Les espèces de Mascarocoffea (61 sur 124 décrites endémiques de Madagascar) sont fortement menacées d'extinction à cause de la réduction considérable des surfaces forestières à Madagascar. En vue de leur préservation, l'évaluation du niveau de diversité dans la collection de Mascarocoffea de la station de Recherche du FOFIFA à Kianjavato comparé à celui de quatre populations en in situ a été faite. Le niveau de diversité des populations en collection est plus important que celui en in situ dont l'hétérozygotie observée est similaire avec une importante richesse allélique. La modélisation de la croissance et du développement des jeunes individus de ces populations par le modèle GreenLab a permis d'appréhender la mise en place de la structure de la plante en accord avec la variabilité architecturale interspécifique chez les populations étudiées à différents stades de développement. Un bon ajustement sur la croissance a été obtenu par la calibration des populations étudiées dans le dispositif expérimental. L'évolution de la variable clé du modèle GreenLab, le rapport source-puits (Q/D) en fonction du temps pour les 7 populations ajustées a montré que la production de beaucoup plus d'organes influence l'évolution du rapport Q/D au court du temps. Ce rapport affecte la taille des organes et l'architecture des Mascarocoffea. Un essai sur des individus adultes poussant dans des milieux différents (ex et in situ) dont les paramètres morphologiques, architecturaux et génétiques ont été déterminés dans cette étude, permettrait de déterminer la réponse des plantes selon l'environnement dans lequel elles poussent et de faire une optimisation du modèle. La détection des individus hybrides aussi bien in situ qu'en collection permet de voir ultérieurement la conséquence sur la structure de la plante et d'envisager d'intégrer les paramètres génétiques dans le modèle…. / Mascarocoffea species (61 / 124 described, endemics to Madagascar) are highly endangered because of the considerable Madagascar area forest reduction. For their preservation, assessment of the Mascarocoffea diversity level in the FOFIFA Kianjavato Collection Research Station compared to four in situ populations was made. The collection population's diversity level is larger than that in situ, observed heterozygosity is similar with a significant allelic richness. Modeling the young individuals in these populations' growth and development by the GreenLab model helped to understand the development of the plant structure in accordance with the interspecific architectural variability in studied populations at different development stages. A good fitting on growth was obtained on the populations studied in the experimental plot. The evolution of the GreenLab model key variable, the source-sink ratio (Q / D), showed that the production of many more organs influences the ratio Q / D evolution in time. This variable affects organ size and Mascarocoffea architecture. An essay on adult individuals growing in different environments (in and ex situ), whose morphological, genetic and architectural parameters were determined in this study, would allow the plants response in terms of architecture depending on the environment in which they grow and to optimize the model. The detection of hybrid individuals in both in situ and at the collection would detect hybrids characters on the plant structure and consider integrating genetic parameters in the model....

Depuis la préoccupation de conservation génétique apparue dans les années 1970, les enjeux autour de la gestion des populations animales à petits effectifs en France se sont diversifiés (valorisation etc.). Les dispositifs de gestion de ces populations ont pris des formes multiples, les acteurs s'y impliquant s'étant eux même diversifiés. L'objectif de ce travail est de contribuer à caractériser ces dispositifs, dans leur diversité et dans leurs dynamiques. La démarche adoptée combine une lecture transversale de récits concernant vingt dispositifs de gestion, et une étude approfondie de trois cas, les cas du porc Blanc de l'Ouest, de la brebis Landaise, et de la vache Rouge Flamande, dans lesquels une attention particulière est portée aux controverses qui se développent. Ce travail propose de porter trois regards sur les dispositifs selon trois pôles : la conservation, la valorisation, l'orientation des populations animales. Des éléments clés de chacun de ces pôles sont repérés dans la lecture transversale des vingt récits. L'étude des controverses dans les trois cas fait ressortir des éléments de compréhension des processus de construction des choix techniques et des organisations. Les dynamiques d'interaction entre conservation et valorisation sont en particulier soulignées, ainsi que le rôle central de la définition des races.

