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In S. cerevisiae, the ribosomal DNA locus is silent for RNA polymerase II (Pol II) transcription and recombination (rDNA silencing). Our goal is to understand how histones and histone-modifying enzymes regulate the silent chromatin at the rDNA locus. Sir2, a NAD+-dependent histone deacetylase, is required for rDNA silencing. To understand how Sir2 regulates rDNA silencing, we performed chromatin immunoprecipitation to measure the association of modified histones across the rDNA repeat in wild-type and sir2Δ cells. We found that in sir2Δ cells, histone H3 at the rDNA became hyperacetylated and hypermethylated. High levels of K4-methylated H3 correlate with Pol II transcription. Consistent with this, we found that the nontranscribed spacer (NTS) region was transcribed by Pol II in sir2Δ cells. To investigate if transcription of the NTS region regulates rDNA silencing, we overexpressed this region both in trans and in cis. Our data showed that overexpression of the NTS region in cis caused Pol II silencing defect and hyperrecombination at the rDNA. These data suggest that Sir2 contributes to maintain the silent chromatin at the rDNA by repressing Pol II transcription in the NTS region. We also found that the NTS transcripts could be translated in vitro and that they copurified with polysomes, suggesting that the transcripts may encode proteins or that the transcripts are somehow involved in the process of translation. Additionally, we examined the role of linker histone H1 in regulating rDNA silencing. We found that, unlike Sir2 that represses both Pol II transcription and recombination, histone H1 only represses recombination at the rDNA. The hyperrecombination defect at the rDNA is more severe in sir2Δ hho1Δ double mutant than in either single mutant, suggesting histone H1 and Sir2 act independently. Consistently, hho1Δ cells did not accumulate extrachromosomal rDNA circles (ERCs) or the Holliday junction intermediates, which accumulate in sir2Δ cells. These data suggest that histone H1 and Sir2 regulate different recombination pathways. In summary, my research has provided insight into the mechanism of how silent chromatin at the rDNA locus is regulated, which will help us understand how fundamental components of chromosomes affect gene expression and genome stability.

Abstract Acetes is a kind of macroholozooplankton. We can use the "genetic analysis to know its evolution, zooplankton population structure and taxa. The step is :ampified the 16S rDNA of the mitochondrial DNA and the COI fragment DNA in Acetes, and then sequence. We get the genetic distance between species of the 16S rDNA is 2.65~13.16%, and it's 1.43~25.42% of the COI fragment gene in Acetes. These results show that the diversity of COI fragment DNA in Acetes is more than the 16S rDNA of the mitochondria DNA. If we translated the COI gene DNA to amino acid sequence, the genetic distance between species of the amino acid sequence is about 1.83%~8.97%. By the way, we know that the genetic distance between species of the amino acid sequences are clearly less then the DNA sequences. Using the genetic data, we constructure a phylogenetic tree. The tree divided the Acetes into two group : Japonicus group and Erythraeus group, we can find the Acetes japonicus is the most permitive species and the A. erythraeus is the last specation species in the Acetes under the DNA sequences. But under the tree which was made from the amino acid sequence, we found the Acetes erythraeus is the most permitive species in the Acetes. The genetic distance between A. intermedius and A. erythreaus were 5.44% and 18.01% of the 16S rDNA and COI gene which indicated that the A. intermedius is true species. The population of A. japonicus between Japon Sea and Taiwan showed 0.24% and 2.36% of the 16S rDNA and COI gene that reveled two population should have gene-flow. The populations diversity of the A. intermedius in Taiwan showed the same way which had no different and the populations in Taiwan should be a single population.

