Made available in DSpace on 2015-12-06T23:47:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / laboratório e dessa forma caracterizar a evolução filogenética do clone de P. aeruginosa produtor da MβL SPM-1; comparar o poder discriminatório e a reprodutibilidade desta técnica com as técnicas de PFGE e ribotipagem automatizada para tipagem molecular de P. aeruginosa e avaliar a capacidade do MLST de discriminar amostras que foram classificadas sob ribogrupos distintos, mas com padrões de PFGE idênticos. Métodos: Um total de 50 amostras de P. aeruginosa produtoras de SPM-1 foram coletadas de nove centros brasileiros. Três amostras de P. aeruginosa produtoras de IMP-1 e duas amostras de P. aeruginosa n„o produtoras de MβL foram incluídas no estudo. A técnica de MLST foi padronizada conforme descrito por Curran et al. As seq¸Íncias obtidas foram comparadas com as existentes no banco de dados mundial de MLST para P. aeruginosa (www.pubmlst.org/paeruginosa) para que dessa forma fosse determinado o perfil alélico e, subsequentemente, o tipo de sequência (ST). Para a análise filogenética foi utilizado o método de Jukes-Cantor e Neighbor-Joining. Um total de cinco STs foram identificadas entre as 55 amostras de P. aeruginosa estudadas. Todos os isolados de P. aeruginosa produtores de SPM-1 apresentaram perfil alélico idêntico e, dessa forma, receberam a mesma ST (ST277), com exceção de uma amostra proveniente de Belo Horizonte, a qual recebeu a ST235. As três amostras de P. aeruginosa produtoras de IMP-1 foram classificadas sob a mesma ST (ST593), enquanto que as amostras não produtoras de MβL apresentaram perfis alélico ainda não existentes no banco de dados, e assim, duas novas STs foram criadas para estas amostras (ST594 e ST595). O clone endêmico brasileiro de P. aeruginosa produtor de SPM-1 (ST277) mostrou perfil alélico idêntico ao de uma cepa isolada na Áustria (ID 275), em setembro de 2006. Variação em um ˙nico lócus da ST277 foi encontrada em uma amostra proveniente da Áustria (ID279), isolada em janeiro 2007. Similaridade entre cinco dos sete alelos foi encontrada entre as amostras deste estudo pertencentes a ST277 e uma amostra isolada no Canadá· (ID 148), em 1990. Conclusão: Nossos dados sugerem que as amostras de P. aeruginosa produtoras de SPM-1 descendem de um ancestral comum e que podem possuir relação ancestral com os isolados da Áustria e mais remotamente com a amostra do Canadá. / FAPESP: 2005/57496-1 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Este trabalho recebeu a Menção Honrosa no Prêmio Capes de Teses 2014 / Made available in DSpace on 2014-09-09T12:30:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 16.pdf: 6304996 bytes, checksum: 71c341f48f8e1ace48b22de15c0ccb89 (MD5) Previous issue date: 2013 / Acinetobacter baumannii é um patógeno oportunista com crescente importância em infecções relacionadas a assistência em saúde. No Brasil é particularmente problemático devido à sua alta prevalência e multirresistência, com as carbapenemases tipo OXA representando o principal mecanismo responsável por esta resistência. Esse trabalho teve como objetivo determinar a diversidade genética, caracterizar fenotípica e molecularmente a resistência a antimicrobianos e avaliar fatores de virulência em Acinetobacter baumannii isolados de 10 hospitais públicos e privados no Rio de Janeiro no período de 2005 a 2007. Durante este período foram estudados 141 isolados de A. baumannii coletados de pacientes internados em UTIs ou enfermarias cirúrgicas. A identificação da espécie foi confirmada através da detecção do gene intrínseco blaOXA-51.Os 110 isolados de A. baumannii resistentes ao imipenem apresentaram perfil de multirresistência com taxas superiores a 98,2% para 8 dos 10 antimicrobianos testados e 98(87,3%) produziram a carbapenemase OXA-23. Não houve produto de amplificação para os genes blaOXA-24, blaOXA-58, blaIMP, blaVIM e Int1 pela técnica de PCR. As drogas com atividade in vitro foram a polimixina B e tigeciclina. Observou-se uma diversidade clonal, com a presença de 5 genótipos tipados por PFGE, com prevalência dos genótipos A (71,8%) e B(22,7%), presente em 7 e 5 hospitais, respectivamente. Dentre os 96 isolados produtores de OXA-23, fori selecionada uma cepa representativa de cada genótipo que foram submetidos a métodos de tipagem baseados em sequenciamento... / Acinetobacter baumannii is an opportunistic pathogen with increasing importance in hospital infections. In Brazil, it is particularly problematic because of its high prevalence and multidrug resistance, with the OXA-type carbapenemases representing the main mechanism responsible for such resistance. This study aimed to determine the genetic diversity, as well as phenotypic and molecular characterization of antimicrobial resistance and evaluation of virulence factors in Acinetobacter baumannii isolated from 10 public and private hospitals in Rio de Janeiro from 2005 to 2007. During this period 141 isolates of A. baumannii collected from patients admitted to ICUs or surgical wards have been studied. Species identification has been confirmed by detection of gene intrinsic