Résumé : Les résultats alarmants du Groupe d’Experts Intergouvernemental sur l’Évolution du Climat (GIEC) et la tenue des sommets chaque année sur le réchauffement climatique poussent de nombreux pays à prendre la chose au sérieux (notre-planète.info, 2015). C’est ainsi que le Mali, pays enclavé et importateur net de produits pétroliers, cherche des moyens non seulement pour emboiter le pas à la communauté internationale sur la protection de l’environnement mais aussi à mieux gérer sa politique énergétique. Cette volonté repose sur le développement des biocarburants grâce au jatropha qui se cultive aussi bien sur des sols semi-arides que fertiles. Depuis plusieurs décennies les biocarburants font l’objet de recherches. Certaines études permettent de conclure que leur utilisation réduirait les émissions de GES tandis que d’autres vont plus loin au-delà du cadre écologique et trouvent que c’est une source de rentabilité économique. Pour mieux illustrer ses effets, nous avons utilisé un modèle d’équilibre général calculable dynamique (MEGCD) qui permet de voir les interactions des variables structurelles de l’économie malienne sur une durée de 4 ans. Les résultats montrent qu’une politique protectionniste du secteur des biocarburants jumelée à une politique d’exploitation accrue du jatropha à partir des terres non occupées au Mali, génèrent plus d’activité dans le pays et permet de réduire les importations de carburant. De même, la croissance dans le secteur de l’énergie permet d’augmenter la production en électricité dans le pays. / Abstract : The alarming results of the Intergovernmental Panel on Climate Change (IPCC) and the summits annually on global warming are pushing many countries to take it seriously (notre-planète.info, 2015). In this way Mali, landlocked and importing country of fuel, take measure to join in international community on protection of environment also to manage better his energetic policy. This determination is based on the development of biofuels through jatropha which both grown on semi-arid soils fertile. Many searchers are worked on the advantages and disadvantages to Jatropha compared to diesel and fund that his useful reduced greenhouse gas emission while others go further beyond the ecological environment and find it a source of economic profitability. We use a dynamic calculable general equilibrium model (DCGEM) to illustrate relations between all structural variables of economy Malian on four years. We find that a biofuel protectionist policy combined with an increased operating policy jatropha from idle land in Mali, generate more activity and reduces fuel imports. Similarly, growth in the energy sector can increase electricity production in the country.

Dans un contexte de changements globaux, la fonction de "puits" de carbone (C) des tourbières est susceptible de basculer vers une fonction "source", en libérant dans l'atmosphère de grandes quantités de C initialement stockées dans la tourbe. Cette thèse vise à caractériser et quantifier, à différents niveaux d'organisation, i) l'impact d'un réchauffement climatique sur le fonctionnement biogéochimique (C-N-S) d'une tourbière à Sphaignes et ii) l'impact de la restauration d'une tourbière abandonnée après exploitation sur les interactions entre les plantes recolonisatrices (Eriophorum angustifolium), la macrofaune (Lumbricus rubellus) et les microorganismes potentiellement impliqués dans la régénération du processus de tourbification. Le fonctionnement de la tourbière et les interactions biotiques ont été étudiées par couplage des cycles C-N-S et traçage isotopique 13C-15N-34S. Une augmentation modérée de + 1°C simulée par "Open Top Chambers" (OTCs) diminue significativement les flux de C à l'échelle de l'écosystème, la production primaire des Sphaignes et le compartiment microbien étant les plus affectés. A l'échelle des communautés, l'activité des bactéries anaérobies, des champignons et des protozoaires (estimée par SIP 13C-PLFAs) est significativement ralentie. Nous avons montré qu'un organisme ingénieur comme le ver de terre L. rubellus jouait un rôle positif dans le recyclage de la matière organique en fournissant indirectement des éléments (C > N > S) à la plante. Ces transferts seraient dépendants des traits fonctionnels de l'organisme. A l'échelle de l'individu, nous avons caractérisé par approche NanoSIMS, les transferts "anticorrélés" N-S ver de terre --> tourbe.

