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Diagnóstico etiológico das meningites e encefalites linfocitárias pela amplificação do DNA patogênico em pacientes com infecção pelo HV

Chesky, Marisa January 2004 (has links)
Resumo não disponível
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Diferenciação das espécies Cryptococcus neoformans e Cryptococcus gattii utilizando a metodologia de PCR multiplex e determinação do perfil epidemiológico de pacientes com meningite criptocócica

Leal, Ana Lusia January 2006 (has links)
Cryptococcus neoformans é uma levedura oportunista que pode se alojar no sistema nervoso central causando meningite, meningoencefalite e encefalite principalmente em indivíduos com algum comprometimento do sistema imune. É responsável por 4,5% das infecções oportunistas que acometem pacientes portadores do Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV-positivos). Cryptococcus gattii é um patógeno primário responsável por uma alta incidência de criptococomas no pulmão e no cérebro e que apresenta uma alta morbidez neurológica e uma resposta retardada à terapia antifúngica. O diagnóstico da criptococose é, atualmente, baseado na detecção da levedura em amostras clínicas, no cultivo com posterior identificação bioquímica e na pesquisa de antígenos circulantes. A diferenciação entre as espécies C. neoformans e C. gattii, na maioria dos laboratórios, é realizada utilizando o meio de cultura ágar canavanina-glicina-azul de bromotimol (CGB) e demora em torno de sete dias. Neste trabalho foi padronizada uma metodologia de PCR multiplex que pode vir a substituir as provas bioquímicas utilizadas atualmente para a identificação das espécies de Cryptococcus, reduzindo em 6 dias o tempo necessário para a identificação das espécies. A metodologia também se mostrou mais específica na identificação das espécies, concordando com os resultados das sorotipagens em todos os 132 isolados de Cryptococcus testados, enquanto o resultado obtido com o cultivo em ágar CGB foi discordante em 6 dos 132 isolados, sendo 5 falso-positivos e 1 falso negativo. Foi também realizado o primeiro estudo epidemiológico do perfil de pacientes com meningite criptocócica no estado do Rio Grande de Sul notificados no Laboratório Central de Saúde Pública IPB-LACEN/RS no período de 2000 a 2005. A maioria dos pacientes é do sexo masculino (77,12%), branco (83,5%), na faixa etária entre 30 a 39 anos (46,24%) e infectados pelo HIV (95%).
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Pesquisa de Leptospira spp. em rins de suínos abatidos em frigoríficos do distrito federal por PCR

Tokatjian, Marcela Lobo 25 February 2016 (has links)
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Saúde Animal, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-04-08T17:22:43Z No. of bitstreams: 1 2016_MarcelaLoboTokatjian.pdf: 881798 bytes, checksum: 5e3b111f231a5c90615b8c7ea9fbaa69 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-04-12T21:43:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_MarcelaLoboTokatjian.pdf: 881798 bytes, checksum: 5e3b111f231a5c90615b8c7ea9fbaa69 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-12T21:43:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_MarcelaLoboTokatjian.pdf: 881798 bytes, checksum: 5e3b111f231a5c90615b8c7ea9fbaa69 (MD5) / O presente trabalho teve como objetivo detectar através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) a presença do fragmento do gene lipL32 em fragmentos coletados de rins de suínos abatidos em frigoríficos localizados no Distrito Federal com o intuito de estudar a ocorrência da Leptospira spp., assim como identificar suínos portadores renais do agente. Foram coletadas amostras renais de 50 carcaças provenientes de animais oriundos de três propriedades diferentes. A PCR foi baseada na detecção do fragmento do gene lipL32, o qual é extremamente conservado em todas as cepas patogênicas da Leptospira spp. O resultado encontrado em todas as amostras do estudo foi negativo para a bactéria Leptospira spp. Em granjas com boas condições sanitárias, apesar de o risco de transmissão ser baixo, a leptospirose suína permanece como um assunto preocupante tanto para a Saúde Animal quanto para a Saúde Pública. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / This study aimed to detect through the Polymerase Chain Reaction (PCR) the presence of lipL32 gene in fragments collected from pig kidneys in slaughterhouses located in Distrito Federal in order to study the occurrence of the Leptospira spp. as well as identify renal carriers of the agent. Kidney samples from 50 animals from three different properties were collected. The PCR method was based on the detection of lipL32 gene which is highly conserved in all strains of pathogenic Leptospira spp. The PCR was negative in all the surveyed kidney samples. In farms with good sanitary conditions, despite the low risk of transmission, swine leptospirosis remains a matter of concern both for Animal Health and for Public Health.
