L'objectif de notre thèse est d'appliquer la génomique en temps réel pour déchiffrer les caractéristiques génomiques bactériennes et les événements de recombinaison du génome des bactéries atypiques ainsi que leur impact sur les maladies infectieuses. Au cours de ma thèse, nous avons effectué une revue sur les outils bioinformatiques les plus courants utilisés en microbiologie clinique et mis en évidence l’impact de la recombinaison sur le comportement des bacteries. Le deuxième projet de notre thèse est de déchiffrer une epidémis de Staphylococcus saprophyticus causant des infections urinaires en utilisant la technologie MALDI-TOF MS et une analyse comparative du génome de S. saprophyticus pour comprendre leur évolution génomique. Nous avons démontré qu'il existe un groupe de S. saprophyticus géographiquement restreint à Marseille comparé au souches de Nice. De plus, nous avons montré que S. saprophyticus qui était initialement considéré comme une bactérie saprophyte a evolué pour devenir une bactérie pathogène à travers des recombinaisons massives et des « single nucleotide polymorphism », résultant d'une perte significative de gènes. Le troisième projet de notre thèse est une analyse comparative des génomes d'Enterococcus faecalis et d'E.faecium isolé chez l'homme, les animaux et l'environnement pour déchiffrer la différence de propagation et l'acquisition de déterminants antimicrobiens. Nous avons démontré qu'il existe une association directe entre l'absence de système CRISPR, la présence du gène ardA et l'acquisition de gènes de résistance à la vancomycine, qui différencient E. faecalis de E. faecium. Enfin nous avons decrit un nouveau genre bacterien Nissabacter. / The objective of our thesis is to applied the Real-time genomic approaches to decipher bacterial genomic features and genome recombination events of atypical bacteria and their impact on infectious diseases. During my thesis, we have reviewed the most common bioinformatics tools applicable in clinical microbiology and highlight how bacterial genome recombination have impacted their behaviour. The second project of our PhD is to decipher a community outbreak of Staphylococcus saprophyticus involved in (UTI) using MALDI-TOF MS technology and a comparative genome analysis of clinical and non-clinical S. saprophyticus to understand their genomic evolution. We demonstrated that there is a geographically restricted cluster of S. saprophyticus circulating in Marseille community as compared to Nice. Moreover, we showed that S. saprophyticus which was initially considered as a saprophytic bacterium has drifted to becoming a pathogenic bacterium through massive genome recombination and single nucleotide polymorphism events, resulting from a significant loss of genes. The third project of our work is a comparative genome evolutionary analysis of Enterococcus faecalis and Enterococcus faecium isolated from human, animals, and environment to decipher the difference in spread and the acquisition of antimicrobial determinants. We demonstrated that there is a direct association between the absence of CRISPR system, the presence of gene ardA and the acquisition of vancomycin resistance genes, which differentiate E. faecalis from E. faecium. Our final project was focused on the discovering of a new genus Nissabacter and its description.

