I examined the relationship between landscape attributes and population differentiation among lake trout (Salvelinus namaycush) populations inhabiting a hierarchically structured dendritic freshwater system in northern Labrador, the Kogaluk River system. Samples were collected from a total of 10 lakes which differed in size, elevation, level of connectivity, and position within the system. STRUCTURE analysis provided evidence of significant population structure within the system likely attributed to a varying degree of asymmetric gene flow. Gene flow estimates were generally low and appear to be influenced by the presence of waterfalls as well as geographic distance. Isolation by distance tests coupled with decomposed pairwise regression analysis suggest a significant influence of geographic distance on population differentiation. Mantel testing also showed that population differentiation is significantly correlated with the position of waterfalls. Estimates of effective population size reveal significantly smaller population sizes in headwater lakes, a pattern not attributed to lake size.

Doctor of Philosophy / Department of Entomology / James F. Campbell / Phillip E. Sloderbeck / Robert "Jeff" J. Whitworth / Knowledge of factors influencing the establishment, persistence and distribution of stored-product pests aids the development of effective Integrated Pest Management (IPM) programs in food storage and processing facilities. This research focused primarily on Tribolium castaneum, which is one of the most important pests of mills. Populations of T. castaneum from different food facilities can potentially be interconnected by either their own dispersal behavior or by human transportation. Population genetic structure analyses based on microsatellites and other insertion-deletion polymorphisms (“indels”) showed that populations from different mills around the US are genetically distinct from each other, but the level of differentiation was not correlated with the geographic distance. A potential source of insect infestation within a food facility is spillage that accumulates outside or movement from bulk storage facilities on site. Results from three facilities showed that most stored-product species were captured both inside and outside buildings, but T. castaneum was rarely captured outside of the facilities. Spatial distribution of all species outside was associated with the proximity of buildings, not necessarily with areas with accumulated spillage. T. castaneum populations inside facilities are potentially exposed to frequent genetic bottlenecks resulting from structural fumigations. Changes in allele frequencies through time, based on the analysis of microsatellites and other indels in individuals collected in a mill, confirmed bottleneck effects. To understand how spatial distribution of T. castaneum within a mill could be influenced by environmental and physical factors, a range of variables were measured at each trap location. There was significant variation among trap locations regarding beetle captures and the variables measured, but increase in beetle captures correlated only with increase in temperature and spillage production. Tribolium castaneum response to visual cues could influence attraction to pheromone and kairomone olfactory cues used in traps. Results of laboratory experiments showed that adults respond to tall narrow black shapes and placing traps in front of these shapes can increase captures. This research provides new insights into factors influencing the spatial distribution of T. castaneum and could help in improving monitoring programs for this important pest of the food industry.

The Leptonycteris yerbabuenae is found in southern Arizona, Mexico, Guatemala, and El Salvador. Some females are migratory, mating in southern Mexico, and migrating to maternity roosts in northern Mexico and southern Arizona to give birth. Twelve microsatellite loci markers and the Mitochondrial DNA Control Region (CR) were amplified to examine population structure and phylogenetic relationships among roosts. Twelve polymorphic microsatellite loci were isolated from L. yerbabuenae. A total of sixteen localities in AZ and Mexico were sampled. The mtDNA CR fragment resulted in 102 haplotypes. The phylogenetic analyses resulted in two clades, but no observable geographic structuring. The average FST value across all loci and all sampled localities was 0.022. Program STRUCTURE analyses indicate one population (K=1) throughout the sampling area. These results suggest movement between maternity colonies and transient roosts in Arizona, Sonora, and Chamela, Management recommendations based on these results would be to manage as a single population.

