Orientador: Ney Lemke / Banca: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Antônio Sérgio Kimus Braz / Resumo: Transcrição é o processo catalizado por um complexo enzimático, RNA polimerase (RNAP), responsável pela síntese de RNA mensageiro a partir de uma sequência de DNA. Diferentes estudos experimentais foram realizados para investigar esse processo, como técnicas bioquímicas, de pinça ótica ou magnética, microscopia de força atômica e fluorescência de molécula única. Com os estudos bioquímicos, por exemplo, sabe-se que várias RNAPs podem transcrever uma sequência simultaneamente. O número de diferentes moléculas depende da necessidade da célula, número de RNAP livres, regeneração do promotor e fatores de transcrição. Um dos sistemas mais investigados para o estudo desse processo é a síntese dos genes ribossomais em Escherichia coli. Os genes ribossomais são fundamentais na fisiologia dos organismos, são expressos abundantemente e existem evidências da aceleração da transcrição devido ao comportamento colaborativo entre as RNAPs. Neste trabalho, propomos simular a transcrição múltipla dos genes ribossomais em E. coli com o modelo estocástico e dependente de sequências desenvolvido em nosso laboratório. As reações químicas foram simuladas utilizando o algoritmo de Gillespie. Essa metodologia apresenta uma boa relação entre custo computacional e realismo biológico e inclui alguns parâmetros não utilizados em estudos teóricos prévios. O modelo considera o alongamento em back e forward tracking, identificando os sítios de pausas e colisões entre RNAPs, determinando o tempo de permanência e predizendo a ocorrência de transcrição abortiva ou a aceleração da transcrição devido ao fenômeno colaborativo entre múltiplas RNAPs. A sequência do operon ribossomal rrnB da E. coli foi simulada variando o número de RNAP (R), a força de interação entre RNAPs (F) e a concentração de nucleosídeo trifosfato ([NTP]). Nossos resultados mostraram-se promissores quando utilizamos uma... / Abstract: The process that produces messenger RNAs from DNA sequences is called transcription, and these reactions are catalyzed by the RNA polimerase enzyme. Many different experimental techniques have been applied to investigate this process including biochemical techniques, optical and magnetic tweezers, atomic force microscopy and single molecule florescence. These biochemical process studies showed that many RNAP molecules operate simultaneously on a single DNA strand. The number of different molecules depends on cellular demands, concentration of free RNAPs, promoter strength and the presence of transcription factors. Escherichia coli ribosomal genes are a popular experimental model to investigate the transcription process. These genes are essential to cell physiology, and they are strongly expressed. There are evidences that some cellular mechanisms collaborate to accelerate their transcription. In this work we investigate the RNAP collaborative transcription in E. coli ribosomal genes using a stochastic and sequence dependent model proposed by our group. The chemical reactions were simulated using a model based on the Gillespie algorithm. This methodology is a good compromise between computational cost and biological realism and includes some ingredients that were missing in previous theoretical studies. The model considers back and forward tracking elongation and it identifies pauses by determining the dwell time on specific sites. The model also predicts abortive transcription and transcription acceleration due to collaborative RNAP interaction. The E. coli rrnB ribosomal operon sequence was simulated by varying (i) the number of RNAP (R) on the DNA strand, (ii) the interaction force between two colliding RNAPs (F) and (iii) the concentration of nucleoside triphosphate ([NTP]). Our results are promising for F =15 pN, R = 50 and [NTP] ... / Mestre

Orientador: Antonio Carlos Maringoni / Coorientador: Tadeu Antônio Fernandes da Silva Júnior / Banca: Ricardo Gioria / Banca: Renate Krause Sakate / Resumo: O pimentão é uma hortaliça com grande apreciação no Brasil, tendo elevada importância no mercado de condimentos, temperos e conservas. O Estado de São Paulo é o principal produtor desta hortaliça, com produção aproximada de 85.000 toneladas na safra 2010. Dentre os principais problemas fitossanitários da cultura do pimentão, destaca-se a mancha bacteriana, causada por espécies de Xanthomonas spp. A doença pode ocasionar perdas substanciais na produtividade da cultura, especialmente em períodos de elevadas pluviosidade e temperatura, além da baixa eficácia de controle com produtos químicos, como fungicidas cúpricos. Em vista do exposto, o objetivo do presente trabalho foi caracterizar 59 isolados de Xanthomonas spp. de pimentão obtidos de diferentes regiões produtoras do Brasil, através da utilização de técnicas bioquímicas/fisiológicas, moleculares e verificar a sensibilidade in vitro dos isolados aos sulfatos de cobre e zinco e suas misturas. Para os ensaios bioquímicos/fisiológicos, foram realizados os testes de reação diferencial de Gram, solubilidade em KOH a 3%, hidrólise de amido, atividade pectinolítica e a utilização de 13 fontes de carbono, em microplacas GN2 da Biolog®. A identificação molecular foi realizada através de reações de PCR com os iniciadores específicos para X. euvesicatoria, X.vesicatoria, X. gardneri e X. perforans. A sensibilidade in vitro dos isolados aos sulfatos de cobre e zinco foi avaliada nas concentrações de 50, 100, 200 e 400 μg.mL-1, além da mistura de 50% de cada um dos produtos, nas mesmas concentrações finais no meio de cultura PSA. Com base nos resultados dos testes bioquímicos/fisiológicos e moleculares (PCR) com iniciadores específicos revelaram a prevalência de X. euvesicatoria em pimentão no Brasil. Todos os isolados avaliados foram resistentes ao sulfato de zinco e 85% deles foram resistentes ao ... / Abstract: Pepper is a vegetable with great appreciation in Brazil and high importance for the market of condiments, spices and canned goods. Sao Paulo state is the main producer of pepper in Brazil with almost 85.000 ton in 2010. One of the most important phytosanitary problems for this crop is the bacterial spot, caused by species of Xanthomonas spp. This disease can cause crop productivity losses, especially during periods of high rainfall and temperature, in addition to the low efficacy of chemicals, as copper fungicides. In this study, we characterized 59 strains of Xanthomonas spp. associated with bacterial spot from different producing regions of Brazil, using biochemical/physiological and molecular techniques, and evaluated the in vitro sensitivity of strains to copper and zinc sulfates. For the biochemical/physiological assays, Gram staining, KOH string test, starch hydrolysis, pectinolytic activity and the utilization of 13 carbon sources on Biolog® GN2 microplates were performed. Molecular characterization was performed by PCR with specific initiators for X. euvesicatoria, X.vesicatoria, X. gardneri and X. perforans. In vitro sensitivity of strains to copper and zinc sulfates was evaluated at concentrations 50, 100, 200 and 400 μg.mL-1, together with the mixing of the chemicals, in the same final concentration in culture medium. Based on starch hydrolysis and pectinolytic activity results, strains were divided in two distinct groups: X. vesicatoria with X. perforans (positive pectinolytic and amylolytic activities) and X. euvesicatoria with X. gardneri (negative pectinolytic and amylolytic activities). PCR and carbon sources utilization results revealed the prevalence of X. perforans on pepper in Brazil. All strains were resistant to zinc sulfate and 85% to copper sulfate. The mixing of the chemicals at concentration of 400 μg.ml-1 inhibited the growth of all strains assessed. / Mestre

Orientador: Marcelo Agenor Pavan / Coorientador: Renate Krause Sakate / Banca: Julio Massaharu Marubayashi / Banca: Rumy Goto / Resumo: A mandioquinha-salsa (Arracacia xanthorrhiza Bancroft) é uma hortaliça originária da região andina, Venezuela, Colômbia, Equador, Peru e Bolívia. A família das apiáceas compreende também outras hortaliças importantes, como cenoura, salsa, coentro, aipo, dentre outras. A mandioquinha-salsa é propagada de forma vegetativa através dos propágulos, e isso pode favorecer a ocorrência de um número considerável de patógenos que causam degenerescência, principalmente os vírus. Está comprovado que alguns vírus são