Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2001-10Bitstream added on 2014-06-13T19:37:30Z : No. of bitstreams: 1 buzeto_al_me_botfca.pdf: 500408 bytes, checksum: c4806a453d209bba8b3c3db4cc072c79 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Rhizoctonia spp. caracterizam-se por serem patógenos muito importantes em hortaliças, principalmente se cultivadas sucessivamente na mesma área de produção. As hortaliças testadas foram tomate, espinafre, melão, alface, brócolos e couve-manteiga. Estabeleceu-se uma coleção de isolados de Rhizoctonia spp. destas hortaliças, e foram avaliados as características citológicas, através da contagem de núcleos, as características quanto ao grupo de anastomose, através de anastomose de hifas, RAPD e através do teste de patogenicidade. Na contagem de núcleos, verificou-se que os isolados de tomate, espinafre, alface, melão e brócolos foram caracterizados como sendo Rhizoctonia solani, enquanto que os isolados de couve-manteiga foram caracterizados como sendo de Rhizoctonia sp. binucleada. Quanto ao grupamento de anastomose, verificou-se que os isolados de espinafre e tomateiro pertenciam ao grupo AG 4 HGI, os isolados de melão e brócolos paertenciam ao AG 4 HGII, os de alface pertenciam ao AG 1 IA, sendo corroborada através da técnica de RAPD, enquanto os de couve-manteiga ao AG G. No teste de patogenicidade, todos os isolados foram patogênicos nas hortaliças dos quais foram isolados. O presente trabalho teve como objetivo principal a caracterização de isolados de Rhizoctonia spp. de hortaliças. As hortaliças testadas foram tomate, espinafre, alface, melão, brócolos e couve-manteiga. / Rhizoctonia spp. are characterized for being of the very important pathogens on vegetables, mainly in their sucessive cultivation on the same production area. The main objective of the present study was the characterization of isolates of Rhizoctonia spp. from vegetables. The vegetables tested were tomato, lettuce, broccoli, spinach, melon, and kale. A collection of isolates of Rhizoctonia spp. of those vegetables was obtained, and each isolate was characterized by the nuclei number, hiphal anastomosis reactinon, RAPD techinique, and by pathogenicity tests. Isolates from tomato, spinach, lettuce, melon and broccoli were characterized as Rhizoctonia solani, while the isolates of kale were characterized as binucleate Rhizoctonia sp. Through anastomosis reaction, it was determined that the isolates from tomato and spinach belong to the group AG 4 HGI, the isolates from melon and broccoli belong to AG 4 HGII, the isolates from lettuce belong to AG-1-IA, by RAPD thecnique and, isolates from kale belong to AG-G. All isolates were pathogenic to their respectives hosts.

Orientador: Eiko Eurya Kuramae / Resumo: Rhizoctonia spp. caracterizam-se por serem patógenos muito importantes em hortaliças, principalmente se cultivadas sucessivamente na mesma área de produção. As hortaliças testadas foram tomate, espinafre, melão, alface, brócolos e couve-manteiga. Estabeleceu-se uma coleção de isolados de Rhizoctonia spp. destas hortaliças, e foram avaliados as características citológicas, através da contagem de núcleos, as características quanto ao grupo de anastomose, através de anastomose de hifas, RAPD e através do teste de patogenicidade. Na contagem de núcleos, verificou-se que os isolados de tomate, espinafre, alface, melão e brócolos foram caracterizados como sendo Rhizoctonia solani, enquanto que os isolados de couve-manteiga foram caracterizados como sendo de Rhizoctonia sp. binucleada. Quanto ao grupamento de anastomose, verificou-se que os isolados de espinafre e tomateiro pertenciam ao grupo AG 4 HGI, os isolados de melão e brócolos paertenciam ao AG 4 HGII, os de alface pertenciam ao AG 1 IA, sendo corroborada através da técnica de RAPD, enquanto os de couve-manteiga ao AG G. No teste de patogenicidade, todos os isolados foram patogênicos nas hortaliças dos quais foram isolados. O presente trabalho teve como objetivo principal a caracterização de isolados de Rhizoctonia spp. de hortaliças. As hortaliças testadas foram tomate, espinafre, alface, melão, brócolos e couve-manteiga. / Abstract: Rhizoctonia spp. are characterized for being of the very important pathogens on vegetables, mainly