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Caracterização molecular de tumores de mama triplo-negativos com diferença de expressão de SPARC / Gene expression profiling of triple negative breast tumors with different expression of SPARC identify potential new prognosis biomarkers

Alcantara Filho, Paulo Roberto de 04 September 2017 (has links)
O câncer de mama triplo negativo (TNBC) é um dos tumores mais agressivos, muitas vezes resistentes à terapia sistêmica e com evolução para doença metastática. O entendimento de sua biologia e a concepção de novos tratamentos são essenciais para melhorar o seu prognóstico. Atualmente, as opções de tratamento são reduzidas e a quimioterapia ainda é o tratamento padrão. A expressão de SPARC (secreted protein acidic and rich in cysteine) é supostamente alterada em várias doenças malignas. No entanto, pouco se sabe sobre o valor prognóstico do SPARC em pacientes com TNBC. Usando uma pequena coorte de descoberta de TNBC muito bem caracterizada em relação à expressão do SPARC e comportamento clínico, conseguimos identificar vários genes como diferencialmente expressos na comparação entre amostras de TNBC / SPARC negativo vs. TNBC / SPARC positivo. Cinco desses genes diferencialmente expressos, SOHLH2, DNAJC12, LIM-1, CEACAM-5 e CTAG1A foram escolhidos para serem validados por imuno-histoquímica (IHC) em tissue microarrays (TMAs) contendo uma coorte independente de TNBC. Para acessar o valor prognóstico desses potenciais novos biomarcadores, avaliamos a associação entre a expressão de IHC e os resultados das pacientes pela análise de Kaplan-Meier para a coorte de validação. Foi observado que a coloração negativa da expressão de SOHLH2 e coloração positiva de DNAJC12 e LIM1 mostrou uma tendência a ser correlacionada com um pior prognóstico tanto para a sobrevida livre de doença quanto para sobrevida global. Nossos resultados fornecem novas informações sobre alterações transcriptômicas associadas ao comportamento clínico de TNBC que podem servir como ferramenta potencial para a identificação e caracterização de novos biomarcadores candidatos como fatores prognósticos e preditivos para pacientes com TNBC no futuro / Triple-negative breast cancer (TNBC) is one of the most aggressive, therapy-resistant, and metastatic tumors. Understanding of its biology and designing new treatments are essential to improve its prognosis. Currently, treatment options are reduced, and chemotherapy is still the standard treatment. SPARC (secreted protein acidic and rich in cysteine) expression is reportedly altered in various malignancies. However, little is known regarding the prognostic value of SPARC in TNBC patients. Using a small discovered cohort of TNBC very well characterized regarding SPARC expression status and clinical behavior, we were able to identify several genes as differentially expressed in the comparison between TNBC/SPARC negative vs. TNBC/SPARC positive samples. Five of these differentially expressed genes, SOHLH2, DNAJC12, LIM, CEACAM-5 and CTAG1A were chosen to be validated by immunohistochemistry (IHC) on tissue microarrays (TMAs) containing an independent cohort of TNBC. To access the prognostic value of these potential new biomarkers, we evaluated the association between the IHC expression and patient\'s outcomes by Kaplan-Meier analysis for the validation cohort. We found that negative staining of SOHLH2 expression and positive staining of DNAJC12 and LIM1 showed a trend to be correlated with a poor prognosis for both disease-free survival and overall survival. Our findings provide new information on transcriptome changes associated the clinical behavior of TNBC that may serve as a potential tool for the identification and characterization of new candidate biomarkers as prognostic and predictive factors for patients with TNBC in the future
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Caracterização molecular de tumores de mama triplo-negativos com diferença de expressão de SPARC / Gene expression profiling of triple negative breast tumors with different expression of SPARC identify potential new prognosis biomarkers

Paulo Roberto de Alcantara Filho 04 September 2017 (has links)