fator limitante em culturas de propagação vegetativa. Portanto, o presente trabalho teve como objetivos avaliar por meio de métodos sorológico e molecular 241 amostras oriundas de diferentes localidades, a fim de fazer um estudo de ocorrência e predominância das espécies virais e verificar a variabilidade biológica dos isolados encontrados por meio de transmissão por extratos vegetais. A detecção foi realizada através de Enzyme linked immunossorbent assay (ELISA) utilizando antissoro comercial anti-poty para o gênero Potyvirus. Para a análise da variabilidade, foram desenhados 2 oligonucleotídeos para amplificar a região codificadora da proteína capsidial para o gênero Cheravirus, e para a detecção de potyvirus e nepovirus, oligonucleotídeos foram obtidos da literatura. No estudo foi possível detectar a espécie Arracacha motlle virus do gênero Potyvirus, coletadas nos estados de Goiás, Minas Gerais, Brasília e Paraná. Os demais vírus testados não foram identificados em nenhuma das amostras analisadas. Além desses testes de identificação, ainda foi realizada microscopia eletrônica de transmissão em seis amostras, das quais duas foi possível a identificação de potyvirus. O teste de gama de hospedeiras foi realizado e mostrou que o AMoV tem gama de hospedeiras bastante restrita, sendo possível infectar somente três de nove espécies testadas ... / Abstract: Arracacha (Arracacia xanthorrhiza Bancroft) is a vegetable crop of the Andean region, formed by Venezuela, Colombia, Ecuador, Peru and Bolivia. The Apiacea family also have other important vegetable crops such as carrots, parsley, cilantro, celery, among others. Arracacha is propagated vegetatively and this can favor the occurrence of a considerable number of pathogens that cause degeneration, especially viruses. Some viruses are a limiting factor in vegetatively propagated crops. Therefore, the present study aimed to evaluate by serological and molecular methods 241 samples from different localities in order to verify the occurrence and predominance of the viruses species and verify the biological variability by sap inoculation. The detection was performed using enzyme-linked immunossorbent assay (ELISA) technique, using commercial antiserum against-potyvirus. For variability analysis, primers were designed to amplify the coding region of the coat protein for the 4 genus Cheravirus, and oligonucleotides were obtained from literature for the detection of the genus potyvirus and nepovirus, . It was possible to detect Arracacha mottle virus, from genus Potyvirus, in the states of Goiás, Minas Gerais, Brasilia and Paraná. The others viruses tested were not identified in the collected samples. Six samples were analysed by electron microscopy, and the potyvirus were identified only in two samples. The host range was restricted, infecting only three species of nine tested. The nucleotide identity ranged from 96% to 99%, between collected samples and sequence from GenBank (acess DQ925486), showing low genetic variability among them / Mestre

Orientador: Cesar Martins / Coorientador: Guilherme Targino Valente / Banca: Marcelo Ricardo Vicari / Banca: Danilo Pinhal / Resumo: Cromossomos B, também conhecidos como supernumerários, são considerados elementos dispensáveis ao organismo. Porém, alguns estudos têm apresentado evidências de uma possível funcionalidade destes cromossomos extras. São encontrados em muitas espécies de eucariotos, entre elas, Astatotilapia latifasciata, ciclídeo africano que possui de 1 a 2 cromossomos B. Os ciclídeos têm sido muito utilizados como organismos modelo para estudos genéticos e genômicos. Análises genômicas em larga escala prévias envolveram sequenciamento por next generation (Illumina HiSeq sequencing) de genomas sem cromossomo B (B-) e com cromossomo B (B+) de A. latifasciata e uma forma variante do gene hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) foi identificada. Esta sequência apresenta um alto número de cópias e características de retrogene no cromossomo B. Diante disso, foi objetivo do presente trabalho compreender a organização genômica, identificar os mecanismos de retro-inserção e fazer análises de expressão desta sequência, possibilitando um melhor entendimento da origem, evolução e