Tout au long de sa maturation, l'ovocyte entouré de cumulus baigne dans un liquide appelé liqueur folliculaire. Cette substance est composée de sécrétion des cellules folliculaires, de l'ovocyte et de protéines provenant du sérum. Le but de cette étude est d'identifier des protéines contenues dans la liqueur folliculaire qui serviraient de marqueurs de la qualité des ovules bovins. Pour ce faire, nous avons utilisé cinq groupes de follicules bovins et produit des gels de protéines pour voir la composition protéique de leur liqueur folliculaire. En parallèle, nous avons utilisé les cellules de granulosa des mêmes follicules pour examiner l'expression de gènes codant pour des protéines pouvant se retrouver dans la liqueur folliculaire. Des protéines et des gènes qui ayant un potentiel pour être de bons marqueurs de qualité ont été identifié. Ainsi, ces marqueurs pourront servir à l'amélioration de la fécondation in vitro tant au niveau du choix de l'ovule que du milieu de maturation.

L'utilisation de substrats composés de sous produits peut être envisagée par les producteurs serricoles pour diminuer leurs impacts environnementaux et favoriser un développement durable de l'industrie. Pour la culture de la tomate, des mélanges de sciures et de tourbe ont démontré leur potentiel, mais ces substrats sont sujets à une accumulation problématique de sels en cours de culture. Cette étude vise l'obtention d'une meilleure compréhension des phénomènes liés aux mouvements de sels dans les substrats de culture. Un essai de culture en serre de la tomate a été réalisé pour effectuer un suivi de la salinité dans différents substrats et des expériences de lessivage en laboratoire ont été faits pour déterminer la proportion d'eau immobile qu'ils contiennent. Sans que les rendements n'en soient affectés, des salinités élevées et une proportion d'eau immobile importante liée à la présence de substances humiques ont été observées dans des mélanges de sciures et tourbe.

La microfiltration (MF) du lait écrémé permet de séparer les caséines (CN) des protéines sériques (PS) pour la production d’ingrédients laitiers. Réalisée majoritairement à l’aide de membranes céramiques à gradient de perméabilité (MCGP), peu d’études s’intéressent à l’utilisation de membranes polymériques spiralées (MPS). Ainsi, ce projet avait pour objectifs de caractériser les performances hydrauliques et séparatives de MPS et de quantifier leur encrassement et consommation énergétique. La MF a été réalisée à 50°C en recirculation totale avec des MPS de diamètre de pores (DP) de 0,1 et 0,2 μm. Il a été démontré que bien que les flux de perméation soient similaires, des pertes en CN sont observées dans le perméat avec la MPS 0,2 μm. Ainsi, la MPS 0,1 μm a été sélectionnée pour des essais de concentration-diafiltration jusqu’à un facteur de concentration de 3.0X afin de comparer les résultats à ceux d’une MCGP. Il a été démontré que la MPS 0,1 µm générait des flux de perméation 3,5 fois inférieurs que la MCGP, mais permettait de retenir davantage de PS tout en étant 5 fois moins énergivore. Suite à ces résultats, les performances de la MPS 0,1 µm ont été comparées à celles d’une membrane d’ultrafiltration (UF) au seuil de coupure de 10 kDa. Il a été démontré que les flux de perméation de la MPS 0,1 μm étaient supérieurs à ceux de la membrane d’UF et que la rétention des protéines totales est relativement similaire. Par conséquent, l’utilisation de la MPS 0,1 µm s’avère intéressante pour la concentration des CN, tout en permettant une sélectivité similaire des protéines et des performances hydrauliques supérieures par rapport à la membrane d’UF (10 kDa). Ces résultats permettent aux industriels d’effectuer un choix technologique en MF entre les MPS et les MCGP, mais ouvre également la possibilité de substituer l’UF 10 kDa par la MF 0,1 µm pour la préparation de concentrés protéiques pour la fromagerie. / Microfiltration (MF) of skim milk makes it possible to separate the caseins (CN) from the serum proteins (SP) for the production of dairy ingredients. Generally performed with graded-permeability membranes (CGP), few studies have focused on the use of polymeric spiral-wound (PSW) membranes. The objective of this project was to characterize the hydraulic and separative performances of PSW and to quantify their fouling and energy consumption. The MF was carried out at 50°C in total recirculation mode with PSW with a pore diameter (DP) of 0.1 and 0.2 μm. It has been shown even if permeate fluxes are similar, a drastic CN loss was observed in the permeate during MF with PSW membranes of 0.2 μm DP. Thus, 0.1-μm PSW was selected for concentration-diafiltration steps up to a concentration factor of 3.0X in order to compare the results with that of a MCGP. It has been demonstrated that 0.1-μm PSW had permeation fluxes 3.5 times lower than CGP but increased rejection of SP while consuming 5 times less energy. Following these results, the performances of the 0.1 μm MPS were compared with those of an ultrafiltration membrane (UF) with a cutoff threshold of 10 kDa. It has been demonstrated that the permeation fluxes of the 0.1-μm MPS are greater than those of the UF membrane and that the retention of the total proteins is relatively similar. Following these results, the performances of the 0.1-μm PSW were compared with those of a 10 kDa ultrafiltration membrane (UF), demonstrating that permeate fluxes of the 0.1-μm PSW were higher compared to the UF membrane while total protein rejection was relatively similar. Consequently, the use of 0.1 μm MPS proves to be advantageous for CN concentration, while allowing a similar selectivity of the proteins and higher hydraulic performances compared to the UF membrane (10 kDa). These results enable manufacturers to make a technological choice in MF between MPS and MCGP, but also opens the possibility to substitute the 10 kDa UF by the 0.1 μm MF in the preparation of milk protein concentrates for cheese milk standardisation.