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Isolamento, caracterização bioquímica e molecular por PCR-RFLP e análise dos polissacarídeos produzidos na formação de biofilme de Flavobacterium columnare em peixes /

Sebastião, Fernanda de Alexandre. January 2010 (has links)
Orientador: Manoel Victor Franco Lemos / Banca: Maria Inês Tiraboshi Ferro / Banca: Maria José Tavares Ranzani de Paiva / Resumo: Dentre as enfermidades de importância na piscicultura, destaca-se a columnariose, cujo agente etiológico é a Flavobacterium columnare, bactéria de ampla distribuição geográfica, responsável por um elevado número de mortalidade em peixes de várias espécies, principalmente em condições intensivas de criação. Visando o melhor conhecimento desta bactéria para desenvolvimento de métodos de diagnóstico e controle da doença, os objetivos deste estudo foram isolar, caracterizar bioquímica e molecularmente por PCR-RFLP do gene 16S rDNA de F. columnare, detectar fenotipicamente a formação de cápsulas destes isolados pelo teste Agar vermelho congo, e avaliar a composição do EPS quando produzidos por meio de cromatografia líquida de alta eficiência. Ao todo foram obtidos 37 isolados e a caracterização bioquímica indica que os isolamentos são classificados como F. columnare. O filograma gerado pela técnica de PCR-RFLP mostrou três principais ramificações entre os isolados de F. columnare. Os testes comprovaram que a presença de cápsula na célula bacteriana não está diretamente relacionada à formação de biofilme, e o monossacarídeo preponderante em F. columnare é a glicose.Portanto, a utilização da PCR-RFLP para a identificação da bactéria apresentou-se como ferramenta mais rápida que as técnicas bioquímicas atuais e os dados referentes a produção de biofilme são relevantes para futuros estudos que busquem métodos enzimáticos para impedimento da aderência e formação de biofilmes destes patógenos aquáticos em sistemas de aqüicultura e consequentemente a prevenção da columnariose / Abstract: Columnaris disease stands out among the illnesses of importance in fish breeding, its etiological agent is Flavobacterium columnare, which has been recognized as a worldwide pathogen, responsible for high degree of mortality in many fish species, especially in conditions of intensive breed. Looking for a better knowledge of this bacteria and aiming to develop diagnosis methods and disease control, the objectives of this study were to isolate, to biochemistry and molecularly characterize by 16S rDNA gene PCR-RFLP of F. columnare, to detect phenotipically the formation of capsules by the agar Congo red method, and to evaluate the EPS composition by high-performance liquid chromatography. There were obtained 37 isolates and the biochemistry characterization indicated that the isolates were classified as F. columnare. The phylogenetic tree generated by PCR-RFLP technique showed three main branches among the F. columnare isolates. The presence of capsule on the bacterial cells has not a direct relationship to biofilm formation, and considering its composition it was observed that the preponderant monosaccharide is glucose. Therefore, the PCR-RFLP alternative to identify this bacteria presented itself as a faster tool than actual biochemical techniques and the results regarding to biofilm production are relevant to future studies that search for enzymatic methods to abolish the adherence and biofilm formation by this aquatic pathogen in aquaculture systems, and, consequently, columnaris disease prevention / Mestre
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Expressão gênica das interleucinas IL-4, IL-10, IL-12 e de interferon gama no baço de gatos infectados por Leishmania infantum chagasi /

Vides, Juliana Peloi. January 2014 (has links)
