Dans ce mémoire, nous étudions les méthodes itératives de recherche dans le cadre de la résolution du problème d'ordonnancement de type jobshop<br /><br />Plus que les performances en elles-mêmes, nous nous intéressons tout particulièrement à la compréhension du fonctionnement des méthodes de résolution ainsi qu'à l'analyse de l'influence de la coopération de plusieurs méthodes de recherche sur la qualité des solutions engendrées.<br /> <br />Dans un premier temps, nous évaluons l'apport de critères secondaires intégrés dans la fonction coût. Nous utilisons des algorithmes itératifs de recherche pour étudier l'impact de l'intégration de ces critères sur le paysage adaptatif ainsi que sur la qualité des ordonnancements engendrés.<br /><br />Nous proposons ensuite quelques améliorations du schéma d'application des opérateurs dans les algorithmes génétiques. <br /><br />Finalement, nous étudions quelques modèles d'hybridation des méta-heuristiques basés sur la recherche tabou et les algorithmes évolutifs.

Ce travail de thèse s'inscrit dans le cadre d'une collaboration industrielle avec la société Volume Software pour le développement du module d'ordonnancement du logiciel "DirectPlanning". Dans ce travail, nous étudions le problème de job shop flexible multicritère et le problème de job shop multiressource multicritère. Notre objectif est de déterminer une approximation du front de Pareto. Nous avons proposé des algorithmes de résolution approchés et plus particulièrement des algorithmes de recherche Tabou et des algorithmes génétiques. Nous avons proposé différentes versions de nos méthodes pour les deux problèmes considérés. Des expérimentations ont été réalisées et montrent les bonnes performances de nos algorithmes, à la fois d'un point de vue qualité des résultats et d'un point de vue de la rapidité des méthodes.

Dans le cadre de l'optimisation multiobjectif, les métaheuristiques sont reconnues pour être des méthodes performantes mais elles ne rencontrent qu'un succès modéré dans le monde de l'industrie. Dans un milieu où seule la performance compte, l'aspect stochastique des métaheuristiques semble encore être un obstacle difficile à franchir pour les décisionnaires. Il est donc important que les chercheurs de la communauté portent un effort tout particulier sur la facilité de prise en main des algorithmes. Plus les algorithmes seront faciles d'accès pour les utilisateurs novices, plus l'utilisation de ceux-ci pourra se répandre. Parmi les améliorations possibles, la réduction du nombre de paramètres des algorithmes apparaît comme un enjeu majeur. En effet, les métaheuristiques sont fortement dépendantes de leur jeu de paramètres. Dans ce cadre se situe l'apport majeur de TRIBES, un algorithme mono-objectif d'Optimisation par Essaim Particulaire (OEP) qui fonctionne automatiquement,sans paramètres. Il a été mis au point par Maurice Clerc. En fait, le fonctionnement de l'OEP nécessite la manipulation de plusieurs paramètres. De ce fait, TRIBES évite l'effort de les régler (taille de l'essaim, vitesse maximale, facteur d'inertie, etc.).Nous proposons dans cette thèse une adaptation de TRIBES à l'optimisation multiobjectif. L'objectif est d'obtenir un algorithme d'optimisation par essaim particulaire multiobjectif sans paramètres de contrôle. Nous reprenons les principaux mécanismes de TRIBES auxquels sont ajoutés de nouveaux mécanismes destinés à traiter des problèmes multiobjectif. Après les expérimentations, nous avons constaté, que TRIBES-Multiobjectif est moins compétitif par rapport aux algorithmes de référence dans la littérature. Ceci peut être expliqué par la stagnation prématurée de l'essaim. Pour remédier à ces problèmes, nous avons proposé l'hybridation entre TRIBES-Multiobjectif et un algorithme de recherche locale, à savoir le recuit simulé et la recherche tabou. L'idée était d'améliorer la capacité d'exploitation deTRIBES-Multiobjectif. Nos algorithmes ont été finalement appliqués sur des problèmes de dimensionnement des transistors dans les circuits analogiques

