El estudio de las comunidades de cianobacterias en la cuenca del río Muga permite profundizar en la búsqueda de factores que favorezcan o inhiban la acumulación intracelular de microcistinas y su liberación al medio externo en condiciones oligotróficas o con leves signos de eutrofia, al tiempo que permiten aportar nuevos conocimientos que ayuden a mejorar el entendimiento de los mecanismos y procesos que participan en la dinámica de las comunidades de cianobacterias bentónicas y las microcistinas asociadas en ecosistemas fluviales mediterráneos. Se ha realizado un estudio de la estructura y variabilidad de las comunidades de cianobacterias durante un ciclo anual completo mediante muestreos mensuales y muestreos con menor periodicidad durante un segundo ciclo posterior. Dichos muestreos han permitido observar diferentes patrones espacio-temporales a lo largo de todo el período de estudio en los 4 puntos de muestreo seleccionados en la cuenca del río Muga. Estos 4 tramos incluyen 1 punto regulado:aguas abajo del embalse de Boadella, y 3 sin regular:2 cabeceras y un punto aguas abajo de la población de Albanyà. Se han identificado un total de 34 especies de cianobacterias bentónicas en las 4 zonas estudiadas, predominando siempre especies de aguas limpias o poco alteradas. Dos especies, Rivularia biasolettiana (zonas más limpias y expuestas) y Phormidium retzii (sonas esciáfilas o con alta velocidad de corriente), resultan dominantes en gran parte de ellas. Se han reconocido un total de 6 microcistinas acumuladas intracelularmente en la comunidad bentónica de cianobacterias, identificando 3 de ellas: MC-RR, MC-LR y MC-YR. La concentración de microcistinas intracelulares ha disminuído a lo largo del eje principal del río Muga, determinada por diferentes factores físicos, químicos y biológicos. A nivel general, la acumulación total de microcistinas intracelulares ha estado asociada a un aumento de la temperatura del agua, un descenso en la diversidad de la comunidad de cianobacterias y pequeños incrementos de la concentración de fósforo disuelto en el agua. En cuanto a la liberación de microcistinas, ha estado vinculada a distintas perturbaciones soportadas por la comunidad cianobacteriana, tanto asociadas a factores físicos naturales como antrópicos. / The study of cyanobacteria communities in the Muga River basin enables further search for factors that promote or inhibit the intracellular accumulation of microcystins and their external release in oligotrophic or sligthly eutrophic conditions. At the same time, it provides new knowlodge to improve the understanding of the mechanisms and proccesses involved in the community dynamics of benthic cyanobacteria and associated microcystins in Mediterranean River ecosystems. A two-year study of the structure and variability of cyanobacterial communities was carried out: monthly sampling during the first annual cycle and lower frequency sampling during the second cycle. This allows observing the different spatial-temporal patterns over the study period in the 4 selected sampling points in the Muga River basin. These 4 points comprise 1 regulated point downstream of the Boadella reservoir, and 3 unregulated points, namely 2 headers and a thrid one downstream of Albanyà village. A total of 34 species of benthic cyanobacteria were identified in the 4 studied areas. The predominant species were linked to clear waters or slightly altered areas. 2 species were dominant in most of them: Rivularia biasolettiana (in cleaner and exposed areas) and Phormidium retzii (in unexposed areas or with high flow velocity).In the benthic community of cyanobacteria, a total of 6 intracellular microcystins were detected. 3 of them were identified: MC-RR, MC-LR and MC-YR. The accumulation of intracellular microcystins decrease along the stream as determined by different physical, chemical and biological factors. At a general level, the total accumulation of intracellular microcystins was associated with an increase in water temperature, a decrease of benthic cyanobacterial diversity and small increases in the concentration of dissolved phosphorus in the water. On the other hand, microcystins release was linked to the effects of different physical disturbances on the cyanobacterial community, wether of natural or anthropical origin.