The American shad Alosa sapidissima has experienced severe declines throughout its native range due to habitat degradation, fragmentation, and over-fishing. Hatchery supplementation is often used for stock restoration, but the effects of supplementation on population structure and genetic diversity are rarely assessed. This study employed molecular markers to evaluate how supplementation of the James River American shad population with Pamunkey River origin larvae since 1994 has impacted genetic diversity and population structure. Population genetic parameters of other major Chesapeake Bay tributaries (Susquehanna, Rappahannock, Potomac, and Nanticoke) also were characterized. Prior to stocking, the James and Pamunkey populations exhibited subtle genetic differentiation, which was absent among post-supplementation samples, presumably due to the stockings. A similar situation was observed among other shad populations of Chesapeake Bay tributaries which were subtly differentiated in the 1990s but lacked any credible among-population differentiation among contemporary samples. Genetic diversity of the James River shad population was high prior to stocking, and remained high throughout years of intensive supplementation, yet the current population decline suggests that the James River shad population still has not recovered. Despite harvest curtailment, elimination of the ocean intercept fishery, and widespread supplementation efforts, Chesapeake Bay tributary American shad populations are collectively at their lowest levels in recorded history. Therefore, success of other restoration goals such as creation of fish passage in James River was investigated in a concurrent radio telemetry study to assess passage at Bosher's Dam fishway. Ninety-four American shad were radio-tagged on the spawning grounds below Bosher's Dam. Approximately one-half of the tagged shad were detected at the escapement receiver within 24 hours after tagging, and the average residence times of remaining shad were approximately one week. No tagged shad were detected above Bosher's Dam. These results imply that restricted passage through Bosher's Dam fishway may be an important factor in the failure of James River American shad to recover. Therefore, improving passage at migratory barriers such as Bosher's Dam, in conjunction with a continued Bay-wide fishing moratorium, may be more beneficial to shad restoration efforts in James and other Chesapeake Bay tributaries than continued supplementation.

<p>Ovom tezom je obuhvaćena analiza genetičke strukture i filogeografskog položaja vuka (<em>Canis lupus L. </em>1758) na teritoriji Bosne i Hercegovine, na uzorku od ukupno 79 jedinki. Analize su sprovedene primjenom (i) 18 mikrosatelitskih lokusa nDNK pomoću kojih su detektovani: nivo genetičke varijabilnosti, populaciona struktura, prolazak populacije kroz genetičko usko grlo, te ukr&scaron;tanje u srodstvu, i (ii) kontrolnog&nbsp; regiona&nbsp; (CR)&nbsp; regiona&nbsp; mtDNK&nbsp; pomoću&nbsp; kojih&nbsp; su sprovedene filogeografske analize.&nbsp; U&nbsp; radu&nbsp; je&nbsp; uočeno&nbsp; je&nbsp; grupisanje&nbsp; jedinki&nbsp; vuka&nbsp; Bosne&nbsp; i Hercegovine&nbsp; u&nbsp; dva&nbsp; genetička&nbsp; klastera&nbsp; &scaron;to,&nbsp; s&nbsp; obzirom&nbsp; na&nbsp; slabu&nbsp; statističku&nbsp; podržanost, najvjerovatnije&nbsp; ukazuje&nbsp; na&nbsp; prisustvo&nbsp; strukture&nbsp; na&nbsp; većem&nbsp; nivou.&nbsp; Prethodno&nbsp; navedeno&nbsp; je detektovano analizama populacione strukture dijela dinarsko - balkanske populacije vuka,gdje je uočena distribucija vukova Bosne i Hercegovine i Srbije u odvojene genetičke klastere. Statistički značajni signali prolaska populacije vuka Bosne i Hercegovine kroz genetičko usko grlo u skorijoj pro&scaron;losti nisu detektovani. Sekvence kontrolnog regiona mtDNK vuka pokazale su se dovoljno informativnim za detekciju jedinstvenih haplotipova vuka Bosne i Hercegovine, za&nbsp; koje&nbsp; je&nbsp; uočena&nbsp; distribucija&nbsp; u&nbsp; dvije,&nbsp; prethodno&nbsp; u&nbsp; literaturi, detektovane haplogrupe bez jasnog alopatrijskog obrasca. Pored toga, analizama sekvenci dijela kontrolnog regiona mtDNK&nbsp; uzorka&nbsp; vuka&nbsp; Evrope,&nbsp; uočeno&nbsp; je da se demografska ekspanzija haplogrupe 2 desila mnogo ranije u pro&scaron;losti u odnosu na period ekspanzije haplogrupe 1, koji se poklapa sa periodom razdvajanja navedenih haplogrupa, prije oko 13000 godina, &scaron;to ukazuje da je posljednji glacijalni maksimum imao uticaja u oblikovanju strukture genetičkih linija vuka u pro&scaron;losti. Rezultati dobijeni u ovom istraživanju su veoma informativni u cilju uspostavljanja pravilnog menadžmenta vrste i kreiranja plana za&scaron;tite vuka na nivou Bosne i Hercegovine, odnosno, na nivou dinarsko - balkanske populacije vuka iz koje se vr&scaron;e rekolonizacije jedinki u susjedne populacije.