Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-24T19:54:24Z No. of bitstreams: 1 DANIELA BANDEIRA BRANCANTE MACHADO.pdf: 2047398 bytes, checksum: 1cec6e270d15258ed364f6eda08606e9 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-24T19:54:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DANIELA BANDEIRA BRANCANTE MACHADO.pdf: 2047398 bytes, checksum: 1cec6e270d15258ed364f6eda08606e9 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Vírus Sincicial Respiratório (VSR) humano pertence à família Paramyxoviridae sendo o principal patógeno causador de infecções do trato respiratório inferior, em crianças menores de cinco anos, em todo o mundo. Esse vírus infecta aproximadamente 90% das crianças menores de dois anos e embora há mais de 20 anos o desenvolvimento de uma vacina tenha sido estudado, ainda não há nenhuma eficiente e segura. O VSR é classificado em grupos A e B, com uma variabilidade, entre eles, em torno de 50% de aminoácidos da proteína G. Existem diferentes genótipos dentro de cada grupo que também são identificados pela proteína G. Essa proteína, que tem de 282 a 319 aminoácidos dependendo do grupo, é uma glicoproteína que promove a adsorção do vírus à célula. A variabilidade está concentrada no ectodomínio, que consiste em duas regiões variáveis separados por uma região conservada, presente em ambos os grupos. O VSR possui uma enzima RNA polimerase que catalisa a reação RNA polimerase RNA dependente (RpRd) e é alvo de ação do antiviral ribavirina. A maior subunidade dessa enzima é a proteína L que apresenta seis blocos conservados identificados de I a VI, flanqueados por sequências variáveis. Nos blocos II e III encontramos os sítios de ligação de RNA genômico e o sitio ativo da polimerase viral, respectivamente. O objetivo desse estudo foi identificar os genótipos de VRS, bem como sua diversidade genética no que diz respeito aos genes G e L, em crianças menores de cinco anos com infecções respiratórias. Para isso, realizamos um estudo retrospectivo no qual aspirado de nasofaringe positivo para VSR pelas metodologias de Imunofluorescência Indireta ou RT-PCR dos estados do Rio de Janeiro (2006 a 2010) e do Rio Grande do Sul (2009) foram utilizados. Os últimos dois terços do gene G foram sequenciados em 125 amostras, nas quais 74 eram VSR A e 51 amostras eram VSR B. Enquanto para o gene L, foram sequenciados os blocos II e III de 28 amostras. Observamos que a maioria das amostras do grupo A pertencem ao genótipo GA2 e apenas três ao genótipo GA5, enquanto no grupo B a maioria das amostras era do genótipo BA e cinco amostras do genótipo GB3. Identificamos diversos polimorfismos no gene G; enquanto no gene L, os blocos II e III, amplamente conservados, os polimorfismos foram sinônimos na sequência de nucleotídeos. / Respiratory Syncytial Virus (RSV) belongs to the family Paramyxoviridae human being the main causative pathogen of lower respiratory tract infections in children under five years worldwide. This virus infects approximately 90% of children under two years and although there are more than 20 years developing a vaccine has been studied, there is still no effective and safe. RSV is classified into groups A and B, with variability between them, around 50% amino acid protein G. Different genotypes within each group are also identified by protein G. This protein, which has 282 to 319 amino acids depending on the group, is a glycoprotein that promotes the adsorption of the virus to the cell. The variability is concentrated in the ectodomain, which consists of two variable regions separated by a conserved region present in both groups. RSV has an RNA polymerase enzyme that catalyzes the reaction RNA dependent RNA polymerase (RpRd) and is the target of action of the antiviral ribavirin. The largest subunit of this enzyme is protein L which has six conserved blocks identified from I to VI, flanked by variable sequences. In blocks II and III we find the binding sites and active site genomic RNA viral polymerase, respectively. The aim of this study was to identify the genotypes of RSV, as well as their genetic diversity with respect to G and L genes in children under five years with respiratory infections. For this, we conducted a retrospective study in which nasopharyngeal aspirate positive for RSV by indirect immunofluorescence methods or RT-PCR in the states of Rio de Janeiro (2006-2010) and Rio Grande do Sul (2009) were used. The last two thirds of the G gene were sequenced in 125 samples in which 74 were RSV A and RSV B. 51 samples were As for the L gene, were sequenced blocks II and III of 28 samples. We note that most of the samples belong to group A genotype GA2 and only three genotype GA5, while in group B was most samples the genotype AB and five samples of genotype GB3. Identified several gene polymorphisms G, while the L gene, blocks II and III, largely preserved in the polymorphisms were synonymous nucleotide sequence.