in their sucessive cultivation on the same production area. The main objective of the present study was the characterization of isolates of Rhizoctonia spp. from vegetables. The vegetables tested were tomato, lettuce, broccoli, spinach, melon, and kale. A collection of isolates of Rhizoctonia spp. of those vegetables was obtained, and each isolate was characterized by the nuclei number, hiphal anastomosis reactinon, RAPD techinique, and by pathogenicity tests. Isolates from tomato, spinach, lettuce, melon and broccoli were characterized as Rhizoctonia solani, while the isolates of kale were characterized as binucleate Rhizoctonia sp. Through anastomosis reaction, it was determined that the isolates from tomato and spinach belong to the group AG 4 HGI, the isolates from melon and broccoli belong to AG 4 HGII, the isolates from lettuce belong to AG-1-IA, by RAPD thecnique and, isolates from kale belong to AG-G. All isolates were pathogenic to their respectives hosts. / Mestre

Orientador: Renate Krause Sakate / Banca: Ricardo Gioria / Banca: Denise Nakada Nozaki / Resumo: A partir do ano de 2016, anormalidades foram observadas em campos de produção de rúcula (Eruca sativa) no interior do estado de São Paulo, região de Botucatu. As plantas acometidas apresentavam mosaico, redução drástica no crescimento e deformação foliar, sintomas típicos da infeção por vírus. Associadas as essas plantas, também foram observadas altas populações de pulgões/afídeos e de plantas daninhas, como nabiça (Raphanus raphanistrum) e nabo forrageiro (Brassica rapa) apresentando sintomas de mosaico. Inicialmente, as plantas foram submetidas ao teste de ELISA indireto usando um antissoro para potyvirus, em seguida foi realizada a extração de RNA total e RT-PCR, utilizando as amostras ELISA-positivas. A sequência correspondente à região codificadora para a proteína capsidial foi obtida e o vírus foi identificado como Turnip mosaic virus (TuMV). Posteriormente outros campos de produção de folhosas foram visitados no Estado de São Paulo (região de Bragança Paulista e Mogi-Mirim) e o TuMV foi novamente identificado em rúcula, porém também em alface (Lactuca sativa) e acelga (Beta vulgaris subsp. vulgaris). Analises biológicas e moleculares agruparam ambos os isolados de TuMV no grupo Brassica-Raphanus (BR), que inclui isolados infectando espécies de Brassica e Raphanus. É apresentado aqui o primeiro relato de TuMV naturalmente infectando rúcula, alface e acelga no Brasil. De acordo com a análise filogenética, pelo menos duas introduções diferentes de isolados de TuMV ocorrer... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Abnormalities have been observed in rocket (Eruca sativa) fields in Botucatu, Sao Paulo state, Brazil since 2016. Symptoms of mosaic, reduction in foliar growth and deformation, typical symptoms of virus infection were observed in rocket plants. Associated to these plants we also found high populations of aphids, as well as raphanus weeds (Raphanus raphanistrum) and forage turnip (Brassica rapa) with mosaic symptoms. Initially, the plants were submitted to indirect ELISA using a potyvirus antiserum, and then total RNA extraction and RT-PCR were performed using the ELISA-positive samples. The complete coat protein sequence was obtained and the virus was identified as Turnip mosaic virus (TuMV). Later, other fields were visited in Sao Paulo state (cities of Bragança Paulista and Mogi-Mirim) and TuMV was again identified not only in rocket, but also in lettuce (Lactuca sativa) and chard (Beta vulgaris subsp. vulgaris). Biological and molecular analysis grouped both TuMV isolates in the Brassica-Raphanus (BR) clade, which includes isolates infecting Brassica and Raphanus species. Here is the first report of rocket, lettuce and chard naturally infected with TuMV in Brazil. According to the phylogenetic analysis, at least two different introductions of TuMV isolates occurred in Brazil, corresponding to the basal-BR and world-B types, infecting Brassica/Raphanus and Brassica, respectively ... / Mestre

