Cette étude présente des résultats zootechniques et économiques en lien avec une augmentation du poids d'abattage des porcs au Québec. Un essai zootechnique permet d'obtenir une appréciation de l'effet du poids d'ahattage sur les performances les plus susceptibles d'affecter la rentabilité d'une entreprise porcine. Dans cet essai, les outils de sélection que sont les indices de potentiel génétique ont permis de diminuer de façon substantielle l'impact d'une augmentation du poids sur la durée d'engraissement. Par ailleurs, une méthode d'analyse est présentée pour permettre la comparaison de courbes de performances pour différents ni veaux des facteurs à l'étude. Les performances de croissance peuvent maintenir un niveau élevé dans la zone des poids d'abattage considérés. Certains résultats présentés concernent l'évolution de la densité animale par parc durant l'engraissement, ainsi que la variabilité du besoin en lysine, et apportent un éclairage sur la problématique de l'augmentation du poids d'abattage. Finalement, des simulations effectuées au moyen de modèles économiques développés ont permis de mieux comprendre les interactions entre des variations du prix des aliments et du prix de vente des porcs, l'assurance stabilisation ainsi que le type d'entreprise, lors de la comparaison de la rentabilité obtenue à deux poids d'abattage. L'intégration de la stochasticité dans l'un des modèles permet de plus d'étudier l'impact d'une augmentation du poids sur le paiement de la vente des porcs.

Avec ses grains nus et sa valeur nutritive exceptionnelle, l'avoine nue (Avena sativa L. var nuda) est une céréale très intéressante pour plusieurs marchés niches. Toutefois, l'avoine nue récoltée au Québec développe en moyenne 10 % de grains vêtus et parfois davantage. L'objectif de ce projet était de détenniner l'effet de l'environnement et des herbicides sur la proportion de grains vêtus, la teneur en huile, les profils d'acides gras et la teneur en protéines des génotypes d'avoine nue. Les résultats démontrent que la proportion de grains vêtus est influencée par l'environnement, le type de sol, les herbicides et leur stade d'application. Les proportions de grains vêtus les plus élevées ont été obtenues à deux sites différents en 2006 et 2007. Plus de grains vêtus ont été produits sur le loam sableux que sur le loam. L'application de l'herbicide dicamba/MCPA au stade 12-13 de Zadoks a augmenté la proportion de grains vêtus et son application au stade 22-23 l'a accrue davantage. Quel que soit leur stade d'application, les herbicides bromoxynil/MCPA et thifensulfuron méthyle/tribenuron méthyle n'ont pas produit plus de grains vêtus que le témoin désherbé manuellement. Toutefois, des différences appréciables dans la réaction des génotypes ont été notées. Les génotypes qui produisent beaucoup de grains vêtus ont montré de grandes variations entre les sites et les herbicides. La teneur en huile et les profils d'acides gras de l'avoine nue sont influencés par l'environnement. C'est au site le plus frais que les teneurs en huile ont été les plus élevées et ce n'est pas le même site qui a donné la teneur la plus élevée pour tous les acides gras. Les herbicides ont eu un effet significatif sur les génotypes à teneur élevée en huile seulement une année sur deux. L'herbicide dicamba/MCPA a diminué la teneur en huile et en acide linoléique et l'herbicide bromoxynil/MCPA a réduit la teneur en acide oléique. Les résultats de ce projet montrent que l'utilisation des herbicides, tel que le dicamba/MCPA, sont à éviter pour le désherbage de l'avoine nue.