</p> / <p>In this thesis, the genetic structure and phylogeography of the wolf (Canis L. 1758) in the territory of Bosnia and Hercegovina were analysed, from a total sample of 79 individuals. Analyses were conducted by applying (i) 18 microsatellite loci of nuclear DNA, by which we estimated: the level of genetic&nbsp; variability, population structure, kinship, bottleneck and inbreeding, and (ii) control region of mtDNA by which we analysed phylogeography. Two genetic clusters were observed for the wolf population&nbsp; from Bosnia and Hercegovina, although with statistically low support, which may point to structuring at the higher level. Indeed, after analysing the population structure at the higher, Dinaric - Balkan level, the distribution of wolves&nbsp; from Bosnia and Hercegovina and&nbsp; Serbia was observed as falling into two distinct genetic clusters. Statistically significant signs of the recent bottleneck were not observed in the wolf&nbsp; population from Bosnia and Hercegovina. Analyses of control region mtDNA were conducted with the aim of detecting haplotypes in the Bosnia and Hercegovina population, as well as in the European&nbsp; samples. Distribution of&nbsp; haplotypes into two haplogroups, described in previous literature, was&nbsp; observed, without a clear alopatric phylogeny pattern. Furthermore, the analyses of the same&nbsp; molecular marker showed that demographic expansion of haplogroup 2 occurred significantly earlier when compared to the demographic explosion of haplogroup 1 . Results from this study are extremely&nbsp; important for the creation of a management plan for wolves from Bosnia and Hercegovina, and at the higher Dinaric - Balkan level.</p>

O curimbatá (Prochilodus lineatus) é uma espécie de importância comercial na pesca continental brasileira, especialmente na região da bacia do Rio Grande. Diversos estudos foram realizados com o curimbatá nesta região, incluindo os de delimitação populacional. Desde então, a região passou por alterações ambientais causadas pela construção de diversas barragens, impossibilitando migrações a montante, essenciais para a reprodução de P. lineatus. O presente estudo teve como objetivo verificar o impacto das barragens, sob o ponto de vista genético, na população de curimbatá da bacia do Rio Grande. Para tanto, foi utilizada a técnica de PCR-RFLP do fragmento entre os genes ND2 e CO1 e também da região controle, ambos do mtDNA, com 10 e 15 enzimas de restrição, respectivamente. Foram realizadas coletas em nove localidades entre barragens que não possuíam escadas para a migração de peixes. As localidades são: no Rio Grande - Cardoso, Colômbia, Conceição das Alagoas, Igarapava, Pedregulho e São João Batista do Glória; no Rio Mogi-Guaçu - Pirassununga e Espírito Santo do Pinhal; e no Rio Pardo - Jaborandi. Os resultados obtidos na análise do fragmento ND2-CO1 com três amostras, sendo uma de cada rio, não evidenciaram divergência significativa. Os índices de diversidade genética (haplotípica e nucleotídica) observados foram baixos, quando comparados com outras espécies de peixes. Estes resultados são condizentes com o esperado para seqüências conservadas, por isso, optou-se pela análise de uma região mais variável, como a região controle do mtDNA. Os resultados obtidos para a região controle (Fst, distribuição de Monte Carlo, teste exato e AMOVA) evidenciaram divergência significativa entre a amostra de Jaborandi e as demais, este fato pode ser devido a uma sub-estruturação populacional, ou a um erro de identificação da localidade de coleta. As outras amostras evidenciaram que, em geral, fazem parte de uma única população sob o ponto de vista genético. Não foi observada estruturação por distância, já que não houve correlação entre a distância genética e a distância geográfica. Os índices de diversidade (nucleotídica e haplotípica) são considerados de altos a moderados, sendo que os maiores foram obtidos para as amostras localizadas em trechos onde ainda há características naturais da bacia. A presença de poucos haplótipos amplamente distribuídos e internos na rede de haplótipos e de diversos haplótipos raros localizados perifericamente na rede, são um indício de expansão populacional recente. A expansão foi averiguada, também, com testes de neutralidade e gráficos de distribuição mismatch. O tempo de expansão foi calculado em 238 mil anos, que corresponde ao Pleistoceno Médio, época de grandes mudanças climáticas na América do Sul. Em conclusão, as alterações ambientais provocadas pelas barragens não geraram, a curto prazo, diferenças significativas entre as amostras estudadas, assim como parecem não estar diminuindo a variabilidade genética do curimbatá, quando comparada com a de populações naturais de outros rios. A divergência obtida para Jaborandi deve ser melhor estudada, mas parece refletir ausência de fluxo anterior à construção das barragens. O