Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2007. / Submitted by Kathryn Cardim Araujo (kathryn.cardim@gmail.com) on 2009-12-21T13:03:40Z No. of bitstreams: 1 Dissert_Sarah Barreto.pdf: 18020037 bytes, checksum: 79cf69d431384bf7b52caccf5c5c2ce9 (MD5) / Approved for entry into archive by Daniel Ribeiro(daniel@bce.unb.br) on 2009-12-21T21:37:02Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissert_Sarah Barreto.pdf: 18020037 bytes, checksum: 79cf69d431384bf7b52caccf5c5c2ce9 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-12-21T21:37:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissert_Sarah Barreto.pdf: 18020037 bytes, checksum: 79cf69d431384bf7b52caccf5c5c2ce9 (MD5) Previous issue date: 2007-05-21 / Estudou-se a microflora fúngica de sementes de nove espécies de plantas ornamentais herbáceas (Dahlia pinnata, Petunia x hybrida, Phlox drummondii, Rudbeckia hirta, Salvia farinacea, Salvia splendens, Tagetes patula, Viola tricolor e Zinnia elegans). Foram analisadas 13 amostras de sementes, sendo 5 delas estavam com data de validade vencida (P. drummondii, R. hirta, T. patula lote nº1, T. patula lote nº 2 e Z. elegans). Além disso, realizou-se o levantamento de fungos em mudas e plantas em fase de florescimento para D. pinnata, Impatiens hawkeri, P. x hybrida, P. drummondii, R. hirta, S. farinacea, S. splendens, T. patula e Z. elegans produzidas pela Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil (NOVACAP) no Distrito Federal. Das amostras de sementes foram isolados 32 fungos distribuídos entre as nove espécies de plantas ornamentais herbáceas. Desse total, 25 foram hifomicetos, 3 celomicetos, 2 ascomicetos e dos filos Oomycota e Zygomycota há 1 representante para cada. Dentre os hifomicetos destacaram-se pela freqüência espécies do gênero Alternaria, Cladosporium, Bipolaris, Curvularia, Exerohilum, Aspergillus e Penicillium. Com relação à ocorrência dos fungos, esta em geral foi menor nos lotes com data dentro do prazo de validade e nas sementes que passaram pela desinfestação superficial com hipoclorito de sódio. O maior número de fungos ocorreu nas sementes de D. pinnata (112), T. patula lote nº 1 (105), T. patula lote nº 2 (91) e em P. drummondii (77). De mudas e plantas em fase de florescimento foram encontrados 21 fungos, sendo 12 hifomicetos, 8 celomicetos e 1 ascomiceto. Destes, destacaram-se pela freqüência espécies de: Alternaria, Cercospora, Colletotrichum, Leptosphaerulina, Oidium e Phoma. Do total de fungos encontrados nas 10 espécies de plantas ornamentais herbáceas, 9 são provavelmente o primeiro relato no mundo e 12 o primeiro relato no Brasil. Conseqüentemente, não havendo nenhum registro anterior dos fungos encontrados nessas hospedeiras para o Distrito Federal. __________________________________________________________________________ ABSTRACT / The fungi of nine species of seeds of herbaceous ornamental plants were studied, (Dahlia pinnata, Petunia x hybrida, Phlox drummondii, Rudbeckia hirta, Salvia farinacea, Salvia splendens, Tagetes patula, Viola tricolor and Zinnia elegans. From thirteen seed sample lots, five had expired validity date (P. drummondii, R. hirta, T. patula lot 1, T. patula lot 2 and Z. elegans). Fungi analysis in seedlings and in blooming plants (D. pinnata, Impatiens hawkeri, P. x hybrida, P. drummondii, R. hirta, S. farinacea, S. splendens, T. patula and Z. elegans) produced by Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil (NOVACAP), in Brasília, DF, Brazil. From these seed samples, thirty four. Twenty eight were Hyphomycetes, three Coelomycetes, two Ascomycetes, one Oomycota and one Zycomycota. Alternaria, Cladosporium, Bipolaris, Curvularia, Exerohilum, Aspergillus and Penicillium were most abundant. Amount of fungi was lower in lots within the validity date and in those seeds that were superficially pre-treated (sodium hypochlorite). Highest number of fungi occurred in seeds of D. Pinnata (112), T. patula lot 1 (105), T. patula lot 2 (91) and P. Drummondii (77). For seedlings and blooming plants, 21 fungi were found, 12 Hyphomycetes, 8 Coelomycetes and 1 Ascomycetes. Species of Alternaria, Cercospora, Colletotrichum, Leptosphaerulina, Oidium e Phoma were most abundant. Probabily, ninen of these fungi were reported for the first time in the world and 12 of them in Brazil.