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Cette thèse a pour but d’étudier l’évolution morpho-structurale et magmatique des marges distales pauvres en magma ainsi que leur réactivation. Cette étude est focalisée sur les marges fossiles distales de la Téthys Alpine. L’étude de la réactivation de ces domaines (l’Err et la Platta, Suisse) montre que les chevauchements alpins réactivent principalement d’anciennes structures de rift. L’Err peut ainsi être restaurée et correspond à un ancien domaine de croute hyper-amincie caractérisé par un système de failles de détachement qui évolue en séquence et conduit à la rupture continentale et à l’exhumation du manteau. La Platta correspond à un domaine de manteau sous continental exhumé associé à une augmentation des additions magmatiques syn-tectoniques dans les parties distales. Ce domaine est interprété comme la relique d’une structure en dôme coiffée par une faille de détachement et recoupée par des failles normales favorisant la mise en place de magma et de fluides. L’approche utilisée a permis de mieux contraindre l’architecture d’une marge distale pauvre en magma et de discuter les processus de formation et de la réactivation des limites de plaque. / The aim of this study is to investigate the morpho-structural and magmatic evolution of magma-poor distal rifted margins, as well as their reactivation. This study is focused on the fossil distal margins of the Alpine Tethys. The study of the reactivation of these domains, (Err and Platta, Switzerland) shows that alpine thrusts principally reworked former rift structures. The Err nappe can be restored as a hyper-extended domain characterized by a system of detachment faults with a complex architecture evolving in-sequence and leads to the continental crust separation and the exhumation of mantle. The Platta nappe corresponds to a subcontinental exhumed mantle domain associated to an increase of syn-tectonic magmatic additions oceanwards. The distal domain is interpreted as the relic of a dome-shaped structure capped by a detachment fault and crosscut by latter normal faults facilitating the emplacement of basalts and fluid circulations. The approach developed in this thesis enabled a better understanding of one distal and ultra-distal magma-poor rifted margin, as well as to discuss processes related to the formation and reactivation of plate boundaries.

Cette étude documente la succession de phases de rift qui se sont formées le long d'une marge continentale dont l'évolution géologique a été particulièrement longue. Ce type d'évolution géologique est bien admise dans la littérature mais reste encore peu comprise en terme de processus géologiques. Ici, il est spécifiquement étudié comment ce type de rifts peut évoluer au cours du temps et il est tout particulièrement mis en évidence les processus de réactivation de failles et la formation des éléments géologiques associés dans l'évolution des bassins en extension. Cette étude résume les résultats principaux de deux projets de recherche menés sur(1) le Bassin de Porcupine (offshore irlandais) qui s'est formé pendant la propagation du système de rift nord-atlantique et (2) la région de la Mer de Corail (Papouasie Nouvelle Guinée) dont l'évolution en contexte de supra-subduction est liée à l'affrontement des plaques Pacifique et Australie. Ces deux projets de recherche discutent spécifiquement de l'enregistrement sédimentaire et de l'évolution des failles à partir de données sismiques corrélées à des données de puits, de magnétisme ou de gravimétrie.Les deux bassins ont évolué en bordure d'orogènes depuis le Paléozoïque supérieur. Il est démontré que l'extension s'est initiée au long de structures anciennes qui ont été réactivées lors de l'étalement orogénique mis en évidence par la migration de dépocentres. L'extension s'est ensuite développée de façon discontinue au cours de divers épisodes extensifs pulsés. Les premiers épisodes montrent en général des bassins étroits, plus ou moins discrets et qui sont remplis de dépôts continentaux qui passent progressivement à des environnements marins. L'extension est d'abord diffuse puis localisée le long de failles bordières qui accommodent l'ensemble de l'extension et le boudinage de la croûte. Au fur et à mesure que l'extension progresse, l'influence structurale de la croûte continentale diminue et la déformation évolue vers l'océan avant le stade ultime de déchirure continentale de façon très localisée. Le rifting se termine en général dès que les conditions aux limites changent, résultant en la production de bassins océaniques en propagateur qui sont transversaux aux bassins néoformés. Dans les marges classiques de type atlantique (p.ex. Bassin de Porcupine), ceci est lié à la propagation de croûte océanique dans des bassins plus ou moins perpendiculaires tels que le Golfe deGascogne dont l'ouverture stoppe la déformation extensive. Dans les zones en supra-subduction (par ex. Mer de Corail), la fin de l'extension est plutôt liée à un changement dans la dynamique de subduction qui peut contrôler l'ensemble de la propagation de l'océanisation.Ainsi, il