Au Canada, la mousse de tourbe est exploitée à une échelle industrielle pour la production de substrats horticoles. Suite à cette exploitation, des techniques de restauration sont appliquées pour restaurer les secteurs centraux en écosystème fonctionnel, mais sans s’attarder à l'intégration de l’écosystème restauré au paysage environnant. Cette thèse vise l’acquisition des connaissances écologiques fondamentales nécessaires à la restauration des transitions (écotones) tourbière-forêt dans les marges des tourbières ombrotrophes (bogs). Dans un premier temps, une caractérisation du gradient bog-écotone-forêt dans les bogs naturels a montré que l’écotone (aussi appelé le lagg de la tourbière) diffère des écosystèmes adjacents (bog et forêt) sur plusieurs aspects : 1) une structure de végétation différente, notamment avec un couvert plus abondant d’arbustes; 2) une concentration plus élevée en azote et phosphore dans les sols; 3) un niveau d’eau plus fluctuant que dans le bog, mais restant aussi plus élevé au cours de la saison de croissance. Dans un deuxième temps, une comparaison de l’état écologique de ces écosystèmes de référence (laggs naturels) aux secteurs en fin de production en marge des tourbières industrielles (écosystèmes à restaurer) a mis en évidence que : 1) les sols des secteurs à restaurer sont appauvris en nutriments (particulièrement en phosphore et potassium) et 2) pratiquement aucune espèce de lagg ne recolonise spontanément ces sites. En parallèle, les résultats d’une étude d’inventaire comparant l’état écologique d’un secteur afforesté (plantation de conifères de 20 ans) à l’état d’un secteur voisin non restauré suggèrent que l’afforestation améliore les conditions abiotiques (sols plus riches, microclimat plus tempéré), sans toutefois améliorer la recolonisation végétale du sous-bois. Ensuite, lors de réintroductions expérimentales, les potentiels d’établissement de mousses et d’arbustes ont été évalués en fonctions de filtres écologiques ciblés. La mousse Dicranum polysetum et le némopanthe (Ilex [Nemopanthus] mucronata) ont montré un potentiel d’établissement intéressant en conditions ombragées. Pour le némopanthe, une fertilisation initiale a significativement amélioré la croissance des semis, alors que leur établissement sur un tapis de mousses de Dicranum a plutôt amélioré leur survie par une réduction des effets du soulèvement gélival. En conclusion, la combinaison des études exploratoires et expérimentales de cette thèse a permis d’améliorer significativement nos connaissances sur les transitions tourbière-forêt en milieu naturel, mais aussi de dresser certaines lignes directrices de la stratégie à préconiser pour améliorer la gestion des marges des tourbières récoltées pour la tourbe. / In Canada, peat moss is extracted for production of horticultural substrate on an industrial scale. Several studies have contributed to develop restoration techniques for open Sphagnum-dominated habitats on the peat massif of peatlands. Beside tree plantation trials, however, peatland margins and their connectivity with surrounding landscapes has received little attention. The goal of this thesis is to acquire the ecological knowledge required to develop an ecological restoration strategy adapted to the bog - mineral land (upland) forest transition (aka the “lagg” habitat of the peatland). A first study of the bog-ecotone-forest gradient showed that the lagg is a true ecotone, with unique properties: 1) vegetation is more structured, with a dense shrubby stratum (Ilex mucronata often present); 2) nitrogen and phosphorus soil concentrations are high; 3) water table level fluctuates widely, but remains high for relatively long periods. A second study aimed at improving our knowledge of the baseline ecological conditions in cutaway peat fields located within the marginal areas of extracted peatlands. One major result is that soil nutrient concentrations in cutaway peat fields are very low: for phosphorus and potassium, approximately one order of magnitude lower when compared to natural laggs. Also, in exception to recolonization in former ditches, there is little spontaneous recolonization. In this same study, one area rehabilitated through afforestation (20-year-old coniferous plantations) was also characterized to compare its ecological status to unrestored fields: results suggest that afforestation ameliorates abiotic micro-site environmental conditions (richer soils and more temperate soil-air microclimate), but spontaneous recolonization does not occur. As reintroduction seems inevitable, two studies were conducted to improve our ecological knowledge of ecological filters in cutaway areas, and to assess the establishment potentials of some target species: one study on bryophytes, and one study on shrubs. Among the reintroduced species, two showed higher establishment potential: the bryophyte Dicranum polysetum and the shrub Ilex (Nemopanthus) mucronata. Shade significantly ameliorated the establishment potential of the reintroduced bryophytes Sphagnum and Dicranum, and of the shrub Ilex. Fertilization significantly increased Ilex seedling growth, while presence of a Dicranum carpet significantly increased seedling survival through a reduction of frost-heaving effects. In conclusion, the combination of exploratory and experimental studies allowed us to significantly improve our knowledge of bog - mineral land forest transitions, and to suggest guidelines for an ecological restoration strategy leading to a functioning lagg ecotone.

Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdoctorales, 2017-2018 / La canneberge, petit fruit riche en composés phénoliques dont les anthocyanes et les proanthocyanidines, a de nombreux effets positifs sur la santé humaine. La consommation de jus de canneberge brut est un moyen d’en bénéficier, mais ce produit n’est pas toujours attrayant pour les consommateurs en raison de son manque de palatabilité et des possibles effets secondaires qu’il peut entraîner. Pour limiter ces désagréments, il est possible de désacidifier le jus de canneberge brut et parmi les méthodes actuellement disponibles, l’électrodialyse avec membranes bipolaires est particulièrement prometteuse. Jusqu’à présent les essais de désacidification du jus de canneberge par électrodialyse avec membranes bipolaires ont été réalisés sur des cellules à l’échelle laboratoire et en utilisant une nouvelle solution de récupération des acides organiques d’un essai à l’autre, ce qui limite son application à l’échelle industrielle. Le but de cette étude était, dans une optique d’industrialisation future, de tester le procédé à long terme sur une cellule semi-industrielle et de l’améliorer en réutilisant la solution de récupération d’un essai de désacidification à l’autre. Ainsi, des essais de désacidification du jus de canneberge ont été réalisés pour comptabiliser un total de 95 heures d’utilisation de la cellule semi-industrielle, sans poser de problème majeur au niveau de la résistance globale du système. De plus, le fait de réutiliser la solution de récupération des acides organiques n’a pas eu d’impact sur les caractéristiques physico-chimiques du jus désacidifié, et a permis des gains d’énergie allant jusqu’à 42,9 % après trois réutilisations, en plus de réduire les effluents du procédé. Ainsi, la mise à plus grande échelle et l’amélioration du procédé de désacidification du jus de canneberge par électrodialyse avec membranes bipolaires ont été concluantes et le transfert de la technologie en industrie est la prochaine étape à envisager. / Cranberry, a berry rich in phenolic compounds as anthocyanins and proanthocyanidins, has many beneficial effects on human health. To consume raw cranberry juice is a way to benefit from them, but that product presents a lack of palatability and can cause some side effects. To limit those inconveniences, raw juice can be deacidified and among all methods currently available, electrodialysis with bipolar membranes is very promising. Until now, essays to deacidify cranberry juice by electrodialysis with bipolar membranes were performed on laboratory scale cells using a fresh recovery solution from a deacidification essay to another. The aim of this work was to test the process on a larger scale for a longer period of time and to improve it by reusing the same recovery solution. Deacidification essays were performed in batch for a total of 95 hours on a semi-industrial cell and there was no major impact on the system global resistance. Furthermore, reusing the same recovery solution had no effect on the physicochemical properties of the deacidified juice, and energy savings up to 42.9% were recorded while the amount of waste produced was reduced. These positive results suggest the possibility to transfer the process at larger scale. Therefore, the next logical step for this project would be to scale-up the technology in factories for the industrial production of deacidified cranberry juice.

L'hémocyanine est la protéine responsable du transport de l'oxygène dans le liquide physiologique (hémolymphe) d'un grand nombre d'invertébrés marins. Chez certaines espèces de mollusques (Megathura crenulata et Concholepas concholepas), l'hémocyanine a démontré d'intéressantes propriétés immunostimulantes. Le projet visait la purification de l'hémocyanine du crabe des neiges (Chionoecetes opilio) par chromatographie d'exclusion moléculaire, sa caractérisation (détermination de la taille moléculaire, du point isoélectrique, la présence ou non d'unités glucosidiques et d'activité phénoloxydase), et l'évaluation de son activité immunostimulante sur des macrophages de souris. Les caractéristiques de l'hémocyanine du crabe des neiges étaient généralement comparables à celles rapportées chez d'autres crustacés. Sur des macrophages de souris, elle a démontré une stimulation de la prolifération et du métabolisme cellulaire, de la production d'oxyde nitrique et de cytokines. Ces effets étaient comparables ou même supérieurs à ceux observés chez les préparations commerciales. Ces travaux permettront de générer des données précises sur l'hémocyanine en vue d'applications biomédicales.