Abstract Recent researches have pointed out that most of marine bacteria are uncultivable. However, majority of prior researches about bacteria flora in cultivated ponds used cultivating method to researches. That means those researches ignored uncultivable bacteria in ponds and caused inaccuracy in counting bacteria. Therefore we used analyzing bacteria 16S rDNA sequences to study composition of bacteria in cultivated ponds in place of traditional bacteria taxonomy. The phylogenetic diversity of bacteria examined by analyzing the 16S rDNA sequences permits the characterization of environmental bacteria community without culturing and has been used widely. This research is to adopt both MMA medium cultivation and direct recovery of bacteria 16S rDNA sequences to investigate bacteria flora in a closed Penaeus monodon pond. We sampled from A2 (10¡Ñ8¡Ñ1.5m) test pond at the Department of Marine Resource in Sun Yat-Sen University on August 17, 1999. Then, we adopted AO (Acridine Orange) epifluorescent microscopic technique to count total direct count (TDC) and direct count of viable bacteria cell (DVC). Respective results were 2.846¡Ñ107/ml, 1.029¡Ñ107/ml, and plate count (PC) determined by MPN count method were 1.130¡Ñ105cfu/ml. In the part of cultivable bacteria, they could be separated into 9 groups by their morphologic after culturing in MMA plate at 25¢Jfor 5 days. We isolated 15 strains to analyze their 16S rDNA sequences, and separated respectively into 4 groups after comparing with the genebank. Those four groups are CFB group, low G+C Gram-positive bacteria, Alpha proteobacteria and Gamma proteobacteria. The genus Vibrio (47%) in the Gamma proteobacteria group is the dominant. In the part of uncultivable bacteria, we filtered bacteria from the water in the same pond, amplified the 16S rDNA by the polymerase chain reaction (PCR) and then cloned. After that, we randomly isolated 40 clones for sequence analysis. The bacteria belong to following groups, cyanobacteria, CFB group, Verrucomicrobia, Gram-positive eubacteria, Alpha proteobacterium, Beta proteobacterium, Gamma proteobacterium and Delta proteobacterium.

16S rDNA sequences from 23 heterocytous cyanobacteria were obtained and phylogenetic tree from these sequences and sequences available in the GenBank was constructed. Relationships between traditional taxonomy and phylogenetic clusters were discussed.

Phytoplasmas are bacterial intracellular plant pathogens that cause devasting yield losses in diverse crops worldwide. Phytoplasmas were detected in clover and Catharanthus roseus plants, pear, apple and apricot trees. SecA and 16S rRNA genes, spacer region and 23S rRNA gene of five phytoplasma isolates were sequenced.

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Made available in DSpace on 2014-06-12T15:06:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo6501_1.pdf: 1617200 bytes, checksum: e5a68fbfbb29e41b26c17f9a11633a17 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / Os fungos micorrízicos arbusculares (FMA, Glomeromycota) proporcionam ao hospedeiro melhor condição nutricional e maior resistência a estresses de origem biótica e abiótica. Apesar de amplamente distribuídos nos ecossistemas terrestres, as dificuldades na identificação prejudicam o estudo da diversidade ambiental dos FMA e o conhecimento sobre a ocorrência destes fungos em áreas de Caatinga, embora ainda escasso, aponta para alta representatividade de espécies. Este trabalho teve como objetivo ampliar as informações sobre a ecologia e a diversidade de FMA em área de Caatinga nativa no semi-árido nordestino (no município de Caruaru PE). A partir de amostras de solo coletadas durante os períodos chuvoso (março/2008) e de estiagem (setembro/2008), foram avaliados os atributos microbiológicos (respiração basal do solo, atividade de desidrogenase, matéria orgânica, número de esporos de FMA, colonização micorrízica e produção de proteínas do solo relacionadas à glomalina) e identificadas as espécies de FMA, sendo também analisadas sequências parciais da SSU (small subunit) rDNA de algumas espécies para confirmar a identidade morfológica das mesmas. A comunidade de FMA, a atividade da desidrogenase e a quatidade de matéria orgânica no solo diferiram entre os períodos de coleta, influenciadas pelas flutuações climáticas. No entanto, para a respiração basal do solo e a produção de proteína relacionada à glomalina não houve diferença significativa entre as estações climáticas. Foram identificadas 43 espécies de FMA, sendo Acaulospora e Glomus os gêneros predominantes. A árvore filogenética obtida indica que a sequência parcial da SSU rDNA utilizada é viável para confirmar a identificação morfológica de Acaulospora morrowiae, Ambispora appendicula, Entrophospora infrequens e Racocetra intraornata. Com base nos resultados conclui-se que as flutuações climáticas e as condições do solo podem influenciar a comunidade de FMA e a distribuição de suas espécies. Os resultados fornecem, ainda, evidências que comprovam a alta diversidade de FMA na Caatinga. Estudos que incluam aspectos morfológicos e moleculares são importantes para se obter uma visão mais completa da biologia e taxonomia desses fungos, resultando em identificações mais precisas dos organismos e melhor análise da diversidade dos FMA