Le °Brix, le pH, l'acidité, la couleur, la fermeté et la composition en antioxydants tels que le β-carotène, le Iycopène et l'acide ascorbique ont été déterminés dans des tomates de serre "Savoura" en cours de maturation afin de choisir la maturité convenable du fruit pour la déshydratation osmotique (DO). Deux séries d'expériences de DO de tomate ont été réalisées. Dans un premier temps, la DO des tranches de tomate de 8mm a été réalisée dans des solutions de saccharose à 50, 60, et 70 °Bx et à 35, 45, et 55 °C. Par la suite, les effets de l'épaisseur des tranches (4, 6, et 8 mm) et de la vitesse de solution (0; 0,05; et 0,1 m S-1) sur la DO de la tomate ont été étudiés dans une solution de saccharose à température et concentration constantes (35 °C et 70 °Bx). Le poids de la tomate, le °Brix et la teneur en eau ont été mesurés en fonction du temps de traitement (20, 40, 80, 160 et 320 minutes). L'acide ascorbique, le β-carotène, l'all-transIycopène et le lutéine ont été analysés avant et après le traitement osmotique. Le modèle de la loi de Fick a été appliqué pour la description de la DO en tenant compte la résistance de la couche stationaire à l'interface, du rétrécissement du produit, de l'écoulement vo1umique d'eau et de l'ajustement de la concentration de saccharose à cause de la perte en eau. Les résultats ont indiqué que les plus hautes teneurs en caroténoïdes et en acide ascorbique se trouvent dans les tomates très mûres. De fortes corrélations entre la teneur en Iycopène et le paramètre de couleur a*/b* ainsi qu'entre la teneur en Iycopène et la fermeté, ont été observées. La concentration de saccharose, la température et la vitesse de la solution, ainsi que l'épaisseur des tranches de tomate ont influencé significativement la perte en eau et le gain en saccharose au cours de la DO. Étonnamment, le gain en sucre a été plus élevé à la concentration de solution la plus faible. L'effet de la température sur la perte en acide ascorbique a été significatif tandis que la teneur en caroténoïdes n'a pas montré de variation significative après le traitement. L'effet de la résistance à l'interface et du rétrécissement ont été importants dans la modélisation des transferts de matière durant la DO. Les profils de sucre prédits par ce modèle ont montré une faible profondeur de pénétration et une accumulation de saccharose à l'interface pour des solutions hautement concentrées, telles qu'observées en pratique. Les concentrations d'eau et de saccharose prédites par ce modèle ont concordé avec les données expérimentales. Les coefficients de transfert de matière et les coefficients de diffusion effectifs du saccharose et de l'eau déterminés à partir des expériences, ont été de Shs = 1.3 Re 0.5 Scs 0.15 et Shw = 0.11 Re 0.5 SCw 0.5 respectivement. Les coefficients de diffusions effectifs de l'eau et du sucrose dépendaient uniquement de la température comme établi par la loi d'Arrhénius.