L'objectif global était d'évaluer la diversité génétique d'une collection de variétés de pommes de terre indigènes originaires de l'île de Chiloé, pour caractériser la résistance de ces variétés au mildiou (Phytophthora infestans) et pour en savoir davantage sur l'état de conservation in-situ. Les sujets suivants a été élaboré: a) la conservation in situ de Solanum indigènes à l'île la grande de Chiloé et son impact sur la diversité, b) l'évaluation de la diversité morphologique des pommes de terre indigènes que nous avons recueillis c) l'évaluation de la diversité génétique par marqueurs microsatellites et AFLP, d) la caractérisation du terrain et des résistances in-vitro au mildiou. Sur la base des résultats des enquêtes, nous pouvons conclure que le maintien in situ de la diversité de pommes de terre indigènes n' est pas bien conservé, en raison des forts changes sociaux et économiques sur l'île de Chiloé. Il y a un processus clair de remplacer les variétés indigènes pour les cultivars commerciaux en réponse aux conditions du marché. Les variétés natives sont présents dans 80,5% des fermes de Chiloé, mais la diversité a été considérablement réduite. Les résultats de la diversité morphologique ont montré la formation de groupes sous le nom populaire et des attributs locaux affectés par les agriculteurs eux-mêmes. L'évaluation moléculaire de la collection (SSRs et AFLP) révèle un haut degré de diversité génétique. Les deux marqueurs ont été uniformes dans la classification Solanum fernandezianum comme le génotype plus éloigné. La SSR a permis l'estimation de la teneur des informations polymorphes pour sept loci dont les valeurs se situaient entre 0,63 à 0,89. Les deux types de marqueurs, n'a pas fourni les mêmes groupes parmi les accessions. L'étude SSR basé a montré une faible différenciation entre les pommes de terre indigènes et l'amélioration des variétés cultivées. L'analyse de la diversité sur la base des AFLP n'était pas incompatible avec ce résultat parce que, malgré contenant un seul cultivar (Désirée), le cultivar a été regroupée avec les variétés indigènes. En ce qui concerne la résistance au mildiou, la plupart des accessions sont dans les rangs modérément résistante à modérément sensible. / The overall objective was to assess the genetic diversity of a collection of native potato varieties originating from the island of Chiloe, to characterize the resistance of these varieties to late blight (Phytophthora infestans) and to inquire about the status of in-situ conservation. The following specific topics was developed: a) conservation in-situ of native Solanum within the great isle of Chiloe and its impact on diversity, b) evaluation of the morphological diversity of the native potatoes that we have collected c) assessment of genetic diversity of the collection by the mean of microsatellite and AFLP markers, d) characterization of field and in-vitro resistances to late blight. Based on the results of the surveys, we can conclude that in-situ maintenance of native potato diversity i is not well preserved, due to strong social and economic changes on the island of Chiloe. There is a clear process of replacing native varieties for commercial cultivars in response to market conditions. Native varieties are present in 80.5% of the farms of Chiloe, but the diversity of varieties has been significantly reduced. The results morphological diversity showed the formation of groups under the popular name and local attributes assigned by the farmers themselves. Molecular evaluation of the collection (SSRs and AFLP) reveals a high degree of genetic diversity. Both markers were consistent in classifying Solanum fernandezianum as the more distant genotype compared to all the others. The SSRs allowed the estimation of the polymorphic information content for seven loci which values ranged between 0.63 to 0.89. Both types of markers, did not provide the same groupings among the accessions. The SSR-based study showed a low differentiation between native potatoes and improved cultivated varieties. The analysis of diversity based on the AFLP was not inconsistent with this result because despite containing only one cultivar (Desiree), the cultivar was grouped with the native varieties. In relation to resistance to late blight, most accessions of native potato fall into the ranks moderately resistant to moderately susceptible.