O câncer de mama triplo negativo (TNBC) é um dos tumores mais agressivos, muitas vezes resistentes à terapia sistêmica e com evolução para doença metastática. O entendimento de sua biologia e a concepção de novos tratamentos são essenciais para melhorar o seu prognóstico. Atualmente, as opções de tratamento são reduzidas e a quimioterapia ainda é o tratamento padrão. A expressão de SPARC (secreted protein acidic and rich in cysteine) é supostamente alterada em várias doenças malignas. No entanto, pouco se sabe sobre o valor prognóstico do SPARC em pacientes com TNBC. Usando uma pequena coorte de descoberta de TNBC muito bem caracterizada em relação à expressão do SPARC e comportamento clínico, conseguimos identificar vários genes como diferencialmente expressos na comparação entre amostras de TNBC / SPARC negativo vs. TNBC / SPARC positivo. Cinco desses genes diferencialmente expressos, SOHLH2, DNAJC12, LIM-1, CEACAM-5 e CTAG1A foram escolhidos para serem validados por imuno-histoquímica (IHC) em tissue microarrays (TMAs) contendo uma coorte independente de TNBC. Para acessar o valor prognóstico desses potenciais novos biomarcadores, avaliamos a associação entre a expressão de IHC e os resultados das pacientes pela análise de Kaplan-Meier para a coorte de validação. Foi observado que a coloração negativa da expressão de SOHLH2 e coloração positiva de DNAJC12 e LIM1 mostrou uma tendência a ser correlacionada com um pior prognóstico tanto para a sobrevida livre de doença quanto para sobrevida global. Nossos resultados fornecem novas informações sobre alterações transcriptômicas associadas ao comportamento clínico de TNBC que podem servir como ferramenta potencial para a identificação e caracterização de novos biomarcadores candidatos como fatores prognósticos e preditivos para pacientes com TNBC no futuro / Triple-negative breast cancer (TNBC) is one of the most aggressive, therapy-resistant, and metastatic tumors. Understanding of its biology and designing new treatments are essential to improve its prognosis. Currently, treatment options are reduced, and chemotherapy is still the standard treatment. SPARC (secreted protein acidic and rich in cysteine) expression is reportedly altered in various malignancies. However, little is known regarding the prognostic value of SPARC in TNBC patients. Using a small discovered cohort of TNBC very well characterized regarding SPARC expression status and clinical behavior, we were able to identify several genes as differentially expressed in the comparison between TNBC/SPARC negative vs. TNBC/SPARC positive samples. Five of these differentially expressed genes, SOHLH2, DNAJC12, LIM, CEACAM-5 and CTAG1A were chosen to be validated by immunohistochemistry (IHC) on tissue microarrays (TMAs) containing an independent cohort of TNBC. To access the prognostic value of these potential new biomarkers, we evaluated the association between the IHC expression and patient\'s outcomes by Kaplan-Meier analysis for the validation cohort. We found that negative staining of SOHLH2 expression and positive staining of DNAJC12 and LIM1 showed a trend to be correlated with a poor prognosis for both disease-free survival and overall survival. Our findings provide new information on transcriptome changes associated the clinical behavior of TNBC that may serve as a potential tool for the identification and characterization of new candidate biomarkers as prognostic and predictive factors for patients with TNBC in the future
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Avaliação do transcriptoma e proteoma de células de câncer de mama com diferente perfil de expressão de SPARC (secreted protein acidic and rich in cysteine) na presença e ausência de docetaxel / Transcriptome and proteome evaluation of breast cancer cells with different profile of SPARC expression (secreted protein acidic and rich in cysteine) in the presence and absence of docetaxel

Pavanelli, Ana Carolina 27 March 2015 (has links)
