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Caracterização fenotípica e genotípica de cepas de Salmonella enterica isoladas de carne suína no município de São Paulo / Phenotypic and genotypic characterization of strains of Salmonella enterica isolated from pork in São Paulo city

Gomes, Vasco Tulio de Moura 08 May 2017 (has links)
Atualmente, a salmonelose representa uma das zoonoses de maior importância em Saúde Pública no mundo, em razão da alta endemicidade, mortalidade, e dificuldade do seu controle. No município de São Paulo, é possível encontrar diferentes realidades no que se diz respeito às boas práticas de produção e ao controle de qualidade dos produtos de origem animal, principalmente quando se considera os pontos de venda direta ao consumidor. Os objetivos do presente estudo foram avaliar a presença de Salmonella entérica em cortes de carne suína vendidos em mercados municipais, açougues e mercados de pequeno porte distribuídos nas cinco regiões do município de São Paulo. As estirpes isoladas foram caracterizadas quanto ao sorotipo, perfil de resistência a antimicrobianos, perfil genotípico através da eletroforese em campo pulsado (PFGE) e do polimorfismo do comprimento de fragmentos amplificados (AFLP). A partir dos 394 cortes de carne avaliados 6% foram positivos para o isolamento de S. enterica. Dentre os 111 estabelecimentos examinados, 14,4% apresentaram pelo menos um corte de carne positivo. Dentre as 60 estirpes selecionadas para caracterização, os sorotipos identificados foram Typhimurium (33,3%), London (26,7%), Brandenburg (10,0%), Schwaezengrund (8,3%), Derby (8,3%), Infantis (6,7%), Javiana (6,7%). A determinação da concentração inibitória mínima indicou as seguintes frequências de resistência antimicrobiana: azitromicina (100%), sulfametoxazol (98,3%), ampicilina (50%), cloranfenicol (41,7%), tetraciclina (40%), ácido nalidixico (21,7%), gentamicina (16,7%), trimetoprim (15%) e ciprofloxacina (5%). Todos os isolados foram sensíveis à cefotaxima, ceftazidima, meropenem e tigeciclina. Multirresistência foi identificada em 58,3% das estirpes avaliadas. A caracterização das estirpes pela PFGE e pelo AFLP revelou uma tendência a agrupar os isolados de acordo com a origem e com os sorotipos. A partir do sequenciamento do genoma de 11 estirpes foi possível identificar os STs, a presença de genes de resistência e de ilhas de patogenicidade. Os dados obtidos foram discutidos frente aos perfis descritos de estirpes de Salmonella entérica oriundas de criações de suínos e casos de infecção alimentar relatados no país e no exterior. / Currently, salmonellosis represents one of the most important zoonoses in Public Health in the world, due to the high endemicity, mortality, and difficulty of its control. In the city of São Paulo, it is possible to find different realities regarding good production practices and quality control of animal products, especially when considering the points of direct sales to the consumer. The objectives of the present study were to evaluate the presence of Salmonella enterica in pork cuts sold in municipal markets, butchers and small markets distributed in the five regions of the city of São Paulo. Isolated strains were characterized for serotype, antimicrobial resistance profile, genotypic profile through pulsed field electrophoresis (PFGE) and amplified fragment length polymorphism (AFLP). From the 394 meat cuts evaluated 6% were positive for isolation of S. enterica. Among the 111 establishments examined, 14.4% had at least one positive meat cut. Among the 60 strains selected for characterization, the identified serotypes were Typhimurium (33.3%), London (26.7%), Brandenburg (10.0%), Schwaezengrund (8.3%), Derby (8.3%), Infantis (6.7%) andJaviana (6.7%). Determination of the minimum inhibitory concentration indicated the following frequencies of antimicrobial resistance: azithromycin (100%), sulfamethoxazole (98.3%), ampicillin (50%), chloramphenicol (41.7%), tetracycline (40%), nalidixic acid (21.7%), gentamicin (16.7%), trimethoprim (15%) and ciprofloxacin (5%). All isolates were sensitive to cefotaxime, ceftazidime, meropenem and tigecycline. Multiresistance was identified in 58.3% of the strains evaluated. Characterization of the strains by PFGE and AFLP revealed a tendency to group the isolates according to the origin and the serotypes. From the genome sequencing of 11 strains it was possible to identify STs, presence of resistance genes and pathogenicityislands. The data obtained were discussed in relation to the described profiles of S. enterica strains from pig herds and cases of food infection reported in the country and abroad.
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Caracterização fenotípica e genotípica de cepas de Salmonella enterica isoladas de carne suína no município de São Paulo / Phenotypic and genotypic characterization of strains of Salmonella enterica isolated from pork in São Paulo city

Vasco Tulio de Moura Gomes 08 May 2017 (has links)
Atualmente, a salmonelose representa uma das zoonoses de maior importância em Saúde Pública no mundo, em razão da alta endemicidade, mortalidade, e dificuldade do seu controle. No município de São Paulo, é possível encontrar diferentes realidades no que se diz respeito às boas práticas de produção e ao controle de qualidade dos produtos de origem animal, principalmente quando se considera os pontos de venda direta ao consumidor. Os objetivos do presente estudo foram avaliar a presença de Salmonella entérica em cortes de carne suína vendidos em mercados municipais, açougues e mercados de pequeno porte distribuídos nas cinco regiões do município de São Paulo. As estirpes isoladas foram caracterizadas quanto ao sorotipo, perfil de resistência a antimicrobianos, perfil genotípico através da eletroforese em campo pulsado (PFGE) e do polimorfismo do comprimento de fragmentos amplificados (AFLP). A partir dos 394 cortes de carne avaliados 6% foram positivos para o isolamento de S. enterica. Dentre os 111 estabelecimentos examinados, 14,4% apresentaram pelo menos um corte de carne positivo. Dentre as 60 estirpes selecionadas para caracterização, os sorotipos identificados foram Typhimurium (33,3%), London (26,7%), Brandenburg (10,0%), Schwaezengrund (8,3%), Derby (8,3%), Infantis (6,7%), Javiana (6,7%). A determinação da concentração inibitória mínima indicou as seguintes frequências de resistência antimicrobiana: azitromicina (100%), sulfametoxazol (98,3%), ampicilina (50%), cloranfenicol (41,7%), tetraciclina (40%), ácido nalidixico (21,7%), gentamicina (16,7%), trimetoprim (15%) e ciprofloxacina (5%). Todos os isolados foram sensíveis à cefotaxima, ceftazidima, meropenem e tigeciclina. Multirresistência foi identificada em 58,3% das estirpes avaliadas. A caracterização das estirpes pela PFGE e pelo AFLP revelou uma tendência a agrupar os isolados de acordo com a origem e com os sorotipos. A partir do sequenciamento do genoma de 11 estirpes foi possível identificar os STs, a presença de genes de resistência e de ilhas de patogenicidade. Os dados obtidos foram discutidos frente aos perfis descritos de estirpes de Salmonella entérica oriundas de criações de suínos e casos de infecção alimentar relatados no país e no exterior. / Currently, salmonellosis represents one of the most important zoonoses in Public Health in the world, due to the high endemicity, mortality, and difficulty of its control. In the city of São Paulo, it is possible to find different realities regarding good production practices and quality control of animal products, especially when considering the points of direct sales to the consumer. The objectives of the present study were to evaluate the presence of Salmonella enterica in pork cuts sold in municipal markets, butchers and small markets distributed in the five regions of the city of São Paulo. Isolated strains were characterized for serotype, antimicrobial resistance profile, genotypic profile through pulsed field electrophoresis (PFGE) and amplified fragment length polymorphism (AFLP). From the 394 meat cuts evaluated 6% were positive for isolation of S. enterica. Among the 111 establishments examined, 14.4% had at least one positive meat cut. Among the 60 strains selected for characterization, the identified serotypes were Typhimurium (33.3%), London (26.7%), Brandenburg (10.0%), Schwaezengrund (8.3%), Derby (8.3%), Infantis (6.7%) andJaviana (6.7%). Determination of the minimum inhibitory concentration indicated the following frequencies of antimicrobial resistance: azithromycin (100%), sulfamethoxazole (98.3%), ampicillin (50%), chloramphenicol (41.7%), tetracycline (40%), nalidixic acid (21.7%), gentamicin (16.7%), trimethoprim (15%) and ciprofloxacin (5%). All isolates were sensitive to cefotaxime, ceftazidime, meropenem and tigecycline. Multiresistance was identified in 58.3% of the strains evaluated. Characterization of the strains by PFGE and AFLP revealed a tendency to group the isolates according to the origin and the serotypes. From the genome sequencing of 11 strains it was possible to identify STs, presence of resistance genes and pathogenicityislands. The data obtained were discussed in relation to the described profiles of S. enterica strains from pig herds and cases of food infection reported in the country and abroad.
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Estudo da vida útil de cortes suínos com osso (bisteca e costela) acondicionados em atmosfera modificada / Shelf life studies on pork cuts with bone in (chops and ribs) packed under different modified atmosphere gas composition

Boldrin, Melissa Cássia Favaro 28 January 2008 (has links)
Atualmente os supermercados vêm utilizando para a exposição de carnes frescas, bandejas rígidas revestidas de filmes plásticos permeáveis a gases. Esse sistema protege a superfície da carne de possíveis contaminações e permite a seleção dos cortes pelo consumidor. No entanto, essa forma de acondicionamento limita a vida útil da carne, especialmente dos cortes com osso. Dessa maneira, o presente trabalho de pesquisa objetivou estudar a interação entre as diferentes tecnologias - embalagem com atmosfera modificada, ácidos orgânicos e antioxidante - aplicando-se diferentes concentrações de dióxido de carbono (CO2) combinado com o nitrogênio (N2) e monóxido de carbono (CO) (composições gasosas: C1: 99,6%CO2/0,4CO; C2: 19,6%N2/80%CO2/0,4%CO; C3: 49,6%N2/50%CO2/0,4%CO e C4: 50%CO2/50%N2;) e seus efeitos nas características físico-químicas, sensoriais e microbiológicas de bisteca e de costela suína, armazenadas a temperatura de 2+ 2 ºC por um período de 32 dias. Após a obtenção dos referidos cortes na sala de desossa, metade foram pulverizados com a solução de ácidos orgânicos (1% de ácido acético, 1% de ácido lático e 1% de ácido cítrico) e antioxidante (0,8% de ácido ascórbico), e a outra metade não foi pulverizada. A seguir, as amostras pulverizadas ou não, foram colocadas em bandejas plásticas rígidas dentro de saco-filme impermeável a gases. O conjunto, produto mais bandeja foi submetido a três diferentes misturas gasosas, sendo C1, C2 e C3 para costela e C2, C3 e C4 para bisteca. Foram realizadas avaliações físico-químicas, microbiológicas e sensoriais nos 0 (caracterização da matéria-prima), 1º, 5º, 13º, 19º, 25º e 32º dias. Concluiu-se que o uso das composições gasosas: 19,6%N2/80%CO2/0,4%CO e 49,6%N2/50%CO2/0,4%CO, para a bisteca, e a três composições para costela, mantiveram a estabilidade da cor visual e instrumental da carne, do osso e da gordura durante todo o período de estudo. O odor foi predominantemente ácido em todas as amostras desde o primeiro dia de análise. As concentrações de CO2 usadas não foram efetivas na redução das contagens microbianas devido a elevada carga microbiana inicial da matéria-prima. Houve prevalência de bactérias láticas em todas as amostras após o 19º dia, e a vida útil foi de no mínimo 13 dias para todos os tratamentos. / Supermarkets have been using rigid trays covered with gas permeable films to expose fresh meat. This system keeps the meat surface free from contamination and allows the consumer choice, although this type of packaging shortens the meat shelf life, especially cuts with bone in. Thus, the aim of the present was to evaluate the interaction among the followed different technologies: modified atmosphere and spraying of organic acids with antioxidants solution in the meat surface. The effect of four types of modified atmosphere containing different carbon dioxide concentrations combined with nitrogen (N2) and carbon monoxide (CO) (C1: 99,6%CO2/0,4CO; C2: 19,6%N2/80%CO2/0,4%CO; C3: 49,6%N2/50%CO2/0,4%CO e C4: 50%CO2/50%N2) on physical, chemical, sensory and microbiological characteristics were evaluated in portioned pork chops and pork ribs stored during 32 days in a cooling chamber at 2+ 2 ºC. Half of the cuts obtained from the carcasses deboned at CTC were randomly assigned for spraying with a solution containing acetic acid (1%), lactic acid (1%), citric acid (1%) and ascorbic acid (0,8%) while the rest was not sprayed. Following, the samples were packaged in rigid plastic trays covered with impermeable film/bag and subjected to three different atmospheres (pork chops - C1, C2 and C3 and pork ribs - C2, C3 and C4). During storage the physical, chemical, microbiological and sensory evaluations were conducted in the following periods: 0 (raw material), 1, 5, 13, 19, 25 e 32 days. It was concluded that the use of following gas composition: 19,6%N2/80%CO2/0,4%CO and 49,6%N2/50%CO2/0,4%CO kept the color stability for pork chops and the three compositions for pork ribs, either subjective or objective, of the meat, bone and fat during all the period of the experiment. The odor was acid in all samples from the first day of analysis. The percentages of CO2 used in the experiment were not effective to reduce bacterial count because the raw material had high initial count. There was prevalence of lactic acid bacteria in all samples after the 19º day and shelf life was at least 13 days for all treatments.