A bactéria Escherichia coli é encontrada em diversos habitats e deve estar preparada para sobreviver e crescer em condições desfavoráveis. A adaptação da bactéria a diferentes condições obriga-a a controlar a expressão de genes de forma eficiente. Uma das formas primárias de controle de expressão gênica é a competição entre os diversos fatores sigma pela ligação ao cerne da RNA polimerase. <font face=\"Symbol\">d70 é o fator sigma mais abundante e participa da transcrição da maioria dos genes de E. coli, enquanto que <font face=\"Symbol\">dS é o segundo em importância e reconhece promotores de genes relacionados à resposta geral ao estresse. O gene rpoS, que codifica para <font face=\"Symbol\">dS é altamente polimórfico, e adquiri mutações frequentemente. A mutação pontual C<font face=\"Symbol\">&#174;T na posição 97 da ORF de rpoS, resulta em um códon de parada TAG (âmbar). Um Shine-Dalgarno alternativo e um códon de início de tradução na posição 157 dá início a uma proteína RpoS truncada, que é parcialmente funcional. Uma das situações de estresse na qual <font face=\"Symbol\">dS é ativado corresponde à privação de fosfato inorgânico. Porém, na limitação deste nutriente ocorre também a ativação do regulon PHO, cujos genes são predominantemente transcritos por <font face=\"Symbol\">d70. Neste trabalho, o efeito da versão truncada de RpoS sobre a expressão de genes dependentes de <font face=\"Symbol\">d70 (lacZ, phoA e pstS) e de genes dependentes de <font face=\"Symbol\">dS (osmY e proU) foi testado. Foram também realizados ensaios de estresse oxidativo, osmótico e pelo frio. O perfil de atividade parcial descrito para RpoSam pôde ser observado em alguns casos, porém em outros o comportamento deste alelo se assemelhou ao do mutante rpoS nulo. Paralelamente, foi testada também uma cepa de E. coli que carrega a mutação âmbar em rpoS, mas esta é suprimida, resultando na expressão de uma proteína RpoS normal. A proteína RpoS truncada não pôde ser visualizada em immunoblots, provavelmente porque esta é traduzida de forma pouco eficiente a partir do Shine-Dalgarno alternativo. Com o objetivo de incrementar a detecção de RpoS em ensaios de imuno-detecção, foi inserida por recombinação alélica uma etiqueta SPA altamente imunogênica na porção C-terminal da proteína. / Escherichia coli can be found in many different habitats and has to be prepared to survive and grow under unfavorable conditions. Bacteria adaptation to different growth conditions requires an efficient control of gene expression. One of the primary forms of gene expression control is the competition between different sigma factors for the binding to the core RNA polymerase. <font face=\"Symbol\">d70 is the most abundant sigma factor and participates in the transcription of most E. coli genes. <font face=\"Symbol\">dS is the second one in importance and recognizes promoters of genes related to the general stress response. The rpoS gene, which encodes <font face=\"Symbol\">dS, is highly polymorphic and acquires mutations very often. The transition C<font face=\"Symbol\">&#174;T at position 97 in the rpoS ORF results in a stop codon TAG (amber). Due to the presence of an alternative Shine-Dalgarno and a translation initiation codon at position 157 a truncated RpoS protein that is partially functional is translated. One of the stress situations that <font face=\"Symbol\">dS is activated is the starvation for inorganic phosphate. Phosphate limitation also triggers the activation of the PHO regulon, whose genes are predominantly transcribed by <font face=\"Symbol\">d70. In the present study, the effect of the truncated version of RpoS on the expression of <font face=\"Symbol\">d70 dependent genes (lacZ, phoA e pstS) and <font face=\"Symbol\">dS dependent genes (osmY e proU) was tested. Bacteria were also assayed for sensitivity to oxidative, osmotic and cold stress. The profile of partial activity described for the truncated RpoS could be observed in some cases, while in others the behavior of this allele resembled the rpoS null mutant. In parallel, an E. coli strain which suppresses the amber mutation in RpoS, resulting in the expression of a normal protein was also tested. A band correponding to the truncated RpoS could not be detected in immunoblots probably due to inefficient translation from the alternative Shine-Dalgarno. To improve the detection of RpoS, a highly immunogenic SPA tag was inserted in the C-terminal region of the protein.

