Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2009. / Titre de l'écran-titre (visionné le 24 juillet 2009). Bibliogr.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2006. / Bibliogr.: f. [92]-96. Présenté aussi en version électronique.

Thèses (M.Sc.)--Université de Sherbrooke (Canada), 2001. / Titre de l'écran-titre (visionné le 20 juin 2006). Publié aussi en version papier.

Thèse (M.Sc.)--Université Laval, 2007. / Bibliogr.: f. 83-103. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

La qualité de la viande est un aspect extrêmement important dans l’industrie porcine. Une bonne qualité favorise la vente du produit, puisque les consommateurs sont à la recherche d’un produit appétant, de couleur rosée et ayant un goût caractéristique. Plusieurs éléments peuvent avoir une influence sur la qualité de la viande, l’un d’eux étant le stress vécu par l’animal avant l’abattage. En effet, le stress préabattage contribue à accélérer le métabolisme de l’animal, ce qui l’amène à utiliser ses réserves énergétiques, principalement le glycogène. L’utilisation de l’énergie par les muscles et les réactions qui s’en suivent étant importantes dans le processus de transformation du muscle en viande, la dégradation accélérée ou la faible disponibilité du glycogène lors de l’abattage peut mener à des problèmes de qualité de la viande, comme une viande pâle, molle et exsudative (PSE) ou une viande sèche, dure et foncée (DFD). Il est connu que les étapes préabattage, soit le chargement, le transport, le déchargement, l’attente à l’abattoir ainsi que l’abattage proprement dit, peuvent stresser les porcs. Ces étapes sont des éléments importants qui peuvent affecter la qualité de la viande. La durée du chargement, la durée du déchargement et la durée du processus d’abattage sont des indicateurs de la qualité de la gestion préabattage, considérant qu’un animal stressé sera probablement plus difficile à déplacer. L’étude des différents comportements durant ces étapes permet de faire un lien entre le stress vécu par les animaux et la durée des étapes menant à l’abattage de l’animal. De plus, les comportements des animaux à l’abattoir, soit les agressions et les porcs couchés, ainsi que les blessures permettent d’établir la présence d’un stress chez les animaux pendant l’attente avant l’abattage. Le but de la présente recherche était donc d’observer différents éléments de la gestion préabattage du chargement jusqu’à l’abattage des porcs, et d’évaluer les différents effets de ces éléments sur le comportement des porcs et la qualité de la viande produite, et ce, dans un contexte commercial. Deux lots de porcs de six différentes fermes ont été observés sur deux ou trois sorties de 100 à 200 porcs par sortie. Différents éléments concernant la santé, le comportement des animaux, les données de température ainsi que la durée des différentes étapes ont été observés et compilés. Des analyses de la qualité (couleur, pH, perte en eau) de la viande sur 30 carcasses par sortie ont été également effectuées. Les résultats obtenus ont permis de déterminer les éléments affectant la durée des différentes étapes de la gestion préabattage (chargement, déchargement et abattage), ainsi que les éléments affectant la présence de blessures sur les porcs et les comportements agressifs et de repos (porcs couchés) lors de différents moments avant l’abattage. Aussi, les paramètres de qualité (couleur, pH et perte en eau) ont pu être liés, de façon non significative, à différents éléments de la gestion préabattage. Concernant la durée de chargement, celle-ci était significativement (p < 0,05) liée au nombre de porcs sortis, au pourcentage de porcs couchés ou assis, à la saison ainsi qu’au nombre de personnes qui chargeaient les porcs. Nous avons observé une augmentation de la durée de chargement lorsque le nombre iv de porcs sortis et le pourcentage de porcs couchés ou assis étaient plus élevés et lorsque seulement deux employés s’occupaient du chargement