L’oignon est riche en composés phénoliques antioxydants qui sont largement étudiés pour leurs effets sur la santé, notamment sur les maladies cardiovasculaires et le diabète, etc. La récupération des polyphénols à partir de la matière première ayant été exposés à l’application de pesticides présente un risque d’enrichir les fractions en ces composés toxiques. L’objectif de la présente étude était d’optimiser les paramètres d’extraction des polyphénols d’oignons jaune et rouge afin d’obtenir un produit riche en composés phénoliques et sans pesticides. Cette étude a été menée sur différentes parties d’oignons : tige, racine, bulbe et pelure. Les analyses des extraits de pesticides pour les différentes parties d’oignon jaune et rouge ont été faites par GC/MS. Les résultats obtenus ont montré que seules les racines des oignons jaunes contiennent 0,7 mg/kg matière sèche de PENDIMETHALIE, une teneur qui dépasse la norme européenne exigée (0,1 mg/kg de matière sèche). Par conséquent, l’étude de la caractérisation des polyphénols des différentes parties d’oignons jaune et rouge a été faite sur des variétés d’oignons n’ayant pas reçu de pesticides. Ainsi, l’analyse des polyphénols par UPLC-MS a montré que la tige des oignons rouges, en contenait beaucoup et contenait en particulier de grande quantité de quercétine (7810,33 mg équivalent quercétine/kg matière séchée). Afin d'augmenter le rendement en polyphénols, quatre paramètres d’extraction ont été optimisés : le temps de macération (0h, 0,5h et 1h), la température (22, 50 et 78 °C), la concentration en éthanol (0%, 50% et 100%) et le ratio soluté/solvant (1:10,1:30 et 1:50g/ml) en utilisant un plan d’expérience statistique D-optimal. Le travail d’optimisation a été fait sur le plateau de tallage des oignons rouges dépourvue en pesticides et riche en polyphénols. L’extrait éthanolique a montré un meilleur rendement pour un temps d’extraction de 50 minutes et une concentration en éthanol de 53,75%. L’extraction a été répétée avec les conditions optimisées et a donné un rendement de 119,45g polyphénols/kg matière sèche. / The onion possesses a specificity by the antioxidant phenolic compounds. The latter is widely studied for their diverse effects on the health in particular on the cardiovascular diseases, the diabetes, etc. The objective of the present study was to optimize the parameters of extraction of the polyphenols from yellow and red onions to obtain a product rich in antioxidizing molecules without pesticides. This study was led on the various parts of onions : stalk, root, bulb and peel. The analyses of the extracts of pesticides for the various parts of yellow and red onions was made with GC / MS. The result showed that only the roots of the yellow onions contain a pesticide : the PENDIMETHALIN with a quantity of 0,7 mg / kg dry material, which exceeds the European require standard (0,1 mg / kg of dry material). Consequently, the study of the characterization of the polyphenols of the various parts of yellow and red onions established was made on varieties of onions devoid of pesticides. So, analysis of the polyphenols by UPLC-MS/MS showed the wealth of the part stalk of the red onions in the latter, in particular in quercetin (7810,33 mg / kg in dry material). To increase the kinetics of extraction of polyphenols, four parameters of extraction were optimized : the time (0h, 0,5h and 1h), the temperature (22°C, 50°C and 78°C), the ethanol concentration (0%, 50% and 100%) and the solute/solvent ratiog / ml (1:10, 1:30 and 1:50) by using a plan of statistical experience D-optimal. After the statistical study, the ethanolic extract showed a better yield for awhile on extraction of 50 min and a ethanol concentration in 53,75%. The extraction was repeated with the optimized conditions and gave a yield on 119,45g of polyphenols totals / kg dry material.

