Made available in DSpace on 2015-04-17T14:55:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Arquivototal.pdf: 1356123 bytes, checksum: 7115ed47a5956fbd95bdffd700b48424 (MD5) Previous issue date: 2012-11-30 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Trichogramma species are identified by the morphology of the male genitalia, making the identification difficult due to the small size of the individual (0.25 mm) and/or the presence of cryptic species. Therefore molecular biology constitutes a good alternative for the identification of Trichogramma species and is also used in the identification of Proteobacteria of the genus Wolbachia, known to induce parthenogenesis in Trichogramma species. The purpose of this thesis was to use molecular methods to identify Trichogramma species, verify the diversity of Trichogramma pretiosum populations in 11 cities in Brazil and its association with bacteria of the genus Wolbachia. The samples of Trichogramma pretiosum species and Trichogramma populations were submitted to extraction of genomic DNA for PCR using the forward primer ITS-2- 5 TGTGAACTGCAGGACACATG-3 and the reverse primer IT2-5 GTCTTGCCTGCTCTGCTCTGAG.-3`. The DNA products obtained from Trichogramma species and populations of T. pretiosum were purified and sequenced. To detect the presence of bacteria of the Wolbachia genus in T. pretiosum populations, the amplifications were done using wsp specific primers, with a final reaction volume of 25 μl. The size of PCR products was determined using a molecular weight marker 100 bp using a negative control without DNA, the remaining components and a positive control containing Wolbachia. It can be verified that it was possible to extract DNA from all the Trichogramma species with quantities and qualities sufficient for electrophoretic profiles with genomic DNA concentrations ranging from 15.3 to 50ng/μl. Using PCR, the fragments of the ITS2 region of ribosomal DNA were amplified and one can identify the species of Trichogramma with the sequencing by using the similarity search of the BLAST program in the GenBank database (NCBI - National Center for Biotechnology Information) and dendrogram analysis performed according to the genetic distance matrix, from which three groups were formed, the first by T. exigum, the second by T. pretiosum and the third by T. galloi. With the results of the query by similarity using the BLAST program in the GenBank database a maximum identification average of 92,2% was obtained regarding the species of Trichogramma pretiosum, confirming the correct sequencing. The size of the sequences ranged from 355 to 503 bp. The average G + C content (guanine + cytosine) was 53,2%. After aligning the 11 sequences of T. pretiosum, 391 sites were found conserved, reflecting 73% of the total of 536 sites found, confirming the similarity between samples, as well as confidence in the sequences obtained. The average found for this distance matrix was 0.30. According to the dendrogram obtained from the genetic distance matrix using the neighbor-joining method one can verify the presence of four groups, the first formed by the TPAES, TPPARS, TPRMT TPCVMT populations and the second by the TPSPMT population, the third group by the TPPPE, TPMVCE, TPPPB, TPPPMT, TPJSP populations, and the fourth by the TPPLMT population, being the most genetically distant population. The geographical distance did not affect the genetic similarity or dissimilarity between parasitoids having no significant difference between geographic distance and genetic similarity of the T. pretiosum samples in the locations collected. Of the T. pretiosum populations analyzed, the presence of viii endobacterias occurred in the population from the state of Espírito Santo, the first local record of the presence of this α proteobacteria for the species. / As espécies de Trichogramma são identificadas por meio da morfologia da genitália do macho, sendo dificultada pelo tamanho reduzido do indivíduo (0,25 mm) e/ou a presença de espécies crípticas. Por esta razão, a biologia molecular se constituí em uma boa alternativa para a identificação de espécies de Trichogramma, sendo também utilizada na identificação de proteobactéria do gênero Wolbachia, conhecida por induzir partenogênese em espécies de Trichogramma. O objetivo desta tese foi utilizar métodos moleculares para identificação de espécies de Trichogramma, verificar a diversidade de populações de Trichogramma pretiosum em 11 municípios no Brasil e sua associação com a bactéria do gênero Wolbachia. As amostras de espécies do gênero Trichogramma e de populações de Trichogramma pretiosum foram submetidas à extração de DNA genômico para a realização de PCR utilizando o primer direto ITS-2- 5 TGTGAACTGCAGGACACATG-3 e o reverso IT2-5 GTCTTGCCTGCTCTGCTCTGAG.-3`. Os produtos de DNA obtidos das espécies de Trichogramma e das populações de T. pretiosum foram purificados e submetidos ao seqüenciamento. Para detectar a presença de bactérias do gênero Wolbachia em populações de T. pretiosum, as amplificações foram realizadas com primers específicos wsp, com um volume final da reação de 25 μl. O tamanho dos produtos de PCR foi determinado utilizando um marcador de peso molecular de 100 pb, sendo utilizado um controle negativo sem DNA e o restante dos componentes e um controle positivo com a presença de Wolbachia. Pode-se verificar que foi possível extrair DNA de todas as espécies de Trichogramma estudadas com quantidades e qualidades suficientes para obter perfis eletroforéticos, com concentrações do DNA genômico variando entre 15,3 e 50 ng/μl. Por meio da técnica de PCR, os fragmentos da região ITS2 do DNA ribossomal foram amplificados, sendo possível identificar as espécies de Trichogramma pelo sequenciamento, sendo realizada a busca por similaridade utilizando o programa BLAST, no banco de dados do