Dans la première étape de ce travail qui consistait en la stabilisation d'une boisson fortifiée en ingrédients protéiques sans modification de sa viscosité d'origine, il a pu être démontré que la composition en fibres et en pectines des purées de fruit constituant la base de la boisson fortifiée pouvait avoir un impact majeur sur sa stabilisation naturelle. Dans la deuxième étape, plusieurs ingrédients protéiques pouvant potentialiser la sécrétion d'insuline et de GLP-1 et diminuer la glycémie ont été testés afin de valider leur action. Les données obtenues ont permis de démontrer que l'IPL se différenciait significativement des autres et que l'intensité des réponses insulinémique et glycémique était dose-dépendante. La sécrétion en GLP-1 a été potentialisée. De plus, la démonstration inédite de l'adéquation des tests in vitro avec ceux in vivo de mesure du métabolisme glycémique a permis de valider l'utilisation des tests in vitro afin de sélectionner des ingrédients bioactifs. L'ensemble de ces résultats a permis d'établir qu'une boisson, à base de jus de fruits et enrichie en IPL à 6%, pouvait être stable à long terme, acceptable d'un point de vue organoleptique et capable de réguler le métabolisme glycémique en ayant une action aussi bien sur les réponses insulinémique et glycémique que sur la sécrétion en GLP-1.

L'incompatibilité thermodynamique des isolats de protéines lactosérum (IPL) et de Kcarraghénane (K-car) a été largement étudiée dans des conditions statiques. Toutefois, l'effet de cisaillement sur la séparation de phases de type segrégative necessite encore plus d'investigation. Dans cette thèse l'étude des mélanges des IPL et de K-car sous cisaillement a été étudiée par diverses techniques chimiques et physiques à pH 7.0. Tout d'abord, la séparation de phases des Inélanges IPL/K-car a été étudiée par la théorie de Vrij et la méthode de l'analyse d'image. Des agrégats sphériques d 'IPL dans une phase continue de K-car ont été démontrés par MCBL. L'épaisseur de la couche de déplétion a été calculée. Ensuite, le diagramme de phases du système modèle choisî (IPL/K-car) a été étudié au repos et sous cisaillement. La détennination expérimentale de la binodale est une bonne approximation de celle déterminée par la théorique de, Vrij. Le processus de cisaillement déplace la binodale vers les faibles concentrations d 'IPL. La gélification thennique de différents systèmes mixtes de IPL/K-car a été étudiée. En effet, l'augmentation de la concentration de K-car augmente la fermeté des gels. Par MCBL des gels opaques et blanchâtres ont été observés, indiquant l'agrégation protéique. Ensuite, une vitesse de cisaillement a été appliquée durant un traitement thennique à des systèmes contenant 5%IPL et différentes concentrations de K-car. Par la suite, un balayage de vitesse de cisaillement a été fait à 80°C pour chaque systèlne. L'ajustement des courbes d'écoulement par le modèle de Cross montre une augmentation de la viscosité Newtonienne au plateau initial des systèmes mixtes cisaillés vs non cisaillés. Par la suite, différentes vitesses de cis~illement ont été appliquées durant le traitement thennique pour un même Inélange. Puis, ces systèmes ont été suivis par des mesures en régime harmonique et en régime transitoire. Ces résultats confirment que le cisaillement favorise 'l' agrégation des protéines dénaturées. Enfin, nous avons caractérisé les agrégats solubles dans la phase supérieure d'un système mixte de 5%IPL/O.5%K-car soulnis à différentes vitesses de cisaillement. Par exclusion moléculaire, on a observé que les agrégats solubles sont nettement influencés par la vitesse de cisaillement. En conclusion, le cisaillement des systèmes mixtes en condition de séparation de phases, pennet de contrôler la taille des microgels fonnés. Pour compléter les travaux réalisés dans cette thèse, il serait très intéressant de vérifier si la binodale et la microstructure des mélanges varient en fonction d' autres paramètres intrinsèques et extrinsèques au système.