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Les microARNs appartiennent à la famille des petits ARNs non-codants et agissent comme inhibiteurs des ARN messagers et/ou de leurs produits protéiques. Les mi- croARNs sont différents des petits ARNs interférants (siARN) car ils atténuent l’ex- pression au lieu de l’éliminer. Dans les dernières années, de nombreux microARNs et leurs cibles ont été découverts chez les mammifères et les plantes. La bioinforma- tique joue un rôle important dans ce domaine, et des programmes informatiques de découvertes de cibles ont été mis à la disposition de la communauté scientifique. Les microARNs peuvent réguler chacun des centaines de gènes, et les profils d’expression de ces derniers peuvent servir comme classificateurs de certains cancers. La modélisation des microARNs artificiels est donc justifiable, où l’un pourrait cibler des oncogènes surexprimés et promouvoir une prolifération de cellules en santé. Un outil pour créer des microARNs artificiels, nommé MultiTar V1.0, a été créé et est disponible comme application web. L’outil se base sur des propriétés structurelles et biochimiques des microARNs et utilise la recherche tabou, une métaheuristique. Il est démontré que des microARNs conçus in-silico peuvent avoir des effets lorsque testés in-vitro. Les sé- quences 3’UTR des gènes E2F1, E2F2 et E2F3 ont été soumises en entrée au programme MultiTar, et les microARNs prédits ont ensuite été testés avec des essais luciférases, des western blots et des courbes de croissance cellulaire. Au moins un microARN artificiel est capable de réguler les trois gènes par essais luciférases, et chacun des microARNs a pu réguler l’expression de E2F1 et E2F2 dans les western blots. Les courbes de crois- sance démontrent que chacun des microARNs interfère avec la croissance cellulaire. Ces résultats ouvrent de nouvelles portes vers des possibilités thérapeutiques. / MicroRNAs belong to the family of small non-coding RNAs and act as down regula- tors of messenger RNAs and/or their protein products. microRNAs differ from siRNAs by downregulating instead of shutting down. In recent years, numerous microRNAs and their targets have been found in mammals and plants. Bioinformatics plays a big role in this field, as software has emerged to find new microRNA targets. Each individual microRNA can regulate hundreds of genes, and it has been shown that microRNA expression profiles can classify human cancers. The need for artificially created mi- croRNAs is then justified, as one could target overexpressed oncogenes and promote healthy cell proliferation. MultiTar V1.0, a tool for creating artificial microRNAs, has been implemented and is available as a web application. The tool relies on structural and biological properties of microRNAs and uses a Tabusearch metaheuristic. A typical biological problem is presented and it is shown that an in-silico microRNA has in-vitro effects. The 3’UTR sequences of E2F1, E2F2 and E2F3 were given as input to the tool, and predicted microRNAs were then tested using luciferase essays, western blots and growth curves. At least one microRNA is able to regulate the three genes with luciferase essays and all of the created microRNAs were able to regulate the expres- sion of E2F1 and E2F2 with western blots. Growth curves were also studied in order to investigate overall biological effects, and reduction in growth was observed for all solutions. Results obtained with the predicted microRNAs and the target genes open a new door into therapeutic possibilities.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Nos travaux concernent la mise en œuvre de méthodologies pour la résolution de problèmes d'ordonnancement en industries agroalimentaires. Trois nouvelles approches basées sur les algorithmes génétiques, sont proposées pour la résolution de problèmes d'ordonnancement multi-objectifs : les algorithmes génétiques séquentiels (SGA), les algorithmes génétiques parallèles (PGA) et les algorithmes génétiques parallèles séquentiels (PSGA). Deux approches coopératives multi-objectifs en mode relais, SH_GA/TS et SH_GA/SA, hybridant toutes les deux des métaheuristiques de haut niveau, sont par la suite proposées. Un algorithme évolutionnaire et un algorithme de recherche locale sont, dans ce cas exécutés séquentiellement.