objetivo pretendido é o de apresentar um parâmetro de comparação para estudos futuros, especialmente aqueles que enfoquem o monitoramento da variabilidade genética do curimbatá. Estudos de longo prazo devem ser realizados no intuito de auxiliar o manejo pesqueiro do curimbatá, inclusive em programas de repovoamento. / Prochilodus lineatus has a commercial importance in the Brazilian freshwater fishing, especially in the Rio Grande basin. Several studies have been done with P. lineatus in this area, including those delimiting populations. Since then, the Rio Grande basin has been changed due to environmental impacts caused by construction of several dams. The most expressive impact for this population of P. lineatus was the impossibility of upstream migration, essential for its reproduction. The present study aimed at genetically verifying the impact of dams in the population of P. lineatus from Rio Grande basin. The PCR-RFLP method was used in mitochondrial DNA fragments ND2-CO1 and control region, with 10 and 15 restriction enzymes, respectively. Nine samples colected between dams with no fish ladders were analyzed: in Rio Grande - Cardoso, Colômbia, Conceição das Alagoas, Igarapava, Pedregulho e São João Batista do Glória; in Rio Mogi-Guaçu - Pirassununga e Espírito Santo do Pinhal; and in Rio Pardo – Jaborandi. Analysis results of the ND2-CO1 fragment with three samples, one from each river, did not show significant divergence. Values of haplotype and nucleotide diversity were low when compared to other fish species. These results are expected for conserved sequences, so analysis of a more variable region, such as the control region, was chosen. Results of the control region (Fst, Monte Carlo distribution, exact test and AMOVA) showed a significant divergence between Jaborandi sample and the others. This could be due to a population structure, or to an error in the locality identification. The other samples seem to be part of a single population. Isolation by distance was not verified since there is no correlation between genetic and geographic distances. Values of haplotype and nucleotide diversity ranged from high to moderate, with the highest values found in samples from localities where natural features of the basin still exist. Presence of few and widely distributed haplotypes internally in the haplotype net, and the occurrence of several other rare haplotypes distributed peripherically in the haplotype net, are typical of a recent population expansion. The expansion was also verified in neutrality tests and mismatch distribution. The calculated expansion time is 238 thousands of years that correspond to the Median Pleistocene, a period of great climatic changes in South America. In conclusion, the environmental changes caused by dams did not generate significant differences among the analyzed samples, in a short-term, and did not seem to be decreasing the genetic variability of P. lineatus, when compared to other natural populations. Divergence obtained for Jaborandi should be better studied, but seems to reflect the absence of gene flow prior to the construction of dams. These work intents to present a comparative parameter for future studies, especially those monitoring the genetic variability of P. lineatus. Longterm studies must be conducted to help fisheries management of P. lineatus, including restock programs.

Em abelhas, como nos demais himenópteros, a haplodiploidia e o mecanismo de determinação do sexo restringem o tamanho efetivo da população. Ademais, a nidificação próxima ao sítio natal pelas fêmeas das espécies solitárias restringe o fluxo gênico materno e causa alta viscosidade populacional. Centris é um gênero de abelhas solitárias da tribo Centridini, encontradas em distintos locais, como matas contínuas ou fragmentos florestais, bem como em ambientes urbanos; as espécies C. analis e C. tarsata se destacam no gênero pela abundância com que são encontradas nestas localidades. São abelhas poliléticas ou generalistas na coleta de pólen e nidificam em cavidades pré-existentes. Em razão de seu porte médio, presume-se que não apresentem alta capacidade de dispersão. Fêmeas de algumas espécies do gênero apresentam comportamento filopátrico. Estes dados nos levam a supor que espécies com traços biológicos similares tenham suas populações naturalmente estruturadas (subdivididas). Para testar esta hipótese, foram analisadas algumas regiões do genoma mitocondrial (DNAmt) de abelhas Centridini residentes em áreas urbanas. As duas subunidades da citocromo c oxidase (COI e COII), bem como o RNA transportador de leucina (RNAtLeu), apresentaram baixo nível de variação intra-específica, e a dificuldade em amplificar estas regiões para uma das espécies impediu a utilização destas regiões para análises populacionais. Desta forma, foram selecionadas duas regiões gênicas com taxas de variação intra-específicas