des porcs, tandis que nous avons observé une diminution du temps de chargement en automne comparativement aux autres saisons. Pour ce qui est de la durée de déchargement, elle était significativement (p < 0,05) plus longue lorsque le nombre de porcs sortis et la durée du transport étaient plus élevés. Enfin, la durée du processus d’abattage augmentait significativement (p < 0,05) lorsque le nombre de porcs observés augmentait. Pour ce qui est des comportements observés à l’arrivée à l’abattoir, le pourcentage de porcs couchés dans les 20-30 premières minutes suivant le déchargement augmentait significativement (p < 0,05) avec le pourcentage de porcs couchés dans les 10 premières minutes suivant le déchargement ainsi qu’avec la durée d’attente dans le camion. Le pourcentage de porcs couchés était également plus élevé pour les porcs de la 1re sortie et pour ceux abattus l’hiver ou ayant eu une douche durant le transport. Pour ce qui est des comportements agressifs, le nombre de porcs agressifs dans les 20- 30 premières minutes suivant le déchargement augmentait significativement (p < 0,05) avec le nombre de porcs agressifs dans les 10 premières minutes suivant le déchargement. Pour ce qui est du comportement deux heures après le déchargement, le nombre de porcs couchés augmentait significativement (p < 0,05) avec le pourcentage de porcs agressifs dans les 10 premières minutes suivant le déchargement et avec la durée du transport dans le camion. Pour ce qui est des comportements agressifs, plus il y a eu de comportements agressifs dans les 10 premières minutes suivant le déchargement, plus il y a eu de comportements agressifs 2 h après le déchargement (p < 0,05). Enfin, il y aurait une augmentation significative de blessures avant l’abattage (p < 0,05) lorsque le pourcentage de porcs agressifs est plus élevé 2 h après le déchargement et le jour d’abattage. Plus le pourcentage de porcs qui s’entassaient dans le parc lors de l’entrée des humains pendant le chargement était élevé, plus le nombre de blessures augmentait. De plus, moins de blessures ont été observées l’hiver. Pour ce qui est des résultats sur la qualité, une relation positive entre la couleur (L*) et la température dans l’abattoir au moment de l’abattage ont été observées. De plus, la couleur (L*) était significativement plus élevée l’été comparativement à l’hiver et à l’automne. Le pH était également associé positivement à la température dans l’abattoir au moment de l’abattage, mais inversement associé au poids de la carcasse. Enfin, la perte en eau était associée positivement au poids de la carcasse, mais inversement liée à la température de la carcasse lors des analyses de la qualité. En conclusion, bien que nous ayons pu mettre en évidence des facteurs de la gestion préabattage qui influencent le comportement des porcs, il n’a pas été possible d’établir une relation claire entre le stress et le comportement des animaux pendant la période préabattage ni d’effets significatifs sur la qualité de la viande dans ce contexte commercial.

Thèse de doctorat : Sciences de la vie et de la santé. Sciences des Aliments et Nutrition : Bordeaux 1 : 2008. / Titre provenant de l'écran-titre.

La viande de porc est susceptible à la croissance microbienne en raison de sa teneur élevée en nutriments et en eau. L'élaboration de nouvelles stratégies pour optimiser sa qualité microbiologique passe par une profonde compréhension de la composition microbienne de la chaîne de valeur du porc. Les nouvelles technologies de séquençage (16S et génomes entiers) permettent la caractérisation de ce microbiome. Cependant, aucune étude à ce jour n'a suivi les mêmes animaux de la ferme, à l'usine jusqu'à la pièce de viande, les échantillons étant plutôt prélevés aléatoirement sur les différents sites. Cette étude consiste à évaluer comment le microbiote de porcs provenant de deux fermes avec des statuts sanitaires différents, ainsi que les microorganismes de leur environnement, influencent