Des extraits naturels de certaines plantes, dont le Laurus Nobilis L, le Rosmarinus Officinalis, YOriganum Majorana, et les feuilles d'olivier Olea Europeae L, ont été étudiés afin d'améliorer la qualité des huiles végétales utilisées pour la cuisson. Il s'agit d'une manière servant à éviter l'addition d'antioxydants de synthèse en enrichissant l'huile à chauffer par des substances naturelles. Pour ce qui est des plantes aromatiques, l'activité antioxydante de leurs extraits ainsi que de leurs huiles essentielles ont été comparées avec le butylhydroxytoluène (BHT). L'extrait de feuilles d'olivier a été testé et comparé, à son tour, aux différentes substances. L'extraction des huiles essentielles des plantes aromatiques a été effectuée par hydrodistillation de la matière végétale lyophilisée. Leur composition a été déterminée par Chromatographie Gazeuse (GC) et par Chromatographie Gazeuse-Spectrophotométrie de Masse (GC)-(MS). Les extraits végétaux ont été obtenus par macération dans l'éthanol (95%). Leur contenu phénolique total a été estimé par la méthode de Folin-Ciocalteau. Différentes expériences de chauffage ont été réalisées pour tester l'effet antioxydant des extraits éthanoliques et aromatiques de plantes. En effet, des échantillons d'huile de Canola enrichis à 1% (p/p) d'extrait ont été chauffés dans un four, dans des flacons ouverts, à une température de 120 ° C durant cinq jours puis à une température plus élevée de 180 ° C. Leur composition en acides gras insaturés a été suivie respectivement chaque jour et chaque heure par analyse GC. Les extraits éthanoliques et les huiles essentielles ont présenté respectivement deux intervalles de rendement distants en pourcentage (p/p) : 6,6-13,8% et 0.6-1,1%. Les huiles essentielles des trois plantes aromatiques (Laurus Nobilis L., Rosmarinus Officinalis, d'Origanum Majorana) sont respectivement et particulièrement riches en 1,8-cinéole (23,2% et 45,2%) et en terpinén-4-ol (38,3%). Le taux des phénols totaux des extraits éthanoliques, en milligramme équivalent d'acide gallique (EAG) par gramme de matière sèche, était respectivement de 276 mg EAG g⁻¹, 228 mg EAG g⁻¹, 215 mg EAG g⁻¹ et finalement 203 mg EAG g⁻¹ de phénols totaux pour l'extrait éthanolique des feuilles d'olivier. L'analyse des résultats de l'oxydation de l'huile de Canola ainsi que l'interprétation de l'évolution du taux de l'acide linolénique (Cl8:3) et de l'acide linoléique (Cl8 :2) ont montré un effet antioxydant plus ou moins significatif des extraits de plantes éthanoliques par rapport au BHT. L'efficacité la plus élevée a été associée principalement à YOlea europea L. puis d'Origanum Majorana, suivi du Rosmarinus, officinalis et du Laurus Nobilis L. L'activité antioxydante la plus basse était associée au BHT dans la plupart des conditions utilisées. Les résultats suggèrent l'introduction de différents extraits de plantes dans la préparation d'aliments pour une meilleure préservation, aussi bien lors de l'entreposage ou lors du chauffage des aliments.

Une base de données regroupant l'ensemble des peptides antimicrobiens provenant de protéines laitières et décrits dans la littérature a été réalisée, révélant le fait que peu de peptides antimicrobiens ont été identifiés à partir d'un mélange de protéines du lactosérum ou de produits laitiers. D'autre part, un hydrolysat d'isolat de protéines sériques a été fractionné par chromatographie liquide haute performance afin de séparer spécifiquement des fractions contenant des peptides antimicrobiens. Cinq fractions antimicrobiennes ont été obtenues et les peptides responsables de l'activité ont été identifiés. En parallèle, cinq extraits peptidiques hydrosolubles ont été isolés de fromages canadiens. Deux de ces extraits ont révélé une activité antimicrobienne et confirme la présence de peptides antimicrobiens dans les produits laitiers. Les protéines laitières ont ainsi démontré leur capacité à générer des peptides antimicrobiens après hydrolyse.