Cette thèse s'inscrit dans la démarche de l'entreprise nke, visant à améliorer la qualité de la mesure du vent apparent et réel de ses centrales de navigations. Ces améliorations doivent profiter à ses utilisateurs mais également contribuer à la performance du pilote automatique. Dans un premier temps, est décrit le contexte spécifique à la mesure du vent depuis un voilier, et ses problématiques inhérentes. Suite à cette étude, deux types de verrous scientifiques ont été identifiés, à savoir : la mesure du vent sur le bateau par le senseur (lié à son design et à son modèle de réponse) et la chaîne de reconstruction du triangle de vent.Cette thèse propose donc, dans un premier temps, une nouvelle méthodologie pour le design de la girouette permettant de mettre en adéquation le profil du capteur avec les caractéristiques du bateau et son programme de navigation. Les contributions à l’amélioration de ce capteur aérien ont permis, d’une part, de diviser son temps de réponse par deux via l’optimisation de la forme de ses senseurs, et d’autre part, de fournir un signal utile 12 fois plus réactif, en appliquant des techniques de traitement du signal prédictif, intégrant la dynamique du capteur.Les travaux liés aux problématiques de reconstruction du vent réel en trois dimensions sont ensuite détaillés. Tout d'abord en s'intéressant aux normes et définitions des métriques qui lui sont associées, puis, en exposant les solutions permettant de prendre en compte les perturbations qui s'appliquent au vent apparent et réel dans la couche basse de l’atmosphère. Dans un second temps, les méthodes actuelles de reconstruction du vent réel sont étudiées. Cette analyse met en exergue le fait que ces corrections ne s’appliquent pas dans les bons référentiels. Pour pallier à ces problèmes, nous proposons une nouvelle approche de reconstruction du vent réel, mettant en œuvre les méthodes de corrections précédemment décrites.Ce manuscrit se termine par les apports au pilotage automatique. Ceux-ci prennent la forme d'un nouveau concept de "Mode Super", s’appliquant en sur-couche des modes de pilotage classiques. Leur rôle est d'améliorer la sécurité du pilotage pour le mode rafale et la performance pour le mode surf. Ces nouveautés ont été validées par des victoires en course, ont reçu un prix de l'innovation et a fait l'objet d'un dépôt de brevet pour le mode surf. Le pilote étant maintenant capable de barrer comme un humain dans les surfs. La dernière contribution apportée au pilote automatique concerne l'intégration d'un nouveau type de capteur : les penons électroniques.Enfin, le manuscrit contribue à l'appréhension de la globalité des problématiques et subtilités à prendre en compte, lorsque l'on développe ou utilise une centrale de navigation et un pilote automatique.Ces travaux ont mis en avant la forte corrélation entre les différents capteurs et données calculées par la centrale de navigation. Une avancée significative sur la précision de l'ensemble pourra être obtenue lorsque le concept du filtrage prédictif sera étendu et appliqué à la centrale de navigation dans sa globalité. / This thesis is part of NKE Marine’s attempts to improve the quality of apparent and real wind measurementsprovided by its navigation unit. These improvements are expected to benefit both users and improve autopilot performance. The first part describes the specific context of wind measurement on a sailboat, and the inherent issues. This study identified two knotty scientific problems: on-board wind measurements recorded by the sensor (linked to its design and response model) and how the wind triangle is reconstructed. The first objective of this thesis is therefore to propose a new methodology for the design of the wind vane that can match the sensor’s profile with the boat’s characteristics and its route planning. Improvements to this aerial sensor make it possible, on the one hand, to divide the response time by two (via the optimization of the shape of the sensors) and, on the other hand, to provide a useful signal that is twelve times more sensitive (via the application of predictive signal processing techniques that take account of sensor dynamics). Next, previous work on the problem of reconstructing three-dimensional true wind is described in detail. This part begins with a presentation of the relevant standards and definitions of metrics, before examining some solutions that can take account of perturbations in apparent and true wind in the lower layer of the atmosphere. The following part examines current methods for reconstructing true wind. This analysis highlights the fact that these corrections are not applied in the correct frames. To overcome these problems, we propose a new approach to the reconstruction of the true wind, which implements the corrections described above. This manuscript ends with a presentation of the contribution to auto piloting. Specifically, it takes the form of a new concept, termed Super Mode, which can be overlaid onto classical modes of piloting. The aim is to improve safety in gusty conditions (Gust mode), and performance when surfing (Surf mode). The value of this innovation has been proven by competition victories; it has received an innovation award, and Surf mode is the subject of a patent application. The pilot is now able to glide like a human surfer. The final contribution to the autopilot concerns the integration of a new type of sensor: electronic telltales. Finally, this manuscript contributes to our overall understanding of the problems and nuances that must be taken into account when developing or using a navigation unit and an autopilot. The work highlights the close correlation between the various sensors and the data calculated by the navigation unit. Significant improvements to the accuracy of both elements can be obtained when the concept of predictive filtering is extended and appliedto the navigation unit as a whole.

