were designed for these four pathogens and tested for specificity and sensitivity. Standard curves were established to quantify these pathogens, based on serial dilutions of the target DNA and specific primers and probes. Samples of naturally infected soybean seed from the states of Goiás, Minas Gerais and Paraná were subjected to detection tests using qPCR and traditional methods, for comparison purposes. From all primers and probes designed, only those for Phomopsis spp. and S. sclerotiorum showed up specificity and sensitivity, enabling their use to detect of these pathogens. Detection by traditional tests, resulted in a maximum Phomopsis spp. incidence of 2.75% in a sample from Minas Gerais and S. sclerotiorum was not detected in any of the samples. The detection and quantification of these pathogens by qPCR revealed the presence of Phomopsis spp. in all tested samples, the highest incidence level of 6.75% in a sample from Minas Gerais. S. sclerotiorum was not detected in any sample assessed by qPCR method. In comparison with traditional methods, qPCR was more sensitive in detecting Phomopsis spp. in soybean seeds.

Please read the abstract (Summary) in the section 00front of this document / Dissertation (MSc (Botany))--University of Pretoria, 2007. / Plant Science / MSc / Unrestricted