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-06-05T18:35:12Z No. of bitstreams: 1 2017_PedroMarettiBrant.pdf: 2836357 bytes, checksum: 9d3963f4506e49546ec09c79daaa34f4 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-06-20T21:20:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_PedroMarettiBrant.pdf: 2836357 bytes, checksum: 9d3963f4506e49546ec09c79daaa34f4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-20T21:20:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_PedroMarettiBrant.pdf: 2836357 bytes, checksum: 9d3963f4506e49546ec09c79daaa34f4 (MD5) Previous issue date: 2017-06-20 / A floricultura no Brasil teve início como atividade secundária da fruticultura nos estados de São Paulo e Santa Catarina no início do século XX e atualmente apresenta um crescimento anual de exportação maior que a média mundial. O Distrito Federal (DF) é o décimo em valor de mercado no país, sendo um mercado altamente promissor por apresentar a maior renda per capita do país. Com a expansão do setor, aumento na incidência das doenças e a constante introdução de mudas e sementes exóticas no país, fatores de cultivo, manejo e sanidade vegetal podem constituir um entrave à produção de ornamentais no país e DF. Ainda assim, pesquisas direcionadas a detecção precisa de espécies virais ocorrendo em plantas ornamentais são incipientes no país e escassas no DF. O estudo de viroma em combinação com as estratégias de Next Generation Sequencing (NGS), tendo o apoio das metodologias de bioinformática, têm possibilitado uma eficiente descrição de diferentes organismos presentes em diferentes amostras biológicas nos mais diversificados ambientes e proporcionado avanços significativos em diferentes campos das ciências, incluindo a virologia vegetal. Neste trabalho, um pool composto por dez espécies de plantas ornamentais provenientes do Viveiro I da NOVACAP (Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil) foi submetido ao sequenciamento NGS. Após análise dos dados gerados, por meio de diferentes técnicas de bioinformática, sequências novas foram encontradas, indicando seis prováveis novas espécies virais em diferentes gêneros e famílias. Duas prováveis espécies novas de Nucleorhabdovirus (família Rhabdoviridae) foram identificadas, sendo uma delas em Pachystachys lutea (camarão-amarelo) e a outra em Coreopsis lanceolata (margaridinha). Nesta mesma ornamental, margaridinha, identificou-se também uma provável espécie nova do gênero Umbravirus (família Tombusviridae). Outro representante da família Tombusviridae, neste caso uma espécie classificada no gênero Pelarspovirus, foi identificada em Jasminum nitidum (jasmim estrela). As demais espécies, uma do gênero Cytorhabdovirus e outra uma do gênero Potyvirus, foram detectadas no pool de amostras. Dentre essas prováveis espécies novas de vírus, duas sequências detectadas nas plantas ornamentais C. lanceolata e P. lutea apresentaram maior proximidade com os vírus Sonchus yellow net nucleorhabdovirus (SYNV) e Potato yellow dwarf nucleorhabdovirus (PYDV), respectivamente, e foram denominadas como Coreopsis mottle-associated virus (CMaV) e Pachystachys mosaic-associated virus (PMaV). Para CMaV e PMaV, o genoma total foi recuperado mediante amplificação genômica nas amostras originais utilizando primers internos sobrepostos, sendo as extremidades 3’ e 5’ recuperadas através da técnica RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends - RACE). Após estes procedimentos, sequências foram obtidas via sequenciamento Sanger, confirmando a alta identidade com a sequência montada in silico pelo NGS. Com a sequência completa dos dois vírus procedeu-se análises filogenéticas. A partir de análises comparativas via alinhamento múltiplo de sequências (MSA), alinhamento pairwise e filogenéticas, propôs-se que CMaV e PMaV sejam prováveis espécies novas para o gênero Nucleorhabdovirus, tendo em vista a identidade nucleotídica de 56,99% entre os genomas de CMaV e SYNV e 46,99% entre PMaV e PYDV. / In Brazil, the floriculture agribusiness started as a minor activity in the São Paulo and Santa Catarina states in the early 20th century and currently its annual market growth is bigger than worldwide’s mean. The Federal District (DF) is ranked in the 10th place in terms of market value in Brazil, being a highly promising market due to the high average per capita income of its population. With the expansion of this sector, it was observed a significant increase in the incidence of diseases due to the constant transit and introduction into the country of exotic plant material and seeds. In addition, the implementation of new crop management practices is also having direct effects on disease outbreaks. These factors may affect the sustainability of the ornamental plant agribusiness sector in the country. Research efforts aiming to develop accurate diagnostic tools for viral species occurring in ornamental plants are yet incipient in the country. The virome study employing Next Generation Sequencing (NGS) techniques, combined with bioinformatics methods, has been considered as the most powerful strategy aiming to exploit the genetic diversity of organisms present in any biological sample and allowed significant advances in different fields of science, including plant virology. For this work a pool of ten ornamental plants from NOVACAP (Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil) Nursery 1 was sent to NGS. Posterior to data analysis, the sequences obtained were compared to reference genomes from DNA data banks and assembled, producing potential six plant virus sequences in different