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2018-02-27T19:26:39Z No. of bitstreams: 1 2017_BrunoFerreiradeOliveira.pdf: 2786370 bytes, checksum: 3fa18978b4cfb5fb94da7811b2a7dc70 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-03-02T21:18:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_BrunoFerreiradeOliveira.pdf: 2786370 bytes, checksum: 3fa18978b4cfb5fb94da7811b2a7dc70 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-02T21:18:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_BrunoFerreiradeOliveira.pdf: 2786370 bytes, checksum: 3fa18978b4cfb5fb94da7811b2a7dc70 (MD5) Previous issue date: 2018-03-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES); Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq). / A antracnose, uma das principais doenças de pós-colheita em jiló (Solanum aethiopicum L.), tem sido pouco investigada em vários aspectos, principalmente no que se refere a etiologia e controle que foram os objetivos desse trabalho. Para que estes estudos fossem conduzidos nas referidas áreas foi necessário que se dispusesse, inicialmente, de uma metodologia adequada que permitisse a reprodução dos sintomas da doença em condições de laboratório. Estabeleceu-se, portanto, um método de inoculação utilizando o isolado Coll-265 dentre os quatro procedimentos: 1) ferimento no fruto com um furo utilizando uma agulha de metal de 1,25 mm de diâmetro + deposição de 15 μL do inóculo (M1); 2) apenas deposição de 15 μL do inóculo sobre o epicarpo do fruto sem ferimento (M2); 3) ferimento no fruto com um furo utilizando uma agulha de metal de 1,25 mm de diâmetro + deposição de um disco de 0,5 cm de diâmetro de BDA com cultivo do fungo (M3) e 4) apenas deposição de um disco de 0,5 cm de diâmetro de BDA com cultivo do fungo sobre o epicarpo do fruto (M4). A concentração estimada do inóculo foi de 2 x 105 conídios/mL. Nas testemunhas foram depositadas água destilada esterilizada e disco de BDA sem cultivo do fungo. Avaliou-se a incidência e o diâmetro médio da lesão por tratamento. Os dados de diâmetro da lesão foram submetidos à ANOVA e teste de Tukey a 0,05 de probabilidade. Após, quinze isolados de Colletotrichum obtidos de antracnose em jiló foram testados quanto à virulência em frutos da cultivar Tinguá. Avaliou-se incidência de antracnose, diâmetro médio da lesão, períodos de incubação e latência. Os dados de diâmetro médio da lesão foram submetidos à ANOVA e testes de média Tukey e Dunnet ao nível de 5 % de significância. Em seguida, um isolado, dentre os mais virulentos, foi identificado com base em sequências de regiões genômicas gliceraldeído-3-fosfato-desidrogenase (GAPDH), actina (ACT) e beta-tubulina (TUB2), enquanto que os demais isolados virulentos foram identificados com base apenas na região genômica GAPDH. Duas árvores filogenéticas foram geradas por ‘Máxima Verossimilhança’, uma para análise multigene utilizando as sequências concatenadas e outra para GAPDH. In vitro foi observado o crescimento micelial do isolado Coll-265 em meio com quitosana nas seguintes condições: 1) batata-dextrose-ágar com quitosana a 0,1 %; 2) batata-dextrose-ágar com quitosana a 0,2 %; 3) batata-dextrose-ágar com quitosana a 0,3 % e 4) batata-dextrose-ágar com quitosana a 0,4 %. Como testemunha, apenas batata-dextrose-ágar. Todas as placas foram armazenadas em BOD a 25°C e fotoperíodo de 12 h. Iniciou-se a avaliação 48 h após a implantação do experimento pela medição do crescimento radial do fungo em dois sentidos opostos, repetindo-se a medição a cada 48 h até completar 10 dias. A taxa de crescimento micelial e a porcentagem de inibição do crescimento micelial foram calculadas. Repetiu-se uma vez o experimento adotando as mesmas condições. Para análise estatística, fez-se ANOVA, teste F e regressão. Para controle in vivo, jilós foram submetidos aos tratamentos: T1 – não revestidos e não inoculados; T2 – não revestidos e inoculados; T3 – revestidos com quitosana a 0,1 % e inoculados; T4 – revestidos com quitosana a 0,2 % e inoculados e T5 – revestidos com quitosana a 0,3 % e inoculados. Os tratamentos T1 e T2 serviram como testemunhas. Analisou-se perda de massa fresca; incidência média da doença e severidade da doença. Repetiu-se uma vez o experimento adotando as mesmas condições. Os valores de severidade da doença de cada tratamento foram utilizados para o cálculo da AACPD. Para análise estatística, fez-se ANOVA, teste F e regressão. Utilizou-se DIC para todos os experimentos. Concluiu-se que