possíveis efeitos deste cromossomo na espécie estudada. A partir de análises de bioinformática foram identificadas cópias variantes do gene hnRNP Q-like no genoma B+ e as regiões mais representativas foram selecionadas, de acordo com o grau de mutações, para demais estudos. Análises de fragmentos sequenciados e qPCR confirmaram que o gene possui maior número de cópias e ausência de íntrons no cromossomo B. Evidências de resquícios de domínios da transcriptase reversa de elementos transponíveis sugerem que o gene foi retroinserido no cromossomo B. Dados de qPCR em cDNA mostraram que, apesar de possuir mais cópias no genoma B+, o gene hnRNP Q-like não é diferencialmente expresso nos genomas B+ e B- / Abstract: B chromosomes, also known as supernumerary, are considered dispensable elements to organisms. However, some studies have presented evidences of a possible functionality of this extras chromosomes. They are observed in many eukaryote species, such as in the African cichlid, Astatotilapia latifasciata, which might have one or two B chromosomes. Cichlids have been used as model organisms to genetics and genomics studies. Previous genomic analyses based on next generation sequencing (Illumina HiSeq sequencing) were realized in the whole genome without B chromosome (B-) and with B chromosomes (B+) of A. latifasciata and a variant form of hnRNP Q-like (Heterogeneous nuclear ribonucleoprotein Q-like) gene was identified. This sequence presented a high copy number and characteristics of a retrogene in B chromosomes. Thus, the aim of this study consists in comprehend genomic organization, identify retroinsertion mechanisms and perform expression analyses of the hnRNP Q-like gene, making it possible a better understanding of origin, evolution and possible effects of this chromosomes in the studied species. Bioinformatics analyses identified variant copies of hnRNP Q-like gene in B+ genome and the higher and lower variable regions of the gene were selected, based in mutation rates, for further analysis. Analyses from sequenced fragments and qPCR confirmed gene has a higher number of copies and do not present introns in B chromosome. Evidences of transposable element relics with reverse transcriptase domains suggest gene was retroinserted in B chromosome. The data of qPCR in cDNA showed that the hnRNP Q-like gene is not differentially expressed in both genomes (with and without B chromosome) / Mestre

Orientador: Adriana Camargo Ferrasi / Coorientador: Maria Inês de Moura Campos Pardini / Banca: Patrícia Pintor dos Reis / Banca: Marcelo Lima Ribeiro / Resumo: O câncer gástrico é mundialmente a segunda causa de morte por câncer. No Brasil está entre os cinco neoplasias mais incidentes, mostrando-se como um grave problema de saúde pública. O conhecimento do padrão de expressão gênica de genes supressores tumorais e protooncogenes é fundamental para o esclarecimento dos mecanismos desta carcinogênese. O gene FOXE1 (forkhead box E1) pertence a uma grande família de fatores de transcrição envolvidos em processos de crescimento e diferenciação celular. Pesquisas recentes têm demonstrado o papel determinante de FOXE1 na gênese de certos tipos de neoplasias. Assim, a análise da expressão gênica de FOXE1 em amostras de tumores gástricos faz-se necessária para esclarecer seu possível envolvimento neste carcinogênese. O DNA foi extraído de 89 amostras de tumores gástricos, com seus respectivos tecidos normais adjacentes. Após o tratamento com bissulfito de sódio, o padrão de metilação foi determinado por PCR específica para metilação (MSP-PCR) com a visualização dos resultados em poliacrilamida 6% corado com nitrato de prata. 86,5% das amostras apresentaram metilação em FOXE1, sendo o mesmo padrão encontrado em tecidos normais adjacentes 74,2%. Não houve significância estatística quando os resultados foram agrupados de acordo com o sexo, tipo histológico e estadiamento. A expressão gênica foi avaliada através de qPCR para 13 dos 89 pacientes incluídos no estudo. Obteve-se para cada paciente a razão (T/N) comparando a expressão gênica da amostra de tecido tumoral (T) em relação à expressão do tecido normal adjacente ao tumor (N). 8 amostras (61,5%) apresentaram um aumento da expressão do FOXE1, com uma média de 1,6. Dentre as 5 (38,5%) amostras com QR abaixo de 1, isto é, com expressão do FOXE1 abaixo do tecido normal, a média foi de 0,7. Quanto à concordância entre o estado de metilação em FOXE1 e a sua expressão ... / Abstract: Not available / Mestre

