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La glace de mer arctique : source ou puits d'oxyde nitreux?

Randall, Kevin 16 April 2018 (has links)
L’oxyde nitreux (N2O) est un gaz à effet de serre dont la présence dans la stratosphère contribue aussi à la destruction de l’ozone. Le but de cette étude, était de déterminer la présence de N2O dans la glace de mer de l’océan Arctique et d’évaluer l’impact de cette source potentielle sur l’atmosphère. Les concentrations totales de N2O dans les derniers 10 cm de la glace de mer et dans l’eau de surface sous-jacente au couvert de glace ont été quantifiées dans la mer de Beaufort de mars à avril 2008. Nos mesures ont mis en évidence des concentrations totales en N2O faibles et constamment sous-saturées par rapport à l’eau de surface sous-jacente au couvert de glace (ca. 40%) et à l’atmosphère (ca. 30%). Nous expliquons cette sous saturation par un rejet de la saumure riche en N2O lors de la formation de la glace à l’automne et à l’hiver. La glace de mer pourrait donc représenter une source de N2O pour l’atmosphère arctique pendant ces périodes. / Nitrous oxide (N2O) is a greenhouse gas which also plays a role in stratospheric ozone depletion. The objective of this study was to demonstrate the presence of N2O in Arctic sea ice, and to quantify the impact of this potential source to the atmosphere. Bulk concentrations of N2O in the bottom 10 cm of the sea ice and in the underlying surface waters were measured in the Beaufort Sea from March to April 2008. Our sea ice measurements revealed low N2O bulk concentrations with N2O being consistently undersaturated with respect to the underlying surface water (ca. 40% saturation) and the atmosphere (ca. 30% saturation). The most plausible mechanism to explain the low N2O sea ice concentrations is a loss of N2O via brine rejection during sea ice formation in autumn and winter. Sea ice could thus act as a source of N2O via brine rejection during sea ice formation in autumn and winter.
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Étude de la régulation des gènes CYP2B par les inducteurs de type phénobarbital, comprenant la mise à l'épreuve du modèle actuel

Auclair Vincent, Sacha 16 April 2018 (has links)
Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2009-2010 / La migration nucléaire du récepteur nucléaire CAR est l'événement central du modèle expliquant l'induction des gènes CYP2B par les inducteurs de type phénobarbital. Chez des souris CAR-négatives, l'induction des CYP2B est absente. Récemment, des résultats en contradiction avec ce rôle de CAR dans l'induction du gène Cyp2bl0 furent publiés sans que cette interprétation ne soit mentionnée. Afin de vérifier la validité de ces données cruciales, certaines des expériences présentées dans la publication susmentionnée furent répétées. Les résultats obtenus suggèrent que CAR est requis pour qu'il y ait induction du niveau d'ARNm de CYP2B10. Le rôle de la protéine de Wemer dans la transcription fut aussi étudié. Les résultats obtenus suggèrent qu'elle est impliquée dans la transcription des gènes CYP2B et qu'elle se fixe à différents facteurs transcriptionnels. Finalement, le rôle du GR dans l'induction des CYP2B fut étudié. Les résultats obtenus montrent que la GRU flanquant CYP2B2 possède un site accessoire putatif.