Dans un contexte de réchauffement climatique, la fonction puits de carbone des tourbières à sphaignes est susceptible d’être altérée en raison d’une modification des interactions sphaignes-microorganismes, responsables de l’accumulation de carbone. L’objectif de cette thèse a été (1) d’identifier les interactions chimiques entre les polyphénols des sphaignes et les communautés microbiennes des sphaignes et (2) d’évaluer l’impact du réchauffement climatique sur ces relations.Un dispositif expérimental (Open Top Chambers) simulant in situ une hausse modérée des températures (+ 1°C) a été installé sur la tourbière de Frasne (25). La hausse des températures a provoqué une modification du réseau alimentaire microbien avec l’augmentation de la biomasse des bactéries et une baisse importante (-70%) de la biomasse des prédateurs (amibes à thèque). Le réchauffement climatique a également induit une baisse de la production de polyphénols, diminuant ainsi leur effet inhibiteur sur les microorganismes. En parallèle à cette baisse, une hausse des activités enzymatiques phénoloxydases a également été enregistrée. Le réchauffement a ainsi modifié les relations polyphénols – phénoloxydases, deux éléments essentiels du cycle du carbone des tourbières.Les différents changements induits par le réchauffement climatique (polyphénols, phénoloxydases, réseau trophique microbien) ont aussi conduit à une modification des relations « sphaignes-microorganismes » via une accélération potentielle du recyclage des nutriments, ce qui pourrait influencer sur le long terme le fonctionnement de l’écosystème tourbière. / Carbon stocks of Sphagnum-peatlands are likely to be altered by climate warming due to important changes in “Sphagnum-microorganisms” relationships which are responsible for carbon sequestration. The objectives of the thesis are (1) to identify the chemical interactions between Sphagnum-polyphenols and Sphagnum associated microbial communities and (2) to understand the impact of warming on these relationships.An experimental design using Open-Top-Chambers (OTC) was used to simulate an increase of air temperatures (+1°C) on a peatland situated in Jura Mountains (Frasne, 25). Temperature increase induced a modification of the microbial food web with an increase of the biomass of bacteria and a strong decrease of the biomass of top-predators (-70%), i.e. testate amoebae. Warming also induced a decrease of Sphagnum-polyphenols, diminishing their inhibitory effect on microbial communities. In parallel, an increase of phenoloxidase enzymatic activities was recorded in OTC. Climate warming thus modified polyphenol-phenoloxidase interplay, two crucial components of carbon cycle in peatlands. Warming effects on the different components – i.e. polyphenols, phenoloxidases, microbial food web – induced a modification of Sphagnum-microbial communities interplay, favoring carbon and nutrient recycling, which could alter peatland functioning in long-term.

Les activités humaines menacent gravement la biodiversité. Sous le terme de changements globaux, la sur-exploitation des populations et la destruction/dégradation des habitats arrivent en tête de liste des facteurs responsables de l’érosion de la biodiversité. Le changement climatique gagne en magnitude et ajoute une pression supplémentaire sur les espèces. En réponse à l’augmentation des températures du globe, les communautés se réorganisent suite au déplacement de la distribution géographique des espèces vers les pôles. Mais l’accumulation des pressions anthropiques est susceptible de produire des effets d’interaction limitant l’ajustement des communautés au réchauffement climatique. Dans ce contexte critique, la biologie de la conservation a pour but de concilier les activités humaines avec la conservation de la biodiversité. Dans cette thèse j’ai cherché à comprendre comment l’accumulation des pressions anthropiques peut limiter l’ajustement des communautés au réchauffement climatique et à identifier les solutions qui pourraient être mises en place pour faciliter leur adaptation à ce réchauffement. J’ai pris pour modèle d’étude les espèces d’oiseaux d’eau hivernants dans les pays du bassin méditerranéen. Ces espèces emblématiques bénéficient d’un dénombrement international destiné à suivre leurs populations en réponse aux prélèvements par la chasse et à la dégradation des zones humides dont elles dépendent. La Méditerranée est une région fortement anthropisée où l’utilisation des ressources naturelles exerce d’importantes pressions sur les zones humides et leur biodiversité. En réponse, les pays ont différentes stratégies pour protéger ces écosystèmes, ce qui fait de cette région un plan expérimental intéressant pour mesurer l’impact dans changements globaux sur l’assemblage des espèces en fonction des mesures de conservation mises