distintas, o gene citocromo b (cytb) e a subunidade maior do DNA ribossômico (16S). Por ser uma molécula de herança materna, a análise destas regiões gênicas nos permitiu obter informações a respeito de colonização e o número de linhagens maternas. Os resultados deste trabalho sugerem que as populações de Centris tarsata e Centris trigonoides apresentam baixa e moderada estruturação, respectivamente. Para C. analis, a espécie mais bem amostrada, o excesso de picos duplos apresentados nos eletroferogramas dificultou a interpretação dos resultados. Foi possível ainda verificar diferenças na distribuição haplotípica de machos e fêmeas de C. tarsata, sugerindo a ocorrência de uma dispersão enviesada para machos, caracterizando uma dispersão sexo-assimétrica. / In bees, as in other hymenopterans, the haplodiploidy and mechanism of sex determination constrain the effective population size. Moreover, the nesting close to home site by the females of solitary species restricts maternal gene flow and causes high population viscosity. Centris is a genus of solitary bees of the tribe Centridini found in different locations, such as continuous forests or forest fragments, as well as in urban environments; the species C. analis and C. tarsata stand out in the genre for the abundance that are found in these locations. They are polyletics bees, or generalists in collecting pollen, and nest in cavities pre-existing. In reason of its medium size, it is presumed that do not present high dispersal capacity. How some species of the genus are phylopatric, we presume that other also presenting similar behavior. These data lead us to suppose that species with similar traits have their populations naturally structured (subdivided). To test this hypothesis, we analyzed urban populations of four species of Centris for some regions of mitochondrial genome (mtDNA). The two subunits of cytochrome c oxidase (COI and COII) and the tRNA leucine (tRNALeu) showed a low level of intraspecific variation, and the difficulty to amplify those regions for one species prevented the use of these regions to population analysis. Thus, we selected two gene regions with distinct rates of intra-specific variation, the gene cytochrome b (cytb) and the large subunit ribosomal DNA (16S). As a molecule maternally inherited, the analysis of the mitochondrial genes enabled us to obtain informations about colonization through the number of maternal lineages. Our results suggest that Centris tarsata and Centris trigonoides populations exhibit low and moderate genetic structuring, respectively. In C. analis, the species most well sampled, the excess of double peaks showed in the electropherograms difficults the interpretation of results. Also, for the species C. tarsata was possible to verify differences between males and females, suggesting the occurrence of a male skewed dispersion and an asymmetrical dispersion.

A subordem Oniscidea abriga os isópodos terrestres, os quais apresentam uma grande riqueza de espécies em diferentes ambientes com características completamente diversas, desde a zona litorânea até ambientes desérticos. No Brasil há uma diversidade de espécies ainda pouco estudada, sendo que a família Philosciidae representa uma grande parte da fauna de isópodos da América do Sul. O presente estudo tem como objetivos descrever uma nova espécie no gênero Benthana para o estado do Rio Grande do Sul, descrever seus estágios de manca e juvenil, assim como caracterizar sua estrutura populacional com respeito aos aspectos reprodutivos e crescimento. Benthana cairensis foi descrita como uma nova espécie de Philosciidae e tem como caracteres diagnósticos a presença de 17 estetascos na antênula, exópodo do pleópodo 1 do macho alongado apresentando um lobo na margem lateral interna. Essa espécie é semelhante a três outras do gênero em relação a presença do lobo, no entanto diferencia-se de todas elas devido às diferenças no número de omatídeos, inserção dos ramos do urópodo e dimorfismo sexual nos pereiópodos dos machos. A fase imatura e indiferenciada sexualmente apresenta três estágios, chamados de mancas. O estágio de Manca I é caracterizado pela simplicidade de suas estruturas e pela sua rápida duração, de aproximadamente 4 horas; apresenta 6 pares de pereiópodos, esses ainda glabros e o aparelho bucal fracamente desenvolvido ainda sem a presença dos dentes pectinados na maxilula, característicos de Benthana. O estágio seguinte, de Manca II, já apresenta o aparelho bucal mais desenvolvido com os dentes pectinados da maxilula e pereiópodos já com o padrão de setas semelhante ao adulto, inclusive a seta “hand-like” do carpo 1, uma autapomorfia do gênero. O último estágio de manca (Manca III) caracteriza-se pela presença do sétimo par de pereiópodos presente dobrado ventralmente sob o corpo do animal. Os estágios de juvenis caracterizam-se pela diferenciação