Clostridium perfringens é um importante patógeno envolvido em doenças entéricas dos animais domésticos e quadros de toxinfecção alimentar em humanos. Embora as infecções causadas por C. perfringens biotipo C e A em suínos sejam amplamente estudadas, existem poucos relatos que descrevem as reais correlações genéticas existentes na cadeia epidemiologia das clostridioses para esta espécie animal, assim como a transmissão do agente através da fêmea lactante, e a eliminação e perpetuação do agente no momento do abate. O presente estudo teve como objetivo o isolamento e a caracterização genotípica através da eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) de cepas de C. perfringens isoladas a partir de fezes e de carcaças de suínos no momento do abate, fezes de fêmeas suínas e seus leitões e de amostras de farinha de carne e ossos. Foi ainda realizada a comparação dessas cepas com cepas isoladas a partir de leitões com enterite. A freqüência de isolamento do agente em carcaças, em fezes de leitões terminados e a partir de farinha de carne e osso foram, 44,2%, 52,5%, e 32,2% respectivamente. De acordo com a reação em cadeia pela polimerase (PCR) foram detectadas somente as toxinas alfa e beta 2, sendo esta ultima detectada somente nos casos de enterite. Por meio da PFGE as amostras foram caracterizadas em 97 perfis genéticos com um alto índice discriminatório. As amostras isoladas de carcaça apresentaram alta similaridade em relação às de origem fecal, os isolados de farinha de carne apresentaram perfis similares aos obtidos em isolados de fezes de fêmeas, leitões sadios e leitões com enterite. E os isolados de leitões com e sem enterite apresentaram baixa similaridade em relação aos isolados de fêmeas. / Clostridium perfringens is an important enteric disease pathogen of domestic animals and foodborne diseases of human beings. Although infections caused by C. Perfringens type C and A in swine are well studied, just few reports describe genetic relationship among strains in the epidemiological chain of Swine Clostridioses, as well as the transmission of the microorganism by the nursing female its elimination and maintenance at slaughterhouses. The aim of the present study was the isolation and genotypic characterization by Pulsed-Field gel eletrophoresis (PFGE), of C. Perfringens strains from feces and carcasses from at slaughterhouse pigs, feces from sows and their piglets, and samples of meat and bone meal. The microorganism isolation frequencies in carcasses, finishing pig feces, and meat and bone meal were 44.2%, 52.5%, 32.2%, respectively. According to Polymerase Chain Reaction (PCR) assay, only the alfa and beta 2 toxins were detected; whereas beta 2 toxin was detected barely in cases of enteritis. By means of the PFGE assay techinique the samples were characterized in 97 genetic profiles with a high discriminatory level. Strains from carcasses samples presented high similarity to strains from fecal origin. strains from meat and bone meal samples showed similar profiles to strains from sow feces samples; of sows, assimptomatic piglets and piglets with enteritis. And strains isolated from piglets (assimptomatic and with enteritis) presented low similarity to strains from sow feces samples.

Clostridium perfringens é um importante patógeno envolvido em doenças entéricas dos animais domésticos e quadros de toxinfecção alimentar em humanos. Embora as infecções causadas por C. perfringens biotipo C e A em suínos sejam amplamente estudadas, existem poucos relatos que descrevem as reais correlações genéticas existentes na cadeia epidemiologia das clostridioses para esta espécie animal, assim como a transmissão do agente através da fêmea lactante, e a eliminação e perpetuação do agente no momento do abate. O presente estudo teve como objetivo o isolamento e a caracterização genotípica através da eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) de cepas de C. perfringens isoladas a partir de fezes e de carcaças de suínos no momento do abate, fezes de fêmeas suínas e seus leitões e de amostras de farinha de carne e ossos. Foi ainda realizada a comparação dessas cepas com cepas isoladas a partir de leitões com enterite. A freqüência de isolamento do agente em carcaças, em fezes de leitões terminados e a partir de farinha de carne e osso foram, 44,2%, 52,5%, e 32,2% respectivamente. De acordo com a reação em cadeia pela polimerase (PCR) foram detectadas somente as toxinas alfa e beta 2, sendo esta ultima detectada somente nos casos de enterite. Por meio da PFGE as amostras foram caracterizadas em 97 perfis genéticos com um alto índice discriminatório. As amostras isoladas de