La transformation génétique est un outil grandement utilisé pour étudier les comportements biologiques de certains organismes ou encore, pour leur donner des caractères désirés. C'est dans ces optiques qu'une technique de transformation chimique sur des protoplastes de Pseudozyma spp. a été développée; toutefois certaines limitations nous ont poussés à développer une alternative comme celle discutée ici, l'électroporation. Il s'est avéré que P. antarctica peut être transformé par électroporation sous les conditions de 1400 volts et 400Q tout en donnant de bons rendements. Le type d'insertion de l'ADN plasmidique a été évalué sur les transformants et il semble que le plasmide s'insère préférablement en tandem à un ou quelques sites dans l'ADN génomique du champignon. En ce qui a trait à P. flocculosa, en dépit d'essais variés et répétés, l'électroporation ne semble pas fournir les conditions nécessaires pour mener à sa transformation.

Le taux d’allaitement maternel exclusif à six mois au Niger était de 9,9 % en 2009. L’OMS et l’UNICEF recommandent que tous les enfants soient nourris exclusivement au sein pendant les six premiers mois de vie. Le présent document est le résultat d’une enquête sur l’identification des facteurs qui caractérisent les mères qui ont allaité exclusivement jusqu’à six mois. Les mères ont été réparties en deux groupes : celles qui ont allaité exclusivement jusqu’à six mois et celles qui ont allaité, mais avaient introduit d’autres aliments avant cet âge. Des entrevues individuelles ont été réalisées au Centre de Santé Intégré de Tessaoua de février à avril 2011. L’étude a porté sur un échantillon de 296 mères. De l’analyse, il ressort qu’au Niger les facteurs de réussite de l’allaitement maternel exclusif les plus importants sont : le niveau d’instruction, les difficultés pendant la 1ère semaine d’allaitement, l’opinion favorable des amis et de la famille, l’occupation de la mère (travail), l’accouchement au centre de santé, l’initiation dans les minutes suivant l’accouchement et le suivi de grossesse par un professionnel de la santé. Cette étude n’a porté que sur la seule commune urbaine de Tessaoua et sur 14 variables principalement de type nominal ou ordinal. Nous pensons néanmoins que, nos résultats peuvent permettre la mise en œuvre de mesures adéquates pour augmenter le taux d’allaitement maternel exclusif afin d’améliorer la situation nutritionnelle des enfants Nigériens.

La situation économique difficile des fermes québécoises suscite beaucoup d’intérêt. Plusieurs études se sont consacrées à l’analyse technico-économique des entreprises agricoles, toutes productions confondues. C’est aussi le cas du présent mémoire. L’objectif général est d’analyser la santé financière des entreprises laitières, céréalières et de fruits et légumes sur la période 2005-2015. Pour y parvenir, les méthodes d’analyses comparatives, de régressions paramétriques et non paramétriques sont combinées. Les données sont issues de l’enquête financière sur les fermes co-réalisée par Statistique Canada et Agriculture et Agroalimentaire Canada (AAC). L’absence de données sur le coût de vie des exploitants a contraint l’étude à se limiter aux entreprises en compagnie. Ces dernières sont tout de même assez bien représentatives de l’échantillon total. Les résultats ont montré que les producteurs laitiers ont une meilleure santé financière bien qu’elle soit instable et évolue en se dégradant. Les producteurs de fruits et légumes affichent une santé financière acceptable avec une tendance prometteuse. Les céréaliers sont en mauvaise posture avec une mauvaise santé financière et une tendance à l’aggravation de la situation. Les analyses ont montré aussi que les producteurs laitiers doivent leur bonne santé financière à une excellente maîtrise des coûts de production. L’excellente productivité du capital des producteurs de fruits et légumes justifie leurs résultats malgré les coûts de production élevés auxquels ils font face. La faible productivité du capital, ajoutée aux coûts de production élevés, explique la mauvaise santé financière des céréaliers. La grande entreprise de fruits et légumes est en meilleure santé financière. Inversement, la grande entreprise laitière est moins rentable. La taille n’explique pas la santé financière des céréaliers. L’expérience n’impacte pas significativement la santé financière des entreprises laitières, céréalières et de fruits et légumes. Mots clés : santé financière, entreprise agricole, lait, céréales, fruits et légumes. / The difficult economic situation of Québec farms inspires much interest. Several studies are devoted to the technical and economic analysis of farms, all production combined. This is also the case of the current thesis. Its overall objective is to analyze the financial health of dairy, cereals and fruit & vegetable enterprises over the period 2005-2015. To achieve this, comparative analysis, parametric and nonparametric regressions have been combined. Data analyzed were from the “Farm Financial Survey” conducted both by Statistics Canada and Agriculture and Agri-Food Canada (AAC). The absence of the “cost of living” data forced the study to be limited to farming enterprises that were organized in corporation. The latter were nonetheless quite enough representative of the total sample. Results showed that dairy farmers have the best results although their financial health was unstable and was gradually degrading. Fruit and vegetable producers have an acceptable financial health with an improving trend over the years. Cereal farmers were in a bad position with poor financial health and a worsening trend. Our results also showed that dairy farmers owed their good financial health to an excellent control of production costs. The excellent productivity of cash investments (capital) of fruit and vegetable producers justifies their results despite the high production costs they face. The low productivity of capital, coupled with high production costs, explains the poor financial health of cereals. The large fruit and vegetable enterprise is in better financial health. Conversely, the large dairy enterprise is less profitable. Size does not explain the financial health of cereal farmers. Experience does not significantly impact the financial health of dairy, cereals and fruit and vegetable enterprises. Keywords: financial health, farming enterprise, milk, cereals, fruits and vegetables