O gene SPARC (secreted protein, acidic, cysteine-rich; também denominado de Osteonectina; BM-40) codifica uma proteína de 42kDa, membro de uma família de proteínas matricelular, que interagem com receptores de superfície celular, fatores de crescimento e componentes da matriz extracelular (ECM). SPARC desempenha importante papel no remodelamento de tecidos, migração celular, angiogênese, desenvolvimento embrionário, tumorigênese e quimiosensibilidade. O Docetaxel é um agente anti-microtúbulo pertencente à classe do taxanos, sendo utilizado como uma droga quimioterápica eficaz para o tratamento do câncer da mama avançado. No entanto, é considerável o número de pacientes que não respondem ou adquirem resistência ao tratamento com os taxanos. Os mecanismos envolvidos na resistência ao docetaxel ainda não estão completamente estabelecidos. Em um estudo prévio de nosso grupo, identificamos os transcritos do gene SPARC como diferencialmente expressos em células epiteliais mamárias expressando diferentes níveis de HER-2. No presente estudo, nós avaliamos o efeito da expressão do SPARC na sensibilidade de células de câncer de mama ao Docetaxel. As células MCF-7 foram transfectadas com o vetor de expressão pCMV6-SPARC ou pCMV6-Neo. PCR em tempo real, western blot e imunofluorescência foram utilizados para caracterizar os clones de células com expressão de SPARC. A taxa proliferativa não foi alterada de forma significativa pela expressão de SPARC. No entanto, observou-se um aumento da sensibilidade ao docetaxel em células MCF7 expressando SPARC em comparação com as células MCF7 controle sem expressão de SPARC, indicando que a expressão de SPARC tem propriedades de aumentar a quimiosensibilidade em células de câncer de mama. Utilizamos a técnica de cDNA microarray, para avaliar o perfil de expressão de células MCF7 com expressão de SPARC em comparação com células MCF7 sem expressão de SPARC antes e após tratamento com docetaxel 5nM e 100nM por 24h. Identificamos diversos genes potencialmente envolvidos na quimiosensibilidade ao docetaxel mediada por SPARC. Setenta genes mais diferencialmente expressos (expressão aumentada ou reduzida) foram selecionados a partir dos diferentes tratamentos e várias redes moleculares foram identificadas utilizando o Ingenuity Pathway Analysis (IPA). Após anotação gênica seis genes, SPANXA1, ALDH1A3, TPM4, TARP, XAF1, e WNT5A foram selecionados e validados por qPCR. Utilizando análise proteômica quantitativa livre de marcação avaliamos ainda a ocorrência de alterações proteômicas na comparação das células MCF-7 com super-expressão de SPARC antes e após tratamento com docetaxel. Entre as redes de interação molecular, a via de remodelamento de citoesqueleto foi a via mais abundante observada na comparação entre as células MCF-7 com expressão de SPARC e as células controle sem expressão de SPARC antes do tratamento com docetaxel; e a via do metabolismo de GTP foi a via mais abundante observada na comparação entre as células MCF7 com expressão de SPARC e as células controle sem expressão de SPARC após tratamento com docetaxel. Na integração dos dados de transcriptoma e proteoma identificamos quarenta genes diferencialmente expressos pelas duas abordagens, sendo a via WNT representada entre eles. Nossos resultados sugerem que a expressão SPARC pode influenciar a quimiosensibilidade ao Docetaxel em células MCF-7, modulando genes envolvidos em diversos processos biológicos que podem estar relacionados com a sensibilidade a drogas / The SPARC (secreted protein, acidic, cysteine-rich) gene encodes a 42kDa protein that belongs to a family of matricellular proteins, which interact with cell-surface receptors, growth factors and the ECM (extracellular matrix) components. SPARC plays a role in tissue remodeling, cell migration, angiogenesis, embryonic development, tumorigenesis and chemiosensitivity. Docetaxel, which is an antimicrotubulin agent, is an effective chemotherapeutic drug for the treatment of advanced breast cancer. However, a considerable proportion of breast cancer patients do not respond positively to docetaxel. The mechanisms of docetaxel resistance are poorly understood. In a previous study, we identified SPARC as differentially expressed in mammary epithelial cells expressing different levels of HER-2. In the present study, we evaluate the effects of SPARC over-expression on the sensitivity of breast cancer cells to docetaxel. MCF7 cells were transfected with the expression vector pCMV6-SPARC or pCMV6-Neo. Real time PCR, western blot and immunofluorescence were used to characterize the clones over-expressing SPARC. Proliferation was not significantly affected by SPARC over-expression. However, we observed an increased sensitivity to docetaxel when comparing the MCF7 control cells with the MCF7 cells overexpressing SPARC, indicating that SPARC