Aujourd'hui, la congélation de l'embryon est la voie privilégiée pour la cryoconservation des ressources génétiques lapin au sein de la Cryobanque Nationale. Les objectifs de notre travail étaient d'optimiser la production des embryons et de développer une nouvelle voie de cryoconservation des ovocytes MII de lapin par congélation lente et par vitrification. Les expériences menées sur les traitements de superovulation et de synchronisation ainsi que sur le moment d'insémination par rapport au sevrage montrent que les conditions d'environnement des lapines sont plus importantes que la nature des traitements administrés. De plus, l'évaluation du métabolisme, de la structure et de la capacité de développement ovocytaire après réchauffement suggère que la vitrification et la congélation lente altèrent fortement les ovocytes par des lésions associées respectivement à leur importante sensibilité aux cryoprotecteurs et à la cristallisation intracellulaire.

Les techniques d'élevage intensif appliquées dans les systèmes agricoles ont une influence négative sur la biodiversité des animaux domestiques. Une des mesures mises en œuvre afin de juguler ce phénomène d'érosion génétique est la conservation des ressources génétiques des animaux d'élevage (RGAs). La problématique de conservation est d'arbitrer entre des impératifs de préservation et le caractère fini des ressources financières. Cette problématique a été abordée en retenant l'approche développée par Weitzman comme cadre d'analyse et des races ovines et caprines retenues dans le cadre d'un projet de recherche européen (Econogene) comme objet de recherche. Choisir les races à préserver revient à élaborer et à pondérer des critères de conservation. Dans le cadre de cette thèse, cette question a été approchée sous trois angles prospectifs distincts : politique, génétique et économique. Le quatrième angle, qualifié de méthodologique, a consisté en l'élaboration de modèles d'optimisation comme outils d'aide à la décision. Le premier angle s'est focalisé sur les déterminants des décisions des choix de conservation observés au niveau de l'Union européenne. Les résultats ont montré que les programmes de conservation opèrent indépendamment des risques d'extinction. Le second angle se place au niveau génétique. Les résultats ont révélé que les races originales présentent de faibles taux d'hétérozygotie et vice versa. Le troisième angle s'est attaché à analyser les critères de conservation et leur pondération par le biais d'une analyse économique intégrant les points de vue d'un échantillon d'experts. Les résultats ont permis de montrer que la dissemblance génétique est perçue comme l'attribut le plus important. Enfin, le dernier angle, qualifié de méthodologique, a consisté en l'élaboration de modèles bioéconomiques comme outils d'aide à la décision. A travers les résultats de ce travail, certaines implications empiriques et méthodologiques ont pu être identifiées. Celles-ci constituent une ébauche d'une vision pour la conservation des RGAs qui devrait s'articuler en quatre volets : un volet protection, un volet conservation, un volet valorisation et un volet recherche.

Les techniques d'élevage intensif appliquées dans les systèmes agricoles ont une influence négative sur la biodiversité des animaux domestiques. Une des mesures mises en œuvre afin de juguler ce phénomène d'érosion génétique est la conservation des ressources génétiques des animaux d'élevage (RGAs). La problématique de conservation est d'arbitrer entre des impératifs de préservation et le caractère fini des ressources financières. Cette problématique a été abordée en retenant l'approche développée par Weitzman comme cadre d'analyse et des races ovines et caprines retenues dans le cadre d'un projet de recherche européen (Econogene) comme objet de recherche. Choisir les races à préserver revient à élaborer et à pondérer des critères de conservation. Dans le cadre de cette thèse, cette question a été approchée sous trois angles prospectifs distincts : politique, génétique et économique. Le quatrième angle, qualifié de méthodologique, a consisté en l'élaboration de modèles d'optimisation comme outils d'aide à la décision. Le premier angle s'est focalisé sur les déterminants des décisions des choix de conservation observés au niveau de l'Union européenne. Les résultats ont montré que les programmes de conservation opèrent indépendamment des risques d'extinction. Le second angle se place au niveau génétique. Les résultats ont révélé que les races originales présentent de faibles taux d'hétérozygotie et vice versa. Le troisième angle s'est attaché à analyser les critères de conservation et leur pondération par le biais d'une analyse économique intégrant les points de vue d'un échantillon d'experts. Les résultats ont permis de montrer que la dissemblance génétique est perçue comme l'attribut le plus important. Enfin, le dernier angle, qualifié de méthodologique, a consisté en l'élaboration de modèles bioéconomiques comme outils d'aide à la décision. A travers les résultats de ce travail, certaines implications empiriques et méthodologiques ont pu être identifiées. Celles-ci constituent une ébauche d'une vision pour la conservation des RGAs qui devrait s'articuler en quatre volets : un volet protection, un volet conservation, un volet valorisation et un volet recherche.