Les bactériocines sont des composés de nature protéique dotés d'une activité antimicrobienne dirigée contre des bactéries phylogénétiquement proches de la souche productrice. Récemment, la production de bactériocines a été évoquée comme un mécanisme d'action important impliqué dans l'activité antimicrobienne des probiotiques au niveau gastro-intestinal. Ce projet de recherche avait pour objectif d’évaluer la capacité de certaines bactéries lactiques bactériocinogènes à produire leur bactériocine dans les conditions physiologique et microbiologique du tractus digestif. Trois souches bactériocinogènes, à savoir Lactococcus lactis biovar diacetylactis UL719 (productrice de nisine Z), Pediococcus acidilactici UL5 (productrice de pédiocine PA-1) et L. lactis ATCC 11454 (productrice de nisine A) ont été utilisées comme modèle lors de ces travaux de thèse. Des expériences menées dans le simulateur de tractus digestif TIM-1 ont montré que P. acidilactici avait un taux de survie de 17 % aux stress rencontrés au niveau de l’estomac et de l’intestin grêle. Le transit dans la partie proximale du système digestif a eu peu d’effet sur l’activité inhibitrice de cette souche. Une légère surexpression des gènes de production de la bactériocine a même été observée à la sortie l’iléon. Contrairement à P. acidilactici UL5, L. lactis ATCC 11454 était moins résistante au stress digestif, avec un taux de survie inférieur à 1 %. Par ailleurs, les trois souches bactériocinogènes étudiées se sont révélées capables de croitre et de produire leur bactériocine dans un milieu de culture simulant le milieu colique. Dans le cas de P. acidilactici, nous avons démontré une inhibition significative de Listeria directement corrélée avec la production de pédiocine puisqu’aucune inhibition n’a été observée avec un mutant non producteur. Enfin, nous avons étudié la capacité de la souche P. acidilactici à survivre et à produire sa bactériocine au niveau iléaque de même que l’impact de cette activité inhibitrice sur l’équilibre du microbiote iléaque chez l’humain. Les analyses microbiologiques ont révélé que P. acidilactici survivait au transit bien qu’elle ne soit pas capable d’y croitre, probablement en raison d’un manque de compétitivité vis-à-vis du microbiote. Ces observations expliqueraient la faible activité inhibitrice de P. acidilactici contre L. monocytogenes que nous avons mesuré. / Bacteriocins are proteinaceous compound naturally produced by several bacterial strains with an inhibition activity directed against closely related bacteria. Recently, the production of bacteriocins was proposed as an important mechanism of action involved in the antimicrobial activity of probiotics in the gastrointestinal tract. This research aimed to evaluate the ability of some bacteriocin-producing lactic acid bacteria to produce their bacteriocins in the physiological and microbiological conditions of the digestive tract. Three strains, namely L. lactis biovar diacetylactis UL719 (producing nisin Z), P. acidilactici UL5 (producing pediocin PA- 1) and L. lactis ATCC 11454 (producing nisin A) were used as models throughout this thesis. Experiments performed with the TIM-1 digestive tract simulator have shown that P. acidilactici had a survival rate of 17 % in the stomach and small intestine. Passage in the proximal part of the digestive tract had little effect on the inhibitory activity of this strain. A slight over-expression of the genes encoding production of bacteriocin has been observed even at the end of the ileum. Unlike P. acidilactici UL5, L. lactis ATCC 11454 was less resistant to gastrointestinal stress, with a survival rate of less than 1 %. In addition, the three bacteriocin-producing strains considered in this study were proved able to grow and produce their bacteriocins in a culture medium simulating the colonic environment. In the case of P. acidilactici, we demonstrated significant inhibition of Listeria in the colonic medium and that this inhibition was directly correlated with the production of pediocin since no inhibition was observed with a non-producing mutant. Finally, we studied the ability of P. acidilactici to survive and produce its bacteriocin in the ileac conditions and the impact of this inhibitory activity on the balance of ileac microbiota of healthy humans. Microbiological analyzes revealed that P. acidilactici survived throughout the transit although it was not able to grow, probably due to a weak competitivity compared to the ileac microbiota. These observations may explain the low inhibitory activity of P. acidilactici against L. monocytogenes that we measured.