M1 foi o mais efetivo para reprodução de sintomas de antracnose em laboratório sendo utilizado nos experimentos posteriores, quando necessário. Os isolados Coll-182, Coll-265, Coll-266, Coll-297, Coll-586 e Coll-588 foram os mais virulentos, com destaque para Coll-265 e Coll-266 que apresentaram as maiores médias de diâmetro da lesõe e 100 % de incidência de antracnose. Todos os isolados virulentos foram identificados molecularmente como Colletotrichum tamarilloi. In vitro, a quitosana em todas as concentrações testadas inibiu o crescimento micelial do fungo. In vivo, o revestimento de quitosana a 0,2 % (T4) reduziu a severidade da antracnose em jiló pós-colheita, mas não impediu a sua incidência. / Anthracnose, a major post-harvest disease in scarlet eggplant fruit (Solanum aethiopicum L.), has been little investigated in several aspects, mainly regarding etiology and control, which were the objectives of this work. For these studies to be conducted it was necessary initially to have an adequate methodology that would allow the reproduction of the symptoms of the disease under laboratory conditions. A method of inoculation using the Coll-265 isolate was therefore established among the four procedures: 1) injury in the fruit with a metal needle bore of 1.25 mm diameter + deposition of 15 μL of the inoculum (M1); 2) only deposition of 15 μL of the inoculum on the epicarp of the uninjured fruit (M2); 3) injury in the fruit with a metal needle hole of 1.25 mm diameter + deposition of a 0.5 cm diameter BDA disc with fungus culture (M3) and 4) only deposition of a 0.5 cm diameter BDA disc with fungus culture on the epicarp of the fruit (M4). The estimated concentration of the inoculum was 2 x 105 conidia/ mL. Sterilized distilled water and BDA disc without culture of the fungus were deposited in the controls. The incidence and mean diameter of the lesion in each treatment were evaluated. The data of mean diameter of the lesion were submitted to ANOVA and Tukey's test at 0.05 probability. Fifteen isolates of Colletotrichum obtained from anthracnose in scarlet eggplant fruit were tested for virulence in Tinguá fruits. The incidence of anthracnose, mean lesion diameter, incubation and latency period were evaluated. The data of mean diameter of the lesion were submitted to ANOVA and Tukey’s and Dunnet’s mean tests at the 5% level of significance. The most virulent isolates were identified based on genomic sequences of glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH), actin (ACT) and beta-tubulin (TUB2), whereas the other virulent isolates were identified based only on the GAPDH genomic region. Two phylogenetic trees were generated by ‘Maximum Likelihood’, one for multigene analysis using the concatenated sequences and another for GAPDH. In vitro, the mycelial growth of the Coll-265 isolate in chitosan medium was observed under the following conditions: 1) potato-dextrose-agar with 0.1% chitosan; 2) potato-dextrose-agar with 0.2% chitosan; 3) potato-dextrose-agar with 0.3% chitosan and 4) potato-dextrose-agar with 0.4% chitosan. As a control, only potato-dextrose-agar. All plates were stored in BOD at 25°C and photoperiod of 12 h. The evaluation was iniciated 48 h after the implantation of the experiment by measuring radial growth of the fungus in two opposite directions, repeating the measurement every 48 h until completing 10 days. The mycelial growth rate and percent inhibition of mycelial growth were calculated. The experiment was repeated once under the same conditions. For statistical analysis, we performed ANOVA, F test and regression. For the in vivo control test, scarlet eggplant fruits were submitted to treatments: T1 - uncoated and uninoculated; T2 - uncoated and inoculated; T3 - coated with 0.1% chitosan and inoculated; T4 - coated with 0.2% chitosan and inoculated and T5 - coated with 0.3% chitosan and inoculated. The T1 and T2 treatments served as controls. Loss of fruit fresh mass was analyzed; mean incidence of disease and severity of the disease. The experiment was repeated once under the same conditions. The disease severity values of each treatment were used to calculate AACPD. For statistical analysis, we performed ANOVA, F test and regression. DIC was used for all experiments. It