GenBank (NCBI National Center for Biotechnology Information) e feita a análise de dendrograma de acordo com a matriz de distância genética, onde foi obtido três grupos, o primeiro formado pela espécie T. exigum, o segundo pela espécie T. pretiosum e o terceiro pela espécie T. galloi. Com o resultado da busca por similaridade utilizando o programa BLAST, no banco de dados do GenBank, obteve-se uma média de 92,2% de máxima identificação referente à espécie de Trichogramma pretiosum, confirmando o correto sequenciamento. O tamanho das sequências variaram de 355 a 503 pb. A média do conteúdo G + C (Guanina + Citosina) foi de 53,2%. Após o alinhamento das 11 sequências de T. pretiosum, foram encontrados 391 sítios conservados, que refletem 73 % do total de 536 sítios encontrados, confirmando a semelhança entre as amostras, bem como a confiança nas sequências obtidas. A média encontrada para essa matriz de distância foi de 0,30. De acordo com o dendrograma obtido a partir da matriz de distância genética pelo método do vizinho próximo (Neighbor-Joining), pode-se verificar a presença de quatro grupos: o primeiro, formado pelas populações TPAES, TPPARS, TPRMT e TPCVMT; o segundo, pela população de TPSPMT; o terceiro grupo, pelas populações de TPPPE, TPMVCE, TPPPB, TPPPMT, TPJSP e o quarto pela população de TPPLMT, sendo a população mais distante geneticamente. A distância geográfica não afetou a similaridade ouvi dissimilaridade genética entre os parasitóides, não existindo, diferenças significativas entre distância geográfica e a similaridade genética das amostras de T. pretiosum nas localidades coletadas. Das populações de T.pretiosum analisadas, a presença da endobactérias ocorreu na população proveniente do Estado do Espírito Santo, sendo o primeiro registro local da presença dessa α proteobactéria para a espécie.

A diversidade bacteriana pode ser estudada, combinando técnicas convencionais e técnicas que empreguem tecnologias modernas para sua melhor compreensão. O objetivo do trabalho foi analisar a diversidade de bactérias cultiváveis e não cultiváveis em amostras de água do mar coletadas no Canal de São Sebastião no período de agosto/2005 a março/2007. As bactérias marinhas foram quantificadas em Agar marinho e identificadas por seqüenciamento do gene 16S rDNA. A concentração dos grupos a-, b-, g- e s-proteobacteria foi verificada através da técnica de FISH. A comunidade total foi analisada através da construção de três bibliotecas mensais (novembro/2006, fevereiro/2006, fevereiro/2007). O seqüenciamento identificou 87% das bactérias marinhas como Vibrio sp. A técnica de FISH detectou maior concentração de b-proteobacteria (10,2%), em relação ao número de células totais (DAPI) que variou de 7,0x106 a 2,3x107 céls/mL. As bibliotecas de clones foram compostas pelos filos Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes, Fusobacteria, Verrucomicrobia e Chloroflexi. / Microbial diversity can be studied by a combination of techniques of both conventional and modern approaches for better understanding. The aim of this study was analyze marine bacteria culturable and nonculturable diversity from seawater samples collected at São Sebastião Channel during August 2005 to March 2007. Marine bacteria were quantified using Marine Agar and identified by 16S rRNA sequencing. Concentration of a-, b-, g- e s-proteobacteria group was verified through three clones library monthly (November 2006, February 2006, February 2007). The sequencing identified 87% of marine bacteria such as Vibrio sp. The FISH technique to detect higher concentration of b-proteobacteria (10.2%), compared to number total cells (DAPI) which range from 7.0 x 106 to 2.3 x 107 cells/mL. Clones library were composed of the phylum Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes, Fusobacteria, Verrucomicrobia e Chloroflexi.

A diversidade bacteriana pode ser estudada, combinando técnicas convencionais e técnicas que empreguem tecnologias modernas para sua melhor compreensão. O objetivo do trabalho foi analisar a diversidade de bactérias cultiváveis e não cultiváveis em amostras de água do mar coletadas no Canal de São Sebastião no período de agosto/2005 a março/2007. As bactérias marinhas foram quantificadas em Agar marinho e identificadas por seqüenciamento do gene 16S rDNA. A concentração dos grupos a-, b-, g- e s-proteobacteria foi verificada através da técnica de FISH. A comunidade total foi analisada através da construção de três bibliotecas mensais (novembro/2006, fevereiro/2006, fevereiro/2007). O seqüenciamento identificou 87% das bactérias marinhas como Vibrio sp. A técnica de FISH detectou maior concentração de b-proteobacteria (10,2%), em relação ao número de células totais (DAPI) que variou de 7,0x106 a 2,3x107 céls/mL. As bibliotecas de clones foram compostas pelos filos Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes, Fusobacteria, Verrucomicrobia e Chloroflexi. / Microbial diversity can be studied by a combination of techniques of both conventional and modern approaches for better understanding. The aim of this study was analyze marine bacteria culturable and nonculturable diversity from seawater samples collected at São Sebastião Channel during August 2005 to March 2007. Marine bacteria were quantified using Marine Agar and identified by 16S rRNA sequencing. Concentration of a-, b-, g- e s-proteobacteria group was verified through three clones library monthly (November 2006, February 2006, February 2007). The sequencing identified 87% of marine bacteria such as Vibrio sp. The FISH technique to detect higher concentration of b-proteobacteria (10.2%), compared to number total cells (DAPI) which range from 7.0 x 106 to 2.3 x 107 cells/mL. Clones library were composed of the phylum Proteobacteria, Bacteroidetes, Cyanobacteria, Firmicutes, Fusobacteria, Verrucomicrobia e Chloroflexi.