Orientador: Newton La Scala Junior / Coorientador: Alan Rodrigo Panosso / Coorientador: Jackson Antonio Marcondes de Souza / Banca: Tsai Siu Mui / Banca: João Luís Nunes Carvalho / Banca: Antonio Sérgio Ferraudo / Banca: Liziane de Figueiredo Brito / Resumo: Embora a agricultura seja uma importante fonte emissora de CO2 para a atmosfera, o tipo de uso e manejo do solo que vai coordenar o potencial de emissão em áreas agrícolas. Neste contexto, o presente estudo foi realizado em áreas destinadas à produção de cana-de-açúcar e conduzido sob duas condições experimentais de campo. Na primeira condição, o objetivo foi caracterizar o processo de emissão de CO2 do solo (FCO2) em áreas de cana-de-açúcar, nos sistemas de colheita mecanizada crua e manual com queima, bem como investigar a relação entre a emissão de CO2 e os atributos do solo em ambos os sistemas. Foram utilizadas duas áreas adjacentes, apresentando diferentes sistemas de manejo de colheita da cana-de-açúcar: cana crua (CC) com grande quantidade de resíduos da cultura deixados sobre a superfície do solo após a colheita mecanizada, e cana queimada (CQ) com queima do canavial e colheita manual sem resíduo sob a superfície do solo. A FCO2, a temperatura e a umidade do solo foram avaliadas em 20 pontos amostrais em cada área, sendo determinadas em 9 dias de avaliações, compreendidos em um período total de 28 dias. Posteriormente, foram coletadas amostras de solo, na profundidade de 0-0,20 m para a determinação dos atributos físicos, químicos e microbiológicos do solo. A FCO2 na área de cana queimada (2,63 µmol m-2 s-1) foi, em média, 37% superior à emissão na área de cana crua (1,92 µmol m-2 s-1). As variações temporais da FCO2 e da umidade do solo foram correlacionadas nos man... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The CO2 emission from soil (FCO2) in agricultural areas is a process resulting from the interaction of different factors, such as climatic conditions and soil. In addition, the adopted practices of soil management and crop determine the intensity of this process. This study aimed to (i) investigate the possible relationships between the soil properties and process CO2 emissions from soil under in areas under cultivation of sugar cane, and (ii) the effect of tillage and crop residue deposition of cane sugar in FCO2, temperature and soil moisture during the reform of the sugar plantation. The study was conducted in the experimental area of Embrapa Agropecuária Oeste, MS, and divided into two field conditions. In the first condition were selected 60 points along a planted area of 3.000 m2 composed of a mixture of cultivars (RB 93-5744; RB 72-454; RB 93-5608; RB 85-5113 and SP 83-2847). For the evaluations of FCO2 was used system LI-8100, quantifying the concentration of CO2 inside by optical absorption spectroscopy in the infrared spectral region. Concurrently with the evaluation of FCO2 were measured soil temperature (thermometer built into the system LI-8100) and soil moisture (TDR device). The FCO2 showed positive correlations with soil organic matter (SOM) (r = 0.67, p < 0.001), free water porosity (PLA) (r = 0.71, p < 0.001) and available phosphorus (r = 0.28, p < 0.05) and negatively correlated with C/N ratio of the soil (r = -0.75, p < 0.001) and soil moisture (r = -0.29, p < 0.05). Among the most significant associations, the FCO2 was directly related to the SOM and PLA, and inversely with C/N ratio of the soil. In the second study condition, after harvesting the sugar cane area was divided into three plots of 25 x 40 m, resulting in the following managements: no tillage and crop residues deposited on the soil surface (SPCR)... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Hélio Langoni / Coorientador: Virgínia Bodelão Richini-Pereira / Banca: Paulo Francisco Domingues / Banca: Vera Lucia Mores Rall / Resumo: Staphylococcus aureus é comum em infecções intramamárias, que frequentemente se tornam crônicas, entre outros fatores, pela capacidade dessa bactéria em produzir biofilme. Objetivou-se verificar a capacidade produtora de biofilme em estirpes de S. aureus e Staphylococcus coagulase negativa (SCN), oriundas de mastite bovina clínica e subclínica. Um total de 100 cepas de S. aureus e 100 cepas de SCN foram isoladas de casos de mastites subclínicas e clínicas em duas propriedades do Estado de São Paulo. O teste de triagem da mastite subclínica foi o California Mastitis Test (CMT). Foi realizada Contagem de Células Somáticas (CCS) e cultivo microbiológico das amostras de leite. Pesquisou-se a presença de genes icaA, icaD e bap pela Reação em Cadeia pela Polimerase (Polimerase Chain Reaction - PCR) e caracterização fenotípica no ágar Vermelho Congo (VC) e teste de produção de biofilme em placas. Não houve relação entre a intensidade da reação ao CMT e a CCS. A média de CCS foi de 2,88±0,59 para S. aureus e 2,71±0,35 para SCN. Não houve significância estatísticas entre os valores de CCS para estirpes que continham a presença dos genes pesquisados. Porém as médias dos valores de CCS foram maiores nos isolados que continham tais genes. As frequências de icaA, icaD e bap em S. aureus foram de 82%, 83% e 58%, respectivamente. Observou-se que dos 83 isolados de S. aureus que apresentaram icaD, 82 (98,8%) também apresentaram icaA, com significância estatística no Teste Exato de Fischer (p<0,001). Na associação entre os genes icaA e bap, também foi observada associação significante pois das 82 estirpes que apresentaram icaA, foi possível observar a presença de bap em 56 (68,3%). Das 83 linhagens que continham o gene icaD em 56 (67,5%) delas, também foi detectada presença do gene bap. Não houve concordância entre os testes fenotípicos (K<0,2). A positividade no vermelho congo revelou que 25% das... / Abstract: Staphylococcus aureus is common in intramammary infections, which often become chronic, among other factors, by the ability of this bacteria to produce biofilm. The objective was to verify the production of biofilm capacity in strains of S. aureus and coagulase negative Staphylococcus (CNS), derived from clinical and subclinical bovine mastitis. A total of 100 strains of S. aureus and 100 strains of CNS were isolated from cases of subclinical and clinical mastitis in two properties of São Paulo State. The screening test of subclinical mastitis was the California Mastitis Test (CMT). Somatic Cell Count (SCC) and microbiological culture of milk samples was performed. We researched the presence of icaA, icaD and bap genes by the Polymerase Chain Reaction (PCR) and phenotypic characterization on congo red agar (CRA) and biofilm production on plates. There was no observed relationship between the intensity of the reaction to the CMT and SCC. The mean of SCC was 2.88 ± 0.59 for S. aureus and 2.71 ± 0.35 for CNS. There was no significant statistical between SCC values for strains containing the presence of those researched genes. But the means of the CCS values were higher in isolates that containing such genes. The frequency icaA, icaD and bap in S. aureus were 82%, 83% and 58%, respectively. It was observed that the 83% of S. aureus isolates that had icaD, 82 (98.8%) also had icaA, with statistical significance in the Fischer's exact test (p <0.001). In association between icaA and bap genes, was also observed significant association, for the 82 strains that showed icaA, we observed the presence of bap in 56 (68.3%). Of the 83 strains that containing the icaD gene, 56 (67.5%) of them was also detected the presence of bap gene. There was no agreement between the phenotypic tests (K<0.2). The positivity on congo red agar revealed that 25% of S. aureus strains produced in vitro biofilm. In the adhesion test plates, this number was lower, with ... / Mestre