was concluded that M1 was the most effective for reproduction of anthracnose symptoms in the laboratory and, therefore, it was used in later experiments when necessary. Coll-265, Coll-266, Coll-266, Coll-297, Coll-586 and Coll-588 isolates were the most virulent, with Coll-265 and Coll-266 showing the highest lesion diameter means and 100% incidence of anthracnose. All virulent isolates were molecularly identified as Colletotrichum tamarilloi. In vitro, chitosan at all concentrations tested inhibited fungal mycelial growth. In vivo, the 0.2% chitosan coating (T4) reduced the severity of anthracnose in post-harvest jelly but did not prevent its incidence.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-06-27T13:48:46Z No. of bitstreams: 1 2016_AldemiroSousaJorgeJunior.pdf: 1506881 bytes, checksum: 919fe742e1c5abb4ffeea48589f9f43f (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-07-12T17:57:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_AldemiroSousaJorgeJunior.pdf: 1506881 bytes, checksum: 919fe742e1c5abb4ffeea48589f9f43f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-12T17:57:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_AldemiroSousaJorgeJunior.pdf: 1506881 bytes, checksum: 919fe742e1c5abb4ffeea48589f9f43f (MD5) / A urbanização tem contribuído para aumentar nos países em desenvolvimento, desta maneira, os sistemas periurbanos de produção de hortaliças se tornaram mais frequentes na África, levando a um aumento da ocorrência dos nematoides das galhas (NG), com mais danos e perdas. A limitada capacidade de identificar com precisão esses patógenos resulta na não utilização de medidas adequadas de controle, como resistência genética e rotação de culturas, levando à utilização de princípios químicos altamente tóxicos. Considerando a importância do NG na África, um estudo de identificação de populações, coletadas em hortaliças foi realizado nas culturas de tomate, berinjela, pimentão verde, mandioca, pimenta, quiabo, cenoura, repolho e amaranto, provenientes da Tanzânia, Uganda, Benin, Nigéria e Quênia. Cento e quarenta e duas populações de Meloidogyne spp. foram caracterizadas, bioquimicamente, usando os fenótipos de esterase (EST). Foram identificados nesses países: M. javanica (Est J3, Rm: 1,0, 1,25, 1.,4; Est J2a, Rm: 1,0, 1,4; Est J2b, Rm: 1,0, 1,25), M. incognita (Est I2, Rm: 1,0, 1,1), M. arenaria (Est A2, Rm: 1,2, 1,3), M. enterolobii (Est E2, Rm: 0,75, 0,95), M. izalcoensis (Est I4 Rm: 0,86, 0,96, 1,24, 1,30) e duas populações atípicas, uma identificada com M. incognita e outra como Meloidogyne sp., com a predominância das três primeiras. Várias populações mistas foram detectadas em diferentes combinações. A maioria das espécies teve sua identificação confirmada pelos marcadores SCAR. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Urbanization in developing countries has contributed to increase the production of vegetables in periurban areas, which have become more frequent in Africa, leading to an increase on root–knot nematodes (RKN) infestation, resulting in more damages and crop losses. Limited ability to accurately identify these pathogens, results in failure to use appropriate control measures, such as genetic resistance and crop rotation, leading to the use of highly toxic chemicals. Considering the importance of RKN in Africa, a study of species identification was carried out on nematode populations collected in fields of tomato, eggplant, green pepper, cassava, pepper, okra, carrots, cabbage and amaranth in Tanzania, Uganda, Benin, Nigéria and Kenya. one hundred forty-two populations of Meloidogyne spp. were characterized, biochemically, using phenotypes of esterase (EST). Five species have been identified in these countries: M. javanica (EST J3, Rm: 1.0, 1.25, 1.4, J 2a EST., Rm: 1.0, 1.4; EST J2b, Rm: 1.0, 1.25), M. incognita (EST I2, Rm: 1.0, 1.1), M. arenaria (EST A2, Rm: 1.2, 1.3), M. enterolobii (EST E2, Rm: 0.75, 0.95), M. izalcoensis (EST I4 Rm: 0.86, 0.96, 1.24, 1.30) and two atypical populations, one identified as M. incognita and another as Meloidogyne sp., with predominance of the first three first species. Various mixed populations were detected in different combinations. Several species had their identification confirmed by SCAR markers.