La valorisation paysagère et horticole des espèces du genre Hydrangea est basée sur l'exploitation de leur diversité phénotypique s'exprimant notamment dans les formes architecturales et les coloris. La collection de ressources génétiques, située à Angers, comprend treize espèces introduites en Europe à partir du 18ème siècle. L'analyse de la composition chimique des inflorescences, réalisée pour la première fois sur l'ensemble du genre, permettra de compléter la caractérisation génétique des espèces et des clones. L'objectif de cette étude était ainsi d'analyser les profils phénoliques d'un ensemble de clones ainsi que la diversité intra et interspécifique existant dans la collection. La caractérisation structurale et la quantification de 80 composés phénoliques présents dans les inflorescences de 99 génotypes répartis dans 11 espèces du genre Hydrangea ont été réalisées. Ces composés se répartissent parmi 4 grandes classes chimiques : les flavonoïdes, les anthocyanes, les acides cinnamiques et les amines polyacylées. Une diversité importante existe entre les profils aussi bien des espèces que des sous-espèces. La structuration de cette diversité inter et intrapécifique est analysée. Ces connaissances nouvelles devraient permettre d'orienter les stratégies de conservation et de sélection.

Le climat, la qualité de l’air et la sécurité énergétique ont changé la façon de produire l’énergie, accroissant la demande en cultures énergétiques comme M. x giganteus. Néanmoins, élargir la diversité de cette espèce est nécessaire afin de couvrir une large gamme de pédo-climats. L’objectif est donc de définir des caractères d’intérêt pour mener à bien une collecte de miscanthus en Chine, un des pays où cette plante est originaire. 44 clones sauvages de trois espèces de Miscanthus (M. sinensis, M. sacchariflous, M. floridulus) ont été collectés dans différentes régions Centre, Sud et Ouest de la Chine et multipliés à Linan dans la province chinoise de Zhejiang. En France, nous avons étudié 21 clones implantés à l’INRA d’Estrées-Mons appartenant à 3 espèces (M. x giganteus, M. sinensis and M. sacchariflorus). La thèse comporte cinq chapitres. 1) La bibliographie décrit le miscanthus au niveau de sa taxonomie, de son origine géographique, de son aptitude à produire de la biomasse et de sa résistance à différents stress. 2) Les caractères les plus importants ont été identifiés pour reconnaître les espèces. 3) Nous avons découvert que les M. x giganteus ont un génome maternel commun à des M. sacchariflorus chinois. 4) Parmi les clones sauvages Chinois, M. floridulus présente le plus d’intérêt pour produire de la biomasse. 5) Enfin, nous avons mis en évidence les facteurs physiologiques et biochimiques expliquant l’effet de la disponibilité en azote sur la photosynthèse sur 3 espèces. Ainsi, la plupart des caractères qui ont été mis en évidence au sein de cette thèse vont être utiles pour la collecte de matériel végétal et les programmes de sélection du miscanthus. / Climate, air quality and energy security have recently changed the way energy is supplied and increases the demand for bioenergy crops such as M. x giganteus. However, this species needs to enlarge its diversity to fit different growth conditions. The objective is therefore to identify traits of interest to drive the collecting of miscanthus in China, one of the countries where this plant comes from. 44 wild clones of three species of Miscanthus (M. sinensis, M. sacchariflous, and M. floridulus) were collected from the different regions of central-south-east in China and were propagated in Linan of Zhejiang province of China. In France, we studied 21 clones of three species (M. x giganteus, M. sinensis and M. sacchariflorus) which were established at INRA experimental unit in Estrées-Mons. The thesis is composed of five chapters. 1) The bibliography described miscanthus on the base of its taxonomy, geographical origin, biomass production ability and resistance to different stresses. 2) The most important traits were identified for the recognition of the species. 3) We discovered that the clones of M. x giganteus had maternal genome identical to wild relatives of some of the wild M. saccahariflorus. 4) Among the wild Chinese clones, M. floridulus was the most interesting for biomass production. 5). Finally, we highlighted the physiological and biochemical factors under the influence of nitrogen supply on the photosynthesis of miscanthus. Finally, we concluded that most of the traits we highlighted here will be helpful for future germplasm collection and breeding program of miscanthus.