blaOXA-51. The 110 isolates of A. baumannii resistant to imipenem showed multidrug resistance profile with rates above 98.2% for 8 of the 10 antibiotics tested and 98 (87.3%) produced the carbapenemase OXA-23. There was no amplification product for genes blaOXA-24, blaOXA-58, blaIMP, blaVIM and Int1 by PCR. The drugs with in vitro activity were polymyxin B and tigecycline. There was a clonal diversity, the presence of five genotypes typed by PFGE, with a prevalence of genotypes A (71.8%) and B (22.7%), present in 7 and 5 hospitals, respectively. Among the 96 strains producing OXA-23, one representative for each genotype that were subjected to typing methods based on sequencing was selected. By MLST (related to the database Oxford) four new STs were detected: ST131, ST132, ST133 and ST134 and when using the MLST-IP (developed by Institut Pasteur) the ST79, ST15 and two new allelic profiles were detected. Four SGs (SG1, SG4 and two new profiles) have been identified, allowing the association of 70% of isolates with the European Clone II. Sequencing of the blaOXA-51-like gene revealed the presence of blaOXA-66, blaOXA-95 and blaOXA-132. The blaOXA-23 gene was consistently found associated with the transposon Tn2006 and was chromosomally encoded in all isolates. Of 31 isolates susceptible to imipenem, 5 showed the blaOXA-23 gene and the insertion sequence ISAba1. However, the association of this sequence to the gene blaOXA-23 was detected only in isolates resistant to imipenem used as controls. The ISAba4 insertion sequence was not found in any isolated. These isolates were susceptible to imipenem and meropenem, with MICs ε 4 mg / mL for both antimicrobials. These isolates producing blaOXA-23 have been grouped into four distinct genotypes (B, C, G and I). Most isolates included in this study had plasmid (83.7%), with profiles ranging from 1 to 4. In search of biofilm production by colorimetric assay using crystal violet it was possible to observe the production of biofilm in 96.5% of isolates. Two representative isolates of the prevalent genotypes were evaluated for the degree of association at monolayer of A-549 cells by flow cytometry, and fluorescence optical microscopy. The adhesion was observed in all methodologies, with low rates of association for genotype A (11.9%) and genotype B (9.7%). The search for quorum-sensing carried out with representative isolates of the same prevalent genotypes were negative for the production of AHL inducer using Agrobacterium tumefaciens strain NT1. While the extract of the supernatant of the positive control of P. aeruginosa PAO1 and the reference standard AHL-C8 and AHL -C12 were positive. Data from this study are relevant to public health because they allow the knowledge of the molecular epidemiology of this species, as well as some of the virulence factors, which have been rarely described in Brazil, thus enhancing the monitoring and implementing control measures.

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Objetivos: (a) Padronizar protocolos rápidos da técnica de eletroforese em campo pulsado (PFGE) para tipagem molecular de amostras clínicas de Staphylococcus aureus, Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa; (b) Avaliar a tipabilidade, o poder discriminatório e a reprodutibilidade entre os protocolos rápidos de PFGE versus o protocolo convencional para as amostras de S. aureus, E. coli e P. aeruginosa; (c) Analisar os resultados da tipagem molecular pela técnica do PFGE de acordo com dois critérios distintos de interpretação, os critérios de PFALLER et al. (1992) e os critérios de TENOVER et al. (1995). Métodos: Um total de 60 amostras bacterianas das seguintes espécies bacterianas foi selecionado: S. aureus (n=20), E. coli (n=20) e P. aeruginosa (n=20). Todos amostras foram isoladas da corrente sanguínea de pacientes internados no Hospital São Paulo (HSP) no período de 2000 a 2004. Quinze dos 20 isolados clínicos de cada espécie bacteriana foram selecionados de pacientes previamente caracterizados como não relacionados epidemiologicamente, pela Comissão de Controle de Infecção Hospitalar do HSP. As outras cinco amostras de cada espécie bacteriana foram classificadas como amostras bacterianas possivelmente relacionadas epidemiologicamente, provenientes de uma mesma unidade do HSP em um período de tempo igual ou inferior a três meses. Protocolos convencionais da técnica PFGE foram reproduzidos e protocolos rápidos desta mesma técnica foram padronizados, após digestão destas bactérias com as enzimas de restrição SmaI e SpeI. Os perfis moleculares foram analisados visualmente e interpretados de acordo com os critérios de Pfaller et al (1992) e Tenover et al (1995). Resultados: Os protocolos convencionais e rápidos de PFGE apresentaram resultados idênticos para tipagem das amostras clínicas de S.aureus, E. coli e P. aeruginosa. De acordo com os critérios de Pfaller et al. (1992), foram encontrados nas amostras clínicas de S. aureus, E. coli e P. aeruginosa deste estudo, 17, 13 e 7 padrões diferentes de PFGE, respectivamente. Seguindo os critérios de Tenover et al. (1995) foram encontrados 16, 11 e 6 padrões