Orientador: Marcelo Agenor Pavan / Coorientador: Julio Massaharu Marubayashi / Banca: Renate Krause Sakate / Banca: Kelly Cristina Gonçalves Rocha / Banca: Romulo Fujito Kobori / Banca: Ricardo Gioria / Resumo: Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae), é um complexo composto por pelo menos 37 espécies crípticas e representa uma das mais importantes pragas agrícolas do mundo, já que é um inseto altamente polifago e considerado um supervector de vírus, uma vez que sozinho é capaz de transmitir mais de 300 espécies, como os begomovírus (gênero Begomovirus, família Geminiviridae) e crinivírus (gênero Crinivirus, família Closteroviridae). Mais de duas décadas depois que a espécie B. tabaci Middle East Asia Menor 1 (MEAM1, biótipo B) invadiu e se estabeleceu no Brasil através de plantas ornamentais, a presença da B. tabaci especie Mediterranean (MED, biótipo Q) foi relatada pela primeira vez no Rio Grande do Sul em 2014, e, recentemente, nos estados de São Paulo e Paraná. Em 2015, espécimes de moscas-brancas coletadas em cultivos comerciais protegidos de begônias, hortênsias, petúnias e poinsettias em São Paulo, bem como de begônias e poinsetias de floriculturas e Capsicum spp. associado a Emilia fosbergii em estufas usadas anteriormente para poinsettia no Paraná, foram todos identificados como pertencentes a espécie MED. Adicionalmente, os endosimbiontes secundários identificados foram Arsenophonus, Hamiltonella e Rickettsia foram detectados por PCR e confirmados por sequenciamento e análise de FISH, divergindo dos encontrados nas moscas MED do Rio Grande do Sul, as quais abrigavam Hamiltonella e Cardinium. Em 2015, portanto, a primeira pesquisa no Estado de São Paulo revelou que a espéc... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract:Bemisia tabaci (Hemiptera: Aleyrodidae), it is a complex consisting of at least 37 cryptic species and is one of the most important agricultural pests worldwide, since it is a highly polyphagous insect and considered a virus supervector once it alone transmits more than 300 species, such as begomovirus (genus Begomovirus, Geminiviridae family) and crinivirus (genus Crinivirus, Closteroviridae family). More than two decades after the species B. tabaci Middle East Asia Minor 1 (MEAM1, biotype B) invaded and settled in Brazil through ornamental plants, the presence of B. tabaci Mediterraneann species (MED, biotype Q) was first reported in Rio Grande do Sul in 2014, and recently in São Paulo and Paraná States. In 2015, specimens of whiteflies collected in commercial greenhouses of begonias, hydrangeas, petunias and poinsettias in São Paulo, as well as begonias and poinsettias from flower shops and Capsicum spp. associated with Emilia fosbergii in greenhouses used previously for poinsettia in Paraná, they were all identified as belonging to MED species. In addition, the identified secondary endosymbionts were Arsenophonus, Hamiltonella and Rickettsia were detected by PCR and confirmed by sequencing and FISH analysis, diverging from the set of MED from Rio Grande do Sul, which harbored Hamiltonella and Cardinium. In 2015, therefore, the first research in São Paulo revealed that the MED species was present only in greenhouses of ornamentals and flower shops, associated with ornamental ... / Doutor

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2017. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2017-09-15T14:41:01Z No. of bitstreams: 1 2017_CecíliadaSilvaRodrigues.pdf: 2044239 bytes, checksum: 3fa069896bf519c49c4a61b096ea821c (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-09-20T16:06:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_CecíliadaSilvaRodrigues.pdf: 2044239 bytes, checksum: 3fa069896bf519c49c4a61b096ea821c (MD5) / Made available in DSpace on 2017-09-20T16:06:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_CecíliadaSilvaRodrigues.pdf: 2044239 bytes, checksum: 3fa069896bf519c49c4a61b096ea821c (MD5) Previous issue date: 2017-09-20 / A cenoura é uma das hortaliças mais importantes no mercado brasileiro, principalmente, para a comercialização in natura. A produção dessa hortaliça pode ser severamente afetada pela infecção de nematoides parasitas de plantas, sendo que mais de 90 espécies deste grupo de patógenos já foram associadas à referida cultura. O nematoide das galhas (Meloidogyne spp.) é o grupo que causa maiores perdas na cultura da cenoura. Os objetivos desse trabalho foram: (1) identificar as espécies de Meloidogyne presentes em áreas de cultivo de cenoura no Distrito Federal e no Município de Cristalina (GO); (2) avaliar a resposta de cultivares de cenoura quanto aos níveis naturais de infecção por espécies