Resumo: tentativa de compreender a resposta imune de gatos com leishmaniose visceral, o presente estudo teve como objetivo avaliar a expressão gênica das interleucinas IL-4, IL-10, IL-12 e de IFN-γ por reação em cadeia da polimerase em tempo real em amostras de baço de felinos naturalmente acometidos pela doença. Para tanto foram avaliados três grupos de animais; o primeiro e o segundo grupos compostos por seis gatos infectados por Leishmania cada, sintomáticos e assintomáticos, respectivamente; e o terceiro por seis gatos clinicamente hígidos e não infectados. Nos gatos sintomáticos, as expressões de mRNA das citocinas IL-4, IL-10, IL-12 e IFN-γ estavam reduzidas em 2,52; 2,4; 2,3 e 0,57 vezes em relação ao grupo controle, respectivamente. Nos animais assintomáticos, as expressões de IL-4, IL-10, IL-12 e de IFN-γ foram, respectivamente, de 2,22; 2,15; 2,52 e 1,15 vezes menores quando comparadas ao grupo controle. Ainda, uma forte correlação foi observada entre as expressões de IL-4 e de IL-10 nos gatos sintomáticos, e entre IFN-γ e IL-10, IL-12 e IL-4 e entre IL-12 e IL-10 nos gatos assintomáticos. A redução na expressão das quatro citocinas analisadas evidencia pequena participação dos linfócitos Th1 e Th2 na resposta frente à infecção por Leishmania spp. em gatos, independente do estado clínico dos animais / Abstract: TIn an attempt to understand the immune response of cats with visceral leishmaniasis, the present study aimed to evaluate the gene expression of interleukins IL- 4, IL-10, IL-12 and IFN-γ by real-time polymerase chain reaction in samples of spleen from cats naturally affected by the disease. For this, three groups of cats were evaluated; the first and second groups composed of six Leishmania-infected cats each, symptomatic and asymptomatic, respectively; and the third composed of six clinically healthy and uninfected cats. In symptomatic cats the mRNA expressions of IL- 4, IL -10, IL - 12 and IFN- γ were respectively supressed 2.52, 2.4, 2.3 and 0.57 times compared to the control group. In asymptomatic animals the expression of IL- 4, IL -10, IL -12 and IFN- γ were, respectively, 2.22, 2.15, 2.52 and 1.15 times lower when compared to the control group. Also, a strong correlation was observed between the expressions of IL4 and IL-10 in symptomatic cats; between IFN-γ and IL-10, IL-12 and IL-4 and between IL-12 and IL-10 in asymptomatic cats. The reducion of expression the four cytokines analyzed evidences a small involvement of Th1 and Th2 lymphocytes in the response to infection by Leishmania spp. in cats, regardless of the clinical status of animals / Orientador: Mary Marcondes / Banca: Wagner Luis Ferreira / Banca: Maria cecília Rui Luvizotto / Banca: Márcia Dalastra Laurenti / Banca: Raimundo Souza Lopes / Doutor
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Identificação molecular por reação em cadeia da polimerase multiplex para espécies do gênero Candida de importância médica /

Santos, Rafaella Braga. January 2014 (has links)
Orientador: Graziella Nuernberg Back Brito / Banca: Antonio Olavo Cardoso Jorge / Banca: Sílvia Maria Rodrigues Querido / Resumo: Este estudo teve como objetivo padronizar a identificação das amostras de espécies de Candida albicans e não-albicans por meio da técnica molecular da reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex Os isolados foram obtidos de um estudo prévio, no qual foram realizados os procedimentos de coleta, isolamento e identificação das espécies de Candida de indivíduos HIV positivos e controle. Foram realizadas provas fenotípicas como a produção de clamidoconídeos e formação de tubo germinativo e pelo sistema de identificação API 20 C AUX. Para a identificação molecular de cada espécie foram utilizadas cepas ATCC e controle positivo. Os isolados foram semeados em caldo Sabouraud dextrose e incubados à 37 ºC por 24 h. Foi realizada a extração, quantificação e purificação do DNA. A amplificação do DNA foi realizada por iniciadores específicos para a identificação de C. albicans, C. parapsilosis, C. glabrata, C. dubliniensis, C. tropicalis, C. krusei e C. guilliermondii. A presença e o comprimento dos fragmentos amplificados foram analisados em gel de agarose com brometo de etídio e visualizadas em luz ultra-violeta. Um total de 104 amostras previamente identificadas pelo API foram identificadas pela PCR multiplex e os resultados mostraram que apenas 14,4% estavam em discordância com o método fenotípico, dentre elas, dez amostras de C. albicans, duas de C. glabrata, uma de C. parapsilosis e duas de C. tropicalis. As amostras em discordância