expression has chemosensitive properties in breast cancer cells. We used cDNA microarray to evaluate the expression profile of MCF7 cells with SPARC overexpression in comparison with MCF7 control cells before and after docetaxel treatment for 24h.We have identified several differentially expressed genes potentially involved in SPARC-mediated chemosensibility to docetaxel. Seventy of the highly expressed genes were selected from all treatments and several molecular networks were identified using the Ingenuity Pathway Analysis (IPA). After manual annotation, six genes, SPANXA1, ALDH1A3, TPM4, TARP, XAF1, and WNT5A, potentially associated with SPARC mediated chemiosensitivity were selected and validated by qPCR. Using label-free approach for quantitative proteomic analysis, we further evaluated the proteomic changes in the comparison of the MCF7 cells control and over-expressing SPARC before and after docetaxel treatment. Among the molecular interaction networks, cytoskeleton remodeling pathway was the top pathway map observed in the comparison between MCF7 cells over-expressing SPARC and the control cells before docetaxel treatment and GTP metabolism pathway was the top pathway map observed in the comparison between MCF7 cells over-expressing SPARC and the control cells after docetaxel treatment. Transcriptome and proteome integrated data, resulted in forty commonly up and down regulated genes, being the WNT pathway represented among them. Our findings suggest that SPARC expression can influence Docetaxel sensitivity in MCF7 cells by modulating genes involved in diverse biologic process that might be related to drug sensitivity
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Avaliação do transcriptoma e proteoma de células de câncer de mama com diferente perfil de expressão de SPARC (secreted protein acidic and rich in cysteine) na presença e ausência de docetaxel / Transcriptome and proteome evaluation of breast cancer cells with different profile of SPARC expression (secreted protein acidic and rich in cysteine) in the presence and absence of docetaxel

Ana Carolina Pavanelli 27 March 2015 (has links)
O gene SPARC (secreted protein, acidic, cysteine-rich; também denominado de Osteonectina; BM-40) codifica uma proteína de 42kDa, membro de uma família de proteínas matricelular, que interagem com receptores de superfície celular, fatores de crescimento e componentes da matriz extracelular (ECM). SPARC desempenha importante papel no remodelamento de tecidos, migração celular, angiogênese, desenvolvimento embrionário, tumorigênese e quimiosensibilidade. O Docetaxel é um agente anti-microtúbulo pertencente à classe do taxanos, sendo utilizado como uma droga quimioterápica eficaz para o tratamento do câncer da mama avançado. No entanto, é considerável o número de pacientes que não respondem ou adquirem resistência ao tratamento com os taxanos. Os mecanismos envolvidos na resistência ao docetaxel ainda não estão completamente estabelecidos. Em um estudo prévio de nosso grupo, identificamos os transcritos do gene SPARC como diferencialmente expressos em células epiteliais mamárias expressando diferentes níveis de HER-2. No presente estudo, nós avaliamos o efeito da expressão do SPARC na sensibilidade de células de câncer de mama ao Docetaxel. As células MCF-7 foram transfectadas com o vetor de expressão pCMV6-SPARC ou pCMV6-Neo. PCR em tempo real, western blot e imunofluorescência foram utilizados para caracterizar os clones de células com expressão de SPARC. A taxa proliferativa não foi alterada de forma significativa pela expressão de SPARC. No entanto, observou-se um aumento da sensibilidade ao docetaxel em células MCF7 expressando SPARC em comparação com as células MCF7 controle sem expressão de SPARC, indicando que a expressão de SPARC tem propriedades de aumentar a quimiosensibilidade em células de câncer de mama. Utilizamos a técnica de cDNA microarray, para avaliar o perfil de expressão de células MCF7 com expressão de SPARC em comparação com células MCF7 sem expressão de SPARC antes e após tratamento com docetaxel 5nM e 100nM por 24h. Identificamos diversos genes potencialmente envolvidos na quimiosensibilidade ao docetaxel mediada por SPARC. Setenta genes mais diferencialmente expressos (expressão aumentada ou reduzida) foram selecionados a partir dos diferentes tratamentos