la composition microbienne de la chaîne de valeur, la contamination des usines et la qualité microbiologique des viandes. Les dénombrements d'aérobes mésophiles totaux et d'entérobactéries des échantillons prélevés à la fin des procédures préopératoires étaient près ou sous le seuil de détection indiquant que les procédures de nettoyage sont efficaces. De plus, les dénombrements des échantillons prélevés à l'abattoir ne variaient pas significativement en fonction des fermes étudiées. Cependant, un test de la somme des rangs de Wilcoxon (p<0.05) a révélé que la contamination moyenne aux Enterobacteriaceae pour les échantillons d'abattoir collectés après l'abattage des animaux était plus souvent supérieure pour la ferme avec un statut sanitaire inférieur comparativement à l'autre ferme Le séquençage de l'ADN microbien de la chaîne de valeur du porc a révélé qu'Acinetobacter, Clostridium, Moraxella et Rothia étaient les genres les plus abondants dans cette chaîne de valeur. L'algorithme LEfSe (p < 0.05, LDA 1.0) a permis d'identifier un plus grand nombre de biomarqueurs pour la ferme avec le statut sanitaire inférieur. De plus, les indices de diversité alpha étaient significativement plus élevés dans l'air et dans la moulée pour la ferme dont le statut est inférieur. L'analyse de la diversité bêta indiquait que les facteurs tels que le type d'échantillon et la localisation (ferme, éviscération et découpe) ont eu un effet significatif sur le microbiome de la chaîne de valeur et cela, selon un test ANOSIM (p<0,05). Ainsi, ces résultats suggèrent que l'écosystème microbien de la chaîne de valeur du porc varie avec la ferme d'origine. L'impact du statut sanitaire des animaux sur la chaîne de valeur mérite d'être étudié à plus grande échelle. / Pork meat is a food product at risk of microbial contamination due to its rich nutrient and water content. Developing new strategies to optimize the microbiological quality of these products requires a deeper understanding of the microbial ecology of the pork value chain. This microbiome is beginning to be studied using new genomic methods (16S and whole genome sequencing). However, no study to date has followed the same animals from farm to meat, rather samples are taken at random from different sites. The purpose of this study is to evaluate how the microbiota of pigs, originating from farms with different sanitary status, and their environment, influence the microbial composition of the value chain, the contamination of slaughter house and the microbiological quality of the resulting meats. The counts of total mesophilic aerobes and Enterobacteriaceae in samples collected at the end of preoperative procedures were near or below the detection limit indicating that the cleaning procedures are effective. In addition, the counts of samples taken at the slaughter house did not vary significatively depending on the farms analyzed. However, a Wilcoxon rank sum test (p <0.05) revealed that mean Enterobacteriaceae counts associated with the farm with a lower sanitary status, across all slaughter house samples collected after the slaughter of animals, are more often above the ones from the other farm. Sequencing of the pork value chain microbial DNA revealed that Acinetobacter, Clostridium, Moraxella and Rothia were the most abundant genera in this value chain. The LEfSe algorithm (p <0.05, LDA 1.0) identified a greater number of biomarkers for the farm with the lower sanitary status. Alpha diversity indices were significantly higher in air and food when the status is lower. In addition, analysis of beta diversity indicates that the factors; sample type and localization (farm, evisceration, and cut-out) have a significant impact on the value chain microbiome according to a ANOSIM test (p <0.05). Thus, these results suggest that the microbial ecosystem of the pork value chain varies with the farm of origin and the impact of the herd sanitary status deserves to be studied on a larger scale.