carcaça apresentaram alta similaridade em relação às de origem fecal, os isolados de farinha de carne apresentaram perfis similares aos obtidos em isolados de fezes de fêmeas, leitões sadios e leitões com enterite. E os isolados de leitões com e sem enterite apresentaram baixa similaridade em relação aos isolados de fêmeas. / Clostridium perfringens is an important enteric disease pathogen of domestic animals and foodborne diseases of human beings. Although infections caused by C. Perfringens type C and A in swine are well studied, just few reports describe genetic relationship among strains in the epidemiological chain of Swine Clostridioses, as well as the transmission of the microorganism by the nursing female its elimination and maintenance at slaughterhouses. The aim of the present study was the isolation and genotypic characterization by Pulsed-Field gel eletrophoresis (PFGE), of C. Perfringens strains from feces and carcasses from at slaughterhouse pigs, feces from sows and their piglets, and samples of meat and bone meal. The microorganism isolation frequencies in carcasses, finishing pig feces, and meat and bone meal were 44.2%, 52.5%, 32.2%, respectively. According to Polymerase Chain Reaction (PCR) assay, only the alfa and beta 2 toxins were detected; whereas beta 2 toxin was detected barely in cases of enteritis. By means of the PFGE assay techinique the samples were characterized in 97 genetic profiles with a high discriminatory level. Strains from carcasses samples presented high similarity to strains from fecal origin. strains from meat and bone meal samples showed similar profiles to strains from sow feces samples; of sows, assimptomatic piglets and piglets with enteritis. And strains isolated from piglets (assimptomatic and with enteritis) presented low similarity to strains from sow feces samples.

Orientador: Domingos da Silva Leite / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-08T19:24:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Peroto_MariaClaudia_M.pdf: 1526611 bytes, checksum: 77aa753a6b4be729c0ff45854cf7bdcf (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A toxina citoletal distensora, CDT, é uma citotoxina termolábil identificada em um grande número de enteropatógenos, entre eles Escherichia coli. Os genes de CDT são designados de cdtA, cdtB e cdtC e estão arranjados em um operon e, até o momento, já foram descritos cinco diferentes alelos: I, II, III, IV e V. Cepas de Escherichia coli podem ser classificadas em quatro grupos filogenéticos ECOR: A, B1, B2 e D, nos quais as cepas pertencentes aos grupos A e B1 são consideradas comensais e patógenos oportunistas e as cepas agrupadas como B2 e D, como cepas patogênicas. Os objetivos deste trabalho foram relacionar os alelos da CDT e alguns fatores de virulência associados aos grupos filogenéticos ECOR e estudar três conjuntos de cepas por eletroforese de campo pulsado (PFGE). Foram utilizadas 80 cepas de E. coli cdt-positivas isoladas de suínos, bovinos, ovinos, humanos, água e carne. Os alelos da CDT e os grupos filogenéticos foram identificados através da reação de polimerase em cadeia (PCR). Vinte e cinco cepas dos sorotipos O91:H21, O113:H21 e O116:H21 foram estudadas por PFGE para avaliação da diversidade genética. Os resultados demonstraram que o alelo V da CDT foi o mais freqüente, presente em 45% das cepas, mostrando forte associação com VT2 (97%); o alelo III foi observado em 36,2% das cepas, mostrando associação com VT1 em 79,0% das cepas. O alelo I da CDT foi detectado em 8,7% das cepas e o alelo IV em 5,0% das cepas. No estudo filogenético, 45 cepas (56,0%) foram agrupadas em B1, 15 cepas em B2 (18,7%), 13 cepa em D (16,2%) e sete cepas em A (8,7%). Nos ensaios de PFGE foi possível identificar, entre as cepas de um mesmo sorotipo, desde clones até cepas não relacionadas entre si. Os dados obtidos permitem concluir que no conjunto de cepas estudado o alelo CDT-V está associado ao grupo filogenético B1 enquanto o alelo CDT-III está associado aos grupos B2 e D / Abstract: Cytolethal distending toxin, CDT, is a termolabile cytotoxin found in a great number of enteropathogens, including Escherichia coli. The CDT genes are called cdtA, cdtB and cdtC and they are placed in an operon and five alleles (I, II, III, IV and V) were described until the moment. E. coli strains may be classified in four ECOR phylogenetic groups: A, B1, B2 and D; strains belonging to A and B1 groups are called commensal or opportunist pathogens and strains grouped as B2 and D, as pathogenic strains. The goals of this work were to relate the CDT alleles and some virulence factors associated to four ECOR