A bactéria Escherichia coli é encontrada em diversos habitats e deve estar preparada para sobreviver e crescer em condições desfavoráveis. A adaptação da bactéria a diferentes condições obriga-a a controlar a expressão de genes de forma eficiente. Uma das formas primárias de controle de expressão gênica é a competição entre os diversos fatores sigma pela ligação ao cerne da RNA polimerase. <font face=\"Symbol\">d70 é o fator sigma mais abundante e participa da transcrição da maioria dos genes de E. coli, enquanto que <font face=\"Symbol\">dS é o segundo em importância e reconhece promotores de genes relacionados à resposta geral ao estresse. O gene rpoS, que codifica para <font face=\"Symbol\">dS é altamente polimórfico, e adquiri mutações frequentemente. A mutação pontual C<font face=\"Symbol\">&#174;T na posição 97 da ORF de rpoS, resulta em um códon de parada TAG (âmbar). Um Shine-Dalgarno alternativo e um códon de início de tradução na posição 157 dá início a uma proteína RpoS truncada, que é parcialmente funcional. Uma das situações de estresse na qual <font face=\"Symbol\">dS é ativado corresponde à privação de fosfato inorgânico. Porém, na limitação deste nutriente ocorre também a ativação do regulon PHO, cujos genes são predominantemente transcritos por <font face=\"Symbol\">d70. Neste trabalho, o efeito da versão truncada de RpoS sobre a expressão de genes dependentes de <font face=\"Symbol\">d70 (lacZ, phoA e pstS) e de genes dependentes de <font face=\"Symbol\">dS (osmY e proU) foi testado. Foram também realizados ensaios de estresse oxidativo, osmótico e pelo frio. O perfil de atividade parcial descrito para RpoSam pôde ser observado em alguns casos, porém em outros o comportamento deste alelo se assemelhou ao do mutante rpoS nulo. Paralelamente, foi testada também uma cepa de E. coli que carrega a mutação âmbar em rpoS, mas esta é suprimida, resultando na expressão de uma proteína RpoS normal. A proteína RpoS truncada não pôde ser visualizada em immunoblots, provavelmente porque esta é traduzida de forma pouco eficiente a partir do Shine-Dalgarno alternativo. Com o objetivo de incrementar a detecção de RpoS em ensaios de imuno-detecção, foi inserida por recombinação alélica uma etiqueta SPA altamente imunogênica na porção C-terminal da proteína. / Escherichia coli can be found in many different habitats and has to be prepared to survive and grow under unfavorable conditions. Bacteria adaptation to different growth conditions requires an efficient control of gene expression. One of the primary forms of gene expression control is the competition between different sigma factors for the binding to the core RNA polymerase. <font face=\"Symbol\">d70 is the most abundant sigma factor and participates in the transcription of most E. coli genes. <font face=\"Symbol\">dS is the second one in importance and recognizes promoters of genes related to the general stress response. The rpoS gene, which encodes <font face=\"Symbol\">dS, is highly polymorphic and acquires mutations very often. The transition C<font face=\"Symbol\">&#174;T at position 97 in the rpoS ORF results in a stop codon TAG (amber). Due to the presence of an alternative Shine-Dalgarno and a translation initiation codon at position 157 a truncated RpoS protein that is partially functional is translated. One of the stress situations that <font face=\"Symbol\">dS is activated is the starvation for inorganic phosphate. Phosphate limitation also triggers the activation of the PHO regulon, whose genes are predominantly transcribed by <font face=\"Symbol\">d70. In the present study, the effect of the truncated version of RpoS on the expression of <font face=\"Symbol\">d70 dependent genes (lacZ, phoA e pstS) and <font face=\"Symbol\">dS dependent genes (osmY e proU) was tested. Bacteria were also assayed for sensitivity to oxidative, osmotic and cold stress. The profile of partial activity described for the truncated RpoS could be observed in some cases, while in others the behavior of this allele resembled the rpoS null mutant. In parallel, an E. coli strain which suppresses the amber mutation in RpoS, resulting in the expression of a normal protein was also tested. A band correponding to the truncated RpoS could not be detected in immunoblots probably due to inefficient translation from the alternative Shine-Dalgarno. To improve the detection of RpoS, a highly immunogenic SPA tag was inserted in the C-terminal region of the protein.