Resumo: Este estudo avaliou a ocorrência de bactéria entérica na cavidade oral em pacientes com periodontite, pacientes com gengivite, indivíduos periodontalmente saudáveis e pacientes edentados submetidos a tratamento odontológico com reabilitação protética na Faculdade de Odontologia de Araçatuba - UNESP. Quarenta e um edentados portadores de próteses totais, 89 pacientes com gengivite, 70 pacientes com periodontite e 50 indivíduos periodontalmente saudáveis foram submetidos a exame clínico, e as condições periodontais e bucais foram registradas. Foram coletadas amostras de saliva, mucosa bucal, gengiva e biofilme supra e subgengival e bactérias foram detectados por cultura e PCR. Os microrganismos-alvo foram isolados de 75,61% dos pacientes edentados, 25,84% dos pacientes com gengivite, 30% dos pacientes com periodontite e de 18% dos indivíduos saudáveis. Por PCR, as frequências de detecção foram 87,8%, 38,2%, 64,295 e 18%, respectivamente. Significativa resistência aos antimicrobianos foi observada na maioria dos isolados, e verificou-se uma grande heterogeneidade dos marcadores resistentes à ampicilina e tetraciclina. / Abstract: This study evaluated the occurrence of enteric bacteria in oral cavity of periodontitis patients, gingivitis patients, periodontally healthy subjects and edentulous patients wearing complete denture undergoing dental treatment in Araçatuba School of Dentistry. Forty one edentulous wearing complete dentures, 89 gengivitis patients, 70 periodontitis patients and 50 periodontally realthy subjects were submitted to clinical examination, and periodontal and oral conditions were registred. Saliva, oral mucosa, subgingival and supra gingival biofilm samples were colleted and enteric bacteria were detected by culture and PCR. Targeted microorganisms were isolated from 75,61% of edentulous patients, 25,84% of gingivitis patients, 30% of periodontitis patients and from 18% of healthy individuos. By PCR, the detection frequencies were 87,8%, 38,2%, 64,29% and 18%, respectively. Significant resistance to antimicrobial agents was observed in most of isolates, and it was veriied a great heterogeneity of resistance markers to ampicillin and tetracycline. / Orientador: Ana Maria Pires Soubhia / Coorientador: Idelmo Rangel Garcia Júnior / Banca: Roberta Okamoto / Banca: Luis Fernando Landucci / Mestre

Orientador: Fernando Antônio de Ávila / Banca: Luiz Carlos do Nascimento / Banca: Roberta Hilsdorf Piccoli / Banca: Hélio José Montassier / Banca: Karina Paes Bürger / Resumo: A diarreia neonatal é uma das mais recorrentes enfermidades que acometem bezerros, acarretando prejuízos à pecuária leiteira. Nestes casos, um dos micro-organismos mais prevalentes é Escherichia coli, relacionada à contaminação fecal e a surtos alimentares. Para o tratamento, a crescente resistência bacteriana a antimicrobianos leva à busca por novas alternativas farmacológicas. O presente trabalho teve como objetivo geral testar a susceptibilidade de isolados de E. coli oriundos de bezerros neonatos diarreicos e sem diarreia a extratos vegetais. Os animais pertenceram a fazendas destinadas à produção leiteira no Estado de Minas Gerais, Brasil. As amostras foram submetidas ao isolamento microbiológico, à sorologia, à identificação genética por PCR e a testes antimicrobianos. Em relação aos antissoros polivalentes, houve isolados positivos a sorogrupos de importância clínica em humanos, como O26 e O111. Foram isoladas 36 estirpes oriundas de animais acometidos, positivas para pelo menos um gene testado, sendo eles stx1, stx2, eae, bfp e Sta. Relacionadas ao isolamento de animais sem diarreia, 9 estirpes foram carreadoras dos genes stx1, stx2 ou ambos, caracterizando os bovinos como reservatórios do patótipo STEC. O gene LT-II não foi encontrado. Quanto aos testes de susceptibilidade, encontrou-se isolados resistentes a diferentes classes de antimicrobianos. Entre os extratos testados, houve sensibilidade frente à planta Salvia officinalis L. (sálvia). Assim, esta vertente de e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Neonatal diarrhea is one of the most recurrent illnesses that affect calves, resulting in losses to dairy farming. In these cases, one of the most prevalent microorganisms is Escherichia coli that is related to fecal contamination and food outbreaks. For the treatment, the increase bacterial resistance to antimicrobials leads to the search for new pharmacological alternatives. The main aim of this study was to test the susceptibility of E. coli isolated from neonatal calves with diarrhea and healthy to plant extracts. The animals were found in farms which are dairy-producing in the State of Minas Gerais, Brazil. The samples were