en oeuvre. En étudiant la réponse des communautés au réchauffement climatique sous un gradient de perte/dégradation d’habitat, je montre que l’ajustement des communautés est réduit, voire empêché, par la dégradation des zones humides. La Convention Ramsar vise justement à protéger les zones humides et leur biodiversité en maintenant une exploitation raisonnée des ressources naturelles. En évaluant l’effet de cette convention, je montre que son efficacité à conserver les populations d’oiseaux est dépendante de l’implémentation d’autres outils de protection, mais que son rôle est crucial dans les pays où la législation environnementale est faible. Enfin, j’évalue la capacité des conventions internationales à faciliter l’ajustement des communautés au réchauffement climatique grâce à la réduction des pressions qui s’exercent sur les populations. J’ai comparé la réponse des communautés entre les pays ayant ratifié la Convention de Berne, ceux ayant engagé son application strictement réglementaire sous la Directive Oiseaux (Union Européenne) et ceux n’ayant pas ratifié ces conventions. Le résultat est clair, plus la réglementation est précise et strictement réglementaire, plus les communautés et les espèces strictement protégées s’ajustent à l’augmentation des températures.En conclusion, les activités humaines sont une menace pour la biodiversité, mais les mesures de conservation, en réduisant les pressions sur les populations facilitent leur adaptation au changement climatique. La conservation des oiseaux d’eau nécessite une collaboration internationale et l’établissement de lois strictement réglementaires protégeant les zones humides et les espèces, tout en assurant une utilisation durable des ressources. / Human activities seriously threaten biodiversity. In terms of global changes, overexploitation of populations and habitat destruction/degradation are at the top of the list of factors responsible for biodiversity loss. Climate change is increasing in magnitude and adding additional pressure on species. In response to the increase in global temperatures, communities are changing as a result of the shift in the geographical distribution of species towards the poles. But the accumulation of anthropogenic pressures is likely to produce interaction effects that limit community adjustment to global warming. In this critical context, conservation biology aims to reconcile human activities with biodiversity conservation. In this thesis I have investigate how the accumulation of anthropogenic pressures can limit the adjustment of communities to global warming and to identify solutions that could be put in place to facilitate their adaptation to this warming. I have used the wintering waterbird species in the countries of the Mediterranean basin as a model for my study. These iconic species benefit from an international census to monitor their populations in response to hunting and the degradation of the wetlands on which they depend. The Mediterranean is a highly anthropized region where the use of natural resources exerts significant pressures on wetlands and their biodiversity. In response, countries have different strategies to protect these ecosystems, making this region an interesting experimental plan to measure the impact in global changes on species assemblage based on conservation measures implemented. By studying the response of communities to global warming under a gradient of habitat loss/degradation, I show that community adjustment is reduced or even prevented by wetland degradation. The Ramsar Convention aims to protect wetlands and their biodiversity by maintaining a rational use of natural resources. In assessing the effect of this convention, I show that its effectiveness in conserving bird populations depends on the implementation of other protection tools, but that its role is crucial in countries where environmental legislation is weak. Finally, I assess the capacity of international conventions to facilitate community adjustment to global warming by reducing population pressures. I compared the communities' response between countries that have ratified the Bern Convention, those that have started its strictly regulatory application under the Birds Directive (European Union) and those that have not ratified these conventions. The result is clear, the more precise and strictly regulatory the regulations, the more communities and strictly protected species adjust to the increase in temperatures.In conclusion, human activities are a threat to biodiversity, but conservation measures, by reducing pressures on populations, facilitate their adaptation to climate change. Waterbird conservation requires international collaboration and the establishment of strictly regulatory laws to protect wetlands and species, while ensuring sustainable use of resources.