distintos de PFGE nas amostras de S. aureus, E. coli e P. aeruginosa, respectivamente. As técnicas desenvolvidas tanto pelos protocolos rápidos quanto pelos protocolos convencionais apresentaram percentual de tipabilidade e reprodutibilidade de 100%. O poder discriminatório foi de 95%, 94% e 82% para as amostras clínicas de S. aureus e E.coli e P. aeruginosa, respectivamente. Conclusões: Foram padronizados protocolos rápidos para tipagem molecular de amostras de S. aureus (42hs), E. coli (43hs) e P. aeruginosa (56hs) pela técnica de PFGE. Todos protocolos testados apresentaram excelente tipabilidade e reprodutibilidade. O poder discriminatório foi excelente para as amostras clínicas de S. aureus e E. coli, e satisfatório para as amostras de P. aeruginosa, devido a pouca diversidade clonal. Os critérios de Pfaller et al. (1992) diferenciaram melhor a presença de novos clones quando comparados aos critérios de Tenover et al. (1995). / Objectives: (a) To develop rapid protocols of pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) technique for molecular typing of clinical samples of Staphylococcus aureus, Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa; (b) To evaluate the typeability, the discriminatory power, and the reproducibility between rapid and conventional PFGE protocols for clinical isolates of S. aureus, E. coli and P. aeruginosa, (c) To analyze PFGE results according to two different interpretation criteria, one from Pfaller et al. (1992) and the other from Tenover et al. (1995). Methods: A total of 60 bacteria samples were selected from the following species: S. aureus (n=20), E. coli (n=20), and P. aeruginosa (n=20), isolated from bloodstream infections from patients from Hospital São Paulo (HSP). Among the 20 clinical isolates from each specie, 15 were selected from patients previously characterized by the hospital’s Infection Control Department of HSP as epidemiologically non-related. The other five isolates were characterized as possible epidemiologically related. These samples were collected from the same medical ward of HSP, in a period of time equal to or less than 3 months. The conventional PFGE protocols were reproduced, and the rapid protocols were developed, after DNA digestion with SmaI and SpeI enzymes. The molecular patterns were examined visually and interpreted according to Pfaller et al. (1992) and Tenover et al.(1995) criteria. Results: The rapid and conventional PFGE protocols presented similar results for S. aureus, E. coli, and P. aeruginosa isolates. According to Pfaller et al. (1992), a total of 17, 13, and 7 distinct PFGE patterns were identified for S. aureus, E. coli, and P. aeruginosa, respectively. On the other hand, by Tenover criteria, a total of 16, 11 and 6 distinct PFGE patterns were found for S. aureus, E. coli and P. aeruginosa, respectively. All protocols tested presented 100% of reproducibility and typeability. The discriminatory power was 95%, 94%, and 82% for S. aureus, E. coli, and P. aeruginosa, respectively. Conclusions: Rapid PFGE protocols were developed for S. aureus (42hs), E. coli (43hs) and P. aeruginosa (56hs), and all of them presented excellent reproducibility and typeability. The discriminatory power was excellent for clinical isolates of S. aureus and E. coli, and satisfactory for P. aeruginosa; probably because of the low clonal diversity of this specie identified in this study. Compared to Tenover et al. (1995) criteria, Pfaller et al. (1992) could better differentiate the presence of new bacterial clones. / FAPESP: 2006/57700-0 / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2012-05-07T14:43:59Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000063.pdf: 1337362 bytes, checksum: fdc0d841069eb0184e4ae777bec25b84 (MD5) Previous issue date: 2007 / A Yersinia pestis é o agente causador da peste, doença infecciosa transmitida através da picada de pulgas infectadas. O homem se contamina acidentalmente ao entrar em contato com roedores ou outros animais infectados (raposas, cães e gatos) e suas pulgas. A Y. pestis é uma espécie muito homogênea, fenotipicamente, apresentando um sorotipo, um fagotipo e três biotipos. Diferentes métodos moleculares foram utilizados em estudos epidemiológicos para discriminar cepas bacterianas. No entanto, para Y. pestis isoladas em focos do Nordeste do Brasil, a maioria dos marcadores estudados não conseguiram discriminar as cepas originadas de diferentes hospedeiros, períodos e locais de isolamento. A eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) é caracterizada pela separação de fragmentos de DNA obtidos por digestão dos cromossomos com endonucleases de restrição. Essa técnica é considerada o padrão ouro dos métodos de tipagem molecular, sendo altamente discriminatória e válida para muitos patógenos bacterianos, inclusive Y. pestis de outros focos do mundo. O objetivo deste trabalho foi realizar tipagem molecular de cepas brasileiras de Y. pestis através do PFGE. Das 43 cepas de Y. pestis, 36 foram usadas para padronização da técnica e 22 cepas, obtidas antes e durante um surto de peste ocorrido no Estado da Paraíba, para avaliação do PFGE. De acordo com padrões encontrados com a endonuclease de restrição AscI, 19 perfis foram gerados. Esses genótipos foram enquadrados em oito grupos (A-H) geneticamente relacionados. A técnica do PFGE mostrou se capaz de diferenciar as cepas de Y. pestis obtidas em diferentes municípios, antes e durante o surto de peste. De acordo com a variabilidade dos padrões de restrição e o alto poder discriminatório, a técnica PFGE pode ser utilizada para diferenciação e análise de novos isolados. A padronização do protocolo do PFGE para genotipagem das cepas brasileiras de Y. pestis pode ser útil na compreensão e controle da expansão da peste