foram semeadas em meio cromogênico para Candida para confirmação da PCR multiplex. Os procedimentos de identificação fenotípicas geraram um custo aproximado de R$82,00 por amostra. PCR multiplex teve um gasto de aproximadamente R$8,00 por amostra e o tempo gasto na técnica molecular levou aproximadamente 8 h, já a identificação por métodos clássicos e bioquímicos podem exigir até 72 h. Concluimos que a PCR multiplex é um método preciso, fácil, econômico e rápido... / Abstract: Este estudo teve como objetivo padronizar a identificação das amostras de espécies de Candida albicans e não-albicans por meio da técnica molecular da reação em cadeia da polimerase (PCR) multiplex Os isolados foram obtidos de um estudo prévio, no qual foram realizados os procedimentos de coleta, isolamento e identificação das espécies de Candida de indivíduos HIV positivos e controle. Foram realizadas provas fenotípicas como a produção de clamidoconídeos e formação de tubo germinativo e pelo sistema de identificação API 20 C AUX. Para a identificação molecular de cada espécie foram utilizadas cepas ATCC e controle positivo. Os isolados foram semeados em caldo Sabouraud dextrose e incubados à 37 ºC por 24 h. Foi realizada a extração, quantificação e purificação do DNA. A amplificação do DNA foi realizada por iniciadores específicos para a identificação de C. albicans, C. parapsilosis, C. glabrata, C. dubliniensis, C. tropicalis, C. krusei e C. guilliermondii. A presença e o comprimento dos fragmentos amplificados foram analisados em gel de agarose com brometo de etídio e visualizadas em luz ultra-violeta. Um total de 104 amostras previamente identificadas pelo API foram identificadas pela PCR multiplex e os resultados mostraram que apenas 14,4% estavam em discordância com o método fenotípico, dentre elas, dez amostras de C. albicans, duas de C. glabrata, uma de C. parapsilosis e duas de C. tropicalis. As amostras em discordância foram semeadas em meio cromogênico para Candida para confirmação da PCR multiplex. Os procedimentos de identificação fenotípicas geraram um custo aproximado de R$82,00 por amostra. PCR multiplex teve um gasto de aproximadamente R$8,00 por amostra e o tempo gasto na técnica molecular levou aproximadamente 8 h, já a identificação por métodos clássicos e bioquímicos podem exigir até 72 h. Concluimos que a PCR methods is an accurate, easy, economical and quick to.... / Mestre
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Avaliação da PCR em tempo real para detecção de Cryptosporidium parvum em amostras fecais de bezerros: Camila Guariz Homem. -

Homem, Camila Guariz [UNESP] 08 June 2011 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-06-08Bitstream added on 2014-06-13T20:55:59Z : No. of bitstreams: 1 homem_cg_me_araca.pdf: 468363 bytes, checksum: b293bfbeab84c1a641ead5f90bd65ab2 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A infecção por Cryptosporidium parvum em bovinos se manifesta como enfermidade subclínica ou com presença de morbidade e mortalidade, particularmente quando há associação com outros agentes infecciosos. Cryptosporidium parvum apresenta ainda grande importância em saúde pública. Este trabalho teve como objetivo o desenvolvimento da reação em cadeia da polimerase em tempo real (qPCR) para detecção de C. parvum em amostras fecais de bezerros e sua comparação com a reação em cadeia da polimerase (nested PCR), rotineiramente utilizada para diagnóstico de Cryptosporidium spp.. Duzentas e nove amostras fecais de bezerros entre um dia e seis meses de idade foram examinadas pela qPCR para amplificação de fragmentos do gene da actina e pela nested PCR para o gene da subunidade 18S do rRNA. A qPCR apresentou positividade para C. parvum em 73,21% (153/209) das amostras, enquanto a nested PCR apresentou amplificação positiva para Cryptosporidium spp. em 56,5% (118/209) das amostras. A sensibilidade analítica da qPCR foi de aproximadamente um oocisto de C. parvum. Não se observou amplificação inespecífica de DNA Cryptosporidium bovis, Cryptosporidium andersoni, Cryptosporidium ryanae, Cryptosporidium canis, Cryptosporidium serpentis, Cryptosporidium galli, Cryptosporidium baileyi e