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Évolution et diversité de deux formes de ciscos (nigripinnis et artedi) dans un drainage proglaciaire du lac Algonquin

Piette-Lauzière, Gabriel 27 March 2024 (has links)
La diversité des ciscos des Grands Lacs Laurentiens (Coregonus artedi, sensu lato) provient de multiples événements de divergence adaptative locale. Cette diversité est aujourd’hui en partie disparue et menacée. Par exemple, la forme nigripinnis est disparue des Grands Lacs mais existe toujours dans le lac Nipigon. La découverte récente de cisco ressemblant à nigripinnis en sympatrie avec artedi dans des lacs reliques d’un exutoire historique du lac proglaciaire Algonquin en Ontario met de l'avant l’hypothèse évolutive selon laquelle ces formes auraient pu coloniser ce territoire en tant que lignées préexistantes. Cette région pourrait donc être dépositaire de la diversité historique des Grands Lacs. Alternativement, nigripinnis pourrait provenir de radiation in situ. L’objectif de ce mémoire est de décrire la diversité phénotypique des nigripinnis et artedi dans cette région, puis de déterminer leur origine évolutive. Pour ce faire, plus de 500 ciscos ont été catégorisés selon deux méthodes de groupements, soit l’habitat de capture (benthique ou pélagique) et le nombre de branchicténies, puis comparés par leur morphologie et leur génétique. Les résultats démontrent un parallélisme de différenciation éco-morphologique entre ces paires de populations et les ciscos artedi et nigripinnis du lac Nipigon. Les branchicténies, le pédoncule caudal et la profondeur du corps étaient les traits les plus différenciés entre les groupes de ciscos. Les analyses génétiques effectuées sur 6676 marqueurs de polymorphisme nucléotidique (SNPs) indiquent que les populations de nigripinnis récemment découvertes dans le Parc provincial Algonquin proviennent d’une colonisation postglaciaire par une lignée atlantique et de divergences in situ répétées. Un continuum de divergence écologique, morphologique et génétique est observé entre les paires de ciscos et pourrait être associé à l’utilisation de ressources alimentaires alternatives. Ce projet confirme la présence de nigripinnis à l’extérieur du lac Nipigon par une approche comparative et intégrative. Ces populations de nigripinnis pourraient être utilisées comme source pour le rétablissement de la diversité fonctionnelle des Grands Lacs. / Laurentian Great Lakes ciscoes (Coregonus artedi, sensu lato) diversity arose via repeated local adaptive divergence. Much of this diversity has vanished or is threatened. For instance, the nigripinnis form is now extirpated from the Great Lakes but remains in L. Nipigon. Ciscoes with some characteristics of nigripinnis have recently been discovered with sympatric artedi in lakes historically covered by the Fossmill outlet, a proglacial drainage of L. Algonquin. This raises the evolutionary hypothesis that artedi and nigripinnis could have colonized the area as distinct pre-existing lineages. Hence, putative nigripinnis may represent a relict embodiment of the historical diversity of ciscoes from the Great Lakes. The objective of this research was to characterize the phenotypic diversity and the evolution of newly observed putative nigripinnis and artedi. To do so, fish were grouped by habitat of capture (benthic and pelagic) and by gill raker counts and contrasted morphologically and genetically. Differentiation within and across lakes was often observed and paralleled that of artedi and nigripinnis in L. Nipigon. Gill rakers, caudal peduncle and body depth were the most important traits differentiating cisco forms. These traits are associated with varying foraging and locomotion strategies. Genetic analyses using 6676 single nucleotide polymorphism (SNPs) markers show that nigripinnis populations found in and nearby Algonquin Provincial Park origin from an Atlantic glacial lineage and repeated in situ divergence. Pairs of sympatric ciscoes were on a continuum of ecological, morphological and genetic differentiation across lakes. The divergence of nigripinnis could be associated to different resource exploitation, such as alternative zooplankton prey. This thesis confirms, by a comparative and integrative approach, the occurrence of a nigripinnis form with an independent evolutionary origin relatively to reference nigripinnis in L. Nipigon. The newly discovered nigripinnis populations could be source for the reestablishment of the functional diversity of the Great Lakes.