Tableau d'honneur de la Faculté des études supérieures et postdorales, 2015-2016 / La validité des résultats provenant d’études s’intéressant à l’impact des facteurs nutritionnels sur la santé dépend directement de la validité des outils d’évaluation alimentaires utilisés. Les différentes méthodes d’évaluation alimentaire ont chacune leurs forces et leurs faiblesses et sont toutes sujettes à de nombreux biais. Le rappel de 24 heures traditionnel (R24H), une méthode où un interviewer demande au participant de rapporter tous les aliments et boissons consommés au cours de la dernière journée, est de plus en plus utilisé en recherche en raison d’études de validation utilisant des biomarqueurs ayant démontré que des R24H répétés pouvaient fournir des données d’apports alimentaires de haute qualité et ce, avec un biais minimal. Néanmoins, cet outil est considéré coûteux puisqu’il dépend de professionnels formés à la fois pour son administration et pour le codage des réponses dans des bases de données nutritionnelles. Le développement d’outils d’évaluation alimentaire Web apparaît comme une solution économique dans un contexte où il est de plus en plus facile de rejoindre les Canadiens par une application Web. C’est dans ce contexte qu’un rappel de 24 heures automatisé et auto-administré sur une plate-forme Web, le R24W, a été développé à l’INAF, Université Laval. L’objectif de ce mémoire est de décrire le développement de ce nouvel outil d’évaluation alimentaire et de discuter de l’impact de son utilisation dans la recherche en nutrition. / The validity of results from studies assessing the impact of nutritional factors on health depends directly on the quality of dietary assessment tools. All dietary assessment methods have strengths and weaknesses and are subject to bias. The 24-hour dietary recall (24HDR), where an interviewer asks the participant to report all foods and beverages consumed during the last 24 hours, is increasingly used in epidemiology due to validation studies using biomarkers that have demonstrated that repeated 24HDR could provide high quality dietary intake data with minimal bias. However, this tool is considered expensive since it depends on trained professionals for both its administration and the coding of responses in nutritional databases. The development of web-based assessment tools appears as an economical solution in a context where it is increasingly easy to reach Canadians through a web application. It is in this context that an automated, self-administered web-based 24-hour recall, the R24W, was developed at INAF, Laval University. The objective of this study is to describe the development of this new dietary assessment tool and to discuss the impact of its use in nutrition research.

L'objectif de notre étude était de comparer l'impact de la consommation d'une diète enrichie en lait (LAIT) à celui d'une diète témoin rencontrant les recommandations du NCEPATPIII (NCEP) sur les différentes caractéristiques associées au syndrome métabolique dans une cohorte de femmes ménopausées avec surpoids. Cette étude a été effectuée selon un devis en chassé-croisé randomisé au cours duquel 27 femmes ont consommé deux diètes isocaloriques de 6 semaines entrecoupées d'un retour au régime habituel pendant 8 semaines. Suite à l'intervention, la diète LAIT a réduit de façon significative la tension artérielle diastolique (p=0.05) comparativement à la diète témoin alors que toutes les autres caractéristiques primaires du syndrome métaboliques n'ont pas été significativement modifiées. Ces résultats suggèrent que l'ajout du lait à une diète hypocholestérolémiante ne modifierait pas de façon marquée le profil lipidique mais pourrait tout de même diminuer le risque cardiovasculaire par l'entremise de son effet hypotenseur.