Cryptosporidium genótipo II de aves. Desta forma, conclui-se que a qPCR para o gene da actina é uma técnica sensível e específica para detecção de C. parvum em amostras fecais de bezerros / The infection with Cryptosporidium parvum in cattle results in subclinical disease or in the presence of morbidity and mortality, particularly when associated with other infectious agents. This species is also an important public health problem. The aim of this research was to develop a real time polymerase chain reaction (qPCR) for detection of C. parvum DNA in fecal samples of calves, in comparison to a nested PCR routinely used for Cryptosporidium spp. diagnosis. Two hundred and nine fecal samples from calves aged between one day and six weeks were screened by qPCR specific for the actin gene of C. parvum and using nested PCR targeting the 18S rRNA gene of Cryptosporidium spp.. The qPCR showed positivity for C. parvum in 73,21% (153/209) of the samples, and nested PCR was positive for Cryptosporidium spp. in 56.5% (118/209) of the samples. The analytical sensitivity of qPCR foi de aproximadamente one oocyst C. parvum per reaction tube. Evaluation of analytical specificity did not reveal inespecific amplification for DNA of the following Cryptosporidium species and genotypes: C. bovis, C. andersoni, C. ryanae, C. canis, C. serpentis, C. galli, C. baileyi and avian genotype II. These results allowed the conclusion that qPCR for actin gene is a sensitive and specific technique for detection of C. parvum in fecal samples from calves
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Avaliação comparativa entre PCR gênero-específica, PCR espécie-específica e nested PCR espécie-específica no diagnóstico da infecção por Brucella ovis

Costa, Luciana Fachini da [UNESP] 29 June 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-06-29Bitstream added on 2014-06-13T20:08:22Z : No. of bitstreams: 1 costa_lf_me_botfmvz.pdf: 594547 bytes, checksum: 7d609573704d70bd41e6633e86629767 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O diagnóstico da infecção por Brucella ovis em ovinos usualmente é realizado por meio de exame clínico, testes sorológicos e bacteriologia. Devido às limitações apresentadas pelas técnicas, o diagnóstico é geralmente obtido mediante aplicação de duas ou mais técnicas para obtenção de um resultado conclusivo. A Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR) tem sido utilizada como ferramenta diagnóstica aplicável, pois é sensível, pouco dispendiosa, rápida, simples de ser realizada e permite o diagnóstico específico do agente infectante. Neste trabalho foram realizados dois experimentos. No primeiro compararam-se os percentuais de positividade em duas técnicas de PCR padronizadas, sendo a primeira gênero-específica e a seguinte espécie-específica, em 191 amostras de sêmen e 214 de urina provenientes de ovinos inoculados experimentalmente com a cepa de B. ovis REO 198. Posteriormente, desenvolveu-se a nested PCR a partir do produto amplificado da reação espécie-específica, e o percentual de positividade obtido pela nested PCR foi comparado aos obtidos pelas PCRs gênero-específica e espécie-específica. Foi observada diferença significativa no percentual de positividade (P<0,05) entre PCR gênero-específica e PCR espécie-específica (24,08% e 15,18%, respectivamente) para amostras de sêmen de ovinos e concordância moderada entre os resultados destas técnicas (kappa de 0,623); para amostras de urina, não houve diferença significativa entre as positividades obtidas pela PCR gênero-específica e a espécie-específica (10,28% e 7,011%, respectivamente), e a concordância entre os resultados foi moderada (kappa de 0,6167). A nested PCR espécie-específica apresentou percentual de positividade significativamente maior (P<0,001) quando comparada às PCRs gênero-específica e espécie-específica em amostras de sêmen (53,93%) e de urina (49,07%)... / Diagnosis of Brucella ovis infection in rams is routinely performed by clinical examination, serology and bacteriology. Due to limitations presented by each technique, the diagnosis is usually made by two or more techniques to obtain a conclusive result. The Polymerase Chain Reaction (PCR) has been used as a diagnostic tool applicable because it is sensitive, inexpensive, rapid, simple to perform and allows the specific diagnosis of infectious agents. In this study, the positivity percentages of two techniques of PCR previous described, one genus-specific and other species-specific, were measured in 191 semen and 214 urine samples from sheep experimentally infected with strain of B. ovis REO 198. Then, a species-specific nested PCR was developed from amplified products of the species-specific PCR, and the percentage of positivity obtained by nested PCR was compared to those obtained by genus and species-specific PCRs. Significant difference was observed when comparing the percentage of positivity (P <0.05) between genus-specific and species-specific PCR (24.08% and 15.18%, respectively) in semen samples from sheep, and there was moderate agreement between the results of these techniques ( kappa 0.623). In urine, no significant difference between the percentages of positives samples obtained by genus and species-specific PCR was observed (10.28% and 7.011% respectively) and the concordance between the results was moderate (kappa 0.6167). The species-specific nested PCR showed significantly higher percentage of positivity (P <0.001) when compared to genus-specific and species-specific PCRs in semen (53.93%) and urine (49.07%). Thus, according to the results obtained in this experiment, the species-specific PCR showed the lower percentage of positivity when compared to genus-specific PCR, but the implementation of the species-specific nested PCR showed highly significant increase... (Complete abstract click electronic access below)
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Leishmania spp. em Didelphis albiventris e micoureus paraguayanus (Mammalia: Didelphimorphia)

Quintal, Amanda Pifano Neto [UNESP] 05 March 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:17Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-05Bitstream added on 2014-06-13T20:35:36Z : No. of bitstreams: 1 quintal_apn_me_araca.pdf: 401169 bytes, checksum: c4d85e9662eaed7da449d96a3642f06c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / As leishmanioses são mantidas na natureza com a participação de várias espécies animais. Este trabalho avaliou a presença de Leishmania spp. em amostras de pele de marsupiais de vida livre Micoureus paraguayanus (n=95) e Didelphis albiventris (n=191) capturados no Parque Estadual Morro do Diabo, e em fragmentos de mata do seu entorno, na região do Pontal do Paranapanema-SP, Brasil. As amostras foram avaliadas para a presença de DNA de Leishmania spp. por meio da reação em cadeia pela polimerase (PCR) convencional e em tempo real (qPCR). Todas as amostras de D. albiventris avaliadas por PCR convencional foram negativas para a presença de kDNA de Leishmania spp., entretanto, quando avaliadas por qPCR, a positividade foi de 1,6%. Para M. paraguayanus, foi observada positividade de 7,4% e 11,6% por PCR convencional e qPCR, respectivamente. A maioria dos animais positivos estava restrita ao mesmo fragmento de mata. Apesar de D. albiventris ser a espécie marsupial mais estudada por seus hábitos mais urbanos, outras espécies marsupiais como M. paraguayanus podem ser potenciais reservatórios das leishmanioses e devem ser estudados / Leishmaniasis is maintained in nature with the participation of several animal species. This research evaluated the presence of Leishmania spp. in skin samples of free-living marsupials Micoureus paraguayanus (n=95) and Didelphis albiventris (n=191) captured at the Parque Estadual Morro do Diabo and forest fragments of its surroundings, in the region of “Pontal do Paranapanema”, São Paulo, Brazil. Skin samples were evaluated for the presence of Leishmania spp. DNA by conventional polymerase chain reaction (PCR) and real-time PCR (qPCR). All samples of D. albiventris evaluated by conventional PCR were negatives for the presence of Leishmania spp. kDNA however, when assessed by qPCR, the positivity was 1.6%. For M. paraguayanus positivity was observed in 7.4% and 11.6% by conventional PCR and qPCR, respectively. Most of the positive animals were restricted to the same forest fragment. Although D. albiventris is the most studied marsupial specie, others species as M. paraguayanus can be potential leishmaniasis reservoirs and should be studied