apparait que l'extension migre progressivement depuis une zone initiale en réactivant d'anciennes structures orogéniques quelles que soit les conditions géodynamiques initiales. Ici, il est proposé qu'une phase de déformation souligne un mégacycle extensif durant lequel des grabens individuels, des bassins riftés ou des systèmes de rifts se forment successivement et surimposent les uns aux autres. Chaque mégacycle peut se définir sédimentologiquement et tectoniquement. La surimposition montre en général une déformation qui évolue progressivement vers l'océan par la réactivation spécifique de structures pré-existantes.L'initiation de l'extension et le passage d'un mégacycle à un autre est en général lié par un changement des conditions aux limites. / This study documents the succession of rifting phases that evolve along continental margins of longstanding history. This type of evolution, well admitted in the literature, remains poorly understood in terms of geological processes. Herein, the way rifts evolve through is specifically studied to highlight the fault reactivation processes and the formation of associated geological elements during the evolution of extensional basins. This study summarises some principal results of two research projects focussing on (1) the Porcupine Basin (offshore Ireland) that formed from the North-Atlantic rift propagation and (2) the Coral Sea region (Papua New Guinea) which the evolution within a supra-subduction context links to the convergence of the Pacific and Australian lithospheric plates. These two research projects specifically discuss the sedimentary record and the faulting evolution from seismic data correlated to wells, magnetism and gravimetry.Both basins evolved from the Late Palaeozoic on sides of orogens since the Late Palaeozoic. It is demonstrated that extension initiated along old structures that were reactivated during a general orogenic collapse evidenced by migration of depocentres. Then, extension discontinuously developed during several rifting events that are usually internally pulsed. The first rift events are usually very narrow and discreet, and evolve in a continental domain. Deformation progressively passes to localized normal faulting implying that major bounding faults progressively accommodate the extension. As long as extension progresses, the influence of continental structures tend to decrease and the deformation evolves oceanward prior continental tear. Extension generally stops once boundary conditions change, resulting in oceanic crust that may propagate transversally (oceanic propagators).Along classical Atlantic-type margins (e.g. Porcupine Basin), this links to the propagation of the oceanic crust but internal crosscutting oceanic basins (e.g. Bay of Biscay) stop the deformation prior to seafloor spreading that form the overall oceanic crust.In supra-subduction zones (e.g. Coral Sea), it is rather related to a change in the dynamics of the subduction which may control the overall direction of the spreading propagation.Thus, extension migrates progressively away from the initial deformation core by reactivating pre-existing structures, whatever geodynamic conditions are but with a general decrease in the influence of old continental fabrics. Herein, it is proposed herein that a deformation phase expresses as an extensional megacycle during which graben, basins or rift settings develop successively and overprint the ones another. Each extensional megacycle may be defined sedimentologically and tectonically. Their overlap generally shows an oceanward migration which reactivates specific pre-existing structures. The initiation of extension and the evolution from a megacycle another is generally linked associated to a variation of the boundary conditions.

Les anticorps à réactivité croisée sont caractérisés par leur capacité à reconnaitre des épitopes différents de ceux qui ont causé leur induction. Cela se produit lorsque des similitudes structurales entre les deux déterminants antigéniques deviennent suffisantes pour permettre une liaison spécifique. Nous rapportons ici pour la première fois la présence, à une haute fréquence, d'anticorps dans des échantillons de sang provenant de sujets vivant en France avec une protéine de Trypanosoma cruzi. Nous avons appelé ces anticorps ''Trypanosoma cruzi Cross-reactive antibodies'' ou TcCRA. Nos résultats montrent une forte séroprévalence des anticorps à réaction croisée, suggérant qu'ils sont induits par un immunogène largement répandu, acquis dès l’enfance et qui ne semble pas être associé à des agents pathogènes communs en clinique humaine. Les recherches effectuées in silico orientent vers un virus de la famille des Herpesviridae. Cette hypothèse est renforcée par la documentation d’un profil sérologique de séroconversion chez un patient qui a subi une transplantation de cellules souches allogéniques. Ce premier travail va servir de base à la mise en oeuvre d’investigations cliniques rétrospectives et prospectives destinées à élucider l’étiologie et l’importance clinique du biomarqueur TcCRA / Cross-reactive antibodies