phylogenetic groups and analyze three strain sets by pulsed field gel electrophoresis (PFGE). This study used 80 cdt-positive E. colistrains isolated from swines, bovines, ovines, humans, water and meat. CDT alleles and phylogenetic groups were identified using polymerase chain reaction (PCR). Twenty-five strains belonging to O91:H21, O113:H21 and O116:H21 serotypes were studied by PFGE for evaluation of genetic diversity. The results show that CDT-V was the most frequent allele, present in 45,0% of strains, and showing strong association with VT2 (97%); CDT-III was observed in 36,2% of strains, showing association with VT1 in 79,0% of strains. CDT-I was detected in 8,7% of strains and CDT-IV, in 5,0%. In the phylogenetic studies, 45 strains (56,0 %) was grouped in group B1, 15 strains (18,7%) was grouped in B2, D grouped 13 strains (16,2%) and the group A congregate 7 strains (8,7%). In PFGE studies it was possible to identify, in the same serotype, since clones until non-related strains. For the studied strains, data allows to conclude that CDT-V is associated to phylogenetic group B1 and CDT-III is associated to B2 and D groups / Mestrado / Microbiologia / Mestre em Genética e Biologia Molecular

Introdução - A crescente resistência antimicrobiana em bactérias responsáveis por infecções hospitalares é um grande desafio à Saúde Pública. as B-lactamases de espectro estendido (ESBL), que hidrolisam a maioria dos compostos B-lactâmicos, são reconhecidas mundialmente como um grande problema para pacientes hospitalizados, devido à localização de seus genes em elementos transferíveis, facilitando sua disseminação. Objetivo - Caracterizar geneticamente cepas de Enterobactérias produtoras de ESBL isoladas de pacientes de um hospital público da cidade de São Paulo. Material e métodos - Todas as cepas de enterobactérias produtoras de ESBL isoladas em um ano foram submetidas a análises moleculares pela PCR, com iniciadores específicos para oito genes bla, e as cepas de Klebsiella pneumoniae ESBL positivas (ESBL-Kp) identificadas nesse período foram comparadas pela técnica de PFGE.Resultados - Os genes, bla(tem), bla(shv), bla(ctx-m), bla(per-2) bla(veb) and bla(ges) foram identificados em 9 espécies: Klebsiella pneumoniae (71,5 por cento), Escherichia coli (13,5 por cento), Morganella morganii (6 por cento), Proteus mirabilis (3 por cento), Klebsiella oxytoca (1,5 por cento), Providencia rettgeri (1,5 por cento), Providencia stuartii (1,5 por cento), Enterobacter aerogenes (0,75 por cento). Os genes bla(per-1) e bla(oxa) não foram detectados. O PFGE revelou 8 perfis moleculares principais em 68,4 por cento das ESBL-Kp, e 31,6 por cento das cepas não estavam relacionadas. Conclusões - Os resultados de PCR revelaram uma grande variedade de grupos de ESBL, e aparentemente este é o primeiro relato de grupos GES e VEB em enterobactérias no Brasil. / Introduction - The increasing antimicrobial resistance in pathogenic bacteria causing nosocomial infections is a major public health challenge. The extended-spectrum β-lactamases (ESBL), which hydrolyze most of β-lactams, are recognized worldwide as a great problem to hospitalized patients, due to the transferable location of their genes, which facilitates their spreading. Objective - Genetically characterize ESBL-producing Enterobacteriaceae strains isolated from patients of a Public Hospital in the city of São Paulo. Material and Methods - All Enterobacteriaceae ESBL-producing strains isolated in an 1-year period were submitted to molecular analysis by PCR with specific primers for eight bla genes, and all ESBL Klebsiella pneumoniae (ESBL-Kp) identified in this period were compared by the PFGE technique. Results - Genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaPER-2, blaVEB and blaGES were identified in 9 species: Klebsiella pneumoniae (71,5%), Escherichia coli (13,5%), Morganella morganii (6%), Proteus mirabilis (3%), Klebsiella oxytoca (1,5%), Providencia rettgeri (1,5%), Providencia stuartii (1,5%), Enterobacter aerogenes (0,75%) and Enterobacter cloacae (0,75%). Genes blaPER-1 and blaOXA were not detected in any strain. PFGE revealed 8 distinct main molecular patterns in 68,4% of ESBL-Kp, and 31,6% of the strains were totally unrelated. Conclusions - PCR results showed a great variety of ESBL groups in the institution, and apparently this is the first report of GES- and VEB-ESBL groups in enterobacteria in Brazil. The results suggest the spread of resistance genes in different strains of ESBL-Kp in some hospital wards, and also that some strongly related clones of these bacteria colonized patients from a neonatal ward in a 3-month period.