Dans les domaines critiques d'application de l'informatique, il peut être vital de disposer d'un génie logiciel qui soit capable de garantir le bon fonctionnement des systèmes produits. Dans ce contexte, la méthode B évènementielle promeut le développement de modèles abstraits du système à concevoir et l'utilisation de démonstrations formelles ainsi que de la relation de raffinement entre les modèles. Notre but est de pouvoir travailler sur des systèmes ayant des aspects temporels quantitatifs (propriétés et contraintes de temps) en restant au sein du cadre défini par la méthode B qui a déjà montré son efficacité par ailleurs, mais qui ne dispose pas de concepts spécifiques pour le temps. C'est ainsi que nous proposons l'introduction des contraintes de temps par le raffinement, ceci permet de respecter la philosophie de la méthode B et de systématiser cette approche par la formalisation de patrons de raffinement. Nos différentes modélisations du temps sont proposées sous la forme de patron à réappliquer sur le système à étudier. Nous pouvons donc étudier progressivement le système à partir d'une abstraction non-temporelle afin de le valider progressivement et de distribuer la difficulté de la preuve en plusieurs étapes. L'introduction des aspects temporels ne se fait que lorsque cela est nécessaire lors du processus de développement prouvé. Nous avons validé cette approche sur des études de cas réalistes en utilisant les outils logiciels de démonstration formelle de la méthode B. / Critical application domains of computer science require the use of software engineering methods that ensure that the resulting systems behave according to their intended functionality. In this context, the Event-B method uses an approach based on stepwise refinement, starting with abstract, high-level models of the system under development. The system models corresponding to different levels of abstraction are related by precise and formally proved refinement relations. Our goal is to extend this approach to systems whose requirements include quantitative real-time aspects (properties and temporal constraints). In this way, we benefit from the established qualities of the B method, while extending its scope to real-time aspects that it does not yet cover. More specifically, we propose to introduce time constraints by refinement, respecting the overall approach of the B method, and to systematize our approach by the use of refinement patterns. Different time models are represented by generic patterns that can be reused for the development of concrete systems. In this way we can gradually develop the system from a non-temporal abstraction and progressively validate its correctness, distributing the burden of proof is over several refinement steps. Temporal aspects are introduced step by step and only when necessary. We validated this approach using several real-world case studies, using the software tools for formal proof developed for the Event-B method.

Il s’agit d’une thèse menée en sciences de l’art, plus particulièrement en poïétique et esthétique, d’un praticien sculpteur qui réfléchi sur la notion du chaos et la surface dans la sculpture contemporaine. J’ai commencé par mon approche poïétique et celles des autres, comme ceux qui sont à l’origine de l’Arte Povera et du Land Art. Une partie graphique, consistera à traiter ce rapport à travers mon journal d’artiste, un journal du quotidien et du banal à travers le dessin, qui n’est pas seulement un moyen de représentation mais il est un outil de connaissance et de production le réel, il est aussi une façon d’explorer la nature et une manière de comprendre le chaos et de produire la surface. Pour la partie plastique, je sollicite l’utilisation de matériaux trouvés dans ma région natale. Ces matériaux sont touffus, pleins de branches entremêlées, aucune organisation n’est visible. Cette thèse ouvre la voie sur une réflexion qui met l’accent sur les notions du chaos et de la surface. Dans la première partie se pose la question de la création - recherche. Ensuite on a posé la question du chaos et de la surface d’une façon générale en appuyant la réflexion sur des références sûres comme celles de Reynal Sorel (Mythologie et philosophie grecques) Maurice Merleau-Ponty (phénoménologie), Gilles Deleuze et Clément Rosset (philosophie), Jacqueline Lichtenstein (Histoire de l’art et esthétique). Toujours chaos et surface vont ensemble, ils sont complémentaires. On a traité ce duel dans des cas particuliers, comme Auguste Rodin, Henry Moore, de Jean (Hans) Arp et d’artistes d’Arte Povera et du Land Art. / This is a thesis conducted in the science of art, especially in poetics and aesthetic s by a practitioner sculptor who reflected on the notion of chaos and the surface in contemporary sculpture. I started with my approach about poetics and that of other artists, such as those at the origin of the Arte Povera and Land Art. Some graphics will treat this report through my journal as an artist, a daily and banal journal, and through drawing, which is not only a means of representation but it is a tool of knowledge and the production of reality, it is also a way to explore nature and a way of understanding chaos and to produce the surface .The plastic part requests the use of materials found in my home area. These materials are dense, full of tangled branches, where there is no visible order. This thesis opens a discussion that focuses on the concepts of chaos and the surface. In the first part is the issue of creation - research. Then we dealt with the issue of chaos and the surface of a general reflection on supporting references such as Reynal Sorel (Greek mythology and philosophy) Maurice Merleau-Ponty (Phenomenology), Gilles Deleuze and Clément Rosset (philosophy), Jacqueline Lichtenstein (art history and aesthetics). Surface and chaos are always together, they are complementary .We treat this duel in special cases, such as Auguste Rodin, Henry Moore, Jean (Hans) Arp and artists of Arte Povera and Land Art.