Les souches de Lactococcus lactis ssp. cremoris sont caractérisées par un polymorphisme génétique conduisant à des propriétés technologiques différentes. Le but de ce projet était d'évaluer la diversité génétique des souches de L. lactis ssp. cremoris par deux approches moléculaires. D'une part, l'hybridation génomique comparative des souches combinée à l'analyse MLSA ont permis de classifier les souches et d'identifier des marqueurs pour la sélection et la distinction des souches de ferments. D'autre part, l'analyse comparative des transcriptomes des souches au cours d'une simulation des conditions de fabrication du Cheddar a permis d'identifier deux types de réponses, a) un transcriptome commun qui pourrait représenter une réponse commune de toutes les souches de Lactococcus lactis ssp. cremoris au cours de la fabrication, et b) des réponses spécifiques pour chacune des souches pouvant les distinguer. Celles-ci permettront d'identifier des marqueurs technologiques qui seront utilisés en industrie, tels que les transporteurs d'oligopeptides, des gènes de la résistance, et d'autres gènes liés à la production de flaveurs. L'analyse de la diversité génétique entre les souches de L. lactis ssp. cremoris a permis de mieux comprendre les origines de la diversité et d'identifier des gènes potentiellement liés à la différence des comportements et de la réponse des souches

Ces dernières années, la structure du secteur porcin du Québec a connu des changements notables avec une prise d’ampleur des modes de coordination verticale étroits. Dans le secteur porcin en général, des études évoquent les risques de marché comme principales raisons pouvant justifier une tendance à la contractualisation. Le secteur porcin québécois qui est intégré au marché nord-américain est un preneur de prix et n’échappe pas aux effets des variations de prix sur ce marché. Dans ce contexte, notre étude cherche à identifier les principaux modes de coordination verticale au sein de l’industrie porcine du Québec ainsi que les principaux risques qui menacent les producteurs puis évaluer l’effet des risques de marché sur le choix de mode de coordination vertical. Pour ce faire, nous avons exploité des données secondaires et interrogé les producteurs via des enquêtes web et téléphoniques. Les enquêtes ont concerné des producteurs sous contrat et des producteurs indépendants. Suite à des analyses descriptives et une régression logistique, les principaux résultats de notre recherche révèlent que toutes les catégories de producteurs de porcs du Québec perçoivent les risques de fluctuation des prix des grains et du porc comme des risques majeurs qui affectent leurs activités. Cependant, leurs choix de modes de coordination verticale sont significativement influencés par leurs niveaux d’aversion vis-à-vis de ces deux risques. Mots clés : Porc, risques de marché, coordination verticale, enquêtes, Québec.

Au Canada, la mousse de tourbe est exploitée à une échelle industrielle pour la production de substrats horticoles. Suite à cette exploitation, des techniques de restauration sont appliquées pour restaurer les secteurs centraux en écosystème fonctionnel, mais sans s’attarder à l'intégration de l’écosystème restauré au paysage environnant. Cette thèse vise l’acquisition des connaissances écologiques fondamentales nécessaires à la restauration des transitions (écotones) tourbière-forêt dans les marges des tourbières ombrotrophes (bogs). Dans un premier temps, une caractérisation du gradient bog-écotone-forêt dans les bogs naturels a montré que l’écotone (aussi appelé le lagg de la tourbière) diffère des écosystèmes adjacents (bog et forêt) sur plusieurs aspects : 1) une structure de végétation différente, notamment avec un couvert plus abondant d’arbustes; 2) une concentration plus élevée en azote et phosphore dans les sols; 3) un niveau d’eau plus fluctuant que dans le bog, mais restant aussi plus élevé au cours de la saison de croissance. Dans un deuxième temps, une comparaison de l’état écologique de ces écosystèmes de référence (laggs naturels) aux secteurs en fin de production en marge des tourbières industrielles (écosystèmes à restaurer) a mis en évidence que : 1) les sols des secteurs à restaurer sont appauvris en nutriments (particulièrement en phosphore et potassium) et 2) pratiquement aucune espèce de lagg ne recolonise spontanément ces sites. En parallèle, les résultats d’une étude d’inventaire comparant l’état écologique d’un secteur afforesté (plantation de conifères de 20 ans) à l’état d’un secteur voisin non restauré suggèrent que l’afforestation améliore les conditions abiotiques (sols plus riches, microclimat plus tempéré), sans toutefois améliorer la recolonisation végétale du sous-bois. Ensuite, lors de réintroductions expérimentales, les potentiels d’établissement de mousses et d’arbustes ont été évalués en fonctions de filtres écologiques ciblés. La mousse Dicranum polysetum et le némopanthe (Ilex [Nemopanthus] mucronata) ont montré un potentiel d’établissement intéressant en conditions ombragées. Pour le némopanthe, une fertilisation initiale a significativement amélioré la croissance des semis, alors que leur établissement sur un tapis de mousses de Dicranum a plutôt amélioré leur survie par une réduction des effets du soulèvement gélival. En conclusion, la combinaison des études exploratoires et expérimentales de cette thèse a permis d’améliorer significativement nos connaissances sur les transitions tourbière-forêt en milieu naturel, mais aussi de dresser certaines lignes directrices de la stratégie à préconiser pour améliorer la gestion des marges des tourbières récoltées pour la tourbe. / In Canada, peat moss is extracted for production of horticultural substrate on an industrial scale. Several studies have contributed to develop restoration techniques for open Sphagnum-dominated habitats on the peat massif of peatlands. Beside tree plantation trials, however, peatland margins and their connectivity with surrounding landscapes has received little attention. The goal of this thesis is to acquire the ecological knowledge required to develop an ecological restoration strategy adapted to the bog - mineral land (upland) forest transition (aka the “lagg” habitat of the peatland). A first study of the bog-ecotone-forest gradient showed that the lagg is a true ecotone, with unique properties: 1) vegetation is more structured, with a dense shrubby stratum (Ilex mucronata often present); 2) nitrogen and phosphorus soil concentrations are high; 3) water table level fluctuates widely, but remains high for relatively long periods. A second study aimed at improving our knowledge of the baseline ecological conditions in cutaway peat fields located within the marginal areas of extracted peatlands. One major result is that soil nutrient concentrations in cutaway peat fields are very low: for phosphorus and potassium, approximately one order of magnitude lower when compared to natural laggs. Also, in exception to recolonization in former ditches, there is little spontaneous recolonization. In this same study, one area rehabilitated through afforestation (20-year-old coniferous plantations) was also characterized to compare its ecological status to unrestored fields: results suggest that afforestation ameliorates abiotic micro-site environmental conditions (richer soils and more temperate soil-air microclimate), but spontaneous recolonization does not occur. As reintroduction seems inevitable, two studies were conducted to improve our ecological knowledge of ecological filters in cutaway areas, and to assess the establishment potentials of some target species: one study on bryophytes, and one study on shrubs. Among the reintroduced species, two showed higher establishment potential: the bryophyte Dicranum polysetum and the shrub Ilex (Nemopanthus) mucronata. Shade significantly ameliorated the establishment potential of the reintroduced bryophytes Sphagnum and Dicranum, and of the shrub Ilex. Fertilization significantly increased Ilex seedling growth, while presence of a Dicranum carpet significantly increased seedling survival through a reduction of frost-heaving effects. In conclusion, the combination of exploratory and experimental studies allowed us to significantly improve our knowledge of bog - mineral land forest transitions, and to suggest guidelines for an ecological restoration strategy leading to a functioning lagg ecotone.