genera and families. Two probable new species from Nucleorhabdovirus (Rhabdoviridae family) were identified, one in Pachystachys lutea and other in Coreopsis lanceolata. In this ornamental plant, C. lanceolata, it was identified as well a probable new species of the genus Umbravirus (Tombusviridae family). Other member of the Tombusviridae family, now from the Pelarspovirus genus, was identified in Jasminum nitidum. Two of the assembled species, one of the Cytorhabdovirus genus and other from the Potyvirus genus, were detected in the pool only. Among these probable new viral species, two sequences that were detected in the ornamental plants C. lanceolata and P. lutea were close to the Sonchus yellow net nucleorhabdovirus (SYNV) and Potato yellow dwarf nucleorhabdovirus (PYDV) viruses, respectively, and were named as Coreopsis mottle-associated virus (CMaV) and 4 Pachystachys mosaic-associated virus (PMaV). For CMaV and PMaV, the total genome was recovered by amplifying the genome from the original samples using sintesyzed primers, while the 3’ and 5’ ends with the RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) technique. Posterior to these assays, sequences were obtained from Sanger sequencing method, confirming the high identity with the in silico assembled sequence from NGS. With the complete sequence of both viruses, phylogenetics assays were made. With the multiple sequence alignment (MSA), pairwise alignment and phylogenetics, we propose that CMaV and PMaV are probable new viruses from the Nucleorhabdovirus genus, as the nucleotide identity of the genome were 56.99% from CMaV and SYNV and 46.99% from PMaV and PYDV.

Orientador: Marcelo Agenor Pavan / Coorientador: Julio Massaharu Marubayashi / Banca: Renate Krause Sakate / Banca: Kelly Cristina Gonçalves Rocha / Banca: Romulo Fujito Kobori / Banca: Ricardo Gioria / Resumo: Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae), é um complexo composto por pelo menos 37 espécies crípticas e representa uma das mais importantes pragas agrícolas do mundo, já que é um inseto altamente polifago e considerado um supervector de vírus, uma vez que sozinho é capaz de transmitir mais de 300 espécies, como os begomovírus (gênero Begomovirus, família Geminiviridae) e crinivírus (gênero Crinivirus, família Closteroviridae). Mais de duas décadas depois que a espécie B. tabaci Middle East Asia Menor 1 (MEAM1, biótipo B) invadiu e se estabeleceu no Brasil através de plantas ornamentais, a presença da B. tabaci especie Mediterranean (MED, biótipo Q) foi relatada pela primeira vez no Rio Grande do Sul em 2014, e, recentemente, nos estados de São Paulo e Paraná. Em 2015, espécimes de moscas-brancas coletadas em cultivos comerciais protegidos de begônias, hortênsias, petúnias e poinsettias em São Paulo, bem como de begônias e poinsetias de floriculturas e Capsicum spp. associado a Emilia fosbergii em estufas usadas anteriormente para poinsettia no Paraná, foram todos identificados como pertencentes a espécie MED. Adicionalmente, os endosimbiontes secundários identificados foram Arsenophonus, Hamiltonella e Rickettsia foram detectados por PCR e confirmados por sequenciamento e análise de FISH, divergindo dos encontrados nas moscas MED do Rio Grande do Sul, as quais abrigavam Hamiltonella e Cardinium. Em 2015, portanto, a primeira pesquisa no Estado de São Paulo revelou que a espéc... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract:Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae), it is a complex consisting of at least 37 cryptic species and is one of the most important agricultural pests worldwide, since it is a highly polyphagous insect and considered a virus supervector once it alone transmits more than 300 species, such as begomovirus (genus Begomovirus, Geminiviridae family) and crinivirus (genus Crinivirus, Closteroviridae family). More than two decades after the species B. tabaci Middle East Asia Minor 1 (MEAM1, biotype B) invaded and settled in Brazil through ornamental plants, the presence of B. tabaci Mediterraneann species (MED, biotype Q) was first reported in Rio Grande do Sul in 2014, and recently in São Paulo and Paraná States. In 2015, specimens of whiteflies collected in commercial greenhouses of begonias, hydrangeas, petunias and poinsettias in São Paulo, as well as begonias and poinsettias from flower shops and Capsicum spp. associated with Emilia fosbergii in greenhouses used previously for poinsettia in Paraná, they were all identified as belonging to MED species. In addition, the identified secondary endosymbionts were Arsenophonus, Hamiltonella and Rickettsia were detected by PCR and confirmed by sequencing and FISH analysis, diverging from the set of MED from Rio Grande do Sul, which harbored Hamiltonella and Cardinium. In 2015, therefore, the first research in São Paulo revealed that the MED species was present only in greenhouses of ornamentals and flower shops, associated with ornamental ... / Doutor