Il est communément admis que le réchauffement climatique aura des conséquencesimportantes sur de nombreux vignobles à travers le monde, avec des impacts sur la productionviticole, sur la qualité du raisin et donc sur la qualité des vins. A Bordeaux et dans d’autresrégions, le réchauffement est en partie la cause d’une modification de la composition chimiquedes raisins récoltés en conditions de maturité excessive. Les vins issus de leurs vinificationssont plus riches en alcool, moins acides et marqués par des caractéristiques aromatiquesrappelant des vins élaborés sous des latitudes plus chaudes et sèches.Dans ce contexte, le réchauffement climatique impliquera des enjeux économiques importantsdans la consommation du vin, et il peut être utile de connaître la capacité des consommateurs àaccepter durablement ces vins. L’objectif de cette thèse est à la fois prospectif par rapport auréchauffement climatique et de ses conséquences sur la qualité des vins et à la fois actuel parrapport à l’adéquation durable entre l’offre et la demande.La méthode d’analyse est celle d’un marché expérimental couplé à une analyse sensorielle. Lesexpériences avec des consommateurs ont montré les influences des caractéristiques des vins duréchauffement climatique sur les préférences des consommateurs et la valorisation des vins surle marché́. Enfin les résultats montrent que les consommateurs ont des valorisationsdifférenciées pour les procédés oenologiques ayant pour objectif de corriger les effets négatifsdu réchauffement climatique. / It’s commonly accepted that global warming will have important consequences formany vineyards throughout the world, with impacts on wine production, on grape quality andtherefore on wines quality. In Bordeaux and other regions, warming is partly the cause of achange in the chemical composition of the grapes harvested under conditions of excessivematurity. The wines resulting from their vinification are richer in alcohol, less acidic andmarked by aromatic characteristics reminiscent wines produced in warmer and dryer latitudes.In this context, global warming will involve important economic stakes in wine consumption,and it may be useful to know the capacity of consumers to accept these wines durably. Theobjective of this thesis work is both forward-looking in relation to global warming and itsconsequences on wines quality and at the same time on the sustainable match between supplyand demand.The analysis methodology is an experimental market coupled with a sensory analysis.Experiences with consumers showed the influence of the characteristics of global warmingwines on consumer’s preferences and the wines valorisation on the market. Finally, the resultsshow that consumers have differentiated valorizations for oenological processes aimed atcorrecting the negative effects of global warming.

Les écosystèmes marins côtiers sont soumis à des pressions anthropiques et naturelles qui placent les organismes aquatiques dans des situations de multi-stress.Ce travail doctoral avait pour objectif d’évaluer l’impact et de mieux comprendre les mécanismes d’adaptation des premiers stades de vie de moule exposés à deux facteurs environnementaux majeurs : la pollution métallique et l’accroissement des températures des eaux marines côtières. Les effets induits par l’exposition à deux polluants métalliques modèles (Cu et Ag) et à un stress thermique modéré seuls ou en combinaison ont été évalués sur les stades précoces de développement de deux espèces de moule : Mytilus galloprovincialis et Mytilus edulis ainsi que leurs hybrides. Nos résultats montrent une augmentation significative du pourcentage de larves D ma lformées avec l’augmentation de la température. Par ailleurs, l’Ag apparaît significativement plus toxique que le Cu pour les larves. De plus,la toxicité des métaux s’accroit avec l’augmentation de la température. La coexposition aux métaux et à une température modérée augmente les activités enzymatiques antioxydantes de la catalase (CAT), de la superoxyde dismutase (SOD)et de la glutathion-S-transférase (GST) et accroît le contenu cellulaire en métallothionéines et la peroxydation lipidique. A une température plus élevée de 22 °C,une diminution significative des activités des enzymes antioxydantes est observée.Les dommages à l’ADN chez les larves-D de moule M. gallo provincialis ont été évalués à l’aide du test des comètes avec et sans traitement par la Formamidopyrimidine ADN glycosylase. L’exposition aux métaux et/ou à la température aaugmenté de manière significative les lésions de l’ADN sur les larves de moule,avec un effet plus accentué sur les dommages oxydatifs. Il a été montré également que le Cu et l’Ag sont accumulés différentiellement dans les larves en fonction de la température d’exposition. L’étude de l’expression par RT-qPCR de 18 gènes impliqués dans les défenses antioxydantes, la réparation de l’ADN, l’apoptose,la protéolyse, la transcription, les réponses au stress thermique et la détoxification métallique a été conduite chez les larves-D de moule M. galloprovincialis.En cas d’un stress thermique modéré, une tendance à la surexpression des gènes impliqués dans les défenses cellulaires est observée. Toutefois, en cas d’une coexposition métallique et thermique, les voies d’apoptose et d’altération cellulaires sont activées.Un plugin et une macro ont été développés pour le logiciel ImageJ afin d’évaluer et de caractériser le comportement de nage des larves D de M. galloprovincialis.Une augmentation significative de la vitesse maximale des larves-Davec l’augmentation de la température est observée sans que la vitesse moyenne soit affectée. En revanche, l’exposition au Cu et à l’Ag à 22 °C augmente significativement les