Les recommandations d'engrais dans la production de canneberge sont guidées par les analyses foliaires et de sols. Cependant, les intervalles critiques de concentrations utilisés à des fins de diagnostic sont biaisés par les interactions entre les éléments nutritifs et l'âge physiologique de la plante. L'utilisation des ratios logarithmiques isométriques (ilr) pour l'analyse des données compositionnelles peut éviter les biais relatifs aux interactions. L'objectif de ce mémoire est de développer des normes nutritives foliaires non biaisées pour la canneberge à haut rendement au Québec en utilisant la méthode des balances nutritives (ilr). Des essais de fertilisation ont été conduits pendant deux années consécutives avec des traitements variés de N, P, K, Mg, Cu, B sur quatre sites de production de canneberge dans la région Centre-du-Québec. Les tissus foliaires ont été analysés pour leur concentration en N, P, K, Mg, Ca, B, Cu, Mn, Fe et Zn. Les données ont été jumelées aux données des analyses foliaires de six essais de P réalisés par Marchand et al. (2013) entre 2001 et 2003 dans la même région et sur le même cultivar « Stevens ». Les résultats des analyses foliaires ont été transformés en balances nutritives entre composantes ou groupes de composantes, puis partitionnés selon la procédure Cate-Nelson et des arbres de classification. Des intervalles de balances nutritives de référence, ainsi que des intervalles de concentration en soutien, ont été calculés pour la canneberge à haut rendement (> 35 Mg ha-1). Les spécimens à faible rendement ont montré des concentrations en K et en Mg plus faibles, ce qui peut expliquer le déséquilibre des balances [Ca

La technique de récolte de tourbe la plus utilisée au Canada est celle de l'aspiration. Cette technique extensive engendre des impacts majeurs sur l'environnement. Depuis 4 ans, une nouvelle technique de récolte est à l'essai. La technique de récolte mécanique par tranchée vise l'extraction de la tourbe par bloc tout en conservant la végétation de surface pour une restauration simultanée à la récolte. Ce projet permettra d'évaluer si cette technique exercera moins de changement sur la chimie de l'eau des cours d'eau récepteurs et sur la restauration du couvert végétal après extraction de la tourbe. Afin d'y parvenir, des inventaires de végétation, des mesures de décomposition de la tourbe et de productivité de l'écosystème ainsi que des analyses d'eau provenant de la tourbière de Pointe-Lebel ont été réalisés avant et après les essais de la technique de récolte mécanique par tranchée. La récolte mécanique par tranchée présente plusieurs avantages face à l'aspiration. Elle permet l'installation d'un couvert végétal typique d'une tourbière ombrotrophe plus rapidement et entraîne moins d'impacts sur la qualité de l'eau issue de la tourbière. Somme toute, la récolte mécanique par tranchée est une technique très prometteuse.