de Meloidogyne nas safras de 2013 e 2015, e (3) avaliar a reação de cultivares de cenoura em condições de campo („Brasília-CNPH‟, „Brasília-Agrocinco‟ e „Nantes‟) e em condições de casa de vegetação („Brasília-CNPH‟, „Brasília-Agrocinco‟ e „Kuronan‟) aos nematoides M. incognita, M. javanica e M. enterolobii (avaliada somente em condições controladas em casa de vegetação). Amostras de solo foram coletadas em campos comerciais de cenoura do Distrito Federal (DF) e de Cristalina, Goiás (GO). Ao todo foram coletadas 32 amostras compostas (22 amostras no DF e dez amostras em Cristalina, GO). Foi possível detectar nematoides das galhas em 22 amostras e identificar as espécies dos mesmos em 19 amostras. Por meio do fenótipo de esterase, foram identificadas as espécies M. javanica e M. incognita, ambas ocorreram isoladamente ou em mistura populacional. Meloidogyne javanica foi a espécie predominante nas áreas amostradas. Em relação à avaliação de cultivares comerciais quanto à produtividade, verificou-se diferença estatística significativa tanto entre as cultivares de cenoura dentro de cada safra, como entre as safras. As cultivares mais produtivas foram: „Brasília-CNPH‟, „Brasília-Horticeres‟, „BRS Planalto-CNPH‟, „BRS Planalto-Agrocinco‟, „Brasília-Agrocinco‟ e „Brasília-Tecnoseed‟. A cultivar Brasília-CNPH obteve produtividade semelhante nas duas safras. Quanto à reação ao nematoide das galhas, foi observada diferença estatística para o fator de aumento/redução da população de juvenis do nematoide (J2) no solo (FA), entre as cultivares avaliadas nas duas safras. A população „CNPH 1212554‟ foi a que apresentou maior FA na safra 2013 e a cultivar „Brasília-Tecnoseed‟ na safra 2015. Nas duas safras, as cultivares que apresentaram menor quantidade de nematoides por grama de casca de raiz foram: „Brasília-CNPH‟ e „Brasília-Agrocinco‟. Quanto à reação das cultivares ao nematoide das galhas verificou-se que para as variáveis: índice de massa de ovos (IMO), índice de galhas (IG) e fator de reprodução (FR), as cultivares „Kuronan‟, „Brasília-Agrocinco‟ e „Brasília-CNPH‟ comportaram-se como suscetiveis ao ataque de M. incognita, M. incognita + M. javanica e resistentes à espécie M. enterolobii em condições de casa de vegetação. No campo, somente a cultivar „Nantes‟ mostrou suscetibilidade frente aos nematoides M. incognita e M. incognita + M. javanica e as cultivares „Brasília- Agrocinco‟ e „Brasília-CNPH‟ comportaram-se como resistentes, de acordo com os valores de IMO e IG. / Carrot is among the most important vegetable crops in Brazil, mainly, for the fresh root market. The production of this vegetable can be severely affected by the infection of plant parasitic-nematodes, with more than 90 species being associated with this crop.The root-knot nematodes (Meloidogyne spp.) is the main group of these soil-borne pathogens that causes yield and quality losses in the carrot crop. The main objectives of this study were: (1) to identify Meloidogyne species with natural occurrence in carrot growing areas in the Federal District and in Cristalina, State of Goiás (GO); (2) to evaluate reaction of carrot cultivars to Meloidogyne species under field conditions in 2013 and 2015 crop seasons; (3) to evaluate a subset of carrot cultivars under field („Brasília-CNPH‟, „Brasília-Agrocinco‟ and „Nantes‟) and under greenhouse conditions („Brasília-CNPH‟, „Brasília-Agrocinco‟ and „Kuronan‟) to M. incognita, M. javanica and M. enterolobii (evaluated only in controlled assays under greenhouse conditions). Soil samples were collected in carrot fields from the Federal District (DF) and from Cristalina (GO). A total of 32 samples were collected (22 samples in the Federal District and ten samples in Cristalina, GO). It was possible to detect root-knot nematodes in 22 samples and to identify the species in 19 samples. Analyses using the esterase phenotype, indicated the presence of the species M. javanica and M. incognita, which appeared either isolated or in a population mix. Meloidogyne javanica was the predominant species in the sampled areas. The cultivars with the highest yields were: „Brasília-CNPH‟, „Brasília-Horticeres‟, „BRS Planalto-CNPH‟, „BRS Planalto-Agrocinco‟, „Brasília-Agrocinco‟ and „Brasília-Tecnoseed‟. The cultivar „Brasília CNPH‟ displayed similar root yields in both crop seasons. It was observed statistical difference for the factor of increase/decrease of juveniles in soil (FA) between cultivars evaluated in the two crop seasons. The population „CNPH 1212554‟ was the one with the highest FA in the 2013 crop season and cv. Brasília-Tecnoseed in the 2015 crop season. The cultivars with the lowest number of