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:49:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo122_1.pdf: 1261966 bytes, checksum: a8db3a9221d5dc1a777acd2023ffa373 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A tuberculose (TB) continua a ser um grave problema de saúde pública. O Brasil, segundo a Organização Mundial da Saúde, ocupa o 18º lugar entre os 22 países responsáveis por 80% do total de casos de tuberculose no mundo. O diagnóstico definitivo da tuberculose é dado pela presença do bacilo através da baciloscopia ou cultura. A cultura apresenta uma sensibilidade maior comparada à baciloscopia, porém necessita de quatro a oito semanas para a multiplicação do bacilo, retardando o diagnóstico definitivo da doença, e os resultados muitas vezes não informam de maneira adequada o direcionamento das decisões clínicas. Os métodos moleculares são úteis para diagnóstico e estudos epidemiológicos da tuberculose. A tipagem molecular é, assim, uma ferramenta epidemiológica importante no controle das infecções. Regiões do genoma do Mycobacterium contém informações específicas da espécie ou mesmo de variantes de cepas. As regiões espaçadoras que separam os gene codificados pelo 16S, 23S e 5S caracterizadas por um alto grau de variação de seqüência e tamanho, tanto a nível de gênero quanto espécie. Esta diversidade deve-se, principalmente, a variação no número e no tipo de seqüência do tRNA encontrada no interior das regiões espaçadoras, sendo exploradas em estudos discriminatórios. O objetivo do estudo é identificar as cepas de Mycobacterium spp. através da técnica de PCR utilizando como alvo a região espaçadora 16S-23S rDNA (ITS-PCR). Para isso foram utilizadas cepas de micobactérias isoladas de meio de cultura específico, provenientes de amostras clínicas coletadas de pacientes diagnosticados com tuberculose doença e infecção por outras micobactérias, encaminhados de hospitais públicos do estado de Pernambuco, para confirmação diagnóstica laboratorial através dos exames convencionais de baciloscopia e cultura. A identificação dos bacilos foi realizada observando a velocidade de crescimento da(s) colônia(s) e pela provas bioquímicas (niacina, catalase, PNB e TCH). As micobactérias não tuberculosas foram identificadas utilizando a técnica molecular de PRA-hsp65, através da colaboração com o Laboratório de Micobactérias da Universidade Federal do Rio de Janeiro. Foram analisados 20 isolados clínicos confirmados por testes bioquímicos e fenotípicos, a maioria proveniente de enfermaria (65%). A média de idade dos pacientes foi de 38,5, estando dentro da média nacional, entre 20 e 49 anos. A maioria sendo do sexo masculino, 65% (n=13), que se justifica por ser o grupo mais exposto à doença. A ITS-PCR e PRA-hsp65 apresentaram concordância de 85,7% e 100%, respectivamente. O sistema de ITS-PCR foi capaz de identificar as cepas de Mycobacterium spp. isoladas em meio de cultura. A ITS-PCR se mostra uma ferramenta útil para auxiliar na diferenciação das infecções causadas por TB e por MNT e pode ser utilizada como ferramenta molecular complementar no diagnóstico diferencial quando os testes convencionais apresentam-se inconclusivos

Made available in DSpace on 2014-06-12T15:03:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo4508_1.pdf: 1458454 bytes, checksum: 0c53455d7cfc72d046c40e56f6e553e0 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2004 / Os fungos micorrízicos arbusculares formam associação simbiótica com a maioria das plantas. A partir de dados de SSU rDNA, esses fungos foram recentemente agrupados em um novo filo (Glomeromycota); no entanto, ainda existem lacunas acerca da sua classificação. Os objetivos desse trabalho foram: a) determinar as relações evolutivas em Glomeromycota a partir de dados morfológicos e moleculares, construindo árvores filogenéticas; b) propor novas hipóteses nas relações filogenéticas do grupo, bem como a utilização de outros genes, além do rDNA, na sua avaliação cladística; c) contribuir para o diagnóstico de espécies em Gigaspora; d) desenvolver chaves para identificação de espécies em Scutellospora. Seqüências parciais de LSU rDNA, bem como dados morfológicos foram usados na filogênese de Glomeromycota. As árvores obtidas indicaram que: o filo é monofilético, Paraglomeraceae é um grupo basal, Acaulosporaceae e Gigasporaceae estão unidos em um mesmo clado e Glomeraceae é polifilético, como descrito em trabalhos anteriores. Entretanto, apesar dos resultados suportarem a maioria dos dados mostrados por outros autores, outras espécies precisam ser avaliadas para determinação de grupos ainda não resolvidos no filo. Também foram analisadas seqüências de possíveis genes mitocondriais para avaliação filogenética de Gigaspora e ao menos uma das seqüências se mostrou filogenéticainformativa. Para facilitar o processo de identificação das espécies em Scutellospora, chaves dicotômicas foram construídas a partir de dados morfológicos. Além disso, um primer espécie-específico foi desenhado para G. albida, pois esta espécie tem sido, morfologicamente, confundida com outras (G. margarita e G. rosea), do mesmo gênero