sexual, mas ainda são imaturos sexualmente. Os três primeiros estágios foram descritos para os machos com destaque para o desenvolvimento da protusão do exópodo do pleópodo 1, outra autapomorfia do gênero, o qual só começa a ficar evidente no segundo estágio (JUII) e somente apresenta-se completamente desenvolvido quando o animal atinge aproximadamente 1.0 mm de largura de cefalotórax (LC). O dimorfismo sexual presente nos quatro primeiros pares de pereiópodos dos machos começa a aparecer após os três primeiros estágios de juvenil e está completamente evidente em machos de aproximadamente 1.2 mm de LC. A população de Benthana cairensis do Sítio Cairé caracteriza-se por apresentar uma reprodução contínua durante o ano. As fêmeas investem menos em uma única prole, no entanto são capazes de se reproduzir mais de uma vez ao longo de sua vida. A proporção sexual operacional da população é de 1:1, mostrando que há um equilíbrio no que se refere ao número de machos e fêmeas aptos para reprodução. Os machos vivem menos que as fêmeas e são menores. As fêmeas possuem o corpo maior, o que aumenta a superfície para abrigar a prole o que foi demonstrado pela correlação positiva do tamanho da fêmea com o número de ovos. As características de desenvolvimento de B. cairensis são semelhantes a outras espécies de Philosciidae, apresentando três estágios de mancas. Suas características populacionais, no que se referem a estação reprodutiva e investimento reprodutivo, são semelhantes a outras espécies subtropicais e, como esperado, diferentes de espécies de isópodos que vivem em regiões temperadas. / Terrestrial isopods are included in the suborder Oniscidea which shows a great species richness living at different places showing diverse environmental conditions, occurring from the littoral zone through desert regions. In Brazil there is a diversity that is still poorly studied in which the family Philosciidae represents a great part of South America’s woodlice fauna. The present study aims to describe a new species of the genus Benthana to the state of Rio Grande do Sul, to describe its manca and juvenile stages as well as to characterize its population structure concerning reproductive aspects and growth. Benthana cairensis was described as a new species of Philosciidae and presents the following diagnostic characters: 17 aesthetascs on the antennula and male pleopod 1 exopod elongated with a lobe on the inner lateral margin. This species resembles other three species of the genus concerning the presence of pleopod lobe; however it is differentiated by the number of omatidia, insertion of uropod endopod and exopod and sexual dimorphism on male’s pereiopods. The immature and undifferentiated phase has three stages, called mancas. The Manca I is marked by the simplicity of its appendages and by its queek duration, of about 4 hours; it presents 6 pairs of pereiopods still glabrous and mouth parts weekly developed still without the presence of the pectinate teeth of maxillula, characteristic of Benthana. The next stage, Manca II, already shows the mouth parts a little more complete, presenting the pectinate teeth of maxillula and the pereiopods showing the setae pattern of the adult, including the hand-like seta on carpus 1, an autapomorphy of the genus. The last manca stage (Manca III) is characterized by the presence of the 7th pair of pereiopods folded ventrally on the pereion. The juvenile stages are sexually differentiated, but still immature. The first three stages were described for males, enphatizing the development of dentiform protusion of pleopod exopod 1, another autapomorphy of the genus which begins to be evident only at the second stage (JUII) and it is completely formed when the animal reaches 1.0 mm of cephalothorax width (CW). Sexual dimorphism at the first four male pereiopods beggins to develop after the three juvenile stages and it is completely formed on males of approximatly 1.2 mm of CW. The population of Benthana cairensis at Sítio Cairé is characterized by showing a continnuous reproduction during the year. Females invest less in a single brood, but are able to reproduce more than once in its lifetime. The operational sex ratio of population is 1:1, which shows that there is an equillibrium concerning the number of males and females that are able to reproduce. Males live less than females and are smaller. Females have a bigger body which increases the surface where the brood develops; this was demonstrated by the positive correlation of female body size with the offspring number. The developmental characteristics of B. cairensis are similar to those of the other species of Philosciidae presenting three manca stages. Its population features concerning reproductive season and reproductive effort resembles those of other subtropical species and as expected, is different from species that occur at temperate regions.