La viande de porc est susceptible à la croissance microbienne en raison de sa teneur élevée en nutriments et en eau. L'élaboration de nouvelles stratégies pour optimiser sa qualité microbiologique passe par une profonde compréhension de la composition microbienne de la chaîne de valeur du porc. Les nouvelles technologies de séquençage (16S et génomes entiers) permettent la caractérisation de ce microbiome. Cependant, aucune étude à ce jour n'a suivi les mêmes animaux de la ferme, à l'usine jusqu'à la pièce de viande, les échantillons étant plutôt prélevés aléatoirement sur les différents sites. Cette étude consiste à évaluer comment le microbiote de porcs provenant de deux fermes avec des statuts sanitaires différents, ainsi que les microorganismes de leur environnement, influencent la composition microbienne de la chaîne de valeur, la contamination des usines et la qualité microbiologique des viandes. Les dénombrements d'aérobes mésophiles totaux et d'entérobactéries des échantillons prélevés à la fin des procédures préopératoires étaient près ou sous le seuil de détection indiquant que les procédures de nettoyage sont efficaces. De plus, les dénombrements des échantillons prélevés à l'abattoir ne variaient pas significativement en fonction des fermes étudiées. Cependant, un test de la somme des rangs de Wilcoxon (p<0.05) a révélé que la contamination moyenne aux Enterobacteriaceae pour les échantillons d'abattoir collectés après l'abattage des animaux était plus souvent supérieure pour la ferme avec un statut sanitaire inférieur comparativement à l'autre ferme Le séquençage de l'ADN microbien de la chaîne de valeur du porc a révélé qu'Acinetobacter, Clostridium, Moraxella et Rothia étaient les genres les plus abondants dans cette chaîne de valeur. L'algorithme LEfSe (p < 0.05, LDA 1.0) a permis d'identifier un plus grand nombre de biomarqueurs pour la ferme avec le statut sanitaire inférieur. De plus, les indices de diversité alpha étaient significativement plus élevés dans l'air et dans la moulée pour la ferme dont le statut est inférieur. L'analyse de la diversité bêta indiquait que les facteurs tels que le type d'échantillon et la localisation (ferme, éviscération et découpe) ont eu un effet significatif sur le microbiome de la chaîne de valeur et cela, selon un test ANOSIM (p<0,05). Ainsi, ces résultats suggèrent que l'écosystème microbien de la chaîne de valeur du porc varie avec la ferme d'origine. L'impact du statut sanitaire des animaux sur la chaîne de valeur mérite d'être étudié à plus grande échelle. / Pork meat is a food product at risk of microbial contamination due to its rich nutrient and water content. Developing new strategies to optimize the microbiological quality of these products requires a deeper understanding of the microbial ecology of the pork value chain. This microbiome is beginning to be studied using new genomic methods (16S and whole genome sequencing). However, no study to date has followed the same animals from farm to meat, rather samples are taken at random from different sites. The purpose of this study is to evaluate how the microbiota of pigs, originating from farms with different sanitary status, and their environment, influence the microbial composition of the value chain, the contamination of slaughter house and the microbiological quality of the resulting meats. The counts of total mesophilic aerobes and Enterobacteriaceae in samples collected at the end of preoperative procedures were near or below the detection limit indicating that the cleaning procedures are effective. In addition, the counts of samples taken at the slaughter house did not vary significatively depending on the farms analyzed. However, a Wilcoxon rank sum test (p <0.05) revealed that mean Enterobacteriaceae counts associated with the farm with a lower sanitary status, across all slaughter house samples collected after the slaughter of animals, are more often above the ones from the other farm. Sequencing of the pork value chain microbial DNA revealed that Acinetobacter, Clostridium, Moraxella and Rothia were the most abundant genera in this value chain. The LEfSe algorithm (p <0.05, LDA 1.0) identified a greater number of biomarkers for the farm with the lower sanitary status. Alpha diversity indices were significantly higher in air and food when the status is lower. In addition, analysis of beta diversity indicates that the factors; sample type and localization (farm, evisceration, and cut-out) have a significant impact on the value chain microbiome according to a ANOSIM test (p <0.05). Thus, these results suggest that the microbial ecosystem of the pork value chain varies with the farm of origin and the impact of the herd sanitary status deserves to be studied on a larger scale.

Une forte demande, associée à des coûts de production locaux parmi les plus élevés au monde, a fait du Japon le plus gros importateur de viande de porc avec environ 20 % des achats mondiaux. Pour les pays exportateurs que sont le Danemark, les États-Unis et le Canada, les enjeux économiques liés à l’état de la compétition sur ce marché d’exportation séduisant mais fortement concurrentiel se révèlent donc considérables. Dès lors, il s’avère pour eux primordial de pouvoir y évaluer leur compétitivité. Dans ce travail, la méthode de Goldberg et Knetter (1999), qui repose sur l’approche du pouvoir de marché par l’élasticité de la demande résiduelle, est mise en œuvre. L’analyse préalable des séries temporelles utilisées est réalisée, et en particulier un test de racine unitaire basé sur le rééchantillonnage est développé. Les résultats d’estimation suggèrent que le marché japonais d’importation de viande de porc est imparfaitement concurrentiel. / A strong demand, together with high local production costs, made Japan become the world’s biggest importer of swine meat. For Denmark, Canada and the USA, three important exporters, the state of the competition on this attractive but strongly competitive market of export is of the highest importance. Thus, it turns out essential for them to be able to estimate their competitiveness. In this paper, the method proposed by Goldberg and Knetter (1999), based on the measure of the residual demand elasticity, is implemented. The time series analysis is emphasized, with the development and use of a bootstrap unit root test. Estimation results bring finally to light the imperfect competition characterizing the Japanese market of swine meat.