are characterized by their recognition of antigens that are different from the trigger immunogen. This happens when the similarity between two different antigenic determinants becomes adequate enough to enable a specific binding. Here, we report for the first time the presence, at an ‘‘abnormal’’ high frequency in blood samples from French human subjects, of antibodies that cross-react with a protein of Trypanosoma cruzi. We called these antibodies ‘‘Trypanosoma cruzi Cross-Reactive Antibodies’’ or TcCRA. Our findings show a large seroprevalence of cross-reactive antibodies and suggest that they are induced by a widely spread immunogen, acquired during childhood. Furthermore TcCRA serology does not seem to be associated with commonly known pathogens in clinical routine. Our hypothesis of the implication of a viral agent in the induction of TcCRA was further put forward when we documented a seroconversion pattern in a patient after allogenic stem cell transplantation. This initial exploratory work will serve as the basis for organizing prospective and retrospective clinical investigations, where we will pursue the analysis of TcCRA in order to elucidate its etiology and clinical importance

Le sommeil joue un rôle important dans la consolidation de la mémoire. Les expériences nouvellement acquises à l’éveil sont réactivées spontanément durant le sommeil, un processus qui aiderait à consolider et intégrer la mémoire à plus long terme. Il a été suggéré que ces réactivations de mémoire se reflétaient, du moins partiellement, dans le contenu des rêves et que les rêves pouvaient jouer un rôle actif dans la consolidation de la mémoire. L'objectif général de cette thèse de doctorat est ainsi d'évaluer si et comment le rêve est impliqué dans le traitement de la mémoire épisodique et procédurale en utilisant de nouvelles technologies et approches expérimentales pour étudier ces relations. La première étude de cette thèse visait à influencer les réactivations de mémoire durant le sommeil afin de clarifier leurs liens avec les rêves et la mémoire procédurale. Nous avons stimulé ces réactivations de mémoire en réexposant des participants, durant leur sommeil, à un stimulus sonore préalablement associé à un apprentissage moteur, une approche nommée « targeted memory reactivation » (TMR). Nous montrons que la TMR, lorsqu’appliquée en stade de sommeil paradoxal, permet d’améliorer l’apprentissage d’une tâche motrice complexe, soit apprendre à « voler » en réalité virtuelle. De plus, le fait de rêver à des éléments kinesthésiques de la tâche motrice en sommeil paradoxal, mais pas en sommeil lent léger, est associé à une meilleure amélioration à cette tâche (article I). Ces résultats appuient les modèles suggérant que le sommeil paradoxal joue un rôle important dans la consolidation de la mémoire procédurale complexe et suggèrent en outre que la simulation de sensations sensorimotrices dans les rêves pourrait contribuer à ce rôle. Bien que la TMR n’ait pas eu d’impact direct sur les rêves, nous montrons qu’elle peut influencer le décours temporel des incorporations de mémoire dans les rêves sur plusieurs jours. La TMR a amplifié les incorporations tardives de la tâche, soit 1-2 jours plus tard lorsqu’appliquée en sommeil paradoxal, et 5-6 jours plus tard lorsqu’appliquée en sommeil lent profond (article II). Nous suggérons que ces effets à plus long terme pourraient être dus à un mécanisme de marquage (tagging) des traces de mémoire, initiant ou amplifiant leur traitement subséquent au cours de plusieurs nuits de sommeil. De plus, nous montrons que notre expérience immersive en réalité virtuelle a augmenté l’incorporation de sensations de vol dans les rêves, particulièrement la nuit suivant l’exposition à celle-ci (article III). Nous identifions certains facteurs individuels qui sont associés à une plus grande incorporation de la tâche dans les rêves, tels que le fait d’avoir déjà eu des rêves de vols ou des rêves lucides. Un examen plus approfondi des rêves pendant 10 jours suivants l'expérience de réalité virtuelle montre que les sensations de vol sont progressivement décontextualisées du contexte de vol original au fil du temps. Les rêves de vol après l’expérience en réalité virtuelle avaient également des niveaux de contrôle et d'intensité émotionnelle plus élevés que ceux ayant eu lieu avant l’expérience. L'induction de rêves de vol nous a permis de faire une analyse qualitative approfondie sur ceux-ci, menant à une nouvelle proposition de la manière dont les sensations de vol, ou les sensations de mouvement de manière plus générale, peuvent survenir dans les rêves. Ces résultats pourraient à leur tour faciliter le développement de technologies pour mieux influencer et étudier les rêves. Une deuxième étude visait à évaluer quand et comment une source de mémoire épisodique commune à tous les participant – visiter le laboratoire de sommeil – est incorporé dans les rêves. Les résultats montrent que près du tiers des rêves incorporent des éléments du laboratoire, et ce, particulièrement dans les rêves en sommeil paradoxal lors d’une sieste matinale (article