Dentre as diversas questões envolvendo a tecnologia duplo haploides (DH) em milho, uma que tem sido pouco discutida é a geração em que se deve induzir haploides, no caso, F1 ou F2. Destas, a F1 tem sido a mais utilizada. No entanto, o seu uso constante pode levar a perdas de ganhos genéticos, devido ao menor número de recombinações. Com isso, alguns autores aconselham o uso da F2 na indução, o que possibilitaria maiores ganhos em variabilidade genética. Desse modo, os objetivos foram verificar o efeito das gerações F1 e F2 na expressão do R1-navajo em germoplasma tropical, na eficiência relativa de cada uma das etapas da metodologia e na variabilidade genética das linhagens DH obtidas. Para isso, cinco fontes de germoplasma, em gerações F1 e F2, foram cruzadas com o indutor de haploidia tropicalizado LI-ESALQ. As sementes deste cruzamento foram agrupadas por meio do marcador R1-navajo em três classes: haploides putativos, diploides e inibidas. Após esta etapa, as sementes dos haploides putativos foram submetidas à duplicação cromossômica e as plantas duplicadas foram transplantadas a campo para a obtenção de linhagens DH. As unidades de sementes, plântulas e plantas em cada etapa da metodologia foram quantificadas para o estudo da eficiência relativa na obtenção de DH. Também foram coletadas amostras foliares das linhagens DH para genotipagem por meio de marcadores SNP (Single nucleotide polymorphism). As taxas de indução de haploides (HIR), sementes diploides (DSR) e inibidas (ISR) foram analisadas por meio de um modelo linear generalizado misto considerando distribuição logit multinomial. As eficiências relativas das fontes de germoplasma e gerações em cada etapa da metodologia DH foram estimadas por meio de porcentagem. Os marcadores SNP foram utilizados em estudos de diversidade genética, estrutura populacional e desequilíbrio de ligação. Os valores médios observados para as taxas de HIR, ISR e DSR foram, respectivamente, 1,23%, 23,4% e 75,2% para a geração F1 e 1,78%, 19,6% e 82,3% para a geração F2. O maior valor de HIR na F2 ocorreu devido à segregação dos genes que inibem o marcador R1-navajo durante a indução de haploides. Entretanto, apesar da geração F2 apresentar maior HIR, ela não deve substituir a F1, uma vez que se perde tempo com um ciclo adicional. A eficiência relativa na obtenção de linhagens DH apresentou o mesmo valor (0,4%) para as gerações F1 e F2, indicando que a escolha da geração não interfere na quantidade de DH produzidos. As estimativas dos parâmetros populacionais para as linhagens DH obtidas de geração F1 apresentaram valores para variância genética (VG) de 700,55, tamanho efetivo populacional (Ne) de 43,1, diversidade genética de Nei (GD) de 0,28 e conteúdo de informação polimórfica (PIC) de 0,23. Para a geração F2 as estimativas foram de VG=648,88, Ne=39,61, GD=0,26 e PIC=0,22. Os valores de desequilíbrio de ligação foram de 0,069 na geração F1 e de 0,067 na geração F2. Ou seja, as linhagens DH oriundas destas duas gerações apresentaram magnitudes semelhantes de diversidade genética e de desequilíbrio de ligação. O uso da geração F2 teoricamente permitiria obter maior variabilidade genética, devido à recombinação adicional. Entretanto, neste trabalho esta tendência não foi observada. Com isto, em milho tropical, recomenda-se o uso da geração F1 para a obtenção de DH, por apresentar o melhor balanço entre tempo e variabilidade genética. / Among the several questions involving doubled haploid technology (DH), one that has been little discussed is the generation in which one should induce haploids, in the F1 or F2. Overall, the F1 generation has been the most used. However, their constant use can lead to losses of genetic gains with the selection cycles due to the lower number of recombination. Thereby, some authors advise the use of F2 in inductions, which would allow greater gains in genetic variability. Thus, the objectives were to check the effect of the F1 and F2 generations on the expression of the R1-navajo in tropical germplasm, on the relative efficiency of each step of the methodology and the genetic variability of the DH lines obtained. For this purpose, five germplasm sources, in F1 and F2 generations, were crossed with the tropicalized haploid inducer LI-ESALQ. The seeds from this cross were grouped using the R1-navajo marker into three classes: putative haploids, diploid and inhibited. Then, putative haploid seeds were submitted to chromosome duplication, and the duplicate seedlings were transplanted to the field in order to obtain DH lines. Hence, seed, seedling, and plant at each stage of the methodology were quantified to study the relative efficiency in developing DH lines. Moreover, leaf samples from the D0 lines were collected for genotyping using SNP (Single nucleotide polymorphism) markers. Finally, the haploid inducer rate (HIR), diploid seed rate (DSR) and inhibited seed rate (ISR) were analyzed using a generalized linear mixed model considering multinomial logit distribution. The relative efficiency of germplasm sources and generation in each stage of the DH methodology was estimated by percentage. SNP markers were used in studies of genetic diversity, population structure, and linkage disequilibrium. The observed mean values of HIR, ISR and DSR were, respectively, 1.23%, 23.4% and 75.2% for the F1 generation and 1.78%, 19.6% and 82.3% for the F2 generation. The higher value of HIR in F2 occurred due to the segregation of genes, which inhibit the R1-navajo marker during haploid induction. However, in spite of the higher value of HIR for F2 generation, it should not replace F1 since time is lost with an additional cycle. The relative efficiency observed in the obtention of DH lines was the same value (0.4%) for generations F1 and F2, indicating that the choice between those generations does not interfere with the quantity of produced DH. Estimates of the population parameters for the DH lines obtained from F1 generation presented values for genetic variance (VG) of 700.55, effective population size (Ne) of 43.1, Nei\'s genetic diversity (DG) of 0.28 and polymorphic information content (PIC) of 0.23. For F2 generation the estimates were VG = 648.88, Ne = 39.61, GD = 0.26 and PIC = 0.22. Linkage disequilibrium values were 0.069 in the F1 generation and 0.067 in the F2 generation. Thus, DH lines from these two generations showed similar values of genetic diversity and linkage disequilibrium. Nonetheless, the use of the F2 generation theoretically would allow obtaining greater genetic variability, due to the additional cycle of crossing-overs. However, this trend was not observed in this study. Thus, in tropical maize, the use of the F1 generation to obtain DH lines is recommended, because it performs the best balance between time and genetic variability.