vitesses moyenne et maximale des larves. En condition contrôle à18 °C, les larves suivent principalement des trajectoires rectilignes (88 %). Avec l’augmentation de la température et/ou l’exposition aux métaux, les trajectoires circulaires augmentent considérablement au détriment des trajectoires rectilignes.Ces modifications de comportement pourraient être liées d’une part à l’induction de malformations mais aussi à la modulation de l’activité neuronale. Ainsi, une augmentation significative de l’activité acétylcholine estérase (AChE) des larves a été observée suite à l’exposition à un gradient de températures et/ou aux métaux.Des larves D viables et normalement développées ont été obtenues par hybridation de M. galloprovincialis et M. edulis. Les larves de M. edulis apparaissent plus sensibles à la température que les larves de M. galloprovincialis. Aucune différence significative de sensibilité n’a été observée entre les moules hybrides et pures quelque soit le métal testé. (...) / Coastal marine ecosystems are subject to anthropogenic and natural pressures that place aquatic organisms in multi-stress situations. The aim of this doctoral work was to assess the impact and better understand the adaptation mechanisms of mussel early life stages exposed to two major environmental factors : metallic pollution and increasing temperatures in coastal marine waters. The effects induced by exposure to two model metal pollutants (Cu and Ag) and moderatethermal stress alone or in combination were evaluated on the early life stages of development of two mussel species : Mytilus galloprovincialis and Mytilus edulisas well as their hybrids. Our results show a significant increase in the percentageof malformed D-larvae with increasing temperature. Moreover, Ag is significantly more toxic than Cu for larvae. In addition, the toxicity of metals increases with increasing temperature. Co-exposure to metals and a moderate temperature increases the antioxidant activity of catalase (CAT), superoxide dismutase (SOD)and glutathione-S-transferase (GST), and increases cellular content of metallothioneinsand lipid peroxidation. At a higher temperature of 22 °C, a significant decrease in the activities of the antioxidant enzymes is observed. DNA damage in M. galloprovincialis larvae was evaluated using the comet assay with and without Formamidopyrimidine DNA glycosylase treatment. Co-exposure to metals and/ortemperature increase significantly increased DNA lesions on mussel larvae, witha more pronounced effect on oxidative damage. It has also been shown that Cuand Ag are accumulated differently in the larvae as a function of the exposure temperature. The study of the gene expression by RT-qPCR of 18 genes involvedin antioxidant defenses, DNA repair, apoptosis, proteolysis, transcription, thermal stress and metal detoxification was conducted in D-larvae of M. galloprovincialis.Under moderate thermal stress, a tendency of over expression of the cell defense pathways is observed. However, in the case of metallic and thermal co-expositions, the pathways of apoptosis and cellular alteration are rather induced. A pluginand macro were developed for the evaluation and characterization of behavior oflarvae of M. galloprovincialis. A significant increase in the maximum speed of D larvaewith increasing temperature is observed without affecting the mean velocity. In contrast, exposure to Cu and Ag at 22 °C significantly increases average and maximum larval speed. Under controlled conditions at 18 °C, larvae mainly follow rectilinear trajectories (88 %). With increasing temperature and/or exposure to metals, circular trajectories increase considerably at the expense of rectilinear trajectories. These changes in behavior may be related to the induction of malformations but also to the modulation of neuronal activity. Thus, a significant increase in the acetylcholinesterase (AChE) activity of the larvae is observed following exposure to a temperature gradient and/or metals. Viable and normally developed D-larvae were obtained by hybridization of M. galloprovincialis and M.edulis. Larvae of M. edulis are more sensitive to temperature than larvae of M. galloprovincialis.No significant sensitivity differences between species are observed whatever the metal used. Moreover, the hybrid larvae from female M. galloprovincialis are more tolerant to the increase of temperature compared to the hybrid larvae issues from rom female of M. edulis.

Le captage et stockage du CO2 est une solution prometteuse dans la lutte contre le réchauffement climatique mais cette technique, pour être fiable, nécessite la mise au point de méthodes de détection et d'analyse des puits. Les travaux de recherche présentés dans ce manuscrit, concernent le développement de fibres optiques et de guides d'ondes infrarouges dédiés à la surveillance des puits de stockage du CO2. Des films minces, issus des systèmes Ge-Sb-S et Ge-Sb-Se, ont été préparés par pulvérisation cathodique et ablation laser. Leurs propriétés ont été comparées pour trouver la composition la plus adaptée à un micro-capteur. Les couches sulfures déposées par pulvérisation cathodique ont été choisies pour graver des guides canalisés de type ruban et à jonction Y. Différents profils de fibres optiques tels que des fibres monoindices, effilées ou encore microstructurées, ont été réalisées en verres séléniures. Un important travail de purification a permis d'atteindre une atténuation de 0,2dB/m à 4,2µm. Un seuil de détection d'environ 0,5% vol. a alors été obtenu par absorption du signal infrarouge entre deux fibres monoindices. Cette technique a alors été adaptée pour une campagne de mesures sur un site présentant des sources naturelles en CO2.