Cette étude visait à établir un protocole de cryoconservation pour des apex de vigne et à tester l'efficacité de la cryoconservation pour éliminer des virus de la vigne sélectionnés. Des cultures in vitro de génotypes sains de huit cultivars croates autochtones de vigne, Plavac mali, Maraština, Pošip, Debit, Grk, Lasina, Plavina et Vugava et de génotypes infectés de Plavac mali ont été établies. Les différences de survie, de reprise et des paramètres de croissance observés se sont avérées spécifique des génotypes. Les cultivars infectés se sont montrés moins réactifs que les cultivars sains. Un protocole de cryoconservation basé sur la vitrification avec PVS2 a été établi. Les modifications de la préculture avec le saccharose et l'utilisation de solutions alternatives de cryoconservation n'ont pas amélioré la reprise. A l'opposé, l'état physiologique du matériel végétal a joué un rôle essentiel pour la cryoconservation. Des bourgeons en croissance active prélevés sur des microboutures mononodales ont montré une reprise plus élevée que des bourgeons prélevés directement sur les vitroplants. La position des bourgeons sur la tige des plantes-mères in vitro a affecté la reprise après cryoconservation. L'addition de benzylaminopurine au milieu de culture des microboutures a eu un effet positif sur la reprise après immersion dans l'azote liquide, alors qu'aucun effet positif n'a été observé sur la reprise avec la zéatine riboside ou la proline. Le protocole de cryoconservation établi a permis d'obtenir environ 50% de reprise avec le cultivar Portan et avec trois des quatre cultivars internationaux utilisés. Par contre, aucune reprise ou une reprise très faible a été observée avec les cultivars croates testés. En se basant sur les tests ELISA réalisés, le virus GFLV a été éliminé de 82,4% des apex non cryoconservés et de 77,8% des apex cryoconservés chez le cultivar Chardonnay et le GLRaV-3 a été éliminé de 100% des apex non cryoconservés et cryoconservés chez le cultivar Cabernet Sauvignon. Ces résultats sont à relier à nos études d'immunolocalisation, qui ont montré que le GFLV était présent dans le dôme apical et les tissus méristématiques chez le cultivar Pinot Noir and que le GLRaV-3 était présent dans les tubes criblés chez le cultivar Merlot. La stabilité génétique des plantes régénérées à partir des apex cryoconservés a été étudiée en utilisant les marqueurs AFLP. Avec les huit combinaisons d'amorces utilisées sur les 43 plantes testées, aucun polymorphisme n'a été observé après la préculture au saccharose, le traitement avec la solution de loading et la solution de PVS2 diluée de moitié. Par contre, des fragments polymorphes ont été observés sur des explants non cryoconservés et cryoconservés traités avec la solution PVS2, dont le nombre augmentait avec l'augmentation de la durée d'exposition à la solution PVS2. / This study aimed at establishing a cryopreservation protocol for grapevine shoot tips and at testing the efficiency of cryopreservation in eliminating selected grapevine viruses. In vitro cultures of healthy genotypes of eight Croatian autochthonous grapevine cultivars Plavac mali, Maraština, Pošip, Debit, Grk, Lasina, Plavina and Vugava and of virus-infected genotypes of Plavac mali were successfully established. Differences in survival, regrowth and growth parameters were genotype-specific. Infected cultivars were less reactive compared to healthy ones. A PVS2-based cryopreservation protocol was successfully established. Modifications in sucrose preculture conditions and use of PVS2-derived alternative vitrification solutions did not improve growth recovery. By contrast, the physiological state of the plant material played a critical role in cryopreservation. Actively growing buds sampled from single-node microcuttings displayed higher regrowth compared to buds sampled directly on in vitro plantlets. The position of buds on the stem of in vitro mother-plants affected regrowth after cryopreservation. The addition benzylaminopurine in the shooting medium had a positive effect on regrowth after liquid nitrogen exposure, while no such positive effect was observed with zeatine riboside or proline. The cryopreservation protocol established led to approximately 