A análise da estruturação populacional de espécies codistribuídas permite a comparação de padrões de estruturação, fornecendo informações acerca dos fatores que influenciam a diferenciação em espécies pertencentes ao mesmo ecossistema. Este projeto teve como objetivo principal analisar a variabilidade intraespecífica em caranguejos habitantes de manguezais, codistribuídos ao longo do Oceano Atlântico Ocidental, por meio de ferramentas moleculares e morfológicas, visando testar a hipótese de elevada estruturação populacional em manguezais. Para este fim, cinco espécies foram utilizadas como modelo (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri e Ucides cordatus) e avaliadas por meio de marcadores mitocondriais COI e 16S e nuclear H3 e análises morfológicas comparativas e de morfometria. Os dados moleculares revelaram dois padrões, indicando elevada estruturação populacional para as espécies A. pisonii e U. thayeri e ausência de estruturação para G. cruentata, S. rectum e U. cordatus. Os dados morfológicos, no entanto, não acompanham esses padrões, já que não foram encontradas diferenças morfológicas ou morfométricas associadas aos grupos evidenciados pelas análises moleculares. A ausência de fluxo gênico entre regiões para algumas espécies deve-se, muito provavelmente, à existência de fatores que não se limitam ao isolamento por distância, mas também devido a diferenças na duração do estágio larval e a diferenças bruscas em alguns fatores abióticos, como a salinidade, por exemplo, que, associados às diferentes características do desenvolvimento larval de cada espécie, culminam na existência de estruturas populacionais diferentes. Além disso, os padrões de diferenciação genética observados concordam com os cenários biogeográficos propostos para o Atlântico Ocidental, no qual mudanças e flutuações geológicas, climáticas e oceanográficas, resultantes do fechamento do Istmo do Panamá e de ciclos glaciais na América do Norte, promoveram divergência genética. / The analysis of population structure of codistributed species allows the comparison of patterns of population structuring, providing information on the factors that influence the differentiation in species belonging to the same ecosystem. This project aimed to analyze the intraspecific variability of crabs inhabiting mangroves, codistributed along the western Atlantic Ocean, by means of molecular and morphological tools, in order to test the hypothesis of high populational structure in mangroves. The genetic variability of five species used as models (Aratus pisonii, Goniopsis cruentata, Sesarma rectum, Uca thayeri and Ucides cordatus) was assessed using the mitochondrial genes COI and 16S and the nuclear H3 and comparative morphological analysis and morphometry were performed. The molecular data revealed two patterns, indicating high population structure for the species A. pisonii and U. thayeri and absence of structure for G. cruentata, S. rectum and U. cordatus. The morphological data, however, do not follow these patterns, because there were no morphological or morphometric differences associated with the groups evidenced by the molecular analyzes. Possibly the absence of gene flow between regions for some species is due to factors not limited to isolation by distance, but also because of differences in the larval stage duration and in withstanding some abiotic factors, such as salinity. These factors associated with different characteristics of larval development can culminate in differences on population structure. In addition, the genetic differentiation patterns observed agree with biogeographical scenarios proposed for the western Atlantic, where geological, climate and oceanographic fluctuations, resulting from the Isthmus of Panama closure and cyclical glaciation in North America, promoted genetic divergence.