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Caracterização morfológica, bioquímica e molecular de rizóbios recomendados para inoculação de leguminosas arbóreas

Pereira, Kerly Cristina [UNESP] 10 July 2002 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:23Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2002-07-10Bitstream added on 2014-06-13T20:56:23Z : No. of bitstreams: 1 pereira_kc_me_jabo.pdf: 880298 bytes, checksum: 6f1b49f3fda1902ce4ffb8ddd0e81555 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Este trabalho objetivou avaliar as diferenças microbiológicas, moleculares e a composição de exopolissacarídeos entre as estirpes que foram classificadas como Bradyrhizobium recomendadas para a inoculação de leguminosas arbóreas, mas que através de ensaios isoenzimáticos da superóxido dismutase apresentaram perfis de Rhizobium. As estirpes foram crescidas em meio de cultura RDM e avaliadas em curvas de crescimento, morfologia de colônias, produção de ácido/base. A análise dos açúcares presentes nos EPS foi feita em CLAE (cromatografia líquida de alta eficiência) e a análise molecular foi realizada através da metodologia de PCR-RFLP utilizando-se oligonucleotídeos iniciadores específicos para a região do DNA correspondente ao 16S rDNA , para as restrições utilizou-se as endonucleases Taq I, Msp I, Hae III e Dde I. Os fragmentos foram visualizados em gel de agarose e analisados pelo programa Quantity One (BIORAD) que utiliza para a comparação dos dados o coeficiente de Dice e para o agrupamento o método UPGAMA(Unweighted pair group method with arithmetic means). De acordo com os resultados obtidos pode-se verificar que as estirpes SEMIA 5080, 6160 e 6159 e SEMIA 4077 e 6070 apresentaram todas as características avaliadas como sendo dos gêneros Bradyrhizobium e Rhizobium, respectivamente, entretanto pode-se observar que existe uma mistura de características entre as outras estirpes. O grupo formado pelas estirpes SEMIA 6159, 6192 e 6164 apresentou predominância das características de Bradyrhizobium, enquanto que aquele formado pelas estirpes SEMIA 6162 e 6168 mostrou-se preponderantemente com características de bactérias do gênero Rhizobium. Por outro lado, o grupo formado pelas estirpes 6169, 6161 e 6165 apresenta uma equivalência entre as características dos gêneros Bradyrhizobium e Rhizobium. / This research aimed to evaluate strains of Bradyrhizobium recommended for inoculation of legume trees according to their microbiological, molecular and, exopolysaccharides contents characteristics. Although these strains were supplied as Bradyrhizobium, their isoenzymatic profile for superoxid dismutase was similar to Rhizobium profile. The strains were grown in RDM culture medium for determination of their growth curve, the colony morphology and the production of acids/bases. The analysis of sugar content of exopolysaccharides was done using HPLC (HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY) and the molecular analysis was done by PCR-RFLP using specific primers for 16S rDNA. The restrictions used the endonucleases Taq I, Msp I, Hae III and Dde, the fragments were observed on EBAGE and analysed by Quantity One Software. This program uses the Dice coeficient for the comparation of the data and the methodology of UPGAMA for the grouping. The results obtained showed strains SEMIA 5080, 6160, 6159 and SEMIA 4077, 6070 presented all characteristics as belonying to the genera Bradyrhizobium and Rhizobium, respectively. Besides either, the results showed that there are a mix of characteristics on the other strains. The group formed by SEMIA 6192 and 6164 presented predominance of characteristics from Bradyrhizobium, by the way the group constituted by SEMIA 6069, 6162 and 6168 showed more characteristics from Rhizobium. Another group, formed by the strains SEMIA 6169, 6161 and 6165 showed similar numbers of charactheristics from Rhizobium and Bradyrhizobium.

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