e várias redes moleculares foram identificadas utilizando o Ingenuity Pathway Analysis (IPA). Após anotação gênica seis genes, SPANXA1, ALDH1A3, TPM4, TARP, XAF1, e WNT5A foram selecionados e validados por qPCR. Utilizando análise proteômica quantitativa livre de marcação avaliamos ainda a ocorrência de alterações proteômicas na comparação das células MCF-7 com super-expressão de SPARC antes e após tratamento com docetaxel. Entre as redes de interação molecular, a via de remodelamento de citoesqueleto foi a via mais abundante observada na comparação entre as células MCF-7 com expressão de SPARC e as células controle sem expressão de SPARC antes do tratamento com docetaxel; e a via do metabolismo de GTP foi a via mais abundante observada na comparação entre as células MCF7 com expressão de SPARC e as células controle sem expressão de SPARC após tratamento com docetaxel. Na integração dos dados de transcriptoma e proteoma identificamos quarenta genes diferencialmente expressos pelas duas abordagens, sendo a via WNT representada entre eles. Nossos resultados sugerem que a expressão SPARC pode influenciar a quimiosensibilidade ao Docetaxel em células MCF-7, modulando genes envolvidos em diversos processos biológicos que podem estar relacionados com a sensibilidade a drogas / The SPARC (secreted protein, acidic, cysteine-rich) gene encodes a 42kDa protein that belongs to a family of matricellular proteins, which interact with cell-surface receptors, growth factors and the ECM (extracellular matrix) components. SPARC plays a role in tissue remodeling, cell migration, angiogenesis, embryonic development, tumorigenesis and chemiosensitivity. Docetaxel, which is an antimicrotubulin agent, is an effective chemotherapeutic drug for the treatment of advanced breast cancer. However, a considerable proportion of breast cancer patients do not respond positively to docetaxel. The mechanisms of docetaxel resistance are poorly understood. In a previous study, we identified SPARC as differentially expressed in mammary epithelial cells expressing different levels of HER-2. In the present study, we evaluate the effects of SPARC over-expression on the sensitivity of breast cancer cells to docetaxel. MCF7 cells were transfected with the expression vector pCMV6-SPARC or pCMV6-Neo. Real time PCR, western blot and immunofluorescence were used to characterize the clones over-expressing SPARC. Proliferation was not significantly affected by SPARC over-expression. However, we observed an increased sensitivity to docetaxel when comparing the MCF7 control cells with the MCF7 cells overexpressing SPARC, indicating that SPARC expression has chemosensitive properties in breast cancer cells. We used cDNA microarray to evaluate the expression profile of MCF7 cells with SPARC overexpression in comparison with MCF7 control cells before and after docetaxel treatment for 24h.We have identified several differentially expressed genes potentially involved in SPARC-mediated chemosensibility to docetaxel. Seventy of the highly expressed genes were selected from all treatments and several molecular networks were identified using the Ingenuity Pathway Analysis (IPA). After manual annotation, six genes, SPANXA1, ALDH1A3, TPM4, TARP, XAF1, and WNT5A, potentially associated with SPARC mediated chemiosensitivity were selected and validated by qPCR. Using label-free approach for quantitative proteomic analysis, we further evaluated the proteomic changes in the comparison of the MCF7 cells control and over-expressing SPARC before and after docetaxel treatment. Among the molecular interaction networks, cytoskeleton remodeling pathway was the top pathway map observed in the comparison between MCF7 cells over-expressing SPARC and the control cells before docetaxel treatment and GTP metabolism pathway was the top pathway map observed in the comparison between MCF7 cells over-expressing SPARC and the control cells after docetaxel treatment. Transcriptome and proteome integrated data, resulted in forty commonly up and down regulated genes, being the WNT pathway represented among them. Our findings suggest that SPARC expression can influence Docetaxel sensitivity in MCF7 cells by modulating genes involved in diverse biologic process that might be related to drug sensitivity

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