IV). Une étude qualitative de ces rêves met de l’avant les manières typiques par lesquelles des éléments du laboratoire réapparaissent dans les narratifs de rêve. Nous proposons l’existence de différentes « pressions intégratives » qui structurent les fragments de mémoire au sein de scénarios de rêves. Souvent, ces scénarios impliquent une certaine pression de performance, sont de nature sociale, projettent le rêveur dans le temps et dans l’espace, ou incorporent des sensations réelles du corps et de l’environnement de sommeil. Étudier le phénomène de « rêver au laboratoire » aide ainsi à clarifier comment les rêves sont façonnés autour de fragments de mémoire et souligne à la fois les avantages et les limites méthodologiques de l’étude des rêves et de la mémoire en laboratoire. Finalement, une troisième étude visait à suivre le décours temporel des sources de mémoire autobiographique des rêves au cours d’une nuit de sommeil entière en utilisant un protocole de réveils en série. Nos résultats montrent que les rêves peuvent combiner plusieurs sources de mémoire, en particulier lorsqu'ils se produisent en stade N1 ou en sommeil paradoxal, ce qui pourrait refléter une plus grande richesse ou capacité intégrative des rêves ayant lieu en ces stades (article V). Nous reproduisons le résultat voulant que les souvenirs récents sont préférentiellement réactivés tôt dans la nuit, tandis que les souvenirs plus lointains sont relativement plus représentés dans les rêves de fin de nuit – nous précisons que cet effet est indépendant des stades de sommeil. La co-activation de plusieurs sources de mémoire dans un même récit de rêve appuie la suggestion que l’une des fonctions du sommeil est d'intégrer les nouvelles connaissances à nos réseaux de mémoire préexistants. Nos résultats suggèrent que cette fonction pourrait être un processus cumulatif au cours d'une nuit de sommeil. Nous montrons entre autres qu'une seule source de mémoire peut être réactivée à plusieurs reprises dans plusieurs rêves, et en différents stades de sommeil, ce qui pourrait permettre un traitement continu ou séquentiel de souvenirs épisodiques avec d'autres souvenirs tout au long de la nuit. Dans l’ensemble, nos études quantitatives et qualitatives des incorporations de mémoire dans les rêves permettent d’éclairer les mécanismes fondamentaux de la formation des rêves ainsi que leurs associations avec le traitement et la consolidation des mémoires épisodique et procédurale. Nos résultats suggèrent qu’un rôle potentiel du rêve dans la mémoire irait au-delà de sa simple réactivation, soutenant des processus de transformation et d’intégration de la mémoire. La création de scénarios multisensoriels et immersifs basés sur des fragments mémoire est possiblement centrale à ces processus et permettrait d’optimiser l’utilisation de la mémoire pour le futur. / Sleep plays an important role in memory consolidation. New experiences acquired while awake are reactivated spontaneously during sleep, a process that is thought to facilitate their consolidation and integration into longer-term memory. It has been suggested that these memory reactivations are, at least partially, reflected in dream content and that dreams play an active role in memory consolidation. The general objective of this doctoral thesis is to assess these claims; I examine whether and how dreams are involved in episodic and procedural memory processes by using new technologies and experimental approaches to study relationships between memory and dreaming. Our first study aimed to influence memory reactivations during sleep in order to clarify their relationships with dreams and procedural learning. We experimentally stimulated memory reactivations by re-exposing participants during their sleep to an auditory stimulus previously associated with motor learning, a process called targeted memory reactivation (TMR). We show that TMR, when applied during rapid eye movement (REM) sleep, improves performance of a complex motor task, i.e., learning how to "fly" in a virtual reality (VR) setting. Moreover, dreaming about kinesthetic elements of the motor task in REM sleep, but not in stage 2 sleep, is associated with better improvement on this task (article I). These results support previous models suggesting that REM sleep plays an important role in the consolidation of complex procedural memory and further suggest that the simulation of sensorimotor sensations in dreams contribute to this role. Although TMR did not directly impact dreams, we show that it can influence the time course of memory incorporations in dreams over multiple days. It amplified delayed incorporations of the task 1-2 days later when applied in REM sleep, and 5-6 days later when applied in slow-wave sleep (article II). We suggest that these longer-term effects could be due to a “tagging” mechanism of memory traces, which primes or amplifies their subsequent processing over several nights of sleep. Furthermore, we show that our immersive VR task increased the incorporation of flying sensations in dreams, especially the night after exposure to it (article III). We