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / Le virus de l'hépatite E (HEV) provoque des cas sporadiques d'hépatite aiguë dans les pays industrialisés par le biais d'une transmission zoonotique via l'alimentation. Les porcs et plusieurs espèces animales de la faune sauvages ont été identifiés comme hôtes du HEV. La principale source de transmission du HEV à l'humain est la consommation de viande de porc crue ou insuffisamment cuite. Une autre voie potentielle d'exposition pourrait être la consommation de baies, cultivées en plein champs, dans des zones à proximité d'animaux sauvages infectés par le HEV. En effet, les fèces animales infectés contamineraient l'environnement et les fruits par contact direct. Toutefois, les données quantitatives sur la présence du HEV dans les aliments produits au Canada sont limitées. Le but du projet a donc été d'évaluer le niveau de contamination par le HEV dans des bleuets et des produits à base de foie de porc vendus dans deux provinces du Canada. Pour ce faire, 150 échantillons de bleuets ont été récoltés au Québec et au Nouveau-Brunswick. Pour les produits carnés, 83 échantillons de pâtés de foie de porc et 79 échantillons de foies de porc crus ont été collectés uniquement au Québec. La présence ou l'absence de HEV a été déterminée par détection moléculaire. Parmi les 150 échantillons de bleuets testés, aucun n'a été détecté positif au HEV. En revanche, concernant les pâtés de foie de porc et foies de porc crus, de l'ARN de HEV a été trouvé dans respectivement 29 % (24/83) et 4 % (3/79) des échantillons testés. Ces résultats suggèrent que (1) le risque de contamination des bleuets canadiens par le HEV semble être faible et ainsi, que le risque de transmission du HEV aux humains par l'ingestion de bleuets contaminés est probablement minime, (2) l'ARN du HEV peut être retrouvé dans des produits à base de foie de porc vendus dans les épiceries québécoises et potentiellement conduire à une infection par le HEV chez les consommateurs., voire à des formes graves chez les sujets à risque. Les résultats mis en avant dans ce projet incite à mener des études de prévalence plus larges et à surveiller le HEV dans certains produits alimentaires. / The hepatitis E virus (HEV) causes sporadic acute hepatic cases in industrialized countries through a zoonotic transmission and foodborne origin. Pigs and wild animals have been characterized as HEV-hosts. The main source of transmission of HEV to humans is the consumption of raw or undercooked pork products. Another possible route of transmission could be the presence of wild animals carrying the virus in berry fields. They would contaminate the environment and fruit by direct contact with their infected feces. However, quantitative data on the presence of HEV in Canadian food is limited. The aim of this project was to assess the level of HEV contamination in blueberries and pork liver products sold in two provinces of Canada. To do so, 150 blueberry samples were collected in Quebec and New Brunswick. For meat products, 83 samples of pork liver pâtés and 79 samples of raw pork livers were collected in Quebec only. The presence or absence of HEV was determined by molecular detection. Out of the 150 tested blueberry samples, none showed HEV detection. In contrast, 29 % (24/83) pork liver pâtés and 4 % (3/79) raw pork livers were found positive for HEV RNA. These results suggest that (1) the risk of HEV contamination of Canadian blueberries appears to be low and thus the risk of transmission of HEV to humans through ingestion of contaminated blueberries is likely to be minimal, (2) HEV RNA can be found in pork liver products sold in Quebec grocery stores and potentially lead to HEV infection in consumers and even severe forms in at-risk individuals. The results highlighted in this project encourage larger prevalence studies and monitoring of HEV in certain food products.