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Étude transcriptomique de la réponse à l'hybridation chez l'omble de fontaine (Salvelinus fontinalis, Mitchill)

Bougas, Bérénice 18 April 2018 (has links)
Les mécanismes génétiques sous-jacents au phénomène d'hybridation sont encore très peu connus, en dépit de leurs importantes implications dans les processus de spéciation, d'évolution adaptative et d'innovation agronomique. Dans cette thèse, la réponse transcriptomique des hybrides d'omble de fontaine (Salvelinus fontinalis) ainsi que les mécanismes responsables des différences des niveaux de transcrits et de la taille ont été étudiés. Dans un premier objectif, les niveaux de transcrits de 16006 ESTs entre les populations parentales (Laval, Rupert et domestique) et leurs hybrides ont été étudiés par biopuces. Les résultats révèlent de nombreux transcrits différentiellement exprimés entre les populations parentales, reflétant la réponse adaptative à leur environnement spécifique et la sélection directionnelle pour la population domestique. De plus, le niveau de transcrits est transmis de façon majoritairement additive ou hautement non-additive selon les croisements hybrides. Toutefois, la proportion de transcrits avec un niveau d'expression non-additif varie selon les croisements. Les résultats suggèrent que l'hétérosis et la dépression de croisement dépendent de la distance génétique entre les populations parentales et sont liés aux proportions de dominance et sur/sous-dominance de l'expression des gènes. En plus de l'effet direct de l'expression du génome, les effets parentaux représentent une importante source de variations chez les hybrides. Ainsi, le second objectif était de mesurer ces effets en comparant les niveaux de transcrits des croisements hybrides réciproques à l'aide des biopuces. Les résultats confirment que les effets parentaux agissent sur le transcriptome des hybrides de façon différentielle au cours du développement. L'importance de ces effets dépend de la distance génétique entre les populations parentales. Enfin, plusieurs mécanismes peuvent affecter le niveau de transcrits, notamment une différence dans les éléments régulateurs agissant en cis ou en trans. Le troisième objectif était de détecter les variations dans les éléments régulateurs agissant en cis entre les croisements hybrides pour plusieurs gènes par technique de séquençage à haut débit. Cette expérience a permis d'associer certains polymorphismes de séquences à la variation de taille entre individus. Les résultats de cette thèse montrent ainsi le rôle essentiel des différences d'architecture génétique, et notamment le rôle des différences d'architecture génétique de l'expression de gènes, dans les différences transcriptomique et phénotypique entre hybrides.
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Réponse du bouleau glanduleux (Betula glandulosa Michx.) aux changements climatiques récents : implications pour l'écotone forêt boréale-toundra, Nunavik

Ropars, Pascale 23 April 2018 (has links)
Tableau d’honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2015-2016 / Au cœur des changements environnementaux enregistrés dans les régions arctiques et subarctiques, la densification de la strate arbustive est probablement l’un des plus importants. Cette thèse propose d’en étudier la dynamique récente à l’écotone forêt boréale-toundra (Nunavik) afin de mieux en cerner les causes et d’en évaluer les conséquences. Dans un premier temps, la comparaison d’images aériennes (1957 et 2008) nous révèle une densification importante de la strate arbustive dans la région d’étude. Largement attribuée à Betula glandulosa, cette densification a été plus importante sur les terrasses que sur les sommets et hétérogène à l’échelle du paysage. Par la suite, je me suis attardée aux causes de l’hétérogénéité de la densification de la strate arbustive et ai trouvé que celle-ci était principalement attribuable à un ensemble de facteurs historiques et topographiques. De plus, j’ai pu montrer que la densification de la strate arbustive a une influence négative sur l’abondance des espèces arbustives non impliquées dans ce phénomène, mais qu’aucune relation n’a été décelée avec la diversité spécifique (richesse spécifique et indice de diversité de Shannon). Finalement, j’ai montré que la croissance radiale et axiale de B. glandulosa était fortement associée aux températures estivales chez les individus établis sur des sites bien drainés et aux précipitations hivernales chez ceux établis dans les combes à neige (milieu mal drainé où la neige persiste dans la saison de croissance). De surcroît, la forte augmentation de la croissance radiale de B. glandulosa entre 1990 et 2002 suggère que la densification de la strate arbustive observée dans la région d’étude est un phénomène récent. En somme, cette thèse a permis de mieux