Les systèmes de vélos en libre-service ont connu ces dernières années un développement sans précédent. Bien que les premières tentatives de mise en place remontent aux années 60, l'arrivée de technologies permettant un suivi des différents véhicules mis à la disposition du grand public et de l'état des bornes de stationnement en temps réel a rendu ces systèmes plus attractifs. Plus de 200 villes disposent de tels systèmes et cette tendance se poursuit avec l'entrée en fonctionnement du système de New York prévue pour l'été 2012. La fin de l'année 2011 a été marquée par l'arrivée d'un nouvel avatar de ce type de transport avec la mise en place d'Autolib à Paris. L'objectif de cette thèse est de proposer des algorithmes d'aide à la décision pour l'optimisation de réseaux de transport en libre-service. L'exploitation de ces systèmes, qui fleurissent actuellement un peu partout dans le monde, pose en effet de nombreux problèmes, l'un des plus cruciaux étant celui de la régulation. Cette dernière a pour objectif de maintenir dans chaque station un nombre de vélos ni trop faible, ni trop élevé, afin de satisfaire au mieux la demande. Cette régulation se fait souvent par le biais de camions qui effectuent des tournées sur le réseau. Il apparaît rapidement que la question d'une régulation optimale à l'aide d'une flotte fixée de camions est une question difficile. La thèse est divisée en deux parties. Dans la première partie, le cas "statique" est considéré. Les déplacements de véhicules dus aux usagers sont négligés. Cela traduit la situation la nuit ou lorsque le système est fermé à la location. L'opérateur doit redistribuer les véhicules afin que ceux-ci soient disposés selon une répartition définie. Les problèmes de rééquilibrage avec un ou plusieurs camions sont traités. Pour chacun des deux cas, un algorithme est proposé et utilisé pour résoudre des instances de tailles variées. La seconde partie traite du cas "dynamique" dans lequel les utilisateurs interagissent avec le système. Afin d'étudier ce système complexe, un simulateur a été développé. Il est utilisé pour comparer différentes stratégies de redistribution des véhicules. Certaines utilisent des camions se déplaçant dans la ville pendant la journée. D'autres tentent d'organiser une régulation intrinsèque du système par le biais d'une politique d'incitation : des prix mis à jour régulièrement encouragent les usagers à rendre leur véhicule dans certaines stations. Enfin, si on choisit de ne pas utiliser de camion durant la journée, la question de la détermination du nombre optimal de véhicules à disposer à chaque station se pose. Deux méthodes de recherche locale visant à minimiser le temps total perdu par les usagers sont présentées. Les résultats obtenus peuvent servir pour la définition des répartitions cibles de la première partie.

Les microARNs appartiennent à la famille des petits ARNs non-codants et agissent comme inhibiteurs des ARN messagers et/ou de leurs produits protéiques. Les mi- croARNs sont différents des petits ARNs interférants (siARN) car ils atténuent l’ex- pression au lieu de l’éliminer. Dans les dernières années, de nombreux microARNs et leurs cibles ont été découverts chez les mammifères et les plantes. La bioinforma- tique joue un rôle important dans ce domaine, et des programmes informatiques de découvertes de cibles ont été mis à la disposition de la communauté scientifique. Les microARNs peuvent réguler chacun des centaines de gènes, et les profils d’expression de ces derniers peuvent servir comme classificateurs de certains cancers. La modélisation des microARNs artificiels est donc justifiable, où l’un pourrait cibler des oncogènes surexprimés et promouvoir une prolifération de cellules en santé. Un outil pour créer des microARNs artificiels, nommé MultiTar V1.0, a été créé et est disponible comme application web. L’outil se base sur des propriétés structurelles et biochimiques des microARNs et utilise la recherche tabou, une métaheuristique. Il est démontré que des microARNs conçus in-silico peuvent avoir des effets lorsque testés in-vitro. Les sé- quences 3’UTR des gènes E2F1, E2F2 et E2F3 ont été soumises en entrée au programme MultiTar, et les microARNs prédits ont ensuite été testés avec des essais luciférases, des western blots et des courbes de croissance cellulaire. Au moins un microARN artificiel est capable de réguler les trois gènes par essais luciférases, et chacun des microARNs a pu réguler l’expression de E2F1 et E2F2 dans les western blots. Les courbes de crois- sance démontrent que chacun des microARNs interfère avec la croissance cellulaire. Ces résultats ouvrent de nouvelles portes vers des possibilités thérapeutiques. / MicroRNAs belong to the family of small non-coding RNAs and act as down regula- tors of messenger RNAs and/or their protein products. microRNAs differ from siRNAs by downregulating instead of shutting down. In recent years, numerous microRNAs and their targets have been found in mammals and plants. Bioinformatics plays a big role in this field, as software has emerged to find new microRNA targets. Each individual microRNA can regulate hundreds of genes, and it has been shown that microRNA expression profiles can classify human cancers. The need for artificially created mi- croRNAs is then justified, as one could target overexpressed oncogenes and promote healthy cell proliferation. MultiTar V1.0, a tool for creating artificial microRNAs, has been implemented and is available as a web application. The tool relies on structural and biological properties of microRNAs and uses a Tabusearch metaheuristic. A typical biological problem is presented and it is shown that an in-silico microRNA has in-vitro effects. The 3’UTR sequences of E2F1, E2F2 and E2F3 were given as input to the tool, and predicted microRNAs were then tested using luciferase essays, western blots and growth curves. At least one microRNA is able to regulate the three genes with luciferase essays and all of the created microRNAs were able to regulate the expres- sion of E2F1 and E2F2 with western blots. Growth curves were also studied in order to investigate overall biological effects, and reduction in growth was observed for all solutions. Results obtained with the predicted microRNAs and the target genes open a new door into therapeutic possibilities.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal