Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-07-20T20:52:35Z No. of bitstreams: 1 Joilton. Distribuição clonal de cepas de Escherichia coli isoladas em infecções do trato urinário adquiridas na comunidade.pdf: 892150 bytes, checksum: f9c041684e517924fdabc9c5c88c11ad (MD5) / Made available in DSpace on 2012-07-20T20:52:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Joilton. Distribuição clonal de cepas de Escherichia coli isoladas em infecções do trato urinário adquiridas na comunidade.pdf: 892150 bytes, checksum: f9c041684e517924fdabc9c5c88c11ad (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / A infecção do trato urinário adquirida na comunidade (ITU-AC) situa-se entre as mais freqüentes infecções bacterianas do ser humano e uma das principais razões para o uso de antibióticos. A Escherichia coli causa aproximadamente 80% destas infecções. Estudos recentes sugerem que as mudanças na prevalência da resistência aos antimicrobianos entre os isolados de E. coli na comunidade são mais influenciados pelo aparecimento e desaparecimento transitório de grupos clonais do que pela pressão seletiva exercida com o uso indiscriminado de determinados antimicrobianos. Objetivos: Avaliar a clonalidade das cepas de E. coli isoladas em ITU-AC, investigando o papel da clonalidade destas cepas na persistência e disseminação da resistência à ciprofloxacina. Material e Métodos: Das 463 cepas de E. coli isoladas consecutivamente de pacientes com ITU-AC atendidos em dois serviços ambulatoriais em Salvador/BA no período de 2001 a 2002, foi selecionada uma amostra de cepas resistentes à Ciprofloxacina (n=45) e outra de cepas sensíveis a todos os antimicrobianos testados (n=43). Os testes de susceptibilidade foram realizados conforme recomenda o Clinical and Laboratory Standards Institute e a clonalidade das cepas foi analisada através da comparação dos padrões de eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE), utilizando os critérios de Tennover como estabelecido pelo Centers for Disease Control and Prevention. Resultado: Os principais grupos clonais entre as cepas resistentes à ciprofloxacina foram G, A e D que corresponderam a 42% destas e apenas a 7% das cepas sensíveis (p< 0, 001). Conclusão: Nossos dados mostram a predominância de alguns grupos clonais entre os isolados de E. coli resistentes à ciprofloxacina. Sugerindo, portanto, que a expansão de determinados clones pode desempenhar papel importante na disseminação de resistência bacteriana em ITUs-AC. / Community-acquired urinary tract infection (CA-UTI) is among the most frequent bacterial infections in humans and a major reason for antibiotic use. Escherichia coli causes approximately 80% of these infections. Recent studies suggest that changes in the prevalence of antimicrobial resistance among isolates of E. coli in the community are more influenced by appearance and disappearance of transient clonal groups than by selective pressure from indiscriminate use of certain antimicrobials. Objectives: To evaluate the clonality of strains of E. coli isolated from CA-UTI, investigating the role of clonality of these strains in the persistence and spread of resistance to ciprofloxacin. Methods: Of 463 strains of E. coli isolated consecutively from patients with CA-UTI treated at two outpatient services in Salvador, Bahia from 2001 to 2002, we selected a sample of strains resistant to ciprofloxacin (n = 45) and another sample of strains susceptible to all antimicrobials tested (n = 43). The susceptibility tests were performed as recommended by the Clinical and Laboratory Standards Institute and clonality of the strains was analyzed by comparing the electrophoresis patterns of pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) using the criteria of Tennover as established by Centers for Disease Control and Prevention. Results: The main clonal groups of strains resistant to ciprofloxacin were G, A and D which accounted for 42% of them and comprised only 7% of susceptible strains (p <0.001). Conclusion: Our data show the predominance of some clonal groups among isolates of E. coli resistant to ciprofloxacin. Thus suggesting that the expansion of certain clones may play an important role in the spread of bacterial resistance in CA-UTI.

O filo Actinobacteria é um importante grupo de bactérias Gram positivas amplamente distribuídas nos ambientes aquáticos e terrestres, são grandes produtores de compostos biologicamente ativos e, portanto, de grande interesse biotecnológico. O gênero Streptomyces destaca-se como maior produtor destes compostos, sendo responsável por cerca de 70% dos antibióticos que hoje utilizamos. A identificação dos organismos deste gênero ainda é um desafio. Durante muitos anos a identificação foi realizada somente com base em características morfológicas e fisiológicas. Atualmente, com o avanço das técnicas moleculares, há um grande número de espécies relatadas em bancos de dados genômicos. Este trabalho tem por objetivo identificar isolados de actinobactérias presentes no Laboratório de Microbiologia Ambiental ICBS/UFRGS com auxílio das técnicas de BOX-PCR, amplamente utilizado em estudos de diversidade dentro deste filo, e URP-PCR. E, além disso, realizar purificação parcial de um composto antimicrobiano efetivo contra bactérias produzido pelo isolado Streptomyces 8S. Os primers URP e BOX1AR produziram distintos padrões de amplificação nos isolados estudados, porém não foi possível investigar as relações de similaridade entre eles. Ainda o sequenciamento da região 16S rDNA não foi eficiente para identificar as espécies. Para a purificação do composto antimicrobiano foi realizada extração líquido-líquido com o solvente acetato de etila, posteriormente cromatografia de gel-filtração (Sephadex G-75) e troca iônica (SP-Sepharose e DEAE-celulose). A atividade antimicrobiana do composto foi recuperada após cada etapa. O composto manteve-se ativo após os ensaios de estabilidade frente à adição de EDTA, enzimas proteolíticas e altas temperaturas. Isto sugere que o composto antimicrobiano não é de origem protéica. Este trabalho sugere novos estudos a partir dos resultados preliminares obtidos, como a amplificação de todo o fragmento 16S rDNA dos isolados de actinobactérias e a investigação do composto antimicrobiano através de cromatografias de alta resolução. / The Actinobacteria phylum is an important group of Gram positive bacteria widely distributed in terrestrial and aquatic environments. They are major producers of biologically active compounds and therefore of great biotechnological interest. The genus Streptomyces stands out as the largest producer of these compounds, accounting for about 70% of the antibiotics that we use today. The identification of these organisms is still a challenge. For many years the identification was carried out only based on morphological and physiology characteristics. Today, with the advance of molecular techniques, there are a large number of species reported in genomics database. This work aims to identify isolates of actinobacterias present in the Laboratório de Microbiologia Ambiental ICBS / UFRGS with the help of BOX-PCR techniques, widely used in diversity studies within this phylum, and URP-PCR. And besides that, performing partial purification of an antimicrobial compound effective against bacteria produced by Streptomyces 8S isolated. The URP and BOX1AR primers produced different amplification patterns in the isolates, but it was not possible to investigate the relationship of similarity between them. Also the sequencing of 16S rDNA was not efficient to identify the species. To purify the antimicrobial compound was carried out liquid-liquid extraction with the solvent ethyl acetate, subsequently chromatography: gel-filtration (Sephadex G-75) and ion exchange (SP-Sepharose and DEAE-cellulose). The antimicrobial in question did not adhere to the SP-Sepharose column, showing that it has negative charge. The antimicrobial activity of the compound was recovered after each step. The compound remained active after the stability tests like the addition of EDTA, proteolytic enzymes and high temperatures. This suggests that the antimicrobial compound is not a protein. This work suggests further studies based on the obtained preliminary results such as the amplification of the entire 16S rDNA of actinobacterias isolated fragment and the investigation of the antimicrobial compound using high resolution chromatography.

Salmonella é um dos principais agentes de Doenças Transmitidas por Alimentos (DTA) em todo o mundo. No Rio Grande do Sul, uma cepa de Salmonella Enteritidis vem sendo identificada como o principal agente causador de DTA na última década, a qual foi nominada SE86. Quando comparada com outros sorovares de Salmonella, a SE86 demonstrou maior capacidade de adaptação ácida e térmica, além de maior resistência contra diferentes sanificantes. O presente estudo teve como objetivo investigar o envolvimento dos genes rpoS e dps na resistência ao hipoclorito de sódio e do gene ompR na adaptação ácida e resistência térmica da cepa S. Enteritidis SE86. Os genes avaliados foram atenuados pela técnica de Knockout e a expressão dos mesmos foi investigada pela técnica Epitope Tagging - 3 x FLAG. Os resultados demonstraram que a cepa mutante SE86, sem a presença do gene dps ( dps), demonstrou uma maior sensibilidade em relação à cepa SE86 Wild Type (WT), após a exposição ao hipoclorito de sódio a 200 ppm. As proteínas Rpos e Dps foram ativamente expressas nas mesmas condições de exposição ao hipoclorito de sódio, demonstrando assim a relação destes genes com o estresse oxidativo provocado por hipoclorito de sódio na SE86. O envolvimento do gene ompR na resistência térmica foi investigado após a adaptação ácida de SE86 WT e do mutante ompR. As células ácido adaptadas do mutante ompR foram completamente inativadas após 240 minutos de exposição a temperatura de 52º C, enquanto que as células WT resistiram até 300 minutos de exposição. A expressão da proteína OmpR foi observada por Western blotting e confirmou a relação da adaptação ácida com a maior resistência térmica da SE86. / Salmonella is one of the main agents of foodborne diseases worldwide. In Rio Grande do Sul, a clone of Salmonella Enteritidis has been identified as the main cause of foodborne diseases in the last decade, which was named SE86. The the present study aimed to investigate the involvement of rpoS and dps genes in resistance to sodium hypochlorite and ompR gene in acid adaptation and thermal resistance of the strain S. Enteritidis SE86. The genes evaluated were attenuated by knockout technique and their expression was determined by tagged (3XFLAG) strains. The results demonstrated that strain S. Enteritidis SE86 without the presence of dps gene ( dps) showed a higher sensitivity to the wild type strain SE86 (WT) when exposed to sodium hypochlorite at 200 ppm. Furthermore, RpoS and Dps proteins were actively expressed in these experimental conditions, thus demonstrating the relationship of these genes with oxidative stress in S. Enteritidis SE86 caused by sodium hypochlorite. The involvement of ompR gene in thermal resistance was observed after the acid adaptation of S. Enteritidis SE86 WT and ompR since cells adapted acid without the presence of ompR have been completely inactivated when exposed to 240 min at temperature of 52 °C, while WT cells resisted until 300 min of exposure. The expression of the OmpR protein by western blotting confirmed the necessity of the acid adaptation for that S. Enteritidis SE86 resists to high temperatures.

O objetivo deste trabalho foi caracterizar os mecanismos adquiridos de resistência de isolados de enterobactérias produtoras de carbapenemases utilizando a tecnologia de sequenciamento de nova geração. Foram incluídos no estudo quatro isolados – três Escherichia coli e uma Serratia marcescens – produtores de diferentes carbapenemases – OXA-370, KPC-2, NDM-1 e GES-5, respectivamente, obtidos a partir de um estudo de vigilância para detecção de carbapenemases. O DNA total dos isolados foi extraído utilizando kits comerciais e submetido à fragmentação enzimática para a obtenção de bibliotecas genômicas de aproximadamente 300 pares de bases. Após a preparação das bibliotecas, elas foram carregadas em chips 316 v2 para a plataforma Ion Torrent PGM e submetidas ao sequenciamento, utilizando um programa de 850 flows. Para cada genoma, foram obtidos aproximadamente um milhão de reads, os quais foram submetidos ao processo de montagem para a obtenção de genomas de aproximadamente 5Mb com uma cobertura de, em média, 175 vezes. As sequências obtidas foram submetidas à anotação utilizando o sistema RAST e a ferramenta online ResFinder. Sequências de inserção foram pesquisadas utilizando a ferramenta ISFinder. Além das carbapenemases, genes que codificam para outras β-lactamases (blaTEM-1, blaCTX-M-2 blaCTX-M-8, blaOXA-1, blaOXA-2) foram encontrados em todos os genomas. AMEs (aadA1, aph(3’)-la, aac(3)-IIa, strA, strB, aac(6’)Ib-cr, aac(6’)-Ib and aac(6`)-Ic), bem como genes que codificam resistência às sulfonamidas e ao trimetoprim também foram comuns aos isolados avaliados. Os seguintes ambientes genéticos foram observados: blaOXA-370 é flanqueada pela IS5075-like, blaKPC-2 está inserida no transposon Tn4401, e blaNDM-1, no transposon Tn3000. Cada isolado de E. coli pertenceu a um sequence type (ST) distinto: 1099F pertence à ST617, 1326F, à ST648, e 2610F, à ST707. Nossos resultados indicaram a diversidade de genes de resistência que podem ser encontrados em um isolado clínico, ressaltaram a variedade de contextos genéticos em que as carbapenemases podem estar inseridas e demonstraram que o sequenciamento de nova geração pode ser utilizado como uma ferramenta para a caracterização de isolados bacterianos multirresistentes, auxiliando, entre outros aspectos, na tipagem e na identificação de determinantes de resistência. / The aim of this study was to characterize the resistome of carbapenemase-producing Enterobacteriaceae using a next-generation sequencing platform. Four isolates were included in this study – three Escherichia coli and one Serratia marcescens – producing different carbapenemases – OXA-370, KPC-2, NDM-1 and GES-5, respectively, obtained from a surveillance study for carbapenemase detection. Total DNA was extracted using commercially available kits and submitted to enzymatic fragmentation to obtain libraries of around 300 base pairs of each isolate. After library preparation, they were loaded in 316 v2 chips for Ion Torrent PGM platform, and sequencing was performed using an 850 flows program. For each genome, approximately a million reads were obtained, and they were further assembled. The genome length for each isolate was of around 5Mb, with a mean coverage of 175x. The RAST system and the online tool ResFinder were used for annotation, as well as ISFinder. Besides the carbapenemases, genes encoding for other β-lactamases (blaTEM-1, blaCTX-M-2 blaCTX-M-8, blaOXA-1, blaOXA-2) were found in all genomes. AMEs (aadA1, aph(3’)-la, aac(3)-IIa, strA, strB, aac(6’)Ib-cr, aac(6’)-Ib and aac(6`)-Ic) were also detected in every isolate included in the study, as well as genes encoding for resistance determinants to sulfonamides and trimetoprim. The genetic environment of the carbapenemases was very similar to other isolates described in the literature – blaOXA-370 is flanked by IS5075-like, blaKPC-2 is inserted in transposon Tn4401, and blaNDM-1 was found in transposon Tn3000. Each isolate belonged to a distinct ST – 1099F is part of ST617, 1326F belonged to ST648 and 2610F, to ST707. Our results demonstrated the diversity of resistance determinants that can be found in a clinical isolate, highlighted the variability of genetic environments in which carbapenemases can be present and demonstrated that next-generation sequencing is a valuable tool for the characterization of multidrug-resistant isolates, and can provide information regarding the molecular typing and the identification of resistance determinants.

O descarte de antimicrobianos e bactérias através de efluentes hospitalares tem contribuído para o aumento e disseminação da resistência antimicrobiana no ambiente natural. Esta resistência pode estar associada à aquisição de genes de resistência, presença de bombas de efluxo ou características intrínsecas das bactérias. O presente trabalho teve como objetivos: caracterizar o perfil de resistência em 60 isolados de Pseudomonas para os antimicrobianos Ceftazidima e Imipenem, detecção fenotípica das bombas de efluxo e detecção dos genes mex B, mex D, mex Y e mex F de bomba de efluxo da família Resistência-Nodulação- Divisão (RND), associados a fenótipos de resistência neste gênero bacteriano. O perfil de resistência dos isolados foi avaliado através da Concentração Inibitória Mínima (CIM) dos antimicrobianos Ceftazidima e Imipenem. Para a detecção fenotípica das bombas de efluxo foi comparada a CIM do Imipenem (IMP) e da Ceftazidima (CAZ) na presença e na ausência de carbonil cianida mclorofenilhidrazona (CCCP). A presença dos genes foi verificada através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Os isolados de Pseudomonas aeruginosa (n=32) mostraram-se mais resistentes aos antimicrobianos testados do que as outras espécies do gênero (n=28). Na avaliação fenotípica das bombas de efluxo 10 isolados reduziram a CIM do IMP e 6 isolados reduziram a CIM da CAZ na presença do CCCP, indicando que bombas de efluxo possivelmente são responsáveis por esta resistência nestes isolados. Dos 60 isolados utilizados no estudo, 95% amplificaram o gene mex Y, 88% o gene mex B, 88% mex F, 48% mex D, no entanto, quando os resultados do PCR foram comparados com a análise fenotípica, revelou que nem todos os isolados expressam os genes encontrados, portanto a resistência pode ser associada também a outros mecanismos. / The disposal of antimicrobial and bacteria through hospital effluents has contributed to the increase and spread of antimicrobial resistance in the natural environment. This resistance can be associated to gene acquisition, presence of efflux bombs or intrinsic characteristics of the bacteria. This study aimed to: characterize the resistance profile of 60 Pseudomonas isolates for Ceftazidime and Imipenem l, to detect phenotypically efflux pumps systems and detect the genes mex B mex D, mex Y and mex F responsible by the efflux pump family resistance-nodulation-division (RND). The isolates resistance profile was evaluated by Minimum Inhibitory Concentration (MIC) of ceftazidime and imipenem l. For the phenotypic detection of efflux pumps the MIC of imipenem (IMP) and ceftazidime (CAZ) in the presence and absence of carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone (CCCP was compared. The presence of the genes was verified by Polymerase Chain Reaction (PCR). Isolates of Pseudomonas aeruginosa (n=32) were more resistant to antimicrobials tested than other species of the genus (n=28). In the phenotypic evaluation of efflux pumps 10 isolates reduced the MIC of IMP and 6 isolates reduced the CAZ MIC in the presence of CCCP, indicating that an efflux system can be responsible for the resistance of the isolates. Of the 60 isolates used in the study, 95% amplified the mex Y, 88% mex B, 88% mex F and 48% mex D, however, when the PCR results were compared with the phenotypic analysis the results revealed that neither all isolates express genes found, therefore the resistance observed might be associated to another mechanism.

O descarte de antimicrobianos e bactérias através de efluentes hospitalares tem contribuído para o aumento e disseminação da resistência antimicrobiana no ambiente natural. Esta resistência pode estar associada à aquisição de genes de resistência, presença de bombas de efluxo ou características intrínsecas das bactérias. O presente trabalho teve como objetivos: caracterizar o perfil de resistência em 60 isolados de Pseudomonas para os antimicrobianos Ceftazidima e Imipenem, detecção fenotípica das bombas de efluxo e detecção dos genes mex B, mex D, mex Y e mex F de bomba de efluxo da família Resistência-Nodulação- Divisão (RND), associados a fenótipos de resistência neste gênero bacteriano. O perfil de resistência dos isolados foi avaliado através da Concentração Inibitória Mínima (CIM) dos antimicrobianos Ceftazidima e Imipenem. Para a detecção fenotípica das bombas de efluxo foi comparada a CIM do Imipenem (IMP) e da Ceftazidima (CAZ) na presença e na ausência de carbonil cianida mclorofenilhidrazona (CCCP). A presença dos genes foi verificada através da Reação em Cadeia da Polimerase (PCR). Os isolados de Pseudomonas aeruginosa (n=32) mostraram-se mais resistentes aos antimicrobianos testados do que as outras espécies do gênero (n=28). Na avaliação fenotípica das bombas de efluxo 10 isolados reduziram a CIM do IMP e 6 isolados reduziram a CIM da CAZ na presença do CCCP, indicando que bombas de efluxo possivelmente são responsáveis por esta resistência nestes isolados. Dos 60 isolados utilizados no estudo, 95% amplificaram o gene mex Y, 88% o gene mex B, 88% mex F, 48% mex D, no entanto, quando os resultados do PCR foram comparados com a análise fenotípica, revelou que nem todos os isolados expressam os genes encontrados, portanto a resistência pode ser associada também a outros mecanismos. / The disposal of antimicrobial and bacteria through hospital effluents has contributed to the increase and spread of antimicrobial resistance in the natural environment. This resistance can be associated to gene acquisition, presence of efflux bombs or intrinsic characteristics of the bacteria. This study aimed to: characterize the resistance profile of 60 Pseudomonas isolates for Ceftazidime and Imipenem l, to detect phenotypically efflux pumps systems and detect the genes mex B mex D, mex Y and mex F responsible by the efflux pump family resistance-nodulation-division (RND). The isolates resistance profile was evaluated by Minimum Inhibitory Concentration (MIC) of ceftazidime and imipenem l. For the phenotypic detection of efflux pumps the MIC of imipenem (IMP) and ceftazidime (CAZ) in the presence and absence of carbonyl cyanide m-chlorophenylhydrazone (CCCP was compared. The presence of the genes was verified by Polymerase Chain Reaction (PCR). Isolates of Pseudomonas aeruginosa (n=32) were more resistant to antimicrobials tested than other species of the genus (n=28). In the phenotypic evaluation of efflux pumps 10 isolates reduced the MIC of IMP and 6 isolates reduced the CAZ MIC in the presence of CCCP, indicating that an efflux system can be responsible for the resistance of the isolates. Of the 60 isolates used in the study, 95% amplified the mex Y, 88% mex B, 88% mex F and 48% mex D, however, when the PCR results were compared with the phenotypic analysis the results revealed that neither all isolates express genes found, therefore the resistance observed might be associated to another mechanism.

O mercúrio (Hg) é um dos metais com maior impacto sobre os ecossistemas e sua presença no ambiente tem origem natural ou antropogênica. O acúmulo do mercúrio no ambiente tem afetado a integridade dos ecossistemas e a saúde do homem. Contudo, algumas bactérias desenvolveram mecanismos de resistência, e com isso desempenham um papel muito importante na redução enzimática de Hg (II) a Hg0, a qual é uma forma volátil e de menor toxicidade deste metal. Assim, a redução microbiana de Hg (II) representa um recurso para desenvolvimento de métodos alternativos de tratamento de resíduos que contenham este metal, oferecendo vantagens, como baixo custo operacional e alta eficiência na remoção de mercúrio. Deste modo, os objetivos do estudo foram isolar microrganismos resistentes a mercúrio; determinar a concentração inibitória mínima de Hg; bem como, estimar a capacidade de volatilização de mercúrio pelos microrganismos selecionados; a dinâmica da volatilização do mercúrio; e a caracterização da enzima mercúrio redutase produzida pelo isolado B50A. Foram selecionadas 16 bactérias Gram-negativas resistentes a altas concentrações de mercúrio (50 mg L-1 a 210 mg L-1), sendo que todos os isolados foram capazes de volatilizar este metal. Os isolados B50A e M50C, volatilizaram 86% do mercúrio presente no meio e a remoção de Hg (II) não dependeu de altas taxas de crescimento populacional. A enzima presente no extrato bruto de B50A apresentou atividade ótima em pH 8, e temperaturas entre 37ºC e 45ºC. Os íons NH4 +, Ba2+, Sn2+, Ni2+ e Cd2+ não inibiram nem estimularam significativamente (p>0,05) a atividade da mercúrio redutase do isolado B50A, porém ocorreu queda significativa (p>0,05) da atividade na presença de Ca2+, Cu+ e K+. As bactérias isoladas e a enzima de B50A foram eficientes na redução de Hg (II) a Hg0, o que evidencia o potencial destes microrganismos para desenvolvimento de tecnologias e processos de biorremediação de resíduos contaminados com mercúrio. / Mercury (Hg) is one of the metals that has had profound influence on all ecosystems, and can occur in the in the environment as a natural and anthropogenic phenomenon. The accumulation of mercury has affected the integrity of ecosystems and human health. However, some bacterias have developed biological mechanisms for mercury resistance, and subsequently perform an important role in the enzymatic reduction of Hg(II) to Hg(0), this being a volatile and less toxic form of the metal.The process of microbial Hg (II) reduction represents an area of development for alternative methods of waste treatment, with potentially low operating costs and high removal efficiencies. This study presents the screening of microrganisms resistant to mercury, and the determination of the minimum inhibitory concentration of Hg. An estimation of the mercury volatilization by selected microorganisms, the dynamics of volatilization, and the characterization of mercury reductase produced by the isolated B50A, are all addressed. Sixteen Gram-negative bacteria resistant to high concentrations of mercury (50 mg L-1 to 210 mg L-1) were selected, and these isolates showed ability to volatilize the metal. The dynamics of the volatilization of the B50A and M50C isolates demonstrated that in only 4 hours of incubation it was possible to volatilize 86% of the mercury present in the culture. The latter also demonstrating that the removal of Hg (II) is independent of high biomass formation. The enzyme present in the crude extract of B50A showed optimal activity at pH 8 and temperatures ranging between 37 and 45°C. The presence of NH 4 +, Ba2+, Sn2+, Ni2+ and Cd2+ did not significantly (p<0,05) inhibited or stimulated the activity of mercury reductase B50A, but significant (p<0,05) reduction in activity was observed in the presence of Ca2+, Cu+ and K+ . The isolates bacteria and mercury reductase produced by the isolated B50A were efficient in reducing Hg (II) to Hg0, this demonstrated the potential of these microorganisms to augment technologies for bioremediation processes for waste contaminated with mercury.

O filo Actinobacteria é um importante grupo de bactérias Gram positivas amplamente distribuídas nos ambientes aquáticos e terrestres, são grandes produtores de compostos biologicamente ativos e, portanto, de grande interesse biotecnológico. O gênero Streptomyces destaca-se como maior produtor destes compostos, sendo responsável por cerca de 70% dos antibióticos que hoje utilizamos. A identificação dos organismos deste gênero ainda é um desafio. Durante muitos anos a identificação foi realizada somente com base em características morfológicas e fisiológicas. Atualmente, com o avanço das técnicas moleculares, há um grande número de espécies relatadas em bancos de dados genômicos. Este trabalho tem por objetivo identificar isolados de actinobactérias presentes no Laboratório de Microbiologia Ambiental ICBS/UFRGS com auxílio das técnicas de BOX-PCR, amplamente utilizado em estudos de diversidade dentro deste filo, e URP-PCR. E, além disso, realizar purificação parcial de um composto antimicrobiano efetivo contra bactérias produzido pelo isolado Streptomyces 8S. Os primers URP e BOX1AR produziram distintos padrões de amplificação nos isolados estudados, porém não foi possível investigar as relações de similaridade entre eles. Ainda o sequenciamento da região 16S rDNA não foi eficiente para identificar as espécies. Para a purificação do composto antimicrobiano foi realizada extração líquido-líquido com o solvente acetato de etila, posteriormente cromatografia de gel-filtração (Sephadex G-75) e troca iônica (SP-Sepharose e DEAE-celulose). A atividade antimicrobiana do composto foi recuperada após cada etapa. O composto manteve-se ativo após os ensaios de estabilidade frente à adição de EDTA, enzimas proteolíticas e altas temperaturas. Isto sugere que o composto antimicrobiano não é de origem protéica. Este trabalho sugere novos estudos a partir dos resultados preliminares obtidos, como a amplificação de todo o fragmento 16S rDNA dos isolados de actinobactérias e a investigação do composto antimicrobiano através de cromatografias de alta resolução. / The Actinobacteria phylum is an important group of Gram positive bacteria widely distributed in terrestrial and aquatic environments. They are major producers of biologically active compounds and therefore of great biotechnological interest. The genus Streptomyces stands out as the largest producer of these compounds, accounting for about 70% of the antibiotics that we use today. The identification of these organisms is still a challenge. For many years the identification was carried out only based on morphological and physiology characteristics. Today, with the advance of molecular techniques, there are a large number of species reported in genomics database. This work aims to identify isolates of actinobacterias present in the Laboratório de Microbiologia Ambiental ICBS / UFRGS with the help of BOX-PCR techniques, widely used in diversity studies within this phylum, and URP-PCR. And besides that, performing partial purification of an antimicrobial compound effective against bacteria produced by Streptomyces 8S isolated. The URP and BOX1AR primers produced different amplification patterns in the isolates, but it was not possible to investigate the relationship of similarity between them. Also the sequencing of 16S rDNA was not efficient to identify the species. To purify the antimicrobial compound was carried out liquid-liquid extraction with the solvent ethyl acetate, subsequently chromatography: gel-filtration (Sephadex G-75) and ion exchange (SP-Sepharose and DEAE-cellulose). The antimicrobial in question did not adhere to the SP-Sepharose column, showing that it has negative charge. The antimicrobial activity of the compound was recovered after each step. The compound remained active after the stability tests like the addition of EDTA, proteolytic enzymes and high temperatures. This suggests that the antimicrobial compound is not a protein. This work suggests further studies based on the obtained preliminary results such as the amplification of the entire 16S rDNA of actinobacterias isolated fragment and the investigation of the antimicrobial compound using high resolution chromatography.

Salmonella é um dos principais agentes de Doenças Transmitidas por Alimentos (DTA) em todo o mundo. No Rio Grande do Sul, uma cepa de Salmonella Enteritidis vem sendo identificada como o principal agente causador de DTA na última década, a qual foi nominada SE86. Quando comparada com outros sorovares de Salmonella, a SE86 demonstrou maior capacidade de adaptação ácida e térmica, além de maior resistência contra diferentes sanificantes. O presente estudo teve como objetivo investigar o envolvimento dos genes rpoS e dps na resistência ao hipoclorito de sódio e do gene ompR na adaptação ácida e resistência térmica da cepa S. Enteritidis SE86. Os genes avaliados foram atenuados pela técnica de Knockout e a expressão dos mesmos foi investigada pela técnica Epitope Tagging - 3 x FLAG. Os resultados demonstraram que a cepa mutante SE86, sem a presença do gene dps ( dps), demonstrou uma maior sensibilidade em relação à cepa SE86 Wild Type (WT), após a exposição ao hipoclorito de sódio a 200 ppm. As proteínas Rpos e Dps foram ativamente expressas nas mesmas condições de exposição ao hipoclorito de sódio, demonstrando assim a relação destes genes com o estresse oxidativo provocado por hipoclorito de sódio na SE86. O envolvimento do gene ompR na resistência térmica foi investigado após a adaptação ácida de SE86 WT e do mutante ompR. As células ácido adaptadas do mutante ompR foram completamente inativadas após 240 minutos de exposição a temperatura de 52º C, enquanto que as células WT resistiram até 300 minutos de exposição. A expressão da proteína OmpR foi observada por Western blotting e confirmou a relação da adaptação ácida com a maior resistência térmica da SE86. / Salmonella is one of the main agents of foodborne diseases worldwide. In Rio Grande do Sul, a clone of Salmonella Enteritidis has been identified as the main cause of foodborne diseases in the last decade, which was named SE86. The the present study aimed to investigate the involvement of rpoS and dps genes in resistance to sodium hypochlorite and ompR gene in acid adaptation and thermal resistance of the strain S. Enteritidis SE86. The genes evaluated were attenuated by knockout technique and their expression was determined by tagged (3XFLAG) strains. The results demonstrated that strain S. Enteritidis SE86 without the presence of dps gene ( dps) showed a higher sensitivity to the wild type strain SE86 (WT) when exposed to sodium hypochlorite at 200 ppm. Furthermore, RpoS and Dps proteins were actively expressed in these experimental conditions, thus demonstrating the relationship of these genes with oxidative stress in S. Enteritidis SE86 caused by sodium hypochlorite. The involvement of ompR gene in thermal resistance was observed after the acid adaptation of S. Enteritidis SE86 WT and ompR since cells adapted acid without the presence of ompR have been completely inactivated when exposed to 240 min at temperature of 52 °C, while WT cells resisted until 300 min of exposure. The expression of the OmpR protein by western blotting confirmed the necessity of the acid adaptation for that S. Enteritidis SE86 resists to high temperatures.

A contaminação das águas naturais representa um dos principais riscos à saúde pública, sendo conhecida a estreita relação entre a qualidade da água e inúmeras enfermidades. Enterococcus são habitantes da microbiota intestinal humana, podendo ser encontrados em praticamente todos os animais e ambientes. A importância crescente dos enterococos como patógenos oportunistas e a emergência e disseminação de cepas multiresistentes contribuiu para um maior interesse na epidemiologia desses micro-organismos. Os objetivos desse trabalho são caracterizar fenotipicamente e determinar o perfil de susceptibilidade a antimicrobianos de Enterococcus isolados das águas do arroio Dilúvio, em Porto Alegre. Foram coletadas amostras de água em cinco diferentes pontos do arroio, em quatro períodos do ano. Dos 348 isolados, 62,07% foram identificados como E. faecium, 13,50% como E. faecalis, 12,07% como E. casseliflavus e 12,36% como Enterococcus sp. Noventa e quatro por cento dos isolados demontraram resistência a pelo menos uma classe de antimicrobianos e 44,25% a duas classes. E. faecium foi a espécie com maior frequência de cepas resistentes (74,07%) a pelo menos duas classes de antimicrobianos, seguida de E. casseliflavus (66,67%) e E. faecalis (36,17%). No ponto 1, que corresponde a nascente do arroio, foi observado a menor incidência de cepas de Enterococcus e de cepas resistentes, quando comparados com os demais pontos de coleta. Os resultados demonstram a presença de cepas de Enterococcus resistentes isoladas em todos os pontos do arroio Dilúvio. Estes resultados mostram a necessidade de medidas sanitárias urgentes que busquem a melhoria da qualidade de suas águas a fim de evitar a contaminação e a disseminação de micro-organismos resistentes à antimicrobianos. / The contamination of natural resources of water is a major risk to public health, due to the tight relation between water quality and countless diseases. Enterococcus is ainhabit of human intestinal microbiota, and can be isolated from animals and environments. The increasing importance of enterococci as opportunistic pathogens, as well as the emergence and dissemination of multiresistant strains, contribute for a greater interest in epidemiology study of these microorganisms. The aim of this study was to characterize phenotypic and to determine the antimicrobial susceptibility of Enterococcus isolated from Dilúvio stream, in Porto Alegre. Water samples were collected in five different locations of the stream, throughout four periods of the year. Among the 348 isolates obtained 62.07% were identified as E. faecium, 13.50% as E. faecalis, 12.07% as E. casseliflavus, and 12.36% as Enterococcus sp. Ninty-four percent of the isolates were resistant to at least one antimicrobial class, and 44.25% to two classes. E. faecium was the most frequently species resistant to at least two antimicrobial classes (74,07%), followed by E. casseliflavus (66.67%) and E. faecalis (36.17%). In all locations was isolated Enterococcus resistant the results indicate the urgent sanity initiative, in order to improve the water quality of Dilúvio’s to avoid the contamination and of antimicrobial-resistant microorganisms.