comprendre la dynamique de l’écotone forêt boréale-toundra au Québec subarctique dans un contexte de changements climatiques. Elle a aussi contribué à saisir toute l’importance d’une analyse à fine échelle de la croissance des espèces impliquées dans la densification de la strate arbustive ainsi qu’à approfondir nos connaissances sur une espèce structurante du Québec subarctique, B. glandulosa. / One of the major changes observed in northern terrestrial regions in response to climate change is arguably the recent shrub expansion. This thesis aims to study the recent dynamic of the shrub expansion at the forest tundra ecotone, northern Québec, in order to find its causes and evaluate its consequences on plant community. First, I compared two sets of aerial photographs (taken in 1957 and 2008) and found an increase in shrub cover that was mainly attributed to Betula glandulosa, a largely distributed erect shrub species. This increase was higher on terraces than on hilltops and strongly heterogeneous at the regional scale. Second, I found that the heterogeneity of the shrub expansion depended on both historical and topographic variables. Moreover, I showed that an increase in B. glandulosa cover had a negative influence on the abundance of other shrub species, but not on their diversity (species richness and Shannon diversity index). Finally, I found that B. glandulosa radial and axial growth were strongly associated with summer temperature when growing on well-drained sites, whereas they were mainly associated with winter precipitation when growing in snowbeds (well-watered sites where snow cover persist in the growing season). Dendrochronological analyses showed a sharp B. glandulosa growth increase between 1990 and 2002, therefore suggesting that the shrub expansion observed in the study region is quite recent. Overall, this thesis significantly improved our knowledge of the recent dynamic of the forest tundra ecotone in northern Québec. It also contributed to underline the importance of studying shrub expansion at the local scale and to improve our knowledge of B. glandulosa.
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Identification de facteurs régulant le complexe γ-sécrétase dans le contexte de la maladie d'alzheimer / Identification de facteurs régulant le complexe[gamma]-sécrétase dans le contexte de la maladie d'alzheimer

Proulx, Marie-Claude 12 April 2018 (has links)
La maladie d'Alzheimer est une maladie dégénérative du système nerveux central. Une des caractéristiques pathologiques de la maladie est la présence de plaques amyloïdes causées par l'agrégation du peptide P-amyloïde (A|342) dans le cerveau. Ce peptide est produit à la suite de deux clivages protéolytiques de la protéine précurseur de l'amyloïde (APP), par BACE (P-APP cleaving enzyme) et par le complexe y-sécrétase. Le complexe y-sécrétase est composé de 4 sous-unités connues : Préséniline-1 (PSI) ou 2 (PS2), Anterior pharynx defective 1 (APH-1), Presenilin enhancer 2 homolog (PEN-2) et Nicastrine (NCT). L'utilisation du complexe comme cible thérapeutique de la maladie d'Alzheimer est problématique car il est important dans de nombreux processus physiologiques. De plus, les mécanismes de régulation de l'activité du complexe y-sécrétase ainsi que son affinité pour ses différents substrats sont peu connus. Le haut poids moléculaire du complexe suggère aussi la présence de protéines encore non identifiées. L'objectif de ce projet est d'identifier de nouveaux partenaires du complexe, transitoires ou permanents, ayant un rôle dans la régulation de ce dernier ou modulant son affinité pour ses substrats. Le système double hybride en levure a été utilisé pour identifier des partenaires protéiques des protéines appâts NCT, PEN-2 et APP, lors de criblages de banques d'ADNc de cerveau humain. Les protéines Ferritin L (polypeptide codant la chaîne légère de la Ferritin) et ISLR (immunoglobulin superfamily leucine rich repeat) ainsi que 4 protéines inconnues, ont été péchés avec la protéine-appât PEN-2, une sous-unité du complexe y-sécrétase. SNW1 (SNW domain containing 1) et WBP5 (WW domain binding protein 5) ont quant à eux été péchés à l'aide d'APP. Des analyses en double hybride et en co-immunoprécipitation ont montré que l'interaction entre Ferritin et PEN-2 est négative, alors que ISLR interagit avec trois des sous-unités du complexe y-sécrétase ce qui suggère sa présence probable dans le complexe. L'interaction entre APP et SNW1 suggère que APP par l'intermédiaire de sa partie C-terminale (AICD) pourrait être un facteur de transcription dont l'activité serait régulée par le corégulateur transcriptionnel SNW/SKIP. WBP5 pourrait quant à elle servir de lien entre APP et les partenaires du complexe. D'autres analyses sont nécessaires pour confirmer ces résultats préliminaires et définir le rôle des partenaires identifiés.
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Participation de récepteurs nucléaires et de l'hélicase de Werner à la transcription des gènes CYP2B chez les rongeurs

Amaury Lachaud, Antoine 16 April 2018 (has links)
Le phénobarbital (PB) induit fortement la transcription des gènes hépatiques CYP2Bl et CYP2B2 chez le rat. L'inductibilité de ces deux gènes est conférée par un « enhancer » transcriptionnel de 163 paires de bases situé en amont du point d'initiation de la transcription: l'unité de réponse au PB (PBRU). La PBRU contient trois sites de liaison pour des récepteurs nucléaires: NRl, NR2 et NR3. Le modèle actuel d’induction prévoit que suite à l'exposition au PB, le récepteur nucléaire CAR est déplacé du cytoplasme vers le noyau ou il active la transcription des CYP2B en se fixant sur les sites NR de la PBRU. Les résultats obtenus suggèrent qu'il n'y a pas de corrélation évidente entre la liaison de CAR sur NR3 in vitro et l'induction observée dans des hépatocytes de rat en culture primaire. D'autres protéines peuvent se lier aux sites NRI et NR3 dont certaines se fixent sous forme de monomères et leur participation possible dans l'induction a été étudiée. D'autres analyses ont mis en évidence que CYP2B2 est une cible transcriptionnelle de l'hélicase Werner (WRN). Le syndrome de Werner est une maladie cliniquement associée à un vieillissement prématuré. Le gène WRN code pour une hélicase de la famille RecQ qui participe à la réparation de l'ADN, à la réplication et à la maintenance des télomères. Certaines études ont suggéré que WRN participe à la transcription associée à l'ARN polymérase II (Pol II) sans toutefois en préciser le rôle. Les résultats montrent que WRN est recrutée sur le promoteur de CYP2B2 en réponse au traitement au PB. De plus, le niveau basal et induit de CYP2B 1 0 est diminué dans des souris qui portent une délétion du domaine hélicase de Wrn comparativement à des souris sauvages. Enfin nous avons observé qu'il y a in vitro un site de liaison de WRN dans le promoteur de CYP2B2.
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Dynamique d'une population faunique en expansion sous différents scénarios climatiques : le dindon sauvage (Meleagris gallopavo)

Lavoie, Maxime 05 October 2024 (has links)
Les changements climatiques récents ont mené à l’expansion de la répartition de plusieurs espèces méridionales, mais ont aussi causé l’extinction locale d’espèces se retrouvant à la limite de leur tolérance environnementale. Ces populations en expansion peuvent favoriser différentes stratégies d’histoire de vie en répondant à différents facteurs limitants. Dans cette thèse, je vise à déterminer et quantifier l’effet du climat et des évènements extrêmes sur le cycle de vie complet d’une espèce en expansion (le dindon sauvage) pour comprendre les changements au niveau populationnel ainsi que les mécanismes impliqués dans l’expansion de la distribution d’une espèce. J’ai défini les évènements extrêmes de pluie, d’épaisseur de neige au sol et de température, comme un évènement dont la fréquence est plus rare que le 10e et 90e percentile. En utilisant l’approche « Measure-Understand-Predict » (MUP), j’ai tout d’abord suivi trois populations le long d’un gradient latitudinal de sévérité hivernale pour mesurer l’effet de variables météorologiques sur la dynamique des populations. La survie des dindons sauvages diminuait drastiquement lorsque l’accumulation de neige au sol dépassait 30 cm pour une période de 10 jours et diminuait également avec la température. Au printemps, la persistance de la neige affectait négativement le taux d’initiation de la nidification et l’augmentation de la pluie diminuait la survie des nids. Dans une deuxième étape, j’ai examiné l’impact des évènements climatiques extrêmes et des processus démographiques impliqués dans l’expansion du dindon, liés à la théorie des histoires de vie pour comprendre la relation entre la dynamique de ces populations en expansions avec le climat. J’ai démontré que la fréquence des évènements extrêmes hivernaux et, d’une façon moins importante, les évènements extrêmes estivaux limitaient l’expansion nordique des dindons sauvages. J’ai appuyé, à l’aide de données empiriques et de modélisation, les hypothèses de la théorie classique des invasions biologiques en montrant que les populations en établissement priorisaient les paramètres reproducteurs tandis que la survie adulte était le paramètre démographique affectant le plus la dynamique des populations bien établies. De plus, les populations les plus au nord étaient composées d’individus plus jeunes ayant une espérance de vie plus faible, mais avaient un potentiel d’accroissement plus élevé que les populations établies, comme le suggère cette théorie. Finalement, j’ai projeté l’impact de la récolte sur la dynamique des populations de même que le taux de croissance de cette espèce en utilisant les conditions climatiques futures projetées par les modèles de l’IPCC. Les populations en établissement avaient un taux de récolte potentiel plus élevé, mais la proportion de mâles adultes, possédant des caractéristiques recherchées par les chasseurs, diminuait plus rapidement que dans les populations établies. Dans le futur, la fréquence des évènements extrêmes de pluie devrait augmenter tandis que la fréquence des évènements extrêmes de température hivernale et d’accumulation de neige au sol devraient diminuer après 2060, limitant probablement l’expansion nordique du dindon sauvage jusqu’en 2100. Cette thèse améliore notre compréhension des effets météorologiques et du climat sur l’expansion de la répartition des espèces ainsi que les mécanismes démographiques impliqués, et nous a permis de prédire la probabilité de l’expansion nordique de la répartition du dindon sauvage en réponse aux changements climatiques. / Recent global climate changes have resulted in range expansion for many temperate species but have also led to local extinctions for species living at the fringe of their environmental tolerance. These expanding populations may prioritize different life history strategies by responding differently to limiting factors. In this thesis, we aim to assess and quantify the effect of climate and extreme events on the whole life cycle of an expanding wildlife species (wild turkey) to understand population change and range expansion. I defined an extreme climate event for rain, snow depth and temperature, as events rarer than the 10th and 90th percentile. Using a Measure-Understand-Predict (MUP) approach, I first followed three populations along a latitudinal gradient in winter harshness to measure the effect of weather variables on population dynamics. Winter survival of wild turkeys decreased dramatically when snow depth was over a 30 cm threshold and also decreased with temperature. Snow persistence and precipitation in spring negatively impacted initiation nesting rate and nest survival, respectively. In a second step, I examined the impact of extreme climate events and the demographic mechanisms driving their expansion in the context of life history theory to understand the relationship with climate. I showed that the frequency of extreme winter events and to a lesser extent extreme summer events limited the northern expansion of wild turkeys. I supported the hypotheses of the classical biological invasion theory, with empirical data and modelling, as establishing populations prioritized reproductive parameters while adult survival was the key demographic parameter driving the dynamics of well established populations. Furthermore, more northern populations were composed of younger individuals with a lower life expectancy but had a higher potential growth rate than populations located more southerly as predicted by this theory. Finally, I predicted the impact of the harvest on population dynamics as well as the population growth rate of this species using future climate conditions projected by IPCC-class models. Establishing populations had a higher harvest rate potential but the proportion of adult males, possessing enhanced characteristics sought by hunter, decreased faster than in established populations. In the future, frequency of rain extreme events is predicted to increase while frequency of winter temperature and snow cover extreme events should decrease after 2060, potentially restraining wild turkey northern expansion until at least 2100. This thesis increases our understanding of the effect of weather and climate on range expansion and their underlying demographic mechanisms, and allows us to predict the likelihood of the northern expansion range of wild turkey in response to climate changes.
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Architecture et évolution des réseaux d'interactions protéines-protéines : exploration de la carte génotype-phénotype

Diss, Guillaume 20 April 2018 (has links)
Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdorales, 2014-2015 / La question des bases structurales du phénotype et de sa variation est une des questions les plus anciennes de la biologie. Le paradigme actuel stipule que le phénotype est exprimé à partir du génotype au travers de réseaux moléculaires dont l’architecture structure l’information génétique. Cette description mécanistique de la carte génotype-phénotype implique que c’est par la perturbation de l’architecture de ces réseaux que des variations génotypiques mènent à des modifications du phénotype. Les protéines constituant le principal vecteur de l’information génétique, comprendre la carte génotype-phénotype requiert de comprendre comment les variations génotypiques perturbent l’architecture du réseau d’interactions protéines-protéines. Au cours de cette thèse, nous avons développé une méthode permettant d’étudier chez la levure Saccharomyces cerevisiae l’impact de la délétion des gènes sur les interactions entre protéines. Nous avons appliqué cette méthode à l’étude des mécanismes moléculaires de la robustesse par lesquels le réseau d’interactions protéines-protéines filtre les variations génotypiques pour préserver le phénotype. Nous avons mis au jour un mécanisme de compensation fonctionnelle entre gènes paralogues basé sur la compensation des interactions protéines-protéines et expliquant un lien entre génotype et phénotype qui était mal compris jusqu’alors. En outre, en appliquant notre méthode à l’identification des régulateurs de la Protéine Kinase A, nous avons approfondi les connaissances sur la façon dont les maîtres régulateurs coordonnent les processus cellulaires et maintiennent l’homéostasie, une propriété distribuée de la robustesse. Ces résultats, et ceux qui seront produits à l’avenir par l’application de cette méthode, promettent une meilleure compréhension des mécanismes moléculaires par lesquels l’information génétique est transmise du génotype au phénotype, condition essentielle à la compréhension du vivant et de son évolution. / The question of the structural bases of the phenotype and of its evolution is one of the oldest questions in biology. The present paradigm states that the phenotype is expressed from the genotype through molecular networks, the architecture from which structures genetic information. This mechanistic description of the genotype-phenotype map implies that it is through by perturbing of the architecture of these networks that genotypic variations lead to phenotypic modifications. Since proteins are the main vector of genetic information, understanding the genotype-phenotype map requires the understanding of how genotypic variations perturb the architecture of the protein interaction network. In the course of this thesis, we developped a methodology that allows to study the impact of gene deletions on the interactions between proteins in the yeast Saccharomyces cerevisiae. We applied this method to the study of the molecular mechanisms of robustness by which the protein interaction network filters genotypic variations to preserve the phenotype. We uncovered un mechanism of functional compensation between paralogous genes that is based on protein-protein interaction compensation and that explains the poorly understood link between genotype and phenotype. Moreover, we applied our method to the identification of regulators of Protein Kinase A and deepened our knowledge of how master regulators coordinate cellular processes and maintain homeostasis, a distributed property of robustness. These results, and the ones that will be produced in the future by applying this method, promise a better understanding of the molecular mechanisms through which genetic information is transmitted from the genotype to the phenotype, an essential condition for the understanding of life and its evolution.
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Le bison des prairies entre aire protégée et terres agricoles : causes, conséquences et perspectives de gestion

Sigaud, Marie 27 April 2024 (has links)
Le travail réalisé au cours de cette thèse aborde la thématique complexe de la place des espèces de la faune sauvage dans des habitats qui sont de plus en plus modifiés par les activités humaines. Nous prenons pour modèle d’étude la population de bisons des prairies (Bison bison bison) établie dans le parc national de Prince Albert (Canada) qui utilisent les terres agricoles exploitées bordant le parc. Dans un premier temps, nous démontrons que ce sont les gains énergétiques qui guident principalement la sélection d’habitat des bisons au détriment d’autres facteurs contribuant à la valeur adaptative, tels que le risque de mortalité lié à la chasse. Les parcelles agricoles constituent alors pour cette population un piège écologique, soit un habitat qui est préféré ou également préféré à d’autres habitats disponibles pourtant de meilleure qualité. L’utilisation des parcelles se diffuse parmi la population grâce aux décisions collectives prises au sein du groupe sur la base de l’expérience passée des membres du groupe. La diminution de la taille de la population est concomitante à la diffusion de ce comportement. Nos résultats nous renseignent sur les effets négatifs que peut avoir l’utilisation des milieux anthropisés et sur comment des mécanismes adaptatifs en milieu naturel, comme l’apprentissage social, peuvent se révéler délétères dans des milieux perturbés par l’homme. Nous étudions ensuite les stratégies comportementales mises en œuvre par les bisons pour échapper aux menaces constituées, à la fois, par leur prédateur naturel (le loup gris, Canis lupus) et par les activités humaines. Les bisons réagissent à la proximité du loup gris quand ils sont dans une prairie naturelle uniquement de nuit en écourtant leur temps de résidence. Alors qu’ils sélectionnent les parcelles agricoles principalement la nuit quand les activités humaines sont au plus bas. Ces stratégies divergentes nous renseignent sur les capacités des bisons à intégrer des informations nouvelles et à ajuster leur comportement en fonction de leur expérience passée. Le déclin de la population nous indique toutefois que ce type de stratégie, certainement efficace pour maximiser le temps passé sur les parcelles agricoles tout en minimisant le risque de perturbations, reste largement insuffisant pour prémunir les bisons contre la mortalité induite par la chasse. Pour mieux comprendre les déplacements des bisons et guider la gestion de la population, nous explorons les propriétés du réseau de sentiers créés et entretenus par les bisons pour se déplacer entre les prairies naturelles. Le réseau est très redondant avec de nombreux sentiers indépendants connectant la même paire de prairies. Le nombre de sentiers et de connexions diminue en même temps que le nombre d’individus. Ces résultats nous renseignent sur la capacité de résistance du réseau aux perturbations, mais également sur l’influence de la taille de la population sur la connectivité fonctionnelle. L’utilisation des milieux anthropisés par les espèces de la faune peut également avoir des impacts sur les écosystèmes. Nous décrivons une situation souvent négligée dans le domaine de la conservation: le conflit de conservation, situation au cours de laquelle un objectif de conservation entre en conflit avec un ou plusieurs objectifs d’un autre programme. Les bisons des prairies, espèce au statut vulnérable, transportent un grand nombre de graines d’espèces de plantes non indigènes acquises sur les parcelles agricoles et qui sont potentiellement envahissantes. Ils favorisent l’installation de ces espèces en créant des conditions favorables, comme au niveau des «wallows» (zone dépourvue de végétation en son centre créée par les bisons en se roulant au sol) ou des sentiers créés au cours leurs déplacements. Les bisons en tant que vecteurs d’espèces non indigènes représentent un danger pour la restauration des prairies à fétuques, objectif de conservation prioritaire pour Parcs Canada. En conclusion, ce travail apporte des éléments de compréhension sur le comportement des animaux face à des contraintes émergentes dans les milieux anthropisés et sur les conséquences pour les animaux et les écosystèmes. Il soulève la question de la pérennité de certaines populations animales dans ces milieux anthropisés en l’absence de mesures de gestion adaptées.

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