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Estudo da vida útil de cortes suínos com osso (bisteca e costela) acondicionados em atmosfera modificada / Shelf life studies on pork cuts with bone in (chops and ribs) packed under different modified atmosphere gas composition

Melissa Cássia Favaro Boldrin 28 January 2008 (has links)
Atualmente os supermercados vêm utilizando para a exposição de carnes frescas, bandejas rígidas revestidas de filmes plásticos permeáveis a gases. Esse sistema protege a superfície da carne de possíveis contaminações e permite a seleção dos cortes pelo consumidor. No entanto, essa forma de acondicionamento limita a vida útil da carne, especialmente dos cortes com osso. Dessa maneira, o presente trabalho de pesquisa objetivou estudar a interação entre as diferentes tecnologias - embalagem com atmosfera modificada, ácidos orgânicos e antioxidante - aplicando-se diferentes concentrações de dióxido de carbono (CO2) combinado com o nitrogênio (N2) e monóxido de carbono (CO) (composições gasosas: C1: 99,6%CO2/0,4CO; C2: 19,6%N2/80%CO2/0,4%CO; C3: 49,6%N2/50%CO2/0,4%CO e C4: 50%CO2/50%N2;) e seus efeitos nas características físico-químicas, sensoriais e microbiológicas de bisteca e de costela suína, armazenadas a temperatura de 2+ 2 ºC por um período de 32 dias. Após a obtenção dos referidos cortes na sala de desossa, metade foram pulverizados com a solução de ácidos orgânicos (1% de ácido acético, 1% de ácido lático e 1% de ácido cítrico) e antioxidante (0,8% de ácido ascórbico), e a outra metade não foi pulverizada. A seguir, as amostras pulverizadas ou não, foram colocadas em bandejas plásticas rígidas dentro de saco-filme impermeável a gases. O conjunto, produto mais bandeja foi submetido a três diferentes misturas gasosas, sendo C1, C2 e C3 para costela e C2, C3 e C4 para bisteca. Foram realizadas avaliações físico-químicas, microbiológicas e sensoriais nos 0 (caracterização da matéria-prima), 1º, 5º, 13º, 19º, 25º e 32º dias. Concluiu-se que o uso das composições gasosas: 19,6%N2/80%CO2/0,4%CO e 49,6%N2/50%CO2/0,4%CO, para a bisteca, e a três composições para costela, mantiveram a estabilidade da cor visual e instrumental da carne, do osso e da gordura durante todo o período de estudo. O odor foi predominantemente ácido em todas as amostras desde o primeiro dia de análise. As concentrações de CO2 usadas não foram efetivas na redução das contagens microbianas devido a elevada carga microbiana inicial da matéria-prima. Houve prevalência de bactérias láticas em todas as amostras após o 19º dia, e a vida útil foi de no mínimo 13 dias para todos os tratamentos. / Supermarkets have been using rigid trays covered with gas permeable films to expose fresh meat. This system keeps the meat surface free from contamination and allows the consumer choice, although this type of packaging shortens the meat shelf life, especially cuts with bone in. Thus, the aim of the present was to evaluate the interaction among the followed different technologies: modified atmosphere and spraying of organic acids with antioxidants solution in the meat surface. The effect of four types of modified atmosphere containing different carbon dioxide concentrations combined with nitrogen (N2) and carbon monoxide (CO) (C1: 99,6%CO2/0,4CO; C2: 19,6%N2/80%CO2/0,4%CO; C3: 49,6%N2/50%CO2/0,4%CO e C4: 50%CO2/50%N2) on physical, chemical, sensory and microbiological characteristics were evaluated in portioned pork chops and pork ribs stored during 32 days in a cooling chamber at 2+ 2 ºC. Half of the cuts obtained from the carcasses deboned at CTC were randomly assigned for spraying with a solution containing acetic acid (1%), lactic acid (1%), citric acid (1%) and ascorbic acid (0,8%) while the rest was not sprayed. Following, the samples were packaged in rigid plastic trays covered with impermeable film/bag and subjected to three different atmospheres (pork chops - C1, C2 and C3 and pork ribs - C2, C3 and C4). During storage the physical, chemical, microbiological and sensory evaluations were conducted in the following periods: 0 (raw material), 1, 5, 13, 19, 25 e 32 days. It was concluded that the use of following gas composition: 19,6%N2/80%CO2/0,4%CO and 49,6%N2/50%CO2/0,4%CO kept the color stability for pork chops and the three compositions for pork ribs, either subjective or objective, of the meat, bone and fat during all the period of the experiment. The odor was acid in all samples from the first day of analysis. The percentages of CO2 used in the experiment were not effective to reduce bacterial count because the raw material had high initial count. There was prevalence of lactic acid bacteria in all samples after the 19º day and shelf life was at least 13 days for all treatments.

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