La culture de sphaigne est la production durable de biomasse de sphaigne sur une base renouvelable et cyclique. Un système de contrôle de l’eau est nécessaire pour maintenir le niveau de la nappe phréatique à une valeur définie au cours de la saison de croissance dans un contexte de conditions climatiques variables. Peu d’information et de documentation sont disponibles concernant la conception et l’opération de systèmes de contrôle de l’eau dans les bassins de culture de sphaigne. Les objectifs de ce projet sont de définir, concevoir et réaliser le système de drainage et d’irrigation souterraine pour la culture de sphaigne et de développer un système de contrôle correspondant aux contraintes du site de Shippagan au Nouveau-Brunswick installé en 2014. La définition d’un système d’irrigation et de drainage adapté est basée sur les connaissances du drainage et de l’irrigation en agriculture et des besoins physiologiques de la sphaigne. Le développement des équipements a été réalisé en adaptant les concepts du système aux contraintes du site. L’analyse du système comprend les mesures à effectuer, les éléments à contrôler et les consignes d’opération. Les appareils de mesure du niveau de l’eau permettent d’évaluer et de transmettre au contrôle central les niveaux d’eau des fossés et de la nappe phréatique. Le contrôle central analyse les conditions et contrôle les pompes et les barrages à hauteur variable. L’énergie est fournie par un système de panneaux solaires et de batteries. Les barrages à hauteur variable permettent d’ajuster le niveau d’eau dans les fossés. Le système et les équipements développés répondent aux objectifs de conception. Des améliorations et une optimisation sont à faire. Le système permettra de continuer les travaux notamment au niveau de la modélisation de l’écoulement de l’eau et du contrôle prédictif. / Sphagnum farming is the cultivation of Sphagnum mosses to produce biomass of non-decomposed Sphagnum fibers on a cyclic and renewable basis. A water control system is required to maintain the water table level through the season, in the context of variable weather conditions. A drainage and sub-irrigation system has been designed and installed in 2014 on the Sphagnum farming site near Shippagan (N.B). The objectives of this project are to define the drainage and irrigation system for Sphagnum farming and develop an adapted system for the site. The design of the system is based on the Sphagnum requirements, agricultural knowledge of drainage and irrigation and respect of site constrains. Water level measurement equipment allows evaluation and transmission of the water table level and the water level in ditches to the central control. The central control analyzes the conditions and control the pumps and the variable level dams. The energy is supplied by a system of solar panels and batteries. The variable level dam adapts the water output level in the control structure. The developed system achieves the design objectives. Improvement and optimization are planned. The system will be the basis of future research, in particular about flow modeling and predictive control.

L'obésité est une maladie multifactorielle impliquant de nombreux facteurs génétiques et environnementaux. Dans cette thèse, l'aspect génétique de cette maladie a été étudié en utilisant l'histoire familiale d'obésité (HFO). Une première étude a permis de démontrer que la méthode utilisée pour déterminer l'HFO était valide. Cet aspect génétique a été mis en relation avec l'aspect nutritionnel, considéré ici comme un facteur environnemental. Une comparaison des apports énergétiques et en macronutriments a démontré que les individus avec HFO (HFO+) et sans HFO (HFO-) avaient des apports alimentaires similaires. Ensuite, le nombre de portions de chacun des groupes alimentaires tels qu'identifiés par le Guide alimentaire canadien pour manger sainement, en vigueur au moment de l'étude, a été examiné. Il s'est avéré que le nombre moyen de portions consommées de chacun des groupes alimentaires était similaire entre les individus HFO+ et HFO-. Subséquemment, l'examen des profils alimentaires a révélé que les habitudes de vie ainsi que les variables anthropométriques et sociodémographiques associées aux profils alimentaires Western et Prudent différaient selon la présence d'HFO. Cet examen a aussi révélé que les individus ayant une forte observance au profil alimentaire Western avaient plus de chance d'être obèses alors que les individus ayant une forte observance au profil alimentaire Prudent avaient moins de chance d'être obèses. Par la suite, les apports en matières grasses ont été examinés en interaction avec l'HFO sur des phénotypes d'obésité tels que l'indice de masse corporelle, le poids, le tour de taille et la masse grasse. L'étude a permis d'observer des effets d'interactions significatifs sur tous ces phénotypes. Finalement, la relation entre les comportements alimentaires (restriction cognitive, désinhibition et susceptibilité à la faim) et l'HFO a été étudiée. Il a été observé que les individus HFO+ avaient un niveau de restriction (hommes) ou de désinhibition (femmes) plus élevé que les individus HFO-. Bien que les résultats présentés dans cette thèse doivent être confirmés dans d'autres études, ils suggèrent que les individus HFO+ ont un bagage génétique, qui en présence d'un environnement alimentaire spécifique, favorise le développement de l'obésité.