Il est important de quantifier la réponse des stocks de carbone (C) du sol à l’application d’effluents d’élevage pour des enjeux agronomiques et environnementaux. Les objectifs de cette thèse étaient de : 1/ Mesurer la réponse des stocks de C du sol à l’application d’effluents d’élevage à partir d’études individuelles du monde entier et d’évaluer l’impact de différents facteurs (climat, propriétés du sol, utilisation des terres, caractéristiques de l’effluent) sur cette réponse; 2/ Évaluer l’influence du type de travail du sol et du système de culture sur la réponse des stocks de C après l’application de lisier; 3/ Déterminer l’impact à long terme de l’application de lisier sur le stock de C du sol et sur des formes de C de différents degrés de protection. Les résultats de la méta-analyse (chapitre 1) montrent qu’en moyenne à l’échelle globale, l’application d’effluents d’élevage mène à des stocks de C du sol plus élevés comparativement à la fertilisation minérale ou à un témoin non amendé. L’amplitude de la réponse du stock du C du sol à l’application d’effluents dépend principalement de la quantité de C apportée par l’effluent. Le climat a également influencé la réponse du stock de C mais son effet pourrait être confondu avec celui de la quantité totale de C apportée par l’effluent. À une échelle plus locale, 15 et 21 années d’application de lisier de bovins ont mené à des stocks de C plus élevés comparativement à un témoin non amendé (chapitre 3) ou à la fertilisation minérale (chapitres 2 et 3). Pour les deux sites, l’effet du lisier était limité à la surface du sol (20 et 30 premiers centimètres). Sur le site de Normandin (QC), la réponse du C du sol à l’application de lisier était différente selon la séquence de cultures avec une réponse plus forte pour la rotation à base de plantes pérennes que pour la monoculture de céréales. Sur le site d’Agassiz (CB), l’amplitude de la réponse du C du sol à l’application du lisier dépendait de la quantité de C apportée et cette réponse était atténuée lorsque cette application était combinée avec celle de la fertilisation minérale. De plus, l’application de lisier sur ce site a favorisé l’incorporation de C dans des fractions de matière organique relativement protégées. / For both agronomic and environmental purposes, it is important to quantify the response of soil organic carbon (SOC) stocks to animal manure application. The objectives of this PhD thesis were : 1/ To quantify the response of SOC stocks to manure application from a large worldwide pool of individual studies, and to assess the impact of explanatory factors such as climate, soil properties, land use and manure characteristics; 2/ To determine the influence of tillage and cropping systems on the response of SOC stocks to the application of liquid dairy manure (LDM); 3/ To determine the impact of LDM on SOC stocks in the whole soil and specific physical fractions corresponding to different levels of protection. The meta-analysis (chapter 1) suggests that overall, at the global scale, animal manure application results in significantly larger SOC stocks compared to mineral fertilization or unamended control. The magnitude of SOC stock response to manure application depends mainly on the cumulative manure-C input. Climate also influenced the SOC stock response but its effect could not be decoupled from that of manure-C input. At a local scale, 15 and 21 years of LDM application resulted in significantly higher SOC stocks compared to an unamended control (chapter 3) or mineral fertilization (chapters 2 and 3). For both sites, the LDM effect was limited to the topsoil (down to 20- or 30-cm). In Normandin (QC), the magnitude of the SOC stock response to LDM was dependent on crop sequence, with a much greater effect of LDM application in SOC stocks in the perennial-based rotation than in the cereal monoculture (chapter 2). In Agassiz (BC), the magnitude of the SOC stock response was dependent on manure C input and this response seemed to be smaller with the combined application of LDM and mineral fertilization (chapter 3). In addition, LDM application favoured the incorporation of C in relatively protected fractions of organic matter.

La domestication du sureau du Canada pour la production de ses petits fruits stimule, depuis quelques années, l'étude des principaux facteurs de régie de culture de cet arbuste. Ce mémoire présente une étude de l'impact de la pollinisation assistée sur la mise à fruit du sureau du Canada (Sambucus nigra ssp. canadensis (L.) R. Bolli). Des études exploratoires sur la floraison ont d'abord été réalisées avant d'entreprendre des essais sur les limitations potentielles de la mise à fruit par la pollinisation. Suite à la caractérisation de la période de floraison et à la mise au point d'un test de viabilité du pollen, l'influence de la quantité et de la source du pollen a été étudié à l'aide d'une technique de pollinisation assistée. Des expériences au champ ainsi qu'en serre ont permis de vérifier l'effet positif d'un apport supplémentaire de pollen chez des plants indigènes et ont également démontré des phénomènes d'incompatibilité partielle chez des plants indigènes et chez certains cultivars.