Ce travail est réalisé dans un réservoir artificiel, adjacent à une centrale électronucléaire, pour lequel les températures hivernales sont douces (8,2 à 12,4°C) et augmentent rapidement au printemps (Avril : 14,7°C) soit respectivement 5°C et 3°C au-delà des températures de la rivière qui l'alimente (la Moselle). L'absence de stratification (ni thermocline, ni oxycline) et de marnage offre une opportunité unique d'observer la distribution des poissons peu soumis aux contraintes abiotiques. Dans un premier temps, la distribution spatio-temporelle des communautés ichtyiques est suivie en domaine littoral et pélagique. Les jeunes poissons de l'année sont essentiellement discriminés selon leur date d'éclosion et constituent alors deux groupes distincts d'espèces ; les premiers alevins sont issus des pontes printanières tandis que ceux du second groupe descendent d'espèces à reproduction plus tardive. Les migrations et le partage des niches écologiques sont appréciés au cours de l'ontogenèse et par exemple, à la fin du printemps et en été, les plus petites brèmes bordelières (LT < 20 mm) sont confinées dans les habitats de forte complexité structurale tandis que les alevins de perches soleils occupent l'ensemble des habitats disponibles. En grandissant, les brèmes bordelières gagnent progressivement des habitats plus ouverts avant de rejoindre le domaine pélagique. La distribution verticale des poissons y est étudiée à l'aide d'une série chronologique de captures aux filets maillants verticaux. Les patrons de répartition saisonniers et spécifiques sont mis en évidence. Au cours de l'automne, de nombreuses espèces sont capturées plus en profondeur tandis que la perche soleil est la seule dont les captures en domaine littoral sont abondantes. Le succès d'introduction de la perche soleil doit être le fruit à la fois de son éclosion tardive et d'une stratégie de sélection de l'habitat opportuniste qui lui permet d'occuper un espace laissé vacant. Dans un second temps, les incidences sur les traits d'histoire de vie de poissons exposés à des eaux échauffées sont étudiées avec un intérêt particulier pour la population de perche soleil. Une croissance rapide des jeunes de l'année, une maturité précoce et une faible longévité sont constatées, et se démarquent des travaux existants. La faible longévité semble être la conséquence d'une maturité précoce des adultes qui subissent une forte mortalité suite à leur première reproduction. Ces résultats doivent contribuer à la mise en place d'outils prédictifs des réponses écologiques dans le contexte de changement climatique

Depuis quelques années, le réchauffement climatique est un thème qui fait l’objet de plusieurs débats houleux. Mais à l’heure actuelle, il est difficile d’affirmer avec certitude que le réchauffement climatique et les catastrophes qui se multiplient, ces derniers temps, en sont les conséquences évidentes. Toutefois, il ne fait l’ombre d’aucun doute que ces catastrophes naturelles ou celles d’origine anthropique ont des incidences avérées sur l’environnement et le milieu de vie humain. C’est le cas dans le Pacifique avec les îles du Tuvalu exposées à la montée du niveau de la mer, à l’érosion et même à la disparition. C’est aussi le cas dans le Sahel avec le lac Tchad qui, en raison d’une baisse de la pluviométrie, de la sécheresse et d’une mauvaise gestion de ses eaux, connait un rétrécissement inquiétant, obligeant ainsi, des milliers de personnes à migrer dans l’espace du bassin conventionnel du lac Tchad partagé entre le Nigéria, le Niger, le Cameroun et le Tchad. Ces mouvements internes et transfrontaliers mal encadrés sont sources de tensions et d’insécurité. Cette situation semble peu préoccuper les pays touchés, moins encore les pays riches et la communauté internationale, qui en l’absence de tout cadre juridico-humanitaire et d’un statut protecteur international, montrent peu de signe d’empressement pour trouver des solutions afin d’assister les réfugiés et déplacés climatiques et environnementaux qui risquent d’être lésés dans leur droit à la vie et à une vie décente. En raison du vide juridique au niveau international, il serait souhaitable de faire un état des lieux des possibilités actuelles de protection juridique universelle et régionale avant de revenir vers des pistes de solutions adaptées aux besoins spécifiques de l’Afrique par le biais de l’Union Africaine. Une option audacieuse mais qui vaut la peine en raison du contexte actuel qui impose une recherche de solutions scientifiques et juridiques pouvant aider à l’action des décideurs politiques. / In recent years, global warming has been the subject