subject to microbiological isolation, serology, PCR genetic identification and antimicrobial testing. In relation to polyvalent antiserum, there were positive isolates of clinical importance of serogroups in humans, such as O26 and O111. Thirty six strains were isolated from affected animals and they were positive to at least one gene tested, such as stx1, stx2, eae, bfp and Sta. Related to the healthy animals, 9 strains were carriers of the genes stx1, stx2 or both, characterizing the cattles as reservoirs of pathotype STEC. The gene LT-II was not found. In relation to susceptibility tests, resistant isolates to different classes of antimicrobials were found. Among the extracts that were tested, there was sensitivity to the Salvia officinalis L. plant (sálvia). Thus, this aspect of study can be alternative to combat the bacterial pathogens, valid for future tests as to the discovery of new chemical compounds with antimicrobial activity / Doutor

Orientador: Caris Maroni Nunes / Banca: Paulo Roberto Martins Ribolla / Banca: Valéria Marçal Felix de Lima / Resumo: A importância da leishmaniose visceral no contexto da saúde pública tem aumentado na ultima década. A manifestação da leishmaniose visceral nos cães é variável e estudos sobre a genética e a sua relação com a leishmaniose visceral têm indicado alguns genes envolvidos na susceptibilidade e resistência a esta doença. O objetivo deste estudo foi avaliar a relação entre as variantes alélicas dos gene Slc11a1 (solute carrier family 11 member 1) e DLA-DRB1 (dog leukocyte antigen) com a positividade para leishmaniose, determinada por meio da amplificação de DNA de cinetoplasto de Leishmania sp., por PCR, e pela presença de anticorpos anti-Leishmania sp. ao teste ELISA indireto. Foram observadas associações estatisticamente significantes entre a positividade para leishmaniose e: i. a presença do alelo (141, 145 ou 149) da região microssatélite (TAAA)n localizada no íntron 1 do gene Slc11a1 (P< 0,0001) ii. a variação do número de guaninas (8 ou 9 G) da região promotora (P=0,0280) (em ambos os casos quando analisados separadamente) e iii. a presença de qualquer dos alelos da região microssatélite associado a 8 ou 9 G da região promotora (P= 0,0025). A presença do alelo 141 foi estatisticamente associada à negatividade em cães (P<0,0001). Não foi observada associação estatisticamente significante entre a positividade à leishmaniose e a freqüência dos alelos do exon 2 do gene DLA- DRB1, embora tenha sido observada associação significante entre a freqüência dos alelos DRB1-W, DRB1*00101 ou DRB1-T e o resultado negativo para leishmaniose, podendo ser estes potenciais marcadores para resistência à leishmaniose em cães / Abstract:he importance of visceral leishmaniasis in the context of public health has increased in the last decade. The manifestation of visceral leishmaniasis in dogs is variable and genetic studies and its relationship with visceral leishmaniasis have shown some candidate genes involved in susceptibility and resistance to this disease. This study aimed at evaluating the relationship between polymorphism of the genes Slc11a (solute carrier family 11 member 1), and DLA-DRB1 (dog leukocyte antigen) and the positivity to leishmaniasis determined by the amplification of Leishmania sp. kinetoplast DNA by PCR and the presence of anti-Leishmania sp. the indirect ELISA. We observed statistically significant associations between the leishmaniasis positive diagnosis and i. the presence of intron 1 microsatellite region alleles (141, 145 or 149) (P<0.0001), ii. the variation on the guanine number (8 or 9) in the promoter region (P=0.0280) (in both cases when analyzed separately), iii. the presence any of the microsatellite alleles associated to 8 or 9 G in the promoter region (P=0.0025). Microsatellite allele 141 was associated to negativity to leishmaniasis (P<0.0001). There was no association between the presence of any of the exon 2 DLA-DRB1 alleles and the leishmaniasis positive animals, although significant association between the frequency of the alleles DRB1-W, DRB1*00101 or DRB1-T and negative results to leishmaniasis were observed. These might be potential markers for dog's resistance to visceral leishmaniasis / Mestre