Introdução - A crescente resistência antimicrobiana em bactérias responsáveis por infecções hospitalares é um grande desafio à Saúde Pública. as B-lactamases de espectro estendido (ESBL), que hidrolisam a maioria dos compostos B-lactâmicos, são reconhecidas mundialmente como um grande problema para pacientes hospitalizados, devido à localização de seus genes em elementos transferíveis, facilitando sua disseminação. Objetivo - Caracterizar geneticamente cepas de Enterobactérias produtoras de ESBL isoladas de pacientes de um hospital público da cidade de São Paulo. Material e métodos - Todas as cepas de enterobactérias produtoras de ESBL isoladas em um ano foram submetidas a análises moleculares pela PCR, com iniciadores específicos para oito genes bla, e as cepas de Klebsiella pneumoniae ESBL positivas (ESBL-Kp) identificadas nesse período foram comparadas pela técnica de PFGE.Resultados - Os genes, bla(tem), bla(shv), bla(ctx-m), bla(per-2) bla(veb) and bla(ges) foram identificados em 9 espécies: Klebsiella pneumoniae (71,5 por cento), Escherichia coli (13,5 por cento), Morganella morganii (6 por cento), Proteus mirabilis (3 por cento), Klebsiella oxytoca (1,5 por cento), Providencia rettgeri (1,5 por cento), Providencia stuartii (1,5 por cento), Enterobacter aerogenes (0,75 por cento). Os genes bla(per-1) e bla(oxa) não foram detectados. O PFGE revelou 8 perfis moleculares principais em 68,4 por cento das ESBL-Kp, e 31,6 por cento das cepas não estavam relacionadas. Conclusões - Os resultados de PCR revelaram uma grande variedade de grupos de ESBL, e aparentemente este é o primeiro relato de grupos GES e VEB em enterobactérias no Brasil. / Introduction - The increasing antimicrobial resistance in pathogenic bacteria causing nosocomial infections is a major public health challenge. The extended-spectrum β-lactamases (ESBL), which hydrolyze most of β-lactams, are recognized worldwide as a great problem to hospitalized patients, due to the transferable location of their genes, which facilitates their spreading. Objective - Genetically characterize ESBL-producing Enterobacteriaceae strains isolated from patients of a Public Hospital in the city of São Paulo. Material and Methods - All Enterobacteriaceae ESBL-producing strains isolated in an 1-year period were submitted to molecular analysis by PCR with specific primers for eight bla genes, and all ESBL Klebsiella pneumoniae (ESBL-Kp) identified in this period were compared by the PFGE technique. Results - Genes blaTEM, blaSHV, blaCTX-M, blaPER-2, blaVEB and blaGES were identified in 9 species: Klebsiella pneumoniae (71,5%), Escherichia coli (13,5%), Morganella morganii (6%), Proteus mirabilis (3%), Klebsiella oxytoca (1,5%), Providencia rettgeri (1,5%), Providencia stuartii (1,5%), Enterobacter aerogenes (0,75%) and Enterobacter cloacae (0,75%). Genes blaPER-1 and blaOXA were not detected in any strain. PFGE revealed 8 distinct main molecular patterns in 68,4% of ESBL-Kp, and 31,6% of the strains were totally unrelated. Conclusions - PCR results showed a great variety of ESBL groups in the institution, and apparently this is the first report of GES- and VEB-ESBL groups in enterobacteria in Brazil. The results suggest the spread of resistance genes in different strains of ESBL-Kp in some hospital wards, and also that some strongly related clones of these bacteria colonized patients from a neonatal ward in a 3-month period.