of several heated debates. But, it is currently difficult to affirm with certainty that global warming and the increase in natural disasters in recent times are the obvious consequences. However, there is no doubt that these natural disasters or those caused by human activities have a proven impact on the environment and the living environment. This is the case in the Pacific with the Tuvalu islands which have been exposed to rising sea levels, erosion and even extinction. This is also the case in the Sahel region where due to a decline in rainfall, drought and poor management of its waters, the Lake Chad is experiencing a disturbing contraction, forcing thousands of people whose life depends on it to migrate in the space of the conventional basin of Lake Chad shared between Nigeria, Niger, Cameroon and Chad. These poorly managed internal and cross-border movements are sources of tension and insecurity. This situation does not appear to be of sufficient concern to the countries affected by these changes, and even less to the developed countries and the international community, which in the absence of any legal and humanitarian framework and international protective status, show no signs of eagerness to find temporary or permanent solutions to assist climate and environmental refugees and environmentally displaced persons whomay be harmed in their right to life and decent life. Due to the current legal vacuum at the international level, it would be desirable to take stock of the current possibilities of universal and regional legal protection before returning to possible solutions adapted to the specific needs of Africa, through the African Union. This is a bold but worthwhile option because of the current context that requires a search for scientific and legal solutions that can help policy makers.

L’eutrophisation et le réchauffement climatique sont reconnus comme des forçages majeurs du fonctionnement des lacs. Toutefois les connaissances concernant la réponse des communautés microbiennes eucaryotes à ces forçages sont encore très lacunaires, alors même que les microbes eucaryotes, porteurs d’une vaste diversité taxonomique et fonctionnelle, sont des acteurs clés des réseaux trophiques lacustres. La pertinence des approches paléolimnologiques pour comprendre les impacts de ces forçages sur les communautés lacustres n’est plus à démontrer, mais aujourd’hui l’intégration des outils moléculaires pour analyser l’ADN archivé dans les sédiments offre des opportunités nouvelles pour reconstituer la dynamique passée de la biodiversité lacustre. Dans ce cadre, en s’appuyant sur le couplage entre paléolimnologie et outils de séquençage massif appliqués à l’ADN sédimentaire, ces travaux ont pour but (i) d’apporter des connaissances concernant la préservation de l’ADN des microbes eucaryotes dans les sédiments lacustres (ii) d’appliquer l’approche de paléogénétique sur des carottes sédimentaires issues de 3 lacs pour révéler la dynamique à long terme (de la décennie au millénaire) des microbes eucaryotes en lien avec l’évolution des conditions climatiques et anthropiques. Les résultats acquis sur le lac du Bourget ont permis de mettre en évidence l’efficacité d’archivage de l’ADN planctonique dans les sédiments récents pour la plupart des groupes eucaryotes (notamment chrysophycées, chytrides, chlorophytes, cercozoaires, ciliés, dinophycées). A partir d’une collection de carottes (issues du lac suédois Nylandssjön), l’effet de la diagénèse s’opérant au cours des premières années d’enfouissement a été évalué, permettant de démontrer que si la richesse taxonomique n’est pas impactée, des variations peuvent être détectées dans la structure de la communauté au cours des 10 premières années d’archivage avec une stabilisation du signal au-delà de cette période. L’approche paléogénétique a, en parallèle, été déployée d’une part à l’échelle du siècle sur deux lacs de même typologie mais ayant subi des niveaux d’eutrophisation contrastés, et d’autre part à une échelle temporelle plus longue (2200 ans) pour deux lacs de typologie contrastée (lac du Bourget, France et Igaliku, Groenland). Les résultats acquis démontrent que des réarrangements des communautés s’opèrent de manière concomitante aux périodes climatiques (réchauffement médiéval, petit âge glaciaire, réchauffement récent), et que le réchauffement climatique au cours des 30 dernières années a plus particulièrement favorisé certains groupes, notamment la richesse et l’abondance des dinophycées (en condition non eutrophe ; lac d’Annecy et du Bourget). Toutefois l’effet de l’eutrophisation est identifié comme le facteur le plus