Rares sont les occasions pour le père de faire entendre sa voix dans le roman français contemporain. Alors que le récit de filiation a pris une ampleur sans précédent dès les années 1980, offrant aux fils et aux filles la possibilité de questionner leur ascendance, la figure paternelle est de longue date sommée de garder le silence. Le fait n’est pas nouveau : la littérature fut à maintes reprises le témoin d’une paternité tenue à distance de l’intimité familiale, victime de l’image tenace d’un patriarche, autoritaire et injuste, progressivement dépossédée de ses pouvoirs par l’Histoire. À l’approche du XXIe siècle cependant, les sciences humaines manifestent un intérêt soudain pour le sujet ; considérant le silence du père, la sociologie, la psychologie, l’histoire mais aussi la littérature s’interrogent : quelle place, quel rôle et finalement quelle identité doivent être aujourd’hui accordés au père ? Parmi la rumeur grandissante, le principal intéressé, pressé de questions, peine à se hisser sur le devant de la scène pour prendre la parole. Il convient dès lors de prêter attention à l’exception du père-narrateur et d’enquêter sur les modalités d’une telle émergence dans le roman contemporain. L’analyse appuyée sur un corpus de romans de quatre écrivains – Philippe Forest, Laurent Mauvignier, Gisèle Fournier et Sylvie Gracia –, mêlant écrits fictifs et autobiographiques, a permis de définir les caractéristiques d’un phénomène inédit introduisant une réflexion nouvelle sur la paternité, en ce qu’elle répond de l’incertitude de l’individu contemporain, mais aussi de la paternité littéraire et des enjeux de l’écriture contemporaine. L’étude pose pour cela dans un premier temps les contextes historiques et génériques de la paternité en confrontant les points de vue proposés par les sciences humaines et ceux résultant de l’approche littéraire. La structure de la narration paternelle est ensuite observée de manière à comprendre comment advient la parole du père et le fonctionnement spécifique de celle-ci. Enfin la dernière partie s’attarde sur la singularité de la voix paternelle et sur ce qui, visant à rendre compte du réel, s’apparente à un jeu littéraire sans fin, entraînant côte à côte, écrivain, personnages et lecteur. / In the contemporary French novel, the father has few opportunities to be heard. While there have been an increasing number of stories about filiation since the 1980's, giving sons and daughters the possibility of questioning their ancestry, the father figure remains silent. Nothing is new here: literature often shows the father being kept away from the private sphere of family life, the father being a victim of the enduring patriarchal image and of his lost authority. At the turn of the 21st century, however, the humanities and social sciences suddenly began to take an interest in the topic. Looking at the father's silence, sociology, psychology, history, and also literature ask the question: what place, what role, and, in the end, what identity should be given to the father? In the midst of this growing discussion, the key player pressed by questions struggles to make his way into the foreground and take the floor. If eventually he introduces himself as a narrator, this should be noted and the forms of such an emergence in the contemporary novel should be investigated. An analysis based on the novels of four writers – Philippe Forest, Laurent Mauvignier, Gisèle Fournier et Sylvie Gracia – blending fictional and autobiographical works, allows us to define the features of an unprecedented phenomenon leading to new ideas about being a father today in terms of how it reflects the uncertainty of the individual in society, and also about the authorship of the work (“paternity”) and its issues in contemporary writing. This study first lays out historical and generic contexts of fatherhood by addressing the points of view offered by the social sciences and those derived from the literary approach. The structure of the paternal narration is then observed in such a way to allow an understanding of what's behind the father's words and how they work. Finally, the last chapter focuses on the singularity of the paternal voice and on that which, attempting to take account of reality, lends itself to an endless literary game, carrying away author, characters, and readers