50% recovery with cultivar Portan and three of the four international cultivars tested. By contrast, no or very low recovery was noted with the Croatian cultivars tested. Based on ELISA tests, the GFLV virus was eliminated from 82.4% of non-cryopreserved samples and from 77.78% of cryopreserved samples in cultivar Chardonnay and the GLRaV-3 virus was eliminated from 100% of both non-cryopreserved and cryopreserved samples in cultivar Cabernet Sauvignon. These results may be related with our immunolocalisation studies, which showed that GFLV was found in the apical dome and meristematic tissues in cultivar Pinot Noir and GLRaV-3 in sieve elements of cultivar Merlot. Genetic stability of plants regenerated from cryopreserved shoot tips was studied using AFLP markers. With the eight AFLP primer combinations employed on the 43 plants tested, no polymorphism was observed after sucrose preculture, treatment with the loading solution and half-strengthPVS2. However, polymorphic fragments were observed in non-cryopreserved and cryopreserved samples treated with PVS2 solution, the number of which increased with increasing durations of exposure to PVS2 solution.

L’agrobiodiversité est le résultat de la domestication, de l’amélioration des caractères génétiques, de la conservation et de l’échange des semences par les agriculteurs depuis la première révolution agricole, il y a près de 10 000 ans. Toutefois, cette diversification agricole s’amenuise, s’érode. Cette érosion touche désormais les espèces végétales majeures. Plusieurs variétés de plantes cultivées sont abandonnées au profit de variétés artificialisées et uniformisées. Suivant une logique plus économique, les ressources génétiques végétales ou phytogénétiques, d’abord qualifiées de patrimoine commun de l’humanité, deviennent rapidement des biens prisés par l’industrie biotechnologique confortant les pays riches en biodiversité, mais économiquement faibles, à subordonner cette richesse au principe de la souveraineté permanente sur les ressources naturelles. Ce principe à la base du droit international a permis aux États hôtes de contrôler l’accès aux ressources biologiques sur leur territoire, mettant ainsi fin au pillage de celles-ci, mais également au libre accès pour tous à la ressource. À l’évidence, la nature hybride des ressources phytogénétiques enclenche un processus complexe d’exclusivismes et de prérogatives. D’une part, ces ressources composent la base de notre alimentation et à ce titre elles intéressent l’humanité entière, d’autre part, elles sont la matière première utilisée par les oligopoles semenciers, une double vocation qui suscite un partage antagonique à plusieurs égards. Cette thèse analyse les perspectives offertes par le droit international public afin de réconcilier ces positions au bénéfice de la sécurité alimentaire mondiale durable, et s’interroge sur le meilleur cadre juridique que le droit international puisse attribuer aux ressources phytogénétiques afin d’améliorer la circulation et la disponibilité des denrées agricoles et alimentaires. À cet effet, l’entrée en vigueur du Traité international sur les ressources phytogénétiques pour l’alimentation et l’agriculture va créer une sorte de système compromissoire conciliant dans un même souffle, l’intérêt général et l’appropriation privative au profit de la sécurité alimentaire mondiale durable : le Système multilatéral d’accès et de partage des avantages. Un dispositif ad hoc exceptionnel qui facilite l'accès à une partie négociée de ces ressources ainsi que le partage juste et équitable des avantages qui découlent de leur utilisation entre tous les usagers. Le Système multilatéral est la clé de voûte du Traité. Par le truchement de ce système, le Traité matérialise un ordre juridique raffiné et complexe qui opère une récursivité des ressources phytogénétiques vers le domaine public international, et par incidence, invite à considérer ces ressources comme des biens communs libres d’accès pour la recherche, l’amélioration et le réensemencement. Outre cette requalification, ce système ouvrira la voie à une nouvelle forme de gestion fiduciaire octroyant des droits et impliquant des responsabilités à l’égard d’un groupe d’usagers particuliers.