structurant, notamment dans le lac du Bourget (cas d’eutrophisation marquée, ~120 µgP.L-1). La forte influence du niveau d’eutrophisation est détectée sur la communauté eucaryote totale et plus particulièrement sur des groupes spécifiques tels que les chlorophytes et les ciliés. Les réarrangements majeurs de la communauté sont par ailleurs marqués par la mobilisation de taxons rares dans l’assemblage microbien eucaryote suggérant le rôle de la biosphère rare dans la capacité tampon des écosystèmes. Ces travaux pluridisciplinaires comptent parmi les premières études paléogénétiques appliquées aux microbes eucaryotes lacustres, contribuant de manière inédite aux connaissances de leur dynamique temporelle à long terme. Ces études tendent à confirmer le potentiel de ces approches pour reconstituer une vaste diversité de communautés lacustres. Les perspectives qui se dessinent dans la continuité de ces travaux concernent à la fois des aspects méthodologiques autour de la calibration du signal ADN archivé et la nécessité de déployer cette approche pour des lacs (sélectionnés) de typologies et histoires écologiques variées. / Eutrophication and climate warming are key factors governing lake functioning. However, there is a lack of knowledge about the response of microbial eukaryotic communities to these forcing factors even though microbial eukaryotes represent a huge taxonomic and functional diversity within lacustrine trophic networks. Paleolimnology has a well-established reputation for providing valuable insights into the drivers of biological assemblages over long time scales. The emergence of DNA analyses of lake sediments opens up many new opportunities for the reconstruction of past lacustrine biodiversity, including taxa that do not leave distinct morphological fossils. The present work aimed (i) to gain knowledge about the preservation of microbial eukaryotes DNA in lacustrine sediments (ii) to apply DNA-based methods to dated sediments in order to reveal the long-term dynamics (centennial to millennial) of microbial eukaryotes related to climatic and anthropogenic changes. The results obtained for Lake Bourget demonstrated the good efficiency of planktonic DNA archiving in recent sediments for most of microbial groups (chrysophyceae, chytrids, chlorophytes, cercozoa, ciliates, dinophyceae …). In complement, the use of a unique collection of freeze cores of varved sediment (Lake Nylandssjön, Sweden) allowed to assess the effects of diagenetic processes on microbial eukaryotes DNA occurring during the first years of burying. While the richness of the microbial eukaryotic community was not impacted, modifications were detected on the community structure during the first 15 years after deposition, then the DNA signal became stable. The paleoecological approach was applied to quantify centennial to millennial-scale dynamics on two deep peri-alpine lakes selected for their contrasted trophic history (lakes Bourget and Annecy, France) and two lakes with contrasted typologies (Lake Bourget, France and Lake Igaliku, Greenland). The results showed that some community rearrangements were concomitant with climate events (i.e. medieval warming, little ice age, recent warming) and that the recent climatic warming (over the last 30 years) favored more particularly some microbial groups including the dinophyceae (in terms of richness and relative abundance, in lakes Annecy and Bourget). However, the eutrophication seemed to prevail as a driver of these biological assemblages, in particular for Lake Bourget submitted to a marked eutrophication (up to 120 µg P. L-1 in the 1970s). The strong impact of the eutrophication was detected both at the whole community level and for specific groups such as chlorophytes and ciliates. Major rearrangements within eukaryotes community were also marked by the mobilization of rare taxa suggesting an important role of the rare biosphere as a reservoir of diversity to buffer the impacts of environmental stress. This multidisciplinary work thus provide new insights into the long-term dynamics of microbial eukaryotes communities. Our results confirm the potential of the application of high-throughput sequencing to sedimentary DNA for the lacustrine biodiversity reconstruction. Although these approaches are promising for further revolutionizing our understanding of long-term ecological dynamics, careful calibration studies are still to be conducted, as with any paleolimnological proxy. The generalization of our results is also to be tested using a sufficient number of lakes selected for their specific typologies and ecological histories (multi-lakes approach).