Made available in DSpace on 2014-09-24T12:58:34Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Mestrado-Karine Rangel.pdf: 1004449 bytes, checksum: c343ca975f102dd4b196cf03888ac1f2 (MD5) Previous issue date: 2004 / Pseudomonas aeruginosa é um dos principais patógenos nosocomiais. Atualmente, a emergência de clones multirresistentes causando surtos hospitalares têm sido descritas em diversos países, inclusive no Brasil e consiste num grave problema. A resistência adquirida aos β-lactâmicos, que estão entre as drogas de primeira linha indicadas para o tratamento de infecções causadas por P. aeruginosa, pode ser resultante da produção de β-lactamases. Neste estudo, foram analisadas 214 P. aeruginosa isoladas de pacientes internados em hospitais de São Luís do Maranhão no período de junho de 2001 a junho de 2002. A susceptibilidade aos antimicrobianos foi avaliada pelo método de disco-difusão conforme as recomendações do NCCLS. A presença das seguintes séries de genes codificadores de β-lactamases: CARB, IMP, OXA, PSE, SHV, SPM, TEM e VIM foi determinada através da técnica da PCR em isolados que apresentaram-se positivos em testes de detecção fenotípicos ou que apresentaram perfil de resistência característico para as séries de β-lactamases citadas. Vários isolados apresentaram diferentes séries de β-lactamases, e apenas as séries de metalo-β-lactamases IMP e VIM não foram detectadas nos isolados estudados. A caracterização genotípica dos isolados produtores de β-lactamases foi realizada através de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE), após tratamento do DNA cromossômico com a enzima de restrição Spe I. Foram observados diversos genótipos entre os isolados que apresentaram a mesma série de β-lactamases, mostrando a disseminação destas enzimas nesta espécie nos hospitais de São Luís do Maranhão. Apenas os isolados produtores da enzima SPM-1 apresentaram o genótipo 3 que foi detectado nos últimos 5 meses do estudo, sugerindo o início da introdução desta metalo-β-lactamase no Maranhão. Estudos relacionados à caracterização molecular e resistência a antimicrobianos de isolados hospitalares podem fornecer informações fundamentais para auxiliar as ações dos programas de controle de infecções hospitalares. Nossos resultados mostram a importância da detecção de isolados de P. aeruginosa produtores de β-lactamases, que na maioria dos casos teriam opções terapêuticas limitadas, para prevenir o espalhamento destes e os conseqüentes surtos hospitalares. / Pseudomonas aeruginosa is one of the most common and important nosocomial pathogen. β-lactams antibiotics represent the most commonly prescribed antibacterial agents for treating infections caused by P. aeruginosa. Strains with adquired resistance to β-lactams may be result from the production of β-lactamases. In this study, we analysed 214 isolates of P. aeruginosa obtained from clinical specimens taken from patients hospitalized in Sao Luis do Maranhão from June 2001 to June 2002. Susceptibility tests were determined by the disk diffusion method in accordance with NCCLS guidelines. The presence of genes encoding CARB, IMP, OXA, PSE, SIIV. SPM, TEM and VIM β-lactamases were investigated by PCR in DNA of the isolates that showed particularly resistant phenotypes or in β-lactamase producers detected by phenotypic tests. Several isolates produced different β-lactamases types. None of the isolates gave positive PCR results for sequences encoding IMP or VIM enzyme types. Genetic characterization of isolates β-lactamase producers was performed by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) using the restriction endonuclease Spel. By PFGE twenty-six genotypes were found in P. aeruginosa isolates β-lactamases producers. P. aeruginosa isolates exhibiting one of β-lactamase types (CARB, OXA, PSE, SHV or TEM) revealed several genotypes indicating the nosocomial spread of these β-lactamases. The SPM β-lactamase type was detected only in isolates belonging to genotype 3. The presence of P. aeruginosa carrying the blaspm gene in the last five months studied suggested the introduction of this metalo-β-lactamase. Genetic characterization of nosocomial isolates and antimicrobial resistance studies is important to support and enhance the efforts of the infection control programs. Our results showed that the detection of P. aeruginosa aeruginosa β-lactamase producers that have limited therapeutic options is necessary for protection against spreading nosocomial these isolates.

Made available in DSpace on 2014-07-28T18:09:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 103.pdf: 652449 bytes, checksum: ea164ab2e7463c3fab8f472fadef32d6 (MD5) Previous issue date: 2008 / Made available in DSpace on 2014-12-22T16:56:35Z (GMT). No. of bitstreams: 2 103.pdf: 652449 bytes, checksum: ea164ab2e7463c3fab8f472fadef32d6 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / Staphylococus aureus e Staphylococcus Coagulase negative(CNS) são reconhecidos como causadores de infecções hospitalares e comunitárias em todas as regiões do mundo. Nós estudamos a produção de biofilme em 43 cepas de Staphylococus aureus meticilina resistente (MRSA) e em 21 isolados de Staphylococus epidermidis meticilina resistente (MRSE) e a susceptibilidade a antibióticos destas cepas que foram obtidas de pacientes infectados do Hospital Universitário Antônio Pedro (HUAP), localizado na cidade de Niterói no estado do Rio de Janeiro. Foi realizado também a Eletroforese em campo pulsado (PFGE) de fragmentos de macrorestrição de SmaI do DNA genômico, bem como a tipificação do cassete cromossômico estafilocócico mec (SCCmec).Os isolados que carreaiam mecA foram usados para estudar a distribuição do tipo clonal entre 43 cepas de MRSA colhidas no HUAP de 2003 a 2006. Nossos resultados demonstraram que a maioria das cepas de MRSA (83.7 por cento) e MRSE (52,4 por cento) produziram biofilme,e altas taxas de resistência de MRSA e MRSE à eritromicina, à clindamicina e ao ciprofloxacino foram observadas. Dois tipos clonais predominantes (A e B) foram identificados por PFGE, tendo ambos compreendendo a maioria das cepas (32,6 por cento cada um). De acordo com a tipificação de SCCmec, o SCCmec tipo IV foi o que prevaleceu (51,2 por cento). Porém, o mais interessante em nosso estudo foi a mudança observada no background genético dos MRSA isolados do HUAP, pois o Clone Epidêmico Brasileiro(CEB) que era o clone predominante neste hospital, está sendo substituído pelo USA-400, um clone que a princípio foi denominado de clone comunitário Staphylococcus aureus meticilina resistente (CA-MRSA). / Staphylococus aureus and coagulase-negative staphylococci (CNS) are recognized as causing nosocomial and community-acquired infection in every region of the world. We study biofilm production in 43 isolates of methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) and 21 isolates methicillin-resistant Staphylococcus epidermidis (MRSE) and the antibiotics susceptibilities of these strains that were obtained from infected patients at Antônio Pedro University Hospital (HUAP) located in Niterói city, Rio de Janeiro. In addition, Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) of SmaI macrorestriction fragments of genomic DNA as well as staphylococcal cassette chromosome mec (SCCmec) typing for mecA-carrying isolates were used to study the distribution of clonal types among 43 MRSA recovered in HUAP between 2003 and 2006. Our results demonstrated that the majority strains of MRSA (83.7%) and MRSE (52,4%) produced biofilm and high resistance of MRSA and MRSE to erytromicin, clindamicin and ciprofloxacin were observed. The two major clones types (A and B) were identified by PFGE, with both them comprising the majority of strains (32,6% each). According to SCCmec typing, SCCmec type IV were the most prevalent type, showing 51,2% . But the most interesting in our study is a changed observed in the genetic background of MRSA isolates from HUAP, because of Brazilian clone, which was the major clone in this hospital, was replaced by the USA-400, one type of community-acquired methicillin-resistant Staphylococcus aureus (CA-MRSA).

Made available in DSpace on 2016-05-11T12:48:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Mestrado_Carmen-Rocha.pdf: 731130 bytes, checksum: 29e960d43071e471b2297aea9814048e (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2008 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. / O ensaio de esterilidade é utilizado para avaliar a qualidade microbiológica de produtos farmacêuticos que requeiram esta característica. A Farmacopéia Brasileira recomenda a realização de até três testes para este ensaio e a caracterização dos contaminantes dos testes e do ambiente onde estes são realizados. Nesse estudo utilizamos a análise do perfil de fragmentação do DNA genômico por eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) para avaliar 72 amostras bacterianas provenientes de testes de esterilidade de dois imunobiológicos (A e B) e do controle ambiental da área limpa onde os testes são realizados. Vinte e quatro 24 amostras de Enterobacter cloaceae provenientes de ensaios de esterilidade de 10 lotes do imunobiológico A analisados no período de 1998 a 2007 apresentaram três grupos clonais a, b, c. Dois lotes foram considerados insatisfatórios segundo a interpretação do ensaio de esterilidade recomendada pela Farmacopéia Brasileira. O grupo clonal a foi encontrado na maioria dos lotes analisados e considerados satisfatórios e em um dos lotes considerados insatisfatórios pela Farmacopéia Brasileira. A espécie E. cloaceae não foi isolada do controle ambiental das áreas limpas onde são realizadas as análises. Os bastonetes Gram positivos esporulados (BGPE) analisados foram provenientes de testes de esterilidade do imunobiológico B e de áreas limpas identificados no período de 2005 a 2007. A análise das amostras de BGPE mostrou que apenas três grupos clonais estavam presentes em lotes diferentes. O grupo clonal 3 foi encontrado em dois lotes considerados insatisfatórios no ano de 2006 e o grupo clonal 14 nos lotes 22 e 23 produzidos no ano de 2007 e considerados satisfatórios. Apenas um grupo clonal, o 10 foi encontrado em amostras bacterianas provenientes do imunobiológico B e no controle ambiental. / The sterility test is applied to evaluate the microbiological quality of pharmaceutical products. The Brazilian Pharmacopoeia recommends up to three tests for this assay and the characterization of contaminants eventually isolated from the tests and the environment where the assay was performed. In this study, we used pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) to evaluate 72 bacterial isolates from sterility tests of two imunobiologicals (A and B) and from clean room environments where the tests were carried out. Twenty four Enterobacter cloacae isolates from sterility tests of 10 batches of the immunobiological A, carried out on the period from 1998 to 2007, showed three clonal groups a, b and c. Two batches were considered unsatisfactory in according to interpretation of the sterility test recommended by Brazilian Pharmacopoeia. The clonal group a was found in the majority of the analyzed batches and one of the batch considered unsatisfactory by Brazilian Pharmacopoeia. This bacterial species was never isolated from clean room environments where tests are performed. Endospore-forming Gram positive rods (BGPE) were isolated from sterility tests of the immunobiological B and from clean room environments identified during 2005 to 2007. The analysis of the BGPE isolates showed only three clonal groups were present in different batches. The clonal group 3 was found in two batches considered unsatisfactory in 2006 and the clonal group 14, in the batches 22 and 23 produced in 2007 which were considered satisfactory. Only one clonal group, 10, was found in bacterial samples from immunobiological B and in clean room environmental. The PFGE analysis seems to be a valuable tool to assist the interpretation of sterility tests and to evaluate batches of products analyzed at INCQS/FIOCRUZ, allowing the release of safer results to support the procedures of the sanitary surveillance.

Orientador: Maria Luiza Moretti / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-05T09:55:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bratfich_OrlandoJose_D.pdf: 1128343 bytes, checksum: 5a4d981849f245636703326e9af0c8ad (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Isolados clínicos de Staphylococcus epidermidis provenientes de infecções de corrente sangüínea do hospital de clínicas HC ¿ UNICAMP, Campinas foram analisados. Os isolados foram caracterizados por análises fenotípicas e genotípicas. Os testes de susceptibilidade aos antimicrobianos foram realizados para comparar os métodos de disco difusão, concentração inibitória mínima e diluição em Agar, para determinar a relevância clínica da resistência aos antimicrobianos. Foram analisados a presença do gene mecA por PCR, produção de biofilme, genotipagem por PFGE com enzima SmaI. Dados epidemiológicos dos pacientes foram analisados para detectar a importância clínica dessas cepas. Para oxacilina 82 isolados foram resistentes, sendo que 78 (95,12%) apresentaram reação de PCR positiva para o gene mecA, dois isolados apresentaram-se como hiperprodutores de ß-lactamases. Para teicoplanina os testes de CIM apresentaram 52 isolados sensíveis, 35 isolados intermediários e 13 isolados resistentes e, quando comparado com os testes de disco difusão foram observadas discordâncias em 43% dos isolados, onde o teste de disco difusão não foi capaz de identificar isolados intermediários e resistentes (P < 0,001). Para vancomicina um único isolado apresentou resultado intermediário com CIM de 8,0 µg/mL. Isolados vancomicina resistentes não foram observados. Analises dos dados epidemiológicos, através de regressão logística, as variáveis estatisticamente significantes foram neutropenia (P = 0,002) e quimioterapia (P = 0,015). As análises genotípicas por PFGE demonstraram a disseminação clonal de S. epidermidis no ambiente hospitalar e verificou-se que testes dilucionais são necessários quando se estudam glicopeptideos. A análise filogenética demonstrou grande estabilidade e adaptabilidade genética do gene mecA responsável pela resistência a oxacilina / Abstract: Clinical strains of Staphylococcus epidermidis taken from bloodstream infection from UNICAMP (teaching hospital in Campinas São Paulo State, Brazil) were analyzed. The strains were characterized by phenotypic and genotypic analysis. The antimicrobial susceptibility tests were made to compare the disk diffusion tests, MIC, and agar-salt screening-test to determine the relevant clinical antimicrobial resistance. There were also made PCR assays for mecA detection, biofilm production, genotypic by SmaI-digested and pulsed-field gel electrophoresis. Patients epidemiological data were employed to determine the major clinical importance of these strains. For oxacillin 82 strains were resistant, and 78 (95.12%) had positive PCR assay for mecA gene, and two strains presented characteristics of ß-lactamases hyperproduction. In the MIC tests for teicoplanin, 52 strains were susceptible; 35 strains intermediate and 13 strains were resistant, and when compared to the results obtained by disk diffusion tests, MIC, were observed discordant results in 43% of the strains where the disk diffusion test was not able to identify strains intermediate and resistant (P < 0.001). MIC test had only one intermediate of 8.0 µg/mL for vancomycin. Strains vancomycin-resistant were not observed. The variable data statistically significant in the logistic regression analysis related to the treatment of the BSI by S. epidermidis were: neutropenia (P = 0.002) and chemotherapy (P = 0.015). The genotyping analysis of isolates demonstrated a clonal distribution of S. epidermidis in the hospital environment and it was checked that dilution tests are necessary when glycopeptides are being studied.. The phylogenetic analysis showed great genetic stability and adaptability of the mecA gene responsible for the oxacillin resistance / Doutorado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica

Made available in DSpace on 2012-05-07T15:02:16Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 000003.pdf: 656563 bytes, checksum: 7b443d97e3adef647a14c7fc2464a99c (MD5) Previous issue date: 2009 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde / A terapia renal substitutiva ou hemodiálise é um tratamento primordial para pacientes com insuficiência renal crônica. A água é essencial para a terapia de hemodiálise, tanto na produção do fluido como na reutilização dos dialisadores. A contaminação bacteriana dos fluidos de hemodiálise é um grave problema nesta terapia, uma vez que excessivos níveis de bactérias nesta solução são responsáveis por reações pirogênicas. Estudos mostram que a espécie bacteriana Pseudomonas aeruginosa é a mais isolada como contaminante de fluidos de hemodiálise. Neste estudo avaliamos amostras de P. aeruginosa oriundas de três pontos de coleta em seis Unidades de Terapia Renal Substitutiva (UTRS) do Estado do Rio de Janeiro. As UTRS escolhidas apresentaram valores insatisfatórios de contagem de bactérias heterotróficas, sendo isolada a bactéria P. aeruginosa em diversos anos consecutivamente. Estas amostras foram avaliadas quanto a produção de biofilme, resistência aos antimicrobianos e a diversidade genética. Na amostragem avaliada nenhuma amostra de P. aeruginosa mostrou resistência aos antimicrobianos empregados na prática clínica, tais como os aminoglicosídeos, fluorquinolonas, carbapenemas e β-lactâmicos utilizados para o tratamento de infecções por esta bactéria. Foi verificado também que todas as amostras analisadas eram fortemente produtoras de biofilme. Utilizando a análise dos perfis de fragmentação do DNA cromossômico por PFGE foi observado que na maioria das vezes o mesmo clone de P. aeruginosa foi encontrado nos três pontos de coleta analisados numa mesma data. / The substitutive renal therapy or hemodialysis is a primary treatment for patients suffering from chronic renal failure. The water is essential for hemodialysis and the bacterial contamination of hemodialysis fluids is a serious problem in this therapy, since excessive levels of bacteria are responsible for pyrogenic reactions. Some studies had showed that Pseudomonas aeruginosa was the most prevalent bacterial species in all types of water sample for hemodialysis. In this study we evaluated P. aeruginosa strains from three water samples for hemodialysis types in six renal replacement therapy units (RRTS) of Rio de Janeiro. The selected clinics showed unsatisfactory values of counts of heterotrophic bacteria, and P. aeruginosa strains were isolated in several years consecutively. These samples were analyzed for the production of biofilm, antimicrobial resistance and genetic diversity. None of P. aeruginosa strains showed resistance to antimicrobial agents used in clinical practice, such as aminoglycosides, fluoroquinolones, carbapenems and β-lactam used for the treatment of infections by this bacterium. It was found that all samples were strongly biofilm-producing. The characterization of P. aeruginosa strains by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) showed that in most cases the same clone was found in three water samples for hemodialysis types analyzed in the same collection date. This approach also allowed the determination of time of persistence of bacteria in a water sample for hemodialysis. Thus, P. aeruginosa clones were detected over three years in one clinical study. An interesting fact was the detection of clone I analyzed in three clinics. However, we suggest that determining the genetic diversity of bacterial samples from hemodialysis water is an additional tool to evaluate the system for purification of water for hemodialysis clinics since the methodology used may indicate the persistence of clones, which suggests the presence of biofilms that are not being effectively eliminated by the disinfection procedures. This methodology can contribute to improving the quality of hemodialysis fluids and therefore ensuring the survival of patients with chronic kidney disease.

Orientador: Maria Luiza Moretti / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-05T06:00:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Menezes_DulcineaBlum_D.pdf: 1620753 bytes, checksum: 0d62ea2ae59bfb2f69d0243a4b9e4be5 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: A inserção de cateter venoso central (CVC) representa um importante risco para as infecções sistêmicas nosocomiais, e para estas infecções, Staphylococcus epidermidis é o patógeno mais importante. Com o objetivo de analisar os perfis de DNA genômico, detectar a presença e expressão de gene responsável pela produção de biofilme e estudar a dinâmica da colonização, cepas de S. epidermidis obtidas de episódios de isolamento deste microrganismo em culturas microbiológicas de ponta de CVC e/ou hemoculturas foram comparadas com cepas coletadas da microbiota do paciente hospitalizado no Hospital das Clínicas da UNICAMP. Este estudo também objetivou analisar os procedimentos médico-hospitalares intervencionais destes pacientes. Pacientes com culturas microbiológicas de ponta de CVC (>15 UFC) e/ou hemoculturas positivas para S. epidermidis foram selecionados para a coleta de microbiota presente na pele e mucosa nasal, através de coleta local com zaragatoas umedecidas. As cepas de S. epidermidis foram analisadas através do método de PFGE; teste de sensibilidade a antimicrobianos; detecção da presença do gene ica, através da técnica de PCR e detecção de biofilme, através do método CRA. Fizeram parte deste estudo 247 cepas obtidas de 12 pacientes selecionados em 18 episódios estudados. Foram encontrados 26 distintos perfis genotípicos e 4 perfis fortemente relacionados. Em 10 episódios o mesmo perfil genotípico de DNA foi detectado simultaneamente em cepas clínicas e de microbiota, onde 6 destes episódios ocorreram quando o período de implantação da CVC foi superior a 15 dias. Nos 7 episódios em que não houve concordância entre os perfis genotípico de DNA em cepas clínicas e de microbiota, 5 destes episódios ocorreram igualmente em período inferior a 15 dias, não havendo diferença estatística entre os grupos. Por PFGE foram identificados 6 perfis genotípicos predominantes nas cepas de microbiota. Estes perfis representaram 68% (132/193) das cepas de microbiota, e um destes perfis se mostrou prevalente (77/193) nas cepas de microbiota. Em 10 episódios (8 pacientes), o perfil genotípico prevalente foi identificado compondo a microbiota. Foi comprovado, por comparação da diversidade dos perfis genotípicos, que durante o período de hospitalização o perfil geral da microbiota sofre mudanças de um perfil de diversidade genotípica policlonal para um perfil de diversidade oligoclonal, com predominância de um perfil genotípico. A mudança de diversidade genotípica foi relacionando a administração prévia de ciprofloxacina. As cepas com perfis genotípicos predominantes não apresentaram maior prevalência da presença do gene ica, em relação às cepas não predominantes, o que não foi justificado que cepas potencialmente produtoras de biofilme se sobrepusessem em relação às cepas desprovidas deste gene. Oito dos 12 pacientes apresentaram concomitante ou posterior infecção por bacilos Gram negativos, destes 2 foram a óbito por septicemia. De acordo com os resultados, nós concluímos que pacientes submetidos a longos períodos de hospitalização são colonizados por microbiota de diversidade oligoclonal de S. epidermidis e a colonização ou infecção de CVC por destas cepas, potencialmente produtoras de biofilme em contato com a corrente sanguínea, pode ser uma oportunidade para infecções posteriores por outros microrganismos devido a potencial produção de biofilme inerente a S. epidermidis / Abstract: Central vascular catheters (CVC) represent an important risk for nosocomial bloodstream infections and Staphylococcus epidermidis is the most important pathogen of these systemic infections. To analyze the genomic DNA profiles, to detect the presence and expression of the responsible gene for biofilm production and to study the colonization dynamic, S. epidermidis strains isolated from tip CVC and blood positive cultures were compared with the strains isolated from skin and nasal swab in patients hospitalized in a tertiary care university hospital, the Hospital das Clínicas of UNICAMP. It was analyzed the previous medical care proceedings that the same patients underwent. Patients with microbiologic cultures for S. epidermidis from blood and/or catheter tip (>15 CFU) were selected to have swabs from skin and nasal. S. epidermidis were typed using PFGE, antibiotic susceptibility testing, presence of ica gene detection, by PCR, and biofilm detection, by Congo red method, were performed. Twelve patients with 18 episodes of colonization or catheter-related infection were included in this study and 247 strains were analyzed. It was found 26 distinct genotypic profiles and 4 strongly related genotypic profiles. In 10 episodes, the same DNA profile was detected in clinical and in microbiota strains, 6 of them occurred when the period of catheter implantation were higher than 15 days. In 7 episodes, there was not concordance among genotypic profiles from clinical and microbiota strain, and 5 of them occurred when the period of catheter implantation were lower than 15 days, too. It was not found statistic difference between the groups. PFGE identified six predominant genotypic profiles that were present in 68 % (132/193) of microbiota strain, and one of them was prevalently present (77/193). The prevalent genotypic profile was found compounding the microbiota in 10 episodes (8 patients). It was proofed, by comparison of the diversity of genotypic profiles, that during the hospitalization period the microbiota general profile changes from the diversified genotypic profile (polyclonal) to a poorly diversified genotypic profile (oligoclonal), with a predominant genotypic profile. It found was related with the previous ciprofloxacin administration. The predominant DNA profiles strains did not presented higher prevalence according to the presence of ica gene when comparing to non predominant strains, what it was not justified that potentially biofilm producers can superpose over non ica strains. Eight of 12 patients presented concomitant or posterior infection by negative Gram rots, whose 2 were to obit by sepsis. According to the results, we concluded that patients with long-term hospitalization were previously colonized by oligoclonal-diversified microbiota S. epidermidis and CVC colonization or infection by this agent, potentially biofilm producer present at bloodstream can be an opportunity to other microorganism posterior infections, due to potential biofilm production inherent to S. epidermidis / Doutorado / Ciencias Medicas / Doutor em Clínica Médica