Dans un contexte évolutif où les changements climatiques entraîneront une augmentation du nombre d’événements climatiques extrêmes, la gestion de l’eau devra être optimisée afin d’éviter l’impact des stress environnementaux sur le rendement agronomique des cultures. Bien que les seuils où surviennent ces stress soient connus pour la majorité des espèces agricoles, ils demeurent pour la plupart inconnus pour la canneberge. Leur détermination est donc un prérequis à l’établissement d’une gestion de l’eau efficace et durable. Conséquemment, des expérimentations au champ et en cabinet de croissance ont été réalisées afin d’étudier l’impact des principaux stress abiotiques sur la canneberge et de proposer des stratégies innovatrices menant à une approche intégrée de la gestion de l’eau dans cette culture. En maintenant la nappe phréatique à une profondeur de 60 cm sous la surface du sol, les rendements ont été maximisés et l’application d’eau par aspersion a été minimisée. Cependant, les canneberges sont très sensibles aux problèmes de drainage. En effet, lors de deux études de cas, une diminution de rendement de 25 à 39% a été mesurée lorsque le système de drainage n’était pas entièrement fonctionnel. Puisque contrôler la nappe peut ralentir le drainage et entraîner une diminution de l’aération dans la rhizosphère suite à une précipitation, une expérience en cabinet de croissance a été réalisée afin de déterminer la tolérance de la canneberge aux conditions hypoxiques. Les résultats ont démontré une diminution de 28% de la photosynthèse après 24 heures en conditions saturées. Le système de drainage doit donc permettre d’évacuer rapidement les surplus d’eau afin d’éviter de telles conditions. Avec le contrôle de nappe, l’air entourant le feuillage est plus chaud et plus sec en comparaison avec l’irrigation par aspersion, ce qui peut entraîner davantage d’épisodes de stress thermique. Une expérimentation en cabinet de croissance a permis d’identifier qu’en comparaison à une température optimale de 29 °C, la photosynthèse diminue de 11% à 33 °C et de 22% à 37 °C. Refroidir le feuillage pendant 20 minutes lorsque la température y atteint 33 °C s’est alors avéré bénéfique pour éviter le stress thermique. En intégrant ces nouveaux paramètres de gestion de l’eau, les producteurs de canneberges pourront maximiser le rendement agronomique de leur culture et en réduire son impact environnemental. / In an evolving context where climate change will cause an increase in extreme weather events, agricultural water management will have to be optimized in order to limit the impact of environmental stresses on crop yields. Although critical thresholds where these stresses occur have been established for several plant species, little is known about these relationships in cranberry production. Hence, the determination of these thresholds is then a prerequisite for developing of a sustainable water management. Consequently, field and growth cabinet experiments were carried out to study the impact of the main abiotic stresses on cranberries and to propose innovating strategies leading to a holistic approach for water management. By controlling the water table at 60 cm depth below soil surface, yields were maximized and overhead irrigation was minimized. However, cranberries are very sensitive to poor drainage conditions. In two case studies, yield losses of 25 and 39% were associated to drainage problems. Because controlling water table depth may slow down drainage rate and lead to oxygen deficiency in the rhizosphere following rainfall, a growth cabinet experiment was needed for determining cranberry tolerance to hypoxic conditions. Because the results showed that photosynthesis declined by 28% after the 1st day of waterlogging, drainage systems should be fully efficient in avoiding such conditions. Managing water table depth leads to drier canopy conditions than sprinkler irrigation, and thus may increase the vapor pressure deficit near the foliage and the risk of heat stress. Under controlled conditions, the optimal temperature range for carbon assimilation was between 25 and 29 °C, with photosynthesis declining by 11% at 33 °C and by 22% at 37 °C. Under controlled environmental conditions, cooling the vines for 20 minutes when temperature reaches 33 °C was beneficial to limit heat stress and was able to reduce photosynthetic midday depression. By integrating these new parameters and strategies to water management, cranberry growers will maximize crop yields while reducing the crop environmental impact.