Les pratiques physiques ont été introduites dans les lycées au XIXe siècle par les militaires et les médecins. L’histoire institutionnelle rend compte des aléas de leur introduction et de leur évolution dans le domaine particulier de l’éducation physique. Mais, étonnamment, les historiens le font en occultant le corps qui est pourtant le cœur de cette discipline d’enseignement. Michel de Certeau écrit d’ailleurs à ce propos : « chaque société a “son” corps, tout comme elle a sa langue constituée par un système plus ou moins raffiné de choix parmi un innombrable de possibilités phonétiques, lexicales et syntaxiques ». Ce travail de doctorat vise donc à étudier les raisons qui ont conduit le ministère de l’Instruction publique à intégrer ces pratiques dans les emplois du temps des élèves. Afin d’éviter des confusions entre “l’école des notables” et “l’école du peuple”, seul le lycée de Besançon est étudié. Pour atteindre cet objectif, les travaux de recherche se sont attachés à appréhender autant les représentations du corps que les attentes des familles bisontines et celles des hommes politiques impliqués dans cette question de l’éducation corporelle scolaire. Les outils proposés par Michel Foucault sont convoqués et adaptés pour étudier le contrôle des corps. Plus encore, le concept d’autonomie, développé par Alain Ehrenberg, est lui aussi exploité autour de la vaste question pédagogique dépassant la discipline « éducation physique ». Les résultats de cette recherche monographique sont présentés à partir de trois périodes : 1850-1890, une autonomie inexistante lors d’une période de dressage des corps ; de 1890 à la Première Guerre mondiale, une autonomie proposée qui permet l’introduction du sport dans les lycées mais un contrôle des corps toujours intense et, enfin, une autonomie tolérée par obligation avec une reprise en main du contrôle. / Physical activities were introduced into the high school curriculum in the 19th century by physicians and the military. Institutional historians show how physical activities were included in the course called Physical Education and how they evolved. Surprisingly, however, historians who have studied this material never mention the body, which is at the center of this discipline. Michel de Certeau wrote, “Each society has its own body, just as it has its own language made up of a more or less refined system of choice from among countless phonetic, lexical and syntactic possibilities". This thesis studies the reasons that led the French Ministry of Public Education to include Physical Education in students’ scheduling; it uses the case of a high school in Besançon, France. (The students of all high schools during the period studied came from bourgeois families.) Thesis research focuses on the representations of the body, the expectations of the families of the students and the expectations of the politicians who introduced physical education into schools. Research tools developed by Michel Foucault were adapted for studying power over the body. Alain Ehrenberg’s concept of autonomy was used to understand how knowledge is acquired (pedagogy). Research results are presented for three periods: from 1850 to 1890 when autonomy was non-existent in physical education; from 1890 to World War I, when sport was introduced into high schools but physical education policies were just as strict; and from 1918 to 1935 when toleration of autonomy was obligatory but the institution could take back control when it was deemed necessary.