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Mémoire numérisé par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Cette thèse se situe dans le contexte des réseaux de communication temps-réel et son objectif est de proposer une architecture de communication pour la sous-couche MAC, qui définit des mécanismes pour assurer les contraintes temporelles du trafic temps-réel. Tout d'abord, une classification des protocoles MAC temps-réel existants, en mettant en exergue l'aspect ordonnancement de flux de messages ou ordonnancement de stations, est effectuée. En particulier, le protocole "jeton temporisé" et des mécanismes de la norme "ISA SP-50 / IEC-65C" sont détaillés. Ensuite, des contributions sur les mécanismes d'ordonnancement et les mécanismes protocolaires sont développées, à la fois en termes conceptuels et en termes de réflexions sur les normes existantes: proposition d'un algorithme non-préemptif ED avec, en particulier, une extension des conditions classiques d'ordonnançabilité; définition d'un algorithme de changement de mode de fonctionnement pour un système ordonnancé par l'algorithme RM; définition d'un protocole appelé "jeton temporisé régulier" qui améliore les performances temps-réel du protocole "jeton temporisé"; définition des conditions d'ordonnançabilité du trafic apériodique urgent dans le réseau FIP et proposition de deux profils de fonctionnement temps-réel pour le réseau Profibus. Enfin, nous proposons, modélisons avec le modèle "Réseaux de Petri Temporisés Stochastiques" et évaluons une architecture de communication pour la sous-couche MAC de réseaux locaux temps-réel. Cette architecture met en ¿uvre, de manière centralisée, un ordonnancement conjoint des trafics périodique et apériodique temps-réel, sur la base d'un algorithme non-préemptif pour le trafic périodique et d'une technique de jeton temporisé pour le trafic apériodique temps-réel. L'analyse permet, d'une part, d'évaluer l'ordonnancement en termes de taux d'utilisation permis et des limites de l'ordonnançabilité et, d'autre part, de montrer tout l'intérêt des modèles "Réseaux de Petri Temporisés Stochastiques" pour représenter et évaluer automatiquement l'ordonnançabilité d'un ensemble de configurations de flux de messages.

Les fissures et les nids-de-poule sont des défauts très présents sur les routes du réseau routier québécois. Un bon contrôle de la qualité lors de la pose de l’enrobé bitumineux permet de diminuer les risques d’apparition de ces défauts. Le ministère des Transports du Québec (MTQ) utilise la thermographie infrarouge afin de détecter les zones non conformes, soit celles qui deviendront des nids-de-poule ou des fissures. Des variations thermiques sur l’image infrarouge permettent la détection de ces zones. Toutefois, les logiciels utilisés par le MTQ ne sont pas appropriés pour détecter les zones non conformes. Ce mémoire présente deux méthodes de détection automatique des zones non conformes. La première permet l’analyse des images prises par une caméra thermique alors que la seconde permet d’analyser en continu les données provenant d’un scanneur infrarouge. Ces deux méthodes utilisent des techniques de segmentation afin de détecter les zones non conformes. Elles permettent l’analyse automatique des données sans qu’aucune intervention humaine ne soit nécessaire.

Ce mémoire présente une comparaison de deux algorithmes de reconnaissance de plan, soit YAPPR (Yet Another Probabilistic Plan Recognizer) et PR-Plan (Plan Recognizer as Planning). Afin de comparer les algorithmes, nous avons voulu utiliser un domaine plus complexe et réaliste que ceux utilisés jusqu’à présent. Pour ce faire, nous avons établi un protocole de comparaison en utilisant le concept d’observation in situ. Nous avons utilisé le jeu de stratégie en temps réel StarCraft comme environnement de simulation. Puis, nous avons créé un agent jouant à StarCraft qui utilise la reconnaissance de plan comme élément central pour le système de prise de décision. Pour valider que notre principe d’observation in situ fonctionne, nous avons créé des agents témoins et exécuté de nombreuses simulations.