Cette thèse a les objectifs suivants :1. Mieux comprendre comment les isotope du bore dans les sédiments fluviaux modernes enregistrent le régime d’altération à l'échelle du bassin versant. 2. Mieux comprendre comment le « signal » d’altération porté par les sédiments fluviaux est transféré des zones sources vers l’environnement de dépôt. 3. Déterminer si les isotopes du B dans les dépôts sédimentaires (paléo-canaux) peuvent être utilisés pour reconstituer les conditions paléo-climatiques et paléo-environnementales et ainsi révéler comment l’altération continentale au sens large (production et transport de sédiments) a réagi à la variabilité climatique au cours du dernier cycle glaciaire-interglaciaire (derniers 100 ka). Ces objectifs ont été examinés en étudiant les matériaux fluviaux des fleuves Gandak (Himalaya) et Murrumbidgee (NSW, Australie) et des dépôts de sédiments fluviaux de la Riverine Plain (basin versant de Murrumbidgee). La connaissance des paramètres qui contrôlent le fractionnement isotopique du bore des sédiments fluviaux au cours de la formation et du transport a d'abord été acquise dans les systèmes modernes, puis appliquée à d'anciens dépôts de paléochenaux. / This thesis has the following objectives: 1) To better understand how boron isotopes in modern fluvial sediments record the weathering regime at the catchment scale. 2) To better understand how the weathering “signal” carried by river sediments is transferred from source areas to the depositional environment. 3) To determine if boron isotopes in sediment deposits (paleochannels) can be used to reconstruct paleo-weathering and paleo-environmental conditions and reveal how continental weathering at large (production and sediment transport) responds to climatic variability over the last glacial-interglacial cycle (last 100 ka). These objectives were addressed by studying fluvial material from the Gandak (Himalayas) and Murrumbidgee (NSW, Australia) Rivers and fluvial sediment deposits from the Riverine Plain (Murrumbidgee catchment, Australia). Knowledge of the parameters that control boron isotope fractionation of river sediment during formation and transport was first gained in the modern systems and then applied to ancient paleochannel deposits.

L’utilisation massive des antibiotiques, depuis les années 50, génère une libération importante de ces molécules dans l’environnement (excrétion via les urines et les fèces) que l’on peut retrouver à des concentrations allant de 1 à 100 ng/L dans les eaux usées urbaines. Parce qu’elle réunit microorganismes résistants et antibiotiques, la station d’épuration d’eaux usées urbaines pourrait être une zone propice au transfert des gènes de résistance. Cependant, avec sa position stratégique à l’interface entre les activités humaines et l’environnement, la station d’épuration pourrait constituer un « rempart » contribuant à limiter leur dissémination dans l’environnement.Les paramètres qui influencent ces transferts dans les stations d’épuration sont encore mal connus, en particulier du fait de limitations méthodologiques. Aussi l’objectif de notre travail était de déterminer les facteurs environnementaux influant sur la stabilité et le transfert d’un élément génétique mobile modèle, le plasmide pB10, dans des communautés bactériennes (biomasses de stations d’épuration et sédiments de rivière) maintenues en microcosmes. Jusqu’à présent, les transferts de gènes de résistance ont été principalement étudiés avec des méthodes reposant sur la culture de microorganismes sur milieux sélectifs, dont nous savons aujourd’hui qu’elles sous-estiment les phénomènes observés. Aussi, nous avons élaboré une approche basée sur la PCR quantitative pour détecter la dissémination d’un ADN mobile modèle amené via une bactérie hôte E. coli DH5α. Les couples amorces/sondes très spécifiques ont pu être élaborés en tirant profit de la structure mosaïque du génome bactérien. L’approche proposée repose sur des mesures comparées du nombre de plasmide pB10 et de son hôte bactérien DH5α au cours du temps, où une augmentation du rapport (pB10/DH5α) implique une dissémination du plasmide vers les bactéries indigènes. Outre l’intérêt du développement méthodologique proposé, cette méthode a permis d’évaluer l’incidence de quelques paramètres environnementaux sur la dissémination d’un ADN au sein de communautés microbiennes complexes. Deux groupes de facteurs ont pu être distingués selon qu’ils influencent la persistance du plasmide pB10 dans les communautés dans son hôte initial (oxygénation/brassage, ajout d’antibiotiques en concentrations sub-inhibitrices comme l’amoxicilline et le sulfaméthoxazole fréquemment retrouvés en station d’épuration) ou/et qu’ils favorisent sa dissémination dans les communautés bactériennes (biofilms, sédiments). Sans induire de transferts génétiques, les antibiotiques testés, même en concentrations sub-létales, pourraient participer à la dissémination de gènes de résistance en favorisant leur persistance / The widespread use of antibiotics since the 50s, generates a significant release of these molecules in the environment (excretion via urine and feces) which can be found at concentrations ranging from 1-100 ng/L in wastewater. Due to the high microbial biomass and the abundance of nutrients, wastewater treatment plants (WWTP) represent a suitable habitat for horizontal gene transfer. Because they occupy a key position between human activities and the environment, WWTP may play a major role in limiting the dissemination of antibiotic resistance genes, therefore contributing to the preservation The parameters which influence these transfers in wastewater treatment plants are still poorly known, especially because of methodological limitations. Therefore the aim of our study was to identify environmental factors affecting the stability and transfer of a mobile genetic element model, the plasmid pB10 in bacterial communities (biomass from wastewater treatment plants and river sediments) maintained in microcosms. So far, the transfer of resistance genes have been studied mainly with methods based on the cultivation of microorganisms on selective media that we know now they underestimate the observed phenomena. Also, an approach based on quantitative PCR was developed for detecting the release of a mobile DNA template from the host bacterium E. coli DH5α. Couples of designed primers/probes were very specific and have been developed by taking advantage of the mosaic structure of the bacterial genome. The proposed approach is based on the over time measurements of the number of plasmids pB10 and its bacterial host DH5α, where an increased ratio (pB10/DH5α) implies a release of the plasmid to the indigenous bacteria. This method was used to assess the impact of some environmental parameters on the release of DNA in complex microbial communities. Two groups of factors could be distinguished according to whether they influence the persistence of plasmid pB10 in communities in microcosms (oxygenation / mixing, addition of antibiotics at sub-inhibitory concentrations as amoxicillin and sulfamethoxazole frequently found in treatment plant) and / or they favor his release in bacterial communities (biofilms, sediments). Without inducing genes transfers, the antibiotics tested, even at sub-lethal concentrations, could participate in the dissemination of resistance genes by facilitating their persistence