identify individual factors that are associated with the incorporation of the flying task in dreams, such as previous experience with both flying and lucid dreams. A closer look at dreams over 10 days following the VR experience shows that flying sensations become progressively decontextualized from the original flying context over time. Flying dreams after VR exposure also had higher levels of control and emotional intensity compared to baseline flying dreams. The successful induction of flying dreams allowed us to do an in-depth qualitative analysis of them, based on which we propose a new mechanistic explanation of how flying sensations or movements may arise in dreams. These results could facilitate the development of technologies to better influence and study dreaming. Our second study aimed to assess when and how an episodic memory source shared by all participants – visiting the sleep laboratory – is incorporated into dreams. The results show that almost a third of dreams incorporate elements of the laboratory, particularly REM dreams from a morning nap (article IV). A qualitative study of these dreams highlights the typical ways in which elements of the laboratory reappear in dream narratives. We suggest the existence of different “integrative pressures” that structure memory fragments into these dream scenarios. These are often performative or social in nature, project the dreamer in time and space, or incorporate real sensations from the sleeping body or the sleep environment. Studying the phenomenon of dreaming about the laboratory helps clarify how dreams are shaped from memory fragments, and highlights the advantages and methodological limits of laboratory dream and memory studies. Finally, our third study evaluated the time course of autobiographical dream memory sources during an entire night of sleep using a serial awakenings protocol. Our results show that dreams can combine multiple memory sources at once, especially when they occur at sleep onset or in REM sleep, which may reflect a greater dream richness or a more widespread associative memory activation in those stages (article V). We replicate the finding that recent memories are preferentially reactivated early in the night, while more distant memories are relatively more represented in late night dreams – we here clarify that this effect is independent of sleep stages. The coactivation of multiple memory sources in a dream narrative aligns with the suggestion that a function of sleep is to integrate new knowledge with existing knowledge. Our results further suggest that the latter may be a cumulative function of a night of sleep. We show that a single memory source can be repeatedly reactivated in multiple dreams in different sleep stages, which could allow a continuous or sequential processing of episodic memories with other memories across the night. Overall, our quantitative and qualitative studies of memory incorporations in dreams shed light on fundamental mechanisms of dream formation and on their association with episodic and procedural memory processing and consolidation. Our results suggest that a potential role of dreams in memory goes beyond simple reactivation, supporting long-term processes of memory transformation and integration. The creation of immersive and multisensory dream scenarios built upon memory fragments may be key to these processes and to optimizing the use of these memories for the future.

La théorie de la tectonique des plaques implique que les plaques lithosphériques soient rigides. Or les reconstructions de l'ouverture de l'océan Atlantique NE, utilisant deux plaques rigides (Eurasie et Groenland), conduisent à des zones de recouvrement. De plus, l'ouverture océanique de la zone située entre l'Islande et la zone de fracture de Jan Mayen (JMFZ) fut très complexe, incluant la formation progressive du microcontinent de Jan Mayen (JMMC) et un saut de ride. J'ai développé une méthode de reconstruction palinspastique d' ouverture de l'Atlantique NE, à partir de données d'anomalies magnétiques et de zones de fracture, méthode qui permet d'obtenir un bon ajustement des anomalies magnétiques. Le modèle prédit des différences de direction et de taux d'ouverture entre les segments océaniques. Cette ouverture différentielle a induit des mouvements décrochants sénestres le long des zones de fractures océaniques, compatibles avec le développement de structures compressives le long de la marge continentale européenne, (1) de l'Éocène inférieur à l'Oligocène supérieur, le long de la zone de fracture des îles Féroé (FFZ), et (2) de l' Éocène supérieur à Oligocène inférieur, et au Miocène, le long de la JMFZ. Aussi,j'ai mis en évidence, par une étude de terrain, une réactivation Cénozoïque en dextre de la Great Glen Fault, en Ecosse, que j'interprète comme étant due aux mouvements senestres le long de la FFZ. Je suggère également que les forces motrices proviennent du point chaud, actuellement sous l'Islande, qui était en mesure de générer une ouverture différentielle de l'Atlantique NE et les déformations compressives de la marge continentale européenne.