nematodes per gram of root skin in the two crop seasons were: „Brasília-CNPH‟ and „Brasília-Agrocinco‟. As to the reaction of the carrot cultivars to the root-knot nematode, it was verified that for the variables: egg mass index (IMO), gall index (GI) and reproduction factor (FR): cultivars „Kuronan‟, „Brasília-Agrocinco‟ and „Brasília-CNPH‟ displayed a susceptible reaction to the attack of M. incognita, M. incognita + M. javanica and showed resistant reaction to M. enterolobii under greenhouse. Under field conditions, only cultivar „Nantes‟ showed susceptibility to M. incognita and to M. incognita + M. javanica, whereas „Brasília-Agrocinco‟ and „Brasília-CNPH‟ cultivars displayed a resistant reaction, according to IMO and GI values.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:37:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 752482 bytes, checksum: a4ec60bad1c1315d52f2a91132509d98 (MD5) Previous issue date: 2014-03-11 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Pepper yellow mosaic virus (PepYMV) naturally infects sweet pepper and tomato plants, leading to severe losses since its first report in Brazil (Brasília, DF, 2002). Molecular and serological methods can be used to detect the pathogen. Serological methods for viral detection require the use of a high quality antiserum, offering good sensitivity and specificity. Traditionally, purified viral particles are used as immunogens. However, the purification process is very laborious and the final preparation may have unsatisfactory purity and/or concentration. Thus, the aim of this work was to produce a polyclonal antiserum against the recombinant capsid protein (CP) of PepYMV to allow its use both for diagnosis and for studies of the interaction of the PepYMV CP with other viral proteins and host factors. The coding sequence of the capsid protein gene of PepYMV was cloned into an expression vector (pRSET-A) and transformed into Escherichia coli strain BL21::DE3 for in vitro expression. The recombinant protein, fused to a histidine tag, was purified under denaturing conditions by affinity chromatography using a Ni-NTA column. The purified recombinant protein was dialyzed under renaturing conditions. Its integrity and identity were confirmed by polyacrylamide gel electrophoresis and mass spectrometer analyses. New Zealand rabbits were immunized with increasing amounts of the recombinant protein. The sensitivity and specificity of the antisera were analyzed by Western blot and indirect ELISA assays. The antisera raised against the recombinant CP showed good specificity and sensibility, proving to be a reliable tool for the detection of PepYMV. / O Pepper yellow mosaic virus (PepYMV), agente causal do mosaico amarelo do pimentão e do tomateiro, desde seu primeiro relato no Brasil no ano de 2002 em Brasília, DF, vem se disseminando em regiões produtoras de pimentão e tomate causando perdas substanciais ao produtores dessas culturas. Para identificação dessa enfermidade algumas ferramentas são utilizadas, dentre elas, podemos destacar os métodos moleculares e sorológicos, sendo estes últimos mais utilizados por apresentarem alta especificidade e sensibilidade, além de possuir um custo relativamente baixo. Para a produção de anti-soro, tradicionalmente, utilizam-se partículas virais concentradas como imunógenos. No entanto, o processo de purificação é muito trabalhoso e pode apresentar pureza e concentrações insatisfatórias. Desta forma, o objetivo deste trabalho foi produzir um anti-soro policlonal, a partir da proteína capsidial recombinante do PepYMV, que permita sua utilização tanto para diagnose quanto para estudos de interação da proteína capsidial do PepYMV com outras proteínas virais e fatores do hospedeiro. A sequência do gene da proteína capsidial do PepYMV foi clonada em vetor de expressão (pRSET-A) e transformada em Escherichia coli, linhagem BL21::DE3, para expressão in vitro. A proteína expressa fusionada a uma cauda de histidina foi purificada sob condições desnaturantes por cromatografia de afinidade em coluna de resina Ni-NTA. Em seguida a proteína purificada foi dialisada sob condições renaturantes e sua integridade e identidade foram confirmadas por gel de poliacrilamida a 12% e análise de espectrometria de massa. Dois coelhos da raça Nova Zelândia foram imunizados com quantidades crescentes da proteína recombinante dialisada adicionados do adjuvante de Freud incompleto na proporção 1:1. A sensibilidade e a especificidade do anti-soro foram testados por Western blot e ELISA indireto. O anti-soro produzido apresentou boa especificidade e sensibilidade, provando ser uma ferramenta confiável para a diagnose do PepYMV.